počet kópií DNA profily žalúdočných prekurzorov rakoviny lézií

počet kópií DNA profily žalúdočných prekurzorov rakoviny lézií
abstraktné
pozadia
chromozómové nestability (CIN) je najrozšírenejší druh genómovej nestabilite nádorov žalúdka, ale jeho úloha v malígne transformácii žalúdočnej sliznice je stále nejasná , V tejto štúdii sme sa vydali skúmať, či sú dva morfologicky odlišné kategórie žalúdočných prekurzorov rakoviny lézií, tj črevnej typu a pyloric žliaz adenómy, by so sebou niesla rôzne vzory počet zmien DNA kópií, čo možno odráža odlišné genetické dráhy žalúdočnej karcinogenéze v týchto existujú dva typy adenóm.
Výsledky
Použitie 5K BAC array CGH platformy sme ukázali, že najčastejšou aberácie zdieľané žľazy, adenómy z 11. črevnej typu a 10 pyloric boli zisky chromozómov 9 (29%), 11 q ( 29%) a 20 (33%), a straty chromozómov 13q (48%), 6 (48%), 5 (43%) a 10 (33%). Medzi najčastejšie chyby v črevnej typu žalúdočné adenómy boli zisky z 11 q, 9q a 8 a straty z chromozómov 5q, 6, 10 a 13, zatiaľ čo v pylorických žľazy žalúdku adenómov Jednalo sa o zisky z chromozómu 20 a straty z 5q a 6. Avšak, neboli pozorované žiadne významné rozdiely medzi týmito dvoma typmi adenómy.
Záver
výsledky naznačujú, že zisky z chromozómov 8, 9q, 11 q a 20 a straty z chromozómov 5q, 6, 10 a 13, ktoré by mohli predstavovať skorý udalosti v žalúdku rakoviny. Tieto phenotypical subjekty, črevné typu a pyloric žliaz adenómy však nijako významne (P = 0,8) sa líši na úrovni DNA počtu kópií zmien.
Pozadie
žalúdka Rakovina je druhou najčastejšou malignitou na celom svete a prognóza tohto zhubného bujnenia aj naďalej veľmi nízka [1]. Žalúdočné výskyt rakoviny a úmrtnosť sa líši medzi rôznymi krajinami v rámci Európskej únie [2]. V Holandsku ho radí na piate najčastejšou príčinou úmrtí na rakovinu, s približne 2200 nových prípadov ročne [3]. Chirurgia s liečivým zámerom je liekom voľby vo vyspelých prípadov rakoviny žalúdka, pričom miestni endoskopická mucosectomy môže byť liečivá na začiatku rakoviny žalúdka. Detekcia a odstránenie žalúdočných novotvarov v ranom alebo dokonca premalignant štát prispeje k zníženiu úmrtí v dôsledku rakoviny žalúdka. Na dosiahnutie tohto cieľa sú potrebné lepšie testy pre včasné odhalenie rakoviny žalúdka, a lepším pochopením biológiu progresie rakoviny žalúdka je v tomto ohľade kľúčová.
Podľa modelu Correa, patogenézy črevnej typu adenokarcinóme žalúdka nasledovne jednou z ciest chronickej aktívnej gastritíde vzhľadom k Helicobacter pylori
infekcie, čo vedie k atrofii sliznice, črevnej metaplázia nasleduje intraepiteliálna neoplázia a nakoniec invazívne adenokarcinóm [4]. Genetická charakterizácia vzoriek tkanív v intraepiteliálna neoplázia fáze podstatne prispieť k nášmu chápaniu molekulárnej patogenézy rakoviny žalúdka. Avšak, tieto lézie sú detekované len zriedka, možno kvôli rýchlemu priebehu prostredníctvom tejto fáze k rakoviny, a sú zvyčajne prítomné iba v niektorých častiach biopsiou, bráni genómovej analýzy týchto lézií. Analýza alternatívnych prekurzorov lézií by preto, aspoň čiastočne, nahrádzať. Rozvoj rakoviny žalúdka cez fázu adenómy, aj keď menej časté, je taká alternatívna cesta. Tieto adenómy sú občas zistené počas gastroskopia a prítomné ako veľké lézie, ktoré histologicky ukazujú intra-epiteliálne neoplazmy, čo z nich robí vhodné pre genomické analýzy. Žalúdočné adenómy majú priamy malígneho potenciálu a predstavujú približne 20% všetkých epitelových polypov [5, 6]. Žalúdočné adenómy môžu mať klasické rúrkové, tubulovillous alebo klkov morfológiu s prevažne črevnej typu epitelu, ale môže tiež objaviť ako pyloric žľazy, adenómy [6]. Pyloric žliaz adenómy vyplývajú z hlbokých hlienovitá žliaz v žalúdku a sú silne pozitívne na mucín 6 [7, 8]. Značný počet žalúdočných adenómov už vykazujú progresiu do adenokarcinóm. Na prvý diagnóze okolo 30-40% všetkých pyloric žľazy, adenómy už vykazujú zameranie karcinómu [9, 10]. Pre črevnú typu adenómov je toto číslo nižšie a pohybuje od 28,5% u klkov adenómov a 29,4% pre tubulovillous adenómov typu iba 5,4% v trubkovom adenómov [11]. Obaja adenokarcinómy, ex črevnej typu adenómov a ex pyloric žľazy adenómov, ukazujú žľazovej štruktúry, na rozdiel od rozptyľovať typ rakoviny žalúdka.
Kľúčovým prvkom v patogenéze väčšiny karcinómov žalúdka, rovnako ako v mnohých iných solídnych nádorov, je chromozomálna nestabilita , čo má za následok ziskov a strát častí, alebo dokonca celých chromozómov [12]. Tieto chromozomálne zmeny môžu byť analyzované komparatívne genomická hybridizácia (CGH). Niektoré predchádzajúce štúdie zistili genetické zmeny v žalúdočnej adenómov použitie tejto techniky, pričom zisky na chromozóme 7 q, 8Q, 13q, 20Q a straty na chromozóme 5q 4p, 9p, 17p a 18q [13-16]. Hoci nezvyčajné a len pozorovali u adenómov s vysoko kvalitné intraepiteliálna neoplázia, majú vysokú úroveň amplifikácie bola zistená na chromozómoch 7 q, 8p, 13q, 17q a 20Q [13-16]. V žalúdku adenokarcinómov, dôsledne popísané chromozomálne aberácie sú zisky na chromozóme 3Q, 7P, 7 q, 8Q, 13q, 17q a 20Q a straty na chromozóme 5q 4Q ,, 6Q, 9P, 17p a 18q. amplifikácie na vysokej úrovni boli opakovane zistené na 7 q, 8p, 8 q, 17Q, 19q a 20Q [14, 17-23]. Napriek tomu, chromozomálne aberácie, alebo DNA počtu kópií sa zmení, nie sú jednotné v karcinómu žalúdka [24]. Podskupiny s rôznymi vzormi počtu kópií zmeny môžu byť rozpoznané, čo bolo preukázané, že je spojená s klinickým výsledkom i [25].
V tejto štúdii sme sa vydali študovať, či dvoch morfologicky odlišných kategórií rakoviny žalúdka prekurzorové lézie, tj črevnej typu a pyloric žliaz adenómy, by so sebou niesla rôzne vzory počet zmien DNA kópií, čo možno odráža odlišné genetické dráhy žalúdočnej karcinogenéze v oboch typov adenómy.
výsledky
počet kópií DNA zmeny boli pozorované u 10 z 11 intestinálneho typu adenómov a 9 z 10 žľaza adenómov pyloru. Priemerný počet chromozomálnych udalostí, definované ako ziskov a strát, na nádoru bol 6,0 (rozmedzie 0 až 18), a 2,9 (rozmedzie 0-14) zisky a 3,0 (rozmedzie 0-7) strát. V črevnej typu adenómov, priemerný počet chromozómových udalostí na nádor bol 6,5 (rozmedzie 0-18), z toho 3,4 (v rozmedzí 0-14) zisky a 3,1 (rozmedzie 0-7) straty, av pylorické žľazy adenómu priemer čísla boli 5,4 (rozmedzie 0-9), 2,4 (rozmedzie 0-7) a 3,0 (rozmedzie 0-7), resp.
v žalúdočnej adenómy črevnej typu, najčastejšie aberácie pozorované boli zisky z chromozómov 8, 9q a 11 q, a straty z chromozómov 5q, 6, 10 a 13. v štyroch adenómov (36,4%), zisk z chromozómu 11q23.3 bol pozorovaný so spoločnou oblasťou prekrytie 2,6 Mb. Zisk chromozómu 9q bola pozorovaná v štyroch adenómov (36,4%) s 12,6 Mb spoločné oblasti prekrytia lokalizovaný na chromozóme 9q33.1-q34.13. Zisk chromozóme 8 bola pozorovaná u troch adenómov (31%), z ktorých dve adenómov ukázal zosilnenie celého chromozómu 8, a tretí adenóm vykázala zisk chromozómu 8p-q22.3 s dodatočnou 28,7 Mb zisk na chromozóme 8q24.11 -qter. Zisky boli pozorované na chromozómoch 1, 3, 6p, 7, 11p, 12p, 13q, 16, 17, 19, 20 a 22q. Žiadna amplifikácie bolo dosiahnuté v adenómy črevnej typu.
Delécia na chromozóme 13 boli pozorované u siedmich črevnej typu adenómov (64%). Z nich päť ukázala 11,9 Mb deléciu chromozómu 13q21.2-21.33 s ďalším 7,7 Mb delécie na chromozóme 13q31.1-31.3. Ďalšie dva adenómy ukázali deléciu 16,6 MB 13q14.3-31. Delécie na chromozóme 6 bola pozorovaná u šiestich adenómov (55%), s prekrývajúce sa oblasťou 68,9 Mb umiestnených na 6cen-q22.1. Delécie chromozómu 5q bola pozorovaná v štyroch adenómov (36%) sa spoločnou oblasťou prekrytie lokalizovaný na chromozóme 5q22.1-q23.2. Okrem toho delécie celého chromozómu 10 bola pozorovaná v štyroch adenómov (36%). Ostatné straty pozorované u črevnej typu adenómov boli lokalizované na chromozómoch 8Q, 9P, 10, 12 q, 20Q a 21. prehľad o všetkých číselných DNA kópie aberácií v adenómov črevnej typu je uvedený v tabuľke 1.Table 1 Prehľad DNA počet kópií sa zmení v 11 črevnej typu adenómov

chromozómy

sprievodné klony


nádor číslo
zisky
strát
veľkosti
segment (Mb)

Začiatok
Koniec
1
1p-p36.11
26,68
RP11-465B22
RP1-159A19
5q13.2-Q23 0,2
55,26
RP11-115I6
CTB-1054G2
6p21.33-p21.1
13.78
RP11-346K8
RP11-227E22
6p21.1 -q16.1
52,05
RP11-89I17
RP3-393D12
9q33.1-34.2
17,32
RP11-27I1
RP11-417A4
11q23.3
4,80
RP11-4N9
RP11-730K11
13q21.1-q31.3
39,63
RP11-200F15
RP11-62D23
2
1p -1p33
46,90
RP11-465B22
RP11-330M19
6p21.33-p21.1
14,12
RP11-346K8
RP11-121G20
6p21.1 -q16.2
54,91
RP11-554O14
RP11-79G15
8P-q22.3
105,67
GS1-77L23
RP11-200A13
8q24.11 -qter
28,65
RP11-278L8
RP5-1056B24
9q33.1-q34.2
13,63
RP11-85O21
RP11-417A4
11p11.2 -q13.5
31,69
RP11-58K22
RP11-30J7
11q23.3
2,62
RP11-4N9
RP11-62A14
12q13.11-Q14 0,1
10,57
RP11-493L12
RP11-571M6
13q21.1-q21.33
18,24
RP11-200F15
RP11-335N6
13q31.1 -q31.3
12,49
RP11-533P8
RP11-62D23
16p13.3-Q21
57,26
RP11-243K18
RP11-405F3
16q21-q22 0,1
5,97
RP11-105C20
RP11-298C15
16q22.1-q24.3
22,46
RP11-63M22
CTC-240G10
17
81,24
GS1-68F18
RP11-567O16
19
61,01
CTB-1031C16
GS1-1129C9
20q11.21-q11.23
5.09
RP3-324O17
RP5-977B1
20q13.12-qter
19,60
RP1-138B7
CTB81F12 Sims 3 - -
4
6p21.1
3,32
RP11-79J5
RP11-121G20
6p12.3-q22.1
76,38
RP11-79G12
RP11-59D10
7
156,89
RP11-510K8
CTB-3K23
8q22.3-q23.3
9,69
RP11-142M8
RP11-261F23
9q33.1-Q34 0,13
12,58
RP11-55P21
RP11-83N9
11q23.3
3,04
RP11-4N9
RP11-8K10
13q21.2-q21.33
17,05
RP11-240M20
RP11-77P3
13q31.1-q31.3
11,68
RP11-400M8
RP11-100A3
16q23.2-Q24 0,3
8,92
RP11-303E16
RP4-597G12
20p-q13.2
53,40
CTB-106I1
RP5-1162C3
20q13.31-qter
8,06
RP5-1167H4
CTB-81F12
22q
33,72
XX-P8708
CTB-99K24
5
12q24.31-qter
11,75
RP11-322N7
RP11-1K22
6 Sims 3
193,37
RP11-299N3
RP11-279P10
6cen-q24.1
88.49
RP11-91E17
RP11-86O4
7
156,09
RP11-510K8
RP11-518I12
8
144,26
RP11-91J19
RP5 -1118A7
13q21.1-q21.33
11,86
RP11-640E11
RP11-452P23
13q31.1-q31.3
9,62
RP11-400M8
RP11-306O1
20q13.2-q13.31
1,41
RP11-212M6
RP4-586J11
7
5q21.1-qter
80.52
CTC -1564E20
RP11-281O15
10
132,19
RP11-29A19
RP11-45A17
13q21.33-31.1
8,76
RP11-209P2
RP11 -470M1
8
5q22.1-q23.2
13,28
RP11-276O18
RP11-14L4
6p12.3-q22.1
74,37
RP11 -89l17
RP11-149M1
9p21.1-Pter
31,18
RP11-147I11
RP11-12K1
10
133,18
RP11-10D13
RP11 -45A17
13q14.3-q31.3
39,71
RP11-211J11
RP11-306O1
17
77,65
GS1-68F18
RP11-398J5
19
63,31
CTC-546C11
CTD-3138B18
20
60,87
RP4-686C3
RP4-591C20
22q
31,25 mg
XX -bac32
CTA-722E9
9
5q14.3-q23.2
33,06
RP11-302L17
RP11-14L4
6p22.2-q22.3
8,44
RP11-91n3
RP11-88h24
6p12.1-q24.1
88,89
RP11-7h16
RP11-368P1
8
145,95
GS1-77L23
CTC-489D14
9q33.1-qter
13,60
RP11-91G7
GS1-135I17
10
133,18
RP11-10D13
RP11-45A17
11q23.3
3,16
RP11-4N9
RP11-215D10
13q14.3-qter
58,59
RP11-240M20
RP11-480K16
20q13.2-q13.31
1,96
RP11-55E1
RP5-832E24
21cen-q21.3
17,39
RP11-193B6
RP11-41N19
10
8q22.3-q23.3
12,93
RP11-142M8
RP11-143P23
10
134,52
RP11-10D13
RP11-122K13
13q21.1-q21.33
18,03
RP11-322F18
RP11-335N6
13q31.1-q31.3
8,99
RP11-533P8
RP11 -505P2
11 - -
najčastejšie aberácie pozorované v pyloric žľazy, adenómy boli zisky na chromozóme 20 a straty z chromozómov 5q a 6. zisky na chromozóme 20 boli pozorované v štyroch adenómov (40 %). Tri adenómy ukázala 9,8 Mb zisk chromozómu 20q13.12-q13.33, a zosilnenie celého chromozómu 20 bol pozorovaný v inom adenómu. Zisky boli vidieť na chromozómoch 1, 3Q, 5q, 7, 9q, 11 q, 12 q, 13q, 15q, 17 a 22q. Jeden pyloric adenóm žľaza ukázal amplifikácie, ktorá sa nachádza na 12q13.2-q21.1 a 20q13.3-q13.33.
Päť pylorické žľazy adenómov (50%) ukázal stratu chromozómu 5q, z ktorých dva stratili celý chromozóm rameno, zatiaľ čo dvaja adenómov vykazovala 22,4 Mb odstránenie 5q11.2-q13.3 a jeden adenóm 40,3 Mb vypustenie 5q21.1-q31.2. Strata chromozómu 6 bola pozorovaná v štyroch vrátnika žľazy, adenómy (40%), z ktorých tri vykazovali úplnú stratu 6Q a jeden adenóm vykazovali 51,2 Mb deléciu 6p21.1-q16.3. Iné chromozomálne straty boli pozorované na chromozómoch 1p, 2q, 4, 9P, 10, 12 q 13q, 14q, 16, 18q, 20Q, a 21. Prehľad počtu kópií DNA aberácií pyloru žľazy adenómov je uvedený v tabuľke 2.Table 2 Prehľad počtu kópií DNA mení v 10 pyloric žľazy, adenómy

chromozómy

sprievodné klony


nádor číslo
zisky
straty
veľkosť segmentu (Mb )
Začiatok
End
12
1q21.3-q23.3
9,95
RP11-98D18
RP11-5K23
1q42.13-Q43
14,07
RP11-375H24
RP11-80B9
3Q
111.59
RP11-312H1
RP11-23M2
5q35.1-Q35 0,3
9,11
RP11-20O22
RP11-451H23
6 q
115,76
RP11-524H19
RP5-1086L22
7
156,09
RP11 -510K8
RP11-518I12
17
77,48
RP11-4F24
RP11-313F15
20
63,47
CTB-106I1
CTB-81F12
13 - -
14
4
191,13
CTC-963K6
RP11-45F23
5q
128,59
CTD-2276O24
RP11-281O15
14q
83,81
RP11-98N22
RP11-73M18
16
89,71
RP11-344L6
RP4-597G12
20q13.2 -q13.33
10,84
RP4-724E16
CTB-81F12
15
9q33.2-q34.3
16.81
RP11-57K1
RP11-83N9
11q23.2-q24.3
16,04
RP11-635F12
RP11-567M21
12q14.3-Q15
2,58
RP11-30I11
RP11-444B24
20q13.31-q13.33
6,86
RP5-1153D9
RP5-963E22
22q
32,53
XX-p8708
CTA-722E9
16
9q33.3-qter
13,57
RP11-85C21
GS1-135I17
10p12.1-qter
110,28
RP11-379L21
RP11-45A17
11q23.1-q24.3
17,72
RP11-107P10
RP11-567M21
13q31.1-q32.1
10,84
RP11-661D17
RP11-40H10
20q13.2-q13.31
1,96
RP11-55E1
RP4-586J11
17
1p34.3-Pter
35,59
RP1-37J18
RP11-204L3
1p33-qter
203.62
RP4-739H11
RP11-551G24
2q31.1-qter
66,00
RP11-205B19
RP11-556H17
5q21.1-q31.2
40,27
CTD-2068C11
RP11-515C16
5q31.3-qter
39,06
CTD-2323H12
RP11-451H23
6 q
113.61
RP11-89D6
CTB-57H24
10
134,52
RP11-10D13
RP11-122K13
13q31.1-qter
36,14
RP11-388E20
RP11-245B11
20q13.2-qter
11,24
RP11-15M15
RP5-1022E24
18
5q11.2-Q21 0,2
51,24
CTC-1329H14
RP1-66P19
6p12.1-q16.3
51,24
RP11-7H16
RP11-438N24
9pter-Q13
66,82
GS1-41L13
RP11-265B8
10
133,04
RP11-10D13
RP11-45A17
13q21.1-q21.33
18.39
RP11-240M20
RP11-335N6
13q31.1-q31.3
12.45
RP11-551D9
RP11-100A3
21cen-q21.3
17.39
RP11-193B6
RP11-41N19
19
1p32.3-p21.1
50.40
RP11-117D22
RP5-1108M17
5q11.2-Q13 0,3
24,64
RP4-592P18
CTD-2200O3
13q12.11-q14.3
31.58
RP11-187L3
RP11-327P2
15q12-Q26 0,3
77,21
RP11-131I21
CTB-154P1
18q21.1-Q23
31,31
RP11-46D1
RP11-154H12
22q13.2-qter
10,02
CTA-229A8
CTA-799F10
20
9P-q13
66,57
GS1-41L13
RP11-274B18
12q13.2-Q21 0,1 (zosilnenie)
19,50
RP11-548L8
RP11-255I14
12q21.2-qter
55,56
RP11-25J3
RP11-1K22
18q21. 31-Q23
23,28
RP11-383D22
CTC-964M9
20q13.13-q13.33 (zosilnenie)
14,62
RP5-1041C10
RP5-1022E24
21
5p
43,15
CTD-2265D9
RP11-28I9
5q
130,26
RP11-269M20
RP11-451H23
6p
62,57
CTB-62I11
RP11-506N21
6 q
106,73
RP11-767J14
RP5-1086L22
Medzi najčastejšie aberácie zdieľaných žľazy, adenómy ako črevnú typu a pyloru boli zisk chromozómu 9q (29%), 11 q (29%), a 20Q (33%) a stratu chromozómu 5 (43%), 6 (48%), 10 (33%) a 13q (48%). Porovnaním črevné-typu a pylorické žľazy adenómy, CGH Multiarray odhalila osem klonov byť výrazne odlišné, z ktorých šesť sa nachádza na chromozóme 6q14-Q21 (p = 0,02 až 0,05) a dva klony na chromozóme 9p22-P23 (p = 0,02 a 0,04, v danom poradí) (obrázok 1). Žiadne gény umiestnené v regiónoch, na ktoré sa tieto klony boli známe, že sa podieľa na rakovinu súvisiace s biologickými procesmi. Napriek tomu, CGH Multiarray Región, po korekcii na frekvencie, s získa falošné objav rýchlosť (FDR) 1 pre všetky tieto regióny, čo naznačuje, žiadne významné rozdiely medzi týmito dvoma rôznymi typmi adenómy na úrovni chromozomálne. Neriadená hierarchická zhluková analýza prinieslo 2 klastrov. Boli tu zistené žiadne významné združenia (p = 0,8). Obrázok 1 Porovnanie počtu kópií génov zmeny v črevných a žalúdočných pyloric adenómov typu žľaza. P-hodnota (Y-os) bola vypočítaná pre každú klon, na základe Wilcoxonova testu s väzbami, a vynesú v chromozomálne poradí od chromozómu 1 do 22 (os x). Osem klonov dosiahol úroveň významnosti (p menšie ako 0,05)., Ale nedokázal udržať výrazne nízky počet falošných objav po vykonaní korekcie na mnohopočetné porovnanie
Diskusia
Vzhľadom k heterogénnej fenotyp rakoviny žalúdka, táto štúdia primárne zameraný porovnať počtu kópií zmeny medzi črevné typu adenómov a pyloric žľazy adenómov, s cieľom nájsť vedie ku genetickému dráhach pri vzniku rakoviny žalúdka. Adenóm-to-karcinómu progresie je pozorovaná u 30-40% z pyloru žľazy adenómov a približne 5 až 30% z adenómov črevnej typu (rozmedzie od asi 5% do rúrkových adenómov na takmer 30% pre tubulovillous a klkov adenómy) [9-11], ktorý označuje priame malígny potenciál týchto dvoch typov adenómy a robiť žalúdočné adenómy vhodný model pre detekciu skoré udalosti v žalúdku rakoviny.
žliaz adenóm pyloric predstavujú nedávno uznaná organizácia [8, 26]. Podľa našich najlepších vedomostí, tento typ adenómov nebola nikdy analyzovaná array CGH skôr. Priemerný počet udalostí v tomto type adenómu bolo 5,4 (0-9), pričom 2,4 (0-7) zisky a 3 (0-7) strát. To je porovnateľné s priemerným počtom odchýlok na črevnej typu adenómov (6,5 (0-18), 3,4 (0-14) a 3.1 (0-7), v danom poradí). V pyloric žľazy, adenómy, časté udalosti boli zisk na chromozóme 20 a strát z chromozómov 5q a 6, zatiaľ čo črevná typu adenómov ukázal predovšetkým zisk z chromozómov 8, 9q a 11 q a straty z chromozómov 5q, 6, 10 a 13. V súčasná štúdie, zisk z chromozómu 7 bolo menej časté ako našiel predtým [16]. Aj keď sú tieto často mení regióny sa líšia medzi týmito dvoma typmi adenómov, hierarchickej zhlukovej analýzy nemal oddeliť skupiny. Okrem toho CGH Multiarray Región neodhalilo žiadne významné rozdiely po korekcii na mnohopočetné porovnanie. Tento nedostatok štatisticky významných rozdielov môže byť vzhľadom k obmedzenej veľkosti vzorky v kombinácii s tým, že vo všeobecnosti, adenómy ukazujú malé chromozomálne aberácie. Na druhej strane, môže byť len, že tieto morfologicky rôzne subjekty sa nelíšia, pokiaľ ide o chromozomálne ziskov a strát. Nájdenie žiadne významné rozdiely na úrovni chromozomálne nevylučuje iné genetické a biologické rozdiely, ako sú mutácie alebo promotér metylácie stave konkrétnych génov.
Aberácia už zistené v adenómov môže byť skoré udalosti v procese postupného hromadenia zmien, ktoré môžu spôsobiť progresiu adenómu na karcinóm. Ako sa dalo očakávať, priemerný počet chromozómových udalostí bola nižšia u adenómov v porovnaní s karcinómy [13, 14, 27]. Okrem toho, vysoké úrovne amplifikácie sú nezvyčajné v adenómov, zatiaľ čo karcinómy často ukazujú amplifikácie na vysokej úrovni [13, 16].
Nájdené v oboch črevnej typu a pyloric žliaz adenómy, ako sú straty na chromozóme 5q aberácie, sú tiež často zistené v žalúdočných karcinómov [15, 19, 28]. Predchádzajúce výsledky CGH vykazoval významne vyšší počet chromozómu 5q strát v karcinómu čreva typu v porovnaní s difúznou typu karcinómu [29]. Chromozómu 6, tiež stratil v oboch typov adenómov, často sa vypúšťa v žalúdočných karcinómov, ako je stanovené podľa Loh štúdií [30, 31]. Navyše delécie chromozómu 6 q bolo hlásených byť zapojený do skorej fáze žalúdočnej karcinogenézy, pretože chromozóm 6 q delécie sú často detekované v skorej rakoviny žalúdka aj v črevnej metaplázia [31, 32]. Straty chromozómov 10 a 13 boli predtým pozorovali u adenómov pri nižších frekvenciách. V žalúdočných karcinómov, ako zisky a straty z chromozómu 10 a 13 boli pozorované predchádzajúcimi štúdiami CGH [15, 19, 21, 33]. Chromozóm 10 prístavy onkogén FGFR2
(10q26) a tumor supresorové gény Ptení /MMAC1
(10q23) a DMBT1
(10q25-Q26), a to ako zapojený do karcinogenézy, čo by mohlo vysvetliť pozorovanie oboch ziskov a straty chromozómov 10 v žalúdku karcinómy [34-36]. Naozaj 13. chromozómu prístavy nádorové supresorové gény, ako BRCA2
(13q12.3) a retinoblastóm génu (RB1
) (13q14). Na rozdiel od toho zisk chromozómu 13q bola v korelácii s kolorektálny adenóm-to-karcinómu progresie, a amplifikácia chromozómu 13 bol pozorovaný v žalúdočných adenómov so závažnými intraepiteliálna neoplázia [14, 37]. Presnú funkciu chromozómu 13 aberácie u rakoviny žalúdka teda zostáva vyriešiť.
Najčastejšie počtu kópií zisky boli pozorované na chromozómoch 8, 9q, 11 q a 20. Zvlášť zisky chromozómov 8 a 20 sú v súlade s predchádzajúcim (Array) štúdie CGH v oboch žalúdočnej adenómov a karcinómov žalúdka [13 - 16, 19, 25], obviňujú túto ako skoré udalosti v tumorogenézy. Hoci zisk chromozómu 11 q nebola opísaná ako častý prípad v adenómov, v karcinómov zisk alebo zosilnenie na chromozóme 11 q je bežné [13 až 16]. V tejto štúdii zisk chromozómu 11 q bolo často pozorované u adenómov, čo znamená, malígny potenciál týchto adenómov.
Záver
Tieto dáta ukazujú, že zisky z chromozómov 8, 9q, 11 q a 20 a straty z chromozómov 5q, 6, 10 a 13 sú skoré udalosti v žalúdku rakoviny. Napriek rozdielom fenotypových, črevné typu a pyloric adenóm žľazy významne nelíši na úrovni počtu kópií zmien.
Metódy
Materiálová
Dvadsaťjeden žalúdočné adenómov parafínových, 11 intestinálneho typu a 10 pyloric žliaz adenómy, boli zahrnuté do tejto štúdie (obrázok 2A a 2B). Nádorové a pacient údaje sú uvedené v tabuľke 3. V každom prípade, nádor oblasť sa skladá aspoň 70% nádorových buniek, bola vymedzená na 4 um hematoxylínom a eosínu zafarbené časti tkaniva. Priľahlé 10-15 sériové rezy zo 10 um boli zafarbené hematoxylínom a zodpovedajúce tumor oblasť bola microdissected pomocou chirurgického noža. Časť konečnej 4um "sendvič" bol vyrobený a zafarbené hemotoxylin a eosínu, sa porovná sa prvá snímka ako kontrola. Po Deparafinizace, DNA bola extrahovaná metódou stĺpcové báze (QIAamp DNA Mini Kit, Qiagen, Westburg, Leusden, NL) [38] .Table 3 nádoru a informácií o pacientovi
nádor číslo
typ adenóm
stupeň dysplázie
Pohlavie

Vek
spoločností nádor číslo
typ adenóm
stupeň dysplázie
Pohlavie
Vek
1
Črevné
Stredná
Male
75
12
pyloric žľazy
Stredná
Muž
78
2.
črevných
Stredná
Muž 45
13
pyloric priechodky
Mild
Male
50 Sims 3
Črevné
Stredná
muž
80
14
pylorických žľaza
Ťažká
Žena
76
4.
črevných
Stredná
Male
79
15
pyloric žľazy
Stredná
Žena
85
5
Črevné
Stredná
Male
76
16
pyloric žľazy
Stredná
Muž
63
6
Črevné
Stredná
Muž
75
17
pylorických žľaza
Mild
Žena
86
7
Črevné
Mild
Muž
57
18
pylorických žľaza
Stredná
Žena
59
8
črevných
Stredná
Muž
64
19
pylorických žľaza
Stredná
Muž
69
9
črevných
Mild
Male
63
20
pyloru žľazy
Stredná
Žena
78
10
črevných
Mild
Male
75
21
pylorických žľazy
Stredná
Male
?
11
črevnej
Stredná
Žena 45
Obrázok 2 Haematoxilin a eosínu (pôvodné zväčšenie x 400) črevného typu (a) a pyloru žľazy ( B) žalúdočné adenómy. A. Črevné typu adenóm žalúdka zložený z nepravidelne usporiadaných žliaz zložených z črevnej typu epitelu s eozinofilné cytoplazmou a zväčšenými jadrami. B. pylorických žľaza adenóm žalúdka zložené z husto chrbtom k sebe balenej žľazy skladajúci sa z buniek s bledou cytoplazmy a malými guľatými hyperchromatická jadier.
Genómovej DNA získané z periférnej krvi z desiatich normálnych jedincov sa spoja (buď desať samice alebo desať mužov , v závislosti od pohlavia pacienta, z ktorého bola získaná adenóm), a použité ako kontrolné referenčné DNA.
Array CGH
Array CGH bol vykonaný v podstate, ako bolo opísané skôr [39]. V stručnosti, 300 ng nádorové a referenčné DNA, sex Nezhoda ako experimentálne kontrola, boli označené náhodných primérov (Bioprime DNA Labelling System, Invitrogen, Breda, NL), každú v objeme 50 ul. Non včlenené nukleotidy boli odstránené za použitia ProbeQuant G-50 Mikrokolony (Amersham Biosciences). Cy3 označené testovacie genómovej DNA a Cy5 značené referenčné DNA boli spojené a spoločne vyzráža sa 100 ug ľudského Cot-1 DNA (Invitrogen, Breda, NL) pridaním 0,1 objemu 3 M octanu sodného (pH 5,2) a 2,5 objemami ľadovej za studena 100% etanol. Zrazenina sa oddelí odstredením pri 14000 otáčkach za minútu počas 30 minút pri teplote 4 ° C a rozpustí sa v 130 ul hybridizačnej zmes, ktorá obsahuje 50% formamid, 2 x SCC a 4% SDS. Hybridizačného roztoku sa zahrieva počas 10 minút pri teplote 73 ° C, aby došlo k denaturácii DNA, nasledované 60-120 minútach inkubácie pri 37 ° C na to, aby Cot 1 DNA pre blokovanie repetitívnych sekvencií. Zmes bola hybridizována na poli, ktorý obsahuje približne 5000 klonov Videli v troch vyhotoveniach a šíri pozdĺž celého genómu s priemerným rozlíšením 1,0 Mb. Tieto klony sa skladá z klonu Sanger BAC set s priemerným rozlíšením pozdĺž celého genómu 1.0 MB [40] OncoBac nastavte [41], a vybrané klony záujmu, získaných z detskej nemocnice Oakland Research Institute (Chori). Vybrané klony obsahujú zbierku BAC klonov na chromozóme 6 zaplnenie medzier väčších ako 1 MB, a full-pokrytie contigs o konkrétnych oblastí na chromozómoch 8, 13 a 20. Hybridizácia bola vykonávaná v v hybridizačním stanici (Hybstation12 - Perkin Elmer Life Sciences, Zaventem, Belgicko) a inkubované po dobu 38 hodín pri teplote 37 ° C. Po hybridizácii boli rezy premyté v roztoku obsahujúcom 50% formamid, 2 x SCC, pH 7 po dobu 3 minút pri teplote 45 ° C, nasleduje premývanie 1 minútu pri izbovej teplote s PN pufer (PN: 0,1 M sodiumphosphate, 0,1% Nonidet P40, pH 8), 0,2 x SSC, 0,1 x SCC a 0,01 × SCC. akvizícia Satelitné snímky a analýza dát
snímok z polí sa získala skenovaním (Agilent DNA čipu snímača technológie Agilent, Palo Alto, USA ) a kvantifikácia signálu a pozadia intenzít pre každú škvrnu pre dva kanály Cy3 a Cy5 bolo vykonané Imagen 5,6 softvér (BioDiscovery Ltd, Marina del Rey, CA, USA). Miestny pozadí bol odpočítaný zo signálu mediánu intenzity a nádory sa k referenčnému pomery boli vypočítané. Pomery boli normalizované proti režimu pomerov všetkých autosomes. Klony so zlou kvalitou jedného z triplikátech a hybridizácie so štandardnou odchýlkou ​​(SD) £ 0,22 a klony s > 50% chýbajúce hodnoty vo všetkých adenómov boli vylúčené, takže 4648 klony pre ďalšiu analýzu. Všetky následné analýzy boli vykonané s ohľadom na pozíciu klon z UCSC May2004 zmrazenie ľudskej Zlaté chodníky.
Array CGH hladký [42, 43], bol použitý pre automatizovanú detekciu zlomov určiť počet kópií ziskov a strát. Vzhľadom k tomu, miera kvality je pozorovaná v DNA získané z formalínom fixovaných parafínových žalúdočné tkaniva, boli použité rôzne parametre vyhladenie, v závislosti na kvalite hybridizácia. Pre pole CGH profilov so štandardnou odchýlkou ​​menšou alebo rovnajúcou sa 0,15, medzi 0,15 a 0,20, alebo medzi 0,20 a 0,22, aplikovaný vyhladzovanie parametre pre stanovenie zisky a straty boli 0,10, 0,15 a 0,20 v tomto poradí. Log 2 nádor referenčný pomer vyšší ako 1 považovalo za zosilnenie.
Štatistická analýza
bez dozoru hierarchickej zhlukovej analýzy bola vykonaná analýza distribúciou genomických profilov všetkých adenómov s využitím TMEV softvér 3.0.3 [44] , Na normalizované vyhladené log 2 nádor na normálne pomery intenzity fluorescencie na báze hierarchický strom bol postavený pomocou parametrov úplná tiahel a Euclidean vzťah vzdialenosti. Pearson Chi-kvadrát test bol použitý pre analýzu korelácie medzi klastra členstvo a typom adenómu (SPSS 11.5.0 pre Windows, SPSS Inc., Chicago, IL, USA).

• Zníženie expresie spojivového tkaniva rastového faktora inhibuje rast a inváziu buniek karcinómu žalúdka a zmierňuje peritoneálnej šírenie
• Súvislosť medzi Helicobacter pylori genotypov a závažnosťou chronickej gastritídy, vredovej choroby a žalúdočnej sliznice interleukín-8 úrovniach: Dôkaz zo štúdie v Asociácii Strednom E…