Sažetak pregled
Pozadina i Ciljevi pregled
Kako prepoznati i vrednovati N-glikanske biomarkera u raka želuca (GC ) i rasvjetljavanja njihove temeljne molekularni mehanizam djelovanja. pregled
Metode
u ukupno, 347 osoba, uključujući i bolesnike s GC (rak želuca) ili atrofični gastritis i zdravih kontrola, nasumično su podijeljeni na trening skupina (n = 287) i retrospektiva valjanosti skupina (n = 60). Serum N-glikana profiliranje postignuta je s DNA sekvencer potpomognuto /fluorofor potpomognuto ugljikohidrata elektroforezu (DSA-lice). Dva dijagnostička modela su konstruirane na temelju N-glikana profila pomoću logističke regresije stupnjevitog. Dijagnostički izvedba svakog modela procijenjena je na retrospektivnoj, prospektivne (n = 60), i follow-up (n = 40) skupinama. Lektin bugačenje za određivanje ukupnog jezgre-fukozilacije i ekspresiju gena uključenih u core fukozilacije u GC je analiziran pomoću reverzne transkriptaze lančanom reakcijom polimeraze-. Pregled
Rezultati
prepoznaje barem 9 N-glikanske strukture (pikovi) i razine osnovne fukozni ostataka i fukozil-transferaza su značajno smanjeni u GC. Dva dijagnostički modeli, označen GCglycoA i GCglycoB, izgrađene su za razliku GC iz kontrole i atrofični gastritis. Područja pod prijemnik karakteristične (RH) krivulje (AUC) za oba GCglycoA i GCglycoB bili viši od onih za CEA, CA19-9, ca125 i CA72-4. U usporedbi s CEA, CA19-9, ca125 i CA72-4, osjetljivost GCglycoA povećana 29.66%, 37.28%, 56.78% i 61.86%, respektivno, a točnost porasla 10,62%, 16,82%, 25,67% i 28,76%, odnosno , Za GCglycoB, osjetljivost povećana 27.97%, 35.59%, 55.09% i 60.17%, a točnost povećana 21.26%, 24.64%, 31.40% i 34.30% u usporedbi s CEA, CA19-9, ca125 i CA72-4, respektivno. Nakon ljekovito operacije, jezgra fukozilirani vrh (3), a ukupna jezgra fukozilirani N-glikana (sumfuc) su obrnuto. Pregled
Zaključci
Rezultati su pokazali da su dijagnostički modeli temelje se na N- glikanske markeri su vrijedni i neinvazivna alternativa za identifikaciju GC. Zaključili smo da je smanjen temeljni-fukozilacije u oba tkiva i seruma iz GC pacijenata može biti rezultat smanjene ekspresije fukozil-transferaza pregled
Izvor:. Liu L, Yan B, Huang J, Gu Q, Wang L, Fang M, et al. (2013) Identifikacija i karakterizacija novih N-glikana na bazi biomarkera u rak želuca. PLoS ONE 8 (10): e77821. doi: 10,1371 /journal.pone.0077821 pregled
Urednik: Rakesh K. Srivastava, Sveučilište u Kansas Medical Center, Sjedinjene Američke Države Netlogu
Primljeno: Svibanj 14, 2013, Prihvaćeno: 4. rujna 2013; Objavljeno: 17. listopad 2013 pregled
Copyright: © 2013 Liu i sur. Ovo je otvorenog pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan
financiranja. Ovo djelo je podržan od strane Nacionalne zaklade prirodoslovni Kine (darovnica 81102693 i 81102565). U financijeri nisu imali ulogu u studiju dizajna, prikupljanja i analize podataka, Odluka o objavi, ili pripremu rukopisa pregled
U konkurenciji interese.. Autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled
Uvod pregled
rak želuca (GC) je četvrti najčešći karcinom i treći vodeći uzrok raka povezanih smrti, s incidencijom od 930.000; godišnje, ona je odgovorna za više od 700.000 smrtnih slučajeva u svijetu, a stopa preživljavanja od pet godina je 20-30% [1]. U bolesnika s GC, opstanak diktira patološkog stadiju bolesti u vrijeme postavljanja dijagnoze. Nažalost, uobičajene simptome GC nisu karakteristični za bolest, a ranoj fazi GC ne može uzrokovati vidljive simptome. Unatoč povećanju znanja o molekularnim mehanizmima koji reguliraju malignu transformaciju i metastaza, ukupna stopa preživljavanja bolesnika s GC nije značajno poboljšala. Nekoliko molekula su preporučene kao GC biomarkera, uključujući karcinoembrijski antigen (CEA) za postoperativni nadzor, ugljikohidratni antigen 19-9 (CA19-9), ugljikohidratni antigen 125 (ca125) i ugljikohidratni antigen 72-4 (CA72-4) [2- 6]. Međutim, niti jedan od tih tumorskih biljega pokazao dovoljnu osjetljivost ili specifičnost za dijagnosticiranje GC u ranoj fazi. Alternativno, gastroskopija povećava stopu konačne dijagnoze, ali je dijagnostička vrijednost gastroskopija je ograničena troškovima, rizicima i neugodnosti. Prema tome, postoji hitna potreba za razvojem neinvazivnim biomarkera koji omogućavaju rano otkrivanje GC. Pregled
Sve više dokaza upućuje na promjenu N-vezanih glikana može se smatrati potencijalnim biomarkera za dijagnosticiranje raka. Prethodne studije opažena značajna promjena N-vezanih glikana u različitim tumora i staničnih linija raka koji uključuje rak gušterače, rak dojke, rak prostate, rak jajnika, rak jetre [7-11]. Dodatna analiza GC također otkrila da je slobodna kompleks tipa N-glikana akumulira u MKN7 i MKN45 stanične linije [12]. Međutim, fluktuacija i varijacije N-vezanih glikana u GC pacijenata još uvijek nepoznanica. Pregled
U našim ranijim studijama DNA sequencer potpomognuto /fluorofora uz pomoć kapilarne elektroforeze (DSA-lice), pokazali smo da je grananje a-1,3-fukozilirani triantennary glikana i još biantennary glikana su visoko specifična i osjetljiva kandidati HCC biomarkeri [13]. U trenutnoj studiji, koristi se DSA-lice retrospektivno profil serumskih N-glikana u uzorcima iz pacijenata s GC ili atrofični gastritis i od zdravih osoba. karakterizira smo identificiranih GC N-glikanske markere sa prijemnik karakteristične (RH) krivulje i provjeri oznake u potencijalnim i follow-up skupinama. Naš cilj bio je identificirati obećavajuće biomarkera za predviđanje i otkrivanje GC s poboljšanom specifičnosti i osjetljivosti pregled
Materijali i metode pregled
1.1. Retrospektivnoj pregled
Protokol istraživanja odobrio je Etičko povjerenstvo kineski ljudskih potencijala na Vojnomedicinsku Sveučilišta Drugog. Pismeni informirani pristanak koji je dobiven od pacijenata i zdravih kontrola. Pregled
U ukupno, 247 bolesnika s GC (n = 138) ili atrofični gastritis (n = 109) su regrutirani između 2010. i 2012. godine dijagnoze za sve su upisani pacijenti su patohistološki potvrđeno 2 patologa na Changhai bolnice Drugog Vojnomedicinsku Sveučilišta (Shanghai, Kina). U kontrolnoj skupini, 128 dobnih i spolnih podudarnih zdravih dobrovoljaca (od bolesti) su upisani u istom vremenskom razdoblju. Srednja dob i spolna raspodjela se podudaraju u 3 skupine. Sažetak podataka pacijenta je u tablici 1. bolesnici GC koji su primili postoperativnog radioterapija, kemoterapija, ili kemoradioterapiji bili su isključeni iz studije.
Mean ± SD ili broj (%)
Karakterističan
Control (n = 128) pregled atrofičnog gastritisa (n = 109) pregled, GC (n = 138) pregled Age, y50.10 ± 5.9552.11 ± 6.2951.01 ± 6.01Men75 (58.59) 60 ( 55.05) 70 (50,72) HUP-pozitivne 5 (3.91) 23 (21,10) 62 (44,93) CA19-9-pozitivne 11 (8,59) 20 (18,35) 53 (38,41) ca125-pozitivne 7 (5,47) 10 (9.17) 28 (20.29) CA72-4-pozitivni 8 (6.25) 12 (11,01) 22 (15,94) TNM stageI22 (15.94) II28 (20.29) III63 (45.65) IV25 (18.12) Tabela 1. Karakteristike trening grupe. pregled Kratice : GC, karcinom želuca; SD, standardna devijacija. CSV Preuzmite CSV
Ukupno 60 bolesnika (20 u svakoj skupini) su nasumce odabrani iz 3 grupe iznad za retrospektivnu provjere opisane; preostali bolesnika (n = 315) bili su uključeni u obuku postavljen za izgradnju dijagnostički model. Tijekom 2 godine studija, 40 od 138 bolesnika s GC u trening grupi su praćene prije i poslije ljekovito operacije, na temelju raspoloživosti. Trening skupini 118 bolesnika s GC, 89 bolesnika s atrofični gastritis i 108 zdravih osoba. Pregled
laboratorijski i klinički podaci za sve sudionike dobiveni su iz kliničkih medicinskih zapisa, patologija izvješća i osobnih intervjua. Prikupljeni podaci uključuju spol, dob, i želudac značajke raka (kao što su lokacija tumora, histološki stupanj, dubini invazije i limfnih čvorova metastaze). Uzorci seruma su dobiveni prije kirurških resekcija; Ovi uzorci su sakupljeni iz pune krvi pomoću standardnog protokola, centrifugira pri 10,000xg tijekom 20 minuta, i pohranjeni na -80 ° C. Napredovanje bolesti u bolesnika GC je klasificirati prema sedmom izdanju Zajedničkog odbora Američkog [14]: 20 bolesnika (16,95%) je imao Faza I bolest, 25 (21,17%) je faza II bolest, 54 (45,76%) je imao fazu III bolest, a 19 (16,10%) je imao faza IV bolest pregled
1.2. Grupna pregled
Da bi se procijenila koliki je utjecaj modela utvrđenih u retrospektivnoj studiji opisan gore, prospektivno istraživali dodatni kohorta (n = 60) bolesnika s GC (n = 20) ili atrofični gastritis (n = 20) i zdravih osoba (n = 20) od svibnja 2012. do studenog 2012. godine u istoj bolnici. Postupci i strategije su isti kao oni gore opisano pregled
1,3. Uzorci tkiva
Uzorci tkiva su dobiveni od 20. GC bolesnika 138; 2 kriške, tumor i uzorak susjedna tkiva, uzeta su. Uzorci tkiva (otprilike 1 cm 3) su odmah zamrznuti na -80 ° C, te je podvrgnut reverznoj lančanu reakciju RT-polimeraze (RT-PCR) i lektin upijanja. Sva tkiva se koriste u skladu s Pravilnikom o Institutional Review Board of Military Medical University Drugog pregled 1.4. Rutinska otkrivanje tumorskih biljega Rutinska tumorski marker testovi su provedena pomoću standardne metode i reagense , CEA i CA19-9 su određeni na Abbott I2000 i CA72-4 i ca125 serumu je mjerena korištenjem testa Roche COBAS E601. Razine cut-off preporučene od strane proizvođača za CEA, CA19-9, ca125 i CA72-4 su 5,0 ug /L, 39 U /L, 40 U /ml i 9,8 U /ml, respektivno. Ispitivanja su provedena u Zavodu za laboratorijsku medicinu, Changhai bolnica, Vojnomedicinsku Sveučilišta Drugog, Šangaj pregled 1.5. Proteina seruma N-glikana profiliranje pregled provedena su serum proteina N-Glikanske analize kao što je opisano [13]. Ukratko, što N-glikani u 2 ul seruma oslobođen od proteina s peptid-N-glikozidazom F (PNGazom F) (New England Biolabs, Boston, MA) je označena s 8-aminonaphtalene-1,3,6-trisulphonic kiselina (Invitrogen, Carlsbad, CA). Sialičnc kiseline je uklonjen pomoću Arthrobacter ureafaciens 1,6 : ekstrakcija tkiva proteina i lektin upijanjem pregled tkiva se homogeniziraju pomoću tarionika i tučka i ponovno suspendirane u puferu za lizu koji sadrži koktel inhibitora proteaze (Roche Diagnostics, Meylan, Francuska). Nelizirane frakcija se ukloni centrifugiranjem (dva puta na 12000xg tijekom 10 minuta na 4 ° C). Koncentracija topljivog proteina je određena korištenjem BioRad testa (BioRad, Marnes-la-koketa, France), te su uzorci pohranjeni na -80 ° C. Pregled Ukupno je 25 ug proteina seruma ili 50 J..lg proteina ekstrahirana iz smrznutog tkiva je odvojen 10% natrij-dodecil-sulfat-poliakrilamidnom gel elektroforezom. Gelovi su obojeni CBB G250, ili proteina u gelu se prenesu na nitroceluloznu membranu (Whatman /Schleicher &Schuell, Versailles, Francuska) za otkrivanje osnovne-fukozilirani proteina. Membrane su blokirane preko noći na 4 ° C sa 5% albumina goveđeg seruma u Tris-puferiranoj fiziološkoj otopini (TBS: 140 mM NaCl i 10 mM Tris-HCl) i inkubirane 1 sat na sobnoj temperaturi sa 5 ug /ml biotiniliranog leća culinaris aglutinin A (LCA) (Vector Laboratories, Burlingame, CA), u TBS koji sadrži 0,05% Tween-20 (TBST). Nakon 4 ispiranja od 10 minuta, svaki s TBST, membrane se inkubiraju sa IRDye 800CW streptavidina (1: 10.000, LI-COR Biosciences, Lincoln, NE) tijekom 1 sat pri sobnoj temperaturi, ispere se 4 puta s TBST i razvijena pomoću Odyssey Infracrveni Imaging System (LI-COR Biosciences). Pročišćeni albumina (Sigma, St. Louis, MO) je korišten kao negativna kontrola za lektina blot pregled 1.7. Ukupna ekstrakcija RNA iz tkiva i kvantitativne real-time PCR RNA se ekstrahira iz smrznutih tkiva pomoću minikompleta Qiagen RNeasy prema uputama proizvođača (QIAGEN GmbH, Hilden, Njemačka). Čistoća i koncentracija RNA određene su pomoću spektrofotometra (Eppendorf, Hamburg, Njemačka). cDNA sintetiziran je iz 2 ug ukupne RNA uporabom reverzne transkripcije reagens (Toyobo, Osaka, Japan). Primeri su oblikovani korištenjem Primer Express (Applied Biosystems) i sljedovi su prikazani u tablici 2. cDNA pojačane su u Biosystcms 7300 real-time PCR stroj u ukupnom volumenu reakcije od 20 ul, koji je sadržavao 10 ul 2X Brzo SYBR Green Master Mix (Applied Biosystems uključuje Fast-start Taq DNA polimeraza reakcijskog pufera) je deoxynucleotide trifosfat mix (uključujući deoksiuridin trifosfat, SYBR Green i boja, i MgCl2) i 2 ul klica za svaki gen (na konačnu koncentraciju od 0.5 μΜ svakog) , Svaka reakcija je izvedena u triplikatu. PCR biciklističke uvjeti su sljedeći: denaturiranje na 95 ° C tijekom 5 minuta, a zatim 40 ciklusa od 95 ° C tijekom 15 sekundi, 59 ° C ili 55 ° C kroz 15 sekundi i 72 ° C tijekom 45 sekundi pregled. relativni izraz a-1,6-fukozil-transferaza (FUT8) i gvanozin difosfat (GDP) -fucose transporter (GDP-FUC-Tr) u svakom uzorku normalizirana je na ekspresiju gena GAPDH domaćinstva oduzimanjem prag ciklusa (Ct) vrijednost GAPDH se od FUT8 ili BDP-Tr (ΔCt). Fold Razlika je izračunata oduzimanjem ΔCt probnog uzorka od onog kontrolnog uzorka za dobivanje ΔΔCt a naknadno 2 ^ -ΔΔCt. Vrijednosti prag ciklusa iznad 40 ciklusa smatra se ispod može detektirati razinu. Dobije se tope krivulje za svaku reakciju da bi se zajamčilo jedan proizvod je pojačan pregled 1,8. Statistička analiza sve kvantitativne varijable su izraženi kao srednja vrijednost ± standardna devijacija, ukoliko nije drugačije naznačeno. Kvantitativni varijable su uspoređene upotrebom Studentovog t-testa, analize varijance ili neparametrijskim testovima. Pearsonov koeficijent korelacije koeficijenti i pripadajuće vjerojatnosti (P) su korišteni za procjenu korelacije između parametara; koeficijenti korelacije Spearmanov izračunate su za redni kategoričke varijable. Novi Glikanske biomarkeri su identificirani i karakterizirani temelju naprijed stepenasto logističke regresijske analize. Dijagnostički izvedba pojedinih biomarkera i dijagnostičkih modela procijenjena je pomoću analize ROC krivulje. Osjetljivost, specifičnost, pozitivna prediktivna vrijednost (PPV), negativna prediktivna vrijednost (NPV), a točnost izračunate su korištenjem optimalnih vrijednosti granična odabranih iz krivulje ROC. Sve prijavljene P vrijednosti 2-repom, a P vrijednosti 0,05 smatrane su statistički značajne. Statističke analize provedene su pomoću SPSS 18.0 for Windows (SPSS Inc.) pregled Rezultati pregled 2.1. Različiti N-glikana profili u bolesnika s GC ili atrofični gastritis i kod zdravih kontrola Upotreba DSA lice tehnologije, ispitali smo N-glikanu profila u bolesnika s GC (n = 118) ili atrofični gastritis (n = 89), te u zdravih pojedinaca, (n = 108). kvantificirane smo i statistički usporedio vrhova u 3 skupine. Najmanje 9 N-glikanu strukture (pikovi) identificirani su u svim uzorcima (Slika 1). pregled Callewaert sur Liu i sur prethodno objavljene strukturnu analizu tih N-glikana [15,16]. Prosječna relativna gustoća tih N-glikana struktura prikazana je u tablici 3. obilje strukturama u vrhovima 1, 2, 3, 5, 6, 7, i 9 bila značajno različita u GC, atrofični gastritis i zdrava kontrola skupine, koje ukazuju da različiti N-glikana obrasci postojali pod različitim patofiziološkim uvjetima. U odnosu na zdrave kontrolne skupine, vrhova 1, 2, 5 i 9 su povećane (P 0,05) i izbočina 3, 6, i 7 su smanjeni u GC skupini (P < 0.001). Obilje struktura u vrhovima 3, 5, 6, 7, i 9 bila značajno različita u GC skupine u odnosu na atrofični gastritis skupine (slika 2). 2.2: Izgradnja i evaluaciju dijagnostičkog modela temeljenog na N-glikana markera za razlikovanje bolesnika s rakom želuca od zdravih Mi smo ocijenili GC vezane N-glikanske promjene na temelju logističke regresije analiza. Logistički koeficijenti regresije su korišteni za procjenu omjere za svaki od nezavisnih varijabli. GCglycoA matematički formula je izgrađena razlikovati pacijente GC iz zdravih ispitanika (GCglycoA = -1,072 + 0,957 * peak4-0.331 * peak6 + 0,646 * peak9). Za procjenu sposobnosti GCglycoA, CEA, CA19-9, ca125 i CA72-4 da diskriminira pacijente GC, naznačen time da je površina ispod krivulje ROC (AUC). U usporedbi s HUP (AUC = 0,74), CA19-9 (AUC = 0,76), ca125 (AUC = 0,72) i CA72-4 (AUC = 0,67), GCglycoA učinkovitije istaknuti pacijenti GC iz normalnih kontrola (AUC = 0,88) u trening grupa (slika 3A). Tablica 4 prikazuje osjetljivost, specifičnost, PPV, NPV i točnost u predviđanju GC strane CEA, CA19-9, ca125, CA72-4 i GCglycoA. HUP u preporučenoj vrijednosti od 5,0 ng /mL imao osjetljivost 45.76%, 37 U /mL CA19-9 imao osjetljivost 38.14%, 40 U /mL ca125 imao osjetljivost 18,64%, a 9,8 U /ml CA72- 4 imala je osjetljivost 13,56%. Optimalna granična vrijednost -0.772 izabran je za GCglycoA temelju analize ROC krivulje. U ovom granične vrijednosti, GCglycoA imao osjetljivost 75.42%, što je povećanje osjetljivosti 29.66%, 37.28%, 56,78% i 61.86% u usporedbi s CEA, CA19-9, ca125 i CA72-4, respektivno. Dijagnostički točnost GCglycoA u razlikovanju GC pacijenata iz zdravih kontrola porastao je za 10,62%, 16,82%, 25,67% i 28,76% u usporedbi s CEA, CA19-9, ca125 i CA72-4, respektivno. Kada je model primijenjen na retrospektivnoj valjanosti skupine, osjetljivost povećana 45.00%, 45,00%, 55.00% i 55.00% i točnost porasla 15,00%, 17,50%, 20,00% i 20,00% u usporedbi s CEA, CA19-9, ca125 i CA72-4, odnosno (Tablica 5). pregled, granična vrijednost pregled stvarnog stanja, broj ispitanika U perspektivi evaluacija je pokazala da je osjetljivost poboljšana 65,00%, 65,00%, 85,00% i 80.00%, a točnost poboljšana 30.00%, 27,50%, 37,50% i 37,50% u usporedbi s HUP, CA19-9, ca125 i CA72-4, odnosno (Tablica 6). Vrijednost pregled granična pregled stvarnog stanja, broj ispitanika 2.3: Izgradnja i evaluaciju dijagnostičkog modela razlikovati rak želuca s atrofični gastritis Netlogu Korištenje logističku regresijski model, drugi dijagnostički Model (GCglycoB) osnovana je razlikovati GC i atrofični gastritis: GCglycoB = 5,273-1,371 * peak2 + 0,781 * peak4-0.453 * peak6 + 0,221 * peak9. Optimalna granična vrijednost za GCglycoB (0,594) izabran je na temelju analize ROC krivulje. U trening skupini, AUC za GCglycoB je 0,82, dok su AUC za CEA, CA19-9, ca125 i CA72-4 su 0,65, 0,63, 0,69 i 0,64, odnosno (slika 3B). Dijagnostički točnost GCglycoB u razlikovanju GC iz atrofični gastritis povećana 21.26%, 24.64%, 31.40% i 34.30%, a osjetljivost povećana 27.97%, 35.59%, 55.09% i 60.17% u usporedbi s HUP, CA19-9, ca125 i CA72- 4, odnosno (tablica 7). U skupini valjanosti, točnost GCglycoB 85,00% predstavlja povećanje od 40,00%, 45,00%, 65,00% i 55,00% i osjetljivi 85.00% pokazuje porast od 22.50%, 22.50%, 30,00% i 30,00% u odnosu na CEA, CA19-9, ca125 i CA72-4, odnosno (tablica 8). pregled, granična vrijednost pregled stvarnog stanja, broj ispitanika U potencijalnom skupini, GCglycoB je točniji (85.00% vs. 30,00%, 30,00%, 10,00% i 15,00%) i osjetljiv (90.00% vs. 62,50%, 62,50%, 55,00% i 55,00% ) nego CEA, CA19-9, ca125 i CA72-4, odnosno (tablica 9). Vrijednost pregled granična pregled stvarnog stanja, broj ispitanika 2,4: Smanjena razina ukupnih temeljnih-fukozilirani proteina u rak želuca Netlogu Ukupna razina jezgre a-1,6-fukoze ostataka (zbroj vrhova 1, 2, 3, 4 , 6, i 7) bio je značajno niži (p < 0.001; Tablica 2) u GC bolesnika nego u atrofičnog gastritisa pacijenata i normalnih kontrola. Za potvrdu ovaj zaključak, procijenili smo koncentracije jezgre fukozilirani proteina u serumu i tkivu bolesnika s GC uz LCA jer specifično prepoznaje glikoproteina s alfa-1,6-fukozilirano-N-acetil-D-glukozamin-asparagin (GlcNAc Asp) u trimannosyl jezgri. U serumu, bilo je manje LCA vežu temeljne fukoze ostaci u GC skupini nego u atrofični gastritis i normalnih skupinama (slika 4a). Ukupna brojnost jezgra fukoza je niži u GC tumora u odnosu na paru susjedna tkiva (Slika 4B). Da bi se utvrdilo da li je promjena u ukupnom jezgre fukozilacije u GC tumora vezanih za biosintezu izmijenjenom glikozilacije, analiziran je obilje sisavaca a-1,6-fukozil-transferaza (FUT8) i gvanozin difosfat transporter (BDP-Tr) u GC tumora i susjedna tkiva RT-PCR. Rezultati su pokazali da FUT8 mRNA bila je niža u tumorima u odnosu na susjedna tkiva (slika 4c). Međutim, nije bilo značajne razlike u gvanozin difosfat (BDP) -fucose transporter (BDP-FUC-Tr) ekspresija gena između tumora i susjedna tkiva (Slika 4D) pregled 2.5. Promjene u N-glikana markera prije a nakon ljekovitim operacije Netlogu obilje struktura u vrhovima 1, 4 i 9 bio je znatno drugačija nakon operacije u usporedbi s prije operacije (Tablica 10). Rezultati su pokazali da se povećanja jezgre fukozilirani vrh (3) i ukupnim temeljnim fukozilirani N-glikana (sumfuc) su obrnuto nakon operacije. Deset tjedana nakon operacije, GCglycoA vrijednost postala negativna u 11 od 40 bolesnika s GC, kao i vrijednost GCglycoB u 22 od 40 bolesnika s GC. 2.6: Korelacija između dijagnostičkih modela i kliničkih parametara pregled Trenutno tumorske biomarkera CEA, CA19-9, ca125 i CA72-4 su naširoko koristi za probir i praćenje GC. Dakle, utvrdili smo korelaciju između pojedinih N-glikana markera (uključujući dijagnostičke modele), tumor biomarkera i TNM stadij. Pregled Rezultati su pokazali da je samo TNM stadij je pozitivno povezana s GCglycoA (r = 0.355, P < 0.001) i GCglycoB (r = 0.345, P 0,001) (Tablica 11). Obilje strukture u vrhove 6. i 9 bila značajno različita između stadija TNM (Tablica 12). Pregled Korelacija
sijalidazu (Roche biomedicine, Palo Alto, CA), a obrađeni uzorci su analizirani pomoću DSA-lice tehnologije na ABI3130 Genetic Analyzer kapilarna elektroforeza-based (tnom City , CA). U 9 Najviši vrhovi koji su otkriveni u svim uzorcima (što čini > 90% ukupnih serumskih N-glikana) analizirani su pomoću GeneMapper (Applied Biosystems). Svaka N-glikana struktura opisana je numerički normalizaciju svoj vrhunac na zbroj visina svih vrhova, a mi smo analizirali te podatke pomoću SPSS 18.0 statistički softver (SPSS Inc., Chicago, IL). Pregled
gena
Forward primer (5'-3 ')
reverzni prajmer (5'-3')
Fut85'CCTGGCGTTGGATTATGCTCA 3'5'CCCTGATCAATAGGGCCTTCT 3'GDP-Tr5'CTGCCTCAAGTACGTCGGTG 3'5'CCGATGATGATACCGCAGGTG 3'GAPDH5'ATGGGGAAGGTGAAGGTCG 3'5'GGGGTCATTGATGGCAACAATA 3'Table 2. lančana reakcija polimeraze par početnica sekvence
Kratice: a. , adenozin; C, citidin; G, gvanozin; T, timidin; FUT8, fukozil-transferaza; BDP-Tr, gvanozin difosfat-fukoze transporter CSV Preuzimanje CSV
Sredstva ± SD
Variable
kontrola (n = 128) pregled atrofičnog gastritisa (n = 108) pregled, GC (n = 138) pregled, F
P
pregled doba, y a50.10 ± 5.9552.11 ± 6.2951.01 ± 6.010.270.766Peak 1 a6.96 ± 1.677.64 2.028.20 ± ± 2.7510.09 < 0.001Peak 2 a1.09 ± 0.341.20 0.381.31 ± ± 0.493.120.045Peak 3 a6.28 ± 1.636.47 1.385.76 ± ± 1.2810.48 < 0.001Peak 4 a5.76 ± 0.935.61 0.815.75 ± ± 0.821.120.327Peak 5 a40.02 ± 3.7539.60 ± 3.7642.16 ± 4.3314.94 < 0.001Peak 6 a21.40 ± 2.6120.51 ± 2.8516.99 ± 2.9888.36 < 0.001Peak 7 a5.87 ± 1.416.02 1.715.21 ± ± 1.2111.15 < 0.001Peak 8 a7.94 ± 1.587.59 2.247.46 ± ± 1.822.240.108Peak 9a2.33±0.922.59±1.554.00±1.7748.12<0.001sumfucab47.37±4.4047.47±5.3043.21±5.9427.01<0.001Table 3. N-glikana profiliranje DNA sekvencer potpomognuto /fluorofornoj uz pomoć kapilarne elektroforeze
Kratice:. GC, karcinom želuca; SD, standardna devijacija. A analize varijance b Sumfuc predstavlja ukupnu brojnost α-1,6-fukoziliranih struktura (zbroj vrhova 1, 2, 3, 4, 6 i 7). CSV Preuzmite CSV
test pregled GC +
GC- pregled osjetljivost,% pregled Specifičnost,% pregled PPV% pregled NPV,% pregled točnost,% pregled CEA (5 ng /ml) GC + 54545.7695.3791.5361.6869.47 GC-64103CA19-9 (37 U /ml), GC + 451038.1490.7481.8257.3163.27GC-7398CA125 (40 U /ml), GC + 22718.6493.5275.8651.2754.42GC-96101CA72-4 (9.8 U /ml), GC + 16813.5692.5966.6749 .5151.33GC-102100GCglycoA (-0,77) GC + 891675.4285.1984.7676.0380.09GC-2992Table 4. Dijagnostička snaga za razlikovanje karcinoma želuca iz kontrole u grupni trening
Kratice: + pozitivni;. - Negativna; GC, karcinom želuca; GCglycoA, N-glikana marker-based raka želuca dijagnostički model A; NPV, negativna prediktivna vrijednost; PPV, pozitivna prediktivna vrijednost. CSV Preuzmite CSV granična vrijednost pregled stvarnog stanja, broj ispitanika
Test pregled GC + pregled GC- pregled osjetljivost,%
Specifičnost,% pregled PPV% pregled NPV,% pregled točnost,% pregled CEA (5 ng /ml) GC + 8040.00100.00100.0062.5070.00GC-1220CA19-9 (37 U /mL ) GC + 8140.0095.0088.8961.2967.50GC-1219CA125 (40 U /ml), GC + 6030.00100.00100.0058.8265.00GC-1420CA72-4 (9.8 U /ml), GC + 6030.00100.00100.0058.8265.00GC-1420GCglycoA (-0,77) GC + 17385.0085.0085.0085.0085.00GC-317Table 5. Dijagnostička snaga za razlikovanje karcinoma želuca iz kontrole u retrospektivnu Verifikacija Grupe
Kratice:. + pozitivni; - Negativna; GC, karcinom želuca; GCglycoA, N-glikana marker-based raka želuca dijagnostički model A; NPV, negativna prediktivna vrijednost; PPV, pozitivna prediktivna vrijednost. CSV Preuzmite CSV
Test pregled GC + pregled GC- pregled osjetljivost,%
Specifičnost,% pregled PPV% pregled NPV,% pregled točnost,% pregled CEA (5 ng /ml) GC + 6130.0095.0085.7157.5862.50GC-1419CA19-9 (37 U /mL ) GC + 6030.00100.00100.0058.8265.00GC-1420CA125 (40 U /ml), GC + 2010.00100.00100.0052.6355.00GC-1820CA72-4 (9.8 U /ml), GC + 3115.0095.0075.0052.7855.00GC-1719GCglycoA -0.77GC + 19295,0090 .0090.4894.7492.50GC-118Table 6. Dijagnostička snaga za razlikovanje karcinoma želuca s kontrolama u sklopu ove potvrde Grupe
Kratice:. + pozitivni; - Negativna; GC, karcinom želuca; GCglycoA, N-glikana marker-based raka želuca dijagnostički model A; NPV, negativna prediktivna vrijednost; PPV, pozitivna prediktivna vrijednost. CSV Preuzmite CSV
Test pregled GC + pregled GC- pregled osjetljivost,% pregled Specifičnost,% pregled PPV% pregled NPV,% pregled točnost,% pregled CEA (5 ng /ml) GC + 541945.7678.6573.9752.2459.90GC-6470CA19-9 (37 U /ml), GC + 451738.1480.9072.5849.6656.52GC-7372CA125 (40 U /ml), GC + 22818.6491.0173.3345.7649.76GC-9681CA72-4 (9.8 U /ml ) GC + 16813.5691.0166.6744.2646.86GC-10281GCglycoB (0,594) GC + 88873.7391.0191.5872.3281.16GC-3081Table 7. Dijagnostička snaga za razlikovanje karcinoma želuca s atrofični gastritis u grupni trening
Kratice:. + pozitivni; - Negativna; GC, karcinom želuca; GCglycoB, N-glikana marker-based raka želuca dijagnostički model B; NPV, negativna prediktivna vrijednost; PPV, pozitivna prediktivna vrijednost. CSV Preuzmite CSV granična vrijednost pregled stvarnog stanja, broj ispitanika
Test pregled GC + pregled GC- pregled osjetljivost,%
Specifičnost,% pregled PPV% pregled NPV,% pregled točnost,% pregled CEA (5 ng /ml) GC + 9445.0080.0069.2359.2662.50GC-1116CA19-9 (37 U /mL ) GC + 8340.0085.0072.7358.6262.50GC-1217CA125 (40 U /ml), GC + 4220.0090.0066.6752.9455.00GC-1618CA72-4 (9.8 U /ml), GC + 6430.0080.0060.0053.3355.00GC-1416GCglycoB (0,594) GC + 17385.0085.0085.0085.0085.00GC-317Table 8. Dijagnostički Snaga za razlikovanje karcinoma želuca s atrofični gastritis u retrospektivnu Verifikacija Grupe
Kratice:. + pozitivni; - Negativna; GC, karcinom želuca; GCglycoB, N-glikana marker-based raka želuca dijagnostički model B; NPV, negativna prediktivna vrijednost; PPV, pozitivna prediktivna vrijednost. CSV Preuzmite CSV
Test pregled GC + pregled GC- pregled osjetljivost,%
Specifičnost,% pregled PPV% pregled NPV,% pregled točnost,% pregled CEA (5 ng /ml) GC + 6130.0095.0085.7157.5862.5GC-1419CA19-9 (37 U /mL ) GC + 6130.0095.0085.7157.5862.5GC-1419CA125 (40 U /ml), GC + 2010.00100.00100.0052.6355.00GC-1820CA72-4 (9.8 U /ml), GC + 3115.0095.0075.0052.7855.00GC-1719GCglycoB (0,594) GC + 17185.0095.0094.4486.3690.00GC-319Table 9. Dijagnostički Snaga za razlikovanje karcinoma želuca s atrofični gastritis u sklopu ove potvrde Grupe
Kratice:. + pozitivni; - Negativna; GC, karcinom želuca; GCglycoB, N-glikana marker-based raka želuca dijagnostički model B; NPV, negativna prediktivna vrijednost; PPV, pozitivna prediktivna vrijednost. CSV Preuzmite CSV
Srednja vrijednost ± SD ili medijan (raspon)
T pregled -test pregled Varijabilni pregled prije operacije Netlogu nakon operacije A pregled T ili Z
P
pregled Peak 1 b8.92 ± 3.748.49 ± 3.342.0380.048Peak 2 b1.24 ± 0.591.52 ± 1.74-1.0510.300Peak 3 b5.96 ± 1.526.14 ± 1.33-0.6310.531Peak 4 b5.73 ± 0.695.21 ± 1.012.6020.013Peak 5 b40.81 ± 4.8742.27 ± 5.27-1.5130.138Peak 6 b16.74 ± 2.9817.30 ± 2.61-0.8090.423Peak 7 b5.28 ± 1.505.50 ± 1.14-0.7160.478Peak 8 b7.60 ± 2.077.82 ± 1.85-0.5860.562Peak 9b4.11±1.853.29±1.692.0470.047sumfucc43.88±7.7744.16±6.10-0.2170.830GCglycoAd1.07 (0,49, 3,12) 0,28 (-0,90, 1,14) -2.7820.005GCglycoB d1.31 (0,56, 2,41) 0,41 (-0,54, 1,19) -2.3790.017Table 10. N-glikana profiliranje u pacijenata s rak želuca Prije i poslije kurativnih kirurgiju
Kratice:. GCglycoA i GCglycoB, N-glikana marker-based raka želuca dijagnostički modeli a i B, odnosno; SD, standardna devijacija. od deset tjedana nakon operacije. b uparenih-uzorka T pregled Test c Sumfuc označava ukupan obilje ofα-1,6-fukozilirani strukture. d Wilcoxonovim-rank test. CSV Preuzmite CSV
HUP pregled CA19-9 pregled ca125 pregled CA72-4
TNM Stage pregled GCglycoA pregled GCglycoB pregled Peak 1r
0.210a0.127a0.006a-0.023a0.088a0.250b0.055bP
0.0160.1480.9440.7930.3160.0040.532Peak 2r
0.009a0.038a0.011a-0.067a0.010a0.224b-0.099bP
0.9170.6670.9040.4450.9060.0100.258Peak 3r
0.083a0.094a0.066a0.039a-0.115a-0.216b-0.346bP
0.3480.2860.4550.6540.1930.013<0.001Peak 4r
-0.045a0.160a0.047a-0.006a-0.091a0.122b0.074bP
0.6130.0680.5940.9430.3010.1670.403Peak 5r
-0.029a-0.156a-0.020a0.097a0.108a0.299b0.478bP
0.7430.0760.8160.2700.2180.001<0.001Peak 6r
0.009a0.020a0.044a-0.114a-0.348a-0.757b-0.787bP
0.9210.8170.6180.197<0.001<0.001<0.001Peak 7r
-0.039a0.089a-0.075a-0.161a-0.245a-0.368b-0.517bP
0.6580.3110.3940.0660.005<0.001<0.001Peak 8r
-0.135a-0.058a0.002a-0.087a-0.035a-0.215b0.011bP
0.1240.5130.9840.3210.6920.0140.897Peak 9r
0.028a-0.072a-0.034a0.095a0.315a0.794b0.591bP
0.7510.4130.7030.280<0.001<0.001<0.001GCglycoAr
-0.033b-0.042b-0.012b0.046b0.355b10.869bP
0.7100.6370.8960.605<0.001<0.001GCglycoBr
-0.052b-0.045b0.027b0.105b0.345b0.869b1P
0.5580.6110.7600.232<0.001<0.001Sumfuccr
0.061a0.151a0.040a-0.108a-0.170