PLoS ONE: identifikavimas ir apibūdinimas Nauji N-glikaną pagrindu biologinių žymenų skrandžio vėžio

Anotacija

fone ir tikslai

Nustatyti ir patvirtinti N glikaną biologinius žymenis skrandžio vėžio (GC) ir išsiaiškinti jų pagrindinės molekulinės veikimo mechanizmą.

metodai

iš viso 347 asmenys, įskaitant pacientus, kurių GC (skrandžio vėžio) arba atrofijos gastritas ir sveikų, buvo atsitiktinai suskirstyti į mokymo grupėje (n = 287) ir atgaline data patvirtinimo grupės (n = 60). Serumas N glikaną profiliavimas buvo pasiektas su DNR sekos nustatymo servo /Fluoroforas servo angliavandenių elektroforezės (DSA akį). Du diagnostikos modeliai buvo apskaičiuota remiantis N-glikaną profilius naudojant logistinę regresiją nuoseklaus. Diagnostikos atlikimas kiekvienam modeliui buvo įvertintas atgaline data, būsimo (n = 60), o tolesne (n = 40) kohortos. Lėktino blottingu buvo atliktas siekiant nustatyti bendrą Core fucosylation ir genų, dalyvaujančių Core fucosylation GC išraiška buvo analizuojami atvirkštinės transkriptazės polimerazės grandininės reakcijos.

Rezultatai

identifikuojami bent 9 N glikaną statiniai (Peaks) ir pagrindinių fukozė likučių ir fucosyltransferase lygis žymiai sumažėjo GC. Du diagnostikos modeliai, paskirta GCglycoA ir GCglycoB, buvo pastatyti atskirti GC nuo kontrolės ir atrofinį gastritas. Pagal kompetenciją ROC kreivė (ROC) kreivės (AUC) tiek GCglycoA ir GCglycoB sritys buvo didesnės nei CEA, CA19-9, CA125 ir CA72-4. Palyginti su CEA, CA19-9, CA125 ir CA72-4, kad GCglycoA jautrumas padidėjo 29.66%, 37.28%, 56.78% ir 61.86%, atitinkamai, ir tikslumas padidėjo 10,62%, 16.82%, 25.67% ir 28.76%, atitinkamai , Dėl GCglycoB, jautrumas padidėjo 27.97%, 35.59%, 55.09% ir 60.17%, o tikslumas padidėjo 21.26%, 24.64%, 31.40% ir 34.30% palyginti su CEA, CA19-9, CA125 ir CA72-4, atitinkamai. Po chirurginio gydymo, pagrindinė fucosylated didžiausia (piko 3), o bendras pagrindinių fucosylated N-glikanų (sumfuc) buvo panaikintas.

Išvados

rezultatai parodė, kad diagnostiniai modeliai remiasi N- glikaną žymekliai yra vertingi ir neinvaziniai PPM alternatyvų identifikavimo GC. Mes išvadą, kad sumažėjo Core fucosylation tiek audinių ir kraujo serume iš GC pacientams gali atsirasti sumažėjus išraiška fucosyltransferase

nurodomoji dalis:. Liu L, Jonas B Huang J Gu Klausimas Wang L Fang, M, ir kt. (2013) identifikavimas ir apibūdinimas Nauji N-glikaną pagrindu biologinių žymenų skrandžio vėžio. PLoS ONE 8 (10): e77821. Doi: 10,1371 /journal.pone.0077821

redaktorius: Rakesh K. Srivastava, Kanzaso medicinos centro universitetas, Jungtinės Amerikos Valstijos

Įstojo: Gegužės 14, 2013; Priimtas rugsėjo 4, 2013 m Paskelbta: Vasaris 17, 2013

Visos teisės saugomos: © 2013 Liu et al., Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Attribution licencija, kuri leidžia nevaržomai naudotis, paskirstymo ir dauginimąsi bet kokioje laikmenoje sąlygomis, su sąlyga, kad pirmasis autorius ir šaltinis įskaitomos

Finansavimas:. Šis darbas parėmė Nacionalinės Gamtos mokslo fondo Kinijos (dotacijos 81102693 ir 81102565). Į finansuotojai neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, ar ruošiant rankraštį

konkuruojančių interesų.. Autoriai pareiškė, kad nėra konkuruojantys interesai egzistuoja

Įvadas

Skrandžio vėžys (GC) yra ketvirtas labiausiai paplitusi vėžio ir trečioji pagrindinė priežastis, dėl vėžio susijusių mirties, su apytikriai 930000 dažnį; kasmet ji yra atsakinga už daugiau nei 700.000 mirčių visame pasaulyje, o penkerių metų išgyvenamumas yra 20-30% [1]. Pacientams, sergantiems GC, išgyvenimas diktuoja diagnozės metu į patologinio ligos stadijoje. Deja, pasitaikantys simptomai GC nėra būdingos ligos ir anksti GC negali sukelti pastebimų simptomų. Nepaisant didėjančio žinių apie molekulinius mechanizmus, kurie reguliuoja piktybinę transformaciją ir metastazes, bendras išgyvenamumas pacientams, sergantiems GC nebuvo žymiai pagerėjo. Keli molekulės buvo rekomenduojamas kaip GC biologinių žymenų, įskaitant karcinoembrioninius antigeno (CEA) nuo pooperacinio stebėjimo, angliavandenių antigeno 19-9 (CA19-9), angliavandenių antigenas 125 (CA125) ir angliavandenių antigeno 72-4 (CA72-4) [2- 6]. Tačiau, nė vienas iš šių naviko žymenų parodė, būtų pakankamai jautrūs arba specifiškumo diagnozuoti GC ankstyvoje stadijoje. Arba gastroskopija padidina galutines diagnozes norma, bet diagnostinė vertė gastroskopijos riboja kaina, rizikos ir nepatogumus. Todėl yra būtina skubiai iš neinvazinių biologinius žymenis, kurie leidžia iš anksto nustatyti GC plėtrai.

didinimas duomenys rodo, kad N-susietų glikano pakeitimo gali būti laikomas potencialių biologinių žymenų galima diagnozuoti vėžį. Ankstesni tyrimai pastebėjo, kad ypač pakeitimus, susidedančios iš N-susijusių glikanu, įvairiose vėžio ir vėžio ląstelių linijų, kurios apima kasos vėžio, krūties vėžio, prostatos vėžio, kiaušidžių vėžio ir kepenų vėžio [7-11]. Papildoma analizė GC taip pat atskleidė, kad laisvas sudėtingas tipo N-glikanų sukaupta MKN7 ir MKN45 ląstelių linijų [12]. Tačiau svyravimas, svyravimas N susijusių glikano GC pacientams vis dar labai nežinoma.

mūsų ankstesnių tyrimų, naudojant DNR sequencer servo /Fluoroforas servo kapiliarų elektroforezė (DSA akį), mes parodė, kad šakojasi alfa-1,3-fucosylated triantennary glikaną ir a dviantenio glikaną buvo labai specifiškas ir jautrus kandidatės HCC biologiniai žymenys [13]. Atsižvelgiant į dabartinę tyrime mes naudojamas DSA akį retrospektyviai aprašymą serumo N-glikanų mėginiuose iš pacientų su GC ar atrofinį gastritas ir sveikų asmenų. Mes būdingas nustatytas GC N glikaną žymekliai su ROC kreivė (ROC) kreives ir patvirtintas būsimųjų ir tolesnių kohortos žymekliai. Mūsų tikslas buvo nustatyti daug žadančią biologinis prognozuoti ir nustatyti GC su patobulinta specifiškumo ir jautrumo

Medžiagos ir metodai

1.1. Retrospektyva kohortos

Tyrimo protokolas buvo patvirtintas Kinijos etikos komitetas žmogiškųjų išteklių Antrojoje karo medicinos universitete. Parašė informuotas sutikimas buvo gautas iš pacientų ir sveikų.

Iš viso 247 pacientai, sergantys GC (n = 138) arba atrofija gastritas (n = 109) buvo įdarbinti tarp 2010 ir 2012 m diagnozuoja visiems dalyvavusių pacientų buvo histopathologically patvirtino 2 patologai ne Changhai ligoninė, Antrojo karo medicinos universiteto (Šanchajus, Kinija). Kontrolinėje grupėje, 128 nuo amžiaus bei lyties sveikų savanorių (liga-Free) per tą patį laikotarpį buvo įtraukti. Vidutinis amžius ir seksas pasiskirstymas buvo suderinta per 3 grupes. Iš paciento duomenų santrauka pateikiama 1 lentelėje GC pacientus, vartojusius priešoperacinė radioterapija, chemoterapija, arba chemoradioterapija buvo pašalinti iš tyrimo.
Vidurkis ± SD arba Ne (%) pervežimas Būdinga
Valdymo (n = 128)
Atrophic Gastritas (n = 109)
GC (N = 138)
Amžius, y50.10 ± 5.9552.11 ± 6.2951.01 ± 6.01Men75 (58.59) 60 ( 55.05) 70 (50.72) CEA-teigiamas 5 (3.91) 23 (21.10) 62 (44.93) CA19-9 teigiamas 11 (8.59) 20 (18.35) 53 (38.41) CA125 teigiamas 7 (5.47) 10 (9,17) 28 (20.29) CA72-4 teigiamas 8 (6.25) 12 (11.01) 22 (15.94) TNM stageI22 (15.94) II28 (20.29) III63 (45.65) IV25 (18.12) 1 lentelė Charakteristikos mokymo grupėje.
Santrumpos GC, skrandžio karcinoma; SD standartinis nuokrypis. CSV Atsisiųsti CSV

60 pacientų (20 kiekvienoje grupėje) buvo atsitiktinai parinkto iš 3 grupių aukščiau retrospektyvų tikrinimą aprašytų viso; likusios pacientai (n = 315) buvo įtrauktas į mokymo nustatytą statyti diagnostikos modelį. Per 2 metus nuo tyrimo, 40 iš 138 pacientų, sergančių GC kvalifikacijos tobulinimo grupės buvo stebimos prieš ir po chirurginio gydymo, priklausomai nuo viešbučio užimtumo. Mokymo grupė dalyvavo 118 pacientai, sergantys GC 89 pacientai, sergantys atrofinį gastritas, ir 108 sveikų.

laboratorinius ir klinikinius duomenis apie visų dalyvių buvo gauti iš klinikinių medicininių įrašų, patologija ataskaitas, ir asmeninių interviu. Surinkti duomenys įtraukti lytį, amžių, ir skrandžio vėžio savybių (pavyzdžiui, naviko vietą, histologinis laipsnio, gylis invazijos ir limfmazgiuose metastazių). Serumo mėginiai buvo gautas iki chirurginės rezekcijos; šie mėginiai buvo imami iš kraujo naudojant standartinis protokolas, centrifuguojamas, o ne 10,000xg 20 minučių, ir saugomi -80 ° C temperatūroje. Ligos progresavimą į GC pacientų buvo suskirstyti pagal septintą leidimas Amerikos jungtiniam komitetui [14]: 20 pacientai (16,95%) buvo I etapas liga, 25 (21,17%) buvo II pakopos ligos, 54 (45,76%) turėjo etapą III liga, ir 19 (16,10%) buvo IV stadijos liga

1.2. Norintiems kohortos

Jei įvertinti prognostinė vertė iš įsteigtų retrospektyvinio tyrimo pirmiau aprašytą modelį, mes perspektyviai nagrinėjo papildomas kohorta (n = 60) pacientų su GC (n = 20) arba trofiniais gastritas (n = 20) ir sveikų asmenų (n = 20) nuo 2012 gegužės iki 2012 lapkričio tuo pačiu ligoninėje. Procedūros ir strategijos buvo tie patys, kaip aprašyta aukščiau

1.3. Audinio mėginiai

Audinių mėginiai buvo paimti iš 20 138 pacientų GC; 2 skiltelės, navikas ir greta audinio mėginį, buvo imtasi. Audinių mėginiai (maždaug 1 cm ^{3) buvo iš karto užšaldyti -80 ° C ir veikiamas atvirkštinės transkriptazės polimerazės grandininė reakcija (PGR) ir lektinų blotingą. Visi audiniai buvo naudojami laikantis institucinės ekspertizės valdyba nuostatus Antrojo Karo medicinos universiteto}

1.4. Įprastiniai aptikimas naviko žymenų

Eiliniai naviko žymenų tyrimai buvo atliekami naudojant standartinius metodus ir reagentai , CEA ir CA19-9 lygiai buvo nustatyti ant Abbott I2000 ir CA72-4 ir CA125 koncentracija buvo matuojama naudojant Roche COBAS E601. Atpjovimo lygiai rekomenduotas CEA, CA19-9, CA125 ir CA72-4 gamintojo buvo 5,0 g /l, 39 V /l, 40 V /ml ir 9,8 V /ml, atitinkamai. Buvo atlikti buvo atliekami su laboratorinės medicinos, Changhai ligoninė, Antrojo karo medicinos universiteto Šanchajuje departamento

1.5. Serumo baltymų N-glikaną profiliavimas

buvo atliekama serumo baltymų N-glikaną analizė kaip buvo aprašyta anksčiau [13]. Trumpai N-glikanų per 2 įxL serume buvo paleistas iš baltymų su peptidų N-glycosidase F (PNGase F) (New England Biolabs, Bostonas, MA), pažymėto 8-aminonaphtalene-1,3,6-trisulphonic rūgštimi (Invitrogen, Karlovi Varai, Kalifornija). Seilių rūgštis buvo pašalintas naudojant Arthrobacter ureafaciens
sialidase (Roche biologijos, Palo Alto, Kalifornija) ir perdirbti mėginiai buvo analizuojami naudojant PSI akį technologiją kapiliarinis elektroforezės įsikūrusio ABI3130 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, Foster City , CA). 9 aukščiausios viršūnės, kurios buvo aptiktos visuose mėginiuose (apskaita > 90% visų serumo N-glikanus) buvo analizuojami naudojant GeneMapper (taikomoji BIOSYSTEMS). Kiekvienas n-glikaną struktūra buvo aprašyta Skaitmeninio normalizuojant savo ūgį prie visų smailių aukščių suma, ir mes išanalizavus šiuos duomenis SPSS 18.0 statistinį programinė įranga (SPSS Inc., Čikaga, IL).

1.6 : audinių baltymų gavybos ir lėktino sugeriamojo

audiniai buvo homogenizuoti naudojant Piesta ir resuspenduota lizės buferiniame tirpale, kurio sudėtyje yra proteazės inhibitorius kokteilis (Roche Diagnostics, Meylan, Prancūzija). Unlysed frakcija buvo pašalinti centrifuguojant (du kartus 12000xg 10 minučių, esant 4 ° C). Tirpaus baltymo koncentracija, buvo nustatoma naudojant BioRed testą (BioRad, Marnes-la-coquette, Prancūzija), ir mėginiai buvo laikomi -80 ° C temperatūroje.

iš viso, 25 mikrogramų baltymo arba 50 serume mikrogramų baltymai, ekstrahuoti iš sušaldytos audinio buvo atskirta 10% natrio dodecilsulfato-poliakrilamido gelyje. Geliai buvo tamsintas su CBB G250, arba gelio baltymai buvo perkeltas į nitroceliuliozinio membranos (Whatman /Schleicherio & Schuell, Versalio, Prancūzija), siekiant nustatyti pagrindines-fucosylated baltymus. Membranos buvo užblokuotas per naktį 4 ° C temperatūroje, turintis 5% galvijų serumo albumino tri-buferio druskų tirpalu (TBS: 140 mM NaCl ir 10 mM Tris-HCl), ir inkubuojami 1 valandą kambario temperatūroje su 5 g /ml Biotinilinta objektyvo culinaris antikūniai A (LCA) (Vector Laboratories, Burlingame, Kalifornija) į TBS, kurių sudėtyje yra 0,05% tūrio Tween-20 (TBST). Po 4 plovimų 10 minučių kiekvienas su TBST, Membranos buvo inkubuojami su IRDye 800CW streptavidinu (1: 10.000; LI-COR biomokslai, Lincoln, NE) 1 valandą kambario temperatūroje, išplauti 4 kartus TBST ir sukurtas naudojant Odyssey infraraudonųjų spindulių vaizdo sistema (Li-COR biomokslai). Išgrynintas albuminas ( "Sigma, St Louis, MO) buvo naudojamas kaip neigiama kontrolė už lėktino dėmė

1.7. Iš viso RNR išskyrimo iš audinių ir kiekybinė realaus laiko PGR pervežimas

RNR buvo išskirta iš šaldytų audinių naudojant Qiagen RNeasy mini komplektas pagal gamintojo nurodymus (QIAGEN GmbH, Hilden, Vokietija). Grynumo ir koncentracija RNR, buvo nustatomi, naudojant spektrofotometrą (Eppendorfo, Hamburgas, Vokietija). kDNR buvo sintetinamas iš 2 mikrogramų visų RNR naudojant atvirkštinę transkripciją reagentą (Toyobo, Osaka, Japonija). Pradmenys buvo sukurta, naudojant grunto Express (Applied Biosystems), ir sekos, pateikti 2 lentelėje
Gene
pirmyn gruntu (5'-3 ')
Grįžtamieji gruntą (5'-3')
Fut85'CCTGGCGTTGGATTATGCTCA 3'5'CCCTGATCAATAGGGCCTTCT 3'GDP-Tr5'CTGCCTCAAGTACGTCGGTG 3'5'CCGATGATGATACCGCAGGTG 3'GAPDH5'ATGGGGAAGGTGAAGGTCG 3'5'GGGGTCATTGATGGCAACAATA 3'Table 2. polimerazės grandininė reakcija pradmenų pora sekas
Santrumpos: a. , adenozino; C, citidinas; G, guanozino; T timidinas; Fut8, fucosyltransferase; BVP-tr, guanozinas difosfatas-fukozė transporteris CSV Atsisiųsti CSV

kDNR buvo papildytas į Applied Biosystems 7300 realiojo laiko PGR aparato į visos reakcijos tūrio 20 įxL, kuriame buvo 10 pL 2X Greitas SYBR Green Master Mix (taikoma Biosystems, apima Greitas-pradžia Taq DNR polimerazės reakcijos buferio), dezoksinukleotidtrifosfato mišinys (įskaitant deoksiuridino, trifosfato, SYBR Green I dažų, ir MgCl2), ir 2 įxL kiekvienai geno pradmenų (galutinė koncentracija 0,5 μΜ kiekvienos) , Ir kiekviena reakcija buvo pakartotas tris kartus. PGR dviračių sąlygos buvo taip: denatūracijos 95 ° C temperatūroje 5 minutes, po to 40 ciklų 95 ° C temperatūroje 15 sekundžių, 59 ° C arba 55 ° C temperatūroje 15 sekundžių, ir 72 ° C temperatūroje 45 sekundžių
.

santykinis išraiška alfa-1,6-fucosyltransferase (Fut8) ir guanozino difosfato (BVP) -fucose transporteris (BVP-Fucal-Tr) kiekviename mėginyje buvo normalizuotas į GAPDH namų ruošos geno atimant ribą ciklas (CT) vertė GAPDH nuo visų Fut8 ar BVP-tR (ΔCt). Sulenktas skirtumas buvo apskaičiuotas atimant mėginio ΔCt nuo kontrolinės imties gauti ΔΔCt ir po to 2 ^ -ΔΔCt. Slenkstinis ciklas vertybes už 40 ciklų buvo laikomi žemiau aptikimo riba. MELT kreivės gautos už kiekvieną reakcija garantuoti, kad vienas produktas buvo papildyta

1,8. Statistinė analizė

Visi kiekybiniai kintamieji buvo išreikštas vidurkis ± standartinis nuokrypis, jeigu nenurodyta kitaip. Kiekybiniai kintamieji buvo palyginti naudojant Stjudento t-testas, analizuoja dispersinė ar neparametrinės bandymus. Pearsono koreliacijos koeficientai ir susijusios tikimybės (p) buvo naudojamas įvertinti skirtumus tarp parametrų koreliaciją; Spearman koreliacijos koeficientai buvo apskaičiuoti skaitvardžiai kategorinių kintamųjų. Nauji glikaną biologiniai žymenys buvo identifikuoti ir apibūdinti remiantis priekį laipsnišką logistinė regresinė analizė. Diagnostikos atlikimas atskirų biologinių žymenų ir diagnostikos modelių buvo įvertintas naudojant ROC kreivės analizę. Jautrumas, specifiškumas, teigiama prognostinė vertė (PPV), neigiama prognostinė vertė (GDV), ir tikslumas buvo apskaičiuotas naudojant optimalias Ribinės vertės pasirinktus iš ROC kreives. Visi pranešta P vertės 2-tailed ir P vertes < 0,05 buvo laikomas statistiškai reikšmingas. Statistinės analizės buvo atlikta naudojant SPSS 18.0 for Windows (SPSS Inc.)

Rezultatai

2.1. Skirtingi N-glikaną profiliai pacientams, sergantiems GC ar atrofinį gastritas ir sveikų kontrolės

su PSI akį technologiją, mes išnagrinėjome N glikaną profilius pacientams su GC (n = 118) arba atrofija gastritas (n = 89) ir sveikų asmenų (n = 108). Mes kiekybiškai ir statistiškai palyginti skirtumus tarp 3 grupes viršūnių. Ne mažiau kaip 9 N glikaną statiniai (Peaks) buvo nustatyti visose mėginių (1 pav.)

Callewaert kt Liu et al anksčiau paskelbė struktūrinę analizę šių N-glikanų [15,16]. Vidutinis santykinis gausumas iš šių N-glikaną, struktūrų yra pateikti 3 lentelėje nurodo struktūrų gausa 2 smailių 1, 3, 5, 6, 7, ir 9 buvo žymiai skiriasi GC, atrofinio gastrito, ir sveikas kontrolė grupės, nurodant, kad skirtingi N-glikaną modeliai egzistavo įvairių patofiziologinių sąlygomis. Palyginti su sveikų kontrolinės grupės, snapeliai 1, 2, 5 ir 9 buvo padidintos (p < 0,05) ir pasiekia 3, 6, ir 7 buvo sumažėjo GC grupės (P < 0,001). Iš struktūrų 9 gausa viršūnių 3, 5, 6, 7, ir buvo gerokai skiriasi GC grupėje, lyginant su atrofinį gastritas grupės (2 paveikslas).
Priemonės ± SN

Variable
Control (n = 128)
Atrophic Gastritas (n = 108)
GC (N = 138)
F
, p

amžius, m ^{a50.10 ± 5.9552.11 ± 6.2951.01 ± 6.010.270.766Peak 1 a6.96 ± 1.677.64 ± 2.028.20 ± 2.7510.09 < 0.001Peak 2 a1.09 ± 0.341.20 ± 0.381.31 ± 0.493.120.045Peak 3 a6.28 ± 1.636.47 ± 1.385.76 ± 1.2810.48 < 0.001Peak 4 a5.76 ± 0.935.61 ± 0.815.75 ± 0.821.120.327Peak 5 a40.02 ± 3.7539.60 ± 3.7642.16 ± 4.3314.94 < 0.001Peak 6 a21.40 ± 2.6120.51 ± 2.8516.99 ± 2.9888.36 < 0.001Peak 7 a5.87 ± 1.416.02 ± 1.715.21 ± 1.2111.15 < 0.001Peak 8 a7.94 ± 1.587.59 ± 2.247.46 ± 1.822.240.108Peak 9a2.33±0.922.59±1.554.00±1.7748.12<0.001sumfucab47.37±4.4047.47±5.3043.21±5.9427.01<0.001Table 3. N glikaną profiliavimas DNR sequencer servo /Fluoroforas servo kapiliarų elektroforezės
Santrumpos:. GC, skrandžio karcinoma; SD standartinis nuokrypis. analizuoja dispersinė B Sumfuc yra visa gausa α-1,6-fucosylated konstrukcijų (iš 2 viršūnių 1, 3, 4, 6 sumą, ir 7). CSV Atsisiųsti CSV}

2.2: Statybos ir vertinimą diagnostikos modelio, pagrįsto N glikaną žymekliai atskirti skrandžio vėžiu pacientams sveikų

įvertino GC susijusių N glikaną pakeitimus remiantis logistinę regresiją analizė. Logistinės regresijos koeficientai buvo naudojama apskaičiuoti šansų santykį kiekvienam iš nepriklausomų kintamųjų. GCglycoA matematikos formulė buvo pastatytas atskirti GC pacientus nuo sveikų (GCglycoA = -1,072 + 0,957 * peak4-0.331 * peak6 + 0,646 * peak9). Įvertinti GCglycoA, CEA, CA19-9, CA125 ir CA72-4 galimybę diskriminuoti GC pacientams, mes būdingas plotą po ROC kreivėmis (AUC). Palyginti su CEA (AUC = 0,74), CA19-9 (AUC = 0,76), CA125 (AUC = 0,72) ir CA72-4 (AUC = 0,67), GCglycoA efektyviau garbingi GC pacientai iš įprastos kontrolės (AUC = 0,88) kai mokymo grupė (3A pav.) 4 lentelėje pateikiami jautrumas, specifiškumas, PPV, GDV, ir tikslumas už GC prognozavimas pagal CEA, CA19-9, CA125, CA72-4 ir GCglycoA. CEA tuo rekomenduojama reikšmė 5,0 ng /ml turėjo 45.76% jautrumą, 37 V /ml CA19-9 turėjo 38.14% jautrumą, 40 V /ml CA125 turėjo 18.64% jautrumą, ir 9,8 U /ml CA72- 4 turėjo 13,56% jautrumą. Optimalus ribinė vertė -0.772 buvo pasirinktas GCglycoA remiantis ROC kreive analizė. Šiuo ribinei vertei, GCglycoA turėjo 75.42%, o tai yra per jautrumo 29.66% 37.28% 56.78% ir 61.86% palyginti su CEA, CA19-9, CA125 ir CA72-4 atitinkamai padidinti jautrumą. Diagnostikos tikslumas GCglycoA diferencijuojant GC pacientus iš sveikų padidėjo 10.62%, 16.82%, 25.67% ir 28.76% palyginti su CEA, CA19-9, CA125 ir CA72-4, atitinkamai. Kai modelis buvo taikomas atgaline data patvirtinimo grupei, jautrumas padidėjo 45.00%, 45.00%, 55.00% ir 55.00% ir tikslumas padidėjo 15.00%, 17.50%, 20.00% ir 20.00% palyginti su CEA, CA19-9, CA125 ir CA72-4, atitinkamai (5 lentelė).
ribinei vertei
faktinį statusą, Nr dalykų

išbandyti
GC +
GC-
jautrumas,%
specifiškumas,%
PPV,%
GDV,%
tikslumas,%
CEA (5 ng /ml) GC + 54545.7695.3791.5361.6869.47 GC-64103CA19-9 (37 V /ml) GC + 451038.1490.7481.8257.3163.27GC-7398CA125 (40 V /ml) GC + 22718.6493.5275.8651.2754.42GC-96101CA72-4 (9,8 V /ml) GC + 16813.5692.5966.6749 .5151.33GC-102100GCglycoA (-0,77) GC + 891675.4285.1984.7676.0380.09GC-2992Table 4. diagnostikos Maitinimo diferencijavimas Skrandžio vėžio iš mokymuose grupė kontroliuoja
Santrumpos + teigiamas. - Neigiami; GC, skrandžio karcinoma; GCglycoA, N-glikaną, žymeklis pagrindu skrandžio vėžys diagnostikos A pavyzdys; GDV, neigiama prognostinė vertė; PPV, teigiama prognostinė vertė. CSV Atsisiųsti CSV ribinei vertei
faktinį statusą, Nr dalykų

išbandyti
GC +
GC-
Jautrumas,%
specifiškumas,%
PPV,%
GDV,%
tikslumas,%
CEA (5 ng /ml) GC + 8040.00100.00100.0062.5070.00GC-1220CA19-9 (37 V /ml ) GC + 8140.0095.0088.8961.2967.50GC-1219CA125 (40 V /ml) GC + 6030.00100.00100.0058.8265.00GC-1420CA72-4 (9,8 V /ml) GC + 6030.00100.00100.0058.8265.00GC-1420GCglycoA (-0,77) DC + 17385.0085.0085.0085.0085.00GC-317Table 5. diagnostikos Maitinimo diferencijavimas Skrandžio vėžio nuo į retrospektyvų tikrinimą grupė kontroliuoja
Santrumpos:. + teigiamas; - Neigiami; GC, skrandžio karcinoma; GCglycoA, N-glikaną, žymeklis pagrindu skrandžio vėžys diagnostikos A pavyzdys; GDV, neigiama prognostinė vertė; PPV, teigiama prognostinė vertė. CSV Atsisiųsti CSV

būsimasis vertinimas parodė, kad jautrumo pagerino 65.00%, 65.00%, 85.00% ir 80.00% ir tikslumas pagerėjo 30.00%, 27.50%, 37.50% ir 37.50% palyginti su CEA, CA19-9, CA125 ir CA72-4, atitinkamai (6 lentelė).
ribinei vertei
faktinį statusą, Nr dalykų

išbandyti
GC +
GC-
Jautrumas,%
specifiškumas,%
PPV,%
GDV,%
tikslumas,%
CEA (5 ng /ml) GC + 6130.0095.0085.7157.5862.50GC-1419CA19-9 (37 V /ml ) GC + 6030.00100.00100.0058.8265.00GC-1420CA125 (40 V /ml) GC + 2010.00100.00100.0052.6355.00GC-1820CA72-4 (9,8 V /ml) GC + 3115.0095.0075.0052.7855.00GC-1719GCglycoA -0.77GC + 19295,0090 .0090.4894.7492.50GC-118Table 6. diagnostikos Maitinimo diferencijavimas Skrandžio vėžio nuo į perspektyvų patikros grupė kontroliuoja
Santrumpos:. + teigiamas; - Neigiami; GC, skrandžio karcinoma; GCglycoA, N-glikaną, žymeklis pagrindu skrandžio vėžys diagnostikos A pavyzdys; GDV, neigiama prognostinė vertė; PPV, teigiama prognostinė vertė. CSV Atsisiųsti CSV

2.3: Statybos ir vertinimą diagnostikos modelio atskirti skrandžio vėžiu nuo atrofijos gastritas

Naudojant logistinės regresijos modelį, kitas diagnostinis modelis (GCglycoB) buvo įkurta siekiant atskirti GC ir atrofinį gastritas: GCglycoB = 5,273-1,371 * peak2 + 0,781 * peak4-0.453 * peak6 + 0,221 * peak9. Optimalus Apipjaustymas vertė GCglycoB (0,594) buvo pasirinktas remiantis ROC kreive analizė. Mokymo grupės, už GCglycoB AUC buvo 0,82, o už CEA, CA19-9, CA125 ir CA72-4 AUC buvo 0,65, 0,63, 0,69 ir 0,64, atitinkamai (3B pav.) Diagnostikos tikslumas GCglycoB diferencijuojant GC nuo atrofijos gastritas padidėjo 21.26%, 24.64%, 31.40% ir 34.30%, o jautrumas padidėjo 27.97%, 35.59%, 55.09% ir 60.17%, palyginti su CEA, CA19-9, CA125 ir CA72- 4, (7 lentelė) atitinkamai. Be patvirtinimo grupėje 85,00% tikslumas GCglycoB reiškė iš 40.00%, 45.00%, 65.00% ir 55.00% padidėjimą ir 85,00% jautrumas nurodomas kurio 22.50%, 22.50%, 30.00% ir 30.00% daugiau, palyginti su CEA, CA19-9, CA125 ir CA72-4, atitinkamai (8 lentelė).
ribinei vertei
faktinį statusą, Nr dalykų

testas
GC +
GC-
jautrumas,%
specifiškumas,%
PPV,%
GDV,%
tikslumas,%
CEA (5 ng /ml) DC + 541945.7678.6573.9752.2459.90GC-6470CA19-9 (37 V /ml) GC + 451738.1480.9072.5849.6656.52GC-7372CA125 (40 V /ml) GC + 22818.6491.0173.3345.7649.76GC-9681CA72-4 (9,8 V /ml ) GC + 16813.5691.0166.6744.2646.86GC-10281GCglycoB (0,594) GC + 88873.7391.0191.5872.3281.16GC-3081Table 7. diagnostikos Maitinimo diferencijavimas Skrandžio vėžio nuo atrofijos gastritas į mokymo GROUP UAB Santrumpos:. + teigiamas; - Neigiami; GC, skrandžio karcinoma; GCglycoB N-glikaną žymeklis pagrindu skrandžio vėžio diagnostikos modelis B dalyje; GDV, neigiama prognostinė vertė; PPV, teigiama prognostinė vertė. CSV Atsisiųsti CSV ribinei vertei
faktinį statusą, Nr dalykų

išbandyti
GC +
GC-
Jautrumas,%
specifiškumas,%
PPV,%
GDV,%
tikslumas,%
CEA (5 ng /ml) GC + 9445.0080.0069.2359.2662.50GC-1116CA19-9 (37 V /ml ) GC + 8340.0085.0072.7358.6262.50GC-1217CA125 (40 V /ml) GC + 4220.0090.0066.6752.9455.00GC-1618CA72-4 (9,8 V /ml) GC + 6430.0080.0060.0053.3355.00GC-1416GCglycoB (0,594) GC + 17385.0085.0085.0085.0085.00GC-317Table 8. diagnostikos Maitinimo diferencijavimas Skrandžio vėžio nuo atrofijos gastritas į retrospektyvų tikrinimą GROUP UAB Santrumpos:. + teigiamas; - Neigiami; GC, skrandžio karcinoma; GCglycoB N-glikaną žymeklis pagrindu skrandžio vėžio diagnostikos modelis B dalyje; GDV, neigiama prognostinė vertė; PPV, teigiama prognostinė vertė. CSV Atsisiųsti CSV

būsimasis grupės GCglycoB buvo tikslesnis (85,00%, palyginti su 30,00%, 30,00%, 10,00% ir 15,00%) ir jautri (90,00%, palyginti su 62,50%, 62,50%, 55,00% ir 55,00% ) nei CEA, CA19-9, CA125 ir CA72-4, atitinkamai (9 lentelė).
ribinei vertei
faktinį statusą, Nr dalykų

išbandyti
GC +
GC-
Jautrumas,%
specifiškumas,%
PPV,%
GDV,%
tikslumas,%
CEA (5 ng /ml) GC + 6130.0095.0085.7157.5862.5GC-1419CA19-9 (37 V /ml ) GC + 6130.0095.0085.7157.5862.5GC-1419CA125 (40 V /ml) GC + 2010.00100.00100.0052.6355.00GC-1820CA72-4 (9,8 V /ml) GC + 3115.0095.0075.0052.7855.00GC-1719GCglycoB (0,594) GC + 17185.0095.0094.4486.3690.00GC-319Table 9. Diagnostinė Maitinimo diferencijavimas Skrandžio vėžio nuo atrofijos gastritas į perspektyvų patikros GROUP UAB Santrumpos:. + teigiamas; - Neigiami; GC, skrandžio karcinoma; GCglycoB N-glikaną žymeklis pagrindu skrandžio vėžio diagnostikos modelis B dalyje; GDV, neigiama prognostinė vertė; PPV, teigiama prognostinė vertė. CSV Parsisiųsti CSV

2.4: Sumažėjęs bendras Core fucosylated baltymų skrandžio vėžio

bendras lygis pagrindinių alfa-1,6-fukozė likučiai (Smailių 1, 2, suma, 3, 4 , 6 ir 7) buvo reikšmingai mažesnis (p < 0,001; 2 lentelė) GC pacientų nei atrofijos gastritas pacientų ir kontrolinės grupės. Norėdami patvirtinti šią išvadą, mes įvertino pagrindinių fucosylated baltymų serume ir audiniuose pacientams, sergantiems GC koncentraciją naudojant LCA, nes ji specialiai pripažįsta glikoproteinai su alfa-1,6-fucosylated-N-acetil-D-gliukozamino-asparagino (GlcNAc- ASP) į trimannosyl pagrindas. Serume, buvo mažiau LCA-privalomas pagrindinės fukozė liekanos GC grupėje, nei atrofinį gastritas ir normalių grupių (4a pav.) Bendras pagrindinių fukozė gausa buvo mažesnis GC auglių nei suporuotas gretimų audinių (4b paveikslas). Norint nustatyti, ar iš viso core fucosylation GC navikų pokyčiai buvo susiję su pakitusiu glikozilinimo biosintezė, buvo analizuojamas žinduolių alfa-1,6-fucosyltransferase gausa (Fut8) ir guanozinas difosfatas transporteris (BVP-TR) GC navikų ir gretimų audinių RT-PGR. Tyrimo rezultatai atskleidė, kad Fut8 iRNR raiška buvo mažesnis auglių nei gretimų audinių (4c pav.) Tačiau nebuvo reikšmingo skirtumo guanozino difosfatas (BVP) -fucose transporteris (BVP-Fuc-TR) genų ekspresijos tarp navikų ir gretimų audinių (4d pav)

2,5. Pokyčiai N glikaną žymekliai prieš ir po to, kai chirurginio gydymo rezultatai

struktūrų 9 gausa smailių 1, 4, ir buvo žymiai skiriasi po operacijos, palyginti su prieš operaciją (10 lentelė). Rezultatai parodė, kad pagrindinės fucosylated smailės (piko 3) ir visų pagrindinių fucosylated N-glikanus (sumfuc) didėja buvo atstatomi po operacijos. Dešimt savaičių po operacijos, The GCglycoA vertė tapo neigiama 11 iš 40 pacientų su GC, kaip tai padarė GCglycoB vertės 22 iš 40 pacientų su GC.
Vidurkis ± SD arba Mediana (interkvartilinis plotis)
, T
-Test
Kintamojo
prieš operaciją
Po operacijos
<sup>, T arba Z
P

Peak 1 b8.92 ± 3.748.49 ± 3.342.0380.048Peak 2 b1.24 ± 0.591.52 ± 1.74-1.0510.300Peak 3 b5.96 ± 1.526.14 ± 1.33-0.6310.531Peak 4 b5.73 ± 0.695.21 ± 1.012.6020.013Peak 5 b40.81 ± 4.8742.27 ± 5.27-1.5130.138Peak 6 b16.74 ± 2.9817.30 ± 2.61-0.8090.423Peak 7 b5.28 ± 1.505.50 ± 1.14-0.7160.478Peak 8 b7.60 ± 2.077.82 ± 1.85-0.5860.562Peak 9b4.11±1.853.29±1.692.0470.047sumfucc43.88±7.7744.16±6.10-0.2170.830GCglycoAd1.07 (0,49, 3,12) 0,28 (-0,90, 1,14) -2.7820.005GCglycoB d1.31 (0,56, 2,41) 0,41 (-0,54, 1,19) -2.3790.017Table 10. N-glikaną profiliavimo pacientams, sergantiems skrandžio vėžys Prieš ir po chirurginio gydymo
Santrumpos:. GCglycoA ir GCglycoB N-glikaną žymeklis pagrindu skrandžio vėžio diagnostikos modeliai A ir B atitinkamai; SD standartinis nuokrypis. dešimties savaičių po operacijos. B poravimas mėginio , T
testas C Sumfuc rodo bendrą gausa ofα-1,6-fucosylated struktūras. d Vilkoksono prisijungę rank testas. CSV Parsisiųsti CSV</sup>

2,6: koreliacijas tarp diagnostinių modelių ir klinikinių parametrų

Šiuo metu naviko biologiniai žymenys CEA, CA19-9, CA125 ir CA72-4 yra plačiai naudojami atrankos ir stebėsenos GC. Taigi, mes nustatyti tarp atskirų N-glikaną žymekliai koreliacijas (įskaitant diagnostikos modelių), naviko biologinius žymenis ir TNM etapą.

rezultatai parodė, kad tik TNM stadija buvo teigiamai susijęs su GCglycoA (r = 0.355, P < 0,001) ir GCglycoB (R = 0,345 P < 0,001) (11 lentelė). Iš į ir 9 viršūnių 6 struktūrų gausa buvo žymiai skiriasi tarp TNM etapais (12 lentelė).
Koreliacija
CEA
CA19-9
CA125
CA72-4
TNM stadija
GCglycoA
GCglycoB
Didžiausioji 1r
0.210^{a0.127a0.006a-0.023a0.088a0.250b0.055bP
0.0160.1480.9440.7930.3160.0040.532Peak 2r
0.009a0.038a0.011a-0.067a0.010a0.224b-0.099bP
0.9170.6670.9040.4450.9060.0100.258Peak 3r
0.083a0.094a0.066a0.039a-0.115a-0.216b-0.346bP
0.3480.2860.4550.6540.1930.013<0.001Peak 4r
-0.045a0.160a0.047a-0.006a-0.091a0.122b0.074bP
0.6130.0680.5940.9430.3010.1670.403Peak 5r
-0.029a-0.156a-0.020a0.097a0.108a0.299b0.478bP
0.7430.0760.8160.2700.2180.001<0.001Peak 6r
0.009a0.020a0.044a-0.114a-0.348a-0.757b-0.787bP
0.9210.8170.6180.197<0.001<0.001<0.001Peak 7r
-0.039a0.089a-0.075a-0.161a-0.245a-0.368b-0.517bP
0.6580.3110.3940.0660.005<0.001<0.001Peak 8r
-0.135a-0.058a0.002a-0.087a-0.035a-0.215b0.011bP
0.1240.5130.9840.3210.6920.0140.897Peak 9r
0.028a-0.072a-0.034a0.095a0.315a0.794b0.591bP
0.7510.4130.7030.280<0.001<0.001<0.001GCglycoAr
-0.033b-0.042b-0.012b0.046b0.355b10.869bP
0.7100.6370.8960.605<0.001<0.001GCglycoBr
-0.052b-0.045b0.027b0.105b0.345b0.869b1P
0.5580.6110.7600.232<0.001<0.001Sumfuccr
0.061a0.151a0.040a-0.108a-0.170a-0.353b-0.580bP
0.4860.0850.6510.2210.052<0.001<0.001Table . 11. Koreliacija tarp N-glikaną Žymekliai ir Pathobiochemical parametrai
Santrumpos:. R, koreliacijos koeficientas Pearson koreliacijos analizė B Spearman koreliacijos analizės C Sumfuc rodo bendrą gausa ofα-1, 9a2.67±1.583.97±1.804.17±1.334.84±2.276.834<0.001Sumfucb46.43±4.7743.21±5.5542.14±6.9442.91±6.942.9440.036Table}

• PLoS ONE: Prastas prognozė fosfatazės regeneruoti Ilgaamžis 3 raišką skrandžio vėžys: metaanalizė
• PLoS ONE: VEZT, romano spėjamas auglio slopinamojo, slopina augimo ir tumorogeniš- skrandžio Cancer