PLoS ONE: Zic1 Promotor Hipermetilacija u plazmi DNK je potencijalni biomarker za rak želuca i intraepitelne neoplazije

Sažetak pregled

Rak želuca (GC) i dalje je jedna od najčešćih probavnih raka širom svijeta; Međutim, većina pacijenata predstaviti u poodmakloj fazi, na početne dijagnoze. Zic1 pregled je novi tumor supresorski gen kandidat koji epigenetically je ušutkan u GC. U ovoj studiji ispitivali smo Zic1 pregled promotor metilacije u plazmi DNA kao novi molekularni marker za rano dijagnosticiranje i praćenje GC. lančana reakcija polimeraze (MSP) ispitivanje metilacije specifične provedena je za otkrivanje Zic1 pregled promotor metiliranje u plazmi DNK iz 20 zdravih subjekata, 50 želučanih intraepitelne neoplazije pacijenata, i 104 GC pacijenata. Zic1 pregled promotor stopu metilacije u uzorcima plazme iz zdrave kontrolne skupine bila je 0%, ali je dosegla 54,0% u intraepitelne neoplazije skupini i 60,6% u GC grupe. Zadnje dvije bile su značajno veće od one u zdravim kontrolne skupine (p < 0.05), sa specifičnošću 100% za intraepitelne neoplazije i GC dijagnoze. Pozitivna prediktivna vrijednost plazmi Zic1 pregled promotor metilacije za dijagnosticiranje intraepitelna neoplazija i GC je 100%. status metilacija u GC skupine nije značajno povezana s veličinom tumora, diferencijacije tumora, limfnih čvorova, metastaza TNM ili tumorske invazije (p > 0,05). Procjena važnosti otkrivanja karcinoma-embrionalne antigen (CEA) razini i Zic1 pregled promotor stopu metilacije za GC dijagnoze otkrila je da je osjetljivost Zic1 pregled promotor metilacije bila je značajno veća od one razina CEA kao marker i da je kombinirana mjerenja tih dvaju indeksa (paralelna ispitivanja) poboljšanom osjetljivošću. Uzeti zajedno, naši rezultati ukazuju na to da je Zic1 pregled promotor stopu metilacije u plazme DNA je od velikog značaja za rano projekciju GC i praćenje tumorigenezi. Zic1 pregled promotor metilacije može poslužiti kao novi neinvazivna plazma biomarkera za rano otkrivanje GC a za procjenu rizika u populacijama visokog rizika. Kombinirani mjerenje Zic1 pregled stopa promotor metilacije i HUP razini (paralelno testiranje) može poboljšati trenutne smjernice za ranu dijagnozu GC pregled

Izvor:. Chen X, Lin Z, Xue M Si J, Chen S (2015) Zic1 pregled Promotor Hipermetilacija u plazmi DNK je potencijalni biomarker za rak želuca i intraepitelne neoplazije. PLoS ONE 10 (7): e0133906. doi: 10,1371 /journal.pone.0133906 pregled

Urednik: Hiromu Suzuki, Sapporo Medicinski fakultet, JAPAN pregled

Primljeno: 10. travnja 2015. godine; Prihvaćeno: 2. srpnja 2015; Objavljeno: 24. srpnja 2015 pregled

Copyright: © 2015 Chen i sur. Ovo je otvoreno pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan pregled

Podaci Dostupnost: sve relevantne podatke su u radu i njegove popratne podatke datoteka pregled

Financiranje:. Ovaj rad je financiran od strane Nacionalne zaklade prirodoslovni Kine (81302070, 81372623) (http://www.nsfc.gov.cn), Zhejiang Pokrajinski Medicinska i općeg zdravstvenog Plan istraživanja (2014KYB121) (http://www.zjwst.gov.cn/), Zhejiang Provincial Odjel za obrazovanje plan istraživanja (Y201327398) (http://www.zjedu.gov.cn) i Zhejiang Province ključ znanost i tehnologija inovacije tim (2013TD13) (http://www.zjkjt.gov.cn/). Davatelj financijskih sredstava Shujie Chen zamišljen i dizajniran pokuse za ovaj rukopis pregled

suprotstavljenih interesa.. Autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled

Uvod pregled

Rak želuca (GC) je jedan od najčešćih probavnih raka i treći vodeći uzrok smrti od raka povezanih svijetu [1]. Većina GC pacijenata prisutnih u poodmakloj fazi nakon početne dijagnoze. Globalno, GC račune za gotovo 952.000 novih slučajeva godišnje u skladu s Globocan 2012. [2]. U Japanu je stopa preživljavanja od 5 godina za prijevremenu GC (EGC) je 86% u usporedbi s 32% za napredne GC, kako je izvijestio američkog vidioca programa [3]. Pregled

Aberantna DNA metilacije važan epigenetičko promjene i rani događaj u procesu karcinogeneze [4]. Nedavno, nekoliko tumor supresorski geni (TSGs), uključujući i FAM5C pregled, MYLK pregled, P16 pregled i E-kadherina pregled, su izvijestili da je metilirati u serumu /plazmi GC pacijenata [5-7]. Osim toga, Hipermetilacija od TSGs sklon biti pojačan s progresijom prekancerozne lezije [8-9]. Stoga, detekcija metiliranog DNA u serumu /plazmi može biti jedan obećavajući pristup za rano dijagnosticiranje GC. Intraepitelna neoplazija (IN) je potencijalno prekancerozne lezije koje se stiče visok rizik od GC; dakle, probir u bolesnika ključno za dijagnozu i prognozu GC. Nekoliko izvješća hypermethylated DNK analize uzoraka krvi iz želuca intraepitelne neoplazije (džin) bolesnika su dostupni danas. Pregled

Uzgoj dokazi pokazuju da Zic1
( Zic
člana obitelji 1 , ak-paru Drosophila homologni) sudjeluje u napredovanju nekoliko vrsta raka [10-13]. Mi smo ranije otkrili da Zic1 pregled, roman TSG, je ušutkao preko promotora Hipermetilacija u oba GC stanicama i tkivima [14]. Također smo pokazali da Zic1 pregled je uključen u inhibiciju opstanak GC stanica i oštećenja stanične migracije [15]. Pregled

U ovom istraživanju utvrdili smo rane dijagnostike i predvidljive potencijale Zic1 pregled Hipermetilacija u plazmi GC pacijenata. Izmjerili smo status promotor metilacije Zic1 pregled u plazmi kod pacijenata s GC ili džin i normalna kontrola (NC) ispitanika. Udruga Zic1 pregled promotor metilacije s kliničkopatološkim parametara također je ocijenjena. Osim toga, klasificiraju se visoko kvalitetno i T1 GC kao EGC i stavio pacijente GC i gin u GC plus u grupi (GPI). Zatim smo analizirali Zic1 pregled Hipermetilacija stope u oba EGC i GPI skupina. Nadalje, u kombinaciji procjena karcinoma-embrionalne antigen (CEA) razini i Zic1 pregled promotor metilacije za GC dijagnoze procijenjena je pomoću plazme od pacijenata GC i gin. Pregled,

Materijali i metode

kliničkim uzorcima

Plazma uzorci dobiveni su preoperativno kod Sir Run Run Shaw bolnica, Hangzhou, Zhejiang, Kina, od studenog 2012. do travnja 2015. Svi pacijenti uključeni u našem istraživanju prošli gastroendoscopy te su grupirani prema histopatoloških dijagnoze. Uzorci plazme su prikupljeni iz GC i gin bolesnika koji su bili naivno ljekovitim tretmanima, poput kemoterapije, radioterapije i kirurške resekcije. Kriteriji za isključenje uključeni gastrointestinalnih oboljenja s drugim uzrocima i bolesti drugih organa. Bolesnici s želučanim metastaze iz drugih tumora također su isključeni. Pregled

brojevima smo uzorke prema redoslijedu u kojem su prikupljeni, a zatim obavlja lančane reakcije polimeraze metilacija specifični (MSP) za procjenu uzoraka u brojčanom redoslijedu. Uzorci su dalje grupirani prema rezultatima patologije. Uzorci plazme su prikupljeni od 104 GC pacijenata s prosječnom dobi od 59,8 godina, koji su dijagnosticirana prema kriterijima Svjetske zdravstvene organizacije [16]. Pedeset Gin pacijenata s prosječnom dobi od 58,0 godina su dijagnosticira gastroskopija. Uzorci krvi su također prikupljeni iz 20 zdravih volontera u NC skupini s prosječnom dobi od 38,5 godina. pregled

Etika izjava pregled

Naš projekt dobio odobrenje od Clinical Research Etičkog povjerenstva Instituta za gastroenterologiju Sveučilišta Zhejiang. Pismeni informirani pristanak dobiven je od svakog pacijenta prije uzimanja uzorka. Pojedinci koji su sudjelovali u ovom istraživanju dala pisani pristanak (kao što je navedeno u PLoS
pristanak obliku) objaviti te detalje slučaja. Pregled

izolacija DNA i bisulfit modifikacija pregled

DNA je ekstrahirana iz uzoraka plazme pomoću QIAamp DNA Blood Mini kita (Qiagen, Hilden, Njemačka). koncentracija DNA je mjerena spektroskopijom na valnoj dužini od 260 nm. DNA je bisulfit tretirana s Zymo DNK modifikacije Kit (Zymo Research, Orange, CA, USA). Modificirana DNA je pohranjena na -20 ° C do upotrebe. Pregled

MSP testovi pregled

Zic1 pregled promotora metilacija se ispituje izvođenjem MSP testa, koristeći gore spomenute bisulfit modificirani slobodan plazma DNA kao šablonu. MSP je provedena tijekom 40 ciklusa na temperature od 56 ° C, kao što je ranije opisano [14]. Metilacija specifične klice su ZIC1-MF (5'-GGATTTTTTGTTTCGTAATC) i ZIC1-MR (5'-CCCGTTAACCACGTTAAACG) i nemetilirani specifične klice su ZIC1-UF (5'-GGGATTTTTTGTTTTGTAATT) i ZIC1-UR (5' CCCATTAACCACATTAAACA). PCR protokol uključuje početnu denaturacije na 95 ° C tijekom 10 min, nakon čega slijedi 40 ciklusa denaturacije na 95 ° C za 30 s, žarenja na 56 ° C tijekom 40 s, klica na 72 ° C tijekom 40 sekundi, i konačno proširenje na 72 ° C tijekom 7 min. PCR produkti su elektroforezom na 1,5% agaroznom gelu, obojeni gel Red i vizualizirana UV svjetlosti. Pregled

Serum HUP testiranje pregled

Uzorci seruma su poslani u kliničkom laboratoriju Sir Run Run Shaw bolnica za testiranje, a koncentracija CEA od > 5 ng /ml se smatra nenormalno. Pregled

Statistički analizira pregled

metilacije frekvencije i razine CEA u uzorcima plazme uspoređene su Fisherov egzaktni test. Povezanost između kliničkopatološkim karakteristika i DNA Hipermetilacija je analiziran pomoću hi-kvadrat test. Dijagnostička vrijednost kombinacije Zic1 pregled promotor metilacije, a razina u plazmi HUP procijenjena je na temelju površine ispod prijemnik karakteristične krivulje (AUC). Osjetljivost, specifičnost, i pozitivne i negativne prediktivne vrijednosti za patološku dijagnozu izračunate su s 95% intervala pouzdanosti za Zic1 pregled promotor metilacije ili Zic1 pregled promotora metilacije u kombinaciji s razinom CEA. Također su izračunati pozitivni i negativni omjeri vjerojatnosti. Za sve testove, a cut-off vrijednosti od p < 0,05 primijenjen je za određivanje statističkog značaja. Sve statističke analize provedene su pomoću SPSS 19,0 softver (SPSS Inc., Chicago, IL). Pregled

Rezultati

Status Metilacija u plazmi Netlogu

Za procjenu promjene u Zic1 pregled promotor metilacije u GC, prvo detektira stanje metilacije ovog promotora u 104 bolesnika s GC, 50 s gin, 31 s EGC i 20 NCS i izvodi usporedbe među skupinama. Metilacija stope Zic1 pregled promotor u uzorcima plazme bila 0% u skupini NC (0%), čime se povećava do 54,0% u Gin skupini i 60,6% u skupini GC (p < 0.001 i za džin GC vs NC), sa 100% specifičnosti za GPI dijagnoze (20/20) (slika 1). Pozitivne i negativne prediktivne vrijednosti i pozitivni i negativni omjeri vjerojatnosti za dijagnosticiranje in i GC bili 100% (90/90), 23,8% (20/84), beskonačnu i 0.42, respektivno. Rezultati predstavnik MSP testa za Zic1 pregled promotor metilacije prikazani su na slici 2.

Udruga kliničkopatološkim mogućnosti s Zic1 pregled promotor metilacije u plazmi GC pacijenata pregled

Mi smo tada u korelaciji s kliničkopatološka mogućnosti s Zic1 pregled promotor stopu metilacije u plazmi pacijenata GC identificirati bilo asocijacije. Rezultati su pokazali da nema obilježene povezanost između Zic1 pregled promotor metilacije stopa i klinički parametri, uključujući i veličine tumora, diferencijacije razred, status limfnih čvorova, dubini invazije tumora i TNM stadiju (p > 0,05) (Tablica 1) . pregled

kombinirano određivanje Zic1 pregled Hipermetilacija i HUP razina pregled

značaj kombiniranog određivanje Zic1 pregled Hipermetilacija stopa i razina CEA za analizirana je dijagnoza i rano predviđanje GC. Izmjerili smo razinu HUP-u 9 NCS, 24 Gin pacijenata i 71 GC bolesnika prije početka liječenja. Osjetljivost razine CEA u GC, IN i EGC skupine bile su 22,5% (16/71), 16,7% (4/24) i 10,5% (2/19), respektivno. U svim trima skupinama, osjetljivost Zic1 pregled promotor metilacije bila je značajno viša od one razine CEA (p < 0,05). Pregled

Kombinirano određivanje Zic1
Hipermetilacija i HUP razini u GC grupi. pregled

u GC grupe, osjetljivosti i specifičnosti kombinirane određivanje Zic1 pregled promotor metilacije brzine i razine CEA (tandem testiranje) bile su 16,9 % i 90,9%, odnosno (Tablica 2). Osjetljivost kombiniranoj analizi ovih dvaju parametara (paralelna ispitivanja) bila je 69,0% (Tablica 2), što je više nego osjetljivost postignutih ispitivanja sama ili parametra. Analiza ROC krivulja izvedena je procijeniti značaj stope DNA metilacije i HUP razini za GC dijagnoze. AUC Zic1 pregled promotor metilacije testiranje sama bila 0,610 (S1 sl), te da je za kombiniranu procjenu Zic1 pregled promotor metilacije i razine CEA (tandem ispitivanja) bila je 0,539 (S2 sl) , Posebice kada Zic1 pregled promotor metiliranje i razina CEA ispitani su paralelno AUC povećana na 0,633 (slika 3). Na temelju navedenih rezultata, u kombinaciji određivanje Zic1 pregled promotor metilacije stopa i HUP razini (paralelno testiranje) za GC dijagnozu je nađeno da je sinergističko u usporedbi s korištenjem samo svaku metodu. Pregled

Kombinirano određivanje Zic1 pregled Hipermetilacija i HUP razini u GPI grupi. pregled

u GPI grupi, osjetljivosti i specifičnosti u kombinaciji određivanje Zic1 pregled promotora stopu metilacije i HUP razini (tandem testiranje) bili su 15,8% i 100,0%, respektivno (Tablica 3). Kombinirana procjena tih dvaju parametara (paralelna ispitivanja) imali su najveću osjetljivost na 65,3%, uz pozitivnu prediktivnu vrijednost dosegnuo 98,4% (tablica 3). Analiza ROC krivulja izvedena je procijeniti značaj stope DNA metilacije i HUP razini za GPI dijagnoze. AUC Zic1 pregled promotor metilacije testiranje sama bila 0,792 (S3 sl), te da je za kombiniranu procjenu Zic1 pregled promotor metilacije stopa i razina CEA (paralelno testiranje) bio je 0,771 (Sl 4). Stoga je otkrivanje Zic1 pregled promotor metilacije može biti učinkovitija alternativa za GPI dijagnozu. Pregled

Rasprava pregled

U zadnje vrijeme, brojni geni su pronađeni biti metiliran u GC tkiva uključujući E-kadherina pregled, RASSF1A pregled, p16 pregled, GSTP1 pregled, SOCS1 pregled, SFRP1
i PTEN pregled [17]. Prijavljene metilacije frekvencije su u rasponu od 56% do 96% [17]. DNA metilacije Također je primijećeno u uzorcima krvi iz GC pacijenata. Nekoliko TSGs je utvrđeno da se metilirati u uzorcima krvi iz GC pacijenata, uključujući p16 pregled, E-kadherina pregled i RAR pregled, a stope detekcije 37% do 48%, odnosno [18-21]. pregled

Zic1 pregled neprirodno regulirani u nekih vrsta raka, govori o njegovoj funkciji kao TSG. Naš dosadašnji rad je otkrio da je Zic1 pregled promotor često metilira u osnovnim tkiva karcinoma želuca, s visokom stopom detekcije 94,6%, ali ne u normalnim želučanog tkiva [14]. Naši rezultati su pokazali da je Zic1 pregled je novi kandidat TSG koja je regulirani putem promotora Hipermetilacija u GC. Međutim, prema našem najboljem saznanju, nema istraživanja su istraživali plazmi Zic1 pregled promotor metilacije u GC ili gin. Pregled

U ovom istraživanju, prvo smo pokazali da je nenormalna metilacije Zic1 pregled promotor mogao biti otkriven u plazmi iz GC i gin pacijenata na frekvencijama 60,6% i 54,0%, odnosno, koji su znatno veći od onoga NKS-a. Ovi rezultati su u skladu s onima iz prijašnjih studija [14]. S dijagnostičkog stajališta, Zic1 pregled promotor metilacije pokazao je visoku specifičnost za diskriminaciju NKS od pacijenata GC i džin (100%). Naši rezultati također pokazali da otkrivanje Zic1 pregled promotor metilacije stopa imala visoku pozitivnu prediktivnu vrijednost i pozitivan vjerojatnosti omjer i AUC za GC i džin dijagnoze, što ukazuje da se Zic1 pregled, procjenu promotor metilacije ima potencijal uslužni program za dijagnostiku i rano predviđanje GC. pregled

Mnogi prethodne studije su usmjerene na DNA u krvi metilacije perifernog u GC nego džin bolesnika, sa samo nekoliko studija s naglaskom na DNA metilacije u gin. Razvoj endoskopskih tehnika omogućila dostupnost učinkovitijih i manje invazivnih tretmana za EGC i džin pacijenata. Sve u svemu, pregled Gin doprinosi praćenju GC i smanjenju smrtnosti GC-povezane. Jedan zanimljiv aspekt ove studije je da smo pokazali nenormalna Zic1 pregled promotor metilacije u plazmi od džina pacijenata, sa stopom detekcije koji je bio znatno veći nego što je NC ispitanika (p < 0,001). U budućnosti, otkrivanje Hipermetilacija od Zic1 pregled promotor potencijalno mogu se koristiti kao rani znak upozorenja ili na zaslonu za GC u visoko rizične skupine. Pregled

Također, ocjenjuju Zic1 pregled promotor metilacije u plazmi od GC pacijenata u suradnji s različitim kliničkopatološkim parametrima. Nije bilo statistički značajne veze zabilježene su između Zic1 pregled promotor metilacije i razni klinički parametri, uključujući i veličine tumora, diferencijacije razred, status limfnih čvorova, dubini invazije tumora i TNM stadiju; Međutim, u našem prethodnom istraživanju [15], Zic1 pregled metilacije je utvrđeno da se uključe u GC invazivnosti. U ovom istraživanju, većina pacijenata GC su dijagnosticira i liječi u ranoj fazi, koja može biti od utjecaja na konačne rezultate. Validacija u većoj populaciji može pružiti uvid u ovim različitim rezultatima. Je li neka korelacija postoji između nenormalna Zic1 pregled promotor metilacije i GC kliničke značajke zahtijeva objašnjenja od strane daljnju analizu. Pregled

CEA je klasična tumorski marker koji se obično procjenjuje u klinici. Ovaj marker se smatra najčešće prisutne kod pacijenata kasnim GC; Međutim, mnoge studije su pokazali da DNA metilacija se može detektirati počevši ranim fazama GC. U našem sadašnjem istraživanju, ROC krivulja je generirana za procjenu značaja kombiniranog otkrivanje Zic1 pregled promotor metilacije stopa i HUP razini (paralelno testiranje) za dijagnozu GC, otkrivajući da je njihova zajednička otkrivanje proizveo više značajne rezultate nego otkrivanju same ili parametra. Stoga predlažemo da zajednički mjerenje Zic1 pregled promotor metilacije stopa i HUP razina može poboljšati dijagnozu GC. Pregled

U zaključku, naši rezultati su pokazali da je mjerenje Zic1 pregled promotor metilacije u plazme DNK od značaja za rano otkrivanje GC i za procjenu rizika u populacijama visokog rizika. Kombinirani mjerenje Zic1 pregled promotor metilacije stopa i HUP razini (paralelno testiranje) može poboljšati trenutne smjernice za ranu dijagnozu GC; Međutim, daljnja istraživanja s većim uzorke i kliničku validaciju su obavezna. pregled

popratne podatke
S1 sl. Otkrivanje Zic1 pregled promotor metilacije u rak želuca (GC) plazma.
An ROC krivulje za ocjenjivanje važnosti Zic1 pregled promotor metilacije testiranje za GC dijagnoze. Pregled doi : 10,1371 /journal.pone.0133906.s001 pregled (TIF) pregled S2 Sl. Kombinirano otkrivanje Zic1 pregled promotor metilacije, a razina CEA (tandem testiranje) kod raka želuca (GC) plazma.
An ROC krivulje za ocjenjivanje važnosti kombiniranog otkrivanja dvaju parametara (tandem testiranje .) za GC dijagnozu pregled doi: 10,1371 /journal.pone.0133906.s002 pregled (TIF) pregled S3 Sl. Otkrivanje Zic1 pregled promotor metilacije u želučanim intraepitelne neoplazije (GPI) plazma.
An ROC krivulje za ocjenjivanje važnosti Zic1 pregled promotor metilacije ispitivanje GPI dijagnoze. Pregled doi: 10,1371 /journal.pone.0133906.s003 pregled (TIF) pregled

• PLoS ONE: Propisi B stanica Funkcija je potisnut od pušenja i pretilosti u H. pylori-om iu korelaciji je s povećanim rizikom od želučane Cancer
• PLoS ONE: Exosomal miRNAs od peritoneuma iscjetku kao potencijalnu prognostičku biomarkera peritonejsku metastaza u želučanom Cancer