PLoS One: Exkluzív Szövetsége p53 mutáció Super-High metilezése tumor szupresszor gének a p53 egyedülálló gyomorkarcinóma Phenotype

absztrakt katalógusa

Háttér katalógusa

Egy átfogó keresést DNS metilezendő azonosított gének jelölt tumor szupresszor gének, már bebizonyosodott, hogy részt vesz az apoptotikus folyamat a p53 katalógusa út. Ebben a tanulmányban azt vizsgáltuk, p53 katalógusa mutáció kapcsolatban ilyen epigenetikus változás elsődleges gyomorrákban. Katalógusa

Módszerek katalógusa

A metilációs profilok a 3 gén: PGP9 katalógusa. 5 katalógusa, NMDAR2B katalógusa, és CCNA1 katalógusa, amelyek részt vesznek a p53 tumor szupresszor útvonal kombinálva p53 mutációt katalógusa megvizsgált 163 primer gyomor rák. A hatás az epigenetikus visszatérés kombinált kemoterápiás gyógyszerek apoptózist is értékelték megfelelően a tumor p53 katalógusa mutációra. Katalógusa

Eredmények katalógusa

p53 gén katalógusa mutációkat találtak a 44 primer gyomor tumorok (27%), és a szuper-magas metilezésével minden a 3 gének csak talált esetekben vad típusú p53 katalógusa. Magasabb p53 katalógusa útvonal aberráció találtak esetben férfi nemi (p = 0,003), a bél típusa (p = 0,005), és a nem beszivárgó típusú (p = 0,001). A p53 katalógusa útvonal aberráció csoportjánál kisebb megismétlődik a nyirokcsomókban, távoli szervekben, és a hashártya, mint a p53 katalógusa nem aberráció csoport. A NUGC4 gyomorrák sejtvonal ( p53 katalógusa vad típus), epigenetikai kezelés fokozta apoptózis kemoterápiás szerek, részben a p53 katalógusa transzkripciós aktivitást. Másrészt, a KATO III rákos sejtvonalat ( p53
mutáns), epigenetikai kezelés önmagában indukált robusztus apoptózis, nem transz-aktiválása p53
.

Következtetés

a gyomorrák, p53 katalógusa releváns és nem releváns utak léteznek, és a tumorok akár út típusa kiállított egyedi klinikai jellemzői. Epigenetikus kezelések apoptózist indukáló részben át p53 katalógusa aktiválás azonban ezek apoptotikus hatás magyarázható nagyrészt mechanizmus eltérő a p53 katalógusa utakat.

Citation: Waraya M, Yamashita K, Ema a, Katada N, Kikuchi S, M Watanabe (2015) Exkluzív Egyesület p53 katalógusa mutáció Super-High metilezése tumor szupresszor gének a p53 katalógusa Út a Unique Gyomor- rák fenotípus. PLoS ONE 10 (10): e0139902. doi: 10,1371 /journal.pone.0139902 katalógusa

Szerkesztő: Qian Tao, a kínai University of Hong Kong, Hong Kong katalógusa

Beérkezett: március 31, 2015; Elfogadva: szeptember 18, 2015; Megjelent: október 8, 2015 katalógusa

Copyright: © 2015 Waraya et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra katalógusa

Az adatok elérhetősége: Minden lényeges adatot belül a papír és az azt támogató információs fájlokat. katalógusa

Forrás: Ezt a munkát részben támogatta a Grant-in Aid for Cancer Research a egészségügyi Minisztérium, Munkaügyi és jóléti japán és a japán Alapítvány multidiszciplináris rák kezelésére. A finanszírozó ügynökségek nem volt szerepe a tervezés a vizsgálat, az adatgyűjtés, illetve elemzés; Az eredmények értelmezését; A készítmény a kézirat; vagy a döntés, hogy nyújtsák be a kéziratot közlésre. katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. katalógusa

Bevezető katalógusa

DNS metiláció központi szerepet játszik a géncsendesítés tumor szuppresszor gének a humán rák. A rák-specifikus metiláció gén egy ritka entitás, és a gyakori aberrációja metilezés primer tumor szövetekben még ritka [1, 2]. Azonosítottuk a rák-specifikus metilált gének egyes szervek segítségével farmakológiai maszkírozásának microarray (PUM) [1, 2] és egy módosított PUM [3-5]. Azonosítottunk sok jelölt tumor szupresszor gének (HKT), mint például a PGP9 katalógusa. 5 katalógusa fej-nyaki laphámrák (HNSCC) [2], nyelőcső SCC (ESCC) [6] , gyomorrák [4], és egyéb rákok [7], NMDAR2B
ESCC [3] és a gyomorrák [8], és CCNA1
HNSCC [2]. A metilációs profilokat ezen gének által hitelesített, más csoportok és /vagy akár más rákok [9-14]. Gének azt mutatta, több mint 60% metiláció daganatszöveteken jelölték rendkívül fontos metilált gének (HRMGs) [15]. Sőt, tovább, mint a frekvencia ilyen aberrált metilációs jelölt HRMGs más jelentések a gyomorrák [16], valamint a gén jelöltek szűkült specifikus gének. Katalógusa

A legfontosabb, hogy ezek a jelölt tumor szupresszor gének voltak számoltak be, hogy a p53 tumor szupresszor katalógusa útvonal (1. ábra). Például a PGP9 katalógusa. 5 katalógusa közvetlenül kölcsönhatásba p53 katalógusa és stabilizálja p53 katalógusa gátolta a degradáció a ubikvitinációs májsejt [17] , emlő [18], és orrgarat rák [19]. NMDAR2B katalógusa apoptózist indukál keresztül közvetlen interakció DAPK katalógusa [20], ami viszont kimutatták, hogy ellensúlyozza onkogén-indukált transzformáció aktiválásával p19ARF katalógusa / p53
-függő apoptotikus checkpoint [21]. CCNA1 katalógusa egy p53 katalógusa indukált apoptózist befolyásoló gén, G2 /M letartóztatását, és mitotikus katasztrófa emberi vese, petefészek, és a tüdőrák sejtek [22]. Ennélfogva a p53 katalógusa útvonal abláció a daganatos szövetekben az elsődleges rákok epigenetikus módon együtt vad típusú p53 katalógusa azonban nem volt jelentést a társulás p53
mutáció és epigenetikai változások primer tumor szövetben. katalógusa

Ebben a tanulmányban azt vizsgáltuk, hogy a DNS-metilációs állapotát gének p53 katalógusa utat, amely abnormálisan szabályozott epigenetikus módon primer gyomor rák, és összehasonlították a metilációs mintázat a p53 katalógusa mutáció státusz meghatározása érdekében a klinikai jelentősége p53 katalógusa aberráció fenotípus. katalógusa

módszerek katalógusa

Cell vonalak és szövetminták

a gyomorrák-sejtvonalak, KatoIII, NUGC4, AZ521, és SH10 vásároltunk a RIKEN Bioresource Center (Ibaraki, Japán). És a hepatocelluláris karcinóma sejtvonal HepG2 vásároltunk a American Type Culture Collection (Manassas, VA). Ezek a sejtvonalak kivéve AZ521 és HepG2 növesztettünk RPMI 1640 tápközegben (GIBCO, Carlsbad, CA), kiegészítve 10% magzati borjúszérummal. AZ521 és HepG2 növesztettünk DMEM tápközegben (Gibco), kiegészítve 10% FBS-sel.

pár (n = 163) formalinnal fixált, paraffinba ágyazott (FFPE) tumorszövetben és a megfelelő normál nyálkahártya példányok szerezhetők be legalább 5 cm-re a tumor szélén nyerték műtéten átesett betegek között január 1, 2000, és 2010. december 31-Minden stádiumú II /III GC átment volna egy potenciálisan kuratív rezekció az elsődleges GC, és ment adjuváns S -1 kemoterápia a műtét után (S-1 standard kezelést). Neo-adjuváns terápia nem került sor ebben a betegcsoportban. Tumorokat besorolása az TNM osztályozás szerint a 7 ^{th kiadás az Unió Nemzetközi Rákellenes (UICC) és a 14 th kiadása a japán osztályozása gyomorrák (JCGC). A betegek jellemzőit a táblázat mutatja be 1. Minden szöveti mintákat gyűjtöttünk Kitasato University Hospital, és írásos beleegyezését adta az összes betegek és egészséges donorok előtt mintagyűjtő. A jelen tanulmány által jóváhagyott Etikai Bizottsága Kitasato Egyetemen. Katalógusa}

elemzése mutáns p53 katalógusa gének felhasználásával egyszálú konformációs polimorfizmus (SSCP) hotelben

mutációi exon 5, 6., 7. és 8. p53
gén szkríneltünk a nem-radioaktív egyszálú konformáció polimorfizmus (SSCP) elemzés, amelyet végeztünk mi korábban megállapított módszerek [23]. PCR-terméket a mintákat 10 ul hígítottuk háromszoros gél-loading pufferben (95% ionmentesített formamid, 20 mmol /l EDTA, 0,01% brómfenolkék és 0,01% xilol-cianol), és melegítjük 95 ° C-on 10 percen keresztül, majd kioltás jégen. Aliquotjait 3 ul vittük módosított poliakrilamid géleken (PAFG: 18% -os poliakrilamid-bisz (49: 1), 0,5x TBE, 10% glicerin, 10% formamid, 0,05% ammónium-perszulfát és 30 ml TEMED) méretek 120 mm x 150 mm x 0,35 mm. Az elektroforézist végeztünk 1,5x TBE futtató puffer 500 V és 30 mA, 1 órán át szobahőmérsékleten keverjük. Sávok detektáltuk festéssel gélek alkalmazásával ezüst festés plusz kit (Bio-Rad, Hercules, CA), majd fixálást, öblítés, a fejlesztés, és leállítása a reakciót. Mutáns sávokat detektáltunk PCR-SSCP voltak nyilvánvalóvá 1:64 hígítás mutáns allélek.

biszulfit-kezeiés a kivont DNS

genomiális DNS-t FFPE szövetek és sejtvonalak extraháljuk QIAamp DNS FFPE Tissue Kit (QIAGEN Sciences, Maryland, MD), és a QIAamp DNA Mini Kit (QIAGEN) a gyártó protokollja szerint. A DNS-denaturáló, 2 ug genomiális DNS-t inkubáltunk 5 ug lazac sperma DNS-t 0,3 mol /l NaOH, 20 percen át 50 ° C-on. A DNS-mintát ezután hígítjuk 500 ul olyan oldatot, amely 2,5 mol /l-es nátrium-metabiszulfit (Sigma-Aldrich Inc., St. Louis, MO) /125 mmol /l-hidrokinon (Sigma) /0,4 mol /l-es nátrium-hidroxid-oldatot, és inkubáljuk 70 ° C-on 1,5 órán át keverjük. A mintát ezután felvisszük egy oszlopra (Wizard DNA Clean-up rendszer, Promega Inc., Madison, WI), inkubáltuk 0,3 mol /l NaOH, 10 percig, és ezt követően ezzel kezelik 3 mol /l ammónium-acetát, 5 percig. A mintát kicsaptuk 100% -os etanollal, és a DNS-t újra szuszpendáljuk 50 ul Lote tartalmazó 10 nM trisz-HCl, pH = 8 és 2,5 uM etilén-diamin-tetra-ecetsav (EDTA), pH = 8, és ezt követően amplifikáltuk polimeráz-lánc reakció (PCR). Biszulfit-kezeiés eredményeket a kémiai módosítása nem metilált, de nem metilezett, citozinok hogy uracilok, amely lehetővé teszi a különbséget a metilált és metilálatlan genomiális DNS-t.

Kvantitatív-metiláció-specifikus PCR (Q-MSP)

a kvantitatív metiiációs elemzését, TaqMan metiláció specifikus PCR (Q-MSP) alkalmazásával hajtottuk végre a iQ ™ Multiplex Powermix (Bio-Rad) három párhuzamosban a iCycler iQ ™ Real-Time PCR detektáló rendszerrel (Bio-Rad). PCR körülmények és szekvenciák biztosított S1 táblázat. Sorozathígításait biszulfit módosított CpGenome univerzális metilezett DNS-t (Chemicon International, Temecula, CA) alkalmaztunk a kalibrációs görbe minden egyes lemezen, mint metiláció pozitív kontrollok és CpGenome univerzális nem metilált DNS-t (Chemicon International) alkalmaztunk negatív kontrollként. A metiláció érték (TaqMeth érték) aránya határozza meg a metilezett PGP9 katalógusa. 5 katalógusa, NMDAR2B katalógusa, CCNA1 katalógusa, vagy a DAPK
normalizáltuk metiiezett β-aktin katalógusa, amelyet azután megszorozzuk 100-zal

immunhisztokémiai festése PGP9,5, NMDAR2B, és CCNA1

immunfestés, antigén maszkírozásának végeztük autokláv áztatás, endogén peroxidáz aktivitást blokkoljuk 3% H _{2 O 2 /metanol 5 percig, és a nem specifikus antitest kötődés által blokkolt inkubálás 1% -os híg normál lószérum 30 percek. A metszeteket ezután inkubáljuk 4 ° C hőmérsékleten egy éjszakán át, a következő antitestekkel: nyúl PGP9,5 poliklonális antitesttel (hígítás 1: 200, Nonus Biogenesis.), Nyúl NMDAR2B poliklonális antitesttel (hígítás 1: 100, Millipore), vagy az egér ciklin A monoklonális antitest (6E6, 1:50 hígítást, Leica Biosystems Newcastle. Ltd). Immunkomplexeket detektáltuk a Vectastain Elite ABC készlet (Vector Laboratories, Inc., Burlingame, CA) alkalmazásával a gyártó utasításai szerint. Ezek az immunkomplexek alkalmazásával detektáltuk a 3,3'-diaminobenzidin szubsztrátot (Vector), mint egy kromogén (PGP9,5 1,5 perc, NMDAR2B 6 perc, CCNA1 10 perc). A metszeteket hematoxilinnel ellenfestettük.}

Epigenetikai kezelés 5-aza-DC és a TSA, és a kemoterápiás kezelés CDDP

sejteket szétosztottuk, és beoltjuk egy kis sűrűségű (1x10 ^{6 /T-75 lombikba) 24 órával a kezelés előtt. A sejteket ezután 24 óránként 4 napon 1 vagy 5 | iM 5-aza-2'-dezoxicitidin (5-aza-dC; Sigma-Aldrich, St. Louis, MO) feloldunk 50% -os ecetsavban vagy álkezeltük PBS-sel, beleértve az azonos mennyiségű ecetsavat. Ahogy jeleztük, a 100 nM trichostatinA (TSA; Sigma-Aldrich) és /vagy 12,5 jiM cisz-diaminedichloroplatinum (CDDP) (Nichi-Iko Pharmaceutical Co., Ltd., Japán) adunk hozzá a végső 24 órán át.}

Western blot analízis

Összes fehérje extraháltuk sejtvonalakból, amelyek epigenetikusan kezelt /nélkül kemoterápiás kezelés, és vetettük alá Western-blot-analízissel a következő antitestek: egér anti-p53 monoklonális antitest (1C12, hígítás 1: 1000, Cell Signaling Technology, Inc.), vagy az egér anti-β-aktin IgG _{2a monoklonális antitesttel (hígítás 1: 10000, Sigma-Aldrich).}

p53 riporter assay

Cells (2x 10 ^{4 sejt /96 lyukú lemez), amelyek epigenetikusan kezelt /nem kemoterápiás kezelés transzfektáltunk egy p53 katalógusa riporter vektor (QIAGEN) alkalmazásával Signal ™ útvonal Reporter Kit ( QIAGEN), és a Lipofectamine 2000 reagenssel (Invitrogen). Az elegyet 24 óra inkubálás, a riporter aktivitást mértük a Dual-luciferáz riporter Assay System (Promega). A transzfekciókat háromszori ismétléssel végeztük, és Softmax alkalmazásával analizáltunk Pro szoftver (Molecular Devices, Sunnyvale, CA).}

Apoptózis assay

kezelt sejteket (1x 10 ^{5 sejt /minta) megfestettük Annexin V és 7-AAD (guava nexin reagens, guava Technologies, Hayward, CA) a megkülönböztetés a korai és késői apoptotikus sejtek, ill. A kísérletet a guava PCA rendszer, háromszorosan és elemeztük CytoSoft 2.1.5 szoftverrel (Guava Technologies). Katalógusa}

A statisztikai elemzés katalógusa

Fisher-teszt, illetve Mann-Whitney U tesztet használtunk a kategorikus változók, és Student t katalógusa -teszt használtunk folyamatos változók. Az adatokat átlag ± standard deviáció (SD). A Kaplan-Meier-módszerrel becsülni összesített túlélés, és az eltérő túlélési rátákat a log-rank teszt. Relapszus mentes túlélés (RFS) és a teljes túlélés (OS) mértük napjától művelet a kiújulás és a halál, vagy az utolsó nyomon követni. Ami a RFS és OS, a betegek, akik túlélték a több mint 60 hónap (5 év) elemeztük a túlélők. P < 0,05 értéket tekintettük statisztikailag szignifikánsnak. Minden statisztikai analízist végeztek SAS programcsomaggal (SAS Institute, Cary, NC). Katalógusa

Eredmények katalógusa

p53 gén katalógusa állapotát és metilációs profilját PGP9
. 5 katalógusa, NMDAR2B katalógusa, CCNA1 katalógusa, és DAPK
pStage II-III gyomorrák katalógusa

p53
mutációt azonosítottak a 44 163 primer gyomor rákos betegeknél (27%) által SSPC elemzést. p53 katalógusa génmutációt nem volt prognosztikai jelentősége (2A ábra). Ezután elemezte a metilációs profilját PGP9 katalógusa. 5 katalógusa, NMDAR2B katalógusa, CCNA1 katalógusa, és DAPK katalógusa ezekben a szövetekben a Q-MSP. A TaqMeth értéke gének magasabb volt a primer tumor gyomorrák vad típusú p53 katalógusa mint a mutáns p53 katalógusa (gén metiláció sorrendben: PGP9 katalógusa. 5 katalógusa > NMDAR2B katalógusa > CCNA1 katalógusa > DAPK katalógusa) (3A és S1 és S2 ábra). Metiláció a promoter DNS szignifikánsan magasabb volt a CCNA1 katalógusa (p < 0,0001) és a PGP9 katalógusa. 5 katalógusa (p = 0,03), és marginálisan szignifikánsan nagyobb NMDAR2B
(p = 0,10) és a DAPK katalógusa (p = 0,05) primer gyomorrák, mint a megfelelő normál nyálkahártya. Fontos megjegyezni, hogy a szuper-magas metilációs szintje PGP9 katalógusa. 5 katalógusa, NMDAR2B katalógusa, és CCNA1 katalógusa kizárólagosan találtak primer tumor nélkül p53 katalógusa mutáció, a cut-off TaqMeth értékek 50, 163, és 133, illetve (3A ábra). Az ilyen szuper nagy metilációját PGP9 katalógusa. 5 katalógusa, NMDAR2B katalógusa és CCNA1 katalógusa találtak 14, 19, és 8 minta volt, míg néhány ilyen mintákat átfedő (3B ábra). DAPK katalógusa nem jelent meg ez a tendencia, mert a DAPK katalógusa metilációs szintje meglehetősen magas a megfelelő normál nyálkahártya szöveteit egy jelentős része az esetek (S2 ábra). Katalógusa

immunhisztokémiai vizsgálatát PGP9,5, NMDAR2N, és CCNA1 fehérje expressziója primer gyomorrák

immunhisztokémiai festését PGP9,5, NAMDR2B és CCNA1 fehérje expresszióját azután végezzük mind esetben szuper-magas metiláció és azokat alacsony metilációs ezen gének. Egy erős csökkenése a kifejezés a PGP9,5, NMDAR2B, és CCNA1 volt megfigyelhető primer gyomorrák szövetek, ha a promoter DNS-metiláció volt szuper nagy (3. ábra). Másrészt, nem csökkent a fehérje expresszióját PGP9,5, NMDAR2B, vagy CCNA1 találtuk, ha a promoter DNS-metiláció alacsony volt (4. ábra).

Klinikopatológiai elemzés primer gyomorrák patológiás Stage II /III gyomorrák standard kezelést katalógusa

Klinikopatológiai jellemzői és a prognózis (5 éves RFS és OS) elemeztük a univariable módon gyomorrák patológiai stádium II /III gyomorrák standard kezelést (műtét plusz posztoperatív S-1 adminisztráció) (1. táblázat). Soroltuk a gyomorrákos betegek 3 kategóriába alapján p53 katalógusa mutációs státusz, valamint a DNS-metilációs állapotát PGP9 katalógusa. 5 katalógusa, NMDAR2B
és CCNA1 katalógusa, amelyet kijelölt genomikai és epigenetikai kategóriákban rendre (GEC). Ez a három kategória volt p53 katalógusa mutáns, p53 katalógusa vad típusú szuper-magas metiláció (SHM) a fenti 3 p53 katalógusa útvonal gének ( p53
WT /SHM), és a p53 katalógusa vad típusú nélkül (w /o) SHM ( p53 katalógusa WT w /o SHM). katalógusa

Érdekes betegcsoportok osztályozása a GECS szignifikánsan korrelált a nem (p = 0,0003), az életkor (p = 0,08), Lauren szövettan (p = 0,005) és a beszivárgás minta (p = 0,001), de nem prognosztikai tényezők, mint a megállóhelyeken tényezők. Betegcsoportok alapján osztályozzák GECS azt is kimutatta, hogy a p53 katalógusa mutáns és p53 katalógusa WT /SHM csoport hasonló értelemben a beteg szám az egyes klinikai jellemző, de eltérő a tekintetben, ha összehasonlítjuk a p53 katalógusa WT w /o SHM csoport. Így az újonnan kijelölt korábbi csoportok (a p53 katalógusa mutáns, valamint a p53 katalógusa WT /SHM csoportok), mint a p53 katalógusa aberráció csoport, és az utóbbi csoport ( p53 katalógusa WT w /o SHM) jelölték meg a p53 katalógusa nem aberráció csoport. katalógusa

Bár a prognózis nem volt szignifikáns különbség a csoportok között nemek szerint GEC (2B ), több kiújulást találtak a p53 katalógusa aberráció csoportban, mint a p53 katalógusa nem aberráció csoport (1. táblázat, nem volt statisztikailag szignifikáns különbség). Ez a tendencia megmarad szempontjából az ismétlődő minta az egyes nyirokcsomók, hashártya, és távoli szervekben (2. táblázat), ami arra utal, hogy a p53 katalógusa aberráció csoport valószínűleg mutatnak klinikailag egyedülálló fenotípus akár egy prognosztikai szempontból. Ha csak eseteket kiújulás elemeztük, a p53 katalógusa aberráció csoport ismét szignifikáns összefüggést a Lauren szövettan (2. táblázat, p = 0,01), azonban nem volt kiújulás mintákat, amelyek egyediek p53
aberráció.

Másrészt, a diffúz típusú gyomorrák szignifikánsan jobb prognózist, mint a bél típusú gyomorrák, a p53
aberráció Group (5A). Mivel az ilyen betegek hajlamosak kell elosztani, hogy sokkal előrehaladottabb, a túlélési adatok arra utaltak, hogy az S1 posztoperatív adjuváns kemoterápia hatékonyabbak a diffúz típusú gyomorrák, mint intesztinális típusú gyomorrák esetben p53 katalógusa útvonal aberráció (ábra 5B). katalógusa

Végül, mint referenciaadat (1. táblázat), univariable prognosztikai elemzés RFS és OS minden betegnél azonosították klinikailag jelentős potenciális prognosztikai faktorok képviselő rossz túlélési mint a nemek (p = 0,03, P = 0,1) , életkor ≥67 év (p = 0,009, p = 0,001), a felső tumor helye (P = 0,06, p = 0,1), 14 ^{th JGCA /7 th UICC pt (p = 0,08, P = 0,4), a 14 th JGCA pN (p = 0,001, p = 0,06), és a 14 th JGCA /7 th UICC stádium (P < 0,0001, p = 0,03).}

Epigenetikai kezelés által kiváltott p53-fehérje expressziót, egybehangzó a p53 transzkripciós aktivitását

epigenetikai kezelésére NUGC4 gyomor rákos sejtvonalak (vad típusú p53
) 5 iim 5-aza-2'- dezoxicitidin vagy 5 | iM 5-aza-2'-dezoxicitidin plusz trichosztatin a robusztus indukált apoptózist hiányában a kemoterápiás ágens a CDDP. További kezelés CDDP jelentősen tovább fokozta ezeket az apoptotikus hatásokat (ábra 6C). Érdekes, CDDP kombinálva epigenetikai kezelések erőteljesen növekedett a p53 fehérje szintjét, ami részben, de nem teljesen, tükröződik p53 katalógusa transzkripciós aktivitását a luciferáz riporter gén (6A és 6B). Ezek az eredmények azt javasolta, hogy p53 katalógusa transzkripciós aktivitás visszakapcsolha- epigenetikus kezelések azonban azt is sugallja, hogy az apoptózis csak részben okozta a p53 katalógusa útvonal.

Továbbá epigenetikai kezelésére KATOIII gyomor rákos sejtvonalak ( p53
null), 1 uM 5-aza-2'-dezoxicitidin vagy 1 uM 5-aza-2'-dezoxicitidin plusz trichosztatin a robusztus indukált apoptózis hiánya CDDP, de további CDDP kezelés nem jelentősen tovább fokozza az apoptotikus hatások (ábra 6C). CDDP kombinálva epigenetikai kezelések nem növelik a p53 fehérje szinten, amely tükröződik a hiánya p53
transzkripciós aktivitását egy luciferáz riporter gén (ábra 6A és 6B). Ezek az eredmények azt javasolta, hogy p53 katalógusa transzkripciós aktivitás nem szükséges az apoptózis epigenetikus kezelések KATOIII sejtek ( p53 katalógusa null sejtek). Katalógusa

Vita katalógusa

Ez Jelen tanulmány az első olyan jelentés, amely SHM tumor szupresszor gének p53 katalógusa út találhatók kizárólag kóros színpadi II /III gyomorrák vad típusú p53 katalógusa (3. ábra). Azért választottuk pStage II /III gyomorrákos betegek standard kezelési p53 katalógusa útvonal elemzés, mert multidiszciplináris kezelés az ilyen betegeknél a legjobb potenciális elérésének prognosztikai javulás teljes gyógyíthatóság [24, 25]. Ezt figyelembe kell venni az elsődleges, ha figyelembe vesszük a további fejlődését az új terápiás stratégiák. Katalógusa

Majdnem teljes metilációját promoter DNS CpG-szigetek szükséges teljes géncsendesítés, és még a kis arányban metilálatlanok allélok erőteljesen indukálja génexpresszió [ ,,,0],1-5]. A primer tumor szövetekben, SHM kell képviselniük szinte teljes metiláció a rákos sejtekben, és SHM a primer tumor szövetek valóban kapcsolatos a csökkent fehérje az ilyen gének expressziós (4. ábra). Ez az eredmény azt javasolta, hogy SHM gének a p53
útvonal lehet funkcionálisan ekvivalens a p53
funkcionális aberráció fordul elő, hogy ennek eredményeként a p53
mutáció, mivel ezek a 3-molekulák funkció ugyanabban a p53 katalógusa útvonal.

a gyomorrák, a p53 katalógusa aberráció csoport szignifikánsan összefüggött a különleges klinikopatológiai fenotípusok, mint Lauren bél szövettani, férfi nem, a régi kor, és kevésbé infiltratív növekedés (1. táblázat). A jelenlegi megfigyelések kapcsolatban lehet a korábbi jelentések, hogy kimutatták, hogy a p53
mutáció korreláltak a korai szakaszában a bél típusú gyomorrák, vagy késői szakaszában a diffúz típusú gyomorrák [26, 27], vagy idős kor [ ,,,0],28], azonban a klinikopatológiai elemzése elsősorban a benne középső szakasz gyomorrák. Érdekes, útvonal aberráció egyedi és tartós is visszatérő betegek (2. táblázat). Katalógusa

Pozitív prognosztikai jelentősége p53 katalógusa mutációja a gyomorrák ellentmondásos mind a szurkolók [29] és a másként gondolkodók [30 ] ezzel a lehetőséggel. Első pillantásra az adatainkat úgy tűnik, hogy támogassa az utóbbi csoportba, azonban meg kell venni, hogy a túlélési adatok valószínűleg már módosította a műtét utáni adjuváns kemoterápia (hagyományos kezelésben Japán). Mivel, szemben a jelen tanulmány, a diffúz típusú gyomorrák mutatta, rosszabb prognózist, mint a bél típusú gyomorrák a mi kórházban évtizeddel ezelőtt [15, 31], a legújabb frissített túlélési adatok alátámasztják az ellentétes eredmények (azaz a bél típusú gyomorrák mutat rosszabb prognózist, mint a diffúz típusú gyomorrák), amely feltehetően miatt az S-1 műtét utáni adjuváns hatásait [32]. Műtét utáni adjuváns S-1 kemoterápia javasolták, hogy szignifikánsan hatékonyabb peritoneális betegség, mint a távoli szervi metasztázis [24], és valószínű, hogy hatékonyabb, az a diffúz típusú gyomorrák, mint a bél típusú gyomorrák [32] . Ezen okok miatt a legújabb túlélési analízis azt jelzi, hogy a prognózis a diffúz típusú gyomorrák javult, hogy a bél típusú gyomorrák.

nem volt statisztikai különbség a visszaesési arány, vagy az egyedi kiújulás oldalak között p53 katalógusa aberráció csoport és a p53 katalógusa nem aberráció csoport azonban több kiújulást találtak mind a kiújulás helyek a p53 katalógusa nem aberráció csoportban, mint a p53 katalógusa aberráció csoport. Ezek az eredmények arra utalnak, hogy a p53 katalógusa nem aberráció csoport agresszívebb fenotípus, mint a p53 katalógusa aberráció csoport egészére. Tanulmányunkban a diffúz típusú gyomorrák szignifikánsan jobb prognózissal, mint a bél típusú gyomorrák a p53 katalógusa aberráció csoport. Mivel az ilyen betegek hajlamosak kell elosztani, hogy sokkal előrehaladottabb, a túlélési adatok arra utaltak, hogy az S1 posztoperatív adjuváns kemoterápia hatékonyabbak a diffúz típusú gyomorrák, mint intesztinális típusú gyomorrák esetben p53 katalógusa útvonal aberráció. Ezek az eredmények összhangban vannak a korábbi jelentéseket, hogy a mutáns p53 katalógusa és /vagy immunfestésével p53 fehérje lehet prediktív biomarkerek pozitív hatásait nagy dózisú kemoterápiára gyomorrákban [30]. Katalógusa

végül értékelni epigenetikus hatások kezelésére kombinálva kemoterápiás szerrel összehasonlítása érdekében fontos a p53 katalógusa utat a epigenetikus úton a gyomorrák sejtek CDDP-vel kezelt. Váratlanul úgy tűnt, hogy a p53 katalógusa út nem valószínű, hogy ebben igen fontos szerepet apoptózis indukció CDDP (6. ábra). Ez volt a közelmúltban kimutatták, hogy az epigenetikai karcinogenezissel valóban lehetséges. Ebben a rendszerben, a szisztémás iPS indukált újraprogramozásával tényezők eredménye szisztémás rák előfordulás dinamikus epigenetikai változások, míg a szisztémás reverziós ezeknek átprogramozásával tényezők visszatér a rákos sejtek a normál sejtek [33]. Gyomorrák valószínűleg kikötő kevesebb mutáció vezető gének [34], mint végbélrák [35], és hasonlóképpen mutációk eltérő p53 gén katalógusa ritkák az emlőrák [35], ami arra utal, hogy az epigenetikai karcinogenezissel egy lehetséges nagy etiológiája keresztül krónikus Helicobacter pylori fertőzés [36-38]. Nemrég azt is kimutattuk a hiper-metiláció a Reprimo katalógusa [39], ami ismét egy olyan gén, a p53 katalógusa útvonal, mely azonban nem lehet ebben a vizsgálatban, és a HOPX katalógusa [16] és a CDO1 katalógusa [40], hogy vonják be a apoptózist, de feltehetően nem a p53 katalógusa út. Ennek alapján a jelenlegi funkcionális kísérletek, a p53 katalógusa útvonal hozzájárulás epigenetikus kezelési hatások valószínűleg sokkal kisebb, mint a többi utak (5. ábra). Mi használt más sejtvonal (2 gyomorrák sejtvonalakon és 1 hepatocelluláris rák sejtvonal), hogy pontosan meghatározzák a hozzájárulást a p53 katalógusa utat által indukált apoptózis CDDP kombinálva epigenetikus kezelések. A kiegészítő végzett kísérletek láthatók S3 ábrán. AZ521 és HepG2 sejtvonalak p53 katalógusa vad típusú és a SH10 sejtvonal p53 katalógusa mutáns. p53
aktivitást detektáltunk a p53
vad típusú sejtekben, azonban annak aktivitás függ az egyes sejtvonal. Így p53
aktivitást detektáltunk NUGC4 sejtek CDDP kezelés és AZ521 és HepG2 sejtek nélkül CDDP kezelés. Erős apoptózis által felmért apoptózis assay (kaszpáz 3 vagy nexin vizsgálat) nem feltétlenül tükrözi a p53 katalógusa transzkripciós aktivitást. p53 katalógusa mutáns (SH10) vagy p53 katalógusa null sejtek, p53 katalógusa transzkripciós aktivitást nem indukált azonban egyáltalán apoptózis találták hasonló a p53 katalógusa vad típusú sejtekben. Ezért a gyomorrák, apoptotikus folyamatokat eltérő p53 katalógusa útvonal fontosabb lehet az apoptózis indukciója, mint a p53 katalógusa útvonal.

Végeredményben p53
aberráció és a nem aberráció betegcsoportok léteznek gyomorrák, a p53
útvonalak lehetnek aberráns eredményeként epigenetikus módosítása gének útvonalakat, illetve miatt genomi mutációt. A p53 katalógusa aberráció csoport olyan egyedi klinikai jellemzők, mint a p53 katalógusa nem aberráció csoport. Epigenetikus szabályozása a p53 katalógusa útvonal gének kisebb szerepet játszanak az apoptózis indukció egy kemoterápiás szer, és apoptózist gyomorrák, hogy indukálja epigenetikai visszatérés lehet magyarázni nagyrészt mechanizmus eltérő p53
útvonal. Így a p53
reakcióút nem valószínű, hogy döntő szerepet játszanak az apoptózisban által indukált CDDP kombinálva epigenetikus kezelések. Azonban a p53 katalógusa útvonal leírták, hogy fontos szerepet játszik a természetes gyomor karcinogenezis [41-44]. Így a felfedezés, hogy a p53 katalógusa útvonal gén metilációs kizárólagosan találtak gyomorrák egy p53 katalógusa vad típusú állapot lehet egy fontos megfigyelés, és az ilyen változások a tumor szövetben okozhat tumor progresszióját . Ez az oka annak p53 katalógusa útvonal aberráció lehet prediktív értéke kemoterápiás hatások gyomorrákban. Katalógusa

alátámasztó információk
S1 ábra. Sajátosságai metilezése PGP9 katalógusa. 5 katalógusa, NMDAR2B katalógusa, és CCNA1 katalógusa gyomorrákban. Katalógusa (A) A TaqMeth értékeket minden egyes gén gyomorrák és a megfelelő normál nyálkahártya látható. (B) A TaqMeth értékek az egyes gének megfelelően kell besorolni p53 gén katalógusa állapotát a tumor látható. Az adatokat átlag ± SD. Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0139902.s001 katalógusa (TIF) hotelben S2 ábra.

• PLoS One: szabályozatlan expressziója SRC, LYN és CKB kinázok DNS metiláció és potenciális szerepe a gyomorrák invazív és metasztatikus
• PLoS One: genetikai variabilitás 3-transzlálódó régió NBN gén asszociált Gyomor rák kockázatát a kínai népesség