PLOS NËMMEN: schiefgang an enger Haplotype zu Heparanase Gene Associatiounen mat der zerstéiert an hätt vun Gastric Cancer an enger Northern Chinese Population

Wat VerfÜgung

Background VerfÜgung

Mënscherechter heparanase spillt eng wichteg Roll an Kriibs Entwécklung an eenzel Nukleotid schiefgang (SNPs) an der heparanase Gentherapie (HPSE) goufen mat gastric Kriibs gin soll gewisen. Déi heiteg Etude iwwerpréift den Associatiounen tëschent eenzelne SNPs oder haplotypes zu HPSE an waat, clinicopathological Parameteren an hätt vun gastric Kriibs zu engem groussen Prouf vun der Han Bevëlkerung am Norde China. VerfÜgung

Methodik /Principal effektiv VerfÜgung

huet aus 404 gesond Kontrollen vun formalin-fix, paraffin-Ënnerbewosstsinn normal gastric Otemschwieregkeeten Echantillon vun 404 Patienten a vum Blutt Frankräich DNA ofgebaut. Sechs SNPs sech duerch Matrixentgasung-assisteiert Laser Eispist /Eegeliichten Zäit-vun-Vol Mass spectrometry genotyped. A Chi-Feld (χ2) Test a Fra Logistikzenter Réckgang sech benotzt de Risiko vun gastric Kriibs ze analyséieren; e Log-Platz Test an Modell huet proportional Risikoe Cox benotzt Iwwerliewe Analyse an enger Kaplan-Meier Method benotzt Iwwerliewe Kéieren ze Plang war ze produzéieren. Déi heeschen genotyping Succès Tariffer sech méi wéi 99% vun deenen zwou Gruppen. Haplotype CA vun der Spär komponéiert vun rs11099592 an rs4693608 no engem gréissere Verdeelung vun der Grupp vun Borrmann Zorte 3 an 4 (P = 0.037), d'Grupp vun enger grousser Zuel vun lymph Node Investitiounen (N3 vs N0 Grupp, P = 0.046), an esouguer war soll aarmséileg Iwwerliewe (CG vs CA: HR = 0,645, 95% CI: 0.421-0.989, P = 0.044). Zousätzlech, genotypes rs4693608 AA an rs4364254 TT sech mat aarmséileg Iwwerliewe verbonne (P = 0,030, HR = 1,527, 95% CI: 1.042-2.238 fir rs4693608 AA; P = 0,013, HR = 1,546, 95% CI: 1.096-2.181 fir rs4364254 TT). Et huet kee kennenzeléieren tëschent eenzelne SNPs oder haplotypes an gastric Kriibs Risiko. VerfÜgung

Konklusiounen /Grousses VerfÜgung

A funktionell haplotype zu HPSE fonnt gouf, wat déi wichtegst SNP rs4693608 abegraff. SNPs zu HPSE eng wichteg Roll an gastric Kriibs Werdegang an Iwwerliewe spillen, a vläicht e molekulare Bewaacher fir Iwwregens hätt a Behandlung Wäerter kënnen VerfÜgung

Fro:. Li AL, Song YX, Wang ZN, Gao P, Miao Y, Zhu JL, et al. (2012) schiefgang an enger Haplotype zu Heparanase Gene Associatiounen mat der zerstéiert an hätt vun Gastric Cancer an enger Northern chinesescher Bevëlkerung. PLoS NËMMEN 7 (1): e30277. Doi: 10.1371 /journal.pone.0030277 VerfÜgung

Redakter: Masaru Katoh, National Cancer Center, Japan VerfÜgung

Arnaque: 13 Oktober 2011; Akzeptéiert: 12 Dezember 2011; Publizéiert: 20. Januar 2012 zu

Copyright: © 2012 Li et al. Dëst ass eng oppen-Zougang Artikel ënnert de Bedingunge vun der Lizenz BY Creative Commons verdeelt, déi bereet benotzen Genehmegungen, Distributioun, an Reproduktioun vun all mëttelgrouss, gëtt d'Original Auteur an d'Quell Kaiser sinn VerfÜgung

Funding:. Dës Aarbecht gouf vun der National Science Foundation of China (Nr 30972879 an Nr 81172370), eng spezialiséiert Research Fund fir d'Promotioun plangen vun den Héichschoulen (Nr 200801590006) an d'Natural Science Foundation vun Liaoning Province (Nr 20092129) ënnerstëtzt. D'funders hu keng Roll am Etude Design, Daten Kollektioun an Analyse, Décisioun, oder Virbereedung vun der mëttelalterlech Handschrëft ze publizéieren VerfÜgung

Wettsträit Interessen:.. D'Auteuren hunn deklaréiert, datt keng Competitioun Interessen existéieren VerfÜgung

Aféierung VerfÜgung

Gastric Kriibs ass déi véiert stäerkste gemeinsam weltwäit Kriibs an zweete Spëtzekandidat Ursaach vum Kriibs veruerteelt [1]. Trotz Schrett an Diagnos a Behandlung, déi hätt fir Patiente mat fortgeschratt gastric Kriibs bleift net dat gielt [2]. Ausserdeem, ass gastric Kriibs enger Krankheet vum Gene-Ëmwelt Interaktioune a genetesch Faktoren eng wichteg Roll an tumorigenesis an Werdegang Leeschtung [3]. Dofir, Entdeckung an Uwendung vun biomarkers mat traditionelle Kriibs Diagnos, Stadium Uerden, an hätt kéinten den beschten Optioun considéréiert ginn, fir Kontrollen dëst Liewen-verkaaft Krankheet [4]. VerfÜgung

Single Nukleotid schiefgang (SNPs) geduecht gewiescht fir attraktiv biomarkers zu Kriibs Risiko Foussgänger, Kontroll, Stadium, oder senger Analyse [5]. Och, ass d'Mënschheet Nepgen vun enger Serie vun "haplotype spären" komponéiert, déi nonrandom Associatiounen vun alleles wéinst linkage disequilibrium (LD) an et ass méiglech eng enorm Quantitéit vun Informatiounen que dës haplotype panne [6], [7 exploitéieren ]. Obwuel d'Applikatioun vun eenzelne SNP Analyse huet also wäit limitéiert ginn, haplotype-baséiert association Etude gouf als mächtegen an ëmfaassend Approche proposéiert causal genetesch Variant Basisdaten komplex Krankheeten ze identifizéieren [8], [9]. VerfÜgung

Heparanase ass déi eenzeg mammalian Aktivitéit bekannt datt heparan sulfate (t) proteoglycans am Keller Schläimhait an der extracellular Matrixentgasung [10] degrades. Dëst féiert zu disassembly vun extracellular Barrièren, release vun t-gebonnen bioactive Facteuren an Generatioun vun t Fragmenter datt Wuesstem Faktor-receptor Promotioun verbindlechen a sécher [11], [12]. Heparanase ass staark mat Kriibs Werdegang an Metastasen, dorënner Zell Iwwerliewe, Invasioun, Prolifératioun, neovascularization, an der Kreatioun vun engem Wuesstem-Hutt microenvironment verbonne [13], [14] an et huet souwuel prognostic an therapeutesch Applikatiounen [15]. D'heparanase Gentherapie (HPSE), éischten an 1999 gekloonten, ass op chromosome 4q21.3 [16] läit. Et hunn an der HPSE Gentherapie op SNPs puer Studien ginn. Molekulare epidemiologic Studien hunn zu verschiddenen Israeli jiddesch Populatiounsschichte [17] Verdeelung Differenzen an SNPs zu HPSE gewisen. Associatiounen ze entholl waat hun och, dorënner hematological malignancies an gastric Kriibs Gewise ginn, mä d'Resultater net accordant ginn [18] - [20]. Ausserdeem huet Shirley Ralphand [21] eng HPSE haplotype dës Distanz zu Stadie vun spillt carcinoma an Yue soll war et al. [20] hu sech dës SNPs zu clinicopathological Parameteren an Iwwerliewe Taux soll. Speziell, uginn der Etude, datt SNPs zu HPSE mat heparanase Ausdrock Niveauen verbonne waren a gëtt d'Basis fir weider Studien op der Associatiounen tëscht SNPs a Krankheet [22]. Allerdéngs huet dës Associatioun Studien limitéiert zu klengen Echantillon. VerfÜgung

Viru Kuerzem, Hennig G [23] an Horn H [24] observéiert héich genotyping erkennen Tariffer (93.5% an 94-97%) an engem perfekten concordance Taux vun 100% mat DNA aus normal formalin-fix ofgebaut, paraffin-Ënnerbewosstsinn Stoffer (FFPETs) am Verglach zu germline DNA benotzt Matrixentgasung-assisteiert Laser Eispist /Eegeliichten Zäit-vun-Vol Mass spectrometry (MALDI-Ënnerportal MS). Nieft, aner Rapporten och héich genotyping erkennen Tariffer an engem perfekten concordance Taux mat bewisen FFPET-ofgeleet DNA dorënner Joerzéngten-al Bleck Verglach zu Blutt aus der selwechter eenzel aner Methode benotzt, souguer am Nepgen-grouss genotyping [25] - [28]. Et gouf ascertained datt FFPET-ofgeleet DNA fir genetesch polymorphism Analyse genuch war. Am Moment studéieren, benotzt mir eng grouss Sammlung vu FFPET-ofgeleet DNA Echantillon vun Patienten a Blutt-ofgeleet DNA aus Kontrollen an engem MALDI-Ënnerportal MS Method d'Potential Associatiounen tëscht sechs SNPs (rs4693602, rs6856901, rs4364254, rs11099592 zu genotype a studéieren , rs4693608 an rs4328905) oder haplotypes zu HPSE an entholl waat, clinicopathological Parameteren, an Iwwerliewe vun gastric Kriibs mat engem grousse Prouf vun der Han Bevëlkerung am Norde China. Als Resultat, sech individuell SNPs an enger haplotype ze weisen Associatiounen mat de Werdegang an hätt vun gastric Kriibs fonnt. VerfÜgung

Resultater VerfÜgung

Betreff Charakteristiken VerfÜgung

D'Moyenne Alter war 56,67 ± 11,923 y an de Prozentsaz vun Männercher huet 70,54% vun de Fall Grupp. Den Duerchschnëtt vun der Kontroll Grupp war 56,91 ± 11,477 y an de Prozentsaz vun Männercher huet 70,54%. Et war keen Verdeelung Ënnerscheed zu Geschlecht an Alter tëschent de Patienten an Kontrollen (P = 1.00 fir béid Geschlecht an Alter). Vun der 404 Patienten, virgesin gastric Kriibs Etapp ech Fäll fir 21,0% (85/404), Etapp II fir 26,5% virgesin Fäll gastric Kriibs (107/404) a Etapp III fir 52,5% virgesin Fäll gastric Kriibs (212/404) ( Table 1). VerfÜgung

Genotyping Succès Tariffer VerfÜgung

Mir MassArray Typer Organer Software 4.0.4.20 fir automatiséiert Spektren Veraarbechtung an genotype Identifikatioun benotzt. Vertrieder MALDI-Ënnerportal-MS Profiler vun all genotype vun de sechs SNPs zu HPSE sech zu Dorënner S1 gewisen. All d'SNPs sech polymorphic mat mannerjäregen allele Frequenz > 10% an genotype distributions sech all am Accord mat Hardy-Weinberg Gläichgewiicht (Donnéeën net gewisen). Héich Succès rates, variéieren tëscht 96,29% an 100% (heeschen: 99,09%) an der FFPETs Grupp an tëschent 99,50% an 100% (heeschen: 99,79%) an Kontroll Grupp, waren dës (Table S1) VerfÜgung

Associations tëschent eenzelne SNPs an clinicopathological Parameteren an Iwwerliewe VerfÜgung

allelic Ofstänn an genotypic Ofstänn vun de sechs SNPs sech net vill anescht tëscht Patienten a Kontrollen (P > 0,05 an P > 0,05 no engem permutation Test fir allelic Ofstänn; P > 0,05 an P > 0,05 no fir genotypic Ofstänn fir Geschlecht an Alter ugepasst ginn;. Bedeitung S2 an S3) VerfÜgung

SNPs sech fir Associatiounen mat der clinicopathological Parameteren bewäert. rs4364254 genotypes sech verbonne mat histologic hierer (P = 0,002; Table S4), genotype TT war ze gutt Zell dat soll am Verglach zu der genotype TC /CC (ODER = 0,482; 95% CI: 0.300-0.774). Aner SNPs hat kee groussen kennenzeléieren zu clinicopathological Parameteren. VerfÜgung

An univariate Analyse, Patienten der rs4693608 AA genotype haten aarmséileg gastric Kriibs-spezifesch Iwwerliewe Verglach zu Patienten mat der AG + GG genotype (P = 0,049, HR Droen = 1,387 , 95% CI: 1.001-1.923; Table 2, Dorënner 1 an Dorënner S2). An multivariate Analyse, d'rs4693608 AA genotype an rs4364254 TT genotype hu béid aarmséileg gastric Kriibs-spezifesch Iwwerliewe (P = 0,030, HR = 1,527, 95% CI: 1.042-2.238 fir rs4693608; P = 0,013, HR = 1,546, 95% CI: 1.096-2.181 fir rs4364254; Table 2). Och, Borrmann Typ (P &Si besteet; 0.001), PT Kategorie (P &Si besteet; 0.001), pN Kategorie (P &Si besteet; 0.001), an lymphovascular Invasioun (P &Si besteet; 0.001) huet däitlech mat Iwwerliewe vun univariate Analyse soll. Borrmann Typ (P = 0.021), PT Kategorie (P &Si besteet; 0.001), an pN Kategorie (P &Si besteet; 0.001) nach vill mat Iwwerliewe vun multivariate Analyse (Table 2) soll VerfÜgung

Präsenz vun engem haplotype zu clinicopathologic dinn. Fonctiounen an Iwwerliewe VerfÜgung

sech Et zwee zwee-Bissau haplotype panne tëscht de sechs SNPs an eiser Resultater (Dorënner 2) gebaut. Block 1 war vun rs4693602 an rs6856901 komponéiert an enthale dräi gemeinsam haplotypes (Frequenz Gamme: 0.025-0.850), wat ronn 99,9% vun de Sujeten wieren; 2 Spär gouf vum rs11099592 an rs4693608 komponéiert an enthale och dräi gemeinsam haplotypes (Frequenz Gamme: 0.091-0.798), wat ronn 99,9% vun de Sujeten vertrueden. All sechs gemeinsam haplotypes hu keng Korrelatioun mat gastric Kriibs Risiko (P > 0,05 an P > 0,05 no engem permutation Test; Table S5). VerfÜgung

Associatiounen tëscht haplotypes zu HPSE an gastric Kriibs clinicopathologic Fonctiounen an der Zäit vun Diagnos sech évaluéiert. Haplotype CA zu Spär 2 hu grouss Verdeelung vun der Grupp vun Borrmann Zorte 3 a 4 am Verglach zu TG + CG haplotypes (P = 0,037; Table 3). Haplotype Verdeelung Ënnerscheeder waren an der pN Kategorie observéiert (P = 0,045; Table 3), déi CA engem gréissere Verdeelung vun der N3 Grupp wéi de Grupp N0 Verglach zu CG (ODER = 1.837,95% CI: 1.010-3.341, P = 0,046 ), mee et huet keen groussen Verdeelung Differenzen tëscht der N2 an N0 Gruppen an tëschent der N1 a N0 Gruppen (P = 0,671 an P = 0,496, bzw.). VerfÜgung

d'haplotypes vun der Spär 2 e wesentlechen Ënnerscheed uginn an entholl-Zesummenhang Iwwerliewensfro. Patienten déi CA haplotype Droen hat e schlecht gastric Kriibs-spezifesch Iwwerliewe (CG vs CA: HR = 0,645, 95% CI: 0.421-0.989, P = 0,044; Table 4) VerfÜgung

Diskussioun VerfÜgung well mir bekannt hunn, huet FFPET-ofgeleet DNA ënneschten Extraktioun Efficacitéit an Qualitéit (fragmentaresch DNA) wéinst partiell Nukleinsaier Kräiz-verbënnt an ofgeschnidden ewéi Blutt-ofgeleet DNA. Mä archivéiert FFPETs eng grouss Quell fir molekulare genetesch Studie mat e puer Virdeeler wéi (i) déi eenzeg Aart vun demolege fir Persounen, déi kann soss net eng DNA Prouf bidden, (II) eng excellent Ressource fir grouss-Skala Retrospektiv uweist Studien, ( III) eng grouss Zuel vun Echantillon conjunct mat langfristeg Medeziner Suivi Donnéeën, (IV) eng wäertvoll Ressource mat Diagnos an histological Identifikatioun, (v) eng sinn Ressource aus wirklech Archiven. Viru Kuerzem, huet FFPET-ofgebaut DNA gemellt gi fir genotyping adäquat ze ginn, an huet fir uweist a funktionell genomics Studien erlaabt ginn [23] -. [29] VerfÜgung

MALDI-Ënnerportal MS Method, ongeféier 100% Genauegkeet ubitt fir SNP genotyping, ass am Moment esou eng Gold Standard [29], [30] considéréiert. Genotyping vun FFPET-ofgeleet DNA vun MALDI-Ënnerportal MS huet bewisen ginn zouverlässeg an reproducible gin. Virdrun Reportage gewisen, datt et tëscht FFPET-ofgeleet DNA a Blutt-ofgeleet DNA aus der selwechter eenzelne duerch verschidde Methoden dorënner MALDI-Ënnerportal MS [24] kee allelic Frequenz Ënnerscheeder waren - [26], [28]. Eis Efforten zougedréckt héich Succès Tariffer variéieren tëscht 96,29% an 100% (heeschen: 99,09%), déi am Aklang mat virdrun gemellt Date goufen [23], [24], [29] VerfÜgung

SNPs sinn stably geierft. , héich räich a weisen Diversitéit an an ënnert Populatiounen, déi attraktiv biomarkers ginn si geduecht fir. Allerdéngs huet d'Uwendung vun eenzelne SNPs limitéiert ginn, well se niddereg penetrance an hir Auswierkungen si relativ schwéier ze identifizéieren [5], [31] ginn. Dofir, huet d'Wichtegkeet vun haplotype Informatiounen schonn waarden DNA Haaptrei Variant mat Krankheet ze Link [32]. Artikelen hu bericht, dass funktionell SNPs zu HPSE mat heparanase Ausdrock Differenzen verbonne waren an heparanase gewise gouf an der agebousst Prozess, Werdegang an Ausgang vun der Krankheet [10], [22] enk Équipe ze ginn. Wéi SNPs ze verschaffe, an Etüden iwwer gastric Kriibs predisposition an hätt awer, wéi de richtege Associatiounen sinn ëmmer eng Erausfuerderung Aufgaben ze bestëmmen. VerfÜgung

Et zu eise Resultater soll zu gastric Kriibs Risiko keen eenzelne SNPs goufen. D'Associatiounen tëscht véier individuell SNPs (rs4328905, rs4693608, rs11099592 an rs6856901) an gastric Kriibs Risiko mat 155 Patienten an 204 vun Yue gemellt Kontrollen et al. [20] huet sech am Aklang mat eisem Resultater. Ausserdeem, all sechs gemeinsam haplotypes hu keng Differenze zu gastric Kriibs Risiko. Dëst Konstanz zougedréckt SNPs zu HPSE an ethnesch Han nërdlechen Chinese keng Korrelatioun fir d'Heefegkeet vun gastric Kriibs haten, net nëmmen aus der Siicht vun eenzelne SNPs, mee och aus der Perspektiv vun haplotypes. VerfÜgung

An eis heiteg studéieren, genotype rs4364254 TT war ze gutt Zell dat soll. Zousätzlech, Ostrovsky et al. [22] fonnt Persounen mat genotype TT relativ héich mRNA Niveauen haat (P = 0.0029). Mä, do hunn als ze Associatiounen tëscht heparanase Ausdrock an histological dat gemellt contraire Resultater goufen. Endo K et al. [33] fonnt dass histological dat schlecht war an d'heparanase mRNA-positiv gastric Kriibs Stoffer (p &Si besteet; 0.01). Chen JQ et al. [34] fonnt dass histologic dat net ze heparanase mRNA Ausdrock vun gastric Kriibs (P = 1000m) ze dinn huet. Takaomi Ohkawa et al. [35] bewisen, dass heparanase Ausdrock wéi staark an d'Gutt-ënnerscheet Zellen (P = 0.0277) fonnt huet, déi eng fannen ass, datt mat eisem Resultater consistents. Dofir, heparanase kéint zu Zell dat Équipe ginn, mä d'Mechanisme sinn net am Moment kloer VerfÜgung

An univariate Analyse, Patienten rs4693608 AA genotype Droen hat e schlecht Iwwerliewe (P = 0.049). zu multivariate Analyse, rs4693608 AA an rs4364254 TT sech souwuel vill mat aarmséileg Iwwerliewe (P = 0,030 fir rs4693608 AA an P = 0,013 fir rs4364254 TT) soll. Méiglech, d'Feele vun Konsens an der univariate an multivariate Analyse huet wéinst dem schwaach Effet vun der Privatpersoun SNP, mä wann déi eenzel SNP war als zesumme mat den anere SNP, Borrmann Typ, PT Kategorie, an pN Kategorie zu multivariate Analyse, et en Afloss op de Iwwregens hätt entsteet. Et ass doriwwer Beweiser ze proposéieren, datt genetesch Facteure fir d'Krankheet Prozess gemeinsam komplex recommandéiert Krankheeten bäidroen, mä den Effet vun enger eenzeger Variant ass wahrscheinlech kleng [36]. Nieft, Ostrovsky et al. [37] gëtt eng éischte Beweiser vun Korrelatioun tëscht funktionell SNPs rs4693608 an rs4364254 a Gefor vun de Fouss opwand-versus-Provider Krankheet (GVHD) Entwécklung, an der rs4693608 war déi wichtegst. Hir Resultater goufen no un eis. Zousätzlech, Ostrovsky et al. [22] Rapport souwuel rs4364254 TT genotype an och rs4693608 AA genotype zu engem relativ héijen mRNA Niveau soll sech (P = 0,0029 an 0,004 bzw.), deen deelweis eng verschlechtert hätt an Patienten mat rs4693608 AA oder rs4364254 TT am Moment studéieren kéint erklären . Dës Observatioune goufen biologically plausibel well overexpression vun HPSE enk mat gréissere invasiveness vun gastric Kriibs verbonne war, [38] - [40]. Déi heiteg Resultater eiser Wivill bewisen, dass SNPs an der Regulatioun vun heparanase Ausdrock Équipe huet, doduerch Invasioun Fähegkeet an Iwwerliewe vun gastric Kriibs betrëfft. VerfÜgung

wann weder genotype rs11099592 CC nach rs4693608 AA engem statisteschen Ënnerscheed zu Borrmann Typ zougedréckt, haplotype CA mat hinnen komponéiert huet e wesentlechen Ënnerscheed weisen. Haplotype CA hat eng grouss Verdeelung vun der Grupp vun Borrmann Zorte 3 an 4 (P = 0.037). Villäicht Patienten mat haplotype CA sech méi wahrscheinlech engem aarmen allgemeng Typ ze entwéckelen. Nieft no haplotype CA engem gréissere Verdeelung vun der N3 Grupp (P = 0,046, am Verglach zu der N0 Grupp). Mä, huet et keen groussen Verdeelung Differenzen tëscht der N2 an N0 Gruppen an tëschent der N1 a N0 Gruppen. Vläicht war et eng Associatioun tëscht haplotype CA a grouss Zuel vun lymph Node Investitiounen, mee brauch et weider studéieren. Desweideren, Patienten der CA haplotype Droen zougedréckt och aarm gastric Kriibs-spezifesch Iwwerliewe, déi mat der Differenzen an Borrmann Typ an Zuelen vun lymph Node Investitiounen kohärent war. Ausserdeem, Ostrovsky et al. [22] gemellt dass rs11099592 CC genotype an rs4693608 AA genotype ze héich mRNA Ausdrock soll sech (P = 0,0167 an P = 0,004, bzw.), wat ronn haplotype CA. mat eise Resultater am Aklang waren Vläit den absolute Risiko mat jidfer vun SNPs verbonne war héich, mä kombinéiert haplotype Analyse kann op héich Risiko fir Werdegang vun der Krankheet an Erkenntnesser Persounen méi hëllefräich sinn. Vläicht war et spezifesch haplotypes datt eng wichteg Roll an gastric Kriibs Invasioun an Metastasen Leeschtung, weider hätt betreffen. VerfÜgung

A funktionell haplotype Spär vun rs11099592 an rs4693608 komponéiert huet an eis Resultater fonnt, déi mat Borrmann Typ verbonne war, pN Kategorie an hätt vun gastric Kriibs. Op der enger Säit, ass SNP rs11099592 eng E-G Wiessel nonsynonymous SNP am Exon 8 an dëser Verfall Resultater vun enger arginine-ze-lysine Ersatz an der Positioun 307 läit, vläicht zu engem funktionell Differenz an d'FAQ Haaptfiguren. Wéinst dem, ass SNP rs4693608 zu intron wellkomm 3 an enger Korrelatioun zu Iwwerliewe gewisen. Montanten vun de Beweiser waarden beweist datt Frankräich Varianten an Net-coding Message kéint den Ausdrock vun der Gentherapie Produite vun Änneren Gentherapie Regulatioun, Exon splicing, mRNA Stabilitéit, cryptic splice Siten Aktivéierung an sou op, dat kann also opgrond Krankheet phenotypes ofzeänneren. Nieft, kann déi haplotypes méi relevant Informatiounen wéi eenzel SNPs [7], [41]. Doriwwer, ob Gentherapie Transkriptiouns, vun bewosst dat an Aféierungs- vun enger invasiv metastatic phenotype Erhalen sinn wéinst der direkter Interaktioun vun heparanase mat DNA ass nach bewisen gin. VerfÜgung

Ostrovsky et al. [22] awer wichteg Associatioun tëscht kombinéiert genotypes fir rs4693608 an rs4364254 SNPs an heparanase mRNA Ausdrock Niveau. Doriwwer eraus, hunn si all kombinéiert genotypes an dräi subgroups (LR-niddereg Ausdrock, MR-Tëscherapport Ausdrock, HR-héich Ausdrock) no heparanase mRNA Ausdrock Niveau vun all genotype, a si confirméiert Differenze tëscht dräi subgroups vun kombinéiert genotypes wwerreeche an mRNA Niveauen. Nieft, Ostrovsky et al. [37] fonnt éischt kennenzeléieren tëscht kombinéiert genotypes fir rs4693608 an rs4364254 SNPs a Gefor vun de Fouss GVHD Entwécklung vun hire folgenden Etude mat dëser Analyse Method subgroups. Et ass eng wichteg a wäertvoll Method. Ausserdeem, ass dës Method fir Risiko Cepheid nëtzlech mat haplotype Approche verbonne zu folgenden Medeziner Praxis. Eis Zukunft Etude, déi mRNA Ausdrock Niveau ugeschloss genotypes oder haplotypes zu HPSE vun der Han Bevëlkerung am Norde China, géif dës Method benotzt. VerfÜgung

Well d'Prouf Gréisst vun Wildwest-Typ homozygote relativ ze kleng fir stratified Analyse huet op all genotype vun all an eiser Etude propagéieren sechs SNPs, kéint mer Resultater vun SNP Analyse op all genotype weisen net, mä mir duerchgefouert Analyse kombinéiert heterozygote mat Wëld-Typ homozygote. Et war eng begrenzten Dauer vun dëser Etude. VerfÜgung

An Konklusioun, dës Etude bewäert schiefgang vun der HPSE Gentherapie zu gastric Kriibs mat engem MALDI-Ënnerportal MS Method an archivéiert FFPETs zu engem groussen nërdlechen Chinese case-kontrolléiert Kohort. Mir hunn eng funktionell haplotype Spär vun rs11099592 an rs4693608 komponéiert, déi mat Borrmann Typ, pN Kategorie an hätt verbonne war; an SNP rs4693608, déi an der Spär abegraff war, huet eng Korrelatioun zu Iwwerliewensfro. Des Resultater sinn duerch Associatiounen tëscht SNPs zu HPSE an mRNA Ausdrock Niveauen gemellt virdrun duerch Ostrovsky ënnerstëtzt et al. [22]. Zousätzlech, sechs individuell SNPs an haplotypes sech net un gastric Kriibs Risiko soll. Des Resultater sinn konsequent mat eis initial Virgab datt heparanase war zu Kriibs Invasioun an Metastasen Équipe an betraff hätt schlussendlech, mä et war an der Heefegkeet vu Kriibs net Équipe. VerfÜgung

spontan a Methode VerfÜgung

Sample Kollektioun VerfÜgung

404 Patienten mat histopathologically bestätegt gastric Kriibs déi radikal Agrëff tëscht Januar 1998 an Dezember 2004 waren noeneen ausgewielt dobäi haten. D'Patienten goufen aus nërdlechen China an huet gegleeft gutt Vertrieder aus dëser Regioun ze ginn. 404 normal gastric Otemschwieregkeeten Echantillon waren aus engem Segment vun de resected uplanzen wäitste vun der entholl kritt (> 10 cm) an FFPETs waren an der Surgical Zukunft Chiffer vun der Éischt Hospital vu China Medical University zu nërdlechen China archivéiert. All Echantillon waren fix an ënner normale Medeziner histological Konditiounen Ënnerbewosstsinn a sech bei Raumtemperatur gespäichert. Paraffin Rubriken vun FFPETs sech Kierchefënster mat hematoxylin an eosin (H & E) fir agebousst Inspektioun d'Feele vun tumorous Otemschwieregkeeten ze confirméieren. D'entholl histological Schouljoer war no Weltgesondheetsorganisatioun Critèren évaluéieren an erhéijen baséieren op Thes pathologic mat der 7. Editioun vun der TNM Stadium vun der International Union Géint Cancer (UICC) /American Gemeinsam Comité op Cancer (AJCC) System (2010) Darmstadt Ënnersichung vun der uplanzen. Komplett agebousst Date goufen dorënner Alter kritt, Geschlecht, Datum vun Agrëff, Lag vun der Primärschoul entholl, histologic Schouljoer, Schwächt Invasioun, lymphovascular Invasioun, Déift vun Invasioun, Zuel vun LNs Sensor, Zuel vun metastatic LNs, an Zuel vun entholl Dépôten Sensor. Déi (ech) mat Synchron- oder metachronous malignant erhéijen, (II) mat fernen Metastasen fonnt preoperatively, (III) wien mécht preoperative radiotherapy Chimiotherapie goen, oder (IV) mat onkomplett agebousst Donnéeën Entréen aus dëser Etude ausgeschloss waren. Suivi vun Januar fir de ganze Etude Populatioun fäerdeg war gestuerwen 2010. Zwéi Patienten an der Thes Period an 21 Patienten goufen am Suivi, also 381 Patienten verluer huet an Iwwerliewe Analyse abegraff. Paracetamol an mengen Suivi Periode waren 90,0 Méint an 93,3 ± 20,24 Méint (Gamme: 61-136 Méint), bzw.. Datum vum Doud (wann et zoutrëfft), Doudesursaach (wann et zoutrëfft), an Datum vun Suivi: Déi folgend Daten sech fir all Patienten kritt. Der Primärschoul Endpunkt war Doudesursaach-spezifesch Iwwerliewe Dauer vun den Datum vun gastric Kriibs Diagnos dem Datum vum Doud. De 5-Joer Iwwerliewe Taux vun der 404 Patienten war 54.2%. VerfÜgung

404 Bluttprouwen sech vu Kriibs-gratis Persounen kritt deen zoufälleg während Dezember 2009 baséiert op kierperlech Examen ausgewielt goufen bis August 2011, wéi d'Kontroll Grupp, an dësem Grupp war gegleeft eng gutt Representatioun vun der Populatioun am Norde China Regioun ze ginn. D'Auswiel Kritären agebaut keng individuell Geschicht vu Kriibs, Frequenz ze Fäll op Sex passende an Alter a Persounen goufen allerdéngs ethnesch Han Chinese. D'Echantillon (Ethylene Diamine Tetraacetic Saier [héich] anticoagulate) sech bannent 30-40 Minutten bei -20 ° C gespäichert, an geplënnert dann zu engem Frigo bei -80 ° C an 2 oder 3 Deeg an der Kollektioun. VerfÜgung

d'Etude gouf vun der Fuerschung IFLA- Comité vun China Medical University, China guttgeheescht. Schrëftlech informéiert Autorisatioune goufen aus all Patienten kritt ier an der Etude deelhuelen. VerfÜgung

DNA Extraktioun VerfÜgung

Frankräich DNA war vun FFPET Echantillon am Fall Grupp ofgebaut. Sektiounen mat engem Bou vun 8 μm an enger Fläch vu bis zu 250 mm 2 ware mat engem microtome virbereet an DNA war vun 6 bis 12 Sektiounen, jee op der Otemschwieregkeeten Gréisst a Zell zielt isoléiert. D'microtome war gebotzt an Blades geännert goufen intersample kontaminéierte ze verhënneren. DNA erauszéien aus FFPETs war mat QIAamp® DNA FFPE Ray Kit (QIAGEN, Hilden, Däitschland) standing [29], folgende de Prozedure vun den Hiersteller beschriwwen, dorënner (i) verbidden paraffin zu xylene an ewechzehuelen, (II) Lyse Prouf ënner denaturing Konditiounen mat proteinase K, (III) ëmgedréint der formalin bei 90 ° C * Héiere incubation, (IV) kruet DNA op der Membran an erlaben Qualitéit duerch ze stréimen, (v) Reschtoffall Qualitéit wäschen, an (VI) elute reng a Konzentratioun DNA aus d'Membran (mat Tris-héich ass [TE]). Iwwer 2-10 μg vun DNA war zu 50 μl Finale Léisung erholl a war bei -80 ° C gespäichert. VerfÜgung

Frankräich DNA war vum Blutt Echantillon vun der Kontroll Grupp mat der Universal Frankräich DNA Extraktioun Kit Ver.3.0 ofgebaut (TAKARA) no der Taktik vum Produzent. Iwwer 2-6 μg vun DNA war zu TE erholl a war bei -80 ° C gespäichert. VerfÜgung

selektionéiert vun SNPs an genotyping VerfÜgung

D'Etude abegraff sechs SNPs zu HPSE, déi aus der geholl goufen NCBI SNPs Datebank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp) an der HapMap Datebank (déi Phase III Datebank) (http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/index.html.zh ). Dës SNPs sech zu HPSE Gentherapie (Dorënner 2) Ëmgéigend. RS 11099592 war eenzegaarteg, net nëmme mat engem mannerjäregen allele Frequenz (MAF) > 1%, mä och als polymorphic zu Han China Peking (HCB) Populatioun ënnert all coding Regioun SNPs (cSNPs) zu HPSE, déi zu der Datebank ugemellt war. Ausserdeem goufen anere fënnef SNPs zu intronic an 3'-UTR Regiounen läit. Doriwwer eraus, hunn aner Enquêteuren datt rs11099592, rs4693608 gewisen, an rs4364254 sech mat heparanase mRNA Ausdrock soll [22]. Och, Associatiounen tëschent eenzelne SNPs oder haplotypes zu HPSE an waat, clinicopathological Parameteren an hätt vun entholl vun dësen Artikelen gemellt war komplex, awer meeschtens Konzentratioun op déi sechs SNPs mir ausgewielt [17] -. [22] VerfÜgung

SNPs (; Sequenom, San Diego, CA, USA MassARRAY) mat primers an Ämter (Table S6) wéi virdru beschriwwen [29], [42] mat der MALDI-Ënnerportal MS System goufen genotyped. Fir d'ennerluecht Qualitéit, 1% positive Echantillon (YanHuang Zell Deformatioun) séchergestallt goufen an all genotyping zappen Uerden d'Zouverlässegkeet vun der primers an 1% negativ Echantillon (Waasser mat keng DNA) ze validéieren kontaminéierte ze kontrolléieren. 5% zoufälleg Echantillon waren am zweete duerch verschidde Persoune getest an der reproducibility war 100%. De Labo Personal sech un d 'Prouf Unuerdnung während dem Prozess blinded. Et huet sechs Schrëtt dorënner Hinnen alleguer amplification, statspaye alkaline phosphatase Behandlung, huel Extensioun, Salz Entféierung mat resin, SpectroCHIP dispensing (Sequenom, San Diego, CA, USA), an Daten Acquisitioune mat MALDI-Ënnerportal MS no Justenhoven et al. [43]. Endlech, war analyteschen Software benotzen MassArray Typer Organer standing 4.0.4.20 (Sequenom, San Diego, CA) [44]. VerfÜgung

LD Spär Determinatioun a haplotype Konstruktioun VerfÜgung

Haploview 4.2 Software benotzt gouf zu diskutéieren LD an bauen haplotypes [31]. LD tëscht de sechs SNPs zu haplotype Analyse benotzt gouf vun engem pairwise D 'iwwerleen gemooss. D'Struktur vun der LD Spär gouf mat der Method vun Gabriel et al iwwerpréift. [45], déi 80% Vertraue Grenzen vun D 'Hëllef Siten vun historeschen recombination tëscht SNPs ze definéieren. Haplotypes sech aus genotype Daten an der voller-Gréisst case-Kontroll Rot bannen spären gebaut duerch eng denke Erwaardung-doktoral sind Method benotzt [46]. Kuerz, fabrizéiert dëser Method héich korrekt Populatioun Frequenz Schätzunge vun der méistufegen haplotypes op den Maximum Chancen baséiert wéi aus unphased Input sech [47]. VerfÜgung

war statistique Analyse VerfÜgung

statistique Analyse mat der PASW Statistics land 18,0 Software (SPSS Galaxy, Somers, NY, USA). war A zwee-eesäitegen Chi-Feld (χ2) Test tëschent eenzelne SNPs an clinicopathological Parameteren ze schätzen Populatioun Verdeelung Charakteristiken, vergläichen Differenzen an allelic an genotypic Ofstänn tëscht Fäll a Kontrollen a bewäerten Associatiounen benotzt. A permutation Prozedur (1000 Tester) benotzt gouf de P Wäert vun Single-nët Veräin Resultater fir richteg. Chance nennen (ODER) a Vertrauen Intervalle (CI; 95%) waren déi Fra Logistikzenter Réckgang berechent der Associatioun tëscht genotype Ofstänn an gastric Kriibs Risiko ze analyséieren, an sech fir Geschlecht an Alter ugepasst. Univariate an multivariate Iwwerliewe Analyse sech mat der Läschlëscht-Platz Test an Cox proportional Risikoe Modell mat de clinicopathological Parameteren an SNPs gemaach. Dat schéinen der Identifikatioun vun covariates dass vill mat Iwwerliewe vun de Patienten soll. Multivariate Iwwerliewe Analyse gouf vun getrennt Schan d'SNP Verännerlechen un all d'clinicopathological Parameteren duerchgefouert. A Kaplan-Meier Method gouf benotzt Iwwerliewe Kéieren ze Kaart.

• PLOS NËMMEN: S100A6 Protein virun reguléieren CacyBP /SIP-Mediated Inhibition vun Gastric Cancer Zell Zouhuelen an Tumorigenesis
• PLOS NËMMEN: Eng Meta-Analys vun Interleukin-8 -251 Promoter Polymorphism Associéierten mat Gastric Cancer Risk