PLoS One: A polimorfizmus és a haplotípus Heparanáz Gene Egyesületek a progresszió és a gyomorrák prognózisa egy észak-kínai Population

absztrakt katalógusa

Háttér katalógusa

Az emberi heparanáz fontos szerepet játszik a rák kialakulásában és az egyes nukleotid polimorfizmusok (SNP), a heparanáz gén (HPSE) kimutatták, hogy korrelál a gyomorrák. A jelen vizsgálat az összefüggéseket egyes SNP-k vagy haplotípusok HPSE és érzékenység, klinikopatológiai paraméterek és gyomorrák prognózisa a nagy mintát a Han lakosság Kína északi részén. Katalógusa

Módszertan /fő eredményei katalógusa

A genomiális DNS-t extraháltunk formalinnal fixált, paraffinba ágyazott normál gyomor szövetminta 404 betegen és a vért 404 egészséges kontrollokban. Hat SNP genotipizálása mátrixszal segített lézer deszorpciós /ionizációs time-of-flight tömegspektrometria. A chi-négyzet (χ2) teszt és feltétel nélküli logisztikus regresszió segítségével elemeztük a kockázatát gyomorrák; Log-rank teszt és a Cox-féle modell alkalmazásával történt túlélési analízis és a Kaplan-Meier-módszerrel feltérképezésére túlélési görbék. Az átlagos genotipizálási siker aránya több mint 99% volt mindkét csoportban. Haplotípus CA a blokk álló rs11099592 és rs4693608 nagyobb volt a eloszlása ​​a csoport Borrmann típusok 3 és 4 (P = 0,037), a csoport a nagyobb számú nyirokcsomó-metasztázisok (N3 vs N0-csoport, P = 0,046), sőt korrelált a rossz túlélési (CG vs CA: HR = 0,645, 95% CI: 0,421-0,989, p = 0,044). Emellett genotípusok rs4693608 AA és rs4364254 TT jártak szegény túlélést (p = 0,030, HR = 1,527, 95% CI: 1,042-2,238 az rs4693608 AA; P = 0,013, HR = 1,546, 95% CI: 1,096-2,181 számára rs4364254 TT). Nem volt korreláció az egyes SNP-k vagy haplotípusok és a gyomorrák kockázatát. Katalógusa

Következtetések /Jelentés katalógusa

A funkcionális haplotípus HPSE találtak, amely tartalmazza a legfontosabb SNP rs4693608. SNP HPSE fontos szerepet játszanak a gyomorrák progresszió és a túlélés, és talán lehet egy molekuláris markere prognózis és a kezelés értékeket.

bevezető hivatkozás: Li AL, Song YX, Wang ZN Gao P, Miao Y, Zhu JL, et al. (2012) A polimorfizmus és haplotípus a Heparanáz Gene Egyesületek a progresszió és a gyomorrák prognózisa egy észak-kínai népesség. PLoS ONE 7 (1): e30277. doi: 10,1371 /journal.pone.0030277 katalógusa

Szerkesztő: Masaru Katoh, National Cancer Center, Japán katalógusa

Beérkezett: október 13, 2011; Elfogadva: december 12, 2011; Megjelent: január 20, 2012 katalógusa

Copyright: © 2012 Li et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa

Forrás: Ez a munka támogatta a National Science Foundation of China (No. 30972879 és 81172370 számú), egy speciális Kutatási Alap Doktori Program (Felsőoktatási No. 200801590006) és a Természettudományi Alapítvány Liaoning tartomány (No. 20092129). A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető

a gyomorrák a negyedik leggyakoribb daganat világszerte, és a második vezető daganatos halálok. [1] Fejlődés ellenére a diagnózis és a kezelés, a betegek prognózisa előrehaladott gyomorrák továbbra lehangoló [2]. Továbbá, gyomor rák egy olyan betegség a gén-környezet kölcsönhatások és a genetikai tényezők fontos szerepet játszanak a tumorigenezisben és progressziójában [3]. Ezért felfedezése és alkalmazása biomarkerek építhető hagyományos rák diagnózisa, staging, és prognózisa lehet tekinteni a legjobb megoldás az ellenőrző ezt az életet veszélyeztető betegség. [4] katalógusa

egyedi nukleotid polimorfizmusok (SNP) is úgy gondolják, hogy vonzó biomarkerek rák kockázatelemzés, szűrés, staging, vagy osztályozásra [5]. Továbbá, a humán genom áll egy sor "haplotípus blokkok", amelyek nem véletlenszerű társulásai allélek miatt kapcsolódási egyensúlyban (LD), és lehetséges, hogy kihasználják a hatalmas mennyiségű információ figyelembe véve ezeket a haplotípus blokkokat [6], [7 ]. Bár az alkalmazás egyes SNP analízis korlátozott volt eddig, haplotípus-alapú asszociációs vizsgálat javasolták, mint egy erős és átfogó megközelítést azonosítani okozati genetikai variáció alapjául szolgáló komplex betegségek [8], [9]. Katalógusa

Heparanáz az egyetlen ismert emlős enzim, mely lebontja a heparán-szulfát (HS) proteoglikánok alapmembránok és az extracelluláris mátrix [10]. Ez vezet a szétszerelés extracelluláris akadályok megjelenése HS kötött bioaktív tényezők és generációs HR töredékek, amelyek elősegítik a növekedési faktor-receptor kötő és jelző [11], [12]. Heparanáz szorosan összefügg a rák progressziójának és metasztázis, beleértve a sejtek túlélését, invázió, proliferáció, neovaszkularizáció, és hozzanak létre egy növekedési-permisszív mikrokörnyezet [13], [14], és azt mind prognosztikai és terápiás alkalmazások [15]. A heparanáz gén (HPSE), az első klónozott 1999 kromoszómán található 4q21.3 [16]. Voltak néhány tanulmány SNP a HPSE gén. Molekuláris epidemiológiai vizsgálatok kimutatták, eloszlás különbségeket SNP HPSE különböző izraeli zsidó populációk [17]. Egyesületek a tumor érzékenység is kimutatták, beleértve a rosszindulatú hematológiai elváltozások és gyomorrák, de az eredmények nem kerültek összhangban lévő [18] - [20]. Ezen túlmenően, Shirley Ralphand [21] kimutatták, hogy az HPSE haplotípus korrelált szakaszaiban petefészek-karcinóma és Yue et al. [20] kimutatták, SNP korreláltatták klinikopatológiai paraméterek és a túlélési arány. Pontosabban, a vizsgálat kimutatta, hogy az SNP HPSE jártak heparanáz expressziós szinteket, és megteremtette az alapot további tanulmányokat a szervezetek közötti SNP-k és a betegség [22]. Azonban ezek asszociációs vizsgálatok arra korlátozódik a kis minták. Katalógusa

A közelmúltban, Hennig G [23] és Horn H [24] megfigyelhető magas genotípus-észlelési arány (93,5%, illetve 94-97%) és a tökéletes összhang mértéke 100% a kivont DNS normális formalinnal fixált, paraffinba ágyazott szövetek (FFPETs) összehasonlítva a csíravonal DNS-mátrix-segített lézer deszorpciós /ionizációs time-of-flight tömegspektrometria (MALDI-TOF MS). Emellett más jelentések is bizonyította magas genotípus-észlelési arány és a tökéletes összhang mértéke a FFPET eredetű DNS beleértve a több évtizedes blokkok képest vér ugyanazon személy más módszerekkel is genomot genotipizálással [25] - [28]. Bebizonyosodott, hogy a FFPET eredetű DNS elegendő volt a genetikai polimorfizmus analízis. A jelen tanulmányban alkalmazott egy nagy gyűjtemény a FFPET származó DNS-mintákat a betegektől és a vér eredetű DNS-kontrollokat a MALDI-TOF MS módszert genotípus és tanulmányozzák a lehetséges összefüggéseket hat SNP (rs4693602, rs6856901, rs4364254, rs11099592 , rs4693608 és rs4328905), illetve haplotípusok HPSE és tumor hajlamot, klinikopatológiai paraméterek, és a túlélés a gyomorrák egy nagy mintát a Han lakosság Kína északi részén. Ennek eredményeként az egyes SNP-k és a haplotípus mutattak, asszociációk a progresszió és a gyomorrák prognózisa. Katalógusa

Eredmények katalógusa

Tárgy jellemzői

Az átlagéletkor 56,67 ± 11,923 Y és a százalékos hímek volt 70,54% a csoportban. Az átlagéletkor a kontrollcsoport 56,91 ± 11,477 y és a százalékos férfiaknál 70,54%. Nem volt különbség a forgalmazás neme és kora közötti betegek és a kontroll (p = 1,00 mindkét neme és kora). A 404 beteg, I. stádiumú gyomorrák esetek elszámolni 21,0% (85/404), színpad II gyomorrák esetek elszámolni 26,5% (107/404), és színpadi III gyomorrák esetek elszámolni 52,5% (212/404) ( 1. táblázat). katalógusa

Genotyping sikerarány katalógusa

Mi használt MassArray Typer Analyzer szoftver 4.0.4.20 automatizált spektrumok feldolgozása és genotípus azonosítását. Reprezentatív MALDI-TOF-MS profiljait minden genotípus a hat SNP HPSE arra ábrán látható S1. Minden SNP volt polimorf kisebb allél frekvenciája > 10% és genotípus eloszlás mind egyetértésben Hardy-Weinberg (nem közölt adatok). Nagy siker aránya között mozog 96,29% és 100% (átlag: 99,09%), a FFPETs csoport között 99,50% és 100% (átlag: 99,79%) a kontroll csoportban mutattak (táblázat S1). Katalógusa

Egyesületek között egyes SNP-k és klinikopatológiai paraméterek és a túlélés katalógusa

allél frekvenciák és genotípus frekvenciák a hat SNP nem volt szignifikáns különbség a két betegek és a kontrollcsoport (P > 0,05 és P > 0,05 után egy permutációs teszt allél frekvenciák; P >0,05 és a P > 0.05 után korrigált neme és kora genotípia frekvencián asztalok S2 és S3). katalógusa

SNP értékeltünk asszociációk a klinikopatológiai paraméterek. rs4364254 genotípusok kapcsolódó szövettani fokozat (P = 0,002; táblázat S4), genotípus TT korrelált jól sejtek differenciálódását, mint a genotípus TC /CC (OR = 0,482; 95% CI: 0,300-0,774). Egyéb SNP nem volt szignifikáns korreláció a klinikopatológiai paraméterek. Katalógusa

Az egyváltozós elemzés hordozó betegeknél az rs4693608 AA genotípus volt rossz gyomorrák-specifikus túlélés betegekhez képest az AG + GG genotípus (P = 0,049, HR = 1,387 , 95% CI: 1,001-1,923; 2. táblázat, 1. ábra és S2 kép). A többváltozós elemzés a rs4693608 AA genotípus és rs4364254 TT genotípusú mindketten egy szegény gyomorrák-specifikus túlélést (p = 0,030, HR = 1,527, 95% CI: 1,042-2,238 az rs4693608; P = 0,013, HR = 1,546, 95% CI: 1,096-2,181 az rs4364254; 2. táblázat). Továbbá, Borrmann típusú (P < 0,001), pT kategória (P < 0,001), pN kategória (P < 0,001), és lymphovascularis invázió (P < 0,001) szignifikánsan korrelált a túlélés egyváltozós elemzés. Borrmann típusa (P = 0,021), pT kategória (P < 0,001), és Pn kategória (P < 0,001) maradt szignifikánsan korrelált a túlélés többváltozós elemzés (2. táblázat). Katalógusa

jelenléte egy haplotípus kapcsolatos klinikai és patológiai funkciók és a túlélés katalógusa

két, két marker haplotípus blokkok között építették hat SNP eredményeink (2. ábra). Block 1 állt rs4693602 és rs6856901 és tartalmazta a három közös haplotípusok (frekvencia tartomány: 0,025-0,850), ami megfelelt körülbelül 99,9% -ánál; 2. blokk állt rs11099592 és rs4693608 és tartalmazott három közös haplotípusok (frekvencia tartomány: 0,091-0,798), ami megfelelt körülbelül 99,9% -ánál. Mind a hat közös haplotípusok pedig nem mutatott összefüggést a gyomorrák kockázatát (P > 0,05 és P > 0,05 után egy permutációs teszt; táblázat S5). Katalógusa

Egyesületek között haplotípusok HPSE és gyomorrák klinikopatológiai jellemzők a diagnózis időpontjában voltak értékelték. Haplotípus CA blokkban 2 nagyobb volt eloszlása ​​a csoport Borrmann típusok a 3. és 4. képest TG + CG haplotípusok (P = 0,037; 3. táblázat). Haplotípus eloszlása ​​észleltek különbséget a pN kategóriában (P = 0,045; 3. táblázat), CA nagyobb volt eloszlása ​​a N3-csoport, mint az N0 csoportban, összehasonlítva a CG (OR = 1.837,95% CI: 1,010-3,341, p = 0,046 ), de nem volt szignifikáns eloszlás különbség a N2 és N0 csoportok közötti, valamint az N1 és N0 csoportban (P = 0,671, illetve P = 0,496, sorrendben).

a haplotípusokat blokk 2 jelzett szignifikáns különbséget tumorral kapcsolatos túlélését. Hordozó betegeknél a CA haplotípus volt szegény gyomorrák-specifikus túlélés (CG vs CA: HR = 0,645, 95% CI: 0,421-0,989, p = 0,044; 4. táblázat). Katalógusa

Vita katalógusa

Ahogy már ismert, FFPET eredetű DNS alacsonyabb extrakciós hatékonyság és a minőség (fragmentált DNS-t), mivel a részleges nukleinsav térhálósítást és lebomlás, mint a vér-eredetű DNS-t. De archivált FFPETs felbecsülhetetlen forrás a molekuláris genetikai vizsgálatok számos előnye van, például (i) az egyetlen minta áll rendelkezésre, akik egyébként nem képesek biztosítani a DNS-minta, (ii) egy kitűnő forrás nagyszabású retrospektív biomarker vizsgálatok ( iii) nagy számú mintát összekapcsolt hosszú távú klinikai utánkövetés adatok, (iv) egy értékes erőforrás diagnózissal és szövettani azonosító, (v) egy elérhető forrás a patológia levéltár. Nemrégiben FFPET extrahált DNS-t leírták, hogy megfelelő genotípus, és már engedélyezett biomarker és a funkcionális genomika tanulmányok [23] - [29]. Katalógusa

MALDI-TOF MS módszerrel, mely mintegy 100% -os pontossággal az SNP genotípus tekinthető jelenleg a gold standard [29], [30]. Genotipizálása FFPET eredetű DNS MALDI-TOF MS bebizonyosodott, hogy megbízható és reprodukálható. Korábban jelentések azt mutatták, hogy nem voltak allélikus jelentése közötti különbségek FFPET-eredetű DNS-t és a vér-eredetű DNS-t az ugyanazon egyén keresztül, több módszerek, beleértve MALDI-TOF MS [24] - [26], [28]. Törekvéseink megmutatta nagy siker aránya közötti 96,29% és 100% (átlag: 99,09%), ami összhangban volt a korábbi jelentett adatokat [23], [24], [29]. Katalógusa

SNP stabilan öröklődik , nagyon gyakori, és mutassa a fajokon belüli és a populációk, amelyek úgy gondolják, hogy vonzó biomarkerek. Az alkalmazása azonban az egyes SNP-k korlátozott volt, mert alacsony penetranciájú és hatásuk viszonylag nehéz azonosítani [5], [31]. Ezért fontos a haplotípus információk nőtt összekapcsolni DNS szekvencia variáció a betegség [32]. Cikkek arról számoltak be, hogy a funkcionális SNP HPSE jártak heparanáz kifejezés különbségek és heparanázgátló kimutatták, hogy szorosan be kell vonni a kóros folyamatot, progresszióját és a betegség kimenetelét [10], [22]. Hogyan kell beépíteni SNP azonban a tanulmányok gyomorrák hajlam és a prognózist, és hogyan kell meghatározni a valódi egyesületek továbbra is kihívást jelentő feladatokat. Katalógusa

Nem volt egyedi SNP korrelál gyomorrák kockázatát a találatok között. Az egyesületek között négy egyedi SNP (rs4328905, rs4693608, rs11099592 és rs6856901) és a gyomorrák kockázatát 155 beteg és 204 kontroll által jelentett Yue et al. [20] összhangban voltak az eredmények. Továbbá mind a hat közös haplotípusok nem volt szignifikáns különbség a gyomorrák kockázatát. Ezt az összhangot megmutatta SNP HPSE nem volt összefüggés az előfordulása gyomorrák etnikai Han északi kínai, nem csak abból a szempontból az egyes SNP, hanem abból a szempontból haplotípusok. Katalógusa

A mi jelen tanulmányban genotípus rs4364254 TT korrelált jól sejtek differenciálódását. Ezen túlmenően, Osztrovszkij et al. [22] talált egyének genotípus TT rendelkezett viszonylag magas mRNS-szintje (p = 0,0029). Azonban voltak ellentmondó eredményeket jelentett, hogy összefüggést heparanáz expressziója és szövettani differenciálás. Endo K. et al. [33] megállapította, hogy a szövettani differenciálás rosszabb volt a heparanáz mRNS-pozitív gyomorrák szövetekben (p < 0,01). Chen JQ et al. [34] megállapította, hogy a szövettani differenciálás nem volt összefüggésben a heparanáz mRNS expressziója gyomorrákban (P = 1,000). Takaomi Ohkawa et al. [35] kimutatták, hogy a heparanáz expressziót detektáltunk, mint erősebb jól differenciált sejteket (P = 0,0277), amely a megállapítás, hogy consistents a mi eredményeket. Ezért heparanáz esetleg részt vesz a sejtek differenciálódását, de a mechanizmus nem tisztázott jelenleg. Katalógusa

Az egyváltozós elemzés hordozó betegeknél rs4693608 AA genotípusú volt rossz túlélést (p = 0,049); a többváltozós elemzés, rs4693608 AA és rs4364254 TT mindkét szignifikánsan korrelált a rossz túlélést (p = 0,030 rs4693608 AA és P = 0,013 az rs4364254 TT). Esetleg, a konszenzus hiányában az egy- és többváltozós elemzés volt köszönhető, hogy a gyenge hatása az egyes SNP, de ha az egyes SNP tartották együtt a többi SNP, Borrmann típus, pT kategória, és Pn kategóriában többváltozós elemzést, generált befolyásolja a prognózist. Bőséges bizonyíték van arra utalnak, hogy genetikai tényezők hozzájárulnak a betegség folyamatának közös komplex jelleg betegségek, de a hatás az egy variáns valószínűleg kicsi [36]. Emellett, Osztrovszkij et al. [37], volt az első bizonyíték a korreláció funkcionális SNP rs4693608 és rs4364254 és kockázata akut graft-versus-host betegség (GVHD) fejlesztése, valamint az rs4693608 volt a legfontosabb. Eredményeik szerint a miénkhez. Ezen túlmenően, Osztrovszkij et al. [22] számolt be mindkét rs4364254 TT genotípus és rs4693608 AA genotípus korreláltatták viszonylag magas mRNS szint (P = 0,0029 és 0,004-kal), ami részben megmagyarázhatja a rosszabb prognózisú betegeknél rs4693608 AA vagy rs4364254 TT jelen tanulmányban . Ezek a megfigyelések voltak biológiailag kézenfekvő, mert túltermelése HPSE szorosan kapcsolódó nagyobb invazivitásának gyomorrák [38] - [40]. A jelenlegi eredmények igazolták azt a feltételezésünket, hogy a SNP-t szabályozásában vesz részt heparanáz kifejezés, ami hatással invázió képesség és a túlélés a gyomorrák. Katalógusa

Bár sem a genotípus rs11099592 CC sem rs4693608 AA mutatott statisztikailag szignifikáns különbséget Borrmann típus, haplotípus CA tagjai velük mutattak szignifikáns különbséget. Haplotípus CA nagyobb volt a eloszlása ​​a csoport Borrmann típusok 3 és 4 (P = 0,037). Talán betegek haplotípus CA voltak nagyobb valószínűséggel alakul ki a szegényebb általános típusát. Emellett, haplotípus CA volt nagyobb eloszlása ​​a N3 csoport (P = 0,046, összehasonlítva a N0 csoport). Azonban nem volt szignifikáns eloszlás különbség a N2 és N0 csoportok közötti, valamint az N1 és N0 csoportok. Talán volt közötti társulást haplotípus CA és nagyobb számban nyirokcsomóáttétek, de fel kell további vizsgálat. Sőt, a betegek hordozó CA haplotípus is kimutatta szegény gyomorrák-specifikus túlélés, amely összhangban volt a különbségek Borrmann típusát és számát a nyirokcsomó-metasztázisok. Továbbá Osztrovszkij et al. [22] számolt be, hogy rs11099592 CC genotípus és rs4693608 AA genotípus korreláltatták magas mRNS expressziójának (P = 0,0167 és p = 0,004-kal), amelyek összhangban voltak az eredmények körülbelül haplotípus CA. Talán az abszolút kockázat az egyes SNP alacsony volt, de a kombinált haplotípus analízis lehet hasznos személyazonosításra nagy a kockázata a betegség előrehaladását. Lehet, hogy egyedi haplotípusok jelentős szerepet játszanak a gyomorrák invázió és metasztázis, továbbá befolyásolja a prognózist. Katalógusa

A funkcionális haplotípus blokk tagjai rs11099592 és rs4693608 találtak a találatokat, amelyek társult Borrmann típusú, pN kategória és gyomorrák prognózisa. Egyrészt, SNP rs11099592 egy A-G szubsztitúció nonsynonymous SNP található 8. exon és ez a változás eredményez arginin-to-lizin csere pozícióban lévő 307, talán ami a funkcionális különbség a fehérje. Másrészt, az SNP rs4693608 található intron 3. és összefüggést mutatott a túlélés. Növekvő mennyiségű bizonyíték jelzi, hogy genomiális variánsok nem-kódoló szekvenciák megváltoztathatják a gén expresszióját termékek megváltoztatásával gén szabályozása, exon splicing, mRNS stabilitás, a kriptikus hasítási helyek aktiválását, és így tovább, ami ezért okoznak betegséget fenotípusokat. Emellett haplotípusok is relevánsabb információkat nyújtanak, mint az egyes SNP [7], [41]. Továbbá, hogy a gén transzkripció, fenntartása a sejtek differenciálódását és indukció az invazív metasztatikus fenotípus miatt a közvetlen interakció heparanáz a DNS még bizonyítani kell. Katalógusa

Osztrovszkij et al. [22] kimutatta, fontos összefüggés a kombinált genotípusok rs4693608 és rs4364254 SNP-k és heparanázgátló mRNS expressziós szint. Továbbá osztva együttesen genotípus három alcsoportra (LR-alacsony expresszió MR-köztes kifejezés, HR-magas kifejezés) szerint heparanáz mRNS expressziós szintjét az egyes genotípus, és megerősítették jelentős különbségek három alcsoportra kombinált genotípus hordozók és mRNS szinten. Emellett, Osztrovszkij et al. [37] először találtak korrelációt kombinált genotípusok rs4693608 és rs4364254 SNP és a kockázat az akut graft versus host betegség fejlődését a következő tanulmány ezzel alcsoportok elemzési módszer. Ez egy fontos és értékes módszer. Sőt, ez a módszer hasznos kockázatjelző társított haplotípus megközelítés alábbi klinikai gyakorlatban. Jövőnk tanulmány, amely kapcsolódik az mRNS expressziós szintje a genotípus vagy haplotípusok HPSE a Han lakosság Kína északi részén, akkor használja ezt a módszert. Katalógusa

Mivel a minta mérete vad típusú homozigóta viszonylag túl kicsi rétegzett elemzés az egyes genotípus mind a hat SNP tanulmányban megvizsgált, nem tudtunk mutatni eredményeket SNP analízis mindkét genotípus, de elvégzett elemzése és heterozigóta vad típusú homozigóta. Ez a korlátozás a tanulmány. Katalógusa

Összefoglalva, ez a vizsgálat értékelte polimorfizmusával HPSE gén gyomorrák a MALDI-TOF MS módszerrel és archivált FFPETs egy nagy észak-kínai eset-kontrollos csoportban. Találtunk egy funkcionális haplotípus blokkot tagjai rs11099592 és rs4693608, amely kapcsolatban állt Borrmann típusú, pN stílusú és prognózis; és az SNP rs4693608, amely bekerült a blokk, összefüggést mutatott a túlélés. Ezek az eredmények támogatják összefüggést SNP HPSE és mRNS expressziós szintek által korábban bejelentett Osztrovszkij et al. [22]. Ezen kívül hat egyedi SNP-k és haplotípusok nem korreláltak a gyomorrák kockázatát. Ezek az eredmények összhangban voltak a kezdeti feltételezés, hogy a heparanáz részt a rák terjedését és metasztázis, valamint az érintett prognózis végül, de nem vett részt a rák előfordulása. Katalógusa

Anyagok és módszerek katalógusa

A mintavételt

404 beteg szövettanilag is megerősítették gyomorrák, akik kaptak a radikális műtét között január 1998 és 2004 decembere került egymás kiválasztva. A betegek Észak-Kínától és úgy vélte, hogy a jó képviselői ebben a régióban. 404 normál gyomor szöveti mintákat vettünk egy szegmense a kimetszett mintákat legtávolabb a tumor (> 10 cm) és FFPETs archiváltuk a Sebészeti Onkológiai Osztálya az első kórház Kínai Orvostudományi Egyetem Észak-Kínában. Minden mintát fixáltuk és beágyazott alatt standard klinikai hisztológiai feltételek és tároltuk szobahőmérsékleten. Paraffin szakaszai FFPETs festettük hematoxilin-eozin (H &E) a patológiai vizsgálat, hogy erősítse meg a hiányát a tumoros szövetekben. A tumor szövettani grade szerint értékeltük World Health Organization kritériumok és tumorokat rendeztek a 7. kiadása TNM stádium a Nemzetközi Rákellenes Unió (UICC) /American Joint Committee on Cancer (AJCC) rendszer (2010) alapján a posztoperatív patológiai vizsgálata a mintákat. Teljes patológiai adatokat kaptunk az életkor, a nem, a dátum a műtét, helyét a primer tumor szövettani grade, vénás invázió, lymphovascularis invázió mélysége invázió, számos nyirokcsomók lekért száma áttétes nyirokcsomók, és számos tumordepozitummal letöltésére. Azok az (I) szinkrón vagy metakrón rosszindulatú daganatok, a (II) távoli metasztázis talált műtét előtt, (iii) átesett preoperatív sugárkezelés vagy kemoterápia, vagy (iv) a hiányos patológiai adatokat bejegyzéseket kizártuk ebből a vizsgálatból. Follow-up befejeződött a teljes vizsgálati populáció 2010 januárjáig Két beteg halt meg a posztoperatív időszakban, és 21 beteget elvesztette a követési idő alatt, tehát 381 beteget vontak be túlélési analízis. Medián és az átlagos utánkövetési időszak volt 90,0 hónap és 93,3 ± 20,24 hónap (tartomány: 61-136 hónap), ill. A következő adatokat kaptuk minden beteg esetében: a halál időpontja (adott esetben), a halál oka (ha van), és a dátum a követés. Az elsődleges végpont okspecifikus túlélés időtartamát attól az időponttól gyomorrák diagnózisa a halál időpontját. Az 5 éves túlélési arány a 404 beteg volt 54,2%. Katalógusa

404 vérmintákat a rák-mentes személyek, akiket véletlenszerűen kiválasztott alapján fizikális vizsgálatok során 2009 december 2011 augusztusában, mint a kontroll csoportban, és ez a csoport hitték, hogy jól reprezentálja a lakosság Kína északi régióban. Az értékelés szempontjai között nincs különleges története rák, frekvenciája megegyezik az esetekre a nemmel és életkorral és az egyének független volt etnikai han kínai. A mintákat (etilén-diamin-tetraecetsavat [EDTA] anticoagulate) adunk -20 ° C-on 30-40 percen belül, majd átkerült egy fagyasztóban -80 ° C-on belül 2 vagy 3 nappal a mintavétel után.

a tanulmány által jóváhagyott Kutatási Etikai Bizottság a kínai Orvostudományi Egyetem, Kína. Tájékoztatás után írásos hozzájárulást szereztünk be az összes beteg, mielőtt részt a vizsgálatban.

DNS-extrakció

A genomiális DNS-t extraháltunk FFPET minták esetében csoport. Szekciókat vastagsága 8 um és fajlagos felülete 250 mm ^{2 készítettünk egy mikrotom és DNS-t izoláltunk 6-12 szakaszok, attól függően, hogy a szövet méretének és sejtek számát. Mikrotomokat megtisztítása és pengék megváltoztatva, hogy ne intersample szennyeződés. DNS-kivonást a FFPETs végeztük QIAamp® DNS FFPE Tissue Kit (Qiagen, Hilden, Németország) [29], eljárásokat követve a gyártó által leírt, beleértve (i) Oldjunk paraffin xilolban, és távolítsa el, (ii) Lyse minta alatt denaturáló feltételek proteináz K-val (III) visszafordítani a formalin térhálósító inkubálás 90 ° C-on, a (IV) kötődnek DNS-t a membránhoz, és lehetővé teszik szennyező áramoljon át, (v) mossuk a maradék szennyezőanyagok, és (vi) eluáljuk tiszta és koncentrált származó DNS-t a membrán (Tris-EDTA-pufferben [TE)]. Mintegy 2-10 ug DNS-t nyerünk 50 ul végső oldatban, és -80 ° C-on.}

A genomiális DNS-t extraháltunk a vérmintából a kontroll csoport az Univerzális Genomi DNS Extraction Kit Ver.3.0 (TAKARA) alkalmazásával a gyártó utasításai szerint. Körülbelül 2-6 ug DNS volt visszanyerhető a TE és tároltuk -80 ° C-on.

kiválasztása SNP-k és genotipizálás

A vizsgálatban hat SNP-k HPSE, amely vettünk a NCBI SNP adatbázis (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp) és a HapMap adatbázis (a fázis III-adatbázis) (http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/index.html.zh ). Ezek SNP-t térképeztek HPSE gén (2. ábra). rs 11099592 egyedülálló volt, nem csak a minor allél frekvencia (MAF) > 1%, de úgy is, mint a polimorf Han kínai Beijing (HCB) népesség körében kódoló régiót SNP (cSNPs) a HPSE, amelynek iktatása az adatbázisokban. Ezen túlmenően, a többi öt SNP-t található intronikus és 3'-UTR régiókban. Emellett más kutatók kimutatták, hogy rs11099592, rs4693608, és rs4364254 korreláltak heparanáz mRNS expresszióját [22]. Is, egyesületek között az egyes SNP-k vagy haplotípusok HPSE és érzékenység, klinikopatológiai paraméterek és a prognózis a tumor jelentett ezekben a cikkekben összetett volt, de leginkább koncentrált hat SNP kiválasztottunk [17] - [22]. Katalógusa

SNP genotipizáltuk a MALDI-TOF MS rendszer (MassARRAY; Sequenom, San Diego, CA, USA), primereket és próbákat (táblázat S6) a korábban leírtak [29], [42]. Annak érdekében, hogy a gépelés minőség, 1% pozitív minták (Yanhuang sejtvonal) beépültek minden genotípus-lemez, hogy érvényesítse a megbízhatóság a primer és 1% negatív minták (víz nincs DNS), amely ellenőrzi a szennyeződés. 5% -os véletlen mintát vizsgáltak két példányban a különböző személyek és a reprodukálhatóság 100% volt. A laboratóriumi személyzet nem ismerte a minta elrendezése a folyamat során. Voltak hat lépést, beleértve a PCR-amplifikáció, garnélarák alkalikus foszfatáz kezelés, bázis kiterjesztése, só eltávolítása gyantával, SpectroCHIP adagoló (Sequenom, San Diego, CA, USA), és az adatok megszerzése MALDI-TOF MS szerint Justenhoven et al. [43]. Végül, az adatok elemzését végeztük MassArray Typer Analyzer szoftver 4.0.4.20 (Sequenom, San Diego, CA) [44]. Katalógusa

LD blokk meghatározása és haplotípus építőipari katalógusa

Haploview 4.2 szoftvert használtuk értékeli LD és a kivitelezést haplotípusok [31]. LD közötti hat SNP használt haplotípus analízis mértük páronkénti D 'statisztikát. A szerkezet a LD blokk vizsgáltuk módszerével Gábriel et al. [45], a 80% -os megbízhatósági határait D 'meghatározására helyszínek történelmi közötti rekombináció SNP. Haplotípusok képeztünk genotípus adatokat a teljes méretű eset-kontroll panel blokkon belüli használatával gyorsított elvárás-maximalizálás algoritmus módszer [46]. Röviden, ez a módszer létrehoz nagyon pontos népesség gyakorisága becslések a szakaszos haplotípusok alapuló maximális valószínűség alapján meghatározva unphased bemenet [47].

Statisztikai analízis

A statisztikai elemzést végeztünk a PASW Statisztika 18.0 szoftver (SPSS, Inc., Somers, NY, USA). A kétoldalas chi-négyzet (χ2) próbát becsléséhez használt népesség eloszlása ​​jellemzőit, hasonlítson különbségek allél és genotípus frekvenciák közötti esetek és a kontrollok és értékeli szervezetek között az egyes SNP-k és klinikopatológiai paraméterek. A permutációs eljárással (1000 teszt) alkalmaztuk, hogy korrigáljuk a P értéke egylókuszos asszociáció. Esélyhányadosok (OR) és a konfidencia intervallumok (CI 95%) számoltuk ki feltétlen logisztikus regressziós analízissel vizsgáltuk az összefüggést a genotípus frekvenciák és a gyomorrák kockázatát, és korrigáltuk a nem és életkor. Egyváltozós és többváltozós túlélési analízis az volt a log-rank teszt és a Cox-féle modell segítségével a klinikopatológiai paraméterek és SNP-k. Ez azt eredményezte, azonosítását kovariáns hogy szignifikáns korrelációban a túlélés a betegeknél. Többváltozós túlélési analízist végeztünk által külön-külön hozzáadjuk a SNP változók összes klinikopatológiai paraméterek. A Kaplan-Meier-módszerrel feltérképezésére túlélési görbék.

• PLoS One: S100A6 Protein negatívan szabályozza CacyBP /SIP-gátlást gyomorrák sejt proliferáció és tumorogenezisben
• PLoS One: A meta-analízis interleukin-8 -251 promoter polimorfizmus társult gyomor rák kockázatát