PLoS One: Polimorfizmas bei haplotipas į Heparanase Gene asociacijų su progresavimą ir Prognozė skrandžio vėžio į Šiaurės Kinijos gyventojų

Anotacija

Fonas

Žmogaus heparanase vaidina svarbų vaidmenį vėžio vystymosi ir vieno nukleotido polimorfizmas (SNP) į heparanase geno (HPSE) buvo įrodyta, kad būti susijęs su skrandžio vėžiu. Šis tyrimas nagrinėjo ryšį tarp atskirų VNP-ai ar haplotipų į HPSE ir jautrumu, klinikos parametrus ir prognozės skrandžio vėžio asociacijos didelėje imties Han gyventojų šiaurinėje Kinijoje.

Metodologija /Pagrindinės išvados

Genomo DNR buvo išskirta iš formalinu fiksuotos, parafino-embedded normaliomis skrandžio audinių mėginių iš 404 pacientų ir kraujo iš 404 sveikų. Šeši SNP buvo genotipą matricos servo lazerio desorbcija /jonizacijos laiko ir orlaivio masių spektrometrijos. Chi-kvadrato (χ2) testas ir besąlygiška logistinė regresija buvo naudojamas analizuoti skrandžio vėžio riziką; rąstinis-rank testas ir Cox proporcinės pavojai modelis buvo naudojamas gaminti išgyvenamumo analizė ir Kaplano-Mejerio metodu buvo į žemėlapį išgyvenimo kreives. Vidutiniai genotipa- sėkmės rodikliai buvo daugiau nei 99% abiejų grupių. Haplotipas CA blokas, sudarytas iš rs11099592 ir rs4693608 turėjo didesnę pasiskirstymą į BORRMANN tipų 3 ir 4 (p = 0,037) grupėje, didesniam skaičiui metastazių limfmazgiuose grupė (N3 vs N0 grupės, p = 0,046), ir be to buvo susietas su prasta išlikimo (CG prieš CA: HR = 0,645, 95% PI: 0.421-0.989, p = 0,044). Be to, genotipai rs4693608 AA ir rs4364254 TT buvo susiję su prasta išlikimo (p = 0,030, ŠS = 1,527, 95% PI: 1,042-2,238 už rs4693608 AA; p = 0,013, ŠS = 1,546, 95% PI: 1.096-2.181 už rs4364254 TT). Nebuvo jokių tarpusavio koreliacijos atskirų VNP-ai ar haplotipų ir skrandžio vėžio riziką.

Išvados /Reikšmė

funkcinis haplotipas į HPSE buvo nustatyta, kuri įtraukė svarbius SNP rs4693608. SNP į HPSE vaidina svarbų vaidmenį skrandžio vėžio progresavimo ir išgyvenimo, o gal gali būti molekulinis žymuo prognozės ir gydymo vertybių

nurodomoji dalis:. Li AL, Lyrinės YX Wang ZN Gao P Miao Y zhu JL, et al., (2012) Polimorfizmas bei haplotipas į Heparanase Gene asociacijų su progresavimą ir Prognozė skrandžio vėžio į Šiaurės Kinijos gyventojų. PLoS vieną iš 7 (1): e30277. Doi: 10,1371 /journal.pone.0030277

redaktorius: Masaru Katoh, Nacionalinis vėžio centras, Japonija

Įstojo: Spalio 13, 2011; Priėmė: Gruodžio 12, 2011 m Paskelbta 20 sausio 2012

Visos teisės saugomos: © 2012 Li et al., Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Attribution licencija, kuri leidžia nevaržomai naudotis, paskirstymo ir dauginimąsi bet kokioje laikmenoje sąlygomis, su sąlyga, kad pirmasis autorius ir šaltinis įskaitomos

Finansavimas:. Šis darbas parėmė nacionalinio mokslo fondo Kinijos (Nr 30.972.879 ir Nr 81.172.370), specializuota mokslinių tyrimų fondo doktorantūros programa aukštojo mokslo (Nr 200801590006) ir Gamtos mokslo fondo Liaoning provincijos (Nr 20.092.129). Į finansuotojai neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, ar ruošiant rankraštį

konkuruojančių interesų.. Autoriai pareiškė, kad nėra konkuruojantys interesai egzistuoja

Įvadas

Skrandžio vėžys yra ketvirtoji dažniausia vėžio visame pasaulyje ir antroji pagrindinė priežastis, dėl vėžio mirtingumo [1]. Nepaisant pažangos diagnostikos ir gydymą, pacientams, sergantiems išplitusiu skrandžio vėžiu, prognozė išlieka niūrus [2]. Be to, skrandžio vėžys yra genų-aplinkos sąveikos ir genetinių veiksnių ligos vaidina svarbų vaidmenį Tumorigenesis ir progresavimo [3]. Todėl, atradimas ir taikymas biologinių žymenų sujungtas su tradicine vėžio diagnozę, sustojimo ir prognozės galėtų būti laikomas geriausias pasirinkimas šį gyvybei liga [4].

vieno nukleotido polimorfizmas (SNP) buvo manoma, kontroliuoti būti patrauklus biologiniai žymenys vėžio rizikos vertinimo, atrankos, sustojimo, arba rūšiavimui [5]. Taip pat, žmogaus genomo yra sudarytas iš "haplotipas blokų", kurios, Kieta asociacijos alelių dėl į šarnyro pusiausvyros pažeidimo (LD) serijos ir ji yra įmanoma, kad išnaudoti didelį kiekį informacijos atsižvelgiant į šiuos haplotipas blokai [6], [7 ]. Nors individualaus SNP analizės taikymas buvo iki šiol ribojamas, haplotipas pagrindu asociacija tyrimas buvo pasiūlyta kaip galingas ir visapusiškas požiūris siekiant nustatyti priežastinį genetinės variacijos, sudarančius sudėtingas ligas [8], [9].

Heparanase yra vienintelis žinomas žinduolių fermento, kuris skaldo heparansulfatą (hr) proteoglycans rūsyje membranų ir tarpląsteliniame [10]. Tai veda prie išardymo ekstraląsteliniuose kliūčių, išleidimo SS-surištų biologiškai aktyvių faktorių ir kartos SS fragmentų, kurie skatina augimo faktoriaus receptoriaus privalomi ir signalizacijos [11], [12]. Heparanase stipriai susijęs su vėžio progresavimo ir metastazių, įskaitant ląstelių išlikimas, invazijos, platinimo, neovascularization, ir augimo-liberalus mikroaplinkos [13] sukūrimo [14], ir ji turi tiek prognozinių ir gydymo programas [15]. Heparanase genas (HPSE), pirmasis klonuotas 1999, yra chromosomos 4q21.3 [16]. Yra buvę keletas tyrimų apie VNP-ai į HPSE geno. Molekuliniai epidemiologiniai tyrimai parodė, platinimo skirtumų VNP-ai iš HPSE įvairiose Izraelio žydų gyventojų [17]. Taip pat buvo įrodyta, asociacijas naviko jautrumą, taip pat piktybinių kraujo ligų ir skrandžio vėžio, tačiau rezultatai nebuvo atitinkamos informacijos [18] - [20]. Be to, Shirley Ralphand [21] parodė, HPSE haplotipas buvo susijusi su etapais kiaušidžių karcinoma Yue et al. [20] parodė, SNP buvo susijęs su klinikos parametrus ir išgyvenamumas. Tiksliau, tyrimas parodė, kad SNP į HPSE buvo susiję su heparanase ekspresijos lygio ir pateikė pagrindą tolesnėms studijoms į tarp VNP-ai ir ligų [22] asociacijų. Tačiau šie asociacijos tyrimai buvo tik mažiems pavyzdžius.

Neseniai Hennig G [23] ir rago H [24] pastebėta aukštos genotipa- aptikimo dažnis (93,5% ir 94-97%) ir visiškai suderintos norma 100% su išskirtą DNR nuo įprastų formalinu fiksuotos, parafino-embedded audinių (FFPETs), palyginti su gemalo DNR naudojant matricos padeda lazerio desorbcija /jonizacijos laiko apie skrydžio masės spektrometrija (MALDI-TOF MS). Be to, kitos ataskaitos taip pat parodė aukštus genotipo nustatymo normas ir visiškai suderintos norma su FFPET gautas DNR įskaitant dešimtmečių senumo blokus, palyginti su krauju iš to paties asmens, naudojant kitus metodus, net genomo genotipas [25] - [28]. Jis buvo nustatyta, kad FFPET gautas DNR pakako genetinio polimorfizmo analizę. Šioje studijoje, mes panaudojome didelę kolekciją FFPET pagamintų DNR mėginių iš pacientų ir kraujo išskirtų DNR kontrolės į MALDI-TOF MS metodu genotipas ir studijuoti galimą ryšį tarp šešių VNP-ai (rs4693602, rs6856901, rs4364254, rs11099592 , rs4693608 ir rs4328905) arba haplotipas į HPSE ir naviko jautrumą, klinikos parametrų, ir išlikimo skrandžio vėžio su didele imtimi Han gyventojų šiaurinėje Kinijoje. Kaip rezultatas, buvo nustatyta atskirų SNP bei haplotipas parodyti asociacijas su progresavimo ir prognozės skrandžio vėžio.

Rezultatai

Subject charakteristikos

amžiaus vidurkis buvo 56,67 ± 11,923 Y ir vyrų procentas buvo 70,54% tuo atveju, grupei. Vidutinis amžius kontrolinėje grupėje buvo 56,91 ± 11,477 Y ir vyrų procentas buvo 70,54%. Nebuvo platinimas skirtumas lytį ir amžių tarp pacientų ir kontrolės (p = 1,00 tiek lytį ir amžių). Iš 404 pacientų, I etapas skrandžio vėžio atvejų sudarė 21,0% (85/404), II etapo skrandžio vėžio atvejų sudarė 26,5% (107/404) ir III etapas skrandžio vėžio atvejų sudarė 52,5% (212/404) ( 1 lentelė).

genotipo sėkmės rodikliai

Mes naudojome MassArray Typer Analyzer programinė įranga 4.0.4.20 už automatizuotą spektrų apdorojimo ir genotipo nustatymo. Reprezentacinės MALDI-TOF MS profiliai kiekvieno iš šešių VNP-ai iš HPSE genotipo buvo parodyta S1 paveiksle. Visi SNP buvo polimorfinės su nedideliais alelio dažnis > 10% ir genotipas skirstiniai visi buvo susitarusi su Hardy-Weinberg pusiausvyros (duomenys neparodyti). Aukštos sėkmės rodikliai, svyruoja nuo 96.29% iki 100% (vidurkis: 99,09%) į FFPETs grupės ir tarp 99.50% ir 100% (vidurkis: 99.79%) kontrolinės grupės buvo parodyta (lentelė S1)
Asociacijos tarp atskirų VNP-ai ir klinikos parametrus ir išlikimo

alelių dažniai ir genotipinės dažnių šešių VNP-ai buvo reikšmingai nesiskyrė pacientų ir kontrolės (p > 0,05 ir p > 0,05, po sukeitimo testas alelių dažnius; p > 0,05 ir p > 0,05, kai koreguojama lytį ir amžių genotipo dažniais;. Stalai S2 ir S3)

SNP buvo įvertintos asociacijų su klinikos parametrus. rs4364254 genotipai buvo susiję su histologiniai klasėse (p = 0,002; lentelė S4 "), genotipas TT koreliavo gerai ląstelių diferenciacijos palyginti su genotipo TC /CC (OR = 0.482; 95% PI: 0,300-0,774). Kita SNP neturėjo reikšmingų koreliacijų į klinikos parametrus.

pagal vieną požymį analizė pacientams, vežančios rs4693608 AA genotipą turėjo prastą skrandžio vėžys konkrečių išgyvenamumas, palyginti su pacientais, kurių AG + GG genotipą (p = 0,049, HR = 1,387 , 95% PI: 1,001-1,923; 2 lentelė, 1 pav ir S2 pav.) Be daugiamatis analize, rs4693608 A. genotipas ir rs4364254 TT genotipą abu turėjo prastą skrandžio vėžys konkrečių išlikimą (p = 0,030, ŠS = 1,527, 95% PI: 1,042-2,238 už rs4693608; P = 0,013, ŠS = 1,546, 95% PI: 1,096-2,181 už rs4364254; 2 lentelė). Taip pat, BORRMANN tipas (P < 0,001), Pt kategorija (P < 0,001), pN kategorija (P < 0,001), ir lymphovascular invazija (P < 0,001) buvo žymiai koreliuoja su išlikimo pagal vieną požymį analizės. BORRMANN tipas (p = 0,021), PT Kategorija (p < 0,001), o pN laipsnio (p < 0,001) liko smarkiai koreliuoja su išlikimo Dispersinės analizės (2 lentelė)

buvimu haplotipas susiję su clinicopathologic. funkcijos ir išlikimo

yra du dviejų žymeklių haplotipas blokai sukonstruoti tarp šešių VNP-ai mūsų rezultatus (2 paveikslas). 1 blokas buvo sudarytas iš rs4693602 ir rs6856901 ir jame tris bendrus haplotipų (dažnių diapazonas: 0.025-0.850), kuris sudarė maždaug 99,9% tiriamųjų; 2 blokas buvo sudarytas iš rs11099592 ir rs4693608 ir taip pat yra trys bendri haplotipų (dažnių diapazonas: 0.091-0.798), kurie sudarė apie 99,9% tiriamųjų. Visi šeši bendri haplotipas neturėjo koreliaciją su skrandžio vėžio rizika (p > 0,05 ir P > 0,05 po sukeitimo tyrimas; lentelė S5).

Asociacijos tarp haplotipų į HPSE ir skrandžio vėžio clinicopathologic funkcijų diagnozės metu buvo vertinamos. Haplotipas CA 2 bloko turėjo didesnį paskirstymas BORRMANN 3 ir 4 tipų grupę, palyginti su TG + CG haplotipų (p = 0,037, 3 lentelė). buvo pastebėtas PN kategorijoje (P = 0,045, 3 lentelė) haplotipas platinimo skirtumų, CA turėjo didesnę pasiskirstymą N3 grupės nei N0 grupėje, palyginti su CG (OR = 1.837,95% PI: 1.010-3.341, p = 0,046 ), tačiau nebuvo jokių reikšmingų paskirstymo skirtumai tarp N2 ir N0 grupių ir tarp N1 ir N0 grupių (p = 0,671 ir p = 0,496, atitinkamai).

2 bloko haplotipas nurodė didelį skirtumą Su naviku susijęs išlikimo. Pacientai, vežantys CA haplotipas turėjo prastą skrandžio vėžys konkrečių išlikimą (CG prieš CA: HR = 0,645, 95% PI: 0,421-0,989, p = 0,044; 4 lentelė)

Diskusijos
Kaip mes žinome, FFPET gautas DNR turi mažesnį ekstrakcijos efektyvumą ir kokybę (fragmentuota DNR) dėl dalinio nukleino rūgšties skersiniams ir degradacijos nei kraujo gautas DNR. Bet archyve FFPETs neįkainojama šaltinis molekulinių genetinių tyrimų su keletą privalumų, tokių kaip (i) tik tipo mėginius asmenims, kurie negali kitaip perduoti DNR mėginį, (ii) puikus šaltinis didelio masto retrospektyva žymenų tyrimų ( iii) didelės mėginių skaičius Prijungtas su ilgalaikiais klinikiniais tolesnių duomenų, (iv) vertingas išteklius su diagnostikos ir histologinio identifikavimo, (v) galima išteklių iš patologijos archyvuose. Neseniai FFPET-išgauti DNR buvo pranešta, kad pakanka genotipo, ir buvo leidžiama biologinis žymuo ir funkcinės genomikos tyrimų [23] - [29].

MALDI-TOF MS metodu, siūlo maždaug 100% tikslumas už SNP genotipo, šiuo metu laikomas aukso standarto [29], [30]. Genotipo FFPET-gauto DNR MALDI-TOF MS buvo įrodyta, kad būti patikimas ir atkuriamas. Anksčiau ataskaitos parodė, kad nėra Alelių dažnio skirtumai tarp FFPET-gauto DNR ir kraujo išskirtų DNR iš to paties asmens per keletą metodų, įskaitant MALDI-TOF MS [24] - [26], [28]. Mūsų pastangos parodė aukštą sėkmės rodikliai svyruoja nuo 96.29% iki 100% (vidurkis: 99,09%), kuris buvo pagal ankstesnes pateikiamų duomenų [23], [24], [29]

SNP yra stabiliai paveldima. , labai gausiai ir parodyti įvairovę ir tarp gyventojų, kurie, kaip manoma, patrauklios biologiniai žymenys. Tačiau atskirų VNP-ai taikymas buvo ribotas, nes jie yra mažai Pralaidumą ir jų poveikis yra gana sunku [5] nustatyti [31]. Todėl haplotipas informacijos svarba didėjo susieti DNR sekos variacijos su liga [32]. Straipsniai, pranešė, kad funkciniai SNP į HPSE buvo susiję su heparanase ekspresijos skirtumus ir heparanase buvo įrodyta, kad būti glaudžiai dalyvauja patologinio proceso, progresavimo ir rezultatus ligos [10], [22]. Kaip įtraukti SNP, tačiau tyrimų apie skrandžio vėžio polinkį ir prognozės ir kaip nustatyti tikrieji asociacijos vis dar sudėtinga užduotis.

Nebuvo atskirų SNP koreliuoja su skrandžio vėžio rizika mūsų rezultatus. Asociacijos tarp keturių atskirų VNP-ai (rs4328905, rs4693608, rs11099592 ir rs6856901) ir skrandžio vėžio rizika su 155 pacientų ir 204 kontrolės pranešta Yue et al. [20] buvo pagal mūsų rezultatus. Be to, visi šeši bendri haplotipas neturėjo reikšmingų skirtumų skrandžio vėžio riziką. Šis suderinamumas parodė SNP į HPSE neturėjo koreliaciją į skrandžio vėžio dažnis etninės Han Šiaurės Kinijos, o ne tik nuo atskirų VNP-ai perspektyvos, bet ir nuo haplotipų perspektyvos.

Mūsų Šio tyrimo, genotipas rs4364254 TT koreliavo gerai ląstelių diferenciacijos. Be to, Ostrovsky ir kt. [22] nustatė, asmenys su genotipo TT turėjo gana aukštus iRNR lygiui (P = 0,0029). Tačiau būta prieštaringų rezultatų, apie kuriuos pranešta, kad asociacijų tarp heparanase saviraiškos ir histologinio diferenciacijos. Endo K ir kt. [33] nustatė, kad histologinis diferenciacija buvo blogesnė heparanase mRNR teigiamas skrandžio vėžio audiniuose (p < 0,01). Chen JQ ir kt. [34] nustatė, kad histologinis diferenciacija nebuvo susijęs su heparanase iRNR išraiškos skrandžio vėžiu (p = 1,000). Takaomi Ohkawa et al., [35] parodė, kad heparanase išraiška buvo atpažintas kaip stipresnis gerai diferencijuotų ląstelių (P = 0.0277), kuris yra išvada, kad consistents su mūsų rezultatus. Todėl heparanase gali būti įtraukti į ląstelių diferenciacijos, bet mechanizmai nėra aiškūs metu

pagal vieną požymį analizė pacientams, vežantys rs4693608 AA genotipą turėjo prastą išlikimą (p = 0,049). "; į Dispersinės analizės duomenimis, rs4693608 AA ir rs4364254 TT abu buvo smarkiai koreliuoja su prasta išlikimo (p = 0,030 už rs4693608 AA ir P = 0,013 už rs4364254 TT). Galbūt, sutarimo į vieną požymį ir Dispersinės analizės nebuvimas dėl silpnos poveikio atskirų SNP, bet kai individas SNP buvo laikomas kartu su kita SNP, BORRMANN tipo, PT kategoriją, ir pn kategorijos Dispersinės analizės duomenimis, ją generuoja įtaką prognozė. Yra daug įrodymų, leidžiančių manyti, kad genetiniai veiksniai prisideda prie ligos proceso bendrų kompleksinių bruožas ligų, bet iš vieno varianto poveikis yra turbūt mažas [36]. Be to, Ostrovsky ir kt. [37] pateikė pirmąją duomenys apie koreliaciją tarp funkcinių SNP rs4693608 ir rs4364254 ir ūminės transplantato prieš šeimininką ligos ( "liga) plėtrą, o rs4693608 buvo svarbiausia. Jų rezultatai buvo vadovaujantis mūsų. Be to, Ostrovsky ir kt. [22] pranešė tiek rs4364254 TT genotipą ir rs4693608 A. genotipas buvo susijęs su santykinai dideliu iRNR lygio (P = 0,0029 ir 0,004, atitinkamai), kuris gali iš dalies paaiškinti blogiau prognozę pacientams, sergantiems rs4693608 AA arba rs4364254 TT šiame tyrime , Šios pastabos buvo biologiškai tikėtinas, nes padidėjusią HPSE buvo glaudžiai susijusi su didesniu invazijos skrandžio vėžio [38] - [40]. Šios rezultatai parodė mūsų prielaidą, kad SNP buvo susijusios su heparanase raiškos reguliavimas, taip darydami poveikį invazija galimybę ir išlikimas skrandžio vėžio.

Nors nei genotipas rs11099592 CK, nei rs4693608 A. parodė statistinį skirtumą BORRMANN tipo haplotipas CA sudaro su jais darė rodo didelį skirtumą. Haplotipas ĮA turėjo didesnę paskirstymas BORRMANN tipų 3 ir 4 (p = 0,037) grupei. Gal pacientai, sergantys haplotipas CA buvo labiau linkę plėtoti prasčiau bendras tipo. Be to, haplotipas CA turėjo didesnę pasiskirstymą N3 grupės (P = 0.046, palyginti su N0 grupės). Tačiau nebuvo jokių reikšmingų paskirstymo skirtumai tarp N2 ir N0 grupių ir tarp N1 ir N0 grupes. Galbūt ten buvo tarp haplotipas CA ir gausiau metastazių limfmazgiuose asociacija, bet ji turi dar vieną tyrimą. Be to, pacientai, vežantys CA haplotipas taip pat parodė, prastos skrandžio vėžys konkrečių išlikimą, kuris buvo suderintas su į BORRMANN tipo skirtumų ir numeriai metastazių limfmazgiuose. Be to, Ostrovsky ir kt. [22] pranešė, kad rs11099592 CK genotipas ir rs4693608 A. genotipas buvo susijęs su aukštos iRNR išraiškos (p = 0,0167 ir p = 0,004, atitinkamai), kuris buvo pagal mūsų rezultatus apie haplotipas CA. Galbūt absoliutus rizikos susijęs su kiekvienu iš VNP-ai buvo žemas, bet kartu haplotipas analizė gali būti daugiau naudinga nustatant asmenis didelės rizikos grupei ligos progresavimą. Galbūt tai buvo konkretūs haplotipas, kurie vaidina svarbų vaidmenį skrandžio vėžio invazijos ir metastazių, toliau įtakos prognozei.

funkcinis haplotipas blokas sudarytas iš rs11099592 ir rs4693608 buvo rasti mūsų rezultatais, kurie buvo susijęs su BORRMANN tipo, Pn Kategorija ir prognozė skrandžio vėžio. Viena vertus, SNP rs11099592 yra A-G pakeisti nonsynonymous SNP įsikūręs egzono 8 ir šis keitimo rezultatas yra argininas-to-lizino pakeitimo kamb 307 padėtyje, galbūt dėl ​​to funkcinio skirtumo baltymo. Kita vertus, SNP rs4693608 yra introno 3 ir parodė, kad yra ryšys su išlikimu. Daugėja įrodymų rodo, kad genomikos variantai nekoduojančių sekų gali pakeisti genų produktų išraiška, keičiant genų reguliavimo, Exon sandūrų, iRNR stabilumą, paslaptingas kirpimo vietų aktyvinimą ir tt, todėl tai gali sukelti ligą fenotipų. Be to, haplotipas gali teikti tikslesnę informaciją, negu atskiroms VNP-ai [7], [41]. Be to, ar genų transkripcijos, išlaikant iš akytos diferenciacijos ir indukcijos invazinės metastazavusiu fenotipo yra dėl tiesioginės sąveikos heparanase su DNR dar turi būti įrodytas.

Ostrovsky et al., [22] parodė svarbų ryšį tarp kombinuoto genotipų už rs4693608 ir rs4364254 VNP-ai ir heparanase iRNR ekspresijos lygį. Be to, jie skirstomi visi kartu genotipus į tris pogrupius (LR žemos raiškos, MR-tarpinis išraiška, HR-aukštos išraiška) pagal heparanase iRNR ekspresijos lygį kiekvienam genotipui, ir jie patvirtino, reikšmingų skirtumų tarp trijų pogrupių kombinuoto genotipų vežėjų ir mRNR lygiai. Be to, Ostrovsky ir kt. [37] Pirmasis rasti koreliacijas tarp kombinuoto genotipų už rs4693608 ir rs4364254 VNP-ai ir ūminės "liga plėtrai jų po studijų su šiuo pogrupių analizės metodą. Ji yra svarbi ir vertinga metodas. Be to, šis metodas yra naudingas rizikos prognozavimas susijęs su haplotipas požiūrio į šiuos klinikinę praktiką. Mūsų ateitis tyrimas, kuris prijungtas iRNR išraiška lygį genotipų ar haplotipų į HPSE Han gyventojų šiaurinėje Kinijoje, būtų naudoti šį metodą.

Kadangi imties dydis laukinio tipo homozigotų buvo santykinai per mažas sluoksniuotoji analizės ant kiekvieno visų šešių VNP-ai tirtų mūsų tyrime genotipo, mes negalėjome parodyti rezultatus SNP analizės dėl kiekvieno genotipo, bet mes analizavo kartu heterozygote su laukinio tipo homozigotų. Tai buvo šio tyrimo apribojimas.

Taigi, šis tyrimas įvertino polimorfizmas iš HPSE geno skrandžio vėžio su MALDI-TOF MS metodu ir archyvuotas FFPETs didelėje šiaurinės Kinijos atveju kontroliuojama kohortos. Mes nustatėme, funkcinę haplotipas blokas, sudarytas iš rs11099592 ir rs4693608, kuris buvo susijęs su BORRMANN tipo, Pn kategorijos ir prognozės; ir SNP rs4693608, kurie buvo įtraukti į bloko parodė koreliaciją į išlikimą. Šie rezultatai patvirtina asociacijų tarp VNP-ai iš HPSE ir iRNR ekspresijos lygį anksčiau pranešė Ostrovskio et al. [22]. Be to, šeši atskiri SNP ir haplotipas nebuvo susietas su skrandžio vėžio riziką. Šie rezultatai atitiko mūsų pirminė prielaida, kad heparanase dalyvavo vėžio invazijos ir metastazių ir įtakos prognozei galiausiai, bet jis nebuvo įtrauktas į vėžio atvejų.

Medžiagos ir metodai

Imties kolekcija

404 pacientai, sergantys histopathologically patvirtino skrandžio vėžiu, kuris buvo gavęs radikalų operacija nuo 1998 sausio iki 2004 gruodžio buvo nuosekliai atrinkti. Pacientai buvo iš šiaurės Kinijoje ir buvo manoma, kad bus geri atstovai iš šio regiono. 404 normalus skrandžio audinio mėginiai buvo imami iš iš rezekcijos egzempliorių segmente toliausiai nuo naviko (> 10 cm) ir FFPETs buvo patikrintas ir archyvuotas Chirurginės Onkologijos departamento Pirmosios ligoninės Kinijos medicinos universiteto šiaurės Kinijoje. Visi mėginiai buvo nustatyti ir įterptais pagal standartiniais klinikiniais histologinių sąlygomis ir buvo laikomas kambario temperatūroje. Parafino skyriai FFPETs buvo tamsintas hematoksilinu ir eozinu (H & e) patologinės patikrinimo patvirtinti navikinio audinio nebuvimą. Navikas histologinis laipsnio buvo vertinami pagal Pasaulio sveikatos organizacijos kriterijais ir navikų buvo pastatytas naudojant 7-osios redakcijos TNM sustojimo Tarptautinės Sąjungos kovos su vėžiu (UICC) /(AJCC) sistemą Amerikos jungtiniame komitete dėl vėžio (2010), remiantis pooperaciniu patologinis egzempliorių apžiūrėjimas,. buvo gauti Complete patologiniai duomenys, įskaitant amžių, lytį, datą chirurgijos vietą pirminio naviko, histologinio laipsnio, venų invazija, lymphovascular invazija, gylis invazija, skaičių LNS priimtus, skaičių metastazavusiu LNS ir skaičių naviko indėliai priimami. Tie, (i) sinchroninės ar metachronous piktybinių navikų (ii) tolimoje metastazių nerasta prieš operaciją, (III), kuris patyrė priešoperacinė radioterapija ar chemoterapija, arba (iv) su nebaigtais patologinių duomenų įrašai buvo pašalinti iš šiame tyrime. Tolesni buvo baigtas visą studijų gyventojų iki 2010 sausio Du pacientai mirė pooperaciniu laikotarpiu ir 21 pacientai buvo prarasta per tolesnius, todėl 381 pacientai buvo įtraukti į išgyvenamumo analizė. Mediana ir vidutinė kontrolinio stebėjimo laikotarpius buvo 90,0 mėnesiai ir 93,3 ± 20,24 mėnesiai (diapazonas: 61-136 mėnesių), atitinkamai. Šie duomenys buvo gauti visų pacientų: mirties data (jei taikytina), mirties priežastis (jei taikoma) ir datą tolesnių. Pagrindinė vertinamoji baigtis buvo priežastis konkrečių išlikimo trukmė nuo skrandžio vėžio diagnostikos dienos iki mirties dienos. 5 metų išgyvenamumas iš 404 pacientų buvo 54,2%.

404 kraujo mėginiai buvo imami iš vėžio nemokamai asmenų, kurie buvo atsitiktinai parinktų remiantis fizinės apžiūros metu 2009 m iki 2011 m, kaip kontrolinės grupės, ir ši grupė buvo manoma, kad būti gera atstovavimą šiaurės Kinijos regione populiacijos. Atrankos kriterijai įtraukti jokios individualios istoriją vėžio dažnis atitikimo tais atvejais, dėl lyties ir amžiaus ir asmenims buvo nesusijusių etninių Han kinų. Mėginiai (etileno diamino tetraacto rūgšties [EDTA] sutraukia kraujyje) buvo laikomi -20 ° C temperatūroje per 30-40 minučių, ir tada perkelti į esant -80 ° C per 2 arba 3 dienų po to šaldiklio.

tyrimas buvo patvirtinta mokslinių tyrimų etikos komiteto Kinijos medicinos universitetas, Kinija. Rašytiniai informuoti sutikimai gauti iš visų pacientų, prieš dalyvaujant tyrime.

DNR ekstrakcija

Genomo DNR buvo išskirta iš FFPET pavyzdžių teismų grupei. Ruožai, kurių 8 pm storio ir paviršiaus plotas yra iki 250 mm ^{2 buvo paruošti su Mikrotoms ir DNR buvo išskirtas nuo 6 iki 12 sekcijų, priklausomai nuo audinių dydžio ir ląstelių skaičius. Mikrotoms buvo valomi ir peiliai buvo pakeistas, kad būtų išvengta intersample užteršimo. DNR išskyrimas iš FFPETs buvo atliktas su QIAamp® DNR FFPE audinių rinkinį (Qiagen, Hilden, Vokietija) [29], po kokias pateikė gamintojas, įskaitant (I) procedūrų tirpdo parafinas, ksileno ir pašalinti (II) lyse pavyzdys pagal denatūravimo sąlygos su proteinazės K, (iii) pakeisti formalino susiuvimo skersiniais ryšiais inkubavimo 90 ° C, (iv) jungiasi DNR membranos ir leisti teršalai tekėti per, (v) plauti liekamuosius teršalus, ir (vi) yra išplaunami grynas ir koncentruotą DNR iš membrana (su tri-EDTA buferinio tirpalo [TE]). Apie 2-10 mikrogramų DNR buvo aptikta 50 mikrol, galutinio tirpalo ir prie -80 ° C temperatūroje.}

Genomo DNR buvo ekstrahuojamas iš kraujo mėginių iš kontrolinės grupės su Universal Genomo DNR ekstrakcijos rinkinio Ver.3.0 (TAKARA) pagal gamintojo instrukcijas. Apie 2-6 mikrogramų DNR buvo aptikta VE ir buvo laikomi -80 ° C temperatūroje.

parinkimas VNP-ai ir genotipo

Tyrime dalyvavo šeši SNP į HPSE, kurie buvo paimti iš NCBI SNP duomenų bazė (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp) ir HapMap duomenų bazė (III fazės duomenų bazė) (http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/index.html.zh ). Šie SNP buvo sutapatinta HPSE geno (2 paveikslas). RS 11099592 buvo unikalus ne tik su nedideliu alelio dažnis (MAF) > 1%, bet taip pat, kaip polimorfinės Han China Beijing (HCB) gyventojų tarp visų kodavimo regiono VNP-ai (cSNPs) į HPSE, kuris buvo registruotas duomenų bazėse. Be to, kiti penki SNP buvo įsikūrę intronic ir 3'-UTR regionuose. Be to, kiti tyrėjai parodė, kad rs11099592, rs4693608 ir rs4364254 buvo susijęs su heparanase iRNR išraiškos [22]. Be to, ryšys tarp atskirų VNP-ai ar haplotipų į HPSE ir jautrumu, klinikos parametrus ir prognozės navikas pranešė šiuose straipsniuose buvo sudėtinga, tačiau daugiausia dėmesio skyrė šešių VNP-ai mes pasirinktų [17] - [22].

SNP buvo nustatytas genotipas naudojant MALDI-TOF MS sistemą (MassARRAY; Sequenom, San Diego, CA, JAV) su gruntais ir zondai (lentelė S6), nes anksčiau aprašytų [29], [42]. Siekiant užtikrinti spausdinimo kokybę, 1% teigiamų mėginių (YanHuang ląstelių padermės) buvo įtrauktos į kiekvieną genotipo plokštės patvirtinti apie gruntų ir 1% neigiamų mėginių (vandens, be DNR) patikimumą stebėti užteršimo. 5% atsitiktiniai mėginiai buvo tiriami dviem egzemplioriais skirtingi asmenys ir atkuriamumas buvo 100%. Laboratoriniai darbuotojai buvo apakinti, kad mėginio susitarimą proceso metu. Yra šeši žingsniai, įskaitant PGR, krevečių šarminės fosfatazės gydymui, bazinių pratęsimo, druskos šalinimas su derva, SpectroCHIP dozavimo (Sequenom, San Diegas, CA, JAV), ir duomenų įsigijimai su MALDI-TOF MS pagal Justenhoven et al. [43]. Galiausiai, duomenų analizė buvo atlikta naudojant MassArray Typer Analyzer programinė įranga 4.0.4.20 (Sequenom, San Diegas, CA) [44].

LD blokas nustatymas ir haplotipas statybos

Haploview 4.2 programinė įranga buvo naudojama įvertinti LD ir statyti haplotipas [31]. LD tarp šešių VNP-ai naudojamų haplotipas analizę buvo matuojamas porinio D 'statistiką. Iš LD bloko struktūra buvo tiriama naudojant Gabrielio et al metodą. [45], naudojant 80% patikimumo ribas D "apibrėžti svetainių istorinės rekombinacija tarp VNP-ai. Haplotipas buvo sukonstruotas iš genotipo duomenų pilno dydžio atvejo-kontrolės skydelio per blokų, naudojant skubos lūkesčiai-maksimizavimas algoritmas metodą [46]. Trumpai tariant, šis metodas sukuria labai tikslius gyventojų dažnio sąmatas palaipsniui haplotipų remiantis maksimalaus tikėtinumo, kaip nustatyta iš unphased įvesties [47].

Statistinė analizė

Statistinė analizė buvo atlikta naudojant PASW Statistika 18,0 programinė įranga (SPSS Inc., Somers, NY, JAV). Dvipusis chi kvadrato (χ2) testas buvo naudojamas įvertinti gyventojų pasiskirstymas savybes, palyginti skirtumus alelių ir genotipiniu dažnius tarp atvejų ir kontrolės ir įvertinti ryšius tarp atskirų VNP-ai ir klinikos parametrus. Kėliniai procedūra (1000 testai) buvo naudojamas ištaisyti P vertę vieno lokuso asociacijos rezultatus. Kursai santykis (OR) ir pasikliautinieji intervalai (PI; 95%) buvo apskaičiuojamas besąlygiškai logistinę regresiją analizuoti ryšį tarp genotipo dažnių ir skrandžio vėžio rizika asociaciją ir buvo pakoreguota lytį ir amžių. Vienmatės ir daugiamatis išgyvenamumo analizė buvo daroma su log-rank testą ir Cox proporciniai pavojų modelį naudojant klinikos parametrus ir SNP. Tai lėmė, kad kintamųjų, kurie žymiai susijęs su išgyvenimo pacientams identifikuoti. Daugiamatė išgyvenamumo analizė buvo atliekama atskirai pridedant SNP kintamuosius visų klinikos parametrus. Kaplan-Meier metodu buvo į žemėlapį išgyvenimo kreives. Haploview 4.2 programinės įrangos paketas buvo naudojamas: įverčio pora išmintingas ryšys pusiausvyros sutrikimo (LD), aptikti išvykimo iš Hardy-Weinberg pusiausvyros, statyti haplotipas ir apskaičiuoti haplotipas dažnius ir įvertinti ryšius tarp haplotipų ir skrandžio vėžio riziką.

• PLoS ONE: S100A6 Baltymai Neigiamai Reguliuoja CacyBP /SIP slopinamos skrandžio vėžio ląstelių proliferaciją ir Tumorigenesis
• PLoS ONE: meta-analizė interleukino-8 -251 Rėmėjas polimorfizmas susijęs su skrandžio vėžiu Risk