Plos ONE: polimorfizmi ter haplotip v heparanazo Gene združenj s napredovanje in prognozo želodčnega raka v severni kitajski Population

Povzetek

Ozadje

Human heparanaze igra pomembno vlogo pri razvoju raka in mononukleotidnih polimorfizmov (SNP) v heparanazo gena (HPSE) je bilo dokazano, da se povezana z rakom želodca. Sedanja Študija je proučila povezavo med posameznimi SNP ali haplotipov v HPSE in občutljivost, clinicopathological parametrov in prognozo raka želodca v velikem vzorcu prebivalstva Han na severu Kitajske.

Metodologija /Glavne ugotovitve

genomske DNK je bila vzeta iz, normalne želodcu vzorcev tkiv, parafin vgrajeni-formalin določi na 404 bolnikih in krvi od 404 zdravih kontrol. Šest SNP so genotipizacijo z lasersko desorpcijo /ionizacijo čas z letom masne spektrometrije matriko pomaga. Chi-kvadrat (χ2) preskus in brezpogojno logistično regresijo smo uporabili za analizo tveganja za nastanek raka želodca; test Log-rank in Cox sorazmernih tveganj modela so bili uporabljeni za izdelavo analize preživetja in metoda Kaplan-Meier je bila uporabljena na zemljevid krivulj preživetja. Srednji genotipizacijio stopnjo uspešnosti so bile v obeh skupinah več kot 99%. Haplotip CA v bloku, ki ga sestavljajo rs11099592 in rs4693608 imeli večjo porazdelitev v skupini tipov BORRMANN 3 in 4 (P = 0,037), skupina večjega števila bezgavkah (N3 vs skupino N0, P = 0,046) in je poleg tega povezana s slabim preživetje (CG vs CA: HR = 0,645; 95% IZ: 0.421-0.989, P = 0,044). Poleg tega genotipa rs4693608 AA in rs4364254 TT so bile povezane s slabim preživetja (P = 0,030, HR = 1,527; 95% IZ: 1,042-2,238 za rs4693608 AA; P = 0,013, HR = 1,546, 95% CI: 1.096-2.181 za rs4364254 TT). Je bilo med posameznimi SNP ali haplotipov in tveganje za raka želodca ni korelacije.

Sklepi /Pomen

Funkcionalni haplotip v HPSE je bilo ugotovljeno, ki vključuje pomembne SNP rs4693608. SNP v HPSE igrajo pomembno vlogo pri želodčnem napredovanje raka in preživetje, in morda lahko molekularni označevalec vrednosti, prognozo in zdravljenje

Navedba. Li AL, Song YX, Wang ZN, Gao P, Miao Y, Zhu JL, et al. (2012) polimorfizmi ter haplotip v heparanazo Gene združenj s napredovanje in prognozo želodčnega raka v severni kitajski prebivalstva. PLoS ONE 7 (1): e30277. doi: 10,1371 /journal.pone.0030277

Urednik: Masaru Katoh, National Cancer Center, Japonska

Prejeto: oktober 13, 2011; Sprejeto: 12. december 2011; Objavljeno: 20. januar 2012

Copyright: © 2012 Li et al. To je odprtega dostopa članek razširja pod pogoji Creative Commons Attribution License, ki omogoča neomejeno uporabo, distribucijo in razmnoževanje v katerem koli mediju, pod pogojem, da prvotni avtor in vir knjižijo

Financiranje:. To delo je bil podprt s strani National Science Foundation Kitajske (št 30972879 in številka 81172370), raziskovalnega sklada specializiranih za doktorski program visokega šolstva (št 200801590006) in Natural Science Foundation v provinci Liaoning (št 20092129). Med financerji imel nobene vloge pri oblikovanju študije, zbiranje in analizo podatkov, sklep, da se objavi, ali pripravi rokopisa

nasprotujočimi si interesi.. Avtorji so izjavili, da ne obstajajo konkurenčni interesi

Uvod

rak želodca je četrti najpogostejši rak na svetu, in drugi najpogostejši vzrok smrtnosti zaradi raka [1]. Kljub napredku v diagnostiki in zdravljenju, je prognoza za bolnike z napredovalim rakom želodca ostaja žalostna [2]. Nadalje, želodčni rak je bolezen gen okolju interakcij in genetskih faktorjev igrajo pomembno vlogo pri tumorigeneze in napredovanje [3]. Zato bi lahko odkritje in uporaba biomarkerjev vključene s tradicionalno diagnozo raka počivanje, in prognozo šteje najboljša možnost za nadzor nad to življenjsko nevarno bolezen, [4].

enonukleotidnih polimorfizmov (SNP) so mislili, da biti privlačne biomarkerjev pri oceni raka tveganja, pregleda počivanje, ali razvrščanja [5]. Prav tako je človeški genom je sestavljen iz serije "haplotip blokov", ki so nenaključnega združenja alelov zaradi genetsko neravnostežje (LD) in ga je mogoče izkoristiti veliko količino informacij glede teh haplotip blokov [6], [7 ]. Čeprav je bila vloga posameznih SNP analize doslej omejena, je bila, ki temelji na haplotip združenje študija predlagala kot močan in celovit pristop za ugotavljanje vzročne genetske variacije, ki je podlaga zapletenih bolezni [8], [9].

heparanazo je edini znani encim pri sesalcih, ki razgradi heparan sulfata (HS) proteoglikane v kleti membran in ekstracelularnem matriksu [10]. To vodi v razgradnjo zunajceličnih ovir, sproščanja HS-vezanih bioaktivnih dejavnikov in generacije fragmentov HS, ki spodbujajo rastni faktor-receptor in signalizacijo, [11] [12]. Heparanaze je močno povezana z napredovanjem raka in metastaz, vključno preživetja celice, invazije, orožja, neovaskularizacije in ustvarjanju rasti, permisivna mikrookolja [13], [14] in je tako prognostičnih in terapevtske aplikacije [15]. Heparanaze gen (HPSE), prvi klonirani v letu 1999, ki se nahaja na kromosomu 4q21.3 [16]. Bilo je nekaj študij o SNP v genu HPSE. Molekularna epidemiološke študije so pokazale razlike distribucije v SNP v HPSE v različnih izraelskih judovskih populacij [17]. Združenja za dovzetnosti tumorjev so tudi dokazali, vključno hematoloških malignih bolezni in raka želodca, vendar rezultati niso bili accordant [18] - [20]. Poleg tega je Shirley Ralphand [21] zaslonu prikazano HPSE haplotip bila povezana z faze karcinom jajčnikov in Yue et al. [20] so pokazale SNP so povezana z clinicopathological parametrov in stopnjo preživetja. Natančneje, je študija pokazala, da so bile SNP v HPSE povezana z ravnmi heparanaze izražanja in zagotovil podlago za nadaljevanje študija na združenj med SNP in bolezni [22]. Vendar pa so te pridružitveni študije omejene na majhnih vzorcih.

Pred kratkim Hennig G [23] in Horn H [24] opazili visoke stopnje genotipizacijio zaznavanja (93,5% in 94-97%) in odlična stopnja skladnost z 100% DNK, izpisanih iz normalnih-formalin določen,-parafin vgrajeni tkiv (FFPETs) v primerjavi z zarodne DNK s pomočjo laserskega desorpcijo /ionizacijski časa z letom masne spektrometrije-matrix pomaga (MALDI-TOF MS). Poleg tega druga poročila je tudi pokazala visoko stopnjo odkrivanja genotipizacije in popolno stopnjo skladnost z FFPET, pridobljeni DNK vključno desetletij stare bloke v primerjavi s krvjo iz istega posameznika z uporabo druge metode, tudi v genomu vsej genotipizacije [25] - [28]. Ugotovljeno je bilo ugotovljeno, da je bil FFPET, pridobljeni DNK zadostuje za genetske analize polimorfizma. V tej raziskavi smo uporabili veliko zbirko FFPET, pridobljenih vzorcev DNK od bolnikov in DNK v krvi, ki izhajajo iz nadzora v postopku MALDI-TOF MS za genotipizacijo in proučevanje morebitnih povezav med šestimi SNP (rs4693602, rs6856901, rs4364254, rs11099592 , rs4693608 in rs4328905) ali haplotipov v HPSE in tumorja občutljivosti, clinicopathological parametrov, in preživetje raka želodca pri velikem vzorcu prebivalstva Han na severu Kitajske. Kot rezultat, je bilo ugotovljeno, posamezni SNP ter haplotip pokazati združenja z napredovanjem in prognozo raka želodca.

Rezultati

Zadeva značilnosti

Povprečna starost je bila 56,67 ± 11,923 y in odstotek moških je bila v sodni skupini 70,54%. Povprečna starost kontrolne skupine je bila 56,91 ± 11,477 y in odstotek moških je bila 70,54%. Ni bilo porazdelitev razlike v spolu in starosti med bolniki in kontrol (p = 1,00 za oba spola in starosti). Od 404 bolnikov, faza I želodca primerov raka znašal 21,0% (85/404), stadij II želodca primerov raka znašal 26,5% (107/404) in faze III želodca primerov raka znašal 52,5% (212/404) ( Tabela 1).

genotipizacije stopnja uspešnosti

Včasih smo MassArray Typer analizatorja programsko opremo 4.0.4.20 za avtomatizirano obdelavo spektrov in določitev genotipa. Reprezentativne profili MALDI-TOF-MS vsakega genotipa šestih SNP v HPSE so bili prikazani na sliki S1. Vsi SNP so bili polimorfna z manjšimi alelov frekvenco > 10% in genotip razdelitve so bili vsi v dogovoru s Hardy-Weinberg ravnotežju (podatki niso prikazani). Visoka stopnja uspešnosti, ki se gibljejo med 96.29% in 100% (pomeni: 99,09%), v skupini FFPETs ter med 99.50% in 100% (pomeni: 99.79%), v kontrolni skupini, so bili prikazani (tabela S1)

Združenja med posameznimi SNP in clinicopathological parametrov in preživetje

alelne frekvence in genotipske frekvence v šestih SNP niso bistveno razlikovali med bolniki in kontrol (P > 0,05 in P > 0,05 po preskusu permutacije za alelne frekvence; P >0,05 in P > 0.05, potem ko je prilagojena za spol in starost genotipskimi frekvenc. Tabele S2 in S3)

SNP so ocenili združenj s clinicopathological parametrov. rs4364254 genotipi so bili povezani z histološke razredov (P = 0,002; Tabela S4), je genotip TT korelaciji tudi diferenciacijo celic v primerjavi z genotipom TC /CC (OR = 0,482; 95% IZ: 0,300-0,774). Drugi SNP ni imel značilne povezave do clinicopathological parametrov.

V univariantne analize so imeli bolniki, ki izvajajo genotip rs4693608 AA slabo želodčne preživetje raka specifična v primerjavi z bolniki z AG + GG genotipa (P = 0,049, HR = 1,387 95% IZ: 1,001-1,923, Tabela 2, Slika 1 in Slika S2). V multivariatne analize, genotip rs4693608 AA in rs4364254 TT genotipa oba imela slabo želodcu raka specifično preživetje (P = 0,030, HR = 1,527, 95% CI: 1,042-2,238 za rs4693608; P = 0,013, HR = 1,546, 95% CI: 1,096-2,181 za rs4364254; tabela 2). Tudi vrsta BORRMANN (P < 0,001), pT kategorijo (P < 0,001) pN kategorijo (P < 0,001) in lymphovascular invazija (P < 0,001) smo močno povezana s preživetjem v univariantne analizi. Tip BORRMANN (P = 0,021), pT kategorijo (P < 0,001), in pN kategorijo (P < 0,001), ostali bistveno povezana s preživetjem v multivariatne analize (tabela 2)

Prisotnost haplotipom povezana z clinicopathologic. funkcije in preživetje

na voljo sta dve dve pozicijski haplotiski blokov zgrajenih med šestimi SNP v naših rezultatov (slika 2). Polje 1 je bila sestavljena iz rs4693602 in rs6856901 in vsebuje tri skupne haplotipov (frekvenčno območje: 0.025-0.850), ki je predstavljal približno 99,9% vseh predmetov; Blok 2 je bil sestavljen iz rs11099592 in rs4693608 in vsebuje tudi tri skupne haplotipov (frekvenčni razpon: 0.091-0.798), kar predstavlja približno 99,9% vseh predmetov. Vseh šest skupnih haplotipov imela ni povezan z rakom na želodcu (P > 0,05 in P > 0.05 po testu permutacije; Tabela S5).

Združenja med haplotipov v HPSE in želodčnega raka clinicopathologic funkcije v času diagnoze so bile ovrednotiti. Haplotip CA v bloku 2 je imel večjo porazdelitev v skupini BORRMANN vrste 3 in 4 v primerjavi s TG + CG haplotipov (P = 0,037; Tabela 3). v kategoriji pn (P = 0,045; tabela 3) so opazili distribucijo haplotip razlike, je imela CA večjo porazdelitev v skupini N3 kot skupine N0 primerjavi s CG (OR = 1.837,95% IZ: 1.010-3.341, P = 0,046 ), vendar ni bilo nobenih pomembnih distribucijskih razlike med N2 in n0 skupin in med N1 in n0 skupin (p = 0,671 in p = 0,496, v tem zaporedju).

haplotipov iz bloka 2 kaže na pomembno razliko v povezane s tumorjem preživetje. Bolniki, ki izvajajo na haplotip CA imel slabe želodcu preživetje raka specifične (CG vs CA: HR = 0,645; 95% IZ: 0,421-0,989, P = 0,044; tabela 4)

Pogovor
Kot vemo, FFPET, pridobljeni DNK ima manjšo učinkovitost in kakovost (razdrobljene DNK) zaradi delne nukleinske kisline, povezovanjem in degradacije kot DNK v krvi, ki izhajajo ekstrakcije. Toda arhiviranih FFPETs zagotavlja neprecenljiv vir za molekularno genetske študije z več prednosti, kot so (i) vrsto edino vzorcev, ki so na voljo za posameznike, ki ne morejo drugače zagotavljajo vzorec DNK, (ii) odličen vir za obsežne študije retrospektiva biomarkerjev, ( iii) veliko število vzorcev konjunkcija s dolgoročnih kliničnih nadaljnjih podatkov, (iv) dragocen vir z diagnozo in histološko identifikacijo, (v) na voljo sredstva iz patologije arhivov. V zadnjem času, FFPET ekstrahirane DNK so poročali, da je primerna za genotipizacijo ter je bilo dovoljeno za biomarker in funkcionalne študije genomika [23] - [29].

MALDI-TOF MS metodo, ki ponuja približno 100% natančnost za SNP genotipizacijo trenutno šteje kot zlati standard [29], [30]. Genotipizacija FFPET izvedenega DNK, ki ga MALDI-TOF MS je bilo dokazano, da so zanesljivi in ​​ponovljivi. Prej poročila so pokazala, da ni bilo alelna frekvenca razlike med FFPET izvedenega DNK in DNK v krvi, ki izhajajo iz istega posameznika s pomočjo različnih metod, vključno z MALDI-TOF MS [24] - [26], [28]. Naša prizadevanja so pokazali visoko stopnjo uspešnosti v razponu med 96.29% in 100% (pomeni: 99,09%), ki so bili v skladu s prejšnjimi sporočenih podatkov [23] [24] [29]

SNP so trajno dedna. , zelo bogat in pokazati raznolikost znotraj in med populacijami, ki so mislili, da so privlačne biomarkerjev. Vendar pa je uporaba posameznih SNP omejena, ker so nizki penetrantnih in njihovi učinki so razmeroma težko opredeliti [5], [31]. Zato je pomen informacij haplotip se povečuje povezati DNA spreminjanje zaporedja z boleznijo [32]. Članki so poročali, da so funkcionalne SNP v HPSE povezana s heparanazo izražanja razlik in heparanaze Dokazano je, da je treba tesno sodelovati pri patološkega procesa, napredovanje in izid bolezni [10], [22]. Kako vključiti SNP, vendar pa se v raziskavah okoli želodca predispozicijo za raka in prognozo in kako ugotoviti, so pravi združenja še vedno zahtevne naloge.

Ni bilo posamezni SNP, povezani s tveganjem želodčnega raka v naših rezultatih. Združenja med štirimi posameznimi SNP (rs4328905, rs4693608, rs11099592 in rs6856901) in želodca tveganje za nastanek raka s 155 bolnikov in 204 kontrol, ki jih Yue et al poročali. [20] je bilo v skladu z našimi rezultati. Poleg tega so imeli vsi šest skupnih haplotipov nobenih pomembnih razlik v tveganju za raka želodca. Ta skladnost je pokazala SNP v HPSE imel povezavo na pojavnost raka želodca v etnično Han severni Kitajski, ne le z vidika posameznih SNP, ampak tudi z vidika haplotipov.

V našem tej študiji, genotip rs4364254 TT je bila povezana z dobro diferenciacijo celic. Poleg tega Ostrovsky sod. [22] je pokazala, posamezniki z genotipom TT imela relativno visoko raven mRNA (P = 0,0029). Vendar pa je prišlo do nasprotujočih si rezultate, o katerih so poročali, da združenja, med heparanazo izražanja in histoloških razlik. Sonda K et al. [33] je pokazala, da je bil histološki razlikovanje slabše v heparanazo mRNA pozitivnih želodčnega tkiva raka (p < 0,01). Chen JQ sod. [34] je pokazala, da histološko diferenciacija ni bila povezana s heparanazo mRNA izražanja v raka želodca (P = 1,000). Takaomi Ohkawa et al. [35] je pokazala, da je bila heparanaze izraz zaznana kot močnejša dobro diferenciranih-celic (P = 0.0277), ki je ugotovitev, da consistents z našimi rezultati. Zato bi heparanaze vključeni v celično diferenciacijo, vendar mehanizmi niso jasne trenutno

V univariantne analize so imeli bolniki, ki prevažajo rs4693608 AA genotip slabo preživetje (P = 0,049).; v multivariatne analize, rs4693608 AA in rs4364254 TT sta bila pomembno povezana s slabim preživetja (P = 0,030 za rs4693608 AA in P = 0,013 za rs4364254 TT). Možno je, da je bila odsotnost soglasja v univariantne in multivariatne analize zaradi slabega učinka posameznega SNP, ampak ko je bil posameznik SNP obravnavati skupaj z drugimi SNP, vrsto BORRMANN, pT kategoriji, in pn kategorijo v multivariatne analize, je ustvarila vplivajo na prognozo. Na voljo je dovolj dokazov, da genetski dejavniki prispevajo k procesu bolezni s kompleksnimi boleznimi lastnost, vendar je učinek ene same variante je verjetno majhna [36]. Poleg tega so Ostrovsky sod. [37], če prvi dokaz o povezavi med funkcionalnimi rs4693608 SNP-ji in rs4364254 in tveganje za akutne reakcije presadka proti gostitelju bolezni (GVHD) razvoj in rs4693608 je najbolj pomembno. Njihovi rezultati so bili v skladu z našim. Poleg tega Ostrovsky sod. [22] poročali tudi rs4364254 TT genotipa in tudi rs4693608 AA genotip so povezana z relativno visoki ravni mRNA (P = 0,0029 in 0,004, v tem zaporedju), ki bi lahko delno pojasni slabšo prognozo pri bolnikih z rs4693608 AA ali rs4364254 TT v tej študiji . Te ugotovitve so biološko verjetna, ker je čezmernim HPSE tesno povezana z večjo invazivnosti raka želodca [38] - [40]. Dosedanji rezultati pokazali, našo domnevo, da so bili SNP sodeluje pri regulaciji heparanazo izražanja, da bi to vplivalo invazijo sposobnost in preživetje pri raku želodca.

Čeprav niti genotip rs11099592 CC niti rs4693608 AA pokazala statistično razliko v tipu BORRMANN, haplotip CA sestavi z njimi pokazali pomembne razlike. Haplotip CA imel večjo porazdelitev v skupini tipov BORRMANN 3 in 4 (P = 0.037). Morda so bolniki z haplotip CA bolj verjetno, da razvijejo slabšo splošno vrsto. Poleg tega je imela haplotip CA večjo porazdelitev v skupini N3 (P = 0,046, v primerjavi s skupino N0). Vendar pa ni bilo bistvenih distribucijo razlike med N2 in n0 skupin in med skupinami N1 in N0. Morda je bila povezava med haplotip CA in večje število bezgavkah, vendar potrebuje dodatne študije. Pri bolnikih, ki prevažajo na haplotip CA pokazala tudi slabo v želodcu raka specifično preživetje, ki je bil v skladu z razlikami v vrsti BORRMANN in številke bezgavkah. Poleg tega Ostrovsky sod. [22] so poročali, da so bili rs11099592 CC genotip in rs4693608 AA genotip povezana z visoko ekspresijo mRNA (P = 0,0167 in P = 0,004, v tem zaporedju), ki so bili v skladu z našimi rezultati o haplotip CA. Morda absolutno tveganje, povezano z vsako SNP je bila nizka, ki pa v kombinaciji analiza haplotip lahko bolj koristno pri prepoznavanju posameznikov z visokim tveganjem za napredovanje bolezni. Morda je bila posebna haplotipov, ki igrajo pomembno vlogo v želodcu invaziji raka in metastaz, dodatno vpliva na prognozo.

Funkcionalni haplotip blok sestavljajo rs11099592 in rs4693608 je bilo v naših rezultatih, ki so bili povezani z vrsto BORRMANN, PN kategorijo in prognozo raka želodca. Na eni strani, SNP rs11099592 je A-G substitucija nonsynonymous SNP nahaja v eksonu 8 in ta predelava posledico za zamenjavo arginin-do-lizina na poziciji 307, morda vodi do funkcionalne razlike v proteinu. Po drugi strani pa se SNP rs4693608 nahaja v intronu 3 in pokazala korelacijo za preživetje. Povečanje količine dokazov kaže, da bi genomske variante v nekodiranih sekvenc spremeni izražanje genov izdelkov, ki jih spreminja regulacijo genov, EXON preplete, stabilnost mRNA, prikrit aktivacijo spletnih mestih in tako naprej, ki se zato lahko vzrok fenotipi bolezni. Poleg tega lahko haplotipov zagotovi ustreznejše informacije kot posameznih SNP [7], [41]. Poleg tega, ali genskega prepisovanja, vzdrževanje celične diferenciacije in indukcijo invazivne metastatskega fenotipa so zaradi neposredne povezanosti heparanazo z DNK je treba še dokazati.

Ostrovsky et al. [22] so pokazali pomembno povezavo med združenih genotipov za rs4693608 in rs4364254 SNP in ravni izražanja heparanaze mRNA. Poleg tega so razdeljene vse kombinirane genotipov v tri podskupine (LR-low izražanja, MR-intermediate izražanja, HR-high izraz) glede na heparanazo ravni mRNA izražanja vsakega genotipa, in so potrdili znatne razlike med tri podskupine kombiniranih prevoznikov genotipov in mRNA stopnje. Poleg tega so Ostrovsky sod. [37] Prvi je pokazala korelacijo med združenih genotipov za rs4693608 in rs4364254 SNP in tveganjem za akutni razvoja GVHD v svoji naslednji študiji s tem podskupinah metoda analize. To je pomemben in dragocen način. Poleg tega je ta metoda uporabna za napovedovanje tveganja, povezanega z haplotip pristopom v naslednjih klinično prakso. Naša prihodnost študija, ki je povezan mRNA izraz nivo na genotipov ali haplotipov v HPSE prebivalstva Han na severu Kitajske, bi uporabili to metodo.

Ker je bil vzorec iz divjega tipa homozigotu relativno premajhen stratificiranega analizo na vsaki genotipa vseh šestih SNP preiskanih v naši raziskavi nismo mogli pokazati rezultate analiz SNP na vsaki genotipa, vendar smo izvedli analizo v kombinaciji heterozigotnosti z divjim tipom homozigotu. To je bila omejitev te študije.

Na koncu Ta študija je ocenila polimorfizmi v HPSE gena raka želodca z metodo MALDI-TOF MS in arhivirani FFPETs v veliki severni kitajski primerom nadzorovana kohorte. Našli smo funkcionalno haplotip bloka, ki ga sestavljajo rs11099592 in rs4693608, ki je povezano z vrsto BORRMANN, PN kategorijo in prognozo; in SNP rs4693608, ki je bila vključena v bloku, je pokazala na povezavo za preživetje. Ti rezultati podpirajo združenja med SNP v HPSE in ravni mRNA izražanja že poročali s Ostrovsky et al. [22]. Poleg tega šest posamičnih SNP in haplotipov niso bili korelirani tveganju za raka želodca. Ti rezultati so bili v skladu z našo začetno predpostavko, da je heparanaze vključen v invaziji raka in metastaz in prizadeta prognozo na koncu, vendar to ni bil vpleten v pojavnosti raka.

Materiali in metode

Zbiranje vzorcev

404 bolniki z histopathologically potrdili raka na želodcu, ki so prejeli radikalno operacijo v obdobju od januarja 1998 do decembra 2004 je bilo zaporedoma izbrali. Bolniki so bili iz severne Kitajske in so verjeli, da bodo dobri predstavniki iz te regije. 404 normalne želodca vzorce tkiva so bili pridobljeni iz segmenta odstranjenimi osebkov najbolj oddaljena od tumorja (> 10 cm) in FFPETs so arhivirana v kirurške onkologije, Oddelek za prve Hospital China Medical University v severni Kitajski. Vsi vzorci so bili fiksni in vgrajeni v skladu s standardnimi kliničnimi histoloških pogoji in smo hranili pri sobni temperaturi. Parafinski deli FFPETs smo obarvali s hematoksilinom in eozinom (H &E) za patološkega pregledom, da se potrdi odsotnost tumorskega tkiva. Tumor Histološka ocena je bila ocenjena po svetovnih merilih zdravstvene organizacije in tumorjev so potekali z uporabo 7. izdaja TNM uprizoritev Mednarodne zveze proti raku (UICC) sistem /Skupni odbor ameriške raka (AJCC) (2010), ki temelji na pooperativni patološki pregled osebkov. Popolni patološki podatki so bili pridobljeni tudi starost, spol, datum in kirurgije, mesto primarnega tumorja, histološke razred, venska invazijo, lymphovascular invazijo, globina invazije, število LNS naložena, število metastatskih LNS, in število tumorskih depozitov pridobljenih. Tisti, ki (i) z sinhroni ali metachronous malignih tumorjev, (ii) z oddaljenih metastaz našel predoperativno, (iii), ki je doživel preoperativno obsevanjem ali kemoterapijo, ali (iv) z so nepopolne patoloških vnose podatkov izključeni iz te študije. Nadaljnje ukrepanje je bila zaključena za celotno populacijo v raziskavi do januarja 2010. Dva bolnika sta umrla v pooperativnem obdobju in 21 bolnikov je bilo izgubljenih med spremljanjem, zato 381 bolnikov, so bili vključeni v analizo preživetja. Mediana in pomenijo nadaljnji roki so bili 90,0 mesecev in 93,3 ± 20,24 mesecev (razpon: 61-136 mesecev), v tem zaporedju. Naslednji podatki so pridobljeni za vse bolnike: datum smrti (če je primerno), vzrok smrti (če obstaja), datum in spremljanja. Primarni cilj študije je bilo trajanje preživetja vzrok za posamezne od datuma želodca diagnozo raka na dan smrti. Stopnja preživetja 5-letno od 404 bolnikov je bila 54,2%.

404 krvnih vzorcev so bili pridobljeni od posameznika rakavih brez, ki so bili naključno izbrani na podlagi zdravniških pregledih med decembrom 2009 in avgustom 2011, kot v kontrolni skupini, in ta skupina je verjel, da je dobra zastopanost prebivalstva v severni regiji Kitajske. Merila za izbor vključiti nobenega posameznega zgodovino raka, frekvenca ujemajo primerih na spol in starost in posamezniki so bili nepovezani etnične Han Kitajci. Vzorci (etilen diamin tetraocetna kislina [EDTA] anticoagulate) smo hranili pri -20 ° C v 30-40 minutah, nato preselili v zmrzovalniku pri -80 ° C v 2 ali 3 dni po zbiranju.

študija je odobril Odbor za etiko raziskovalnega Kitajske Medical University, Kitajska. Pisnih obvestil soglasja so bili pridobljeni iz vseh bolnikov pred sodelovanjem v raziskavi.

DNK ekstrakcijo

genomske DNK je bila vzeta iz FFPET vzorcev v primeru skupine. Odseki z debelino 8 um in površino do 250 mm ^{2 smo pripravili s Mikrotom in DNK smo izolirali iz 6 do 12 oddelkov, odvisno od velikosti tkiva in število celic. Mikrotom bila očiščena in rezila smo spremenili izogniti intersample kontaminacije. ekstrakcijo DNK iz FFPETs je bila izvedena z QIAamp® DNA FFPE Tissue Kit (Qiagen, Hilden, Nemčija) [29], v skladu s postopki, ki jih določi proizvajalec, vključno z (i), opisanih raztopijo parafin v ksilenu in odstranitev, (ii) lizirajo vzorec pod denaturacijo pogoji s proteinazo k, (iii) zaustavitev formalinom premreževalnega inkubaciji pri 90 ° C (iv) vežejo DNA na membrano in pustimo onesnaževalci teče skozi, (v) opere preostalih onesnaževalcev, in (vi) eluira čista in koncentrirana DNK membrana (s tris-EDTA pufrom [TE]). Okoli 2-10 ig DNA predela v končni raztopini 50 ul in shranimo pri -80 ° C.}

Genomsko DNA smo ekstrahirali iz krvnih vzorcih iz kontrolne skupine z univerzalno Genomska DNA Extraction Kit Ver.3.0 (TAKARA) v skladu z navodili proizvajalca. Približno 2-6 ig DNK izločilo v TE in shranimo pri -80 ° C.

Izbor SNP in genotipizacije

V raziskavi je sodelovalo šest SNP v HPSE, ki so bile sprejete od NCBI SNP baze podatkov (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp) in podatkovne baze HapMap (zbirka podatkov faza III) (http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/index.html.zh ). Ti SNP so locirani v HPSE gena (slika 2). rs 11099592 je edinstven, ne le z manjšo alelov frekvenco (MAF) > 1%, temveč tudi kot polimorfna v Han China Beijing (HCB) populacijo med vsemi, ki kodirajo regije SNP (cSNPs) v HPSE, ki je bila registrirana v podatkovnih bazah. Poleg tega je bilo pet drugih SNP nahaja v intronskih in 3'-UTR regijah. Poleg tega so drugi raziskovalci pokazali, da rs11099592, rs4693608 in rs4364254 so povezana z heparanaze mRNA izražanja [22]. Prav tako je bil združenja med posameznimi SNP ali haplotipov v HPSE in občutljivost, clinicopathological parametrov in prognozo tumorja poročali v teh členih zapleten, vendar večinoma osredotočena na šest SNP smo izbranimi [17] - [22].

SNP so genotipizacijo z MALDI-TOF MS sistem (MassARRAY, Sequenom, San Diego, CA, ZDA) s primerji in sond (tabela S6), kot prej opisanih [29], [42]. Da bi zagotovili kakovost tipkanje, 1% pozitivnih vzorcev (lističev YanHuang celic) so bile vključene v vsak genotipizacije ploščo potrditi zanesljivost primerji in 1% negativnih vzorcev (vode brez DNK) za spremljanje onesnaženja. 5% naključnih vzorcev smo testirali v dveh izvodih, ki jih različne osebe in obnovljivost je bila 100%. Osebje laboratorija, ki so zaslepljeni, da dogovora vzorca med postopkom. Bilo je šest korakov, vključno s PCR, zdravljenje kozice alkalne fosfataze, osnovno razširitev, odstranitev soli s smolo, SpectroCHIP polnjenju (Sequenom, San Diego, CA, ZDA), in podatkovne pridobitve z MALDI-TOF MS po Justenhoven et al. [43]. Nazadnje je bila analiza podatkov izvaja z uporabo MassArray Typer analizatorja programsko opremo 4.0.4.20 (Sequenom, San Diego, CA) [44].

določitev LD blok in haplotip gradnja

Haploview 4.2 programska oprema je bila uporabljena za ocenijo LD in konstrukte haplotipov [31]. LD med šestimi SNP, ki se uporabljajo pri analizi haplotip smo merili s parno D 'statistike. Konstrukcija LD bloka smo raziskali z uporabo metode Gabriel et al. [45], z uporabo meje na 80% zaupanje D "za opredelitev območij zgodovinskega rekombinacijo med SNP. Haplotipov so bili zgrajeni iz podatkov genotipov v polni velikosti primera nadzorni plošči v blokih z uporabo pospešenega postopka pričakovanje, maksimiranje algoritem [46]. Na kratko, ta metoda ustvarja zelo natančne ocene frekvenčne prebivalstvo po fazah haplotipov, ki temeljijo na največjo verjetnostjo, kot je določeno z unphased vhodni material [47].

Statistična analiza

Statistična analiza je bila opravljena s pomočjo PASW Statistika 18.0 programske opreme (SPSS, Inc., Somers, NY, ZDA). Test obojestransko hi-kvadrat (χ2) je bila uporabljena za oceno značilnosti distribucije prebivalstva, primerjati razlike v alelov in genotipske frekvence med primerov in kontrol ter oceniti povezavo med posameznimi SNP in clinicopathological parametrov. Uporabljen je bil postopek permutacija (1.000 testi), da se popravi vrednost P za eno-locus pridružitvenih rezultatov. razmerja obetov (OR) in intervali zaupanja (CI 95%) smo izračunali z brezpogojno logistične regresije za analizo povezavo med genotipom frekvenc in tveganje za nastanek raka želodca, in so bili prilagojeni za spol in starost. Univariatna in multivariatna analiza preživetja so bile izvedene s testom log-rank in Cox sorazmernih tveganj modela z uporabo clinicopathological parametrov in SNP. To je privedlo do identifikacije spremenljivk, ki močno soodvisnih pri preživetju bolnikov. Multivariatna analiza preživetja je bila izvedena z ločenim dodajanjem spremenljivk SNP vsem clinicopathological parametrov. Metoda Kaplan-Meier je bila uporabljena na zemljevid krivulj preživetja.

• Plos ONE: S100A6 Protein Negativno Uravnava CacyBP /SIP-zavrtje želodčnega raka Cell orožja in tumorigeneze
• Plos ONE: Meta-analiza interlevkin-8 -251 Promotor polimorfizem, ki sodelujejo v Rak želodca tveganja