Achtergrond
Human heparanase een belangrijke rol in tumorigenese en single nucleotide polymorphisms (SNPs) in het heparanase-gen (HPSE) speelt bleken te correleren met maagkanker. De huidige studie onderzocht de associaties tussen individuele SNPs of haplotypes in HPSE en gevoeligheid, clinicopathologische parameters en prognose van maagkanker in een grote steekproef van de Han-bevolking in het noorden van China.
Genomisch DNA werd geëxtraheerd uit met formaline gefixeerd paraffine-ingebed normaal maagweefsel monsters van 404 patiënten en van bloed van 404 gezonde controles. Zes SNPs werden gegenotypeerd door matrix-geassisteerde laserdesorptie /ionisatie time-of-flight massaspectrometrie. Een chi-kwadraat (χ2) testen en logistische regressie werd gebruikt om het risico op maagkanker analyseren; Een log-rank test en Cox proportional hazards model werden gebruikt om te overleven analyse te produceren en een Kaplan-Meier-methode werd gebruikt om de overleving curves kaart te brengen. De gemiddelde genotypering succes tarieven waren meer dan 99% in beide groepen. Haplotype CA in het blok uit rs11099592 en rs4693608 had een grotere spreiding in de groep Borrmann types 3 en 4 (p = 0,037), de groep een groter aantal lymfeknoop metastasen (N3 vs N0, p = 0,046), en bovendien werd gecorreleerd met slechte overleving (CG vs CA: HR = 0,645, 95% BI: 0,421-0,989, P = 0,044). Daarnaast genotypen rs4693608 AA en rs4364254 TT werden in verband gebracht met een slechte overleving (P = 0,030, HR = 1,527, 95% BI: 1,042-2,238 voor rs4693608 AA; P = 0,013, HR = 1,546, 95% BI: 1,096-2,181 voor rs4364254 TT). Er waren geen correlaties tussen individuele SNPs of haplotypes en maag risico op kanker.
Een functioneel haplotype in HPSE werd gevonden, die de belangrijke SNP rs4693608 inbegrepen. SNPs in HPSE spelen een belangrijke rol bij maagkanker progressie en overleving, en misschien kan een moleculaire marker voor prognose en behandeling waarden
Visum:. Li AL, Song YX, Wang ZN, Gao P, Miao Y, Zhu JL, et al. (2012) polymorfismen en een haplotype in Heparanase Gene Associaties met de progressie en prognose van maagkanker in een Noord-Chinese bevolking. PLoS ONE 7 (1): e30277. doi: 10.1371 /journal.pone.0030277
Editor: Masaru Katoh, National Cancer Center, Japan
Ontvangen: 13 oktober 2011; Aanvaard: 12 december 2011; Gepubliceerd: 20 januari 2012
Copyright: © 2012 Li et al. Dit is een open-access artikel gedistribueerd onder de voorwaarden van de Creative Commons Attribution License, die onbeperkt gebruik, distributie en reproductie maakt in elk medium, op voorwaarde dat de oorspronkelijke auteur en de bron worden gecrediteerd
Financiering:. Dit werk werd gesteund door de National Science Foundation of China (nr 30972879 en nr 81172370), een Specialized Onderzoek Fonds voor de Doctoral Programma van Hoger Onderwijs (No. 200.801.590.006) en het Natural Science Foundation van de provincie Liaoning (nr 20092129). De financiers hadden geen rol in de studie design, het verzamelen van gegevens en analyse, besluit te publiceren, of de voorbereiding van het manuscript
Competing belangen:.. De auteurs hebben verklaard dat er geen tegenstrijdige belangen bestaan
Introductie
Maagkanker is de vierde meest voorkomende vorm van kanker wereldwijd en tweede belangrijkste oorzaak van kankersterfte [1]. Ondanks de vooruitgang in de diagnose en behandeling is de prognose voor patiënten met gevorderde maagkanker blijft somber [2]. Bovendien maagkanker is een ziekte van gen-omgevingsinteracties en genetische factoren een belangrijke rol spelen bij tumorigenese en progressie [3]. Daarom, ontdekking en de toepassing van biomarkers opgenomen met de traditionele diagnose van kanker, het opvoeren, en de prognose kan worden beschouwd als de beste optie voor het besturen van deze levensbedreigende ziekte [4].
single nucleotide polymorphisms (SNPs) zijn gericht op aantrekkelijk zijn biomarkers bij kanker risicobeoordeling, screening, het opvoeren, of sorteren [5]. Ook is het menselijke genoom bestaat uit een reeks "haplotype blokken ', die niet-willekeurige groeperingen van allelen door linkage onevenwichtigheid (LD) zijn en het is mogelijk om een grote hoeveelheid informatie benutten overwegen van deze haplotype blokken [6], [7 ]. Hoewel de toepassing van de individuele SNP analyse is tot nu toe beperkt is-haplotype gebaseerd associatie studie voorgesteld als een krachtige en alomvattende aanpak van de oorzakelijke genetische variatie onderliggende complexe ziekten [8], [9].
Heparanase identificeren is de enige bekende zoogdierlijke enzym dat heparaansulfaat (HS) proteoglycanen afbreekt in basale membranen en de extracellulaire matrix [10]. Dit leidt tot demontage van extracellulaire barrières, afgifte van HS-gebonden bioactieve factoren en generatie van HS fragmenten die groeifactor-receptorbinding en signalering [11] bevorderen, [12]. Heparanase wordt sterk geassocieerd met de progressie van kanker en metastase, met inbegrip van overleving van de cel, invasie, proliferatie, neovascularisatie, en de oprichting van een groei-tolerante micro-omgeving [13], [14] en het heeft zowel prognostische en therapeutische toepassingen [15]. De heparanase gen (HPSE), eerste gekloonde in 1999, ligt op chromosoom 4q21.3 [16]. Er zijn weinig studies geweest op SNPs in de HPSE gen. Moleculaire epidemiologische studies hebben distributie verschillen in SNPs getoond in HPSE in verschillende Israëlische Joodse bevolking [17]. Verenigingen tumor gevoeligheid hebben ook aangetoond, waaronder hematologische maligniteiten en maagkanker, maar de resultaten zijn nog niet congruent [18] - [20]. Bovendien, Shirley Ralphand [21] heeft aangetoond een HPSE haplotype werd gecorreleerd met fasen in ovariumcarcinoom en Yue et al. [20] hebben aangetoond SNPs werden gecorreleerd met klinisch-pathologische parameters en overleving. Met name de studie bleek dat SNPs in HPSE werden geassocieerd met heparanase expressie niveaus en vormde de basis voor verdere studies over de associaties tussen SNPs en de ziekte van [22]. Echter, deze associatie studies beperkt tot kleine steekproeven.
Onlangs, Hennig G [23] en Horn H [24] waargenomen hoge genotypering detectiegraad (93,5% en 94-97%) en een perfecte concordantie tarief van 100% met DNA geëxtraheerd uit normaal formaline gefixeerde, in paraffine ingebedde weefsels (FFPETs) vergeleken met kiemlijn DNA met matrix-geassisteerde laserdesorptie /ionisatie time-of-flight massaspectrometrie (MALDI-TOF MS). Trouwens, andere rapporten toonden ook aan hoge genotypering detectie tarieven en een perfecte concordantie met FFPET-afgeleide DNA met inbegrip van decennia-oude blokken in vergelijking met het bloed van hetzelfde individu met behulp van andere methoden, zelfs in genoom-brede genotypering [25] - [28]. Is vastgesteld dat FFPET-afgeleide DNA was voldoende genetisch polymorfisme analyse. In de huidige studie, gebruikten we een grote collectie FFPET-afgeleide DNA-monsters van patiënten en van bloed afgeleide DNA van controles in een MALDI-TOF-MS methode tot genotype en bestuderen van de mogelijke verbanden tussen de zes SNPs (rs4693602, rs6856901, rs4364254, rs11099592 , rs4693608 en rs4328905) of haplotypes in HPSE en tumor gevoeligheid, clinicopathologische parameters, en overleving van maagkanker met een grote steekproef van de Han-bevolking in het noorden van China. Dientengevolge werden individuele SNPs en een haplotype bleek associaties met de voortgang en prognose van maagkanker tonen.
Betreft kenmerken
De gemiddelde leeftijd was 56,67 ± 11,923 y en het percentage mannen was 70,54% voor de groep. De gemiddelde leeftijd van de controlegroep 56,91 ± 11,477 y en het percentage mannen was 70,54%. Er was geen distributie verschil in geslacht en leeftijd tussen de patiënten en controles (P = 1,00 voor zowel geslacht en leeftijd). Van de 404 patiënten met stadium I maagkanker gevallen goed voor 21,0% (85/404), fase II maagkanker gevallen goed voor 26,5% (107/404) en fase III maagkanker gevallen goed voor 52,5% (212/404) ( tabel 1).
genotypering slagingspercentages
We gebruikten MassARRAY typer Analyzer software 4.0.4.20 voor geautomatiseerde verwerking spectra en genotype identificatie. Representatieve MALDI-TOF-MS profielen van elk genotype van de zes SNPs in HPSE worden getoond in Figuur S1. Alle SNPs waren polymorfe met kleine allel frequentie > 10% en genotype distributies waren allemaal in overleg met Hardy-Weinberg evenwicht (gegevens niet getoond). Hoge slagingspercentages, variërend tussen de 96,29% en 100% (gemiddelde: 99,09%) in de groep FFPETs en tussen 99.50% en 100% (gemiddelde: 99,79%) in de controlegroep, werden getoond (tabel S1)
Associaties tussen individuele SNPs en clinicopathologische parameters en overleving
allelfrequenties en genotypische frequenties in de zes SNPs waren niet significant verschillend tussen patiënten en controles (P > 0,05 en P > 0,05 na een permutatie test voor allele frequenties P >0,05 en P > 0,05 na wordt gecorrigeerd voor geslacht en leeftijd voor genotypische frequenties. tabellen S2 en S3)
SNPs werden geëvalueerd op associaties met het klinische en pathologische parameters. rs4364254 genotypes geassocieerd met histologische graden (P = 0,002; Tabel S4), werd TT genotype correleerde goed celdifferentiatie in vergelijking met het genotype TC /CC (OR = 0,482; 95% Cl: 0,300-0,774). Andere SNPs geen significante correlaties clinicopathologische parameters.
In univariate analyse patiënten die de AA rs4693608 genotype had slechte maagkanker overleving vergeleken met patiënten met de AG + GG genotype (p = 0,049, HR = 1,387 , 95% Cl: 1,001-1,923, Tabel 2, Figuur 1 en Figuur S2). In multivariate analyse, de rs4693608 AA genotype en rs4364254 TT genotype hadden beiden een slechte maag kanker-specifieke overleving (P = 0,030, HR = 1,527, 95% BI: 1,042-2,238 voor rs4693608; P = 0,013, HR = 1,546, 95% Cl: 1,096-2,181 voor rs4364254; Tabel 2). Ook Borrmann type (P < 0,001), pT categorie (P < 0,001), pN categorie (P < 0,001), en lymfovasculaire invasie (P < 0,001) waren significant gecorreleerd met overleving in univariate analyse. Borrmann type (P = 0,021), pT categorie (P < 0,001), en pN categorie (P < 0,001) bleef significant gecorreleerd met overleving in multivariate analyse (Tabel 2)
Aanwezigheid van een haplotype met betrekking tot clinicopathologic. kenmerken en overleving
Er waren twee twee-marker haplotype blokken vervaardigd tussen de zes SNPs in onze resultaten (figuur 2). Blok 1 bestond uit rs4693602 en rs6856901 en bevatte drie gemeenschappelijke haplotypen (frequentiebereik: 0,025-0,850), die ongeveer 99,9% van de proefpersonen vertegenwoordigde; blok 2 was samengesteld uit rs11099592 en rs4693608 en bevatte ook drie gemeenschappelijke haplotypen (frequentiebereik: 0,091-0,798), die ongeveer 99,9% van de proefpersonen vertegenwoordigde. Alle zes gemeenschappelijke haplotypen was geen correlatie met maag kankerrisico (P > 0,05 en P > 0,05 na permutatietoets; Tabel S5).
Associaties tussen haplotypes in HPSE en maagkanker clinicopathologic functies op het moment van diagnose was geëvalueerd. Haplotype CA in blok 2 waren groter distributie in de groep Borrmann types 3 en 4 vergeleken met TG + CG haplotypen (P = 0,037, Tabel 3). Haplotype distributie verschillen waargenomen in de categorie pN (P = 0,045, Tabel 3), CA had een grotere spreiding in de N3 groep dan N0 vergeleken met CG (OR = 1.837,95% Cl: 1,010-3,341, P = 0,046 ), maar er waren geen significante verschillen tussen de verdeling N2 en N0 groepen en tussen de N1 en N0 groepen (P = 0,671 en P = 0,496, respectievelijk).
de haplotypes van blok 2 aangegeven een significant verschil in tumorgerelateerde overleving. Patiënten die de CA haplotype had een slechte maag kanker-specifieke overleving (CG vs CA: HR = 0,645, 95% BI: 0,421-0,989, P = 0,044; Tabel 4)
Discussie MALDI-TOF MS-methode, met ongeveer 100% nauwkeurigheid voor SNP genotypering, wordt momenteel beschouwd als een gouden standaard [29], [30]. Genotypering van FFPET-afgeleide DNA door MALDI-TOF MS is betrouwbaar gebleken en reproduceerbaar. Eerder rapporten toonden aan dat er geen allelische frequentie verschillen tussen FFPET-afgeleide DNA en van bloed afgeleide DNA van hetzelfde individu via verschillende methoden zoals MALDI-TOF MS [24] - [26], [28]. Onze inspanningen toonde tarieven hoog succespercentage variëren tussen 96,29% en 100% (gemiddelde: 99,09%), die in overeenstemming met eerdere gerapporteerde data [23], [24], [29] SNPs worden stabiel overgeërfd waren. , veel voorkomt en tonen diversiteit binnen en tussen populaties, die vermoedelijk aantrekkelijke biomarkers. Echter, de toepassing van individuele SNPs beperkt omdat ze lage penetrantie en hun effecten zijn relatief moeilijk [5] identificeren, [31]. Daarom is het belangrijk het haplotype gegevens toegenomen DNA sequentie variatie verbinden met de ziekte [32]. Artikelen hebben gemeld dat functionele SNPs in HPSE werden geassocieerd met heparanase verschillen expressie en heparanase Aangetoond is nauw betrokken bij het ziekteproces, progressie en uitkomst van de ziekte [10], [22]. Hoe om SNPs te nemen, echter in studies over maagkanker aanleg en de prognose en hoe om te bepalen de ware verenigingen nog steeds uitdagende taken. Er waren geen individuele SNPs gecorreleerd aan de maag risico op kanker in onze resultaten. De associaties tussen vier afzonderlijke SNPs (rs4328905, rs4693608, rs11099592 en rs6856901) en maagkanker het risico met 155 patiënten en 204 controles door Yue et al. [20] waren in overeenstemming met onze resultaten. Verder zijn alle zes gemeenschappelijke haplotypes had geen significante verschillen in de maag kankerrisico. Deze samenhang bleek SNPs in HPSE had geen correlatie met de incidentie van maagkanker in etnische Han Noord-Chinese, niet alleen vanuit individuele SNPs, maar ook vanuit haplotypen. In onze studie, genotype rs4364254 TT was gecorreleerd goed celdifferentiatie. Bovendien Ostrovsky et al. [22] gevonden personen met genotype TT bezat relatief hoge mRNA-niveaus (p = 0,0029). Toch zijn er tegenstrijdige resultaten gerapporteerd als aan verenigingen tussen heparanase expressie en histologische differentiatie geweest. Endo K et al. [33] bleek dat de histologische differentiatie was slechter in de heparanase mRNA-positieve maagkanker weefsels (p < 0,01). JQ Chen et al. [34] blijkt dat histologische differentiatie niet gerelateerd was aan heparanase mRNA expressie bij maagkanker (P = 1,000). Takaomi Ohkawa et al. [35] heeft aangetoond dat heparanase expressie werd gedetecteerd als sterker goed gedifferentieerde cellen (P = 0,0277), een bevinding die consistents met onze resultaten. Daarom kan heparanase worden betrokken bij celdifferentiatie, maar de mechanismen zijn niet duidelijk op dit moment In univariate analyse, patiënten dragen rs4693608 AA genotype had een slechte overleving (P = 0,049).; in multivariate analyse, rs4693608 AA en rs4364254 TT beiden waren significant gecorreleerd met een slechte overleving (P = 0,030 voor rs4693608 AA en P = 0,013 voor rs4364254 TT). Eventueel, indien geen consensus in de univariate en multivariate analyse werd veroorzaakt door de zwakke effect van de individuele SNP, maar wanneer het individu SNP samen beschouwd met de andere SNP, Borrmann type pT categorie en pN categorie multivariate analyse is gegenereerd invloed op de prognose. Er is voldoende bewijs dat genetische factoren bijdragen aan het ziekteproces gemeen complex kenmerk ziekten, maar het effect van een enkele variant is waarschijnlijk klein [36]. Daarnaast Ostrovsky et al. [37] leverde een eerste bewijs van de samenhang tussen functionele SNPs rs4693608 en rs4364254 en het risico van acute graft-versus-host disease (GVHD) ontwikkeling, en de rs4693608 was het belangrijkste. Hun resultaten waren volgens de onze. Bovendien Ostrovsky et al. [22] gerapporteerd zowel rs4364254 TT genotype en ook rs4693608 AA genotype verband hield met een relatief hoog mRNA (P = 0,0029 en 0,004, respectievelijk), die gedeeltelijk een slechtere prognose bij patiënten met rs4693608 AA of rs4364254 TT in deze studie kunnen verklaren . Deze waarnemingen waren biologisch plausibel vanwege overexpressie van HPSE nauw samen met een grotere invasiviteit van maagkanker [38] - [40]. De huidige resultaten toonden ons vermoeden dat SNPs waren betrokken bij de regulatie van heparanase meningsuiting, waardoor invasie vermogen en de overleving bij maagkanker beïnvloeden. Hoewel geen van beide genotype rs11099592 CC noch rs4693608 AA toonden een statistisch verschil in Borrmann type haplotype CA samengesteld met hen toonde een significant verschil. Haplotype CA had een grotere spreiding in de groep Borrmann types 3 en 4 (p = 0,037). Misschien patiënten met haplotype CA waren meer kans op een slechtere algemene type te ontwikkelen. Daarnaast haplotype CA had een grotere spreiding in de N3 groep (P = 0,046, in vergelijking met de groep N0). Er waren echter geen significante verschillen tussen de verdeling N2 en N0 groepen en tussen de N1 en N0 groepen. Misschien was er een associatie tussen haplotype CA en grotere aantallen lymfkliermetastasen, maar het moet verder onderzocht worden. Bovendien patiënten die de CA haplotype bleek ook slecht maagkanker overleving, die in overeenstemming met de verschillen in Borrmann soort en aantal metastasen was. Bovendien Ostrovsky et al. [22] gemeld dat rs11099592 CC genotype en rs4693608 AA genotype werden gecorreleerd naar hoog mRNA expressie (p = 0,0167 en p = 0,004, respectievelijk), die volgens onze resultaten over haplotype waren CA. Misschien is de absolute risico van elk van SNPs was laag, maar in combinatie haplotype analyse kan nuttiger in het identificeren van individuen met een hoog risico op progressie van de ziekte. Misschien was specifiek haplotypes die een belangrijke rol bij maagkanker invasie en metastase spelen, verder beïnvloeden prognose. Een functioneel haplotype blok uit rs11099592 en rs4693608 werd gevonden in onze resultaten, die werd geassocieerd met Borrmann type pN categorie en de prognose van maagkanker. Enerzijds, SNP rs11099592 een A-G substitutie nonsynonymous SNP in exon 8 en deze verandering leidt tot een arginine naar lysine vervanging op positie 307, die kunnen leiden tot een functioneel verschil in het eiwit. Anderzijds is SNP rs4693608 in intron 3 en toonde een correlatie met overleving. Toenemende hoeveelheden gegevens blijkt dat genomische varianten in niet-coderende sequenties de expressie van genproducten kunnen veranderen door genregulatie, exon splicing, mRNA stabiliteit, cryptische splitsingplaatsen activatie enzovoorts, waarbij derhalve veroorzaken ziekte fenotypes. Daarnaast kan haplotypes meer relevante informatie dan individuele SNPs verstrekken [7], [41]. Bovendien of gentranscriptie, behoud van cellulaire differentiatie en de inductie van een invasieve metastatische fenotype gevolg van de directe interactie van heparanase met DNA moet nog worden aangetoond. Ostrovsky et al. [22] toonde belangrijke associatie tussen gecombineerde genotypes voor rs4693608 en rs4364254 SNPs en heparanase mRNA expressie niveau. Daarnaast verdeelden ze alles gecombineerd genotypen in drie subgroepen (LR-lage expressie, MR-intermediate expressie, HR-hoge expressie) volgens heparanase mRNA expressie niveau van elk genotype, en zij bevestigde significante verschillen tussen de drie subgroepen van gecombineerde genotypes vervoerders en mRNA levels. Daarnaast Ostrovsky et al. [37] voor het eerst gevonden correlaties tussen gecombineerde genotypes voor rs4693608 en rs4364254 SNPs en het risico van acute GvHD ontwikkeling in hun volgende studie met deze subgroepen analysemethode. Het is een belangrijk en waardevolle methode. Bovendien is deze werkwijze nuttig voor risicovoorspelling geassocieerd met haplotype benadering volgende klinische praktijk. Onze toekomst studie, die mRNA expressie niveau genotypes of haplotypes in HPSE van de Han-bevolking in het noorden van China is aangesloten, zou deze methode gebruiken. Omdat de steekproefomvang van wild-type homozygote was relatief te klein voor gelaagde analyse op elk genotype van alle zes onderzochte SNPs in onze studie, konden we niet de resultaten van SNP analyse weergegeven op elk genotype, maar we uitgevoerde analyse gecombineerd heterozygote met wild-type homozygote. Het was een beperking van dit onderzoek. Kortom, deze studie evalueerde polymorfismen van het gen HPSE bij maagkanker met een MALDI-TOF MS methode en gearchiveerd FFPETs in een grote Noord-Chinese casusgecontroleerd cohort. We vonden een functioneel haplotype blok bestaat uit rs11099592 en rs4693608, die werd geassocieerd met Borrmann soort, pN categorie en de prognose; en SNP rs4693608, dat in het blok, toonde een correlatie met overleving. Deze resultaten worden ondersteund door associaties tussen SNPs in HPSE en mRNA expressie niveaus eerder gemeld door Ostrovsky et al. [22]. Bovendien zijn zes individuele SNPs en haplotypes niet gecorreleerd aan maag kankerrisico. Deze resultaten waren consistent met onze initiële aanname dat heparanase is betrokken bij kanker en metastase en getroffen prognose uiteindelijk, maar het was niet betrokken bij het voorkomen van kanker. monsterafname 404 patiënten met histopathologisch bevestigde maagkanker die radicale chirurgie tussen januari 1998 en december 2004 had ontvangen werden achtereenvolgens geselecteerd. De patiënten waren afkomstig uit het noorden van China en werden verondersteld om een goede vertegenwoordigers uit deze regio. 404 normaal maagweefsel werden verkregen van een segment van de resectiepreparaten verst van de tumor (> 10 cm) en FFPETs werden gedeponeerd in de chirurgische oncologie van het eerste ziekenhuis van China Medical University in noordelijk China. Alle monsters werden gefixeerd en ingebed onder standaard histologische klinische omstandigheden en werden opgeslagen bij kamertemperatuur. Paraffinesecties van FFPETs werden gekleurd met hematoxyline en eosine (H &E) voor pathologisch onderzoek de afwezigheid van tumorweefsel bevestigen. De tumor histologische graad werd bepaald volgens de World Health Organization criteria en tumoren werden opgevoerd met behulp van de 7e editie van de TNM enscenering van de International Union Against Cancer (UICC) /Amerikaanse Joint Committee on Cancer (AJCC) -systeem (2010) op basis van postoperatieve pathologische het onderzoek van specimens. Compleet pathologische gegevens werden verkregen zoals leeftijd, geslacht, datum van de operatie, de locatie van de primaire tumor, histologische graad, veneuze invasie, lymfovasculaire invasie, de diepte van de invasie, het aantal LNS teruggehaald, aantal gemetastaseerde LNS, en het aantal tumordeposits opgehaald. Die (i) met synchrone of metachrone kwaadaardige tumoren, (ii) met verre metastasen preoperatief gevonden, (iii) die preoperatieve radiotherapie of chemotherapie, of ondergingen (iv) onvolledige pathologische ingevoerde gegevens uit dit onderzoek werden uitgesloten. Follow-up was voor de gehele studiepopulatie afgerond januari 2010. Twee patiënten overleden in de postoperatieve periode en 21 patiënten werden verloren tijdens de follow-up, dus 381 patiënten werden opgenomen in survival analyse. Mediaan en gemiddelde follow-up periode was 90,0 maanden en 93,3 ± 20.24 maanden (bereik: 61-136 maanden), respectievelijk. De volgende gegevens werden verkregen voor alle patiënten: datum van overlijden (indien van toepassing), de oorzaak van de dood (indien van toepassing), en de datum van de follow-up. Het primaire eindpunt was de oorzaak-specifieke overleving duur vanaf de datum van maagkanker diagnose tot de datum van overlijden. De 5-jaarsoverleving van de 404 patiënten was 54,2%. 404 bloedmonsters werden verkregen van kanker-vrije individuen die willekeurig werden geselecteerd op basis van lichamelijk onderzoek in december 2009 tot en met augustus 2011, als de controlegroep, en deze groep werd verondersteld om een goede vertegenwoordiging van de bevolking in de noordelijke regio van China zijn. De selectiecriteria opgenomen geen individueel geschiedenis van kanker, de frequentie overeenkomen met gevallen van geslacht en leeftijd en individuen waren niet gerelateerd etnische Han-Chinezen. De monsters (ethyleendiaminetetraazijnzuur [EDTA] anticoagulate) werden opgeslagen bij -20 ° C in 30-40 minuten, en vervolgens naar een vriezer bij -80 ° C binnen 2 of 3 dagen na afname. het onderzoek werd goedgekeurd door de Research Ethics Committee van de China Medical University, China. Schriftelijke geïnformeerde toestemming werd verkregen van alle patiënten voor deelname aan het onderzoek. Genomisch DNA werd geëxtraheerd uit monsters FFPET bij groep. Secties met een dikte van 8 urn en een oppervlak van tot 250 mm 2 werden bereid met een microtoom en DNA werd geïsoleerd van 6 tot 12 delen, afhankelijk van de weefselgrootte en celtellingen. Het microtoom was schoongemaakt en messen werden veranderd om intersample besmetting te voorkomen. DNA extractie uit FFPETs werd uitgevoerd met QIAamp® DNA FFPE Tissue Kit (Qiagen, Hilden, Duitsland) [29], volgens de door de fabrikant beschreven, waaronder (i) procedures lossen paraffine in xyleen en te verwijderen, (ii) lyseren monster onder denaturerende aandoeningen met proteinase K, (iii) omgekeerde formaline verknoping incubatie bij 90 ° C, (iv) binden DNA op het membraan en laat verontreinigingen doorstromen, (v) wassen restcontaminanten, en (vi) elueren zuivere en geconcentreerde DNA uit het membraan (met tris-EDTA-buffer [TE]). Ongeveer 2-10 ug DNA werd teruggewonnen in 50 ul eindoplossing en werd bewaard bij -80 ° C. Genomisch DNA werd geëxtraheerd uit bloedmonsters van de controlegroep met de Universal Genomic DNA Extraction Kit Ver.3.0 (TAKARA) volgens de instructies van de fabrikant. Ongeveer 2-6 ug DNA werd teruggewonnen in TE en werd bewaard bij -80 ° C. De studie omvatte zes SNPs in HPSE, die werden genomen uit de NCBI SNPs database (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp) en de HapMap database (de fase III-database) (http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/index.html.zh ). Deze SNPs in kaart gebracht in HPSE gen (Figuur 2). rs 11099592 was uniek, niet alleen met een kleinere allel frequentie (MAF) > 1%, maar ook als polymorfe Han China Beijing (HCB) populatie van alle coderingsgebied SNPs (cSNPs) in HPSE die in de databases werd geregistreerd. Daarnaast werden andere vijf SNPs in intronic en 3'-UTR's. Bovendien hebben andere onderzoekers aangetoond dat rs11099592, rs4693608 en rs4364254 werden gecorreleerd met heparanase mRNA expressie [22]. Ook associaties tussen individuele SNPs of haplotypes in HPSE en gevoeligheid, clinicopathologische parameters en de prognose van de tumor gemeld in deze artikelen was complex, maar vooral geconcentreerd op de zes SNPs we gekozen [17] - [22]. SNPs werden gegenotypeerd met behulp van de MALDI-TOF MS systeem (MassARRAY; Sequenom, San Diego, CA, USA) met primers en probes (tabel S6) zoals eerder beschreven [29], [42]. Om de kwaliteit te typen, 1% positieve monsters (Yanhuang cel stam) ervoor te zorgen werden opgenomen in elke genotypering plaat om de betrouwbaarheid van de primers en 1% negatieve monsters (water zonder DNA) te valideren om besmetting te controleren. 5% steekproeven werden in duplo getest door verschillende personen en de reproduceerbaarheid was 100%. Het laboratorium personeel werd verblind voor het monster arrangement tijdens het proces. Er waren zes stappen waaronder PCR-amplificatie, shrimp alkalische fosfatase behandeling sokkelverlenging, zout verwijderen met hars SpectroCHIP afgeven (Sequenom, San Diego, CA, USA), en data acquisities MALDI-TOF MS volgens Justenhoven et al. [43]. Tenslotte werd data-analyse uitgevoerd met behulp van MassARRAY Typer Analyzer software 4.0.4.20 (Sequenom, San Diego, CA) [44]. Haploview 4.2 software werd gebruikt om evalueren LD en de bouw van haplotypes [31]. LD tussen de zes SNPs gebruikt haplotype analyse werd gemeten door een paarsgewijze D 'statistiek. De structuur van de LD blok werd onderzocht volgens de methode van Gabriel et al. [45], met behulp van de 80% vertrouwen grenzen van D 'naar sites van historische recombinatie tussen SNPs definiëren. Haplotypes werden opgebouwd uit genotype data in de full-size case-control panel in blokken met behulp van een versnelde verwachting-maximalisatie algoritme methode [46]. In het kort, deze methode leidt tot zeer nauwkeurige bevolking frequentie ramingen van de gefaseerde haplotypen op basis van de maximum likelihood zoals bepaald uit unphased ingang [47]. Statistische analyse werd uitgevoerd met behulp van de PASW Statistics 18,0 software (SPSS, Inc., Somers, NY, USA). Een tweezijdige chi-kwadraat (χ2) test werd gebruikt om populatie distributiekenmerken schatten vergelijken verschillen in allelische en genotypische frequenties tussen patiënten en controles en associaties tussen individuele SNPs en klinische en pathologische parameters te beoordelen. Een permutatie procedure (1000 tests) werd gebruikt om de P-waarde van enkele-locus associatie resultaten corrigeren. Odds ratio's (OR) en betrouwbaarheidsintervallen (BI; 95%) werden berekend door onvoorwaardelijke logistische regressie naar het verband tussen genotype frequenties en maag risico op kanker te analyseren, en werden gecorrigeerd voor geslacht en leeftijd. Univariate en multivariate survival analyse werden gedaan met de log-rank test en Cox proportionele risico model met behulp van de klinisch-pathologische parameters en SNPs. Dit resulteerde in de identificatie van determinanten die significant gecorreleerd met de overleving van de patiënten. Multivariate survival analyse werd uitgevoerd door het afzonderlijk toevoegen van de SNP variabelen om alle clinicopathologische parameters uitgevoerd. Een Kaplan-Meier-methode werd gebruikt om overlevingscurves kaart. De Haploview 4.2 softwarepakket werd gebruikt om: schatting paarsgewijs linkage onevenwichtigheid (LD), op te sporen vertrek uit de Hardy-Weinberg evenwicht, bouwen haplotype en het berekenen van haplotype frequenties en de raming van associaties tussen haplotypes en maag risico op kanker.
Materialen en Werkwijzen
DNA extractie
Selectie van SNPs en genotypering
LD blok vastberadenheid en haplotype bouw
Statistische analyse
Gezondste darmbacteriën met plantaardig of mediterraan dieet
Longmicrobioom voorspelt ernst van de ziekte van COVID-19
Darmbacteriën gekoppeld aan metabole veranderingen en autisme in nieuwe studie
Onderzoek zegt bij SARS-CoV-2 hondeninfectie,
Jong bloed herstelt vitaliteit bij ouderen
Nieuwe tool om het darmmicrobioom te ontcijferen
Waarom COVID-19-patiënten meer pathogene bacteriën in hun neus hebben
Onderzoekers vergeleken het neusmicrobioom van patiënten met coronavirusziekte 2019 (COVID-19), gezonde individuen, en gezondheidswerkers. Deze onderzoeken wezen op een toename van de ziekteverwekker
Omgaan met coeliakie
Coeliakie is een immuunreactie op het eten van gluten. Gluten is een eiwit dat voorkomt in tarwe, Rogge, gerst, en triticale. De meeste mensen denken aan gluten bij pasta, brood, pizza korst, en derge
Hoe u uw immuunsysteem kunt versterken om het coronavirus te bestrijden
Terwijl de wereld worstelt met de pandemie van het coronavirus, steeds meer mensen proberen zich met alle mogelijke middelen tegen het virus te beschermen. Er zijn momenteel geen vaccins tegen het ern