PLoS ONE: Altered išraiška hipoksijos indukuojamąją faktorius 1α (HIF-1α) ir jos reguliavimo genų skrandžio vėžys Tissues

Anotacija

audinių hipoksiją skatina pakeisti ląstelių medžiagų apykaitą ir gali sukelti normalų ląstelių transformacijos ir vėžio progresavimą. Hipoksija-indukuojamąją koeficientas 1-alfa (HIF-1α), raktas transkripcijos faktorius, vaidina svarbų vaidmenį skrandžio vėžio išsivystymo ir progresavimo. Šis tyrimas buvo siekiama ištirti pagrindinės reguliavimo signalizacijos kelią skrandžio vėžio naudojant skrandžio vėžio audinių pavyzdžius. Genų ekspresijos profilio ir transkripcijos reguliavimo elementas duomenų bazė (Tred) integracija buvo vykdoma siekiant nustatyti HIF-1α ↔ NFκB1 → BRCA1 → STAT3 ← STAT1 genų kelius ir jų reguliuojamų genų. Duomenys parodė, kad ten buvo 82 diferencijuotai išreikšti genai, kurie gali būti reguliuojami šių penkių transkripcijos veiksnių skrandžio vėžio audiniuose ir šie genai susiformavo 95 reglamento režimai, tarp kurių septynios genai (MMP1, TIMP1, TLR2, FCGR3A, IRF1, FPĮ ir TFF3 ) buvo stebulės molekulės, kurios yra reguliuojamos bent iš dviejų iš šių penkių transkripcijos faktorius vienu metu ir buvo susijusios su hipoksija, uždegimo ir imuninis sutrikimas. Realaus laiko PGR ir Vakarų dėmė parodė didinti HIF-1α į mRNR ir baltymų koncentracijos, taip pat TIMP1, TFF3 į mRNR lygių skrandžio vėžio audiniuose. Duomenys yra pirmasis tyrimas įrodyti HIF-1α reguliuojama transkripcijos faktorius ir jų atitinkamus tinklo genus skrandžio vėžio. Daugiau tyrimas su didesniu imties dydžio ir daugiau funkcinių eksperimentus reikia patvirtinti šiuos duomenis ir, tada išversti į klinikinę žymenų atradimų ir gydymo strategijos skrandžio vėžio

nurodomoji dalis:. Wangas J Ni Z Duan Z Wang G Li F (2014) Altered išraiška hipoksijos indukuojamąją faktorius 1α (HIF-1α) ir jos reguliavimo genų skrandžio vėžio audiniuose. PLoS ONE 9 (6): e99835. Doi: 10,1371 /journal.pone.0099835

redaktorius: Pankaj K. Singh Nebraskos universitetas medicinos centras, Jungtinių Amerikos Valstijų

Įstojo: Sausis 10, 2014 m Priėmė: 19 2014 m Paskelbta birželio 13?, 2014

Visos teisės saugomos: © 2014 Wang et al., Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Attribution licencija, kuri leidžia nevaržomai naudotis, paskirstymo ir dauginimąsi bet kokioje laikmenoje sąlygomis, su sąlyga, kad pirmasis autorius ir šaltinis įskaitomos

Finansavimas:. Šis darbas buvo iš dalies remiamą dotacijas iš nacionalinio Gamtos mokslo fondo Kinijos (̭20108025 irQ.271.897), specializuoti mokslinių tyrimų fondas doktorantūros programa aukštojo mokslo Kinijos (É10061120093), Kinija doktorantūroje mokslo fondo (É10491311 irÉ2T50285) fondas Jilin provincijos sveikatos departamento (É1Z049), fondo Jilin Province mokslo ir technologijų departamento (É30522013JH irÉ40414048GH) ir normanų Bethune programa Jilin universiteto (.012.219). Į finansuotojai neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, ar ruošiant rankraštį

konkuruojančių interesų.. Autoriai pareiškė, kad nėra konkuruojantys interesai egzistuoja

Įvadas

Skrandžio vėžys yra ketvirtoji dažniausia vėžio ir antroji pagrindinė priežastis, dėl vėžio susijusių mirčių pasaulyje, kuris paveikia maždaug 800.000 žmonių ir 65000 vėžines susijusių mirčių kasmet [1]. Ankstesni tyrimai parodė, kad nenormalus ląstelių metabolizmas yra pagrindinis bruožas metu Tumorigenesis ir vėžio progresavimo [2], [3]. Specialiai, perprogramavimas energijos apykaitos buvo įtrauktas kaip naujos prabos vėžio [4] ir nenormalus energijos apykaita yra aptinkamas įvairiose žmogaus vėžio, ty, vėžinės ląstelės bus reprogram savo metabolizmą padidėjimo glikolizės vietoj mitochondrijų oksidacinio fosforilinimo generuoti ląstelės energijos [5]. Audinių hipoksiją yra esminis varomoji jėga lemia ląstelių medžiagų apykaitą reprograming [6]. Pagal hipoksija aplinkoje, ląstelių glikolizės yra sukeliama ir veda prie padidinti ląstelių proliferaciją ir, savo ruožtu, formavimo užburtą ratą hipoksija neplatinimo didinančios hipoksija, kad skatinti ląstelių transformaciją ir vėžio progresavimą [7]. Tuo genų lygiu, hipoksija-indukuojamo faktoriaus-1 (HIF-1) yra pagrindinis deguonies-jautrus transkripcijos aktyvatoriaus ir padeda ląsteles pritaikyti mažas deguonies įtampą (hipoksija) [8]. HIF-1 yra sudarytas iš konstitutyviai išreikštą beta-subvieneto ir hipoksijos indukuojamo -subvieneto. Pastarasis (HIF-1α) stabilizuojamas tik pagal hipoksinės sąlygomis ir reguliuoja HIF-1 transkripcijos veikla [9]. Iki šiol, HIF-1α rodomas aktyvuoti kelias tikslines genus, kurie įtraukti į svarbiausių aspektų vėžio biologijos, įskaitant eritropoezę, angiogenezę, gliukozės apykaitą, ląstelių proliferaciją /išlikimo ir apoptozės [10]. HIF-1α gali sąveikauti su įvairių kitų vėžio susijusių transkripcijos faktorius (TFS) ir sudaro sudėtingą TF-genų transkripcijos reguliavimo tinklą metu vėžio išsivystymo ir progresavimo. Taigi, samprata nenuostabu iškėlė, kad vėžio ląstelės turi diferencialą ir patologinis transkripcijos modelius lyginant su normalios ląstelės [11]. Ankstesni tyrimai parodė, reguliavimo HIF-1α raiškos skrandžio vėžio audinių ir ląstelių [12], [13], o būtent pagrindinės reguliavimo mechanizmai dar turi būti nustatyta. Taigi, šiame tyrime mes panaudojo Affymatrix Exon masyvai identifikuoti skirtumas genų ekspresijos profilio skrandžio vėžio audiniuose, atliekami realaus laiko PGR ir Vakarų dėmė analizuoja patvirtinti duomenis. Mes taip pat pastatė netipiško TF-genų transkripcijos reguliavimo tinklą, susietą su HIF-1α išraiškos integruojant transkripcijos reguliavimo elementas duomenų bazė (Tred) [14] ir genų ekspresijos profilio naudojant cytoscape programinę įrangą. Šis tyrimas gali nustatyti sisteminę ekspoziciją susijusių transkripcijos reguliavimo režimus, susijusius su hipoksija ir pateikti įžvalgus informaciją ateityje žymenų atradimų ir naujų gydymo strategijos skrandžio vėžio.

Rezultatai ir jų aptarimas

profiliavimas diferencijuotai išreikšti genų skrandžio vėžiu, palyginti su sveikų audinių

Jei nustatyti diferencijuotai išreikštus genus skrandžio vėžio, mes naudojasi tais Affymatrix Exon masyvai, kuriuose yra 17,800 žmogaus genų į profilį penkias poras skrandžio vėžio ir normaliuose audiniuose (pacientų informacija buvo parodė S1 lentelė). Mes rado 2546 diferencijuotai išreikštų genų, kurių 2422 buvo iki reguliuojamų ir 124 buvo žemyn reglamentuojamas (lentelė S2) iš viso. Konkrečiau kalbant, HIF-1α buvo žymiai labai išreikštas skrandžio vėžio audinių sritis lyginant su gretimų normaliuose audiniuose (p < 0,01). Mes taip pat patvirtintas mikrogardeliq duomenis atliekant kiekybinę realaus laiko RT-PGR ir Vakarų dėmė dar po 10 porų skrandžio vėžio vs normalių audinių (pacientų informacija buvo Parodytas S1 lentelė). HIF-1α iRNR raiška parodė 2,55 ± 0,56 kartų UP-reguliavimą navikų audiniuose vs normaliomis tie (p < 0,01); Vakarų dėmė analizė parodė aiškų atskyrimą tarp santykinio baltymų tankio HIF-1α vėžiu audinių (0,41 ± 0,24), palyginti normalus tie (0,17 ± 0,15) su p < 0,01, rezultatai gali būti vertinamas 1 paveiksle ir S1 paveiksle. Iš tiesų, ankstesnis tyrimas parodė, kad HIF-1α buvo ubiquitously išreikštas žmogaus ir pelės audinių pagal hipoksija [15] ir skrandžio vėžio audiniuose [12], [13], raiška, kurios buvo susijęs su blogos prognozės skrandžio vėžiu sergančių pacientų [12 ], [13]. Taigi, mes toliau analizuojami HIF-1α raiška susijusios TFS ir galimus jų orientacijos genus skrandžio vėžio audiniuose.

Cheminės HIF-1α raiška susijusios TFS ir jų potencialūs skirtos genai skrandžio vėžio audiniuose

Jei nustatyti HIF-1α raiška susijusios TFS ir galimus jų orientacijos genus, transkripcijos reguliavimo elementų duomenų bazę (Tred) suteikia unikalią priemonę, analizuoti ir CIS CR.LT - ir Trans UAB - reguliavimo elementai žinduolių, kurie padeda geriau suprasti kompleksines genų reglamentus ir reguliavimo tinklus, ypač į transkripcijos taisyklių lygiu. Taigi, naudojant integracija genų ekspresijos profilio ir reguliavimo informaciją iš Tred, mes analizuojami HIF-1α ir kitų keturių HIF-1α susijusius transkripcijos faktorius (ty NFκB1, BRCA1, STAT3 ir STAT1), kad visi buvo iki reguliuojama skrandžio vėžio audiniai ir nustatė, kad jie suformavo šiuos TF-genų reguliavimo tinklus su 82 genų, iš kurių 79 buvo iki reguliuojamų ir 3 buvo žemyn reglamentuojamas (lentelė S3). 2 pav parodė bi branduolius analizę šių 82 diferencijuotai išreikštų genų skrandžio vėžio audiniuose, palyginti su sveikų audinių.

Po to, buvo taikomas už Anotacija, vizualizacija ir integruotos Discovery (David) [16] Duomenų bazė funkcinis Anotacija šių 82 diferencijuotai išreikštų genų. Mes išvardyti keturių didžiausių ligų klases, kurios susijusios su šiais 82 neįprastos genų (1 lentelė) ir nustatė, kad svarbiausias klasė Vėžys su 29 genų, po to infekcija (18 genų), širdies ir kraujagyslių (25 genai) ir imuninės ligos (26 genai) .

Cheminės skrandžio vėžio susijusių transkripcijos faktoriaus geno (TF-genas) tinklo

remiantis transkripcijos reguliavimo elementų bazės ir genų ekspresijos profilio, mes pastatytas transkripcijos reguliavimo tinklą, susijusį su HIF- 1α ↔ NFκB1 → BRCA1 → STAT3 ← STAT1 su šiomis 82 genų skrandžio vėžio audiniuose. Mūsų duomenys rodo, kad šie 82 genai gali sudaryti 95 skirtingus reguliavimo būdus (3a paveikslas), o detalusis TF-genų reguliavimo režimai informacija yra įtraukta į S4 lentelėje.

Siekiant geriau suprasti reguliavimo tinklą, mes pastatėme trumpas sistema tinklo (3B pav). Transkripcijos veiksniai HIF-1α ↔ NFκB1 → BRCA1 → STAT3 ← STAT1 galėjo suformuoti reguliavimo tinklą, kuris tiesiogiai reglamentuoja 21, 45, 2, 12 ir 10 genus, atitinkamai pagrindus. NFκB1 buvo tiesiogiai reglamentuoja HIF-1α ir tai buvo tiesa, kad reguliavimo tinklo dalis buvo tiesiogiai reglamentuoja HIF-1α (21/82) ir NFκB1 (45/82), pagrindinių reguliavimo susijusias su hipoksija ir uždegimą vėžio [ ,,,0],17]. Skrandžio vėžys yra būdingas audinių hipoksija ir lėtinio uždegimo (pvz Helicobacter pylori infekcijos
). Mūsų dabartinės tyrimo, HIF-1α buvo žymiai iki reguliuojama į skrandžio vėžio, palyginti su gretimų normaliuose audiniuose (P < 0,01). Be to, mūsų dabartinis duomenys parodė, kad išraiška daugiau nei 20 genų, kurie yra tiesiogiai reglamentuoja HIF-1α buvo pakeista skrandžio vėžio audiniuose, įskaitant NFκB1, raktų reguliatoriaus molekulės uždegimas ir vėžio [18] ir tikslingumą NFκB gali būti naudinga chemoprevention įvairių žmogaus vėžio [19].

pasroviui reguliavimo rūšyse tinkle daugiausia reglamentuoja STAT3 (12/82) ir STAT1 (10/82) nariai signalo keitiklio ir aktyvatorių transkripcijos šeimos ( statistika). Statistika signaliniai su Jak yra kanoninė kelias reguliuoti genų, kurie dalyvauja daugelyje fiziologinių procesų, perkeliant signalus iš ląstelių membranos į branduolį [20]. Reguliuoti paracrine citokinų signalizacijos ir pakeitimus metastazių vietose, STAT3 turi navikų esminių ir neesminių poveikis [21]. Nukreipimas Jak-STAT3 signalizacijos kelias laikomas galimą terapinį strategiją, ypač vėžinių uždegimas ir imunitetą [21] kontekste. Nepertrauktos dereguliavimas genų pagal atkakliai aktyvuota NFκB ir STAT3 navikų mikroaplinkos yra du esminiai aspektai uždegimas ir piktybinės ligos progresavimo [17]. Ankstesnis tyrimas parodė, kad bendradarbiavimo poveikį STAT3 ir HIF-1α apie aktyvavimo genų pagal hipoksija aplinka inkstų ląstelių karcinoma ląstelių [22]. Konkretus mechanizmas Jak-STAT aktyvavimo, ypač STAT3 skrandžio vėžio Lieka nustatyti, nors mūsų dabartiniai duomenys rodo, žymiai aukštesnio lygio JAK1, STAT3 ir STAT1 raiškos skrandžio vėžio audiniuose.

Funkcija analizė stebulės -genes

suteikta transkripcijos faktorius gali reguliuoti dešimtys, jei ne šimtai, tikslinių genų, o vienas genas gali būti reguliuojama keliomis skirtingomis TFS genų reguliavimo tinklus. Taigi, mes prielaidą, kad stebulės genai yra reglamentuojamas keliose transkripcijos veiksnių vienu metu skrandžio vėžys, kuris gali turėti sinergetinį poveikį žmonių kancerogenezėje. Atsižvelgiant į dabartinę tyrime mes nustatė septynis genus (įskaitant MMP1, TIMP1, TLR2, FCGR3A, IRF1, FPĮ ir TFF3), kuri gali būti tiesiogiai reglamentuoja ne mažiau kaip dviejų pagrindinių transkripcijos faktorių, dauguma jų yra stebulės mazgai, kad susiejimas su NFκB1 ir statistika kelias (4 paveikslas). Nuo transkripcijos veiksniai reguliuoja tikslines genus per transkripcijos-priklausė būdu moduliuoti savo iRNR išraišką, čia mes atliekame KRL PGR išnagrinėti išraišką TIMP1 ir TFF3 mRNR, dvi tikslinės genai HIF-alfa Santykinis išraišką TIMP1 ir TFF3 iRNR buvo 1.58 ± 0,25 ir 2,16 ± 0,59 sulankstyti reguliuojama dešimties naviko vs normalių audinių, atitinkamai (1 paveikslas).

Be to, matricos metaloproteinazėmis šeimos (MMPs) yra pagrindinis tarpląsteliniame remodeling fermentų, , kurios aktyvumas yra sąveikos tarp auglio ląstelėse ir naviko mikroaplinkoje rezultatas ir yra griežtai kontroliuojama transkripcijos aktyvavimo, įskaitant sudėtingą proteolitinis aktyvacijos kaskados, taip pat endogeninės sistemos, kuri audinių inhibitorių metaloproteinazių (timps) [23]. MMP1 buvo pranešta, kad dalyvauja skrandžio vėžio ląstelių invaziją [24]. Be to, TLR2 yra narys mokamų panašaus receptorių ir vaidina pagrindinį vaidmenį patogenų pripažinimo ir aktyvacijos įgimtą imunitetą aktyvavimo NFκB. TLR2 gali veikti kaip už tai užkrėstą arba sužeisti ląstelių antrą galimybę virsti vėžinių ląstelių ir nekontroliuojamas ląstelių proliferaciją [25] iniciatorius. Tuo tarpu, Fc fragmentas IgG, mažo afiniteto IIIa receptorių (FCGR3A, taip pat žinomas kaip CD16a) priklauso Fc gama receptorių šeimai (FCGR). FCGR3A
polimorfizmo buvo susijęs su jautrumu tam tikrų autoimuninių ligų ir FCGR3A turi svarbų vaidmenį šalinant imuninės kompleksus iš organizmo, taip pat dalyvauja citotoksinių atsakymų prieš vėžinių ląstelių ir infekcinių ligų sukėlėjų [26]. Interferonas reguliavimo faktorius (Mafija) -1 yra taip pat imuninės aktyvus molekulė ir uždegiminis procesas reguliatorius, buvo nustatyta, kad IRF-1 ir NF-κB aktyvavimo turi būti vienu metu aktyvuota melanomos [27]. Be to, polimorfizmas iš trilapis koeficientas 3 ( TFF3
) rengėjas buvo susijęs su skrandžio vėžiu jautrumo [28] ir TFF3 reglamentavo tiek HIF-1 ir NFκB [29]. Padidėjusi TFF3 buvo nepriklausoma rodiklis bendro išgyvenamumo skrandžio vėžiu sergančių pacientų [30]. Vėlgi, FPĮ (taip pat žinomas kaip TNFSF6 /CD95 /GOA-1) priklauso naviko nekrozės faktoriaus receptoriaus superfamily (nario 6) ir vaidina svarbų vaidmenį reguliuojant išorinei apoptozė keliu [31]. Sumažintas FAS išraiška buvo susijęs su padidėjusia rizika susirgti vėžiu, downregulation nuo ŪKS sąlygojamą apoptozės [32]. Tačiau, mūsų dabartiniai duomenys rodo prieštaringą aukštos raiškos lygį FAS skrandžio vėžio audinių ad reikia atlikti daugiau tyrimų, kad jį patvirtintumėte. Apskritai, pakeisti išraiška šių genų skrandžio vėžio audiniuose reikia papildomai tikrinti, kaip biologinių žymenų, skirtų skrandžio vėžio diagnozės ir prognozės. Šie genai yra labai svarbūs uždegimas ir imuninės susijusių ligų, kurios gali toliau nurodyti Helicobacter pylori infekcijos pervežimas skrandžio vėžio išsivystymo ir progresavimo svarbą.

Medžiagos ir metodai

Audinių egzempliorių

15 skrandžio vėžiu sergančių pacientų iš viso buvo įdarbinta nuo vėžio ir tolimoje normalaus audinio kolekcijos iš pirmosios ligoninės Jilin universitetas, Changchun, Kinija. Šis tyrimas patvirtino Etikos komiteto kolegijos būtinosios medicinos mokslų Jilin universiteto, kiekvienas pacientas sutiko raštu informavo sutikimo forma. Duomenys buvo analizuojami anonimiškai. Visi audiniai, buvo paimti iš chirurgijos kambaryje ir prisegami šaldyta ir saugomi skystame azote per 10 min po to, kai rezekcija. TNM ir histologinis klasifikacija buvo atlikta pagal Pasaulio sveikatos organizacija (PSO) kriterijus.

RNR išskyrimas ir Mikrogardelė hibridizacija ir skenavimas

Audinių RNR buvo išskirta naudojant Trizol (INVITROGEN, CA, JAV) ir toliau gryninamas naudojant RNeasy Mini komplektas (Qiagen, Diuseldorfas, Vokietija), pagal gamintojo instrukcijas. tada RNR koncentracija buvo nustatoma naudojant UV2800 ultravioletinių spektrofotometru (UNIC, NY, JAV) su A260 /A280 santykis tarp 1.8~2.0 ir RNR koncentracija buvo svyravo nuo 100 ng /iL 1 g /iL.

GeneChip žmogaus Exon 1.0 ST (Affymetrix, CA, JAV) buvo panaudota profilis skirtingai išreikštas genus skrandžio vėžio audiniuose vs įprastų tie pagal protokolą pateiktą Affymetrix (P /N 900.223). Trumpai tariant, 1 mikrogramų RNR šablonas buvo naudojamas transkribuoti į kDNR ir kDNR mėginiai buvo suardomas į kDNR fragmentų su endonukleazių ir tada lapeliai su DNR ženklinimo reagento pateikta Affymetrix. Po to, Zymeti cDNR mėginiai buvo naudojamas kaip zondai hibridizuotis Array lustų 45 ° C temperatūroje inkubuojant ir pasukta 60 apsisukimų per minutę 17 h. Po plaunami ir tamsintas lustai po hibridizacijos, lustai buvo nuskaityti naudojant GeneChip Scanner3000 su GeneChip operacinės sistemos programinė įranga (GCOS). Visi instrumentai, traškučiai, ir reagentai visi buvo įsigytas iš Affymetrix.

analizė skirtingai išreikštas genų vėžio palyginti su sveikų audinių

GeneChip Operacinė programinė įranga buvo pritaikyta analizuoti lustai ir išgauti žaliavos vaizdų signalas duomenys. GEO duomenų rinkinių NCBI narystei skaičius mūsų tyrime yra: GSE56807. Žalias signalo duomenis tada buvo importuota ir analizuojami su Limma algoritmas nustatyti diferencijuotai išreikštus genus. Tiesinės modeliai ir empiriniai Bajeso metodai buvo analizuoti duomenis. Tai neleido geną su labai nedideliu kartų kaitą būtų teisiamas kaip skirtingai išreiškiama tik dėl netyčia nedidelį likutinio SD. Gauti P vertes buvo pakoreguota naudojant BH FDR algoritmą. Genai buvo laikomas gerokai skirtingai išreikšti, jei abu FDR vertės buvo < 0,05 (kontroliuojantis laukiamą FDR ne daugiau nei 5%) ir genų ekspresijos parodė bent 2 kartus pokyčius tarp vėžio ir jų atitinkamas normalius audinius Log2FC > 1 arba log2FC < -1, P-vertė < 0,05.

Kiekybiniai realaus laiko PGR

KRL-PGR analizei, mažiau nei 5 mikrogramų RNR buvo atvirkštinis transkripcija į kDNR 1 ^{St kryptis kDNR Synthsis Kit (Takara Dalian, Kinija); mRNR išraiška žmogaus HIF-1α, TIMP1 ir TFF3 išnagrinėjo KRL-PGR su SYBR Pašaro Ex Taq (TAKARA, Dalian, Kinija) ir taikomosios Biosystems 7300 Greitas Realaus laiko PGR sistema. Santykinis išraiška mRNR buvo standartizuoti beta-aktino ekspresiją lyginamosios Ct metodu (2 -ΔΔCt, ΔCt = Ct _{tikslas-CT β-aktino, ΔΔCt = ΔCt naviku ΔCt normalus). Visi gruntai buvo sukurta su Gruntas Premier 6 Software, gruntas sekų amplifikacija buvo išvardytos lentelėje 2. Duomenys iš KRL-PGR buvo analizuojami su GraphPad Prism Versija 5.0, skirtumai tarp grupių buvo statistiškai įvertintas pavyzdys vieno tailed Stjudento t-testas su p vertė < 0,05 laikomas reikšmingu}}

Vakarų dėmė analizė

apie 1 mm, ^{3 audinių mėginių buvo poliruoti su skystu azotu tada homogenizuoti ląstelių lizės buferiniame tirpale (Beyotime, Kinijos). 4 ° C temperatūroje 30 min, pašalintas ląstelių nuolaužų centrifuguojant 10000 apsisukimų per minutę 20 min 4 ° C temperatūroje. Baltymų koncentracija buvo analizuojama pagal Bradford baltymų analize (Bio-Rad, JAV). Visas baltymas buvo atskirta su 10% SDS-PAGE ir tada perkelti į PVDF membrana (0,45 mkm) 2 val. Po 2 h blokavimo 5% pieno TBST, inkubuojami membraną su pele anti-HIF-1α (Santa Cruz, CA, JAV) ne 1:200 skiedimo ir pelės anti-beta-aktino (proteintech, JAV) ne 1: 2000 praskiedimo 4 ° C 12 valandų ir po to 2 h inkubacinio periodo metu su ožkos anti-pelės IgG (proteintech, JAV) ne 1:2000 praskiedimo. Išplovus pagal TBST, aptiko membrana signalus naudojant sustiprintas chemiliuminescencine ECL (Beyotime, Kinija). Įvaizdžio J programinė įranga buvo taikomos kiekybinės analizės HIF-1α signalo intensyvumo su normalizuotas su beta-aktino lygiais. Duomenys buvo analizuojami GraphPad Prism Versija 5.0, skirtumai tarp grupių buvo statistiškai įvertintas pavyzdys vieno tailed Stjudento t-testas su p reikšmė < 0,05 laikomas reikšmingu}

Statybos transkripcijos faktorius genų tinklą remiantis genų ekspresiją. profilis ir transkripcijos reguliavimo elementas duomenų

transkripcijos faktorius (TF) genas tinklas buvo apskaičiuota remiantis genų ekspresijos profilio ir transkripcijos reguliavimo elementų duomenų bazę (Tred) naudojant cytoscape programinę įrangą pagal reguliavimo sąveikos ir skirtumas raiškos vertybių kiekvienam TF ir genas. Gretimumą matrica TFS ir genų turėjo atributų santykius tarp visų genų ir TFS. Į TF-genų tinklą elipsė atstovavo genus su raudonais (up-reguliuojamas) ir žalia (žemyn reguliuojama), trikampiai yra transkripcijos faktorius. Tarp TF ir jų tikslus santykiai atstovavo rodyklėmis, rodyklės buvo iš šaltinio į tikslą.

analizė liga, susijusi genų ir genų kelias anotacija

duomenų bazė anotacija, vizualizacija ir integruota "Discovery" (David) funkciniai anotacija programinė įranga buvo pritaikyta analizuoti funkcinius praturtėjimą neįprastos genuose. "GENETIC_ASSOCIATION_DB_DISEASE_CLASS" variantas, jei pateikta informacija apie ligos asociacijos turtinimo genų grupes. Mes pasirinkome "GENETIC_ASSOCIATION_DB_DISEASE_CLASS" nustatant liga klasės sodrinimą ir "KEGG_PATHWAY" už rūšyse praturtėjimo su Benjamini metodo, nustatančio didelę sodrinimo score≥1.3.

Pagalbinė informacija
S1 paveiksle.
Vakarų dėmė analizė HIF-1α 10 porų skrandžio vėžio ir normaliuose audiniuose
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0099835.s001
(DOC)
S1 lentelėje.
Pacientai duomenys
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0099835.s002
(DOC)
lentelė S2.
santrauka 2546 diferencijuotai išreikštų genų skrandžio vėžio audiniuose, palyginti su tolimų normaliuose audiniuose. Genų ekspresijos lygis skrandžio vėžio audiniuose vs tolimų normaliuose audiniuose buvo bent 2 kartus skiriasi su p-reikšmė < 0,05
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0099835.s003
(XLSX)
Stalo S3.
santrauka these82 skirtingai išreikštas genų TF reguliavimo tinklą skrandžio vėžio audiniuose
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0099835.s004
(XLSX)
lentelė S4 ".
95 reglamento režimus suformuotas 82 diferencialinių genų TF-genų reguliavimo tinklą. Visi reguliavimas informacija buvo gauta iš transkripcijos reguliavimo elementų duomenų bazės (Tred)
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0099835.s005
(XLSX)

Padėka

Taip pat dėkojame Medjaden biologijos Limited "(Honkongas, Kinija) redagavimui ir korektūra šį rankraštį.

• PLoS ONE: Modeliavimas Swansons Literatūra-Based atradimas: Anandamide Gydymo slopina augimo skrandžio vėžio ląsteles in vitro ir in Silico
• PLoS ONE: Interleukinas 17A Skatina skrandžio vėžio invazijos per NF-κB tarpininkaujant Matrix metaloproteinazes 2 ir 9 raiškos