PLOS NËMMEN: verännert Expression vun Hypoxia-Inducible Factor-1α (HIF-1α) a Seng Regulatioune Genen vun Gastric Cancer Tissues

Wat VerfÜgung

Ray hypoxia induces reprogramming vun Zell ukuerbelt an normal Zell Transformatioun Resultat kann an Kriibs Werdegang. Hypoxia-inducible Faktor 1-alpha (HIF-1α), de Schlëssel Transkriptiouns Faktor, spillt eng wichteg Roll an gastric Kriibs Entwécklung an Werdegang. Dës Etude fir d'Basisdaten reglementaresche sécher Passerelle an gastric Kriibs benotzt gastric Kriibs Otemschwieregkeeten uplanzen ze ermëttelen. D'Integratioun vun der Gentherapie Ausdrock Profil an transcriptional reglementaresche Element Datebank (TRED) war weiderverfollegt HIF-1α ↔ NFκB1 → BRCA1 → STAT3 ← STAT1 Gentherapie Weeër an hir reegelen Genen ze identifizéieren. D'Daten huet, datt et 82 goufen differentially ausgedréckt Genen, datt duerch dës fënnef Transkriptiouns Facteuren zu gastric Kriibs Stoffer an dës Genen geformt 95 Regulatioun Verkéiersmëttel regulariséiert ginn, dorënner déi siwen Genen (MMP1, TIMP1, TLR2, FCGR3A, IRF1 Sekondär, an TFF3 ) waren Punkt Molekülle datt gläichzäiteg op d'mannst zwee vun dësen fënnef Transkriptiouns Faktoren regulariséiert ginn an huet mat hypoxia, inflammation, an immun Stéierungen assoziéiert. Real-Time Hinnen alleguer a westlech blot zougedréckt Erhéijung vun HIF-1α zu mRNA an FAQ Niveau wéi och TIMP1, TFF3 zu mRNA Niveauen am gastric Kriibs Stoffer. D'Donnéeë sinn déi éischt Etude HIF-1α-reegelen Transkriptiouns Facteuren an hire jeeweilegen Reseau Genen vun gastric Kriibs ze beweisen. Weider Studium mat engem grouss Echantillonen Gréisst a méi funktionell Experiment ass néideg dës Donnéeen ze confirméieren an dann iwwersetzen an Medeziner uweist Entdeckung a Behandlung Strategie fir gastric Kriibs VerfÜgung

Fro:. Wang J, Ni Z, Duan Z, Wang G , Li F (2014) geännert Expression vun Hypoxia-Inducible Factor-1α (HIF-1α) a Seng Regulatioune Genen vun Gastric Cancer Stoffer. PLoS NËMMEN 9 (6): e99835. Doi: 10.1371 /journal.pone.0099835 VerfÜgung

Redakter: Pankaj K. Singh, Universitéit vun Nebraska Medical Center, Vereenegt Staate vun Amerika VerfÜgung

Arnaque: 10. Januar 2014; Akzeptéiert: 19 Mee, 2014; Publizéiert: 13. Juni 2014 VerfÜgung

Copyright: © 2014 Wang et al. Dëst ass eng oppen-Zougang Artikel ënnert de Bedingunge vun der Lizenz BY Creative Commons verdeelt, déi bereet benotzen Genehmegungen, Distributioun, an Reproduktioun vun all mëttelgrouss, gëtt d'Original Auteur an d'Quell Kaiser sinn VerfÜgung

Funding:. Dës Aarbecht an en Deel gouf vum National Natural Science Foundation of China (̭20108025 an̬71897), spezialiséiert Research Fund fir d'Promotioun plangen Héichschoul- of China (É10061120093), China Postdoctoral Science Foundation (É10491311 anÉ2T50285) vun Stipendien ënnerstëtzt, Foundation vun JILIN Provincial Gesondheet Pompjeeën (É1Z049), Foundation vun JILIN Province Wëssenschaft an Technologie Pompjeeën (É30522013JH anÉ40414048GH) an den Norman Bethune plangen vun JILIN University (É2219). D'funders hu keng Roll am Etude Design, Daten Kollektioun an Analyse, Décisioun, oder Virbereedung vun der mëttelalterlech Handschrëft ze publizéieren VerfÜgung

Wettsträit Interessen:.. D'Auteuren hunn deklaréiert, datt keng Competitioun Interessen existéieren VerfÜgung

Aféierung VerfÜgung

Gastric Kriibs ass déi véiert stäerkste gemeinsam Kriibs an der zweeter Virwaat Ursaach vum Kriibs-Zesummenhang Doud vun der Welt, déi all Joer ronn 800.000 Leit an 65.000 Kriibs-Zesummenhang Doudesfäll schellt [1]. Virdrun Studie weisen dass aberrant bewosst ukuerbelt ass e Schlëssel Fonktioun während tumorigenesis a Kriibs Werdegang [2], [3]. Speziell, reprogramming vun Energie ukuerbelt als enstanen Markenzeeche vun Kriibs abegraff gouf [4] an Manque Energie ukuerbelt ass an verschidden Mënsch Kriibs, dat heescht, Kriibs Zellen festgestallt gëtt hir ukuerbelt zur Erhéijung vun glycolysis amplaz vun der Kënschtlech oxidative phosphorylation reprogram Zell ze generéieren Energie [5]. Ray hypoxia ass e wichtege Kraaft dreiwend flénke Zell ukuerbelt reprograming [6]. Ënner hypoxia Ëmwelt, ass Zell glycolysis entschlof an féiert Zell Prolifératioun an am Tour ze erhéijen, enger béiser Zyklus vun hypoxia-Prolifératioun-waarden hypoxia grënnen déi Zell Transformatioun an Kriibs Werdegang Promotioun [7]. Op der Gentherapie Niveau, hypoxia-inducible Faktor-1 (HIF-1) ass d'Primärschoul Sauerstoff-senisitive transcriptional activator an hëlleft Zellen der niddereg Sauerstoff Spannungen (hypoxia) [8] ze adaptéieren. HIF-1 besteet aus engem constitutively ausgedréckt β-subunit an enger hypoxia-inducible α-subunit. De Fonds (HIF-1α) ass just ënnert hypoxic Konditiounen stabiliséiert a reguléieren HIF-1 transcriptional Aktivitéit [9]. Fir Datum, HIF-1α ass dës multiple Zil- Genen ze aktivéieren, datt am entscheedende Aspekter vun Kriibs Biologie abannen, dorënner erythropoiesis, angiogenesis, Zocker ukuerbelt, Zell Prolifératioun /Iwwerliewe an apoptosis [10]. HIF-1α kann mat verschiddenen anere Kriibs-Zesummenhang Transkriptiouns Faktoren (TFs) zesummekomm an e komplexe TF-Gentherapie Transkriptiouns reglementaresche Reseau während Kriibs Entwécklung an Werdegang Form. Sou, ass e Konzept net verwonnerlech opgewuess, datt Kriibs Zellen hunn Ënnerscheed an agebousst transcriptional Musteren Verglach mat normalen Zellen [11]. Virdrun Studien opgedaucht-Regulatioun vun HIF-1α Ausdrock vun gastric Kriibs Stoffer an Zellen [12], [13] hierkommen, déi genee Basisdaten reglementaresche Mechanismen definéiert gin bleiwen. Sou, an dat studéieren, et geheescht mir de Affymatrix Exon flamenden Ofgrond den Ënnerscheed Gentherapie Ausdrock Profil an gastric Kriibs Stoffer ze identifizéieren, an standing real Zäit Hinnen alleguer a westlech blot d'Daten ze validéieren analyséiert. Mir gebaut weider déi aberrant TF-Gentherapie Transkriptiouns reglementaresche Reseau verbonne mat HIF-1α Ausdrock vun Integratioun vun transcriptional reglementaresche Element Datebank (TRED) [14] an der Gentherapie Ausdrock Profil benotzt cytoscape Software. Dës Etude hätt eng systematesch entdecke kënnt vun der verbonne transcriptional Regulatioun Verkéiersmëttel mat hypoxia an déi heescht Informatioune fir Zukunft uweist Entdeckung an Roman Behandlung Strategie fir gastric Kriibs Zesummenhang z'identifizéieren. VerfÜgung

Resultater an Diskussioun VerfÜgung

Profiling vun differentially ausgedréckt Genen vun gastric Kriibs versus normal Stoffer VerfÜgung

der differentially ausgedréckt Genen vun gastric Kriibs ze identifizéieren, mir der Affymatrix Exon flamenden Ofgrond geheescht dass 17.800 mënschleche Genen fënnef Puer gastric Kriibs an normal Stoffer zu Profil (Patienten Informatiounen goufen zu Table S1 zougedréckt). Mir hunn en Total vun 2546 differentially ausgedréckt Genen, vun deenen 2422 goufen an-reglementéiert an 124 goufen verwandelt-reegelen (Table S2). Speziell, war HIF-1α vill héich zu gastric Kriibs Stoffer ausgedréckt Verglach zu der bascht normal Stoffer (P &Si besteet; 0.01). Mir validéiert weider der microarray Donnéeën vun grouss real-Zäit RT-Hinnen alleguer a westlech blot an aner 10 Puer gastric Kriibs leeschtungsfäeg vs. normal Stoffer (Patienten Informatiounen zu Table S1 zougedréckt goufen). D'HIF-1α mRNA Ausdrock zougedréckt 2,55 ± 0,56 fantastesch up-Regulatioun vun entholl Stoffer vs. normal mannste (p &Si besteet; 0.01); westlech blot Analyse weisen eng kloer Trennung tëscht der famill FAQ Dicht vun HIF-1α zu Kriibs Stoffer (0.41 ± 0.24) vs. normal mannste (0,17 ± 0,15) mat p &Si besteet; 0,01, Resultater kënnen zu Dorënner 1 an Dorënner S1 gesi ginn. Tatsächlech awer e fréiere Etude dass HIF-1α ubiquitously zu Mënsch a Maus Stoffer ënnert hypoxia ausgedréckt huet [15] an am gastric Kriibs Stoffer [12], [13], overexpression vun déi mat aarmséileg hätt vun gastric Kriibs Patienten verbonne war [12 ], [13]. Sou, analyséiert mir weider HIF-1α overexpression-verbonne TFs an hiren Potential gezielt Genen vun gastric Kriibs Stoffer. VerfÜgung

Umeldung vun HIF-1α overexpression-verbonne TFs an hiren Potential gezielt Genen vun gastric Kriibs Stoffer VerfÜgung

fir HIF-1α overexpression-verbonne TFs an hiren Potential gezielt Genen, transcriptional reglementaresche Element Datebank (TRED) stellt eng eenzegaarteg Outil z'identifizéieren souwuel analyséieren Well VerfÜgung - an Ziel VerfÜgung - reglementaresche Elementer zu Mamendéieren, hëlleft dat der ëmfaassend Gentherapie Reglementer a reglementaresche Netzwierker besser ze verstoen, besonnesch um Niveau vun transcriptional Reglementer. Sou, d'Integratioun Gentherapie Ausdrock Profil an reglementaresche Informatiounen aus TRED benotzt, analyséiert mir HIF-1α an aner véier HIF-1α-Zesummenhang Transkriptiouns Faktoren (dh, NFκB1, BRCA1, STAT3, an STAT1) dass all an gastric Kriibs up-regulariséiert goufen an Stoffer fonnt dass se dës TF-Gentherapie reglementaresche Netzwierker mat 82 Genen geformt, 79 vun deem sech weider-reglementéiert an 3 waren verwandelt-reegelen (Table S3). Figur 2 zougedréckt a dem bi-Kéip Analyse vun deene 82 differentially ausgedréckt Genen vun gastric Kriibs Stoffer versus normal Stoffer. VerfÜgung

Duerno, der Datebank fir Annotation, Visualization an Integréiert Discovery (DAVID) [16] war fir funktionell applizéiert Annotation vun dësen 82 differentially ausgedréckt Genen. Mir opgezielt widdert Klassen véier Krankheet, datt mat dëse 82 aberrant Genen (Table 1) an fonnt verbonne datt déi bedeitendst Klass Cancer duerch Krankheet (18 Genen) duerno mat 29 Genen ass, Ausdauer (25 Genen) an immun Krankhet (26 Genen) . VerfÜgung

Umeldung vun gastric Kriibs-Zesummenhang Transkriptiouns Faktor-Gentherapie (TF-Gentherapie) Reseau VerfÜgung

Baséierend op transcriptional reglementaresche Element Datebank an der Gentherapie Ausdrock Profil, gebaut mir de transcriptional reglementaresche Reseau ze HIF- Zesummenhang 1α ↔ NFκB1 → BRCA1 → STAT3 ← STAT1 mat deene 82 Genen vun gastric Kriibs Stoffer. Eis Daten huet, datt dës 82 Genen 95 verschiddene Regulatioun Verkéiersmëttel Form kann (well 3A) an den detailléierte TF-Gentherapie Regulatioun Verkéiersmëttel Informatiounen ass an Table S4 opgezielt. VerfÜgung

Fir de reglementaresche Reseau ze besser verstoen, mir gebaut engem Neie Kader vun de Reseau (Dorënner 3B). Transkriptioun Faktoren HIF-1α ↔ NFκB1 → BRCA1 → STAT3 ← STAT1 konnt de Kader vun der reglementaresche Reseau ze Form vun deenen direkt 21 reegelen, 45, 2, 12, an 10 Genen, bzw.. NFκB1 war direkt vun HIF-1α gereegelt an et war richteg, datt d'Majoritéit vun de reglementaresche Reseau direkt vun HIF-1α regulariséiert goufen (21/82) an NFκB1 (45/82), de Schlëssel Reglementatioun mat hypoxia an inflammation zu Cancers Hausnummeren [ ,,,0],17]. Gastric Kriibs ass déi Otemschwieregkeeten hypoxia a chronescher inflammation (wéi Helicobacter VerfÜgung pylori Wonn) charakteriséiert. An eiser aktueller Etude, HIF-1α war wiesentlech zu gastric Kriibs weider reglementéiert-Verglach zu der bascht normal Stoffer (P &Si besteet; 0.01). Ausserdem, huet eis aktuell Donnéeën datt Ausdrock vu méi wéi 20 Genen datt direkt reegelen HIF-1α gi war an gastric Kriibs Stoffer verännert, dorënner NFκB1, de Schlëssel regulator Protein an inflammation a Kriibs [18] a vun NFκB gezielt nëtzlech kéint an chemoprevention vun verschiddenen Mënsch Cancers [19]. VerfÜgung

d'afgerappt vun der reglementaresche Passerelle Reseau haaptsächlech duerch STAT3 (12/82) an STAT1 (10/82), Membere vun Signal Better gëtt reduzéiert a activator vun Transkriptiouns Famill reglementéiert ass ( Statistiken). Statistiken mat Jak sécher ass eng kanonesche Passerelle Genen ze regléieren, datt op ville gestallt Prozesser vun Signaler vun der Zell Membran un den helle II [20] Équipe ginn. Ze regléieren paracrine cytokine sécher an hire Restaurant zu metastatic Siten, STAT3 enormen souwuel entholl-Ausriichtung an extrinsic Effekter [21]. Gezielt Jak-STAT3 sécher Passerelle ass wéi e Potential therapeutesch Strategie iwwerluecht, virun allem am Kontext vun entholl inflammation an excellence [21]. Lafend Dereguléierung vum Genen vun erneieren ageschalt NFκB an STAT3 zu entholl microenvironment ass zwee wichteg Aspekter fir inflammation an malignant Werdegang [17]. A leschter Etude weisen eng kooperativer Effet vun STAT3 an HIF-1α op Aktivatioun vun Genen ënner hypoxia Ëmwelt an keen Auto Zell carcinoma Zellen [22]. Déi spezifesch Mechanismus vun Jak-Hëllef Aktivéierung, besonnesch STAT3 zu gastric Kriibs bleift alles ze gin, obwuel eis aktuell Donnéeën bedeitend méi héich Niveau vun JAK1, STAT3 an STAT1 Ausdrock vun gastric Kriibs Stoffer zougedréckt. VerfÜgung

Funktioun Analyse vum Standuert -genes VerfÜgung

a soubal Transkriptiouns Faktor Dosende regléieren kënnen, wann net honnertdausende, vun der Zil- Genen, iwwerdeems een Gentherapie duerch verschidde TFs zu Gentherapie reglementaresche Netzwierker regulariséiert ginn hätt. Sou, gemengt mir dass Punkt Genen vun e puer Transkriptiouns Faktoren gläichzäiteg zu gastric Kriibs regulariséiert ginn, déi synergistic Auswierkungen op Mënsch carcinogenesis hun kann. An der aktueller Etude, identifizéiert mir siwen Genen (dorënner MMP1, TIMP1, TLR2, FCGR3A, IRF1 Sekondär, an TFF3) déi direkt vun op d'mannst zwee Schlësselwierder Transkriptiouns Faktoren regulariséiert ginn, déi meescht vun hinne si Punkt Wirbelen datt mat NFκB1 verbënnt an Statistiken Passerelle (Dorënner 4). Zanter Transkriptiouns Faktoren der Zil- Genen duerch eng Transkriptiouns-Ofhängegkeet Manéier regléieren hir mRNA Ausdrock ze well, hei gesuergt mir qRT-Hinnen alleguer Ausdrock vun TIMP1 an TFF3 mRNA, zwou Zil- Genen vun HIF-α Déi relativ Ausdrock vun TIMP1 an TFF3 mRNA war ënnersicht 1,58 ± 0,25 an 2,16 ± 0,59 fantastesch an zéng entholl vs. normal Stoffer up-reegelen, bzw. (Dorënner 1). VerfÜgung

Ausserdeem, d'Famill vun Matrixentgasung metalloproteinases (MMPs) den Haaptgrond extracellular Matrixentgasung Remodeling Enzymen ass, Aktivitéit vun deenen ass d'Resultat vum Gespréich tëscht entholl Zellen an entholl microenvironment an rigoréis ass vun transcriptional Aktivéierung kontrolléiert haten, eng komplex proteolytic Aktivéierung CASCADE souwéi endogenous System vun Otemschwieregkeeten inhibitors vun metalloproteinases (TIMPs) dorënner [23]. MMP1 huet gemellt ginn an gastric Kriibs Zell Invasioun Équipe ze ginn [24]. Ausserdeem, ass TLR2 Member vu Péage-wëll kenne a spillt eng fundamental Roll an pathogen Unerkennung an Aktivéierung vun Leitmotiv excellence vun Aktivéierung vun NFκB. TLR2 kann als gemaach hunn Funktioun der Krankheet oder blesséiert Zellen eng zweet Chance fir Kriibsfuerschung Zellen an ongebremste Zell Prolifératioun ze entwéckelen [25]. Mëttlerweil, gehéiert der Fc Brochstéck vun IgG, niddereg Affinitéit IIIa receptor (FCGR3A, och als CD16a bekannt) zu der Fc ESO receptor Famill (FCGR). FCGR3A VerfÜgung polymorphism war mat waat fir bestëmmte autoimmune Krankheeten assoziéiert an FCGR3A huet eng wichteg Roll an der immun komplett aus dem Kierper leeën a participéiert och zu cytotoxic Äntwerte géint entholl Zellen an ustiechend Agenten [26]. D'interferon reglementaresche Faktor (IRF) -1 ass och eng immun aktiv Protein an demagogesch Prozess regulator, den Aktivéierungscode vu IRF-1 an NF-κB gouf fonnt soll zu melanoma [27] ageschalt gin. Zousätzlech, schiefgang vun der trefoil Faktor 3 ( TFF3 VerfÜgung) Promoteur mat gastric Kriibs waat verbonne waren [28] an TFF3 war esouwuel HIF-1 reglementéiert an NFκB [29]. Overexpression vun TFF3 war eng onofhängeg Luucht fir globale Iwwerliewe vun gastric Kriibs Patienten [30]. Erëm, (bekannt och als TNFSF6 /CD95 /APO-1) Sekondär receptor superfamily Faktor entholl necrosis gehéiert (Member 6) an spillt zu Regulatioun vun extrinsic apoptosis Passerelle eng wesentlech Roll [31]. Reduzéiert Sekondär Ausdrock war mat der fräi Risiko vu Kriibs vun downregulation vun Sekondär-mediated apoptosis [32] assoziéiert. Allerdéngs, eis aktuell Donnéeën zougedréckt engem widderspréchlech héich Ausdrock Niveau vun Sekondär zu gastric Kriibs Stoffer ad weider studéieren ass waren et ze confirméieren. Am Allgemengen, brauch verännert Ausdrock vun dësen Genen vun gastric Kriibs Stoffer weider kënnen als biomarkers fir gastric Kriibs Diagnos an Iwwregens hätt. Dës Genen sinn indispensabel am inflammation an immun Zesummenhang Krankheet, déi weider d'Wichtegkeet weg kënnt vun Helicobacter VerfÜgung pylori Wonn am gastric Kriibs Entwécklung an Werdegang. VerfÜgung

spontan a Methode VerfÜgung

Ray uplanzen VerfÜgung

waren a Ganzen 15 gastric Kriibs Patienten fir Kriibs an der wäiter normal Otemschwieregkeeten Kollektioun aus déi éischt Hospital vun JILIN University, Changchun, China agestallt. Dës Etude vun der Ethik Comité vun College vun Grondakommes Medical Sciences, JILIN University ofgeseent gouf, war all Patient an engem schrëftleche Awëllegung Form dem. D'Date goufen anonym analyséiert. All Stoffer sech aus Chirurgie Zëmmer an virgezunnen-gefruer an gespäichert zu flëssegem Stéckstoff bannent 10 min no der resection geholl. D'TNM an histological Klassifikatioun sech no Weltgesondheetsorganisatioun (DÉI) Critèren gesuergt. VerfÜgung

RNS Isolatioun a microarray hybridization an Scannen VerfÜgung

Ray RNS war mat Trizol (Invitrogen, CA, USA) isoléiert an mat der RNeasy Mini Kit (QIAGEN, Düsseldorf, Däitschland) laut den Hiersteller d'Instruktioune weider sidd. RNS Konzentratioun war dann d'UV2800 violett spectrophotometer alles benotzt (UNIC, NY, USA) mat A260 /A280 Verhältnis tëscht 1.8~2.0 an RNS Konzentratioun huet aus 100 NG gounge /μl bis 1 μg /μl. VerfÜgung

GeneChip Mënscherechter Exon 1.0 ST (Affymetrix, CA, USA) war no der vun Affymetrix (P /N 900223) gëtt Protokoll differentially ausgedréckt Genen vun gastric Kriibs Stoffer vs. déi normal mannste fir Profil geheescht. Kuerz, war 1 μg RNS Schablounen déi op reversely an cDNA ausserdeem an cDNA Echantillon waren an cDNA Fragmenter mat endonucleases verdaut an duerno mat der DNA Etikette reagent vun Affymetrix gëtt gekennzeechent. Duerno, huet d'Bezeechnung cDNA Echantillon den Ämter benotzt fir 17 h um 60 Ziichter un der Partie Course vun incubation bei 45 ° C an rotated zu hybridize. No gewäsch an der Course no hybridization Kierchefënster, goufen d'Course mat GeneChip Scanner3000 mat GeneChip Zesummen Software (GCOS) gescannt. All Instrumenter, Fritten, an reagents all waren aus Affymetrix kaaft. VerfÜgung

Analys vun differentially ausgedréckt Genen zu Kriibs versus normal Stoffer VerfÜgung

GeneChip Zesummen Software applizéiert gouf d'Course ze analyséieren an Extrait der Matière Biller Signal Donnéeën. Der Geo konsultéieren vun NCBI Bäitrëtt Zuel vun eiser Etude ass: GSE56807. Matière Signal Date goufen dann importéiert a mat Limma sind analyséiert d'differentially ausgedréckt Genen ze identifizéieren. D'linear Modeller a empiresche Bayes Methoden sech d'Donnéeën ze analyséieren. Dëst verhënnert engem Gene mat engem ganz klenge fantastesch Ännerung vun den differentially just well vun engem Accident méi kleng Reschtoffall Fils ausgedréckt scho ginn. Déi doraus resultéierend P Wäerter sech mat der BH FDR sind ugepasst. Genen sech als bedeitend differentially ausgedréckt gin wann souwuel den FDR Wäerter war &Si besteet; 0,05 (kontroléieren d'erwaart FDR bis kee méi wéi 5%) an der Gentherapie Ausdrock op d'mannst 2-fantastesch Ännerungen tëschent Kriibs zougedréckt an hir entspriechend normal Stoffer mat Log2FC > 1 oder log2FC &Si besteet; -1, P-Wäert &Si besteet; 0,05. VerfÜgung

Chemeschen real-Zäit RT-Hinnen alleguer VerfÜgung

Fir qRT-Hinnen alleguer Analyse, manner wéi 5 μg total RNS Géigendeel war mat 1 St staarkt cDNA Synthsis Kit fir cDNA ausserdeem (Takara , Dalian, China); den Ausdrock vun mRNA fir Mënscherechter HIF-1α, TIMP1 an TFF3 sech duerch qRT-Hinnen alleguer mat SYBR Premix Ex Taq (Takara, Dalian, China) ëmgeseet Biosystems 7300 Fast Real-Time Hinnen alleguer System iwwerpréift. Der relativer Ausdrock vun mRNA sech normalized zu β-actin Ausdrock vun Komparativ CT Method (2 -ΔΔCt, ΔCt = CT _{Zil--CT β-actin, ΔΔCt = ΔCt entholl-ΔCt normal). All primers sech entworf mat Primer Premier 6 Software, primer Message fir amplification zu Table opgezielt goufen 2 Daten aus qRT-Hinnen alleguer mat GraphPad Prism Version analyséiert goufen 5.0 Ënnerscheeder tëschent Gruppe waren statistesch vun Prouf eent-tailed Student d'T-Test mat p bewäert Wäert &si besteet; 0,05 als bedeitendst als VerfÜgung}

Western blot Analyse VerfÜgung

Iwwer 1 mm 3 vun Otemschwieregkeeten Echantillon waren mat flëssegem Stéckstoff ausgeräiften dann zu Zell lysis gefiermt homogenized (Beyotime, China) an. 4 ° C fir 30 min, geläscht Zell Brochstécker vun der 10000 Ziichter fir 20 min zu 4 ° C centrifuging. D'FAQ Konzentratioun war vun Bradford FAQ assay (Bio-Rad, USA) analyséieren. De ganze FAQ gouf mat 10% SDS-PAGE getrennt an duerno fir 2 h zu engem PVDF Membran (0.45 μm) transferéiert. No 2 h vu zu TBST vun 5% Mëllech erauszesichen, incubated der Membran mat Maus anti-HIF-1α (Santa Cruz, CA, USA) op 1:200 dilution a Maus anti-β-actin (proteintech, USA) op 1: 2000 dilution zu 4 ° C fir 12 h an duerno vun 2 h mat Geess incubating anti-Maus IgG (proteintech, USA) op 1:2000 dilution. Nom Wäschen vun TBST, nogewise der Membran Signaler verstäerkte chemiluminescence ECL benotzt (Beyotime, China). D'Bild J Software war fir grouss Analyse vun HIF-1α Signal intensities mat normalized mat β-actin Niveau applizéiert. Date goufen mat GraphPad Prism Version analyséiert 5.0 Ënnerscheeder tëschent Gruppe waren statistesch vun Prouf eent-tailed Student d'T-Test mat p Wäert &Si besteet bewäert; 0,05 als bedeitendst als VerfÜgung

Bau vun Transkriptiouns Faktor Gentherapie Reseau baséiert op der Gentherapie Ausdrock. Profil an transcriptional reglementaresche Element Datebank VerfÜgung

Transkriptioun Faktor (TF) Gentherapie Netz war op der Gentherapie Ausdrock Profil an transcriptional reglementaresche Element Datebank (TRED) benotzt cytoscape Software no de reglementaresche Interaktioun an der Ënnerscheed Ausdrock Wäerter vun all TF gebaut baséiert an der Gentherapie. D'adjacency Matrixentgasung vun TFs an Genen war vun der Spezialfäegkeeten Relatiounen tëschent all Genen an TFs feieren. D'Ellipse op TF-Gentherapie Reseau representéiert Genen mat rout (up-reegelen) an gréng (verwandelt-reegelen), de triangles Transkriptiouns Faktoren duerstellt. Der Relatioun tëscht TF an hiren Ziler duerch Feiler vertruede waren, Direktioun vun der Pfeil war vun der Source fir d'Zilgrupp. VerfÜgung

Analys vun Krankheet verbonne Genen an der Gentherapie Passerelle Annotation VerfÜgung

Datebank fir Annotation, Visualization an Integréiert Discovery (DAVID) funktionell Annotation Software applizéiert der funktionell Beräicherung vun aberrant Genen ze analyséieren. "GENETIC_ASSOCIATION_DB_DISEASE_CLASS" Optioun gëtt d'Informatiounen iwwer Krankheet association Beräicherung vum Gene Stärekéip. Mir ausgewielten "GENETIC_ASSOCIATION_DB_DISEASE_CLASS" fir Krankheet Klass ugesinn Erkenntnesser an "KEGG_PATHWAY" fir Passerelle Beräicherung mat Benjamini Method déi bedeitendst Beräicherung score≥1.3 bestëmmend. VerfÜgung

Ennerstëtzung Informatiounen VerfÜgung Dorënner S1. VerfÜgung Western blot Analyse vun HIF-1α zu 10 Puer gastric Kriibs an normal Stoffer VerfÜgung Doi:. 10,1371 /journal.pone.0099835.s001 VerfÜgung (Intrigue) VerfÜgung Table S1. VerfÜgung kennen Donnéeën VerfÜgung Doi:. 10,1371 /journal.pone.0099835.s002 VerfÜgung (Intrigue) VerfÜgung Table S2. VerfÜgung Satz vun 2546 differentially ausgedréckt Genen vun gastric Kriibs Stoffer Verglach zu der wäiter normal Stoffer. Gene Ausdrock Niveauen am gastric Kriibs Stoffer vs. wäiter normal Stoffer waren op d'mannst 2-fantastesch verschiddene mat engem p-Wäert &Si besteet; 0,05 VerfÜgung Doi:. 10,1371 /journal.pone.0099835.s003 VerfÜgung (XLSX)
Table S3. VerfÜgung Satz vun these82 differentially ausgedréckt Genen am TF-reglementaresche Réseau zu gastric Kriibs Stoffer VerfÜgung Doi:. 10,1371 /journal.pone.0099835.s004 VerfÜgung (XLSX) VerfÜgung Table S4. VerfÜgung Déi 95 Regulatioun Verkéiersmëttel vun 82 Ënnerscheed Genen an TF-Gentherapie reglementaresche Reseau gemaach. All Regulatioun Informatioun gouf aus transcriptional reglementaresche Element Datebank (TRED) ofgeleet VerfÜgung Doi:. 10,1371 /journal.pone.0099835.s005 VerfÜgung (XLSX) VerfÜgung

Arbeschterlidder VerfÜgung

Mir och Merci der Medjaden Bioscience Limited (Hong Kong, China) fir Redaktioun an proofreading dëst eng mëttelalterlech Handschrëft. VerfÜgung

• PLOS NËMMEN: Simulatiouns vun Swansons Literatur-Opgrond Discovery: Anandamide Prefabrizéierten bremst Wuesstem vun Gastric Cancer BTS eng kënschtlech an Am Silico
• PLOS NËMMEN: Interleukin 17a förderen Gastric Cancer Invasiveness via NF-κB Mediated MATRIX Metalloproteinases 2 an 9 Expression