PLoS One: megváltozott expressziója hipoxia-indukálható faktor-1α (HIF-1α) és annak szabályozó gének gyomorrákban Tissues

absztrakt katalógusa

A szöveti hypoxia átprogramozása sejtek anyagcseréjét, és ennek következtében a sejtek normális átalakulás és daganatos progresszió. Hipoxia indukálható faktor 1-alfa (HIF-1α), a legfontosabb transzkripciós faktor, fontos szerepet játszik a gyomorrák kialakulásában és előrehaladásában. Ezen tanulmány célja, hogy vizsgálja meg a mögöttes szabályozási jelátviteli gyomorrák segítségével gyomorrák szövetmintákban. Az integráció a génexpressziós profil és a transzkripciós szabályozó elem az adatbázisban (TRED) folytatódott azonosítani HIF-1α ↔ NFκB1 → BRCA1 → STAT3 ← STAT1 gén utak és szabályozott géneket. Az adatok azt mutatták, hogy nem volt 82 differenciáltan expresszálódó gének, amelyek szabályozzák az öt transzkripciós faktorok gyomorrákban szövetek és ezen gének kialakított 95 rendelet módok, amelyek közül hét gén (MMP1, TIMP1, TLR2, FCGR3A, IRF1, FAS, és TFF3 ) voltak, hub-molekulák, amelyek szabályozzák legalább két ilyen öt transzkripciós faktorok egyidejűleg és jártak hypoxia, a gyulladás és immun-rendellenesség. Real-Time PCR és Western blot mutatott növekvő HIF-1α mRNS és fehérje szinten, valamint TIMP1, TFF3 mRNS szintek gyomorrák szövetekben. Az adatok az első vizsgálatot annak bizonyítására, HIF-1α-szabályozott transzkripciós faktorok, és a hozzájuk tartozó hálózati gének gyomorrák. További tanulmányok szükségesek a nagyobb minta és több funkcionális kísérletek szükségesek, hogy erősítse meg ezeket az adatokat, majd lefordítani klinikai biomarker és kezelési stratégiájának gyomorrák. Katalógusa

Citation: Wang J, Ni Z, Duan Z, Wang G Li F (2014) megváltozott expressziója hipoxia-indukálható faktor-1α (HIF-1α) és annak szabályozó gének gyomorrákban szöveteket. PLoS ONE 9 (6): e99835. doi: 10,1371 /journal.pone.0099835 katalógusa

Szerkesztő: Pankaj K. Singh, University of Nebraska Medical Center, Amerikai Egyesült Államok katalógusa

Beérkezett: január 10, 2014; Elfogadva: 19. május 2014; Megjelent: június 13, 2014 katalógusa

Copyright: © 2014 Wang et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa

Forrás: Ez a munka részben támogatta támogatásokból Nemzeti Természettudományi Alapítvány Kína (̭20108025 és̬71897), speciális Kutatási Alap Doktori Program Felsőoktatási kínai (É10061120093), Kína posztdoktori Science Foundation (É10491311 ésÉ2T50285) Alapítvány Jilin tartományi egészségügyi Minisztérium (É1Z049), Alapítvány a Jilin tartomány Tudományos és Technológiai Minisztérium (É30522013JH ésÉ40414048GH) és a Norman Bethune Program Jilin University (É2219). A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető

a gyomorrák a negyedik leggyakoribb daganat a második vezető oka a rák okozta halál a világon, amely befolyásolja mintegy 800.000 ember és 65.000 daganatos betegséghez kapcsolódó halálesetek évente [1]. Korábbi tanulmányok azt mutatták, hogy az aberráns sejt-metabolizmus egyik legfontosabb jellemzője közben tumorigenezis és rák progressziójának [2], [3]. Speciálisan, átprogramozása energia metabolizmus már szerepel, mint egy feltörekvő fémjelzi a rák [4] és a rendellenes energia-anyagcserét is kimutatható a különböző emberi rákos, azaz a rákos sejtek újraprogramozni a metabolizmus növekedése glikolízis helyett mitokondriális oxidatív foszforiláció generálni sejt energia [5]. Tissue hypoxia kulcsfontosságú hajtóereje vezet a sejtek anyagcseréjét reprograming [6]. Under hypoxia környezet sejt glikolízis okozta, és vezet, hogy növelje a sejtek szaporodását és viszont, amely egy ördögi kör hipoxia-proliferáció növekvő hipoxia, amelyek elősegítik a sejtek transzformációját és a rák progressziója [7]. A gén szinten, hipoxia indukálható faktor-1 (HIF-1) az elsődleges oxigénre érzékeny transzkripciós aktivátor és segíti a sejtek, hogy alkalmazkodjanak az alacsony oxigén tenzió (hipoxia) [8]. HIF-1 áll egy konstitutívan expresszált β-alegység és egy hipoxia-indukálható α-alegység. Az utóbbi (HIF-1α) csak stabilizált hipoxiás körülmények között, és szabályozza a HIF-1 transzkripciós aktivitását [9]. A mai napig, a HIF-1α Látható, hogy aktiválja több célpont gének, mely magában foglalja a döntő vonatkozása rák biológia, beleértve eritropoiezis, angiogenezis, glükóz metabolizmus, sejt proliferációjának /túlélésének és az apoptózist [10]. HIF-1α kölcsönhatásba léphet egyéb rákkal összefüggő transzkripciós faktorok (TF) és egy egységet alkotnak TF-gén transzkripciós szabályozó hálózat alatt a rák kialakulásában és előrehaladásában. Így egy koncepció nem meglepő módon emelt, hogy a rákos sejtek differenciális és kóros transzkripciós minták összehasonlítva a normális sejteket [11]. Korábbi tanulmányok azt mutatták, up-reguláció HIF-1α expressziója gyomorrákban szövetek és sejtek [12], [13], míg az éppen alatta szabályozó mechanizmusok még meg kell határozni. Így, ebben a tanulmányban felhasznált a Affymatrix Exon tömbök, hogy azonosítsa a differenciális génexpresszió profil a gyomorrák szövetekben, és végzett valós idejű PCR és Western-blot-analízissel, hogy érvényesítse a adatokat. Mi tovább épített az aberráns TF-gén transzkripciós szabályozó hálózat kapcsolódó HIF-1α expressziója integrálásával transzkripciós szabályozó elem az adatbázisban (TRED) [14] és a génexpressziós profil segítségével cytoscape szoftver. Ez a tanulmány azonosítani szisztematikus kifejtését a kapcsolódó transzkripciós szabályozás módok összefügg hypoxia, és az értékes információk jövőbeli biomarker és újszerű kezelési stratégiájának gyomorrák. Katalógusa

Eredmények és megbeszélés katalógusa

profiljának elemzése differenciáltan expresszálódó gének gyomorrák versus normál szövetek katalógusa

azonosítani a differenciáltan expresszálódó gének gyomorrák, kihasználtuk a Affymatrix Exon tömbök, amelyek 17.800 emberi gének profil öt pár gyomorrák és a normál szövetekben (a betegek információs voltak kimutatta táblázat S1). Találtunk egy összesen 2546 differenciáltan expresszálódó gének, amelyek közül 2422 volt akár szabályozott és 124 voltak meg-szabályozott (táblázat S2). Pontosabban, HIF-1α szignifikánsan erősen expresszálódik gyomorrák szövetekben, mint a szomszédos normális szövetekben (P < 0,01). Mi is alátámasztotta a microarray adatok elvégzésével kvantitatív real-time RT-PCR és Western blot másik 10 pár gyomorrák vs. normál szövetekben (a betegek információs arra mutatott táblázat S1). A HIF-1α mRNS expressziója megmutatta 2,55 ± 0,56 felhajtható-szabályozás daganatszöveteken vs. normál is (p < 0,01); Western-blot analízis azt mutatta, egyértelmű elválasztása a relatív protein sűrűsége HIF-1α a rákos szövetekben (0,41 ± 0,24) vs. normál is (0,17 ± 0,15), a P < 0,01, eredmények láthatók az 1. ábrán, és ábra S1. Valóban, egy korábbi tanulmány kimutatta, hogy a HIF-1α-ben mindenütt expresszálódik a humán és az egér alatti szövetek hypoxia [15] és a gyomorrák szövetekben [12], [13], amelynek fokozott mértékű expressziója volt rossz prognózissal társul a gyomor rákos betegeknél [12 ], [13]. Így tovább elemezzük a HIF-1α túltermelése kapcsolódó TF és a bennük rejlő célzást gének gyomorrákban szövetekben. Katalógusa

azonosítása HIF-1α túltermelése kapcsolódó TF és a bennük rejlő célzást gének gyomorrák szövetek katalógusa

azonosításához HIF-1α túltermelése kapcsolódó TF és azok lehetséges célzási gének transzkripciós szabályozó elem az adatbázisban (TRED) egyedülálló eszköz elemzésére egyaránt cisz katalógusa - és transz katalógusa - szabályozási elemek emlősökben, amely segít, hogy jobban megértsék a átfogó gén rendeletek és szabályozó hálózatokban, a különösen szinten transzkripciós szabályozás. Így, az integráció génexpressziós és szabályozási információk TRED, elemeztük a HIF-1α és a többi négy HIF-1α kapcsolatos transzkripciós faktorok (pl NFκB1, BRCA1, STAT3, és STAT1), amelyek az egészet szabályozott gyomorrákban szövetek és megállapította, hogy képződött ezek TF-gén szabályozó hálózatok 82 gének, 79 amelyek közül felülszabályozott és 3. le-szabályozott (táblázat S3). 2. ábra szerint a bi-klaszterek elemzését a 82 differenciáltan expresszálódó gének gyomorrák szövetek versus normál szövetekben. Katalógusa

Ezt követően, az adatbázison keresztül Jegyzet, megjelenítése és integrált Discovery (DAVID) [16] alkalmazták a funkcionális annotáció ezek 82 differenciáltan expresszálódó géneket. Mi szerepel az első négy betegség osztályok, amelyek ezekhez a 82 aberráns gének (1. táblázat), és megállapította, hogy a legjelentősebb osztály Rák 29 gén majd Fertőzés (18 gén), szív- és érrendszeri (25 gén) és az immunrendszer betegség (26 gén) .

azonosítása gyomorrák kapcsolódó transzkripciós faktor gén (TF-gén) hálózat katalógusa

Ennek alapján transzkripciós szabályozó elem adatbázis és génexpressziós megkonstruáltuk transzkripciós szabályozó hálózat kapcsolódik HIF- 1α ↔ NFκB1 → BRCA1 → STAT3 ← STAT1 ezekkel 82 gének gyomorrák szövetekben. Adataink azt mutatják, hogy ezek a gének 82 alkothat 95 különböző szabályozási módok (3A) és a részletes TF-gén szabályozása módok adatok táblázatban az S4. Katalógusa

Annak érdekében, hogy jobban megértsék a szabályozási hálózatot építettünk egy rövid keretében hálózat (3B ábra). Transzkripciós faktorok HIF-1α ↔ NFκB1 → BRCA1 → STAT3 ← STAT1 képesek voltak keretét képezi a szabályozási hálózat által, amely közvetlenül szabályozott 21, 45, 2, 12, és 10-gének esetében. NFκB1 közvetlenül szabályozza a HIF-1α és igaz, hogy a többség a szabályozási hálózat közvetlenül szabályozza a HIF-1α (21/82) és NFκB1 (45/82), a kulcsfontosságú szabályozó kapcsolódó hypoxia és a gyulladás rákok [ ,,,0],17]. Gyomorrák jellemzi szöveti hipoxia és a krónikus gyulladás (például a Helicobacter
pylori fertőzés). A mi jelenlegi vizsgálatban a HIF-1α szignifikánsan felülszabályozott a gyomorrák, mint a szomszédos normális szövetekben (P < 0,01). Sőt, a jelenlegi adatok azt mutatták, hogy expressziója több mint 20 a gének, amelyek közvetlenül szabályozza a HIF-1α megváltozott a gyomorrák szövetekben, köztük NFκB1, a kulcs szabályozó molekula gyulladás és rák [18] és megcélzása NFkB hasznos lehet kemoprofilaxisában különböző humán rákos [19]. katalógusa

a downstream szabályozási útvonal hálózat elsősorban szabályozza STAT3 (12/82) és STAT1 (10/82), tagjai jelátvivő és transzkripciós aktivátor család ( STAT). STAT jelátviteli a Jak egy kanonikus útvonal szabályozása géneket, amelyek részt vesznek számos fiziológiai folyamatokban átvitelével jeleket a sejtmembrán a sejtmagba [20]. Szabályozni parakrin citokin jelátvitel és változtatások metasztázisok STAT3 fejt ki mind a tumor-külső és belső hatások [21]. Célzás Jak-STAT3 jelátviteli útvonal úgy, mint egy potenciális terápiás stratégia, különösen az összefüggésben a tumor gyulladás és immunitás [21]. Folyamatos deregulációja gének tartósan aktivált NFkB és STAT3 tumor mikrokörnyezet két alapvető kérdésről gyulladás és malignus progresszió [17]. Egy korábbi tanulmány kimutatta, a kooperatív hatás STAT3 és a HIF-1α aktiválása gének alatt hypoxia környezet vesesejtes karcinóma sejteket [22]. Az a specifikus mechanizmus Jak-STAT aktiválása, különösen STAT3 gyomorrákban még nem határozták meg, de a jelenlegi adatok azt mutatták, szignifikánsan magasabb JAK1 STAT3 és STAT1 kifejezés gyomorrákban szövetekben. Katalógusa

Function elemzése az agy -gén katalógusa

egy adott transzkripciós faktor szabályozza tucat, ha nem több száz, a cél gének, míg az egyik gén szabályozza különböző TF gén szabályozó hálózatok. Így feltételezhető, hogy kerékagy gének szabályozzák számos transzkripciós faktor egyidejű gyomorrák, amelyek szinergetikus hatást az emberi karcinogenezis. A jelenlegi tanulmányban azonosított hét gén (beleértve MMP1, TIMP1, TLR2, FCGR3A, IRF1, FAS, és TFF3), amelyek közvetlenül szabályozzák legalább két fő transzkripciós faktorok, legtöbbjük hub csomópontokat összekötő a NFκB1 és STAT útvonal (4. ábra). Mivel transzkripciós faktorok szabályozzák a target gének egy transzkripciós függött módon modulálja a mRNS expressziója, itt végeztünk qRT-PCR vizsgálni kifejezése TIMP1 és TFF3 mRNS két célgénjeit HIF-alfa relatív expresszióját TIMP1 és TFF3 mRNS 1,58 ± 0,25 és 2,16 ± 0,59 felhajtható szabályozott tíz tumor vs. normál szövetekben, illetve (1. ábra).

Ezen kívül, a család mátrix metalloproteinázok (MMP-k) a fő extracelluláris mátrix remodelling enzimek, aktivitása ami annak az eredménye közötti kölcsönhatás tumorsejtek és a tumor mikrokörnyezetében és szorosan vezérli a transzkripciós aktiválás, beleértve a komplex proteolitikus aktiválás kaszkád valamint endogén rendszer szöveti inhibitorai metalloproteinázok (TIMP-ek) [23]. MMP1 leírták, hogy részt vesz a gyomor rákos sejtek invázióját [24]. Sőt, TLR2 tagja toll-like receptorok és alapvető szerepet játszik a kórokozó elismerése és aktiválását a veleszületett immunitás az NFkB. TLR2 működhet kezdeményező számára, amely a fertőzött vagy sérült sejtek egy második esélyt, hogy dolgozzon ki a rákos sejteket, és szabályozatlan sejtburjánzás [25]. Eközben az Fc fragmens IgG, alacsony affinitású IIIa receptor (FCGR3A, más néven CD16a) tartozik, az Fc gamma receptor-család (FCGR). FCGR3A
polimorfizmus társult fogékonyság bizonyos autoimmun betegségek és FCGR3A fontos szerepe van megszüntetésével immunkomplexek a szervezetből, és szintén részt vesz a citotoxikus válaszok tumorsejtek ellen és a fertőző ágensek [26]. Az interferon szabályozó faktor (IRF) -1 szintén egy immunrendszer aktív molekula és a gyulladásos folyamat szabályozó, az aktiválás IRF-1 és az NF-kB-t találtuk, hogy egyidejűleg aktiválódik a melanoma [27]. Ezen túlmenően, polimorfizmusok a lóhere faktor 3 ( TFF3
) promoter jártak gyomorrákos fogékonyság [28] és TFF3 szabályozták mind a HIF-1 és NFkB [29]. Túlexpressziója TFF3 egy független indikátora teljes túlélése gyomorrákos betegek [30]. Ismét, FAS (más néven TNFSF6 /CD95 /Apo-1) tartozik, a tumor nekrózis faktor receptor-szupercsalád (tag 6), és lényeges szerepet játszik szabályozásában extrinsic apoptózis útvonal [31]. Csökkentett FAS expresszióját összefüggésbe hozták a megnövekedett kockázata a rák által alulszabályozása FAS-közvetített apoptózis [32]. Azonban a jelenlegi adatok azt mutatták, ellentmondásos magas expressziós szintjének FAS gyomorrákban szövetekben ad további tanulmányokra van szükség, hogy erősítse meg azt. Összességében, megváltozott expressziója ezeknek a géneknek a gyomorrák szövetekben igények további hitelesítési biomarkerek gyomorrák diagnózis és a prognózis. Ezek a gének kulcsfontosságúak a gyulladás és az immunrendszerrel összefüggő betegség, ami szintén azt jelzik, hogy fontos a Helicobacter pylori fertőzés katalógusa gyomorrákban kialakulásában és progressziójában. Katalógusa

Anyagok és módszerek katalógusa

Tissue példányok katalógusa

az összesen 15 gyomorrákos betegek vettek fel a rák és a távoli normális szövet gyűjtemény az első Kórház Jilin Egyetem, Changchun, Kína. Ez a tanulmány által jóváhagyott Etikai Bizottsága College of Basic Medical Sciences, Jilin Egyetem, minden betegnek hozzájárult egy írásos beleegyező nyilatkozatot. Az adatok elemzését névtelenül. Minden szövetet vettünk műtét szobába, és lefagyasztottuk és folyékony nitrogénben tároltuk 10 percen belül, miután a reszekció. A TNM és szövettani osztályozás szerint végeztük World Health Organization (WHO) kritériumok. Katalógusa

RNS izolálás és microarray hibridizáció és szkennelés katalógusa

A szöveti RNS-t izoláltunk Trizol (Invitrogen, CA, USA) és tovább tisztítjuk az RNeasy Mini kit (Qiagen, Düsseldorf, Németország), a gyártó utasításai szerint. RNS-koncentrációt ezután alkalmazásával határoztuk meg a UV2800 ultraibolya spektrofotométerrel (UNIC, NY, USA), A260 /A280 aránya 1.8~2.0 és RNS-koncentrációt mozgott 100 ng /ul és 1 ug /ul.

GeneChip Human exon 1.0 ST (Affymetrix, CA, USA) használtunk profil differenciáltan expresszálódó gének gyomorrák szövetekben vs. normál is protokoll szerint által nyújtott Affymetrix (P /N 900223). Röviden, 1 ug RNS-templátot használjuk reverz transzkripcióval cDNS-be, és a cDNS mintákat emésztettünk cDNS fragmenseket endonukleázokkal, és azután jelölt DNS-jelölő reagenst által biztosított Affymetrix. Ezt követően, a jelzett cDNS mintákat használtuk próbaként hibridizálnak a tömb chipek inkubálással 45 ° C-on és forgattuk 60 fordulat 17 órán át. Miután mosott és festett a chipek után hibridizáció, a zsetonokat szkennelése GeneChip Scanner3000 a GeneChip operációs szoftverrel (GCOS). Minden eszközt, chips, és reagenseket összes vásárolt Affymetrix. Katalógusa

elemzése differenciáltan expresszálódó gének rákos versus normál szövetekben katalógusa

GeneChip operációs Szoftver alkalmaztak, hogy elemezzék a chipek és bontsa ki a nyers képek jel adat. A GEO adatállományok NCBI számát, a tanulmány: GSE56807. Nyers jel adatokat ezután az importált és elemezzük Limma algoritmus azonosítani a differenciáltan expresszálódó gének. A lineáris modellek és az empirikus Bayes módszerek voltak az adatok elemzésére. Ez megakadályozta egy olyan gént, ami igen kis szeres változást lehessen megítélni, mint differenciáltan expresszálódó csak azért, mert egy véletlen kis maradék SD. Az így kapott P értékek beállítása a BH FDR algoritmus. Gének tartották jelentősen eltérően expresszált, ha mind a FDR értékeket volt < 0,05 (vezérlés a várható FDR, hogy nem több, mint 5%) és a génexpresszió megmutatta, legalább 2-szeres közötti változásokat a rák és a megfelelő normális szövetekben Log2FC > 1 vagy log2FC < -1, P-érték < 0.05.

kvantitatív valós idejű RT-PCR

QRT-PCR elemzés, kevesebb, mint 5 jig teljes RNS-t reverz transzkripcióval cDNS-t, 1 ^{ST cDNS-szál Synthsis Kit (Takara , Dalian, Kína); Az mRNS emberi HIF-1α, TIMP1 és TFF3 vizsgáltuk qRT-PCR SYBR Premix ExTaq (Takara, Dalian, Kína) és az Applied Biosystems 7300 Fast Real-Time PCR System. A relatív mRNS normalizálódtak béta-aktin expresszióját összehasonlító Ct módszer (2 -ΔΔCt, ΔCt = Ct _{target-Ct β-aktin, ΔΔCt = ΔCt tumor ΔCt normál). Minden primereket terveztünk Primer Premier 6 Software, primer szekvenciák amplifikálására került a 2. táblázatban felsorolt ​​adatok a QRT-PCR elemeztük GraphPad Prism 5.0 változat, a csoportok közötti különbségek statisztikai értékelését a minta egy Student-féle t-teszt p érték < 0,05 tekintettük szignifikánsnak.}}

Western-blot-analízis

1 mm ^{3 szöveti mintákat csiszolt folyékony nitrogénnel, majd homogenizáljuk sejt lízis pufferben (Beyotime, Kína) a 4 ° C-on 30 percig, eltávolítjuk a sejttörmeléket centrifugálással 10000 rpm-en 20 percig 4 ° C-on. A fehérje-koncentrációt analizáltuk Bradford protein vizsgálattal (Bio-Rad, USA). Az egész fehérjét elválasztottuk 10% SDS-PAGE, majd átvisszük PVDF membránra (0,45 um) 2 órán át. 2 óra eltelte után a blokkoló 5% tejjel TBST-ben, inkubáltuk a membrán egér anti-HIF-1α (Santa Cruz, CA, USA) 1:200 hígítás és egér anti-β-aktin (Proteintech, USA) 1: 2000 hígításban 4 ° C-on 12 órán és ezt követően 2 órán inkubáljuk kecske anti-egér IgG-t (Proteintech, USA) 1:2000 hígításban. Mosás után a TBST, észlelte a membrán jelekké chemilumineszcenciával ECL (Beyotime, Kína). Az Image J szoftvert alkalmazott mennyiségi elemzésének HIF-1α jelintenzitásai normalizált a β-aktin-szintre. Az adatokat elemeztük GraphPad Prism Version 5.0, a csoportok közötti különbségek statisztikai értékelését a minta egy Student-féle t-teszt p-érték < 0,05 tekinthető jelentősnek. Katalógusa}

Építőipari transzkripciós faktor gén alapuló hálózat génexpressziós profil és transzkripciós szabályozó elem tárol

transzkripciós faktor (TF) génjét hálózat alapján szerkesztettük gén expressziós profiljának és transzkripciós szabályozóelem adatbázis (TRED) használva cytoscape szoftver szerint a szabályozó kölcsönhatás, és a differenciális expressziós értékek az egyes TF és gén. A szomszédsági mátrix TF és a gének által készített attribútum közötti kapcsolatok minden gén és TF. Az ellipszis TF-gén hálózatért gének piros (up-szabályozott) és a zöld (leszabályozott), a háromszögek jelentése transzkripciós faktorok. A kapcsolat a TF és célokat képviselő nyilak, a nyíl irányában volt a forrás és a cél. Katalógusa

Elemzés A betegséggel kapcsolatos gének és gén útvonal kommentár katalógusa

adatbázis Jegyzet, látványterv és az integrált Discovery (DAVID) funkcionális magyarázat szoftvert alkalmaztak, hogy elemezzék a funkcionális gazdagítása a hibás gének. "GENETIC_ASSOCIATION_DB_DISEASE_CLASS" opciót a tájékoztatást a betegség társulása gazdagodását géncsoport. Azért választottuk a "GENETIC_ASSOCIATION_DB_DISEASE_CLASS" azonosítására betegség osztály gazdagodás és a "KEGG_PATHWAY" az út dúsítással Benjamini meghatározó módszer jelentős dúsítás score≥1.3. Katalógusa

alátámasztó információk katalógusa ábra S1.
Western blot analízis a HIF-1α, 10 pár gyomorrák és a normális szöveteket.
doi: 10,1371 /journal.pone.0099835.s001 katalógusa (DOC) katalógusa táblázat S1.
Betegek adatokat. katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0099835.s002 katalógusa (DOC) hotelben táblázat S2.
összefoglalása 2546 differenciáltan expresszálódó gének gyomorrák szövetekben, mint a távoli normális szövetekben. A génexpressziós szinten gyomorrák szövetekben vs. távoli normális szöveteket legalább 2-szer más a p-érték < 0,05. Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0099835.s003 katalógusa (XLSX-)
táblázat S3.
összefoglalása these82 differenciáltan expresszálódó gének TF-szabályozó hálózat gyomorrákban szövetekben. katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0099835.s004 katalógusa (XLSX-) hotelben táblázat S4.
95 rendelet módok által kialakított 82 eltérés gének TF-gén szabályozó hálózat. Minden szabályozás információ származik transzkripciós szabályozó elem az adatbázisban (TRED). Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0099835.s005 katalógusa (XLSX-) hotelben

Köszönetnyilvánítás katalógusa

Mi is köszönjük a Medjaden Bioscience Limited (Hong Kong, Kína) szerkesztési és lektorálás ez a kézirat. katalógusa

• PLoS One: szimulációja Swansons Irodalom alapú Discovery: Az anandamid kezelés gátolja a gyomorrák sejtek in vitro és in Silico
• PLoS One: Az interleukin 17A Elősegíti gyomorkarcinóma invazív keresztül NF-kB közvetített mátrix metalloproteinázok 2. és 9. Expression