PLOS ONE: MUC5AC Upstream complejas polimorfismos de longitud repetitiva región son asociado con la susceptibilidad y clínicos de fase gástrica Cancer

Extracto

MUC5AC se considerará que se ha implicado en la carcinogénesis gástrica ya que la expresión aberrante de MUC5AC se ha detectado en varias ocasiones en los pacientes con cáncer gástrico (GC). En este estudio, los polimorfismos de longitud en una región repetitiva complicado adyacente a MUC5AC
promotor se evaluaron en 230 pacientes con GC y 328 controles sin cáncer. Los alelos de 1,4 y 1,8 kb fueron significativamente más frecuente en el grupo GC que en los controles. En contraste, 2.3 y 2.8 kb alelos se produjeron a frecuencias significativamente menor en pacientes que en los controles. Los alelos se clasificaron en susceptible (S; 1,4 y 1,8 kb), de protección (P; 2,3 y 2,8 kb) y nulo (N; todos los otros alelos) categorías con respecto a su vinculación con la susceptibilidad a la GC. Los individuos con el genotipo SS tenían un riesgo 2,7 veces mayor de ocurrencia de GC, pero PN genotipo se asoció con una reducción significativa del riesgo de este cáncer. Por otra parte, los individuos homocigotos o heterocigotos con una o dos copias del alelo 1,4 kb mostraron una edad más temprana de inicio y la metástasis etapa más avanzada en comparación con los pacientes sin este alelo (Bonferroni corregido p = 1,35 × 10 ^{-4 y 6,60 × 10 -4 consecuencia), mientras que los pacientes homocigotos con dos copias del alelo 1,8 kb estaban vinculados a la etapa GC TNM menos avanzada. Nuestros resultados sugieren que ciertas variaciones genéticas en MUC5AC
aguas arriba región repetitiva están asociados con la susceptibilidad y la progresión de GC}

Visto:. Wang C, Wang J, Liu Y, Guo X, Zhang C (2014) MUC5AC
Upstream complejas polimorfismos de longitud repetitiva región están asociados con la susceptibilidad y la etapa clínica del cáncer gástrico. PLoS ONE 9 (6): e98327. doi: 10.1371 /journal.pone.0098327

Editor: Javier S. Castresana, Universidad de Navarra, España |

Recibido: 14 Febrero, 2014; Aceptado: 30 de abril de 2014; Publicado: June 2, 2014

Derechos de Autor © 2014 Wang et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan

Financiación:. Este trabajo fue apoyado por la Fundación Nacional de Ciencias Naturales de China para la Innovación Research Group (Nº 81370590). Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito

Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia

Introducción

el cáncer gástrico (CG) es una de las enfermedades más comunes y la segunda causa principal de muerte relacionada con el cáncer en todo el mundo [1]. Sin embargo, su mecanismo no está claro. A pesar de que algunos factores ambientales, como la dieta, el tabaquismo y Helicobacter pylori
, puede contribuir a la carcinogénesis de las células epiteliales gástricas [2] - [4], sólo una fracción de la población expuesta a tales factores de riesgo a desarrollar CG durante su vida. Esto sugiere que los factores genéticos juegan un papel crucial en la determinación de la susceptibilidad de un individuo a GC [5], [6].

Las mucinas son un grupo de proteínas diversas y complejas, altamente glicosilada extracelular importantes en el mantenimiento de la homeostasis del epitelio. Las células cancerosas se observan a menudo para expresar formas aberrantes o cantidades de las mucinas, y se cree que estas aberraciones de desempeñar un papel en la carcinogénesis, especialmente en la regulación de la diferenciación de células tumorales, la proliferación y la invasión tumoral [7]. Por ejemplo, la sobreexpresión de MUC1 y MUC4 en varias formas diferentes de adenocarcinoma contribuyó a la regulación de la proliferación de células de cáncer a través de una interacción con el regulador de factor de crecimiento epidérmico (EGFR) y quinasas reguladas por señales extracelulares [8]. Velcich et al
. demostrado que Muc2
^{- /- ratones desarrollan adenomas en el intestino que progresan a adenocarcinomas invasivos [9], lo que sugiere un papel protector para MUC2 en la tumorigénesis intestinal}

MUC5AC es un secretada. mucina de formación de gel y un marcador de células epiteliales gástricas foveolares [10]. MUC5AC se considerará que se ha implicado en la carcinogénesis gástrica desde que se encontró carcinoma gástrico para contener un nivel inferior de expresión de MUC5AC de mucosa gástrica normal [11] - [13], y varios estudios clínicos demostraron que el nivel de expresión de MUC5AC se asoció con la gravedad de GC; sin embargo, estos datos eran incompatibles [12], [14]. Ha habido poca investigación sobre la función de MUC5AC y los mecanismos que subyacen a su papel en el desarrollo de GC, hasta hace poco se informó de que el silenciamiento de MUC5AC, utilizando un lentivirus que contiene ARN de horquilla pequeña, aumento de la invasión de células de cáncer gástrico y la migración in vitro [13]. Esto se suma a la evidencia de que los niveles alterados de la expresión de MUC5AC pueden estar involucrados en la patogénesis de GC. polimorfismos genéticos funcionales en la región de regulación pueden afectar MUC5AC
la expresión génica y luego contribuir a la susceptibilidad de un individuo al cáncer gástrico.

regiones repetitivas de ADN son comunes en todo el genoma humano y se caracterizan por sus dinámicas, características inestables [15], [16]. Ellos son el principal generador de variación genética y se considera que la base de variabilidad genética sustancial, con nuevas mutaciones en tales regiones que explica gran parte de la heredabilidad 'perdido' en enfermedades poligénicas [17], [18], incluyendo GC [19]. Sin embargo, este tipo de variación genética no puede ser incluido en los estudios de asociación de genoma completo (GWAS) paneles y es difícil de evaluar de forma fiable. revisión intensiva de la MUC5AC
región de regulación aguas arriba y alrededor identificado una región repetitiva complicado (denominado MUC5AC-u
región repetitiva). Se realizó este estudio de casos y controles para determinar la naturaleza y extensión de los polimorfismos genéticos dentro de esta región, y para explorar la asociación de cada variante genética con la aparición y progresión de la GC.

Métodos

búsquedas y análisis de la región aguas arriba de la base de datos MUC5AC

la UCSC genoma navegador (http://genome.ucsc.edu) y la liberación GRCh37 /hg19 del genoma humano se utilizaron para generar un mapa que muestra la ubicación y las principales características genómicas del gen MUC5AC
, incluyendo la histona H3 lisina 27 de acetilación (H3K27AC) de estado, sitios de unión de factores de transcripción, los polimorfismos de un solo nucleótido comunes (SNP), y repetitiva secuencia genómica características de la región aguas arriba. La secuencia de ADN de la región aguas arriba ha sido descargado de la Ensembl (http://useast.ensembl.org/Homo_sapiens/Información /Índice).

Ética declaración

Este estudio se realizó con el aprobación del Comité de Ética médica de la Universidad de Shandong y el consentimiento informado por escrito se recibió de todos los sujetos. El manuscrito no contiene información de identificación del paciente. Se analizaron los datos de forma anónima y se llevaron a cabo todas las investigaciones clínicas de acuerdo con los principios expresados ​​en la Declaración de Helsinki.

Los sujetos del estudio

Doscientos treinta pacientes con GC fueron reclutados en la provincia de Shandong, al noreste China, entre enero de 2011 y diciembre de 2012. Todos los diagnósticos de GC fueron confirmadas patológicamente; criterios de exclusión incluyeron un historial de cáncer de cualquier otro órgano (no originario de estómago) o tener únicamente radioterapia o quimioterapia. Trescientos veintiocho individuos libres de cáncer sin ningún tipo de cánceres detectables o conocidos se recogieron como controles. Todos estos sujetos se viven en las mismas zonas residenciales como los casos, la gran mayoría de ellos fueron seleccionados de entre los voluntarios sanos, y una pequeña porción de nuestros controles de edad se obtuvieron de pacientes con enfermedades cardiovasculares leves de los hospitales. Su edad y el sexo fueron comparados con los de los pacientes con GC. Todos los sujetos fueron no relacionadas genéticamente étnicos chinos Han. Cada sujeto fue evaluado en forma individual con un cuestionario previamente probado para obtener datos demográficos e información sobre los factores de riesgo relacionados, incluyendo el tabaquismo y consumo de alcohol. Los individuos que fumaban al menos una vez al día durante más de un año se definieron como los fumadores, y los que consumen tres o más bebidas alcohólicas por semana durante más de seis meses fueron considerados bebedores de alcohol. Los datos clínicos y las características patológicas de los pacientes se recogieron y se confirmaron sus registros de la historia clínica y cuestionarios, y el tumor de GC, el nodo y la metástasis (TNM) etapas se clasificaron según el sistema de la Organización Mundial de la Salud (OMS).

Las muestras y extracción de ADN

Un ml de muestra de sangre periférica se recogió de cada sujeto. El ADN genómico fue aislado de cada muestra usando una técnica de extracción de sal modificado [20].

Se obtuvieron muestras de tejido de 36 pacientes GC en nuestra cohorte, y muestras de cada paciente consistía en tejido canceroso, la respectiva para-carcinoma (definida como 1.0 cm de distancia de la masa tumoral) y los tejidos circundantes de la mucosa gástrica no cancerosos. ADN genómico fue extraído a partir de estas muestras utilizando la sangre y cultivo celular DNA Mini Kit (Tiangen Biotech, Pekín, China).

Evaluación del alelo tamaños

MUC5AC-u
genotipado región repetitiva se realizó utilizando la reacción en cadena de la polimerasa (PCR); las secuencias de los cebadores específicos de genes utilizados fueron los siguientes: sentido 5'-TCCACCCTAACCCTGTCAGCCGC-3 '; antisentido 5'GTGGCAGGAGTGTGGGGAAAGG G-3 '. amplificación por PCR de ADN se realizó en un volumen total de reacción de 50 l, que contiene 100 ng de ADN genómico, 0.2 M de cada cebador y 25 l Primestar Max ADN polimerasa (Takara, Japón). PCR se realizó en un 9700 Thermacycler (Perkin-Elmer, CA, EE.UU.) como sigue: una desnaturalización inicial de 5 minutos a 94 ° C, seguido de 30 ciclos de 10 s a 98 ° C y 2 minutos a 68 ° C. Los productos de PCR fueron analizados por electroforesis en gel (1 volt /cm) en tampón TAE a través de gel de agarosa al 1,0%.

secuenciación del ADN de ensayo

Para confirmar los resultados de genotipado, muestras de ADN amplificados por PCR (amplicones ) fueron seleccionados y enviados a BGI Tech (Pekín, china) para la purificación y secuenciación de Sanger. Este ensayo se realizó a ciegas con respecto a las muestras y estudio de diseño.

El análisis estadístico

software SPSS 13.0 (SPSS, Chicago, IL, EE.UU.) se utilizó para el análisis estadístico. Las diferencias en las variables demográficas, hábitos de fumar y beber, y las frecuencias alélicas agrupadas entre los participantes de casos y controles se compararon mediante la prueba de chi-cuadrado o la prueba exacta de Fisher. Se realizaron análisis de regresión para determinar la odds ratio (OR) para la asociación de GC y MUC5AC-u
genotipos región repetitiva entre los controles y los pacientes con cáncer gástrico. RUP se calcularon utilizando el logaritmo natural y su error estándar. La prueba de chi-cuadrado o la prueba exacta de Fisher se utilizaron para la comparación de las características clínicas y patológicas de los pacientes. Para permitir comparaciones múltiples, se corrigieron los valores de p (pc) utilizando la corrección de Bonferroni; pc = p × 31 como, a través de todo el estudio, se llevaron a cabo 31 pruebas estadísticas. Todas las pruebas fueron de dos caras, con PC. ≪ 0,05 se consideraron estadísticamente significativa

Resultados

Identificación de la MUC5AC-u
región repetitiva

revisión intensiva de la MUC5AC
región aguas arriba identificado un complicado 1710 pb región repetitiva (la llamada MUC5AC-u
región repetitiva) situado entre los nucleótidos -3162--1,452 aguas arriba del codón de iniciación ATG ( Figura 1). Esta posición es inmediatamente aguas abajo de un locus genómico con la capacidad de unirse varios factores de transcripción. La MUC5AC-u
región repetitiva contiene muchas repeticiones irregulares interrumpidas de diferentes longitudes y es una combinación complicada de microsatélites (por ejemplo, CTCA), minisatélite (por ejemplo, CATTCACT o CATTCACTCATT) y megasatellite (por ejemplo, ACCCATTCACTCACTCACTTATTCACTC) repite. En la región 5 ', se encontró una secuencia de 300 pb para ser duplicado exactamente, de cabeza a la cola.

Estudio de la población

Todos los individuos en el estudio (328 controles sin cáncer y 230 GC) pacientes eran de una población china Han y sin ningún tipo de enfermedad hereditaria conocida. Ambos grupos tuvieron una distribución similar de la edad, el sexo y el consumo de alcohol (χ ^{2 test, p = 0,875, p = 0,589, p = 0,770, respectivamente; Tabla S1). No hubo diferencia significativa en la distribución del consumo de cigarrillos entre los pacientes y los controles (p = 0,098). De acuerdo con el sistema TNM, 10,9%, 10,0%, 21,7%, 42,2% y el 15,2% de los pacientes en estadio 0, I, II, III y IV de la enfermedad, respectivamente (Tabla S2).}

Asociación de repetitivo genotipos región con el riesgo de GC

muestras de ADN genómico fueron aisladas de sangre completa de todos los sujetos y se utilizan como plantillas para amplificar el MUC5AC-u
región repetitiva. Ocho alelos con tamaños discontinuas que van desde 1,1 a 2,8 kb se identificaron en esta población china Han (Figura 2). El alelo de 1,1 kb era más común, los 1,8 y 2,0 kb alelos fueron menos comunes, y los demás fueron relativamente poco frecuentes (Tabla 1).

La distribución general de la MUC5AC-u
alelos región repetitiva entre los pacientes con GC diferían significativamente de la observada en los controles (χ ^{2 = 58,44, p = 3,09 × 10 -10). Para un análisis más detallado, las comparaciones de las frecuencias alélicas entre los pacientes y los controles se realizaron individualmente para cada alelo, utilizando la prueba de Fisher (Tabla 1). Los 1,4 y 1,8 kb alelos fueron significativamente más frecuentes en los pacientes con cáncer que en los controles (3,9% vs
0,0%, pc = 3,00 × 10 -6;. 35,4% vs. 25,8%, PC = 1,56 × 10 -2, respectivamente). Además, las frecuencias de los 2,3 y 2,8 kb alelos fueron significativamente inferiores en los pacientes con cáncer que en los controles (3,3% vs. 9,0%, p = 1,51 × 10 -4; 0,0% vs. 1,8%, p = 0,002 , respectivamente), y las comparaciones múltiples corregidos valores de p fueron 4,68 × 10 -3 para los 2,3 kb y 0.062 (sugerente) para el alelo 2,8 kb. No se encontraron diferencias significativas cuando se compararon las frecuencias de otros alelos entre casos y controles.}

Sobre la base de estas observaciones, se clasificaron los ocho alelos como susceptibles (S), protección (P), o nulo respecto al riesgo (N) como sigue: S, 1,4 o 1,8 kb; P, 2.3 o 2.8 kb; y N, todos los otros alelos. Veintiún MUC5AC-u
genotipos región repetitiva fueron totalmente identificados en nuestra población de casos y controles (Tabla S3), los genotipos se definen entonces como NN, SN, PN, SP, SS, y no había PP genotipo en nuestra cohorte. El genotipo más común (NN) fue designado como el grupo de referencia. Los individuos con el genotipo homocigoto SS tenían un 2,7 veces mayor riesgo de ocurrencia GC (OR = 2,683; IC del 95% = 1,554-4,361, pc = 0,012, Tabla 2). El genotipo PN se asoció con una reducción significativa del riesgo de CG (OR = 0,257; IC del 95% = 0,116-0,569, pc = 0,031). Ninguno de los genotipos heterocigóticos SN y SP se asoció con un cambio en el riesgo de CG (ambos p > 0,05).

Características clínicas y patológicas en el diagnóstico de pacientes con cáncer gástrico con diferentes MUC5AC-u
regiones repetitivas

Como se informó determinado número variable de polimorfismos de repetición en tándem para ejercer dual, los efectos sobre el riesgo y pronóstico del cáncer [21] en conflicto, se comparó la edad en las fases de inicio y clínicas entre los pacientes con y GC sin MUC5AC-u
regiones repetitivas de 1,4, 1,8 ó 2,3 kb separado

En nuestra muestra, quince pacientes GC (6,5%) llevaron el alelo de 1,4 kb.; tres de ellos eran homocigotos para este alelo y el resto eran heterocigotos. Significativamente mayores porcentajes de pacientes GC con al menos una copia del alelo 1,4 kb eran más jóvenes (< 50 años) los individuos o con T más avanzada (T4) y etapas M (M1) en comparación con aquellos que carecen de ella (66,7% vs. 17,2 %, p = 4,37 × 10 ^{-6; 93,3% vs. 58,6%, p = 0,006; 53,3% vs. 12,6%, p = 2,13 × 10 -5, respectivamente; valores PC = 1,35 × 10 -4, 0,186 y 6,60 × 10 -4, respectivamente, después de la corrección para comparaciones múltiples;. Tabla 3)}

Hubo 128 pacientes GC (55,7%) de la muestra que lleva a la versión 1.8 kb del MUC5AC-u
región repetitiva; 35 pacientes eran homocigotos para este alelo. pacientes homocigotos tendían a tener una mayor edad de aparición (≥ 50 años), y T menos avanzados (0-II etapa) etapas (TIS-T3), N (N0), y TNM en comparación con los pacientes que no eran homocigotos para la 1.8 kb alelo (5,7% vs. 23,1%, p = 0,021; 60,0% vs. 35,4%, p = 0,006; 51,4% vs. 29,2%, p = 0,010; 68,6% vs. 37,9%, p = 7,43 × 10 ^{-4, respectivamente), aunque la mayor parte de los valores nominales significativas p no sobrevivieron a la corrección de Bonferroni (Tabla 4)}

no se encontró individuos que muestran el genotipo homocigoto 2.3 /2.3 kb de la muestra.; sin embargo, quince pacientes GC (6,5%) eran heterocigotos para este alelo. pacientes heterocigotos eran de mayor edad en el inicio de GC que los pacientes que no eran, aunque este resultado fue en un nivel marginal de importancia y no sobrevivió a la corrección en función de múltiples pruebas. No hubo diferencia significativa en la distribución de las etapas del cáncer entre los pacientes T, N, M o TNM con una o ninguna copia del alelo 2,3 kb (Tabla 5).

Análisis de inestabilidad región repetitiva en tejidos de cáncer

a medida que las regiones repetitivas de ADN son inestables en diversos tumores malignos humanos, incluyendo GC [22], se determinó a continuación si el hipervariable MUC5AC-u
regiones repetitivas difieren en longitud entre el cáncer, para-carcinoma y los tejidos circundantes normales de 36 pacientes con cáncer gástrico. Los resultados no mostraron diferencias en el patrón de banda entre para-carcinoma y los tejidos normales en todos los 36 pacientes; sin embargo, no se observaron alteraciones de longitud en muestras de ADN de los tejidos de cáncer en dos pacientes GC (Figura 3). En ambos casos, se detectaron bandas que muestra un cambio de alelos largos en el tejido canceroso a alelos cortos en el tejido para-carcinoma. En un caso, un alelo cambió de 2.0 kb a una novela, alelo 0,9 kb, y, en otro caso, un alelo pasó de 2,3 kb a 1,4 kb. Entre los 36 pacientes con cáncer gástrico probados, la frecuencia de cáncer relacionados con la reordenación del genoma en el MUC5AC-u
región repetitiva fue del 5,6%.

secuenciación de Sanger de los 1.1, 1.4 y 1.8 kb alelos a partir de tres pacientes GC

amplicones de PCR de los 1,1 kb y 1,4 kb alelos de los tejidos de cáncer gástrico ADN fueron secuenciados con éxito utilizando la técnica de secuenciación de Sanger. Estas secuencias se enumeran en el apoyo a los archivos de información. No se pudo secuenciar el fragmento de un 1,8 kb amplicón (amplificación de PCR utilizando el ADN de tejido de cáncer gástrico), o cualquier otro fragmentos de > 1,8 kb, debido a la estructura complicada y repetitiva de la región diana y las limitaciones de la técnica. Las secuencias muestran la misma estructura genética principal y unidades repetitivas como la secuencia de referencia UCSC genoma, pero con diferentes longitudes totales. La inicial de 300 pb en el extremo 5 'de los 1,4 kb MUC5AC-u
secuencia de la región repetitiva se duplican exactamente en un patrón de cabeza a la cola.

Discusión

en este estudio, se evaluó la asociación de la variación genética en una región repetitiva cerca de la MUC5AC promotor
con el riesgo de aparición y la progresión de la GC. Nuestro estudio fue sugerido por las diversas funciones biológicas de MUC5AC en los estados sanos y enfermos, la ubicación única de la región potencial de la regulación de la expresión génica, la naturaleza altamente dinámica de la secuencia repetitiva, y el efecto de esta inestabilidad en la generación de nuevas mutaciones.

el análisis de 230 pacientes y 328 controles de GC mostró el MUC5AC-u
región repetitiva era altamente polimórficos, con ocho alelos diferentes (además de un alelo de 0,9 kb en el tejido de cáncer de paciente uno GC) estando presentes en una población china Han desde el noreste de china. Sobre la base de la distribución y las diferencias de frecuencias alélicas entre pacientes con cáncer gástrico y controles, estos ocho alelos se clasificaron en los alelos susceptibles (S: 1,4 y 1,8 kb), alelos protectores (P: 2,3 y 2,8 kb), y alelos nulos (N: el otros). Las personas que llevan dos alelos susceptibles (SS) tenían un 2,7 veces mayor riesgo de desarrollar CG, y el genotipo PN se asoció con un menor riesgo de cáncer gástrico. Nuestros hallazgos sugieren que la variación genética en esta región se asocia significativamente con la susceptibilidad a cáncer gástrico, y por lo tanto se suman a la evidencia existente de que los cambios en la expresión de MUC5AC está implicado en la patogénesis de esta enfermedad maligna.

En un análisis más detallado, nos encontraron que estas variantes genéticas no sólo estaban asociados con la susceptibilidad GC, sino también con su pronóstico. Hemos encontrado que los pacientes con el alelo de 1,4 kb tenían una edad más temprana de inicio GC y tenían más probabilidades de haber avanzado enfermedades estadio T y M. Como etapas T y M avanzadas están asociados con un mal pronóstico en general, nuestros resultados indican que los pacientes con el alelo GC de 1,4 kb estaban vinculados a una progresión más rápida de la enfermedad. En contraste, los pacientes homocigotos para el alelo 1,8 kb tendían a tener una mayor edad en el diagnóstico y menos avanzado T, N, y estadios TNM que otros pacientes, lo que indica este genotipo podría disminuir el riesgo de desarrollar cáncer gástrico avanzado y estar asociada con un mejor resultado

regiones repetitivas del genoma se han descartado como no funcionales de ADN "basura" con anterioridad.; Sin embargo, un estudio reciente encontró que hasta un 25% de los promotores de genes en el Saccharomyces cerevisiae
genoma contiene secuencias repetitivas [23]. Una distribución similar de repeticiones en tándem en los promotores de Homo sapiens
genes también demostró que los genes impulsado por los promotores de repetir que contienen tuvieron tasas significativamente mayores de divergencia transcripcional [23]. Un número de estudios han demostrado que muchas variaciones en las regiones repetitivas de promotores afectan la expresión génica y contribuir a la susceptibilidad genética a diversos trastornos humanos [24] - [26], y para los cánceres así como [27] - [29]. Varios mecanismos moleculares que pueden subyacer a los efectos de las regiones repetitivas en los promotores sobre la expresión génica; por ejemplo, pueden alterar el número de sitios de unión de factores de transcripción, generar cambios en el espaciado de los elementos promotores críticos, modular la actividad de las proteínas de unión a ARN o afectar a la estructura de la cromatina [23]. De acuerdo con la Enciclopedia de Elementos de ADN (ENCODE) conjunto de datos, disponible para su visualización y descarga a través de la UCSC Genome Browser (http://genome.ucsc.edu/), la región que contiene el MUC5AC-u
región repetitiva contiene grupos de sitios de unión de factor de transcripción conocido y está enriquecido para la histona H3 lisina 27 acetilación (H3K27ac), un marcador confiable para la cromatina activa. Así, las variaciones de longitud de esta región repetitiva podrían tener un impacto considerable en la estructura del ADN y el factor de transcripción vinculante y por ende en la regulación de genes. Por lo tanto, nuestro hallazgo de una asociación entre la longitud de la región repetitiva y un cambio en el riesgo de CG podría explicarse por alteraciones en los niveles de MUC5AC. Esto será explorado en estudios futuros, que investigará si los 1,4 y 1,8 kb alelos mejoran la actividad del promotor y si 2,3 y 2,8 kb alelos reprimirla. Tales estudios ayudarán a revelar el papel exacto que esta región representa en el desarrollo y pronóstico de la GC.

La inestabilidad genómica ha demostrado afectar la iniciación y progresión del tumor mediante la aceleración de la acumulación de las múltiples alteraciones genéticas responsables del desarrollo de las células cancerosas [30]. Aunque reordenamientos espontáneas de las regiones repetitivas se detectaron con más frecuencia en la línea germinal que en las células somáticas [31] regiones repetitivas, varios estudios han demostrado son inestables en diversos neoplasmas humanos [32] - [34], incluyendo GC [35]. Cuando se analizó el MUC5AC-u
longitud región repetitiva de ADN de tejidos normales y cancerosas de algunos pacientes con cáncer gástrico, encontramos dos ejemplos de alteraciones de longitud. Tanto convertidos largo para alelos cortos, y el alelo 1,4 kb, asociado en nuestro estudio con un mayor riesgo de GC, apareció en un caso. Aunque la frecuencia reordenamiento genético fue relativamente bajo, este resultado implica que la inestabilidad en este locus contribuye a la patogénesis del cáncer gástrico en algunos casos
.

La duplicación de un segmento de ADN de 300 pb en el comienzo de esta región repetitiva complicado es relevante en este contexto. Esta duplicación es probable que haya ocurrido varias veces para formar las variantes alélicas más grandes, que se diferencian entre sí principalmente en ~ 300 pb incrementos. Por ejemplo, se especula que el alelo 1,4 kb se generó por esta duplicación del alelo 1,1 kb, que es el alelo más común en la población estudiada. Esta duplicación caso puede estar asociada con la inestabilidad del genoma que está ampliamente implicado en la tumorigénesis, el desarrollo y la metástasis de cáncer gástrico. Hay informes de duplicación eventos similares en grandes exones repetitivas centrales de MUC5AC
[36].

A pesar de que no hemos logrado nuevas secuencias de las distinguen con la secuencia de referencia en tres pacientes seleccionados, de GC 1,1, 1,4 y 1,8 kb alelo fragmentos de ADN, encontramos muchos SNPs, que posiblemente podrían ser utilizados como sustitutos de los tamaños de los alelos y fuerte en LD con otros marcadores genéticos fuera de la región, además de las diferencias de longitud. Debido a la gran complejidad, duración y alta similitud en toda la región, y los límites de la técnica de secuenciación, no hemos podido secuenciar toda la región de los amplicones de ADN de todos los sujetos; por lo tanto, otras características de secuenciación y variantes genéticas no se han revelado muy probable. Por otra parte, no podemos saber si hay eventos de mutación genética más dramáticos ocurrieron en el ADN del genoma del tejido canceroso que será más difícil, pero es probable que sea más productivo.

A lo mejor de nuestro conocimiento, este es el primer informe para indicar la relación entre la variación genética en MUC5AC-u
región repetitiva y el riesgo de cáncer gástrico. Hemos demostrado ciertas variantes de longitud genética de la región repetitiva alrededor de la MUC5AC promotor
están asociados significativamente con la susceptibilidad a cáncer gástrico, y con sus estadios clínicos. Se requieren ensayos prospectivos a gran escala, como estudios sobre el mecanismo y bien diseñados, para validar nuestros resultados.

Apoyo a la Información
Figura S1.
alineación de secuencias múltiples de MUC5AC en U variantes de la región repetitivas. amplicones de PCR de los 1,1 kb, 1,4 kb y 1,8 kb de alelos el ADN de tejido de cáncer gástrico se secuenciaron utilizando la técnica de secuenciación de Sanger. A.1.1 kb secuencia completa. B. 1,4 kb secuencia completa. C. secuencia del alelo de 1,8 kb con un hueco en el lado 3 '
doi:. 10.1371 /journal.pone.0098327.s001 gratis (TIF)
Tabla S1.
Las distribuciones de las características seleccionadas en casos de cáncer gástrico y controles
doi: 10.1371. /journal.pone.0098327.s002 gratis (DOC) sobre Table S2.
etapas TNM en los casos de cáncer gástrico
doi: 10.1371. /journal.pone.0098327.s003 gratis (DOC) sobre Table S3.
Distribución de MUC5AC en U genotipos región repetitiva en los casos de cáncer gástrico y controles
doi:. 10.1371 /journal.pone.0098327.s004 gratis (DOC)

Reconocimientos

Los autores agradecen al Dr. Xiaowei Yang por su apoyo técnico, el análisis estadístico y discusión reflexiva. Reconocemos todos los sujetos en el estudio, y los esfuerzos de sus familiares.

• PLOS ONE: histona deacetilasa HDAC4 Promueve las células del cáncer gástrico SGC-7901 progresión a través de la represión p21
• PLOS ONE: La desregulación Expresión Prohibitin en el cáncer gástrico se asocia con la región no traducida 3 '1630 C > T polimorfismo y número de copia Variation