PLoS ONE: MUC5AC Upstream комплекс Серийное Регион Длина полиморфизмы ассоциированы с восприимчивостью и клинической стадии Желудочный Cancer

Абстрактный
<р> MUC5AC был признан участвовать в желудочном канцерогенезе, поскольку экспрессия аберрантное MUC5AC неоднократно обнаруживается у пациентов с рак желудка (GC). В этом исследовании, полиморфизм длины в сложном повторяющейся области, примыкающей к MUC5AC
промотор были оценены в 230 пациентов с GC и 328 без рака управления. Аллели 1,4 и 1,8 кб были значительно более распространены в GC группе, чем в контрольной группе. В отличие от этого, в 2,3 и 2,8 кб аллели происходило при значительно более низких частотах, у пациентов, чем в контрольной группе. Аллели затем были разделены на восприимчивых (S; 1,4 и 1,8 кб), защитная (P; 2,3 и 2,8 кб) и нулевой (N, все остальные аллели) категории в отношении их связи с восприимчивостью к GC. Лица с генотипом СС имели 2,7-кратное увеличение риска возникновения GC, но PN генотип был связан со значительным снижением риска развития этого вида рака. Кроме того, гомозиготные или гетерозиготные особи с одним или двумя копиями 1.4 кб аллеля показал более ранний возраст начала и более продвинутой стадии метастазирования по сравнению с пациентами без этого аллеля (Бонферони исправлен р = 1,35 × 10 ^{-4 и 6,60 × 10 -4 соответственно), в то время как гомозиготные пациентов с двумя копиями 1,8 кб аллели были связаны с менее продвинутой стадии ГХ TNM. Наши результаты свидетельствуют о том, что некоторые генетические вариации в MUC5AC
вверх по течению повторяющиеся области связаны с восприимчивостью и прогрессирования GC
<р> Образец цитирования:. Ван C, Wang J, Liu Y, Го X, Чжан C (2014) MUC5AC
Upstream комплекс Серийное Регион Длина полиморфизмы ассоциированы с восприимчивостью и клинической стадии рака желудка. PLoS ONE 9 (6): e98327. DOI: 10.1371 /journal.pone.0098327
<р> Редактор: Хавьер С. Castresana, Университет Наварры, Испания
<р> Поступило: 14 февраля 2014 года; Принято: 30 апреля 2014 года; Опубликовано: 2 июня 2014
<р> Copyright: © 2014 Ванг и др. Это статья с открытым доступом распространяется в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution, которая позволяет неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе, при условии, что оригинальный автор и источник кредитуются}

Финансирование:. Эта работа была поддержана Национальным фондом естественных наук Китая в сфере инновационной исследовательской группы (№ 81370590). Доноры не играет никакой роли в дизайн исследования, сбора и анализа данных, решение о публикации или подготовки рукописи
<р> Конкурирующие интересы:.. Авторы заявили, что не существует никаких конкурирующих интересов

Введение
<р> рак желудка (GC) является одним из наиболее распространенных злокачественных новообразований и второй ведущей причиной рака, связанных смерти во всем мире [1]. Тем не менее, механизм остается неясным. Хотя некоторые факторы окружающей среды, такие как диета, курение сигарет и хеликобактерной
, может способствовать канцерогенеза эпителиальных клеток желудка [2] - [4], только часть населения подвергается воздействию таких факторов риска разработать GC в течение своей жизни. Это говорит о том, что генетические факторы играют решающую роль в определении восприимчивости человека к GC [5], [6].
<Р> Муцины представляют собой группу разнообразных, сложных, высоко гликозилированного внеклеточных белков важную роль в поддержании эпителиальной гомеостаза. Раковые клетки часто наблюдаются выражать отклоняющиеся формы или количества муцина, и эти аберраций, как полагают, играют определенную роль в канцерогенезе, особенно в регуляции дифференцировки опухолевых клеток, пролиферации и инвазии опухоли [7]. Например, избыточная экспрессия MUC1 и MUC4 в нескольких различных формах аденокарциномы способствовало регуляции пролиферации раковых клеток посредством взаимодействия с регулятором эпидермального фактора роста (EGFR) и внеклеточных киназ сигнал-регулируемых [8]. Velcich и др
. показали, что Muc2
^{- /- мышей развиваются аденомы в кишечнике, что прогресс к инвазивным аденокарциномы [9], что указывает на защитную роль для MUC2 кишечной онкогенеза
<р> MUC5AC является секретируется. гелеобразующих муцин и маркер желудочного foveolar эпителиальных клеток [10]. MUC5AC был признан участвовать в желудочном канцерогенезе, так как было обнаружено, рак желудка, содержит низкий уровень экспрессии MUC5AC, чем нормальной слизистой оболочки желудка [11] - [13], а также несколько клинических исследований показали, что уровень экспрессии MUC5AC был связан с тяжестью GC; Однако, эти данные были противоречивы [12], [14]. Там было мало исследований по функции MUC5AC и механизмов, лежащих в основе его роль в развитии GC, до недавнего времени не было сообщено, что глушителей MUC5AC, используя небольшой шпилька РНК-содержащих лентивирус, увеличение желудочного инвазии раковых клеток и миграции в пробирке [13]. Это добавляет доказательства того, что измененные уровни экспрессии MUC5AC могут быть вовлечены в патогенез GC. Функциональные генетические полиморфизмы в области регулирования могут повлиять на MUC5AC
экспрессии генов, а затем внести свой вклад в восприимчивость индивидуалов "к раку желудка.
<Р> Повторяющиеся участки ДНК являются общими для всего генома человека и характеризуются их динамические характеристики, нестабильные [15], [16]. Они являются основным генератором генетической изменчивости и считаются лежать в основе существенной генетической изменчивости, с новыми мутациями в таких регионах, объясняя большую часть "пропущенного" наследуемости в полигенных заболеваний [17], [18], в том числе GC [19]. Тем не менее, этот вид генетической вариации не могут быть включены в геномные исследования ассоциаций (GWAS) панелей и является сложной задачей, чтобы надежно оценить. Интенсивный обзор MUC5AC
вверх по течению области регулирования и вокруг него определили сложный повторяющиеся области (называемые MUC5AC-U
повторяющейся области). Мы провели этот случай-контроль исследование с целью определения характера и степени генетического полиморфизма в пределах этого региона, а также изучить связь каждого генетического варианта с возникновением и прогрессированием GC.}

методы

поиск и анализ вверх по течению области баз данных MUC5AC

<р> в геноме браузера УСК (http://genome.ucsc.edu) и GRCh37 /hg19 выпуск генома человека были использованы для создать карту с указанием местоположения и основных геномных особенностей MUC5AC
гена, в том числе гистона H3 лизин 27 ацетилирования (H3K27AC) статуса, сайты связывания транскрипционных факторов, общих однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) и повторяющиеся последовательности геномной особенности вверх по течению региона. Последовательность ДНК вверх по течению области была загружена из Ensembl (http://useast.ensembl.org/Homo_sapiens/Инфо /Index).

Этика заявление
<р> Это исследование было проведено с утверждение Комитета по медицинской этике Шаньдун университета и письменное информированное согласие было получено от всех субъектов. Рукопись не содержит идентификационную информацию о пациентах. Данные были проанализированы анонимно и были проведены все клинические исследования в соответствии с принципами, выраженными в Хельсинкской декларации.

Испытуемых
<р> Двести тридцать пациентов с GC были набраны в провинции Шаньдун, северо-восточный Китай, в период с января 2011 по декабрь 2012. Все диагнозы GC были патологически подтверждены; Критерии исключения включали историю рака любого другого органа (родом не из желудка) или прошли необходимую лучевую терапию или химиотерапию. Триста двадцать восемь рака, свободных от лиц, не имеющих каких-либо обнаруживаемых или известных видов рака были собраны в качестве контрольной группы. Все эти предметы живут в одних и тех же жилых районах, как случаи, подавляющее большинство из них были выбраны из здоровых добровольцев, а также небольшая часть наших старых управлений были собраны от стационарных больных с сердечно-сосудистыми заболеваниями легких больниц. Их возраст и пол были сопоставимы с таковыми у пациентов с GC. Все предметы были генетически связаны этнические ханьцы. Каждый предмет был оценен индивидуально с апробировать вопросник, чтобы получить демографические данные и информацию о связанных с ними факторов риска, включая курение табака и употребление алкоголя. Лица, которые курили, по крайней мере один раз в день в течение более одного года были определены как курильщики, а также те, кто потреблял три или более алкогольных напитков в неделю в течение более шести месяцев были рассмотрены алкоголиков. Клинические данные и патологические характеристики пациентов были собраны и подтверждены из их медицинских записей истории и вопросников, а также опухоли GC, узел и метастазирование (TNM) стадии были классифицированы в соответствии с системой Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ).

образцы ДНК и экстракции
<р> Один мл образца периферической крови отбирали у каждого субъекта. Геномную ДНК выделяли из каждого образца с использованием метода модифицирована для экстракции соли [20].
<Р> Мы получили образцы ткани из 36 пациентов GC в нашей группе, и образцы от каждого пациента состояла из раковой ткани, соответствующей пара-карциному (определяется как 1,0 см от массы опухоли) и окружающих нераковых тканей слизистой оболочки желудка. Геномную ДНК экстрагировали из этих образцов с помощью крови и клеточной культуре ДНК Mini Kit (Tiangen Biotech, Пекин, Китай).

Оценка размеров аллель

MUC5AC-у
повторяющийся область генотипирование проводили с использованием полимеразной цепной реакции (ПЦР); последовательности праймеров Гено-специфические Использовали следующим образом: смысл 5'- TCCACCCTAACCCTGTCAGCCGC-3 '; антисмысловая 5'- GTGGCAGGAGTGTGGGGAAAGG G-3 '. ПЦР-амплификацию ДНК проводили в общем объеме реакционной смеси 50 мкл, содержащей 100 нг геномной ДНК, 0,2 мкМ каждого праймера и 25 мкл PrimeStar Макс ДНК-полимеразы (Takara, Japan). ПЦР проводили в 9700 Thermacycler (Perkin-Elmer, CA, США) следующим образом: 5 минут первоначальной денатурации при 94 ° С, затем 30 циклов 10 сек при 98 ° С и ​​2 минут при 68 ° C. ПЦР-продукты анализировали с помощью электрофореза в геле (1 вольт /см) в буфере ТАЕ через 1,0% -ном агарозном геле.

Секвенирование ДНК анализ
<р> Чтобы подтвердить результаты генотипирования, ПЦР-амплификации ДНК (ампликонов ) были отобраны и отправлены в BGI Tech (Пекин, Китай) для очистки и Sanger секвенирования. Этот анализ был проведен слепым по отношению к конструкции образцов и исследования.

Статистический анализ
<р> SPSS 13,0 программного обеспечения (SPSS, Чикаго, Иллинойс, США) использовали для статистического анализа. Различия в демографических переменных, курение и употребление алкоголя привычки, и сгруппированных аллельных частот между корпусом и контроля участников сравнивали с помощью критерия хи-квадрат или точного критерия Фишера. регрессионный анализ для определения отношения шансов (ПРС) для объединения ГХ и MUC5AC-у
повторяющихся генотипы области между контролем и пациентами GC. ОШ были оценены с использованием натуральный логарифм и его стандартную ошибку. Тест хи-квадрат или точный критерий Фишера были использованы для сравнения клинических и патологических особенностей пациентов. Для того, чтобы множественные сравнения, величины р корректировались (ПК) с помощью поправки Бонферрони; рс = р × 31, как, по всей исследования было проведено 31 статистических тестов. Все тесты были двусторонними, с ПК и ЛТ;. 0,05 считается статистически значимым

Результаты

Идентификация MUC5AC-U
повторяющуюся область
<р> Интенсивный обзор из MUC5AC
вверх по течению области выявили сложную 1710 п.н. повторяющуюся область (называется MUC5AC-U
повторяющуюся область), расположенный между нуклеотидами -3162 до -1452 вверх по течению от инициации ATG кодона ( Рисунок 1). Это положение непосредственно ниже геномного локуса с способностью связывать несколько факторов транскрипции. MUC5AC-U
повторяющаяся область содержит много прерванные нерегулярные повторы различной длины и представляет собой сложную комбинацию микроспутника (например, КТХА), минисателлита (например, CATTCACT или CATTCACTCATT) и megasatellite (например, ACCCATTCACTCACTCACTTATTCACTC) повторяется. В области 5 ', последовательность 300 пар оснований была обнаружена дублироваться точно, голова к хвосту.

Исследуемая популяция
<р> Все люди в исследовании (328 без рака управления и 230 GC пациентов) были из китайского населения Хан и без какого-либо известного наследственного заболевания. Обе группы имели схожие распределения возраста, пола и потребления алкоголя (χ 2 тест, p = 0,875, р = 0,589, р = 0,770, соответственно, таблица S1). Там не было никаких существенных различий в распределении курения сигарет между пациентами и контрольной группой (р = 0,098). Согласно системе TNM, 10,9%, 10,0%, 21,7%, 42,2% и 15,2% пациентов имели стадии 0, I, II, III и IV заболевания, соответственно (Таблица S2).

Ассоциация повторяющихся регион генотипов с риском GC
<р> образцы геномную ДНК выделяли из цельной крови всех испытуемых и использовали в качестве матриц для амплификации MUC5AC-U
повторяющуюся область. Восемь аллели с разрывными размерами от 1,1 до 2,8 кб были определены в этом ханьцев населения (рисунок 2). 1.1 кб аллель был наиболее распространенным, 1,8 и 2,0 кб аллели были менее распространены, а остальные все были сравнительно редко (таблица 1).
<Р> Общее распределение MUC5AC-у
повторяющиеся область аллели среди пациентов с GC значительно отличались от найденной в контрольной группе (χ 2 = 58,44, р = 3,09 × 10 -10). Для дальнейшего анализа, сравнения частот аллелей между пациентами и контрольными были сделаны индивидуально для каждого аллеля, с использованием теста Фишера (таблица 1). 1,4 и 1,8 кб аллели были значительно более распространены у пациентов с раком, чем в контрольной группе (3,9% против
0.0%, ПК = 3.00 × 10 -6;. 35,4% против 25,8%, шт = 1,56 × 10 -2, соответственно). Кроме того, частоты 2,3 и 2,8 кб аллели были значительно ниже у пациентов с раком, чем в контрольной группе (3,3% против 9,0%, p = 1,51 × 10 -4; 0,0% против 1,8%, р = 0,002 , соответственно), и множественные сравнения скорректированные значения р были 4,68 × 10 -3 для 2,3 кб и 0,062 (наводящий) для 2,8 кб аллеля. Никаких существенных различий не было обнаружено при сравнении частоты других аллелей между случаями и контролем.
<Р> На основании этих наблюдений, мы классифицировали восемь аллели в качестве чувствительных (S), защитная (P), или нуль по отношению к риску (N) следующим образом: S, 1,4 или 1,8 кб; P, 2,3 или 2,8 кб; и N, все остальные аллели. Двадцать один MUC5AC-у
повторяющихся область генотипы были полностью идентифицированы в нашем случае контроля населения (таблица S3), генотипы были затем определены как NN, SN, PN, SP, SS, и не было никакого ПП генотип в нашей когорте. Наиболее распространенным генотипом (НН) был определен в качестве контрольной группы. Лица с гомозиготным генотипом СС имели 2,7-кратное увеличение риска возникновения GC (OR = 2.683, 95% CI = 1.554-4.361, рс = 0,012; таблица 2). PN генотип был связан со значительным снижением риска GC (OR = 0,257, 95% CI = 0.116-0.569, рс = 0,031). Ни один из гетерозиготных генотипов SN и SP было связано с изменением риска GC (оба р > 0,05).

Клинические и патологические характеристики при диагностике пациентов GC с разными MUC5AC-и <бр> повторяющиеся регионы
<р> Как определенная переменная количество повторных полиморфизмов тандем, как сообщается, оказывают двойное, конфликтующие воздействие на риск и прогноз рака [21], мы сравнили возраст начала заболевания и клинические стадии между пациентами с GC и без MUC5AC-у
повторяющихся областей 1,4, 1,8 или 2,3 кб отдельно
<р> В нашем примере, пятнадцать GC пациентов (6,5%) несли 1,4 т.п.н. аллель. три из них были гомозиготными по этой аллели, а остальные были гетерозиготными. Значительно более высокий процент пациентов, GC, по крайней мере один экземпляр 1,4 кб аллеля были моложе (&л; 50 лет) отдельные лица или с более продвинутой Т (Т4) и М (М1) стадиях по сравнению с теми, не хватает его (66,7% против 17,2 %, р = 4,37 × 10 -6; 93,3% против 58,6%, р = 0,006; 53,3% по сравнению с 12,6%, р = 2,13 × 10 -5, соответственно; значения Рс = 1,35 × 10 -4, 0,186 и 6,60 × 10 -4, соответственно, после корректировки для множественных сравнений;. Таблица 3)
<р> были 128 GC пациентов (55,7%) в нашей выборке, несшие 1,8 кб версия MUC5AC-U
повторяющуюся область; 35 пациентов были гомозиготными для этого аллеля. Гомозиготных пациенты, как правило, имеют более старый возраст начала (≥ 50 лет), и менее продвинутый T (Tis-T3), N (N0), и TNM (стадия 0-II) стадии по сравнению с пациентами, которые не были гомозиготными по 1,8 т.п.н. аллель (5,7% против 23,1%, p = 0,021; 60,0% по сравнению с 35,4%, р = 0,006; 51,4% по сравнению с 29,2%, р = 0,010; 68,6% по сравнению с 37,9%, р = 7,43 × 10 -4, соответственно), хотя большинство номинально значимых значений р не пережили коррекцию Бонферрони (таблица 4)
<р> Мы не нашли лиц, показывающие гомозиготный генотип 2,3 /2,3 кб в нашей выборке. Однако, пятнадцать GC пациентов (6,5%) были гетерозиготными для этого аллеля. Гетерозиготных пациенты были старше на GC начала, чем у пациентов, которые не были, хотя этот результат был на предельном уровне значимости и не выдержали коррекции для нескольких тестов. Там не было никакого существенного различия в распределении T, N, M или TNM стадий рака между пациентами с одним или нет копия 2,3 кб аллеля (таблица 5).

Анализ повторяющихся области неустойчивости в раковых тканях

Как повторяющиеся участки ДНК являются нестабильными в различных злокачественных опухолей человека, в том числе GC [22], мы в следующий раз определить, являются ли гипервариабельная MUC5AC-у
повторяющиеся регионы различаются по длине между раком, пара-карциномой и окружающих нормальных тканей от 36 пациентов GC. Результаты не показали каких-либо различий в полосе узора между пара-карциномой и нормальных тканей у всех 36 пациентов; Тем не менее, наблюдались изменения длины в образцах ДНК раковых тканей в двух GC больных (рисунок 3). В обоих случаях, полосы были обнаружены показывая переход от длинных аллелей в ткани рака для коротких аллели в пара-карциномы ткани. В одном случае, один аллель сдвигается от 2,0 кб к новому, 0,9 кб аллели, и, в другом случае, один аллель сдвигается от 2,3 кб до 1,4 кв. Среди 36 больных раком желудка тестируемых, частота рака, связанных с перестройкой генома в MUC5AC-у
повторяющиеся области составил 5,6%.

Sanger секвенирование 1,1, 1,4 и 1,8 кб аллели от трех пациентов GC

ПЦР ампликонов из 1,1 кб и 1,4 кб аллели из желудка раковой ткани ДНК были успешно секвенировали с использованием метода секвенирования Сэнгера. Эти последовательности приведены в поддержке информационных файлов. Нам не удалось секвенировать весь фрагмент 1,8 кб ампликона (ПЦР ампликонов с использованием ДНК ткани рака желудка), или любые другие фрагменты > 1,8 кб, из-за сложной и повторяющейся структуры целевого региона и ограничений техники. Последовательности показывают ту же самую основную генетическую структуру и повторяющиеся звенья как УСК эталонного генома последовательности, но с различными общей длины. Первоначальный 300 б.п. на конец 5 '1,4 кб MUC5AC-U
повторяющаяся последовательность региона в точности продублированы в голова к хвосту шаблону.

Обсуждение
<р> в данном исследовании мы оценивали связь генетической изменчивости в повторяющейся области, близкой к MUC5AC
промотор с риском возникновения и прогрессирования GC. Наше исследование было предложено разнообразных биологических функций MUC5AC в здоровых и больных состояний, уникальное расположение области потенциала, регулирующего экспрессию гена, весьма динамичный характер повторяющихся последовательности, и эффект этой неустойчивости на генерации новых мутаций.
<р> Анализ 230 пациентов GC и 328 управления показал MUC5AC-U
повторяющаяся область была очень полиморфны, с восемью различными аллелями (плюс 0,9 кб аллеля в опухолевой ткани от одного пациента GC) присутствует в ханьцев населения из северо-восточного Китая. На основании распределения и разностей частот аллелей между пациентами ГХ и контроля, эти восемь аллели были классифицированы в чувствительные аллели (S: 1,4 и 1,8 кб), защитные аллели (P: 2,3 и 2,8 кб) и нулевых аллелей (N: другие). Лица, имеющие два чувствительных аллели (SS) имели 2,7-кратное увеличение риска развития GC, и генотип PN был связан с пониженным риском развития рака желудка. Наши результаты показывают, что генетическое изменение в этой области в значительной степени связан с восприимчивостью к GC, и, таким образом, добавить к существующим доказательств того, что изменения в экспрессии MUC5AC участвует в патогенезе этого злокачественного заболевания.
<Р> В дальнейшем анализе, мы Установлено, что эти генетические варианты были не только связаны с GC восприимчивостью, но и с ее прогнозом. Мы нашли у пациентов с 1,4 кб аллеля имели более ранний возраст начала GC и были более склонны к выдвигали заболеваний T и M стадии. В продвинутой стадии Т и М связаны с плохим прогнозом в целом, наши результаты показали, что GC больных с 1,4 кб аллели были связаны с более быстрым прогрессированием заболевания. В отличие от этого, пациенты, гомозиготные по 1,8 кб аллели, как правило, имеют более старшего возраста на момент постановки диагноза и менее развитой T, N, и стадии TNM по сравнению с другими пациентами, что указывает на этот генотип может уменьшить риск развития распространенного рака желудка и быть связано с лучшим исход
<р> Повторяющиеся области генома были отклонены как нефункциональной "мусорной" ДНК ранее. Однако недавнее исследование показало, что до 25% от промоторов генов в Saccharomyces CEREVISIAE
генома содержат повторяющиеся последовательности [23]. Сопоставимые распределение тандемных повторов в промоторах гомо сапиенс
гены также показали, что гены, управляемые повторные промоторов имели значительно более высокие показатели транскрипционный дивергенции [23]. Ряд исследований показали, что многие изменения в повторяющихся регионах промоторов влияют на экспрессию генов и способствовать генетической предрасположенности к различным заболеваний у человека [24] - [26], а также для лечения рака, а также [27] - [29]. Несколько молекулярных механизмов могут лежать в основе эффектов повторяющихся областей в промоутеров на экспрессию генов; например, они могут изменить количество сайтов связывания транскрипционных факторов, генерируют изменения расстояния между критических элементов промотора, модулируют активность РНК-связывающих белков или влияют на структуру хроматина [23]. Согласно Энциклопедии элементов ДНК (ENCODE) набора данных, доступных для визуализации и загрузки через браузер УСК генома (http://genome.ucsc.edu/), область, содержащая MUC5AC-U
повторяющуюся область содержит кластеры сайтов связывания известных факторов транскрипции и обогащена гистона H3 лизин 27 ацетилирования (H3K27ac), надежный маркер для активного хроматина. Таким образом, изменения длины этого повторяющегося региона может оказать значительное воздействие на структуру ДНК и связывание фактора транскрипции, и, следовательно, при регуляции генов. Таким образом, наши данные о связи между длиной повторяющейся области и изменением GC риска можно объяснить изменениями в уровнях MUC5AC. Это будет изучить в будущих исследованиях, которые будут исследовать ли 1,4 и 1,8 кб аллели повышения активности промотора и если 2,3 и 2,8 кб аллели подавляют его. Такие исследования помогут выявить точную роль в этом регионе играет в развитии и прогнозе GC.
<Р> геномная нестабильность Показано влияние инициации и прогрессии опухоли за счет ускорения накопления множественных генетических изменений, ответственных за развитие раковых клеток [30]. Хотя спонтанные перегруппировки повторяющихся областей были обнаружены более часто в зародышевой линии, чем в соматических клетках [31], несколько исследований продемонстрировали повторяющиеся регионы нестабильны в различных человеческих опухолей [32] - [34], в том числе GC [35]. Когда мы исследовали MUC5AC-U
повторяющуюся область в длину ДНК из нормальных и раковых тканей от некоторых пациентов GC, мы нашли два примера длины изменений. Оба превращают долго коротких аллели, и 1,4 кб аллель, связанный в нашем исследовании с повышенным риском развития GC, появился в одном случае. Несмотря на то, генетическая частота перегруппировка была относительно низкой, этот результат означает, что нестабильность в этом локусе способствует патогенезу рака желудка в некоторых случаях.
<Р> Дублирование сегмента ДНК длиной 300 пар оснований в начале этого сложного повторяющейся области актуальна в этом контексте. Такое дублирование может иметь место несколько раз, чтобы сформировать большие аллельные варианты, которые отличаются друг от друга главным образом с шагом ~ 300 б.п.. Например, мы предполагаем, 1,4 кб аллель была сгенерирована этим дублированием от 1,1 кб аллеля, который является наиболее распространенным аллеля в исследуемой популяции. Это событие дублирование может быть связано с нестабильностью генома, который принимает активное участие в туморогенез, развития и метастазирования рака желудка. Есть сообщения о подобных дублирования событий в крупных центральных повторяющихся экзонов MUC5AC
[36].
<Р> Хотя мы не достигли новых последовательностей, отличающих их с эталонной последовательностью в трех отобранных пациентов, из GC 1.1, 1.4 и 1.8 кб аллель фрагментов ДНК, мы нашли много ОНП, которые, возможно, могли бы быть использованы в качестве прокси-серверов для аллеля размеров и в сильном LD с другими генетическими маркерами за пределами региона, помимо различий длины. Из-за большой сложности, длины, высокое сходство по всему региону, а также пределы метода секвенирования, мы не смогли секвенировать весь регион ампликонов ДНК из всех субъектов; Таким образом, другие возможности секвенирования и генетические варианты не были выявлены весьма вероятно. Более того, мы не можем сказать, если есть более сильные генетические мутации произошли события в геномной ДНК опухолевой ткани, которая будет более сложной, но, вероятно, более продуктивным.
<Р> Насколько нам известно, это первый отчет, чтобы указать связь между генетической изменчивости в MUC5AC-U
повторяющуюся область желудка и риск развития рака. Мы показали некоторые варианты генетической длины в повторяющейся области вокруг MUC5AC
промотора в значительной степени связано с восприимчивостью к GC, а также с ее клинических стадий. Потенциальным, крупномасштабные испытания, а также хорошо продуманные механистические исследования, необходимы для подтверждения наших выводов.

Поддержка информации Рисунок S1 изображения.
множественного выравнивания последовательности MUC5AC-U повторяющихся вариантов региона. ПЦР-ампликонов из 1,1 кб, 1.4 кб и 1,8 кб аллели из ДНК ткани рака желудка секвенировали с использованием методики секвенирования Сэнгера. А.1.1 кб полная последовательность. B. 1.4 кб полная последовательность. C. 1,8 кб аллеля последовательности с промежутком в 3 'стороне
DOI:. 10,1371 /journal.pone.0098327.s001
(TIF)
таблице S1.
Распределения выбранных характеристик в желудочном случаев рака и управления
DOI: 10.1371. /journal.pone.0098327.s002
(DOC)
Таблица S2.
TNM стадии в случаях рака желудка
DOI: 10.1371. /journal.pone.0098327.s003
(DOC)
Таблица S3.
Распределение MUC5AC-U повторяющихся генотипов области в желудочном случаев рака и управления
DOI:. 10,1371 /journal.pone.0098327.s004
(DOC)

Выражение признательности
<р> авторы благодарят доктора Xiaowei Ян за техническую поддержку, статистический анализ и вдумчивого обсуждения. Мы признаем все субъекты в исследовании, а также усилиям их родственников.

• PLoS ONE: гистондеацетилазу HDAC4 Содействует Рак желудка SGC-7901 Клетки прогрессию с помощью p21 Репрессии
• PLoS ONE: прохибитин Expression Дерегуляция в рак желудка связан с 3 'нетранслируемой областью 1630 C > T полиморфизм и Cop…