PLOS ONE: MUC5AC amont complexes Région Répétitive Longueur polymorphismes sont associés à Susceptibilité et Stade clinique de Cancer

Résumé

MUC5AC a été jugé d'être impliqués dans la carcinogenèse gastrique depuis expression aberrante MUC5AC a été détectée de façon répétée chez les patients atteints cancer gastrique (GC). Dans cette étude, les polymorphismes de longueur dans une région répétitive compliquée adjacente à MUC5AC de promoteur ont été évaluées chez 230 patients avec GC et 328 témoins sans cancer. Allèles de 1,4 et 1,8 kb étaient significativement plus fréquents dans le groupe de GC que chez les témoins. En revanche, 2,3 et 2,8 kb allèles se sont produites à des fréquences significativement plus faibles chez les patients que chez les témoins. Les allèles ont ensuite été classés en sensible (S; 1,4 et 1,8 kb), de protection (P; 2,3 et 2,8 kb) et nulle (N; tous les autres allèles) catégories en ce qui concerne leurs liens avec la susceptibilité à la GC. Les personnes avec le génotype SS avaient un 2,7 fois un risque accru de GC occurrence, mais PN génotype a été associée à un risque significativement réduit de ce cancer. De plus, les individus homozygotes ou hétérozygotes avec une ou deux copies de 1,4 kb allèle ont montré un âge plus précoce de l'apparition et le stade de métastases plus avancé par rapport aux patients sans cet allèle (Bonferroni corrigé p = 1,35 × 10 ^{-4 et 6,60 × 10 -4 en conséquence), étaient liées alors que les patients homozygotes avec deux copies de l'allèle de 1,8 kb à moins avancé stade GC TNM. Nos résultats suggèrent que certaines variations génétiques dans MUC5AC
amont région répétitive sont associés à la sensibilité et à la progression du GC}

Citation:. Wang C, Wang J, Liu Y, Guo X, Zhang C (2014) MUC5AC
amont complexes Région répétitive Longueur polymorphismes sont associées à une sensibilité et le stade clinique du cancer gastrique. PLoS ONE 9 (6): e98327. doi: 10.1371 /journal.pone.0098327

Editeur: Javier S. Castresana, Université de Navarre, en Espagne

Reçu le 14 Février 2014; Accepté: 30 Avril 2014; Publié 2 Juin, 2014

Droit d'auteur: © 2014 wang et al. Ceci est un article en accès libre distribué sous les termes de la licence Creative Commons Attribution, qui permet une utilisation sans restriction, la distribution et la reproduction sur tout support, à condition que l'auteur et la source originelle sont crédités

Financement:. Ce travail a été soutenu par le national Natural science Foundation de Chine à l'innovation Research Group (n ° 81370590). Les bailleurs de fonds ont joué aucun rôle dans la conception de l'étude, la collecte et l'analyse des données, la décision de publier, ou de la préparation du manuscrit

Intérêts concurrents:.. Les auteurs ont déclaré aucun conflit d'intérêts existent

Introduction

le cancer gastrique (GC) est l'une des tumeurs malignes les plus communes et la deuxième cause de décès liés au cancer dans le monde [1]. Cependant, son mécanisme reste flou. Bien que certains facteurs environnementaux, tels que l'alimentation, le tabagisme et Helicobacter pylori
, peut contribuer à la cancérogenèse des cellules épithéliales gastriques [2] - [4], seule une fraction de la population exposée à des facteurs de risque de développer GC au cours de leur vie. Cela donne à penser que les facteurs génétiques jouent un rôle crucial dans la détermination de la susceptibilité d'un individu à GC [5], [6].

mucines sont un groupe de divers complexes protéines extracellulaires, hautement glycosylée importantes dans le maintien de l'homéostasie épithéliale. Les cellules cancéreuses sont souvent observés pour exprimer des formes aberrantes ou les quantités de mucine, et ces aberrations sont supposés jouer un rôle dans la carcinogenèse, en particulier dans la régulation de la différenciation des cellules tumorales, la prolifération et l'invasion tumorale [7]. Par exemple, la surexpression de MUC1 et MUC4 sous plusieurs formes différentes d'adénocarcinomes a contribué à la régulation de la prolifération des cellules cancéreuses par le biais d'une interaction avec un régulateur de facteur de croissance épidermique (EGFR) et les kinases régulées par des signaux extracellulaires [8]. Velcich et al
. démontré que muc2
^{- /- souris développent des adénomes dans l'intestin qui atteignent des adénocarcinomes invasifs [9], ce qui suggère un rôle protecteur pour MUC2 dans la tumorigenèse intestinale}

MUC5AC est un sécrétée. mucine de formation de gel et un marqueur de cellules épithéliales gastriques fovéolaires [10]. MUC5AC est réputée être impliquée dans la carcinogenèse gastrique depuis le carcinome gastrique a été trouvé qu'il contenait un niveau inférieur d'expression MUC5AC que la muqueuse gastrique normale [11] - [13] et plusieurs études cliniques ont démontré que le niveau d'expression MUC5AC a été associée à la sévérité de GC; Cependant, ces données étaient incompatibles [12], [14]. Il y a eu peu de recherches sur la fonction MUC5AC et les mécanismes sous-jacents de son rôle dans le développement de GC, jusqu'à récemment, il a été signalé que silençage MUC5AC, en utilisant un lentivirus contenant de l'ARN-petite épingle à cheveux, a augmenté l'invasion des cellules du cancer gastrique et la migration in vitro [13]. Cela ajoute à la preuve que les niveaux modifiés d'expression MUC5AC peuvent être impliqués dans la pathogenèse GC. polymorphismes génétiques fonctionnels dans la région de régulation peuvent affecter l'expression du gène de MUC5AC puis contribuent à la susceptibilité d'un individu à un cancer gastrique.

Les régions répétées d'ADN sont communs dans l'ensemble du génome humain et sont caractérisés par leurs caractéristiques, instables dynamiques [15], [16]. Ils sont le principal générateur de la variation génétique et sont considérés comme sous-tendent la variabilité génétique importante, avec de nouvelles mutations dans ces régions explique une grande partie de l'héritabilité «disparus» dans les maladies polygéniques [17], [18], y compris GC [19]. Cependant, ce type de variation génétique ne peut pas être inclus dans les études d'association pangénomique (GWAS) panneaux et est difficile d'évaluer de manière fiable. examen approfondi des MUC5AC de la région de régulation en amont et autour identifié une région répétitive compliquée (appelée MUC5AC-u
région répétitive). Nous avons entrepris cette étude cas-témoins pour déterminer la nature et l'étendue des polymorphismes génétiques dans cette région, et d'explorer l'association de chaque variante génétique avec l'apparition et la progression de GC.

Méthodes

recherches et analyse de la région en amont de la base de données MUC5AC

le navigateur de génome UCSC (http://genome.ucsc.edu) et le GRCh37 /release hg19 du génome humain ont été utilisés pour générer une carte indiquant l'emplacement et les principales caractéristiques génomiques du gène MUC5AC
, y compris l'histone H3 lysine 27 acétylation (H3K27AC) le statut, les sites de liaison de facteurs de transcription, des polymorphismes de nucléotides simples communs (SNP), et génomique de la séquence répétitive caractéristiques de la région en amont. La séquence d'ADN de la région en amont a été téléchargé à partir du Ensembl (http://useast.ensembl.org/Homo_sapiens/Info /Index).

Éthique déclaration

Cette étude a été réalisée avec le approbation du comité d'éthique médicale de l'Université du Shandong et le consentement éclairé écrit a été reçu de tous les sujets. Le manuscrit ne contient pas les informations d'identification du patient. Les données ont été analysées de façon anonyme et toutes les investigations cliniques ont été menées selon les principes énoncés dans la Déclaration d'Helsinki.

Sujets de l'étude

Deux cent trente patients avec GC ont été recrutés dans la province de Shandong, au nord Chine, entre Janvier 2011 et Décembre 2012. Tous les diagnostics de GC étaient pathologiquement confirmée; critères d'exclusion comprenaient un antécédent de cancer d'un autre organe (pas à l'origine de l'estomac) ou ayant subi une radiothérapie ou une chimiothérapie. Trois cent vingt-huit personnes sans cancer sans aucun cancers détectables ou connus ont été collectés en tant que témoins. Tous ces sujets ont été vivant dans les mêmes zones résidentielles que les cas, la grande majorité d'entre eux ont été choisis parmi les volontaires en bonne santé, et une petite partie de nos contrôles âgés ont été recueillies auprès des patients hospitalisés atteints de maladies cardio-vasculaires bénignes des hôpitaux. Leur âge et le sexe ont été jumelés à ceux des patients avec GC. Tous les sujets étaient génétiquement sans rapport ethniques chinois Han. Chaque sujet a été évalué individuellement avec un questionnaire prétesté pour obtenir des données démographiques et des informations sur les facteurs de risque connexes, y compris le tabagisme et la consommation d'alcool. Les personnes qui ont fumé au moins une fois par jour pendant plus d'un an ont été définis comme les fumeurs et ceux qui ont consommé trois boissons alcoolisées ou plus par semaine pendant plus de six mois ont été considérés comme des buveurs d'alcool. Les données cliniques et les caractéristiques pathologiques des patients ont été recueillis et confirmés dans leurs dossiers et questionnaires sur les antécédents médicaux, et GC tumeur, noeud et des métastases (TNM) stades ont été classés selon le système de l'Organisation mondiale de la santé (OMS).

spécimens et extraction de l'ADN

Un mL échantillon de sang périphérique a été recueilli de chaque sujet. L'ADN génomique a été isolé à partir de chaque échantillon en utilisant une technique d'extraction saline modifiée [20].

Nous avons obtenu des échantillons de tissus provenant de 36 patients atteints de GC dans notre cohorte et des échantillons provenant de chaque patient est composée d'un tissu cancéreux, le para-carcinome respectif (définie comme étant de 1,0 cm de la masse tumorale) et entourant les tissus non cancéreux de la muqueuse gastrique. L'ADN génomique a été extrait de ces échantillons en utilisant le sang et la cellule Culture DNA Mini Kit (Tiangen Biotech, Beijing, Chine).

L'évaluation de la taille des allèles

MUC5AC-u
répétitive région génotypage a été réalisé en utilisant la réaction en chaîne par polymérase (PCR); les séquences d'amorces spécifiques du gène utilisées étaient les suivantes: sens 5'- TCCACCCTAACCCTGTCAGCCGC-3 '; antisens 5'GTGGCAGGAGTGTGGGGAAAGG G-3 '. L'amplification par PCR de l'ADN a été effectuée dans un volume réactionnel total de 50 pl, contenant 100 ng d'ADN génomique, 0,2 uM de chaque amorce et 25 ul Primestar max ADN polymerase (Takara, Japon). PCR a été réalisée dans un 9700 Thermacycler (Perkin-Elmer, CA, USA) comme suit: 5 minutes de dénaturation initiale à 94 ° C, suivi de 30 cycles de 10 s à 98 ° C et 2 minutes à 68 ° C. Les produits de PCR ont été analysés par électrophorèse sur gel (1 volt /cm) dans du tampon TAE à travers un gel d'agarose à 1,0%.

séquençage de l'ADN test

Pour confirmer les résultats du génotypage, des échantillons d'ADN amplifiés par PCR (amplicons ) ont été sélectionnés et envoyés à BGI Tech (Beijing, Chine) pour la purification et le séquençage Sanger. Cet essai a été mené aveugle par rapport à l'étude des échantillons et design.

L'analyse statistique

logiciel SPSS 13.0 (SPSS, Chicago, IL, USA) a été utilisé pour l'analyse statistique. Les différences dans les variables démographiques, le tabagisme et les habitudes de consommation, et les fréquences alléliques groupées entre cas et témoins participants ont été comparés en utilisant le test du chi carré ou le test exact de Fisher. Les analyses de régression ont été réalisées pour déterminer les rapports de cotes (RC) pour association de GC et MUC5AC-u
génotypes région répétitifs entre les témoins et les patients du GC. ORs ont été estimées en utilisant le logarithme naturel et son erreur standard. Le test du chi-carré ou le test exact de Fisher ont été utilisés pour la comparaison des caractéristiques cliniques et pathologiques des patients. Afin de permettre des comparaisons multiples, p valeurs ont été corrigées (pc) avec la correction de Bonferroni; pc = p × 31, comme, dans l'ensemble de l'étude, 31 tests statistiques ont été réalisées. Tous les tests étaient bilatéraux, avec pc. ≪ 0,05 considéré comme statistiquement significatif

Résultats

Identification de la MUC5AC-u
répétitif région

examen approfondi des région en amont de MUC5AC identifié un 1710 pb région répétitive compliquée (appelée MUC5AC-u
région répétitive) située entre les nucléotides -3162 à -1452 en amont du codon d'initiation ATG ( Figure 1). Cette position est immédiatement en aval d'un locus génomique ayant la capacité de se lier à plusieurs facteurs de transcription. Le MUC5AC-u
région répétitive contient de nombreuses répétitions irrégulières interrompues de longueurs différentes et est une combinaison complexe de microsatellite (par exemple, CTCA), minisatellite (par exemple, CATTCACT ou CATTCACTCATT) et megasatellite (par exemple, ACCCATTCACTCACTCACTTATTCACTC) répète. A la région 5 ', une séquence de 300 pb a été trouvé à être dupliqué exactement, tête-à-queue.

Population
Étude

Toutes les personnes dans l'étude (328 témoins sans cancer et 230 patients du GC) provenaient d'une population chinoise Han et sans aucune maladie héréditaire connue. Les deux groupes avaient des distributions similaires de l'âge, le sexe et la consommation d'alcool (χ ^{Test 2; p = 0,875, p = 0,589, p = 0,770, respectivement; tableau S1). Il n'y avait pas de différence significative dans la distribution de la cigarette entre les patients et les témoins (p = 0,098). Selon le système TNM, 10,9%, 10,0%, 21,7%, 42,2% et 15,2% des patients étaient au stade 0, I, II, III et IV de la maladie, respectivement (tableau S2).}

Association répétitif région génotypes avec le risque de GC

échantillons d'ADN génomique ont été isolés à partir du sang total de tous les sujets et utilisés comme modèles pour amplifier le MUC5AC-u
région répétitive. Huit allèles ayant des tailles discontinues allant de 1,1 à 2,8 kb ont été identifiées dans la population chinoise Han (figure 2). L'allèle de 1,1 kb était le plus courant, les 1,8 et 2,0 kb allèles étaient moins fréquentes, et les autres étaient tous relativement rares (tableau 1).

La distribution globale de la MUC5AC-u
allèles région répétitives chez les patients avec GC différaient significativement de celle trouvée dans les contrôles (χ ^{2 = 58,44, p = 3,09 × 10 -10). Pour une analyse ultérieure, la comparaison des fréquences alléliques entre les patients et les témoins ont été réalisés individuellement pour chaque allèle, en utilisant le test de Fisher (tableau 1). Les 1,4 et 1,8 allèles kb étaient significativement plus fréquentes chez les patients atteints de cancer que chez les témoins (3,9% vs
0,0%, pc = 3,00 × 10 -6;. 35,4% contre 25,8%, pc = 1,56 × 10 -2, respectivement). En outre, les fréquences des 2,3 et 2,8 kb allèles étaient significativement plus faibles chez les patients atteints de cancer que chez les témoins (3,3% vs 9,0%, p = 1,51 × 10 -4; 0,0% contre 1,8%, p = 0,002 , respectivement), et les comparaisons multiples corrigées des valeurs de p étaient 4,68 × 10 -3 pour les 2,3 kb et 0,062 (suggestive) pour l'allèle de 2,8 kb. Aucune différence significative n'a été observée lorsque les fréquences des autres allèles entre les cas et les témoins ont été comparés.}

Sur la base de ces observations, nous avons classé les huit allèles sensibles (S), de protection (P), ou nul par rapport au risque (N), comme suit: S, 1,4 ou 1,8 kb; P, 2,3 ou 2,8 kb; et N, tous les autres alleles. Vingt et un MUC5AC-u
génotypes région répétitives ont été totalement identifiés dans notre population cas-témoin (tableau S3), les génotypes ont ensuite été définis comme NN, SN, PN, SP, SS, et il n'y avait pas de PP génotype dans notre cohorte. Le génotype le plus commun (NN) a été désigné comme le groupe de référence. Les personnes ayant le génotype homozygote SS avaient un 2,7 fois plus de risque de GC occurrence (OR = 2,683, IC à 95% = 1,554 à 4,361, pc = 0,012; tableau 2). Le génotype PN a été associée à un risque significativement réduit de GC (OR = 0,257, IC à 95% = 0,116 à 0,569, pc = 0,031). Aucun des génotypes hétérozygotes SN et SP a été associée à un changement dans le risque de GC (les deux p > 0,05).

Les caractéristiques cliniques et pathologiques au moment du diagnostic des patients du GC avec différentes MUC5AC-u
régions répétitives

Comme certain nombre variable de tandem polymorphismes de répétition sont signalés à exercer double, les effets sur le risque et le pronostic du cancer [21] contradictoires, nous avons comparé l'âge à des stades d'apparition et cliniques entre les patients du GC avec et sans MUC5AC-u
régions répétitives de 1,4, 1,8 ou 2,3 ​​kb séparément

Dans notre échantillon, quinze patients du GC (6,5%) ont porté le allèle de 1,4 kb. trois d'entre eux étaient homozygotes pour cet allèle et le reste étaient hétérozygotes. pourcentages significativement plus élevés de patients du GC avec au moins une copie de l'allèle de 1,4 kb étaient plus jeunes (< 50 ans) les individus ou avec M (M1) des stades plus avancés T (T4) et par rapport à ceux qui manquent de ce (66,7% contre 17,2 %, p = 4,37 × 10 ^{-6; 93,3% contre 58,6%, p = 0,006; 53,3% contre 12,6%, p = 2,13 × 10 -5, respectivement, les valeurs pc = 1,35 × 10 -4, 0,186 et 6,60 × 10 -4, respectivement, après correction pour les comparaisons multiples;. Tableau 3)}

Il y avait 128 patients du GC (55,7%) dans notre échantillon qui a porté le version 1.8 kb du MUC5AC-u
région répétitive; 35 patients étaient homozygotes pour cet allele. les patients homozygotes ont tendance à avoir un âge plus avancé de début (≥ 50 ans), et T moins avancé (Tis-T3), N (N0) et TNM (stade 0-II) les étapes par rapport aux patients qui ne sont pas homozygotes pour le 1.8 kb allèle (5,7% contre 23,1%, p = 0,021; 60,0% contre 35,4%, p = 0,006; 51,4% contre 29,2%, p = 0,010; 68,6% contre 37,9%, p = 7,43 × 10 ^{-4, respectivement), bien que la plupart des valeurs de p nominalement significatives n'a pas survécu à la correction de Bonferroni (tableau 4)}

Nous n'a pas trouvé des individus montrant le génotype homozygote 2.3 /2.3 kb dans notre échantillon. Cependant, quinze patients du GC (6,5%) étaient hétérozygotes pour cet allèle. les patients hétérozygotes étaient plus âgés au GC début que les patients qui ne sont pas, bien que ce résultat était à un niveau marginal de signification et n'a pas survécu à la correction pour les tests multiples. Il n'y avait pas de différence significative dans la distribution des stades T, N, M ou TNM du cancer entre les patients avec un ou aucune copie de l'allèle de 2,3 kb (tableau 5).

Analyse des répétitive région d'instabilité dans les tissus cancéreux

Comme les régions répétitives de l'ADN sont instables dans diverses tumeurs malignes humaines, y compris GC [22], nous avons ensuite déterminé si la hypervariable MUC5AC-u
régions répétitives différaient de longueur entre le cancer, para-carcinome et entourant les tissus normaux de 36 patients du GC. Les résultats ont montré aucune différence dans le profil de bande entre para-carcinome et les tissus normaux dans tous les 36 patients; Cependant, les modifications de la longueur ont été observées dans des échantillons d'ADN de tissus cancéreux chez deux patients GC (figure 3). Dans les deux cas, les bandes ont été détectées montrant le passage d'allèles longs dans le tissu cancéreux à des allèles courts dans le tissu para-carcinome. Dans un cas, un allèle est passé de 2,0 kb à un roman, 0,9 kb allèle, et, dans un autre cas, un allèle est passé de 2,3 kb à 1,4 kb. Parmi les 36 patients atteints de cancer gastrique testés, la fréquence du cancer liés réarrangement du génome dans le MUC5AC-u
région répétitive a été de 5,6%.

séquençage Sanger des 1.1, 1.4 et 1.8 kb allèles à partir de trois

amplicons PCR GC
patients du 1,1 kb et 1,4 kb allèles du tissu de cancer gastrique ADN ont été séquencées avec succès en utilisant la technique de séquençage de Sanger. Ces séquences sont répertoriées dans les fichiers de support d'information. Nous avons été incapables de séquencer la totalité du fragment de 1,8 kb amplicon (amplicon PCR en utilisant l'ADN des tissus de cancer de l'estomac), ou d'autres fragments > 1,8 kb, en raison de la structure complexe et répétitive de la région et les limites de la technique cible. Les séquences montrent la même structure génétique principale et les unités répétitives comme la séquence UCSC de référence du génome mais avec des longueurs totales. La première 300 pb à l'extrémité 5 'de 1,4 kb MUC5AC-u
séquence de la région répétitive sont exactement dupliqué dans un motif en tête-à-queue.

Discussion

dans cette étude, nous avons évalué l'association de la variation génétique dans une région répétitive près de la MUC5AC
promoteur avec le risque d'apparition et de la progression du GC. Notre étude a été suggérée par les diverses fonctions biologiques de MUC5AC dans les états sains et malades, l'emplacement unique du potentiel de la région de régulation de l'expression génique, la nature hautement dynamique de la séquence répétitive, et l'effet de cette instabilité sur la génération de nouvelles mutations.

l'analyse des 230 patients du GC et 328 contrôles a montré la MUC5AC-u
région répétitive était très polymorphes, avec huit allèles différents (plus un allèle de 0,9 kb dans le tissu cancéreux d'un GC patient) étant présent dans une population chinoise Han du nord-est de la Chine. Sur la base de la distribution et des différences de fréquences alléliques entre les patients du GC et des contrôles, ces huit allèles ont été classés en allèles sensibles (S: 1,4 et 1,8 kb), les allèles de protection (P: 2,3 et 2,8 kb), et allèles nuls (N: le autres). Les individus porteurs de deux allèles sensibles (SS) avaient un risque 2,7 fois plus élevé de développer GC, et le génotype PN a été associée à un risque réduit de cancer gastrique. Nos résultats suggèrent que la variation génétique dans cette région est significativement associée à la sensibilité à la GC, et donc ajouter à la preuve existante que les changements dans l'expression MUC5AC est impliquée dans la pathogenèse de cette maladie maligne.

Dans une analyse plus approfondie, nous ont constaté que ces variants génétiques ont été non seulement associés à GC sensibilité, mais aussi avec son pronostic. Nous avons trouvé que les patients porteurs de l'allèle de 1,4 kb avaient un âge plus précoce du GC début et étaient plus susceptibles d'avoir avancé des maladies T et M stade. Comme les stades T et M avancées sont associées à un mauvais pronostic en général, nos résultats indiquent étaient liés à une progression plus rapide de la maladie que les patients du GC avec l'allèle de 1,4 kb. En revanche, les patients homozygotes pour l'allèle de 1,8 kb ont tendance à avoir un âge plus avancé au moment du diagnostic et moins avancés T, N et stades TNM que les autres patients, ce qui indique ce génotype pourrait réduire le risque de développer un cancer gastrique avancé et être associé à un meilleur résultat

les régions répétées du génome ont été rejetées comme non fonctionnel ADN "junk" précédemment. Toutefois, une étude récente a montré que jusqu'à 25% des promoteurs de gènes dans le génome
Saccharomyces cerevisiae contiennent des séquences répétitives [23]. Une distribution comparable de répétitions en tandem dans les promoteurs de Homo sapiens
gènes également démontré que les gènes commandés par des promoteurs contenant répétées ont des taux significativement plus élevés de divergence de la transcription [23]. Un certain nombre d'études ont montré que de nombreuses variations dans les régions répétitives de promoteurs affectent l'expression des gènes et contribuent à la susceptibilité génétique à divers troubles de l'homme [24] - [26], et pour les cancers aussi bien [27] - [29]. Plusieurs mécanismes moléculaires peuvent sous-tendre les effets des régions répétitives dans des promoteurs sur l'expression génique; par exemple, ils peuvent modifier le nombre de sites de liaison de facteurs de transcription, de générer des changements dans l'espacement entre les éléments promoteurs critiques, moduler l'activité des protéines de liaison d'ARN ou d'affecter la structure de la chromatine [23]. Selon l'Encyclopédie de l'ADN Elements (ENCODE) jeu de données, disponible pour la visualisation et téléchargement via le navigateur UCSC Genome (http://genome.ucsc.edu/), la région contenant le MUC5AC-u
région répétitive contient des groupes de sites de liaison connu de facteurs de transcription et est enrichi pour histone H3 lysine 27 acétylation (H3K27ac), un marqueur fiable pour la chromatine active. Ainsi variations de longueur de cette région répétitive pourraient avoir un impact considérable sur la structure de l'ADN et le facteur de transcription de liaison, et donc sur la régulation des gènes. Par conséquent, notre constatation d'une association entre la longueur de la région répétitive et un changement dans le risque de GC pourrait être expliquée par des altérations dans les niveaux MUC5AC. Ce sera explorée dans les études futures, qui examinera si les allèles de 1,4 et 1,8 kb améliorer l'activité du promoteur et si 2,3 et 2,8 allèles kb réprimer. Ces études aideront à révéler le rôle exact de cette région joue dans le développement et le pronostic de GC.

instabilité génomique a été montré pour affecter l'initiation et la progression tumorale en accélérant l'accumulation des altérations génétiques multiples responsables du développement des cellules cancéreuses [30]. Bien que des réarrangements des régions répétitives spontanées ont été détectées plus fréquemment dans la lignée germinale que dans les cellules somatiques [31] régions répétitives, plusieurs études ont démontré sont instables dans les divers néoplasmes humains [32] - [34], y compris GC [35]. Lorsque nous avons examiné la MUC5AC-u
répétitif longueur de la région dans l'ADN à partir de tissus normaux et cancéreux de certains patients du GC, nous avons trouvé deux exemples de modifications de longueur. Les deux convertis longtemps pour des allèles courts, et l'allèle de 1,4 kb, associé dans notre étude avec un risque accru de GC, est apparu dans un cas. Bien que la fréquence de réarrangement génétique est relativement faible, ce résultat implique que l'instabilité à ce locus contribue à la pathogenèse du cancer gastrique dans certains cas.

La duplication d'un segment d'ADN de 300 pb au début de cette région répétitive compliquée est pertinente dans ce contexte. Cette duplication est susceptible d'avoir eu lieu plusieurs fois pour former les variantes alléliques plus grandes, qui diffèrent les unes des autres principalement en incréments de pb ~ 300. Par exemple, nous spéculons l'allèle de 1,4 kb a été généré par cette duplication de l'allèle de 1,1 kb, qui est l'allèle le plus commun dans notre population d'étude. Cet événement de duplication peut être associée à une instabilité du génome qui est largement impliquée dans la tumorigenèse, le développement et les métastases du cancer gastrique. Il y a des rapports d'événements de duplication similaires dans les grandes exons répétitives centrales de MUC5AC
[36].

Bien que nous n'avons pas atteint de nouvelles séquences qui les distinguent avec la séquence de référence dans trois patients du GC sélectionnés, à partir de 1.1, 1.4 et 1.8 kb allèle fragments d'ADN, nous avons trouvé de nombreux SNP, qui pourraient éventuellement être utilisés comme substituts pour les tailles des allèles et forte LD avec d'autres marqueurs génétiques en dehors de la région, en plus des différences de longueur. En raison de la grande complexité, longueur, grande similitude dans la région, et les limites de la technique de séquençage, nous ne pouvions pas la séquence entière de la région des amplicons d'ADN de tous les sujets; ainsi, d'autres caractéristiques de séquençage et des variants génétiques n'a pas été révélé très probable. De plus, nous ne pouvons pas dire s'il y a des événements génétiques les plus dramatiques de mutations se sont produites dans l'ADN du génome du tissu du cancer qui sera plus difficile, mais probablement plus productif.

Au meilleur de notre connaissance, ceci est le premier rapport pour indiquer l'association entre la variation génétique dans MUC5AC-u
région répétitive et le risque de cancer gastrique. Nous avons montré certaines variantes de longueur génétique dans la région répétitive autour du promoteur
MUC5AC sont significativement associés à la sensibilité à la GC, et avec ses stades cliniques. Les futurs essais à grande échelle, comme des études mécanistiques et bien conçus, sont nécessaires pour valider nos résultats.

Informations complémentaires
Figure S1.
alignement de séquences multiples de MUC5AC-u variants de région répétitive. amplicons PCR de 1,1 kb, 1,4 kb et 1,8 kb allèles de l'ADN de tissu de cancer de l'estomac ont été séquences en utilisant la technique de séquençage de Sanger. A.1.1 kb de séquence complète. B. 1,4 kb de séquence complète. C. séquence d'allèle de 1,8 kb avec un écart au côté 3 '
doi:. 10.1371 /journal.pone.0098327.s001
(TIF)
Tableau S1.
Distributions de certaines caractéristiques dans les cas et les contrôles de cancer gastrique
doi: 10.1371. /journal.pone.0098327.s002
(DOC)
Tableau S2. stades
TNM dans les cas de cancer de l'estomac
doi: 10.1371. /journal.pone.0098327.s003
(DOC)
Tableau S3.
Distribution de MUC5AC-u génotypes région répétitives dans les cas et les contrôles de cancer gastrique
doi:. 10.1371 /journal.pone.0098327.s004
(DOC)

Remerciements

Les auteurs remercient le Dr Xiaowei Yang pour son soutien technique, l'analyse statistique et une discussion réfléchie. Nous reconnaissons tous les sujets de l'étude, et les efforts de leurs parents.

• PLOS ONE: histone déacétylase HDAC4 Favorise cellules de cancer gastrique SGC-7901 Progression via p21 Repression
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