PLoS ONE: MUC5AC Upstream Kompleksiniai Pasikartojančios Regionas Ilgis Polimorfizmas yra susiję su jautrumu ir klinikinės etapo Skrandžio Cancer

Anotacija

MUC5AC buvo laikomas dalyvauja skrandžio kancerogenezėje nuo nenormalaus MUC5AC išraiška buvo ne kartą aptiktas pacientams, sergantiems skrandžio vėžys (GC). Šiame tyrime, ilgis polimorfizmas sudėtingame pasikartojantis regione greta MUC5AC
rengėjas buvo įvertintas 230 pacientams, sergantiems GC ir 328 vėžiu be kontrolės. Aleliai 1,4 ir 1,8 kb buvo žymiai labiau paplitę GC grupėje, nei kontrolės. Priešingai, 2.3 ir 2.8 kb aleliai įvyko gerokai žemesnius dažnius pacientams negu kontrolinės grupės. tada aleliai buvo suskirstyti į jautrių (S; 1,4 ir 1,8 kB), apsauginiai (p; 2,3 ir 2,8 kb) ir niekinis (N; visos kitos aleliai) kategorijas, atsižvelgiant į jų ryšį su polinkiu į GC. Asmenys, turintys genotipo SS turėjo 2,7 karto didesnę riziką GC atsiradimo, bet PN genotipas buvo susijęs su žymiai mažesne rizika šio vėžio. Be to, homozigotine arba Heterozigotinių asmenys su vienu ar dviem egzemplioriais 1.4 kb alelio parodė ankstesnį amžių pradžios ir daugiau pažangių metastazių etape, palyginti su pacientais, be šio alelio (Bonferroni ištaisyti p = 1,35 × 10 ^{-4 ir 6.60 × 10 -4 atitinkamai), o homozigotine pacientai su dviem kopijomis 1,8 kb alelio buvo siejamas su mažiau pažangių GC TNM etape. Mūsų rezultatai rodo, kad tam tikri genetiniai pokyčiai, MUC5AC
prieš kartojasi regionas yra susijęs su jautrumu ir progresavimo GC}

nurodomoji dalis:. Wangas, C Wang J Liu Y Guo x Zhang C (2014), MUC5AC
Upstream Kompleksiniai Pasikartojančios Regionas Ilgis Polimorfizmas yra susiję su jautrumu ir klinikinės etapas skrandžio vėžio. PLoS ONE 9 (6): e98327. Doi: 10,1371 /journal.pone.0098327

redaktorius: Javier S. Castresana, Navaros universitetas, Ispanija

Įstojo: Vasario 14, 2014 m Priėmė: Balandžio 30, 2014 m Paskelbta birželio 2 2014

Visos teisės saugomos: © 2014 Wang et al. Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Attribution licencija, kuri leidžia nevaržomai naudotis, paskirstymo ir dauginimąsi bet kokioje laikmenoje sąlygomis, su sąlyga, kad pirmasis autorius ir šaltinis įskaitomos

Finansavimas:. Šis darbas parėmė Nacionalinis gamtos mokslo fondo Kinijos inovacijoms Research Group (Nr 81.370.590). Į finansuotojai neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, ar ruošiant rankraštį

konkuruojančių interesų.. Autoriai pareiškė, kad nėra konkuruojantys interesai egzistuoja

Įvadas

Skrandžio vėžys (GC) yra vienas iš labiausiai paplitusių piktybinių navikų ir antra pagrindinė priežastis, dėl vėžio susijusių mirties visame pasaulyje [1]. Tačiau jo mechanizmas neaiškus. Nors kai kurie aplinkos veiksniai, pavyzdžiui, dietos, rūkymas ir Helicobacter pylori
, gali prisidėti prie kancerogenezėje skrandžio epitelinių ląstelių [2] - [4], tik gyventojų dalis veikiama tokių rizikos veiksnių išsivystyti GC per savo gyvenimą. Tai rodo, kad genetiniai veiksniai vaidina svarbų vaidmenį nustatant individo jautrumą GC [5], [6].

mucino Yra įvairių, sudėtingų, labai glikozilinto ekstraląsteliniuose baltymų svarbu išlaikyti epitelio homeostazę grupė. Vėžio ląstelės dažnai stebimas išreikšti netipiškų formų arba jų kiekį mucino, ir šie aberacijos yra manoma, kad vaidinti svarbų vaidmenį kancerogenezėje, ypač reguliuojant naviko ląstelių diferenciacijos, dauginimosi, ir naviko invazijos [7]. Pavyzdžiui, padidėjusią MUC1 ir MUC4 keliais skirtingais būdais adenokarcinoma prisidėjo prie vėžio ląstelių proliferaciją reguliavimo per sąveiką su epidermio augimo faktoriaus reguliatorius (EGFR) ir ekstraląsteliniuose signalo reguliuojamas [8] kinazės. Velcich ir kt
. parodė, kad Muc2
^{- /- pelių plėtoti adenomų žarnyne kad pažanga invazinių [9] adenokarcinomos, rodo apsauginį vaidmenį MUC2 žarnyne Tumorigenesis}

MUC5AC yra išskiriami. stingdiklių mucino bei skrandžio foveolar epitelio ląstelių [10] žymeklis. MUC5AC buvo laikomas dalyvauja skrandžio kancerogenezėje nes buvo nustatyta skrandžio karcinoma, kad yra žemesnio lygio MUC5AC raiškos nei įprasta skrandžio gleivinės [11] - [13], ir keli klinikiniai tyrimai parodė, kad MUC5AC išraiška lygis buvo susijęs su sunkumo GC; Tačiau, šie duomenys buvo nesuderinama [12], [14]. Ten buvo šiek tiek mokslinių tyrimų MUC5AC funkcijos ir mechanizmų, kuriais grindžiama jos vaidmenį GC plėtra, iki šiol buvo pranešta, kad triukšmo slopinimo MUC5AC, naudojant mažas segtukas RNR sudėtyje lentivirus, padidėjęs skrandžio vėžio ląstelių invaziją ir migracijos in vitro [13]. Tai prisideda prie įrodymų, kad kito, lygiai MUC5AC išraiškos gali dalyvauti GC patogenezėje. Funkciniai genetiniai polimorfizmas reglamente regione gali paveikti MUC5AC
genų ekspresijos ir tada prisidėti prie asmenų jautrumą skrandžio vėžio.

Pasikartojančios regionai DNR yra bendri visoje žmogaus genomo ir pasižymi jų dinamines, nestabili funkcijos [15], [16]. Jie yra pagrindinis generatorius genetinės variacijos ir yra laikomas pagrindžiančiais esminį genetinis kintamumas, su naujais mutacijos tokiuose regionuose paaiškinti daug "dingusio" paveldimumo polygenic ligų [17], [18], įskaitant GC [19]. Tačiau tai genetinės variacijos natūra negali būti įtraukti į genomo asociacijos studijos (GWAS) plokščių ir sudėtinga įvertinti patikimai. Intensyvus apžvalga MUC5AC
prieš reguliavimas regione ir aplink identifikuoti sudėtinga kartojasi regionas (vadinama MUC5AC-U
pasikartojantis regione). Mes įsipareigojo šį atvejo-kontrolės tyrimą, kuriuo siekiama nustatyti, pobūdį ir mastą genetinių polimorfizmas šiame regione, ir ištirti kiekvieno genetinio varianto atsiradimo ir progresavimo GC asociacija.

Metodai

Duomenų bazės paieškos ir analizė tiekėjų regione MUC5AC

UCSC genomo naršyklė (http://genome.ucsc.edu) ir GRCh37 /hg19 spaudai žmogaus genomo buvo naudojami generuoti žemėlapį, kuriame vietą ir pagrindinius genomo ypatybes MUC5AC
geno, įskaitant Histonas H3 lizino 27 acetilinimo (H3K27AC) statusą, transkripcijos faktorius jungimosi vietų, bendrų vieno nukleotido polimorfizmas (SNP) ir pasikartojantis sekos Genomo bruožai tiekėjų regione. DNR seka tiekėjų regione buvo atsisiųsta iš Ensembl (http://useast.ensembl.org/Homo_sapiens/Informacija /index).

Etika pareiškimas

Šis tyrimas buvo atliktas su patvirtinimas medicinos etikos komiteto Shandong University ir informavo rašytinis sutikimas buvo gautas iš visų dalykų. Rankraštis nėra nustatyti paciento informaciją. Duomenys buvo analizuojami ir anonimiškai buvo atliekami visi klinikiniai tyrimai pagal išreikštoms Helsinkio deklaracijos principais.

Studijų dalykai

Du šimtai trisdešimt pacientų su GC buvo pasamdyti, Shandong Province, šiaurės rytų Kinija, nuo 2011 sausio iki 2012 gruodžio Visi GC diagnozės buvo patologiškai patvirtino; atmetimo kriterijai apėmė vėžio jokio kito organo (ne iš pradžių iš skrandžio) ar Liftui radioterapija ar chemoterapija istoriją. Trys šimtai dvidešimt aštuoni asmenys vėžio nemokamai be jokių aptikti ar žinomų vėžio buvo surinkta kontrolės. Visi šie dalykai gyveno tose pačiose gyvenamosiose vietovėse, kaip ir tais atvejais, didžioji dauguma iš jų buvo atrinkti iš sveikų savanorių, ir maža dalis mūsų amžiaus kontrolę buvo surinkti iš ligonių su švelniomis širdies ir kraujagyslių ligų ligoninėse. Jų amžius ir lytis buvo suderinta su pacientų su GC. Visi dalykai buvo genetiškai nesusiję etninių Han kinų. Kiekviena tema buvo įvertintas individualiai, pretested klausimyną gauti demografinius duomenis ir informaciją apie susijusių rizikos veiksnių, pavyzdžiui, rūkymo ir alkoholio vartojimo. Asmenys, kurie rūkyti bent kartą per dieną ilgiau nei vienerius metus buvo apibrėžiamas kaip rūkalių, ir tie, kurie suvartojo tris ar daugiau alkoholinių gėrimų per savaitę daugiau nei šešis mėnesius buvo laikomi alkoholio mėgėjų. Klinikiniai duomenys ir patologiniai bruožai pacientų buvo surinkti ir patvirtinti iš savo ligos istoriją įrašus ir klausimynus, ir GC navikas, mazgas ir metastazės (TNM) etapai buvo klasifikuojami pagal Pasaulio sveikatos organizacijos sistemos (PSO).

Mėginiai ir DNR ekstrakcija

Vienas ml periferinio kraujo mėginys buvo renkami iš kiekvieno dalyko. Genomo DNR buvo išskirta iš kiekvieno mėginio, naudojant modifikuotas druskos gavybos technika [20].

gauti audinių mėginius iš 36 GC pacientams mūsų kohortos, o mėginiai iš kiekvieno paciento sudarė vėžinių audinių, atitinkamą para-karcinoma (apibrėžiamas kaip 1,0 cm atstumu nuo naviko masės) ir aplinkinių noncancerous skrandžio gleivinės audinius. Genomo DNR buvo išskirta iš šių pavyzdžių naudojant kraujo ir ląstelių kultūros DNR Mini Kit (Tiangen Biotech, Pekinas, Kinija).

vertinimas alelių dydžiai

MUC5AC-U
pasikartojantis regionas genotipo buvo atlikta naudojant polimerazės grandininė reakcija (PGR); genų būdingų gruntas sekas, buvo taip: jausmas 5'-TCCACCCTAACCCTGTCAGCCGC-3 "; Priešprasminis 5'-GTGGCAGGAGTGTGGGGAAAGG G-3 '. PGR amplifikacija DNR buvo atliktas bendras reakcijos tūrio 50 pL, kuriame yra 100 ng genomo DNR, 0.2 mikronų kiekvieno grunto ir 25 pL PrimeSTAR maks DNR polimerazė (Takara, Japonija). PGR buvo vykdoma 9700 Thermacycler (Perkin-Elmer, CA, USA) tokiu būdu: 5 minučių pradinio denatūruojant esant 94 ° C, o po to 30 ciklų 10 s tuo 98 ° C ir 2 minučių 68 ° C temperatūroje. PGR produktai buvo analizuojami gelio elektroforezės (1 voltas /cm), Tae buferio per 1,0% agarozės gelyje.

DNR sekos analizė

ir patvirtinkite genotipo nustatymo rezultatus, PGR amlifikuoti DNR mėginių (amplikonų ) buvo atrinkti ir išsiųsti BGI Technika (Pekinas, Kinija), skirtos gryninimui, ir Sanger sekos. Šiam testui buvo atliktas aklai atžvilgiu egzempliorių ir studijų dizainas.

Statistinė analizė

SPSS 13.0 programos (SPSS, Čikaga, IL, JAV) dirbo statistinei analizei. Skirtumai demografinių kintamųjų, rūkymo ir alkoholio vartojimo įpročių, ir sugrupuoti alelių dažnius tarp atvejo ir kontrolės dalyvių buvo palyginti naudojant chi kvadrato testas ar Fisher'io testą. buvo atlikta regresijos analizės, siekiant nustatyti šansų santykį (AR) už asociacijos GC ir MUC5AC-U
pasikartojančias regionas genotipus tarp kontrolės ir GC pacientams. AR buvo apskaičiuotas naudojant natūralią logaritmas ir jos standartinė paklaida. Chi-kvadrato testas ar tiksli Fišerio testas buvo naudojamas palyginti klinikinių ir patologinių charakteristikas pacientams. Tam, kad būtų galima kelis palyginimus, p vertės buvo ištaisyti (vnt), naudojant Bonferroni korekcija; PC = P × 31, visoje tyrimo, 31 statistinių bandymai buvo atlikti. Visi testai buvo dvipusiai, su pc. ≪ 0,05 laikomas statistiškai reikšmingas

Rezultatai

identifikavimas MUC5AC-U
pasikartojantis regionas

intensyvus apžvalga MUC5AC
prieš regionas nustatė sudėtingą 1710 bp pasikartojantis regionas (vadinama MUC5AC-U
pasikartojantis regioną), įsikūręs tarp nukleotidų -3162 iki -1452 tiekėjų iš ATG inicijavimo kodono ( Figūra 1). Ši pozicija iš karto pasroviui genomo lokuso su gebėjimu įpareigoti įvairius transkripcijos faktorius. MUC5AC-U
kartojasi regionas yra daug pertraukė netaisyklingos kartojasi skirtingų ilgių ir yra sudėtingas derinys mikrosatelitiniai (pvz, CTCA), minisatellite (pvz, CATTCACT arba CATTCACTCATT) ir megasatellite (pvz, ACCCATTCACTCACTCACTTATTCACTC) pasikartoja. Tuo 5 "regione, buvo rasta 300 bp seka turi būti dubliuojami tiksliai, galva į uodegą.

Studijų gyventojų

Visi asmenys, tyrimo (328 vėžio nemokamai kontrolė ir 230 GC pacientų) buvo iš Han Kinijos gyventojų ir be jokių žinomas paveldimos ligos. Abi grupės turėjo panašias paskirstymo amžiaus, lyties ir alkoholio vartojimas (χ ^{2 testus; p = 0,875, p = 0,589, p = 0,770, atitinkamai; lentelė S1). Nebuvo jokio reikšmingo skirtumo cigarečių rūkymo paskirstymo tarp pacientų ir kontrolės (p = 0,098). Pagal TNM sistemos, 10,9%, 10,0%, 21,7%, 42,2% ir 15,2% pacientų turėjo 0 etapas, I, II, III ir IV liga, atitinkamai (lentelė S2).}

asociacija pasikartojantis regionas genotipai su GC
rizika

genomo DNR mėginiai buvo izoliuotas nuo visų dalykų visame kraujyje ir naudojami kaip šablonų sustiprinti MUC5AC-U
pasikartojantis regioną. Aštuoni aleliai su nenuolatinio dydis svyruoja nuo 1,1 iki 2,8 kb buvo nustatyta šiame Han Kinijos gyventojų (2 pav.) 1.1 kb alelis buvo labiausiai paplitusi, 1,8 ir 2,0 kb aleliai buvo mažiau paplitęs, ir visi kiti buvo santykinai nedažnai (1 lentelė).

Bendras paskirstymas MUC5AC-U
pasikartojantys regionas aleliai tarp pacientų, sergančių GC gerokai skyrėsi nuo rastas kontrolės (χ ^{2 = 58,44, p = 3,09 × 10 -10). Dėl išsamesnės analizės, palyginimas alelių dažnio tarp pacientų ir kontrolės buvo atlikti individualiai kiekvienam alelio, naudojant Fisher testą (1 lentelė). 1.4 ir 1.8 kb aleliai buvo žymiai labiau paplitę Vėžiu sergantiems pacientams negu kontrolinės grupės (3,9% vs
0.0%, Kompiuteriu = 3.00 × 10 -6;. 35,4%, palyginti su 25,8%, Kompiuteriu = 1.56 × 10 -2, atitinkamai). Be to, iš 2.3 ir 2.8 kb alelių dažniai buvo reikšmingai mažesnis pacientams, sergantiems vėžiu negu kontrolinės grupės (3,3% vs 9,0%, p = 1,51 × 10 -4; 0,0% vs 1,8%, p = 0,002 , atitinkamai), ir daugeliui lyginimų koreguotos p reikšmės buvo 4,68 × 10 -3 2,3 kb ir 0,062 (rodančių), skirtas 2,8 kb alelio. Nerastas nei didelių skirtumų, kai buvo lyginami dažniai kitų alelių tarp atvejų ir kontrolės.}

Remiantis šiomis pastabomis, mes suklasifikavo aštuonis alelių jautrūs (-ai), apsauginiai (P) arba nulis, atsižvelgiant į rizikos (N) taip: S, 1,4 arba 1,8 kb; P 2.3 arba 2.8 KB; ir N, visi kiti aleliai. Dvidešimt viena MUC5AC-U
pasikartojantys regionas genotipai buvo visiškai identifikuoti mūsų atvejo-kontrolės gyventojų (lentelė S3), genotipas buvo tada apibrėžiamas kaip NN, SN, PN, SP, SS, ir ten buvo ne PP genotipas mūsų kohortos. Dažniausiai genotipas (NN) buvo paskirta kontrolinės grupės. Asmenys turintys homozigotiniu genotipo SS buvo 2,7 karto didesnę riziką GC atsiradimo (OR = 2.683, 95% PI = 1.554-4.361, PC = 0,012; 2 lentelė). PN genotipas buvo susijęs su žymiai mažesne rizika GC (OR = 0,257, 95% PI = 0,116-0,569, vnt = 0,031). Nei vienas iš heterozigotinės genotipų SN ir SP buvo susijęs su į GC (tiek p > 0,05) rizikos pokyčiams.

klinikiniai požymiai ir patologiniai charakteristikos ne diagnozuoti GC pacientams su skirtingo MUC5AC-U
pasikartojantys regionai

Kaip tikras kintamasis skaičius tandemas pakartoti polimorfizmas yra pranešama daryti dvigubas, prieštaraujančių padarinių riziką ir prognozę vėžio [21], mes palyginti pasireiškimo ir klinikinių stadijų tarp GC pacientams, sergantiems amžių ir be MUC5AC-U
pasikartojančias regionus 1.4, 1.8 ar 2.3 kb atskirai

mūsų mėginio, penkiolika GC pacientai (6,5%) nešė 1,4 kb alelio.; trys iš jų buvo homozigotinį dėl šio alelio, o likusi dalis buvo heterozigotinė. Žymiai didesnis procentas GC pacientams su bent vienu kopija 1,4 kb alelio buvo jaunesni (< 50 metų) asmenys arba su daugiau pažangių T (T4) ir M (M1) etapuose, palyginti su tais, trūksta ją (66,7% vs 17,2 %, p = 4,37 × 10 ^{-6; 93,3% vs 58,6%, p = 0,006; 53,3% vs 12,6%, p = 2,13 × 10 -5, atitinkamai; pc vertės = 1,35 × 10 -4, 0,186 ir 6,60 × 10 -4, atitinkamai, po koregavimo daugeliui lyginimų;. 3 lentelė)}

buvo 128 GC pacientai (55,7%), mūsų imtyje, kurie nešė 1,8 KB versija MUC5AC-U
pasikartojantis regioną; 35 pacientai buvo homozigotiškas pagal šio alelio. Homozigotinė pacientai linkę turėti vyresnį amžių pradžios (≥ 50 metų) ir mažiau pažangių T (TIS-T3), N (N0), ir TNM (sceniniai 0-II) etapai, palyginti su pacientais, kurie buvo ne homozigotiškas už 1,8 KB alelis (5,7%, palyginti su 23,1%, p = 0,021; 60,0% vs 35,4%, p = 0,006; 51,4% vs 29,2%, p = 0,010; 68,6% vs 37,9%, p = 7,43 × 10 ^{-4, atitinkamai), nors dauguma formaliai reikšmingų p vertybių neišgyveno Bonferroni korekcija (4 lentelė)}

Mes neradome asmenis, rodančius homozigotinę genotipą 2.3 /2.3 KB mūsų pavyzdžio.; Tačiau penkiolika GC pacientai (6,5%) buvo heterozigotinės už šį alelį. Heterozigotinės pacientai buvo vyresni už GC pradžios, nei pacientų, kuriems nebuvo, nors šis rezultatas buvo ribinio lygio reikšmės ir neišliko pataisą keliais bandymais. Nebuvo didelio skirtumo paskirstymo T, N, M arba TNM etapuose vėžio tarp pacientų su vienu ar jokia 2,3 kb alelio kopiją (5 lentelė).

analizė pasikartojantis regiono nestabilumo vėžio audiniuose

Kaip pasikartojantys regionai DNR yra nestabili įvairių žmogaus navikų, įskaitant GC [22], mes kitas nustatyti, ar hiperkintamas MUC5AC-U
pasikartojantys regionai skyrėsi ilgis nuo vėžio, para-karcinoma ir aplinkinių sveikų audinių nuo 36 GC pacientams. Rezultatai parodė, kad nėra Grupėje modelis tarp para-karcinoma ir normaliuose audiniuose visų 36 pacientų skirtumus; Tačiau ilgis pakitimai buvo pastebėti DNR pavyzdžių vėžio audiniuose dviem GC pacientų (3 paveikslas). Abiem atvejais, juostos buvo aptikta rodo perėjimą nuo ilgų alelių vėžio audinio trumpų alelių para karcinoma audinio. Vienu atveju, vienas alelis perėjo iš 2,0 kb prie romano, 0,9 kb alelio, ir, kitu atveju, vienas alelis pasikeitė nuo 2,3 kb 1,4 kb. Tarp 36 skrandžio vėžiu sergantiems pacientams išbandytų, vėžio susijusių genomo pertvarkymo į dažnis MUC5AC-U
kartojasi regionas buvo 5,6%.

Sanger sekos iš 1,1, 1,4 ir 1,8 kb alelių iš trijų GC pacientų

PGR Amplikonų apie 1,1 kb ir 1,4 kb alelių iš skrandžio vėžio audinių DNR buvo sėkmingai suplanuotą naudojant Sanger sekvenavimo technologiją. Šios sekos yra išvardyti Pagalbinė informacija failus. Mes negalėjome Iššifruoti visą fragmentą 1,8 kb amplikono (PGR amplifikacijos naudojant skrandžio vėžio audinių DNR), arba bet kokios kitos fragmentai > 1,8 kb, dėl sudėtingos ir pasikartojantis struktūros tiksliniame regione ir apribojimus technika. Sekos rodo tą patį pagrindinį genetinę struktūrą ir pasikartojančių vienetų kaip UCSC genomo kontroline seka, bet su skirtingais bendraisiais ilgio. Pradinė 300 BP esant 5 'galo 1,4 kb MUC5AC-U
pasikartojantis srities seką yra tiksliai dubliuoti į galvą su uodega modelio.

Diskusijos

šiame tyrime mes įvertino genetinės variacijos asociaciją kartojasi regione netoli MUC5AC
promotoriaus su atsiradimo ir progresavimo GC rizika. Mūsų tyrimas buvo pasiūlyta įvairių biologinių funkcijų MUC5AC į sveikų ir sergančių narių, unikalus vieta regiono potencialą, reglamentuojančius genų ekspresiją, kad labai dinamišką pobūdį pasikartojantis seka, ir šio nestabilumo poveikį kuriant naujus mutacijas.

analizė 230 GC pacientams ir 328 kontrolės parodė MUC5AC-U
kartojasi regionas buvo labai polimorfinės, su aštuonių skirtingų alelių (plius 0,9 kb alelio vėžio atvejų audinių iš vieno GC pacientui) nebūdamas į Han Kinijos gyventojų iš šiaurės rytų Kinijoje. Remiantis platinimo ir skirtumų alelių dažnius tarp GC pacientų ir kontrolės, šie aštuoni aleliai buvo suskirstyti į jautriems alelių (S: 1,4 ir 1,8 kB), apsauginės alelių (P: 2,3 ir 2,8 kb), ir tuščioms alelių (N: The kiti). Asmenys, turintys dvi jautrias alelių (SS) turėjo 2,7 karto didesnę riziką susirgti GC, o genotipas PN buvo susijęs su mažesne rizika skrandžio vėžio. Mūsų rezultatai rodo, kad genetinės įvairovės šiame regione yra reikšmingai susijęs su polinkiu į GC, ir tokiu būdu įtraukti į esamus įrodymus, kad kintančio MUC5AC išraiškos dalyvauja šios piktybinės ligos patogenezėje.

tolesnei analizei, mes Nustatyta, kad šie genetiniai variantai buvo ne tik susijęs su GC jautrumo, bet taip pat su savo prognozę. Mes nustatėme, pacientai su 1,4 kb alelio turėjo ankstesnį amžių GC pradžios ir buvo labiau linkę Išplėstinė T ir M stadijos ligas. Kaip Išplėstinė T ir M etapai yra susiję su blogos prognozės apskritai, mūsų rezultatai rodo, kad GC pacientai su 1,4 kb alelio buvo susiję su greitesniu ligos progresavimą. Priešingai, pacientai homozigotine už 1,8 kb alelio linkę turėti vyresnį amžių, diagnostikos ir mažiau pažangių T, N ir TNM etapais, nei kitiems pacientams, nurodant šį genotipą gali mažinti besivystančių išplitusiu skrandžio vėžio riziką ir būti susijęs su geresniu rezultatas

Pasikartojančios regionai genomo buvo atmestas kaip nonfunctional "šlamšto" DNR anksčiau.; Tačiau neseniai atliktas tyrimas nustatė, kad iki 25% genų skatinančių Saccharomyces cerevisiae
genomo yra pasikartojančių sekų [23]. Panašus pasiskirstymas kartu kartoja į rengėjams, homo sapiens
genai taip pat parodė, kad genai, kuriuos varo pakartoti turinčių rengėjams turėjo žymiai didesnes transkripcijos skirtumų [23]. Daugybė tyrimų parodė, kad daug variantų pasikartojantis regionuose skatinančių medžiagų įtakos genų ekspresiją ir prisidėti prie genetinį polinkį į įvairias žmogaus sutrikimų [24] - [26], ir nuo vėžio, taip pat [27] - [29]. Keli molekulinius mechanizmus gali remiasi kartotinio regionų rengėjams dėl genų ekspresijos poveikį; Pavyzdžiui, jie gali pakeisti transkripcijos faktorius jungimosi vietų skaičių, generuoti pokyčius kritinių promotoriaus elementų tarpai, moduliuoti RNR surišančių baltymų veiklą ar įtakos chromatino struktūrą [23]. Pagal DNR elementai (koduoti) rinkinį, kurį galima vizualizavimo enciklopedija ir atsisiųsti per UCSC genomo Browser (http://genome.ucsc.edu/), regionas, kuriame yra MUC5AC-U
pasikartojantis regioną yra grupes žinomas transkripcijos faktorius jungimosi vietų ir yra praturtintas už Histonas H3 lizino 27 acetilinimo (H3K27ac), patikimos persekiotoją aktyvaus chromatino. Taigi ilgio pokytis šio pasikartojantis regione gali turėti didelį poveikį DNR struktūrą ir transkripcijos veiksnio privalomas, taigi nuo genų reguliavimo. Todėl, mūsų išvada yra tarp pasikartojantis regione ilgio ir GC rizikos pokyčių asociacijos galima paaiškinti pokyčių MUC5AC lygiais. Tai bus išnagrinėtos būsimoms studijoms, kurios tirs, ar 1,4 ir 1,8 kb aleliai padidinti promotoriaus aktyvumą ir jei 2.3 ir 2.8 kb aleliai nuslopinti ją. Tokie tyrimai padės atskleisti tikslią vaidmenį šiame regione vaidina plėtros ir prognozavimo GC.

Genomo nestabilumas buvo įrodyta, turi įtakos naviko inicijavimui ir progresavimą, spartinant daugelio genetinių pakitimų, atsakingų už vėžinių ląstelių vystymąsi kaupimosi [30]. Nors spontaniškos pertvarkymai kartojamų regionuose buvo aptikta dažniau gemalo linijos nei somatinių ląstelių [31], keli tyrimai parodė, pasikartojantys regionai yra nestabilios įvairių žmogaus navikų [32] - [34], įskaitant GC [35]. Kai mes išnagrinėjo MUC5AC-U
pasikartojantis regionas ilgio DNR nuo normalių ir vėžinių audinių iš kai kurių GC pacientams, mes nustatėme, du pavyzdžius ilgio pakitimų. Tiek konvertuoti ilgai trumpais alelių, ir 1,4 kb alelis, susijęs mūsų tyrime su padidėjusia rizika GC, pasirodė vienoje byloje. Nors genetinė pertvarkymas dažnis buvo gana mažas, šis rezultatas reiškia, kad nestabilumas šiuo lokuso prisideda prie skrandžio vėžio, kai kuriais atvejais patogenezėje.

apie 300 bp DNR segmentą dubliavimo šio sudėtingo pasikartojantis regione pradžios yra svarbūs šiame kontekste. Šis dvilypumas greičiausiai įvyko kelis kartus formuoti didesnius alelių variantus, kurie skiriasi vienas nuo kito, daugiausia ~300 bp žingsniais. Pavyzdžiui, mes spėlioti 1,4 kb alelis buvo sukurtas šio dubliavimosi nuo 1,1 kb alelio, kuri yra labiausiai paplitusi alelis mūsų tiriamojoje populiacijoje. Šis dvilypumas įvykis gali būti susijęs su genomo nestabilumo, kuris yra plačiai dalyvauja Tumorigenesis, plėtros ir metastazių skrandžio vėžio. Yra pranešimų panašių dubliavimo renginių dideliais centrinės pasikartojantis egzonų yra MUC5AC
[36].

Nors mes ne pasiekti naujus sekas, kurios išskiria juos su kontroline seka trijų pasirinktų GC pacientų, iš 1.1, 1.4 ir 1.8 KB alelių DNR fragmentus, mes rasti daug SNP, kurie galėtų būti naudojami kaip pakaitalai už alelių dydžių ir stiprus LD su kitais genetinių markerių ne regiono, be ilgio skirtumus. Dėl didžiojo sudėtingumą, trukmę, aukštos panašumo visame regione, o iš sekos technika ribos, mes negalėjome Iššifruoti visą regioną DNR Amplikonų iš visų dalykų; Vadinasi, kitos sekos funkcijos ir genetiniai variantai nebuvo atskleista labai tikėtina. Be to, mes negalime pasakyti, jei yra daugiau dramatiškų genetinių mutacijų įvykiai įvyko genomo DNR vėžio audinio, kuris bus sunkiau, bet tikėtina, labiau produktyvus.

Kiek mums žinoma, tai yra pirmoji ataskaita rodo tarp genetinės variacijos asociaciją, MUC5AC-U
pasikartojantis regioną ir skrandžio vėžio riziką. Mes parodė tam tikrus genų ilgio variantai pasikartojantis regione aplink MUC5AC
rengėjas yra žymiai susijęs su polinkiu į GC, ir jos klinikinių etapais. Būsimieji, didelio masto bandymai, taip pat gerai suprojektuoti mechanizmų tyrimus, privalo patvirtinti savo išvadas.

Pagalbinė informacija
S1 paveiksle.
Keli seka suderinimas MUC5AC-U pasikartojantis regiono variantų. PGR amplikonų apie 1,1 kB, 1,4 kB, ir 1,8 kb alelių iš skrandžio vėžio audinių DNR sekos buvo naudojant Sanger sekvenavimo technologiją. A.1.1 KB seka. B. 1.4 KB seka. C. 1,8 kb alelis seka su tuo 3 "pusėje tarpas
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0098327.s001
(TIF)
S1 lentelėje.
skirstiniai atrinktų charakteristikų skrandžio vėžio atvejų ir kontrolės
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0098327.s002
(DOC)
S2 stalo.
TNM etapai atvejais skrandžio vėžio
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0098327.s003
(DOC)
S3 lentelėje.
pasiskirstymas MUC5AC-U pasikartojantis regiono genotipų skrandžio vėžio atvejų ir kontrolės
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0098327.s004
(DOC)

Padėka

autoriai dėkoja dr Xiaowei Yang dėl savo techninės paramos, statistinės analizės ir Domu diskusijoje. Mes pripažįstame visų tyrime dalyvavusių tiriamųjų, ir jų artimųjų pastangas.

• PLoS ONE: Histono deacetilazės HDAC4 Skatina skrandžio vėžio SGC-7901 ląstelių vystymąsi per p21 represijų
• PLoS ONE: Prohibitin išraiška dereguliavimo skrandžio vėžys yra susijęs su 3 "neišverstų regione 1630 C > T polimorfizmo ir kopijų skaičiaus kitimas