PLoS One: MUC5AC Upstream Complex ismétlődő régió hossza polimorfizmus társul érzékenységi és klinikai stádium Gyomor Cancer

absztrakt katalógusa

MUC5AC tekintetében kell vonni a gyomor karcinogenezis óta aberráns MUC5AC kifejezés már többször kimutatott betegek gyomorrák (GC). Ebben a vizsgálatban, hossz polimorfizmus egy bonyolult ismétlődő szomszédos régiót MUC5AC
promoter értékelték 230 betegeknél GC és 328 rák-mentes ellenőrzéseket. Allélja 1,4 és 1,8 kb szignifikánsan gyakoribb a GC csoportban, mint a kontroll. Ezzel szemben a 2,3 és 2,8 kb allélek fordultak elő szignifikánsan alacsonyabb frekvenciákon betegeknél, mint a kontroll. Allélek majd sorolni az érzékeny (S; 1,4 és 1,8 kb), védő (P; 2,3 és 2,8 kb) és null (N, az összes többi allél) kategóriák tekintetében való kapcsolódásának a fogékonyság GC. Egyének genotípus SS volt 2,7-szeres fokozott a GC előfordulása, de PN genotípus esetén jelentősen csökkent kockázatával ez a rák. Sőt, homozigóta vagy heterozigóta egyének egy vagy két példányban 1,4 kb allél mutatott korábbi életkorban alakul és fejlettebb metasztázis stádium, mint kezelés nélkül ez az allél (Bonferroni korrigált p = 1,35 × 10 ^{-4 és 6,60 × 10 -4 megfelelően), míg homozigóta betegek két példányban 1,8 kb allél kötődtek kevésbé fejlett GC TNM. Eredményeink arra utalnak, hogy bizonyos genetikai eltérések MUC5AC katalógusa upstream ismétlődő régió kapcsolódó érzékenység és progresszióját GC. Katalógusa}

Citation: Wang C, Wang J, Liu Y, Guo X, Zhang C (2014) MUC5AC katalógusa Upstream Complex ismétlődő régió hossza polimorfizmus társul érzékenységi és klinikai stádiuma a gyomorrák. PLoS ONE 9 (6): e98327. doi: 10,1371 /journal.pone.0098327 katalógusa

Szerkesztő: Javier S. Castresana, Navarrai Egyetem, Spanyolország katalógusa

Beérkezett: február 14, 2014; Elfogadva: 30. április 2014; Megjelent: június 2, 2014 katalógusa

Copyright: © 2014 Wang et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa

Forrás: Ez a munka támogatott Nemzeti Természettudományi Alapítvány Kína Innovation Research Group (No. 81370590). A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető

a gyomorrák (GC) az egyik leggyakoribb rosszindulatú és a második vezető oka a rák okozta halál világszerte [1]. Azonban a mechanizmusa még nem tisztázott. Bár néhány környezeti tényezők, mint például a táplálkozás, a dohányzás és a Helicobacter pylori katalógusa, hozzájárulhat karcinogenitási gyomornyálkahártya-sejtek [2] - [4], csak egy töredéke a kitett lakosság ilyen kockázati tényezők fejlesztésére GC életük során. Ez azt sugallja, hogy a genetikai tényezők játszanak döntő szerepet az egyén fogékonyság GC [5], [6].

A mucinok egy csoport különböző, komplex, erősen glikozilált extracelluláris fehérjék fontos fenntartásában epiteliális homeosztázist. A rákos sejtek gyakran megfigyelhető, hogy kifejezzék aberrált formáit vagy mennyiségű mucinok, és ezek a rendellenességek úgy gondolják, hogy szerepet játszanak a karcinogenezisben, különösen a szabályozás a tumorsejt-differenciálódás, burjánzás és a tumor invázió [7]. Például overexpressziója MUC1 és MUC4 több különböző formáit adenocarcinoma hozzájárult a szabályozás a rákos sejtek szaporodását keresztül kölcsönhatás epidermális növekedési faktor-szabályozó (EGFR) és az extracelluláris szignál-szabályozott kináz [8]. Velcich és munkatársai katalógusa. kimutatták, hogy a MUC2 katalógusa ^{- /- egerek fejlesztése adenoma a bélben, hogy fejlődik áttétes adenocarcinoma [9], ami arra utal, védő szerepe MUC2 bél tumorogenezisben. katalógusa}

MUC5AC egy kiválasztott gélképző mucin és a marker a gyomor foveolar hámsejtek [10]. MUC5AC ítélték, hogy részt vesz a gyomor karcinogenezis óta gyomor karcinóma találtuk, hogy tartalmazza egy alacsonyabb szintű MUC5AC kifejezés, mint a normál gyomornyálkahártya [11] - [13], és számos klinikai vizsgálatok kimutatták, hogy MUC5AC expressziós szint társult súlyossága GC; Azonban ezek az adatok nem voltak konzisztensek [12], [14]. Kevés kutatás MUC5AC funkció és a mögötte rejlő mechanizmusok szerepe a GC fejlesztés, egészen a közelmúltig azt jelentették, hogy hangtompító MUC5AC, egy kis hajtű RNS-t tartalmazó lentivírus, fokozott gyomor rákos sejtek invázióját és migrációs in vitro [13]. Ez hozzáadódik a bizonyíték, hogy a megváltozott szintjének MUC5AC kifejezés lehet vonni GC patogenezisében. Funkcionális genetikai polimorfizmusok a rendeletben régió befolyásolhatja MUC5AC
génexpressziót, majd hozzájárulnak az egyén fogékonyságát az gyomorrák.

ismétlődő DNS régiók vannak közös az egész emberi genom és az jellemzi, dinamikus, stabil jellemzői [15], [16]. Ezek a fő generátor genetikai variáció és tartják a fedezeti jelentős genetikai variabilitás, a új mutációt az ilyen régiókban elmagyarázza sok a "hiányzó" örökölhetősége a poligénes betegségek [17], [18], beleértve a GC [19]. Azonban ez a fajta genetikai variáció nem lehet benne genomot egyesület tanulmányok (GWAS) panelek és kihívást értékelésére megbízhatóan. Intenzív felülvizsgálata MUC5AC katalógusa upstream szabályozó régióban és környékén amely egy bonyolult ismétlődő régiójából (úgynevezett MUC5AC-u
ismétlődő régió). Mi vállalta az eset-kontroll tanulmány meghatározza a jellegét és mértékét a genetikai polimorfizmusok ebben a régióban, és fedezze fel a szövetség egyes genetikai variáns előfordulása és progressziója GC. Katalógusa

Módszerek

adatbázis kereséseket és elemzése az upstream régió MUC5AC Matton

a UCSC genom böngésző (http://genome.ucsc.edu) és a GRCh37 /hg19 felszabadulását az emberi genom használták generál egy térkép mutatja a helyét és a nagyobb genomiális jellemzői a MUC5AC
gén, beleértve a hiszton H3 lizin 27 acetilezést (H3K27AC) állapot, transzkripciós faktor kötőhelyeket, közös egyetlen nukleotid polimorfizmusok (SNP), és az ismétlődő szekvencia genomiális jellemzői az upstream régiót. A DNS-szekvencia az upstream régiót letöltött Ensembl (http://useast.ensembl.org/Homo_sapiens/Info /Index). Katalógusa

Etikai nyilatkozat katalógusa

Ezt a vizsgálatot az jóváhagyása Orvosi Etikai Bizottságának Shandong Egyetem és tájékozott írásos beleegyezése érkezett minden témában. A kézirat nem tartalmaz azonosító betegek adatait. Az adatok elemzését névtelenül, és minden klinikai vizsgálatokat végeztek elveknek megfelelően kifejezett Helsinki Nyilatkozatban. Katalógusa

Vizsgálati alanyok katalógusa

kétszázharminc betegek GC vettek Shandong tartomány, észak Kína között 2011. január 2012. december Minden diagnózist GC volt kórosan megerősítette; kizárási kritériumok között szerepelt történelmi rák bármely más szerv (eredetileg nem gyomor) vagy átesett sugárterápia vagy kemoterápia. Háromszáz huszonnyolc rák-mentes egyének nélkül kimutatható vagy ismert rákok gyűjtöttünk kontrollként. Mindezek alanyokat él ugyanabban a lakott területeken, mint az esetek túlnyomó többségük kiválasztott egészséges önkénteseken, és egy kis része a mi idősebb ellenőrzések gyűjtöttünk fekvő- enyhe szív- és érrendszeri betegségek, a kórházak. Az életkor és a nem egyezett azokkal betegek GC. A vizsgálatba bevont személyek genetikailag nem rokon etnikai han kínai. Minden alanyt egyenként értékelte a tesztelt modell kérdőív szerezni demográfiai adatok és információk a kapcsolódó kockázati tényezők, mint például a dohányzás és az alkoholfogyasztás. Azok, akik a füstölt legalább naponta egyszer, egy évnél hosszabb definiáltuk dohányosok, és azok, akik fogyasztanak a három vagy több alkoholos ital hetente több mint hat hónapig tartották alkoholfogyasztóknak. Klinikai adatok és patológiai jellemzőit betegek gyűjtöttünk, és megerősítette a saját orvosi előzményeket és a kérdőívek és GC tumor, csomópont és metasztázis (TNM) szakaszában sorolták rendszer szerint az Egészségügyi Világszervezet (WHO). Katalógusa

mintákat és DNS kivonás katalógusa

Egy ml perifériás vérmintát vettünk minden alanytól. A genomiális DNS-t izoláltunk az egyes mintát egy módosított só extrakciós technika [20].

nyert szövetminták 36 GC betegek a mi kohorsz, és a mintákat minden egyes beteg állt rákos szövet, a megfelelő para-karcinóma (definiáljuk, hogy 1,0 cm-re a tumor tömege) és a környező jóindulatú gyomornyálkahártya szövetekben. A genomi DNS-t izoláltunk ezekből a mintákból a vér és a sejtek Kultúra DNA Mini Kit (Tiangen Biotech, Peking, Kína). Katalógusa

értékelése allél méretek katalógusa

MUC5AC-u katalógusa ismétlődő régió genotipizálást végeztünk a polimeráz-láncreakció (PCR); a gén-specifikus primer szekvenciák használhatók a következők voltak: szensz 5'TCCACCCTAACCCTGTCAGCCGC-3 '; antiszensz 5'GTGGCAGGAGTGTGGGGAAAGG G-3 '. PCR-amplifikáció DNS-t végeztünk egy teljes reakció-térfogat 50 jil, amely 100 ng genomi DNS-t, 0,2 uM mindegyik primerből és 25 ul PrimeSTAR Max DNS-polimerázt (Takara, Japán). PCR-t hajtjuk végre egy 9700 Thermacycler (Perkin-Elmer, CA, USA), az alábbiak szerint: 5 perces kezdeti denaturáció 94 ° C hőmérsékleten, majd 30 ciklus 10 s 98 ° C-on és 2 percig 68 ° C-on. A PCR-termékeket gélelektroforézissel vizsgáltunk (1 V /cm) TAE-pufferben keresztül 1,0% -os agaróz gélen.

DNS szekvenálás assay

gombot a genotipizálási eredményeket, PCR-amplifikált DNS-mintákat (amplikonok ) választottak ki, és küldött BGI Tech (Peking, Kína) tisztítására és Sanger szekvenálás. Ezt a vizsgálatot végeztek vak tekintetében a minták és a vizsgálatnak. Katalógusa

A statisztikai elemzés katalógusa

SPSS 13.0 szoftver (SPSS, Chicago, IL, USA) használtunk a statisztikai elemzéshez. Különbségek a demográfiai változók, dohányzás és az alkoholfogyasztás, és csoportosított allél frekvenciák közötti eset és kontroll csoport segítségével hasonlítottuk össze a chi-négyzet teszt vagy Fisher-féle egzakt tesztet. Regressziós analízist végeztünk, hogy meghatározzuk az esélyhányados (OR) társulásának GC és MUC5AC-u
ismétlődő régió genotípusok között az ellenőrzések és a GC betegeknél. Legkülső régiók kiszámításához a természetes logaritmus és annak standard hibáját. A Chi-négyzet próba vagy Fisher-féle egzakt tesztet alkalmaztunk az összehasonlításra a klinikai és patológiai jellemzői a betegek. Annak érdekében, hogy a többszörös összehasonlítás, o értékeket korrigáltuk (db) a Bonferroni korrekciót; pc = p × 31-ben, az egész vizsgálat, 31 statisztikai teszteket végeztek. Minden vizsgálatot kétoldalas, PC < 0,05 tekintettük statisztikailag szignifikánsnak. Katalógusa

Eredmények katalógusa

azonosítása MUC5AC-u
ismétlődő régió katalógusa

Intenzív felülvizsgálata MUC5AC katalógusa upstream régiót azonosítottak egy bonyolult 1710 bp ismétlődő régiót (az úgynevezett MUC5AC-u
ismétlődő régió) között található nukleotidok -3.162--1.452 fölfelé az ATG kodon ( 1.ábra). Ez az álláspont közvetlenül downstream egy genomi lokusz azzal a képességgel, hogy kötődik számos transzkripciós faktorok. A MUC5AC-u
ismétlődő régió számos olyan megszakított szabálytalan ismétlődik különböző hosszúságú és egy bonyolult kombinációja mikroszatellit (például CTCA), miniszatellit (például CATTCACT vagy CATTCACTCATT) és megasatellite (például ACCCATTCACTCACTCACTTATTCACTC) ismétlődik. Az 5 'régió 300 bp szekvenciát találtak kell kettőnek pontosan, fej-farok. Katalógusa

Study lakosság katalógusa

Minden egyén a vizsgálatba (328 ráktól mentes ellenőrzések és 230 GC beteg) volt egy han kínai népesség, és anélkül, ismert örökletes betegség. Mindkét csoportban hasonló megoszlása ​​életkor, a nem és az alkoholfogyasztás (χ ^{2 teszt; p = 0,875, p = 0,589, p = 0,770, illetve, táblázat S1). Nem volt szignifikáns különbség a forgalmazási a cigarettázás között a betegek és a kontrollok (p = 0,098). Szerint a TNM rendszer, 10,9%, 10,0%, 21,7%, 42,2% és 15,2% -ánál színpadi 0, I, II, III és IV-betegség, illetve (táblázat S2). Katalógusa}

Szövetsége ismétlődő régió genotípusok a kockázata a GC

genomiális DNS-mintákat izoláltunk teljes vér összes alanyok és templátként alkalmaztuk amplifikálására MUC5AC-u
ismétlődő régiót. Nyolc allélek szakaszos méretben 1,1-2,8 kb-azonosítottunk ebben a Han kínai populációban (2. ábra). Az 1,1 kb allél volt a leggyakoribb, a 1,8 és 2,0 kb allélok kevésbé gyakori, és a többiek mind viszonylag ritka (1. táblázat). Katalógusa

Az általános eloszlása ​​ MUC5AC-u katalógusa ismétlődő régió allél betegek körében GC jelentősen eltért, hogy talált a kontroll (χ ^{2 = 58,44, p = 3,09 × 10 -10). A további elemzés összehasonlítását allél közötti frekvenciákon betegek és a kontrollcsoport készült külön minden alléi, Fisher-féle teszt (1. táblázat). A 1,4 és 1,8 kb allél szignifikánsan gyakoribb a daganatos betegeknél, mint a kontroll (3,9% vs.
0,0%, db = 3,00 × 10 -6; 35,4% vs. 25,8%, db = 1,56 × 10 -2-kal). Továbbá, a frekvencia a 2,3 és 2,8 kb allélek szignifikánsan alacsonyabb volt a rákos betegek, mint a kontrollokban (3,3% vs. 9,0%, p = 1,51 × 10 -4; 0,0% vs. 1,8%, p = 0,002 kal), és a többszörös összehasonlításokat korrigált p értékeket 4,68 × 10 -3 az 2,3 kb és 0,062 (utaló) a 2,8 kb alléllal. Nem találtunk szignifikáns különbséget, ha frekvenciákat más allélok közötti esetek és a kontrollok összehasonlítva. Katalógusa}

Ezek alapján osztályoztuk a nyolc allélek fogékonyak (S), védő (P), vagy null rendelkeznek a kockázatkezelés (N) a következő: s, 1,4 vagy 1,8 kb; P, 2,3 vagy 2,8 kb; és az N, az összes többi allél. Huszonegy MUC5AC-u
ismétlődő régió genotípus teljesen azonosult a mi eset-kontroll populáció (táblázat S3), a genotípus alapján lehet meghatározni, mint NN, SN, PN, SP, SS, és nem volt PP genotípus a mi kohorsz. A leggyakoribb genotípus (NN) jelölték, mint a referencia-csoport. Egyének homozigóta genotípus SS volt egy 2,7-szeres fokozott kockázata GC előfordulása (OR = 2,683, 95% CI = 1,554-4,361, pc = 0,012; 2. táblázat). A PN genotípus esetén jelentősen csökkent kockázatával GC (OR = 0,257, 95% CI = 0,116-0,569, pc = 0,031). Sem a heterozigóta genotípusok SN és az SP járt változás kockázatának GC (mindkettő p > 0,05). Katalógusa

A klinikai és patológiai jellemzőket diagnózisa GC betegek eltérő MUC5AC-u
ismétlődő régiók katalógusa

Mivel bizonyos változó számú tandem repeat polimorfizmusok jelentették, hogy gyakoroljon kettős, ellentétes hatással van a kockázat és a prognózis a rák [21], összehasonlítottuk a korban kezdődő és a klinikai szakaszban közötti GC betegek és nélkül MUC5AC-u
ismétlődő régiók 1,4, 1,8, illetve 2,3 kb külön-külön. katalógusa

a mi adataink szerint tizenöt GC beteg (6,5%) végzett az 1,4 kb allél; hárman homozigóta erre az allél és a fennmaradó heterozigóta volt. Jelentősen magasabb százalékos GC betegek legalább egy példányát a 1,4 kb allél fiatalabbak voltak (< 50 év) egyének vagy fejlettebb T (T4) és az M (M1) szakaszában azokkal szemben hiányzik IT (66,7% vs. 17,2 %, p = 4,37 × 10 ^{-6; 93,3% vs. 58,6%, p = 0,006; 53,3% vs. 12,6%, p = 2,13 × 10 -5 rendre; PC értékek = 1,35 × 10 -4 0,186 és 6,60 × 10 -4, illetve korrekció után többszörös összehasonlítások; 3. táblázat). katalógusa}

voltak 128 GC beteg (55,7%) a mintában, aki végzett a 1,8 kb változata a MUC5AC-u
ismétlődő régióban; 35 beteg homozigóta volt ez az allél. Homozigóta betegek inkább egy régebbi kor kezdete (≥ 50 év), és a kevésbé fejlett T (Tis-T3), N (N0), és a TNM (szakasz 0-II) szakaszában betegekhez képest, akik nem voltak homozigóta a 1.8 KB allél (5,7% vs. 23,1%, p = 0,021; 60,0% vs. 35,4%, p = 0,006; 51,4% vs. 29,2%, p = 0,010; 68,6% vs. 37,9%, p = 7,43 × 10 ^{-4-kal), bár a legtöbb névlegesen szignifikáns p értékek nem élte túl a Bonferroni korrekció (4. táblázat). katalógusa}

nem található az egyének mutatja a homozigóta genotípus 2,3 /2,3 kb mintánkban; azonban tizenöt GC beteg (6,5%) volt heterozigóta erre allél. Heterozigóta betegek idősebbek voltak a GC kialakulása, mint azoknál, akik nem voltak, bár ez az eredmény marginális szignifikancia szint és nem élte túl a korrekció több teszten. Nem volt szignifikáns különbség a felosztott T, N, M vagy TNM szakaszában a rák betegek között egy vagy nem másolatot a 2,3 kb allél (5. táblázat).

Elemzés ismétlődő régió instabilitás rákos szövetekben

Mivel az ismétlődő DNS régiók instabilak különféle humán rosszindulatú folyamatok, köztük GC [22], a következő alkalommal határozni, hogy a hipervariábilis MUC5AC-u
ismétlődő régiók eltérő hossza között a rák, a para-karcinóma és környező ép szövetek 36 GC betegeknél. Az eredmények nem mutattak különbségeket sáv minta között para-carcinoma és normál szövetekben mind a 36 beteg; Azonban hossz elváltozásokat figyeltek meg a DNS-mintákat a rák szövetek két GC betegnél (3. ábra). Mindkét esetben sávokat detektáltunk mutatja az eltolódást a hosszú allélek rákos szövet rövid allélek para-karcinóma szövetet. Az egyik esetben, egy allél eltolódott 2,0 kb egy új, 0,9 kb allél, és egy másik esetben az egyik allél eltolódott 2,3 kb és 1,4 kb. Között 36 gyomorrákos betegek vizsgált gyakorisága rákkal kapcsolatos genom átrendeződés MUC5AC-u
ismétlődő régió 5,6% volt. Katalógusa

Sanger szekvenálás a 1.1, 1.4 és 1.8 kb allélek három GC betegek

PCR amplikonok az 1,1 kb és 1,4 kb allélek a gyomorrák szövet DNS-t sikeresen szekvenáltuk a Sanger-féle szekvenálással technika. Ezek a szekvenciák felsorolása található a kiegészítő információk fájlokat. Nem tudtuk szekvenálni a teljes fragmenst egy 1,8 kb fragmentum (PCR-fragmentum felhasználásával a gyomorrák szövet DNS-t), vagy bármely más fragmentumok > 1,8 kb, mivel a bonyolult és ismétlődő szerkezet a célterület és korlátait a technika. A szekvenciák mutatják ugyanazt a fő genetikai összetételét és ismétlődő egységek, mint a UCSC genom referencia szekvencia, de összességében különböző hosszúságban. A kezdeti 300 bp 5 'végén a 1,4 kb A MUC5AC-U
ismétlődő régió szekvenciát pontosan duplikálva head-to-tail mintát.

Discussion

Ebben a tanulmányban megvizsgáltuk az összefüggést a genetikai variáció egy ismétlődő régió közel a MUC5AC katalógusa promoter előfordulásának kockázatát és progressziójának GC. A tanulmány által javasolt különböző biológiai funkcióit MUC5AC az egészséges és beteg állapotok, az egyedülálló helyen a régió potenciális szabályozó génexpresszió, a rendkívül dinamikus jellegét ismétlődő szekvencia, és ennek hatása instabilitás generáló új mutációt.

elemzése 230 GC betegek és 328 kontroll kimutatta a MUC5AC-u
ismétlődő régió rendkívül polimorf, nyolc különböző allél (plusz egy 0,9 kb allél a rákos szövetet egy GC beteg) van jelen a han kínai lakosság Kína északkeleti. Eloszlása ​​alapján és különbségeinek allél frekvenciák között GC betegek és a kontroll, a nyolc allélek soroltuk fogékony allél (S: 1,4 és 1,8 kb), védő allél (P: 2,3 és 2,8 kb), és null allél (N: a mások). Egyének csapágy két fogékony allél (SS) volt egy 2,7-szeresére nőtt kialakulásának kockázata GC, és a genotípus PN járt kockázatának csökkenésével gyomorrák. Eredményeink azt sugallják, hogy a genetikai variáció ebben a régióban szignifikánsan összefügg a hajlama GC, és ezáltal növelik a meglévő bizonyítékok, amely megváltoztatja a MUC5AC expresszió patogenezisében részt vevő ennek rosszindulatú betegség.

további elemzés azt megállapították, hogy ezek a genetikai variánsok nem csak társult GC fogékonyság, hanem annak prognózist. Találtunk betegek 1,4 kb allél egy korábbi kor GC kezdődő és nagyobb valószínűséggel a fejlett T és M fázisban betegségek. Például a fejlett a T és M fázisában vannak társítva egy rossz prognózist általában, eredményeink azt mutatták, hogy a GC betegek a 1,4 kb allél kötődtek gyorsabb a betegség progressziója. Ezzel szemben, a homozigóta betegek a 1,8 kb allél jellemzően van egy régebbi életkor a diagnózis és a kevésbé fejlett t, n, és a TNM szakaszában, mint a többi betegnél, jelezve ezt a genotípus csökkentheti a kialakulásának kockázatát előrehaladott gyomorrák és társítható egy jobb kimenetelét.

az ismétlődő régiók a genom már elutasította a nem funkcionális "szemét" DNS korábban; Ugyanakkor egy friss tanulmány kimutatta, hogy akár 25% -a génpromotereket a Saccharomyces cerevisiae katalógusa genom tartalmaz ismétlődő szekvenciákat [23]. Ehhez hasonló megoszlása ​​tandem ismétlődések a támogatói Homo sapiens katalógusa géneket is kimutatták, hogy a gének által vezérelt ismételt tartalmazó promóter szignifikánsan magasabb arányban transzkripciós divergencia [23]. Számos tanulmány kimutatta, hogy sok variáció ismétlődő régiójában promoterek befolyásolják a génexpressziót, és hozzájárul a genetikai hajlam a különböző emberi betegségek [24] - [26], és a rák, valamint [27] - [29]. Számos molekuláris mechanizmusok hátterében hatásait ismétlődő régiók promóterek génexpressziós; Például, megváltoztathatja a számát transzkripciós faktor kötőhelyeket, generálni változások a távolság a kritikus promoter elemek, aktivitását modulálják RNS-kötő fehérjék, vagy befolyásolják a kromatin struktúráját [23]. Az Encyclopedia of DNA Elements (KÓDOLÁSÁRA) adatbázisba, a rendelkezésre álló megjelenítés és töltse keresztül a UCSC Genome Browser (http://genome.ucsc.edu/), a régió, amely a MUC5AC-u
ismétlődő régió tartalmaz klaszterek ismert transzkripciós faktor kötőhely és feldúsított hiszton H3 lizin 27 acetilezést (H3K27ac), megbízható markere az aktív kromatin. Így hosszú változatait az ismétlődő régió lehet számottevő hatása a DNS szerkezetét és transzkripciós faktor kötődését, és így fel génreguláció. Ezért a megállapítás, hogy összefüggés van a hossza a repetitív régió és a változás GC kockázat lehet megmagyarázni változások MUC5AC szinten. Ezt fogják vizsgálni a jövőbeli vizsgálatokban, amely megvizsgálja, hogy a 1.4 és a 1.8 kb allél fokozza a promoter aktivitását, és ha 2,3 és 2,8 kb allél fojtania. Az ilyen tanulmányok segítenek feltárni a pontos szerepét a régióban játszik a fejlesztés és a prognózis a GC. Katalógusa

A genom instabilitás kimutatták, hogy befolyásolja a tumor kialakulását és kifejlődését felgyorsításával felhalmozódása a többszörös genetikai eltérések felelősek a rákos sejtek fejlődését [30]. Bár a spontán átrendeződések ismétlődő régiók mutattunk gyakrabban a csíra vonal, mint a szomatikus sejtekben [31], számos tanulmány igazolta, ismétlődő régiók instabilak különféle humán daganatok [32] - [34], beleértve a GC [35]. Amikor megvizsgáltuk a MUC5AC-u
ismétlődő régió hossza származó DNS-ben normális és a rákos szövetekben néhány GC beteg, találtunk két példát hosszúságú változtatások. Mindkét alakítjuk hosszú ahhoz, hogy a rövid allél, és a 1,4 kb allél, a hozzájuk kapcsolódó mi vizsgálat fokozott a GC, megjelent egy esetben. Bár a genetikai átrendeződés frekvencia viszonylag alacsony volt, ez az eredmény azt jelenti, hogy az instabilitás ebben lókusz hozzájárul a patogenezisében gyomorrák bizonyos esetekben.

A párhuzamos egy 300 bp DNS-szegmenst elején ennek a bonyolult ismétlődő régió releváns ebben az összefüggésben. Ez a párhuzamos valószínűleg történt többször, hogy létrehozzák a nagyobb allél variánsokat, amelyek különböznek egymástól többnyire ~300 bp-os lépésekben. Például, azt feltételezzük, a 1,4 kb allél által generált ez párhuzamos a 1,1 kb alléit, amely a leggyakoribb allél a vizsgált populációban. Ez a párhuzamos esemény összefüggésben lehet genom instabilitás nagymértékben részt vesz a tumorigenezis, fejlesztés és metasztázis a gyomorrák. Vannak beszámolók hasonló párhuzamos események nagy központi ismétlődő exonjain MUC5AC katalógusa [36]. Katalógusa

Bár nem értük új szekvenciák megkülönbözteti azokat a referencia szekvencia három kiválasztott GC betegek származó 1,1, 1,4 és 1,8 kb allél DNS-fragmentumok, találtunk sok SNP, ami esetleg használható proxy az allél méretű és erős LD más genetikai markerek kívül a térségben, de a hossza különbségeket. Mivel a rendkívül összetett, hosszú, nagy hasonlóságot a régióban, és a határok a szekvenálás technika, nem tudtuk szekvenciájhoz teljes DNS-régió fragmentumok összes tárgyak; így más szekvenálás funkciók és genetikai variánsok nem tárt fel nagyon valószínű. Sőt, nem tudjuk megmondani, hogy vannak még drámaibb genetikai mutáció fordultak elő a genom DNS-rákos szövetet, amely nehezebb lesz, de valószínűleg sokkal termelékenyebb. Katalógusa

A legjobb tudomásunk szerint ez az első jelentést, hogy jelezze az egyesület közötti genetikai variáció MUC5AC-u
ismétlődő régió és a gyomorrák kockázatát. Megmutattuk, bizonyos genetikai variánsok hossza repetitív régió körül MUC5AC katalógusa promoter szignifikánsan társul érzékenységet GC, és annak klinikai stádium. Prospektív, nagyszabású vizsgálatok, valamint a jól megtervezett Műszeres vizsgálatok szükségesek eredmények validálása. Katalógusa

alátámasztó információk
ábra S1.
Többszörös szekvencia-illesztése MUC5AC-u ismétlődő régió változatok. PCR amplikonok a 1,1 kb, 1,4 kb és 1,8 kb méretű allélek a gyomorrák szövet DNS-t szekvenáltuk a Sanger-féle szekvenálással technika. A.1.1 kb teljes sorozatot. B. 1,4 kb teljes sorozatot. C. 1,8 kb allél szekvenciája egy rés a 3 'oldalán. Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0098327.s001 katalógusa (TIF) hotelben táblázat S1.
osztalékfizetés kiválasztott jellemzők a gyomorrák esetek és a kontrollok. katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0098327.s002 katalógusa (DOC) hotelben táblázat S2.
TNM szakaszaiban esetben gyomorrák. katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0098327.s003 katalógusa (DOC) hotelben táblázat S3.
megoszlása ​​MUC5AC-u ismétlődő régió genotípusok gyomorrák esetek és a kontrollok. katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0098327.s004 katalógusa (DOC) hotelben

Köszönetnyilvánítás katalógusa

A szerzők köszönetet mondanak Dr. Xiaowei Yang neki a technikai támogatás, statisztikai elemzés és átgondolt vitát. Elismerjük az összes tárgyak a tanulmány, és az erőfeszítéseket a rokonaik. Katalógusa

• PLoS One: hiszton Deacetylase HDAC4 Elősegíti gyomorkarcinóma SGC-7901 sejtek Progression keresztül p21 Elnyomás
• PLoS One: Prohibitin Expression deregulációja gyomorrákban nem társult a 3 'le nem fordított terület 1630 C > T polimorfizmusa és kópiaszám variáció