PLOS ONE: MUC5AC Upstream Complex Repetitiva Region längdpolymorfismer förknippas med känslighet och kliniska stadiet av Gastric Cancer

Abstrakt

MUC5AC ansågs vara inblandade i gastric cancer eftersom avvikande MUC5AC uttryck har upprepade gånger upptäckts hos patienter med magcancer (GC). I denna studie längdpolymorfismer i en komplicerad repetitiv region angränsande till MUC5AC
promotor bedömdes hos 230 patienter med GC och 328 cancerfria kontroller. Alleler av 1,4 och 1,8 kb var betydligt vanligare i GC-gruppen än i kontrollgruppen. I motsats, 2,3 och 2,8 kb alleler inträffade vid betydligt lägre frekvenser i patienter än i kontrollgruppen. Alleler indelades sedan i känsliga (S; 1,4 och 1,8 kb), skyddande (P; 2,3 och 2,8 kb) och noll (N; alla andra alleler) kategorier med avseende på deras koppling till känslighet för GC. Individer med genotyp SS hade en 2,7 gånger ökad risk för GC förekomst, men PN genotyp associerades med en signifikant minskad risk för denna cancerform. Dessutom homozygota eller heterozygota individer med en eller två kopior av 1,4 kb-allelen visade en tidigare ålder debut och mer avancerade metastaser stadium jämfört med patienter utan denna allel (Bonferroni korrigerad p = 1,35 × 10 ^{-4 och 6,60 x 10 -4 därefter), medan homozygota patienter med två kopior av 1,8 kb-allelen var kopplade till mindre avancerade GC TNM stadium. Våra resultat tyder på att vissa genetiska variationer i MUC5AC
uppströms repetitiv region är associerade med känslighet och progression av GC}

Citation:. Wang C, Wang J, Liu Y, Guo X, Zhang C (2014) MUC5AC
Upstream Komplexa Repetitiva Region längdpolymorfismer förknippas med känslighet och kliniska stadiet av magcancer. PLoS ONE 9 (6): e98327. doi: 10.1371 /journal.pone.0098327

Redaktör: Javier S. Castresana, University of Navarra, Spanien

Mottagna: 14 februari 2014. Accepteras: 30 april 2014. Publicerad: 2 juni 2014

Copyright: © 2014 Wang et al. Detta är en öppen tillgång artikel distribueras enligt villkoren i Creative Commons Attribution License, som tillåter obegränsad användning, distribution och reproduktion i alla medier, förutsatt den ursprungliga författaren och källan kredit

Finansiering:. Detta arbete stöddes av National Natural Science Foundation i Kina Innovation Research Group (nr 81.370.590). Finansiärerna hade ingen roll i studiedesign, datainsamling och analys, beslut att publicera, eller beredning av manuskriptet

Konkurrerande intressen:.. Författarna har förklarat att inga konkurrerande intressen finns

Introduktion

Gastric cancer (GC) är en av de vanligaste maligniteter och den näst vanligaste orsaken till cancerrelaterad död i världen [1]. Men fortfarande dess mekanism oklar. Även om vissa miljömässiga faktorer, såsom kost, rökning och Helicobacter pylori
, kan bidra till cancer av gastric epitelceller [2] - [4], bara en bråkdel av befolkningen som utsätts för sådana riskfaktorer utveckla GC under sin livstid. Detta tyder på att genetiska faktorer spelar en avgörande roll för en individs känslighet för GC [5], [6].

Muciner är en grupp av olika, komplexa, mycket glykosylerade extracellulära proteiner som är viktiga för att upprätthålla epitel homeostas. Cancerceller observeras ofta för att uttrycka avvikande former eller mängder av muciner, och dessa avvikelser tros spela en roll i cancer, särskilt i regleringen av tumörcelldifferentiering, proliferation och tumörinvasion [7]. Till exempel överuttryck av MUC1 och MUC4 i flera olika former av adenocarcinom bidragit till reglering av cancercelltillväxt via en interaktion med epidermal tillväxtfaktorregulator (EGFR) och extracellulära signalreglerade kinaser [8]. Velcich et al
. visade att Muc2
^{- /- möss utvecklar adenom i tarmen att arbetet med att invasiva adenokarcinom [9], vilket tyder på en skyddande roll för Muc2 i tarmtumörbildning}

MUC5AC är en utsöndras. gelbildande mucin och en markör för gastric foveolar epitelceller [10]. MUC5AC ansågs vara inblandade i gastric cancer sedan magcancer visade sig innehålla en lägre MUC5AC uttryck än normalt magslemhinna [11] - [13], och flera kliniska studier har visat att MUC5AC expressionsnivån var förknippad med svårighetsgraden av GC; Men dessa uppgifter var inkonsekvent [12], [14]. Det har varit lite forskning på MUC5AC funktion och mekanismerna bakom dess roll i GC utveckling, tills nyligen rapporterades det att tysta MUC5AC, med hjälp av en liten hårnål RNA-innehållande lentivirus, ökad magsäckscancer cellinvasion och migration in vitro [13]. Detta bidrar till bevis för att förändrade nivåer av MUC5AC uttryck kan vara inblandade i GC patogenes. Funktionella genetisk polymorfism i förordningen regionen kan påverka MUC5AC
genuttryck och sedan bidra till en individs mottaglighet för magsäckscancer.

Upprepade regioner av DNA är vanliga i hela det mänskliga genomet och kännetecknas av deras dynamiska, instabila egenskaper [15], [16]. De är stora generator av genetisk variation och anses ligga bakom betydande genetisk variation, med nya mutationer i sådana regioner som förklarar en stor del av "saknade" ärftlighet i polygena sjukdomar [17], [18], inklusive GC [19]. Dock kan denna typ av genetisk variation inte ingå i genomet hela associationsstudier (GWAS) paneler och utmanande att bedöma ett tillförlitligt sätt. Intensiv genomgång av MUC5AC
uppströmsregionen reglering och runt identifierat en komplicerad repetitiv region (benämnd MUC5AC-u
repetitiv region). Vi genomförde detta fall-kontrollstudie för att bestämma arten och omfattningen av genetisk polymorfism inom detta område, samt att undersöka sammanslutning av varje genetisk variant med förekomsten och utvecklingen av GC.

Metoder

databassökningar och analys av uppströmsregionen av MUC5AC

UCSC genomet webbläsare (http://genome.ucsc.edu) och GRCh37 /hg19 frisättning av det mänskliga genomet har använts för att generera en karta som visar platsen och stora genomiska funktioner i MUC5AC
genen, inklusive histon H3 lysin 27 acetylering (H3K27AC) status, transkriptionsfaktorbindningsställen gemensamma enda nucleotide polymorphisms (SNP), och upprepande sekvens genomisk funktioner i uppströmsregionen. DNA-sekvensen av uppströmsregionen har hämtats från Ensembl (http://useast.ensembl.org/Homo_sapiens/Info /Index).

Etik uttalande

Denna studie genomfördes med godkännande av den medicinska etikkommitté Shandong University och informerat skriftligt samtycke erhölls från alla individer. Manuskriptet innehåller inte identifiera patientinformation. Data analyserades anonymt och alla kliniska undersökningar genomfördes i enlighet med de principer som uttrycks i Helsingforsdeklarationen.

försökspersoner

Två hundra och trettio patienter med GC rekryterades i Shandong-provinsen, nordöstra Kina, mellan januari 2011 och december 2012. Alla diagnoser i GC var patologiskt bekräftad; uteslutningskriterier inkluderade en historia av cancer i något annat organ (inte ursprungligen från magsäcken) eller ha genomgått strålbehandling eller kemoterapi. Tre hundra och tjugoåtta cancerfria individer utan några detekterbara eller kända cancrar uppsamlades som kontroller. Alla dessa ämnen levde i samma bostadsområden som fallen, de allra flesta av dem valdes ut från friska frivilliga försökspersoner, och en liten del av våra äldre kontroller samlades in från inpatients med milda kardiovaskulära sjukdomar i sjukhus. Deras ålder och kön matchades med de patienter med GC. Alla försökspersoner var genetiskt orelaterade etniska hankineser. Varje individ utvärderades individuellt med en förtestad frågeformulär för att få demografiska data och information om relaterade riskfaktorer, inklusive rökning och alkoholkonsumtion. Individer som rökte minst en gång per dag under längre tid än ett år definierades som rökare och de som konsumerade tre eller fler alkoholhaltiga drycker per vecka för mer än sex månader ansågs alkoholkonsumenter. Kliniska data och patologiska egenskaper hos patienter samlades och bekräftades av deras medicinska historia journaler och frågeformulär, och GC tumör, nod och metastasering (TNM) stadier klassificerades enligt det system av Världshälsoorganisationen (WHO).

Prover och DNA-extraktion

En ml prov perifert blod samlades upp från varje patient. Genomiskt DNA isolerades från varje prov med användning av en modifierad salt extraktionsteknik [20].

Vi erhöll vävnadsprover från 36 GC patienter i vår kohort, och prover från varje patient bestod av cancervävnad, respektive para-karcinom (definieras som 1,0 cm bort från tumörmassan) och omgivande noncancerous gastriska mukosala vävnader. Genomiskt DNA extraherades från dessa prover med hjälp av blod och cellodling DNA Mini Kit (Tiangen Biotech, Beijing, Kina).

Bedömning av allel storlekar

MUC5AC-u
repetitiva regionen genotypning utfördes med hjälp av polymeraskedjereaktion (PCR); de genspecifika primersekvenser som användes var följande: sense 5'TCCACCCTAACCCTGTCAGCCGC-3 '; antisens 5'GTGGCAGGAGTGTGGGGAAAGG G-3 '. PCR-amplifiering av DNA utfördes i en total reaktionsvolym av 50 | il, innehållande 100 ng genomiskt DNA, 0,2 | iM av varje primer och 25 mikroliter Primestar Max DNA-polymeras (Takara, Japan). PCR utfördes i en 9700 Thermacycler (Perkin-Elmer, CA, USA) enligt följande: a 5 minuters initial denaturering vid 94 ° C, följt av 30 cykler av 10 s vid 98 ° C och 2 minuter vid 68 ° C. PCR-produkter analyserades genom gelelektrofores (1 volt /cm) i TAE buffert genom 1,0% agarosgel.

DNA-sekvenseanalys

För att bekräfta genotypning resultat PCR-förstärkta DNA-prover (amplikoner ) valdes ut och skickades till BGI Tech (Beijing, Kina) för rening och Sanger-sekvensering. Denna analys utfördes blint med avseende på prover och studiedesign.

Statistisk analys

SPSS 13,0 programvara (SPSS, Chicago, IL, USA) användes för statistisk analys. Skillnader i demografiska variabler, rökning och alkoholvanor, och grupperade alleliska frekvenserna mellan fall- och kontroll deltagarna jämfördes med hjälp av chi-två-test eller Fishers exakta test. Regressionsanalyser utfördes för att bestämma oddskvoterna (ORS) för sammanslutning av GC och MUC5AC-u
repetitiva regionen genotyper mellan kontrollerna och GC patienter. Yttersta randområdena uppskattades med hjälp av den naturliga logaritmen och dess standardfel. Den chi-två-test eller Fishers exakta test användes för jämförelse av kliniska och patologiska egenskaperna hos patienter. För att möjliggöra multipla jämförelser, var p-värdena korrigerades (pc) med användning av Bonferroni korrigering; pc = p × 31 som, över hela studien 31 statistiska test genomförts. Alla tester var tvåsidiga, med pc. ≪ 0,05 anses vara statistiskt signifikant

Resultat

Identifiering av MUC5AC-u
repetitiv region

intensiv genomgång av MUC5AC
uppströmsregionen identifierat en komplicerad 1710 bp repetitivt region (benämnd MUC5AC-u
repetitiv region) belägen mellan nukleotiderna -3.162--1.452 uppströms från ATG-initieringskodonet ( Figur 1). Denna position är omedelbart nedströms om en genomisk lokus med kapacitet att binda flera transkriptionsfaktorer. MUC5AC-u
repetitiva regionen innehåller många avbrutna oregelbundna upprepningar av olika längd och är en komplicerad kombination av mikrosatellit (t.ex. CTCA), minisatellit (t ex CATTCACT eller CATTCACTCATT) och megasatellite (t ex ACCCATTCACTCACTCACTTATTCACTC) upprepas. Vid 5'-regionen, var en 300 bp sekvens som återfinns som skall dupliceras exakt, head-to-tail.

Studiepopulation

Alla personer i studien (328 cancerfria kontroller och 230 GC patienter) var från en hankineser befolkning och utan någon känd ärftlig sjukdom. Båda grupperna hade liknande fördelningar av ålder, kön och alkoholkonsumtion (χ ^{2 test, p = 0,875, p = 0,589, p = 0,770 respektive, tabell S1). Det fanns ingen signifikant skillnad i fördelningen av cigarettrökning mellan patienter och kontroller (p = 0,098). Enligt TNM-systemet, 10,9%, 10,0%, 21,7%, 42,2% och 15,2% av patienterna hade stadium 0, I, II, III och IV sjukdom (tabell S2).}

Association of repetitiva region genotyper med risk för GC

Genomic DNA-prover isolerades från helblod av alla ämnen och används som mallar för att förstärka MUC5AC-u
repetitiv region. Åtta alleler med diskontinuerliga storlekar från 1,1 till 2,8 kb identifierades i denna hankineser befolkningen (Figur 2). 1,1 kb-allelen var vanligast, 1,8 och 2,0 kb alleler var mindre vanliga, och de andra var alla relativt ovanliga (tabell 1).

Den totala fördelningen av MUC5AC-u
repetitiva regionen alleler hos patienter med GC skilde sig markant från den som finns i kontrollgruppen (χ ^{2 = 58,44, p = 3,09 × 10 -10). För ytterligare analys, var jämförelser av allelfrekvenser mellan patienter och kontroller göras individuellt för varje allel, med användning av Fishers test (tabell 1). 1,4 och 1,8 kb alleler var betydligt vanligare hos patienter med cancer än i kontrollgruppen (3,9% vs
0,0%, pc = 3,00 × 10 -6,. 35,4% jämfört med 25,8%, PC = 1,56 × 10 -2 respektive). Dessutom är frekvenserna för de 2,3 och 2,8 kb alleler var signifikant lägre hos patienter med cancer än i kontroller (3,3% jämfört med 9,0%, p = 1,51 × 10 -4, 0,0% jämfört med 1,8%, p = 0,002 , respektive), och de multipla jämförelser korrigerade p-värden var 4,68 x 10 -3 för de 2,3 kb och 0,062 (tecken) för den 2,8 kb-allelen. Inga signifikanta skillnader påträffades när frekvenser av andra alleler mellan fall och kontroller jämfördes.}

Baserat på dessa observationer, klassificerade vi de åtta alleler som mottagliga (S), skyddande (P), eller null i förhållande till risk (N) enligt följande: S, 1,4 eller 1,8 kb; P, 2,3 eller 2,8 kb; och N, alla andra alleler. Tjugoen MUC5AC-u
repetitiva regionen genotyper var helt identifierades i vårt fall-kontrollpopulation (Tabell S3), de genotyper sedan definieras som NN, SN, PN, SP, SS, och det fanns ingen PP genotyp i vår kohort. Den vanligaste genotypen (NN) utsågs till referensgruppen. Individer med den homozygota genotypen SS hade en 2,7 gånger ökad risk för GC förekomst (OR = 2,683, 95% CI = 1,554-4,361, pc = 0,012; tabell 2). PN genotyp associerades med en signifikant minskad risk för GC (OR = 0,257, 95% CI = 0,116-0,569, pc = 0,031). Ingen av de heterozygota genotyperna SN och SP var associerad med en förändring av risken för GC (både p > 0,05).

Kliniska och patologiska egenskaper vid diagnos av GC patienter med olika MUC5AC-u
repetitiva regionerna

som vissa varierande antal tandem upprepade polymorfismer rapporteras att utöva dubbel, motstridiga effekter på risken och prognos av cancer [21], vi jämförde sjukdomsdebut och kliniska faser mellan GC patienter med och utan MUC5AC-u
repetitiva regionerna 1,4, 1,8 eller 2,3 kb separat

i vårt urval, femton GC patienter (6,5%) genomförde 1,4 kb-allelen. tre av dem var homozygot för denna allel och resten var heterozygot. Betydligt högre halter av GC patienter med åtminstone en kopia av 1,4 kb-allelen var yngre (< 50 år) individer eller med mer avancerade T (T4) och M (M1) stadier jämfört med dem som saknar den (66,7% jämfört med 17,2 %, p = 4,37 × 10 ^{-6, 93,3% jämfört med 58,6%, p = 0,006; 53,3% jämfört med 12,6%, p = 2,13 × 10 -5, respektive; pc värden = 1,35 × 10 -4, 0,186 och 6,60 x 10 -4 respektive efter korrigering för multipla jämförelser,. Tabell 3) katalog}

det fanns 128 GC patienter (55,7%) i vårt urval som bar 1,8 kb version av MUC5AC-u
repetitiv region; 35 patienter var homozygot för denna allel. Homozygota patienter tenderade att ha en äldre debut (≥ 50 år), och mindre avancerad T (Tis-T3), N (N0) och TNM (stadium 0-II) stadier jämfört med patienter som inte var homozygota för 1.8 kb-allelen (5,7% mot 23,1%, p = 0,021; 60,0% mot 35,4%, p = 0,006; 51,4% mot 29,2%, p = 0,010; 68,6% mot 37,9%, p = 7,43 x 10 ^{-4 respektive), även om de flesta av de nominellt signifikanta p-värden inte överleva Bonferroni korrigering (tabell 4) katalog}

Vi kunde inte hitta individer som visar den homozygota genotypen 2,3 /2,3 kb i vårt urval. Men femton GC patienter (6,5%) var heterozygot för denna allel. Heterozygota patienter var äldre vid GC debut än patienter som inte var, men detta resultat var en marginell nivå av betydelse och överlevde inte korrigeringen för flera tester. Det fanns ingen signifikant skillnad i distributioner av T, N, M eller TNM stadier av cancer mellan patienter med en eller ingen kopia av 2,3 kb-allelen (tabell 5).

Analys av repetitiv region instabilitet i cancervävnader

Som upprepade regioner av DNA är instabila i olika humana maligniteter, inklusive GC [22], nästa bestämde vi huruvida den hypervariabla MUC5AC-u
repetitiva regioner skilde sig i längd mellan cancer, para-cancer och omgivande normala vävnader från 36 GC patienter. Resultaten visade ingen skillnad i bandmönstret mellan para-cancer och normala vävnader i alla 36 patienter; var dock längd förändringar observerades i DNA-prover av cancervävnader i två GC patienter (Figur 3). I båda fallen var band detekterades visar en övergång från långa alleler i cancervävnad till korta alleler i para-carcinoma vävnad. I ett fall, en allel skiftat från 2,0 kb till en roman, 0,9 kb-allelen, och i ett annat fall, en allel skiftat från 2,3 kb till 1,4 kb. Bland de 36 gastric cancerpatienter testade frekvensen av cancerrelaterad genom ombildning i MUC5AC-u
repetitiva regionen var 5,6%.

Sanger-sekvensering av 1,1, 1,4 och 1,8 kb alleler från tre GC patienter

PCR amplikoner av 1,1 kb och 1,4 kb alleler från magcancer vävnaden DNA framgångsrikt sekvenserades med användning av Sanger-sekvensering. Dessa sekvenser är listade i stödja informationsfiler. Det gick inte att sekvensera hela fragment av en 1,8 kb amplicon (PCR amplikon med hjälp av magcancer vävnads DNA), eller något annat fragment > 1,8 kb, på grund av den komplicerade och repetitiva struktur målområdet och begränsningar av tekniken. Sekvenserna visar samma huvud genetiska struktur och repetitiva enheter som UCSC genomet referenssekvensen men med olika totallängder. Den ursprungliga 300 bp i 5 'änden av 1,4 kb MUC5AC-u
repetitiv region sekvens exakt dupliceras i en head-to-tail mönster.

Diskussion

i denna studie, bedömde vi sammanslutning av genetisk variation i en upprepad region nära den MUC5AC
promotor med risk för uppkomst och progression av GC. Vår studie föreslogs av de olika biologiska funktioner MUC5AC i friska och sjuka tillstånd, det unika läget i regionen potential att reglera genuttrycket, den mycket dynamiska karaktär repetitiv sekvens, och effekten av denna instabilitet på att generera nya mutationer.

Analys av 230 GC patienter och 328 kontroller visade MUC5AC-u
repetitiva regionen var mycket polymorfa, med åtta olika alleler (plus en 0,9 kb allel i cancervävnad från en GC patient) är närvarande i en hankineser befolkningen från nordöstra Kina. Baserat på fördelningen och skillnader i allela frekvenser mellan GC patienter och kontroller, dessa åtta alleler klassificeras i känsliga alleler (S: 1,4 och 1,8 kb), skyddande alleler (P: 2,3 och 2,8 kb), och noll-alleler (N: den andra). Individer som bär två känsliga alleler (SS) hade en 2,7-faldigt ökad risk att utveckla GC och genotypen PN förknippades med en minskad risk för magcancer. Våra resultat tyder på att genetisk variation i denna region är signifikant associerade med känslighet för GC, och därmed lägga till den befintliga bevis för att förändringar i MUC5AC uttryck är involverad i patogenesen av tumörsjukdomen.

I ytterligare analys, vi funnit att dessa genetiska varianter inte bara var förknippade med GC känslighet, men också med dess prognos. Vi fann patienter med 1,4 kb-allelen hade en tidigare ålder GC debut och var mer benägna att ha avancerat T och M scensjukdomar. Som avancerade T och M stadier är förknippade med en dålig prognos i allmänhet indikerade våra resultat att GC patienter med 1,4 kb-allelen var kopplade till snabbare utvecklingen av sjukdomen. Däremot patienter homozygota för 1,8 kb-allelen tenderade att ha en äldre ålder vid diagnos och mindre avancerad T, N, och TNM steg än andra patienter, vilket indikerar denna genotyp kan minska risken att utveckla avancerad magsäckscancer och vara förenad med en bättre resultatet

Upprepade regioner av genomet har avfärdats som icke-funktionell "skräp" DNA tidigare. dock funnit en ny studie att upp till 25% av genpromotorer i Saccharomyces cerevisiae
genomet innehåller repetitiva sekvenser [23]. En jämförbar fördelning av tandemupprepningar i främjare av Homo sapiens
gener också visat att gener som drivs av upprepade innehållande promotorer hade signifikant högre frekvens av transkriptions divergens [23]. Ett antal studier har visat att många variationer i repetitiva regionerna av promotorer påverkar genexpression och bidra till genetisk känslighet för olika humana sjukdomar [24] - [26], och för cancer samt [27] - [29]. Flera molekylära mekanismer kan ligga bakom effekterna av upprepade regioner i promotorer på genuttryck; till exempel, kan de ändra antalet transkriptionsfaktorbindningsställen, genererar förändringar i avståndet mellan kritiska promotorelementen, modulera aktiviteten av RNA-bindande proteiner eller påverka kromatinstrukturen [23]. Enligt Encyclopedia of DNA-element (KODA) dataset, för visualisering och ladda ner via UCSC Genome Browser (http://genome.ucsc.edu/), den region som innehåller MUC5AC-u
repetitiv region innehåller kluster av kända transkriptionsfaktorbindningsställen och är berikad för histon H3 lysin 27 acetylering (H3K27ac), en tillförlitlig markör för aktiv kromatin. Således längd varianter av denna repetitiva region kan ha stor inverkan på DNA-struktur och transkriptionsfaktorbindande, och därmed på genreglering. Därför kan vår upptäckt av en association mellan längden på repetitiva regionen och en förändring i GC risk förklaras av förändringar i MUC5AC nivåer. Detta kommer att undersökas i framtida studier, som kommer att undersöka om 1,4 och 1,8 kb alleler öka promotoraktiviteten och om 2,3 och 2,8 kb alleler förtrycka det. Sådana studier kommer att hjälpa att avslöja den exakta roll denna region spelar i utvecklingen och prognos av GC.

Genomisk instabilitet visades påverka tumör initiering och progression genom att påskynda ackumuleringen av de multipla genetiska förändringar som är ansvariga för cancercellutveckling [30]. Även spontana omflyttningar av upprepade regioner upptäcktes oftare i könsceller än i somatiska celler [31], har flera studier visat repetitiva regionerna är instabila i olika humana tumörer [32] - [34], inklusive GC [35]. När vi undersökte MUC5AC-u
repetitiv region längd i DNA från normala och cancervävnader från vissa GC patienter, fann vi två exempel på längdförändringar. Båda omvandlas lång tid att korta alleler, och 1,4 kb-allelen associerad i vår studie med en ökad risk för GC, dök upp i ett fall. Även om den genetiska omlagring frekvensen var relativt låg, innebär detta resultat att instabilitet vid detta lokus bidrar till patogenesen av gastrisk cancer i vissa fall.

dubblering av ett 300 bp DNA-segment vid början av detta komplicerade repetitiv region är relevant i detta sammanhang. Denna dubblering är sannolikt har inträffat flera gånger för att bilda större allelvarianter, som skiljer sig från varandra främst i steg om -300 bp. Till exempel har vi spekulera i 1,4 kb-allelen genererades genom denna dubblering från 1,1 kb-allelen, vilket är den vanligaste allelen i vår studiepopulationen. Denna dubblering händelse kan associeras med genomet instabilitet som i stor utsträckning är involverad i tumörgenes, utveckling och metastasering av magcancer. Det finns rapporter om liknande dubbel händelser i stora centrala repetitiva exoner av MUC5AC
[36].

Även om vi inte nådde nya sekvenser som särskiljer dem med referenssekvensen i tre utvalda GC patienter, från 1.1, 1.4 och 1.8 kb allel DNA-fragment, vi hittade många SNP, som möjligen skulle kunna användas som ombud för allel storlekar och i stark LD med andra genetiska markörer utanför regionen, förutom skillnader längd. På grund av den stora komplexitet, längd, hög likhet i hela regionen, och gränserna för den sekvenseringsteknik, kan vi inte sekvensera hela regionen av DNA-amplikoner från alla ämnen; Således har andra sekvensfunktioner och genetiska varianter inte avslöjats mycket troligt. Dessutom kan vi inte säga om det finns mer dramatiska genetisk mutation händelser inträffade i genomet DNA i cancervävnaden som kommer att vara mer utmanande, men sannolikt mer produktiva.

Så vitt vi vet är detta den första rapport att ange sambandet mellan genetisk variation i MUC5AC-u
repetitiva regionen och gastric cancerrisken. Vi har visat vissa genetiska längd varianter i repetitiva regionen runt MUC5AC
promotor är signifikant associerade med känslighet för GC, och med dess kliniska faser. Prospektiva, storskaliga försök, liksom väldesignade mekanistiska studier, är skyldiga att validera våra resultat.

Bakgrundsinformation
figur S1.
Multipel sekvensinpassning av MUC5AC-u repetitiva regionen varianter. PCR-amplikoner av 1,1 kb, 1,4 kb och 1,8 kb alleler från magcancer vävnads DNA sekvenserades med användning av Sanger-sekvensering. A.1.1 kb fullständig sekvens. B. 1,4 kb fullständig sekvens. C. 1,8 kb allel sekvens med en lucka på tre "sida
doi:. 10,1371 /journal.pone.0098327.s001
(TIF) Review tabell S1.
Fördelningen av utvalda egenskaper i mag cancerfall och kontroller
doi:. 10,1371 /journal.pone.0098327.s002
(DOC) Review tabell S2.
TNM stadier i fall av magsäckscancer
doi:. 10,1371 /journal.pone.0098327.s003
(DOC) Review tabell S3.
Fördelning av MUC5AC-u repetitiva regionen genotyper i magcancer fall och kontroller
doi:. 10,1371 /journal.pone.0098327.s004
(DOC) katalog

Tack till

författarna tackar Dr Xiaowei Yang för henne teknisk support, statistisk analys och tankeväckande diskussion. Vi erkänner alla av patienterna i studien, och ansträngningar deras anhöriga.

• PLOS ONE: histondeacetylas HDAC4 Främjar Gastric Cancer SGC-7901 celler Progression via p21 Repression
• PLOS ONE: prohibitin Expression Avreglering i Gastric Cancer är associerad med tre 'otranslaterade regionen 1630 C > T Polymorfism och kopienummer Variation