PLoS ONE: MUC5AC Upstream Komplekse Gentagne Region polymorfier er forbundet med modtagelighed og klinisk fase af gastrisk Cancer

Abstrakt

MUC5AC blev anset for at være involveret i gastrisk carcinogenese siden afvigende MUC5AC udtryk gentagne gange er blevet påvist i patienter med gastrisk cancer (GC). I denne undersøgelse længde polymorfismer i en kompliceret repetitive område støder op til MUC5AC
promotoren blev vurderet i 230 patienter med GC og 328 cancer-fri kontrol. Alleler af 1,4 og 1,8 kb var signifikant mere udbredt i GC-gruppen end i kontroller. I modsætning hertil forekom 2,3 og 2,8 kb alleler til betydeligt lavere frekvenser i patienter end hos kontroller. Alleler blev derefter klassificeret i følsomme (S; 1.4 og 1,8 kb), beskyttende (P 2.3 og 2,8 kb) og nul (N; alle andre alleler) kategorier med hensyn til deres sammenkædning med modtagelighed for GC. Personer med genotype SS havde en 2,7 gange øget risiko for GC forekomst, men PN genotype var forbundet med en betydeligt reduceret risiko for denne kræftform. Desuden homozygote eller heterozygote individer med en eller to kopier af 1,4 kb allel viste en tidligere alder debut og mere avancerede metastaser stadie sammenlignet med patienter uden denne allel (Bonferroni korrigeret p = 1,35 × 10 ^{-4 og 6,60 × 10 -4 i overensstemmelse hermed), mens homozygote patienter med to kopier af 1,8 kb allel var forbundet med mindre fremskreden GC TNM stadie. Vores resultater antyder, at visse genetiske variationer i MUC5AC
opstrøms repetitive område er forbundet med modtagelighed og progression af GC}

Henvisning:. Wang C, Wang J, Liu Y, Guo X, Zhang C (2014) MUC5AC
Upstream Komplekse Gentagne Region polymorfier er forbundet med modtagelighed og klinisk fase af gastrisk kræft. PLoS ONE 9 (6): e98327. doi: 10,1371 /journal.pone.0098327

Redaktør: Javier S. Castresana, Navarra Universitet, Spanien

Modtaget: Februar 14, 2014 Accepteret: April 30, 2014; Udgivet: Juni 2, 2014

Copyright: © 2014 Wang et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Dette arbejde blev støttet af National Natural Science Foundation of China til Innovation Research Group (nr 81.370.590). De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

Gastrisk cancer (GC) er en af ​​de mest almindelige ondartetheder og den næsthyppigste årsag til cancer-relaterede dødsfald på verdensplan [1]. Men dens mekanisme er stadig uklar. Selv om nogle miljømæssige faktorer, såsom kost, rygning og Helicobacter pylori
, kan bidrage til carcinogenese af gastriske epitelceller [2] - [4], kun en brøkdel af befolkningen udsættes for sådanne risikofaktorer udvikler GC i løbet af deres levetid. Dette tyder på, at genetiske faktorer spiller en afgørende rolle i at bestemme en persons modtagelighed for GC [5], [6].

Muciner er en gruppe af forskellige, komplekse og særdeles glycosylerede ekstracellulære proteiner vigtige for opretholdelsen epitel- homeostase. Cancerceller ofte observeret at udtrykke afvigende former eller mængder af muciner, og disse aberrationer menes at spille en rolle i carcinogenese, især i reguleringen af ​​tumor celledifferentiering, proliferation og tumorinvasion [7]. For eksempel overekspression af MUC1 og MUC4 i flere forskellige former for adenokarcinom bidrog til regulering af kræft proliferation via en interaktion med epidermal vækstfaktor regulator (EGFR) og ekstracellulære signal-regulerede kinaser [8]. Velcich et al
. viste, at MUC2
^{- /- mus udvikler adenomer i tarmen at arbejdet med at invasive adenocarcinomer [9], hvilket tyder på en beskyttende rolle for MUC2 i tarm tumorigenese}

MUC5AC er en udskilt. geldannende mucin og en markør af gastriske foveolar epitelceller [10]. MUC5AC blev anset for at være involveret i gastrisk carcinogenese siden gastrisk karcinom viste sig at indeholde et lavere MUC5AC ekspression end normalt gastrisk mucosa [11] - [13], og adskillige kliniske undersøgelser viste, at MUC5AC ekspressionsniveauet var forbundet med sværhedsgraden af ​​GC; men disse data var inkonsekvent [12], [14]. Der har været lidt forskning på MUC5AC funktion og mekanismerne bag sin rolle i GC udvikling, indtil for nylig blev det rapporteret, at tavshed MUC5AC, ved hjælp af en lille hårnål RNA-holdige lentivirus, øget gastrisk kræft celle invasion og migration in vitro [13]. Dette føjer til tegn på, at ændrede niveauer af MUC5AC udtryk kan være involveret i GC patogenese. Funktionelle genetiske polymorfier i reguleringen region kan påvirke MUC5AC
genekspression og derefter bidrage til en enkeltes modtagelighed for mavekræft.

Gentagne regioner af DNA er fælles for hele det menneskelige genom og er kendetegnet ved deres dynamiske, ustabile funktioner [15], [16]. De er den største generator af genetisk variation og anses for at ligge til grund betydelig genetisk variabilitet, hidtil ukendte mutationer i sådanne regioner forklarer meget af den "manglende" arvelighed i polygeniske sygdomme [17], [18], herunder GC [19]. Dog kan denne form for genetisk variation ikke indgå i genom-dækkende forening undersøgelser (GWAS) paneler og er udfordrende at vurdere pålideligt. Intensiv gennemgang af MUC5AC
opstrøms regulering regionen og omkring identificeret en kompliceret repetitiv region (betegnet MUC5AC-u
repetitive region). Vi foretog denne case-kontrol undersøgelse for at bestemme arten og omfanget af genetiske polymorfier i denne region, og at udforske sammenslutning af hvert genetisk variant med forekomst og progression af GC.

Metoder

Database søgninger og analyse af regionen opstrøms for MUC5AC

UCSC genom browser (http://genome.ucsc.edu) og GRCh37 /hg19 frigivelse af det humane genom blev brugt til generere et kort, der viser placeringen og store genomiske træk ved MUC5AC
gen, herunder histon H3 lysin 27 acetylering (H3K27AC) status, transcriptionsfaktor bindingssites, fælles single-polymorfier (SNP'er), og repetitiv sekvens genomiske træk ved den opstrøms region. DNA-sekvensen af ​​det opstrøms område hentet fra Ensembl (http://useast.ensembl.org/Homo_sapiens/Info /Index).

Etik erklæring

Denne undersøgelse blev gennemført med godkendelse af medicinsk etik Udvalg Shandong University og informeret skriftligt samtykke blev modtaget fra alle fag. Manuskriptet indeholder ikke identificere patientinformation. Data blev analyseret anonymt og alle kliniske undersøgelser blev udført i overensstemmelse med principperne i Helsinki-erklæringen.

Undersøgelse emner

To hundrede og tredive patienter med GC blev rekrutteret i Shandong-provinsen, nordøstlige Kina, mellem januar 2011 og december 2012. Alle diagnoser af GC var patologisk bekræftet; udelukkelseskriterier omfattede en historie af kræft i ethvert andet organ (ikke oprindeligt fra maven) eller har undergået strålebehandling eller kemoterapi. Tre hundrede og otteogtyve kræft-fri individer uden nogen påviselige eller kendte kræftformer blev indsamlet som kontroller. Alle disse emner levede i de samme boligområder som tilfældene langt størstedelen af ​​dem blev udvalgt fra de sunde frivillige, og en lille del af vores alderen kontroller blev indsamlet fra indlagte patienter med milde kardiovaskulære sygdomme i hospitaler. Deres alder og køn blev matchet med de patienter med GC. Alle emner var genetisk relateret etniske han-kinesere. Hver genstand blev evalueret individuelt med en håndstestet spørgeskema for at få demografiske data og oplysninger om relaterede risikofaktorer, herunder tobaksrygning og alkoholforbrug. Personer, der røget mindst en gang om dagen i mere end et år blev defineret som rygere, og dem, der forbruges tre eller flere alkoholholdige drikkevarer om ugen i mere end seks måneder blev betragtet alkohol drikker. Kliniske data og patologiske karakteristika for patienterne blev indsamlet og bekræftet fra deres medicinske baggrund optegnelser og spørgeskemaer, og GC tumor, node og metastase (TNM) trin blev klassificeret i henhold til det system af World Health Organization (WHO).

Prøver og DNA-ekstraktion

En prøve ml perifert blod blev opsamlet fra hver emne. Genomisk DNA blev isoleret fra hver prøve ved anvendelse af en modificeret salt ekstraktion teknik [20].

Vi opnåede vævsprøver fra 36 GC patienter i vores kohorte, og prøver fra hver patient bestod af cancervæv, den respektive para-carcinom (defineret som værende 1,0 cm væk fra tumormassen) og omgivende noncancerous gastriske mucosale væv. Genomisk DNA blev ekstraheret fra disse prøver ved hjælp af blod og Cell Culture DNA Mini Kit (Tiangen Biotech, Beijing, Kina).

Vurdering af allel størrelser

MUC5AC-u
repetitive område genotypebestemmelse blev udført ved anvendelse af polymerasekædereaktion (PCR); De genspecifikke primer sekvenser anvendt var som følger: sense 5'TCCACCCTAACCCTGTCAGCCGC-3 '; antisense 5'- GTGGCAGGAGTGTGGGGAAAGG G-3 '. PCR-amplifikation af DNA blev udført i et totalt reaktionsvolumen på 50 pi indeholdende 100 ng genomisk DNA, 0,2 uM af hver primer og 25 pi primestar Max DNA Polymerase (Takara, Japan). PCR blev udført i en 9700 Thermacycler (Perkin-Elmer, CA, USA) som følger: en 5 minutters initial denaturering ved 94 ° C efterfulgt af 30 cykler af 10 sekunder ved 98 ° C og 2 minutter ved 68 ° C. PCR-produkter blev analyseret ved gelelektroforese (1 volt /cm) i TAE buffer gennem 1,0% agarosegel.

DNA sekventering assay

For at bekræfte genotypebestemmelse resultater, PCR-amplificerede DNA-prøver (amplikoner ) blev udvalgt og sendt til BGI Tech (Beijing, Kina) til rensning og Sanger sekventering. Denne analyse blev udført blind med hensyn til prøver og undersøgelsesdesign.

Statistisk analyse

SPSS 13.0 software (SPSS, Chicago, IL, USA) blev anvendt til statistisk analyse. Forskelle i demografiske variable, rygning og drikkevaner, og grupperet allele frekvenser mellem case og kontrol deltagere blev sammenlignet ved hjælp af chi-squared test eller Fishers eksakte test. Regression analyser blev udført for at bestemme odds ratio (OR) for sammenslutning af GC og MUC5AC-u
gentagne region genotyper mellem kontroller og GC patienter. Yderste periferi blev estimeret ved hjælp af den naturlige logaritme og standardfejlen. Det chi i anden-test eller Fishers eksakte test blev anvendt til sammenligning af kliniske og patologiske egenskaber ved patienterne. For at give multiple sammenligninger blev p-værdier korrigeret (pc) ved anvendelse af Bonferroni-metode; pc = p × 31 som, på tværs af hele undersøgelsen blev 31 statistiske test udført. Alle tests var to-sidet, med pc. ≪ 0,05 anses for at være statistisk signifikant

Resultater

Identifikation af MUC5AC-u
repetitive omegn

Intensiv gennemgang af MUC5AC
opstrøms region identificeret en kompliceret 1710 bp repetitive region (betegnet MUC5AC-u
repetitive region), der ligger mellem nukleotider -3162 til at -1452 opstrøms fra ATG initieringskodonen ( Figur 1). Denne position er umiddelbart nedstrøms for et genomisk locus med kapacitet til at binde flere transkriptionsfaktorer. MUC5AC-u
repetitive område indeholder mange afbrudte uregelmæssige gentagelser af forskellige længder og er en kompliceret kombination af mikrosatellit (fx CTCA), minisatellite (fx CATTCACT eller CATTCACTCATT) og megasatellite (fx ACCCATTCACTCACTCACTTATTCACTC) gentages. Ved 5'-regionen, blev en 300 bp sekvens fundet at duplikeres nøjagtigt, head-to-tail.

studiepopulation

Alle personer i undersøgelsen (328 kræft-fri kontrol og 230 GC patienter) var fra en Han-kinesiske befolkning og uden nogen kendt arvelig sygdom. Begge grupper havde lignende fordelinger af alder, køn og alkoholforbrug (χ ^{2 test, p = 0,875, p = 0,589, p = 0,770, henholdsvis; Tabel S1). Der var ingen signifikant forskel i fordelingen af ​​cigaretrygning mellem patienter og kontroller (p = 0,098). Ifølge TNM systemet, 10,9%, 10,0%, 21,7%, 42,2% og 15,2% af patienterne havde stadie 0, I, II, III og IV sygdom (tabel S2).}

Association of repetitive region genotyper med risiko for GC

Genomisk DNA-prøver blev isoleret fra helblod fra alle emner, og anvendt som templates til at amplificere MUC5AC-u
repetitive område. Otte alleler med diskontinuerlige størrelser fra 1,1 til 2,8 kb blev identificeret i denne Han Chinese population (figur 2). Den 1,1 kb allel var mest almindelige, de 1,8 og 2,0 kb alleler var mindre almindeligt, og de andre var alle relativt ualmindelige (tabel 1).

Den overordnede fordeling af MUC5AC-u
gentagne region alleler blandt patienter med GC afveg væsentligt fra det, der findes i kontrollerne (χ ^{2 = 58,44, p = 3,09 × 10 -10). For yderligere analyse blev sammenligninger af allel frekvenser mellem patienter og kontrolpersoner foretages individuelt for hvert allel, ved hjælp af Fishers test (tabel 1). De 1,4 og 1,8 kb alleler var signifikant mere udbredt hos patienter med kræft end i kontrollerne (3,9% vs
0,0%, pc = 3,00 × 10 -6;. 35,4% vs. 25,8%, pc = 1,56 × 10 -2 henholdsvis). Derudover frekvenserne af de 2,3 og 2,8 kb alleler var signifikant lavere hos patienter med kræft end i kontrollerne (3,3% vs. 9,0%, p = 1,51 × 10 -4; 0,0% vs. 1,8%, p = 0,002 henholdsvis), og de multiple sammenligninger korrigerede p-værdier var 4,68 × 10 -3 til de 2,3 kb og 0,062 (tyder) for 2,8 kb allelen. Ingen signifikante forskelle blev fundet, når frekvenser af andre alleler mellem cases og kontroller blev sammenlignet.}

Baseret på disse observationer, vi klassificeret de otte alleler som modtagelige (S), beskyttende (P), eller nul med hensyn til risiko (N) som følger: S, 1.4 eller 1,8 kb; P, 2,3 eller 2,8 kb; og N, alle andre alleler. Enogtyve MUC5AC-u
gentagne region genotyper var helt identificeret i vores tilfælde-kontrol populationen (tabel S3), genotyperne blev derefter defineret som NN, SN, PN, SP, SS, og der var ingen PP genotype i vores kohorte. Den mest almindelige genotype (NN) blev udpeget som referencegruppe. Personer med den homozygot genotype SS havde en 2,7 gange øget risiko for GC forekomst (OR = 2,683, 95% CI = 1,554-4,361, pc = 0,012; tabel 2). PN genotypen var forbundet med en betydeligt reduceret risiko for GC (OR = 0,257, 95% CI = 0,116-0,569, pc = 0,031). Ingen af ​​de heterozygote genotyper SN og SP var forbundet med en ændring i risikoen for GC (begge p > 0,05).

klinisk og patologisk kendetegn ved diagnose af GC patienter med forskellige MUC5AC-u
gentagne regioner

Som vist variabelt antal tandem gentagne polymorfier er rapporteret at udøve dobbelt, modstridende effekter på risiko og prognose af kræft [21] sammenlignede vi den alder debut og kliniske faser mellem GC patienter med og uden MUC5AC-u
repetitive regioner af 1,4, 1,8 eller 2,3 kb separat

i vores stikprøve, femten GC patienter (6,5%) bar 1,4 kb allel.; tre af dem var homozygote for denne allel og resten var heterozygote. Markant højere procentdele af GC patienter med mindst én kopi af den 1,4 kb allel var yngre (< 50 år) enkeltpersoner eller med mere avancerede T (T4) og M (M1) stadier sammenlignet med dem, der mangler det (66,7% vs. 17,2 %, p = 4,37 × 10 ^{-6; 93.3% vs. 58,6%, p = 0,006; 53,3% vs. 12,6%, p = 2,13 × 10 -5, henholdsvis; pc-værdier = 1,35 × 10 -4, 0,186 og 6,60 × 10 -4 henholdsvis efter korrektion for multiple sammenligninger;. tabel 3)}

der var 128 GC patienter (55,7%) i vores stikprøve, der bar den 1,8 kb version af MUC5AC-u
repetitive region; 35 patienter var homozygote for denne allel. Homozygote patienter tendens til at have en ældre alder for debut (≥ 50 år), og mindre avancerede T (Tis-T3), N (n0), og TNM (fase 0-II) stadier sammenlignet med patienter, som ikke var homozygote for 1,8 kb allel (5,7% vs. 23,1%, p = 0,021; 60,0% vs. 35,4%, p = 0,006; 51,4% vs. 29,2%, p = 0,010; 68,6% vs. 37,9%, p = 7,43 × 10 ^{-4 henholdsvis), selv om de fleste af de nominelt signifikante p-værdier ikke overleve Bonferroni korrektion (tabel 4)}

Vi kunne ikke finde personer viser homozygot genotype 2,3 /2,3 kb i vores prøve.; dog femten GC patienter (6,5%) var heterozygot for denne allel. Heterozygote patienter var ældre på GC debut end patienter, der ikke var, selv om dette resultat var på en marginal signifikansniveau og overlevede ikke korrektionen for flere tests. Der var ingen signifikant forskel i distributioner af T, N, M eller TNM stadier af kræft mellem patienter med en eller ingen kopi af den 2,3 kb allel (tabel 5).

Analyse af gentagne region ustabilitet i kræft væv

Som gentagne regioner af DNA er ustabile i forskellige menneskelige maligniteter, herunder GC [22], vi næste afgøres, om den hypervariable MUC5AC-u
repetitive regioner afveg i længde mellem kræft, para-carcinom og omgivende normale væv fra 36 GC patienter. Resultaterne viste ingen forskelle i båndmønster mellem para-carcinom og normale væv i alle 36 patienter; imidlertid blev længde ændringer observeret i DNA-prøver af cancervæv i to GC patienter (figur 3). I begge tilfælde blev påvist bånd viser et skift fra lange alleler i cancervæv til korte alleler i para-carcinom væv. I et tilfælde, en allel skiftede fra 2,0 kb til en hidtil ukendt, 0,9 kb allel, og i et andet tilfælde, en allel skiftede fra 2,3 kb til 1,4 kb. Blandt de 36 mavecancerpatienter testet, hyppigheden af ​​kræft-relaterede genom omordning i MUC5AC-u
gentagne region var 5,6%.

Sanger sekventering af de 1,1, 1,4 og 1,8 kb alleler fra tre GC patienters

PCR amplikoner af de 1,1 kb og 1,4 kb alleler fra mavekræft væv DNA lykkedes sekventeret ved hjælp af Sanger sekventering teknik. Disse sekvenser er angivet i støtte informationsfiler. Vi kunne ikke sekventere hele fragment af et 1,8 kb amplikon (PCR-amplikon under anvendelse af gastrisk cancer væv DNA), eller andre fragmenter > 1,8 kb, på grund af den komplicerede og repetitive struktur af målområdet og begrænsninger af teknikken. Sekvenserne viser samme vigtigste genetiske struktur og gentagne enheder som UCSC genom henvisningen sekvens, men med forskellige samlede længder. Den oprindelige 300 bp i 5 'enden af ​​de 1,4 kb MUC5AC-u
repetitive region sekvens er præcis duplikeret i en head-to-tail mønster.

Diskussion

i denne undersøgelse vurderede vi associering af genetisk variation i en repetitiv region tæt på MUC5AC
promotor med risiko for forekomst og progression af GC. Vores undersøgelse blev foreslået af de forskellige biologiske funktioner MUC5AC i raske og syge tilstande, den unikke placering i regionen potentiale regulerer genekspression, den meget dynamiske karakter af repetitiv sekvens, og effekten af ​​denne ustabilitet på at generere nye mutationer.

Analyse af 230 GC patienter og 328 kontroller viste MUC5AC-u
gentagne regionen var yderst polymorfe, med otte forskellige alleler (plus en 0,9 kb allel i kræftvæv fra en GC patient) være til stede i en Han kinesiske befolkning fra det nordøstlige Kina. Baseret på fordelingen og forskelle allele frekvenser mellem GC patienter og kontroller blev disse otte alleler klassificeret i modtagelige alleler (S: 1,4 og 1,8 kb), beskyttende alleler (P: 2,3 og 2,8 kb) og null alleler (N: den andre). Enkeltpersoner bærer to modtagelige alleler (SS) havde en 2,7 gange så stor risiko for at udvikle GC, og genotypen PN var forbundet med en nedsat risiko for mavecancer. Vores resultater tyder på, at genetisk variation i denne region er signifikant associeret med modtagelighed for GC, og således føje til de foreliggende beviser, at ændringer i MUC5AC ekspression er involveret i patogenesen af ​​denne ondartet sygdom.

I yderligere analyse, vi fundet, at disse genetiske varianter ikke kun blev associeret med GC modtagelighed, men også med sin prognose. Vi fandt patienter med 1,4 kb allel havde en tidligere alder af GC debut og var mere tilbøjelige til at have avancerede T og M stage sygdomme. Som avancerede T og M faser er forbundet med en dårlig prognose i almindelighed, vores resultater viste, at GC patienter med 1,4 kb allel var forbundet med en hurtigere progression af sygdommen. Derimod patienter homozygote for 1,8 kb allel tendens til at have en højere alder ved diagnose og mindre fremskreden T, N og TNM trin end andre patienter, hvilket indikerer denne genotype kan nedsætte risikoen for at udvikle fremskreden gastrisk cancer og være forbundet med en bedre resultatet

Gentagne områder af genomet er blevet afvist som ikke-fungerende "junk" DNA tidligere.; Men en nylig undersøgelse viste, at op til 25% af genpromotorer i Saccharomyces cerevisiae
genom indeholder repetitive sekvenser [23]. En tilsvarende fordeling af tandem gentager i initiativtagerne til Homo sapiens
gener viste også, at gener drevet af gentagne-holdige initiativtagere havde signifikant højere transkriptionel divergens [23]. En række undersøgelser har vist, at mange variationer i repetitive regioner af promotorer påvirker genekspression og bidrage til genetisk modtagelighed for forskellige humane lidelser [24] - [26], og for cancere såvel [27] - [29]. Adskillige molekylære mekanismer kan ligge til grund for effekten af ​​gentagne regioner i initiativtagere på genekspression; for eksempel kan de ændre antallet af transkriptionsfaktor-bindingssites, generere ændringer i afstanden mellem kritiske promotorelementer, modulere aktiviteten af ​​RNA-bindende proteiner eller påvirker kromatinstrukturen [23]. Ifølge Encyclopedia of DNA Elements (KODE) datasæt, til rådighed for visualisering og downloade via UCSC Genome Browser (http://genome.ucsc.edu/), den region, der indeholder MUC5AC-u
repetitive region indeholder klynger af kendte transcriptionsfaktor bindingssites og beriget for histon H3 lysin 27 acetylering (H3K27ac), en pålidelig markør for aktiv kromatin. variationer af denne repetitive region Således længde kan have betydelig indvirkning på DNA-struktur og transskription faktor bindende, og dermed på genregulering. Derfor kan vores konstatering af en sammenhæng mellem længden af ​​den repetitive region og en ændring i GC risiko forklares med ændringer i MUC5AC niveauer. Dette vil blive undersøgt i fremtidige studier, som vil undersøge, om de 1,4 og 1,8 kb alleler forbedre promotor-aktivitet, og hvis 2,3 og 2,8 kb alleler undertrykke det. Sådanne undersøgelser vil bidrage til at afsløre den nøjagtige rolle denne region spiller i udviklingen og prognose af GC.

Genomisk ustabilitet viste sig at påvirke tumor initiering og progression ved at fremskynde akkumulation af de multiple genetiske ændringer, der er ansvarlige for kræft celleudvikling [30]. Selvom spontane omrokeringer af repetitive regioner blev fundet oftere i kønscellerne end i somatiske celler [31], har flere undersøgelser påvist gentagne regioner er ustabile i forskellige menneskelige neoplasmer [32] - [34], herunder GC [35]. Når vi undersøgte MUC5AC-u
repetitive region længde i DNA fra normale og cancer væv fra nogle GC patienter, fandt vi to eksempler på længde ændringer. Begge omdannes længe til korte alleler, og den 1,4 kb allel, der er forbundet i vores undersøgelse med en øget risiko for GC, dukkede op i ét tilfælde. Selvom den genetiske omlejring frekvens var forholdsvis lav, dette resultat indebærer, at ustabilitet i dette locus bidrager til patogenesen af ​​gastrisk cancer i nogle tilfælde.

duplikering af et 300 bp DNA-segment i begyndelsen af ​​denne komplicerede repetitive område er relevant i denne sammenhæng. Dette dobbeltarbejde er tilbøjelige til at have fundet sted flere gange for at danne de større allelvarianter, der adskiller sig fra hinanden for det meste i ~300 intervaller bp. For eksempel har vi spekulere 1,4 kb allel blev genereret ved denne overlapning fra 1,1 kb allel, som er den mest almindelige allel i vores undersøgelse population. Dette dobbeltarbejde begivenhed kan være forbundet med genom ustabilitet, der i udstrakt involveret i tumorigenese, udvikling og metastase af mavekræft. Der er rapporter om lignende dobbeltarbejde begivenheder i store centrale gentagne exons af MUC5AC
[36].

Selvom vi ikke opnå nye sekvenser adskiller dem med reference sekvens i tre udvalgte GC patienter, fra 1.1, 1.4 og 1.8 kb allel DNA-fragmenter, vi fandt mange SNPs, der eventuelt kan bruges som stedfortrædere for allel størrelser og i stærk LD med andre genetiske markører uden for regionen, foruden af ​​længde forskelle. På grund af den store kompleksitet, længde, høj lighed i hele regionen, og grænserne for sekventering teknik, kunne vi ikke sekventere hele regionen af ​​DNA amplikoner fra alle fag; Således har andre sekventeringsreaktioner funktioner og genetiske varianter ikke blevet afsløret meget sandsynligt. Desuden kan vi ikke fortælle, hvis der er mere dramatiske genetisk mutation begivenheder fandt sted i genomet DNA af kræft væv, som vil være mere udfordrende, men sandsynligvis mere produktive.

Så vidt vi ved, er dette den første rapport at angive sammenhængen mellem genetiske variation i MUC5AC-u
repetitive region og mavekræft risiko. Vi har vist visse genetiske længde varianter i den gentagne region omkring MUC5AC
promotor er signifikant associeret med modtagelighed for GC, og med de kliniske faser. Potentielle, store forsøg, samt veldesignede mekanistiske undersøgelser, der er nødvendige for at validere vores resultater.

Støtte Information
Figur S1.
Multipel sekvens alignment af MUC5AC-u repetitive område varianter. PCR amplikoner af de 1,1 kb, 1,4 kb og 1,8 kb alleler fra gastrisk cancer væv DNA blev sekventeret ved anvendelse af Sanger-sekventering teknik. A.1.1 kb fuld sekvens. B. 1,4 kb fuld sekvens. C. 1,8 kb allel sekvens med et hul på 3 'side
doi:. 10,1371 /journal.pone.0098327.s001
(TIF)
tabel S1. Salg Udlodning af udvalgte karakteristika i gastrisk kræfttilfælde og kontroller
doi:. 10,1371 /journal.pone.0098327.s002
(DOC)
tabel S2.
TNM stadier i tilfælde af mavekræft
doi:. 10,1371 /journal.pone.0098327.s003
(DOC)
tabel S3.
Fordeling af MUC5AC-u gentagne region genotyper i gastrisk kræfttilfælde og kontroller
doi:. 10,1371 /journal.pone.0098327.s004
(DOC)

Tak

forfatterne takker Dr. Xiaowei Yang for hendes teknisk support, statistisk analyse og tankevækkende diskussion. Vi anerkender alle de emner i undersøgelsen, og indsatsen fra deres pårørende.

• PLoS ONE: histondeacetylase HDAC4 Fremmer Gastric Cancer SGC-7901 Cells Progression via p21 Undertrykkelse
• PLoS ONE: prohibitin Expression Deregulering i Gastric Cancer er forbundet med 3'-utranslaterede region 1630 C > T Polymorfi og Copy Number Variation