PLoS ONE: myc Deregulacija u rak želuca i njegovih kliničkopatološkim implikacije

Sažetak pregled

Naša studija istražuje odnos između myc pregled izmjena i kliničkopatološkim značajke u želučanog karcinoma. Istraživali smo učinak myc pregled mRNA ekspresije i njegove proteinske imunoreaktivnost, kao i broj kopija varijacije, promotor metilacije DNA i točkaste mutacije, u 125 želučanog adenokarcinoma i 67 paried ne-maligne tkivima. Ustanovljeno je da je 77% tumora prikazana myc imunoreaktivnost koja je značajno povezano s povećanom ekspresijom mRNA ( p pregled i 0.05). Ova zapažanja su bili povezani s dubljim produžetak tumora i prisustvom metastaza ( p izvoznici < 0,05). Myc ekspresija proteina je također češća kod crijevnih tipa nego u tumorima difuzno tipa ( p pregled < 0,001). Osim toga, myc pregled mRNA i proteina izraz značajno su povezani s njegovom broju kopija ( p izvoznici < 0,05). Dobitak myc pregled primjerka bila je povezana s kasnim početkom, crijevnih tipa, uznapredovalom stadiju tumora, te prisutnost udaljenih metastaza ( p izvoznici < 0,05). Hypomethylated myc pregled promotor otkrivena je u 86,4% uzoraka tumora. myc pregled hypomethylation bio povezan s difuznom tipa, uznapredovalom stadiju tumora, dublje produženje tumora, te prisutnost limfnih čvorova metastaze ( p izvoznici < 0,05). Štoviše, osamnaest uzorci tumora prikazana najmanje jednu poznatu mutaciju. Prisutnost myc
mutacija povezana je sa difuzna tipa tumora ( p izvoznici < 0,001). Naši rezultati pokazuju da je myc pregled deregulacija je uglavnom povezana s lošim prognostičkim i ojačan prisustva različitih putova uključenih u crijevnoj tipa i difuzna tipa želučane karcinogeneze. Dakle, naši rezultati ukazuju na to da myc pregled može biti koristan marker za kliničku slojevitosti i prognozu pregled

Izvor:. De Souza CRT, Leal MF, Calcagno DQ, Costa Sozinho EK, Borges BdN, Crna Gora RC, i sur. (2013) myc pregled Deregulacija u rak želuca i njegovih kliničkopatološkim implikacije. PLoS ONE 8 (5): e64420. doi: 10,1371 /journal.pone.0064420 pregled

Urednik: Masaru Katoh, National Cancer Center, Japan pregled

Primljeno: 30. siječnja 2013. godine; Prihvaćeno: 12. travnja 2013; Objavljeno: 22. svibanj 2013 pregled

Copyright: © 2013 de Souza i sur. Ovo je otvorenog pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan

financiranja. Autori su zahvalni Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq; CRTdS, AKCRdS, SEBdS, RRB i MdACS) i Fundação de Amparo à Pesquisa učiniti Estado de Sao Paulo (FAPESP, DQC i MFL) koji podržavaju ovu studiju kao potpora i stipendija. U financijeri nisu imali ulogu u studiju dizajna, prikupljanja i analize podataka, Odluka o objavi, ili pripremu rukopisa pregled

U konkurenciji interese.. Autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled

Uvod pregled

rak želuca je četvrti najčešći tip raka i dalje je drugi vodeći uzrok raka povezanih smrti u svijetu [1]. Ovaj rak se obično dijagnosticira u naprednim fazama, a jedan ljekovito terapija dostupna zahtijeva kiruršku resekciju [2]. Tako, karcinom želuca je ozbiljan zdravstveni problem u svijetu. Poboljšani razumijevanje biologije ove neoplazme je kritična i može biti koristan vodič za upravljanje pacijenta, kao i za razvoj novih terapijskih mogućnosti. Pregled

myc pregled je jedan od najvažnijih studirao onkogena koji proizlaze od povezivanja sa velikim brojem bolesti. [3] Myc igra ulogu u nekoliko osnovnih funkcija stanične biologije, uključujući regulaciju rasta stanica i proliferacije, metabolizma, diferencijacije, apoptoze i angiogeneze (za pregled vidi, [4], [5]). Dakle, myc je integrator izvanstanične i unutarstanične signale, a stanični fenotip ovisi o lokaciji tkiva [6], [7]. Ne iznenađuje, deregulacija myc funkcija doprinosi fenotipa tumora.

myc
deregulaciju zbog genske amplifikacije [8], [9], kromosomske translokacije ili umetanje [10], [11] , mutacije [12] i Epigenetske modifikacije [13], [14], objavljeno je u različitih vrsta raka, posebno kod raka želuca. Myc izraz je često povišen ili deregulirano u ljudskim novotvorina [4], a čini se da je na raskrižju nekoliko važnih putova i procesa koji su uključeni u karcinogeneze [15], što je ključni događaj u želučanom karcinogeneze [9]. Prije toga, naša grupa je pokazala da myc pregled mRNA i kopirati broj se povećava tijekom uzastopnih koraka crijevna tipa želuca karcinogeneze u primata koji nije čovjek modela [16], što upućuje da je myc pregled može biti uključeni u pokretanje želuca tumora i napredovanje. pregled

shvaćanje myc pregled biologije je od najveće važnosti da se objasne svoju ulogu u patogenezi karcinoma želuca. Do danas, nema studija korelaciju myc
mutaciju, pojačanje, proteina /razine mRNA i metilacije u ovom neoplazije. Evo, istražili smo povezanost myc pregled izmjena i kliničkopatološkim značajke u raka želuca. Osim toga, myc pregled ekspresije mRNA i proteina imunoreaktivnost, kao i nekoliko molekularnih mehanizama ranije u vezi s njezinom deregulacije kao broj kopija varijacije (CNV), mutacije i metilacije DNA, analizirani su u istom skupu raka želuca uzorci. pregled

materijali i postupci

Etika Izjava pregled

Svi uzorci su izvedeni uz pismeni informirani pristanak i odobrenje iz sveučilišne bolnice (Belém, para, Brazil) etičkih odbora za reviziju ( broj protokola. 142004) pregled

kliničkim uzorcima

125 želučanog adenokarcinoma i 67 odgovarajuće ne-maligne želučanog tkiva (kontrolnih uzoraka) dobiveni su kirurškim od pacijenata iz bolnice João de Barros Barreto University u stavku država Brazil. Svi subjekti koji nisu bili izloženi ili kemoterapijom ili radioterapijom prije operacije. Želučanih tumora su klasificirani prema Lauren [17] i tumori su stupili koristeći standardne kriterije prema TNM [18]. A klinikopatološkim značajke prikazane su u tablici 1 i 2 pregled

disecira tumora i kontrole su uzorci brzo smrznut u tekućem dušiku do pročišćavanja nukleinske kiseline. Drugi dio istog tkiva je formalinom fiksiranih i uklopljeni u parafin. Za fluorescentne in situ hibridizacije (FISH pregled) testa, preostali uzorak tumora iskazani kao što je ranije opisano [19]. Pregled

myc imunoreaktivnost pregled

Imunohistokemijska analiza za myc proteina su provedena na 125 formalinom fiksna, tumorske parafinskih rezova ugrađeni. Imunokemijsko bojenje je izveden prema Calcagno et al.
[10]. dijelova tkiva tumora (3 ili 4 mm debljine) se deparafmizirani u ksilenu i rehidriraju u gradiranog nizu etanola. Nakon izazvanog toplinom epitop dohvat, sekcije tkiva su inkubirani sa primarnim mišjim monoklonskim protutijelom protiv myc (razrjeđenje 1:50; sc-40, Santa Cruz Biotechnology, USA i Zymed®, USA). Univerzalni Komplet sekundarnog protutijela konjugiranog s peroksidazom (LSAB sustav, DakoCytomation, USA) je korišten za sustav detekcije. Koristili smo 3,30-diamino-benzidina /H _{2O 2 (DakoCytomation, Danska) kao kromogena i hematoksilinom kao counterstain. Bilo nuklearnog mrlja sa ili bez citoplazmatski bojenja smatralo se da je pozitivan rezultat, bez obzira na intenzitet. Mic-pozitivne slučaju definiran kao onaj koji ima 10% ili više tumorske stanice pozitivne za ovaj protein. Pregled}

nukleinske kiseline ekstrakciju pregled

genomska DNA (gDNA) ekstrahira se pomoću QIAamp DNA Mini Kita (Qiagen, Njemačka) u skladu s uputama proizvođača. Ukupna RNA se ekstrahira sa tri-reagent® (Life Technologies, USA) prema protokolu proizvođača. DNA i RNA koncentracije i kvaliteta određene su pomoću spektrofotometra NanoDrop (Kisker, Njemačka). Integritet RNA bio je određen pomoću gel elektroforeze (1% agaroznim gelovima). Svi uzorci su pohranjeni na -80 ° C do upotrebe. Pregled

myc pregled mRNA pregled

Kvantificirati razine mRNA myc pregled, ukupna RNA je izolirana od 49 uparenih normalnih i tumorskih tkiva koriste Trizola (Life Technologies, USA). RNA je reverzibilno prepisana pomoću velikog kapaciteta cDNA Arhiva kompleta prema uputama proizvođača (Life Technologies, USA). Komplementarna DNA je pojačan u realnom vremenu PCR korištenjem TaqMan sondi kupljene kao testovi na zahtjev Proizvodi za Gene Expression (Life Technologies, USA) na brz Real Time PCR 7500 (Life Technologies, USA). GAPDH pregled, gen koji je izabran kao interna kontrola za unos RNA i reverzne transkripcije učinkovitost. Sve u stvarnom vremenu transkripcija reverzne kvantitativni PCR (RT-qPCR) su izvedeni u tri primjerka i za ciljanog gena ( myc pregled: Hs00153408_m1) i unutarnje kontrole ( GAPDH pregled: NM_002046.3).

Relativno kvantificiranje (RQ) ekspresije gena je izračunata prema Livak i Schmittgen [20]. Odgovarajući kontrolni uzorak je označen kao kalibrator iz svakog tumora. Pregled

myc pregled broja kopija pregled

FISH i qPCR su korišteni za procjenu myc pregled broj kopija u podskupu od 49 tumora, isti koristi u proučavanju izražavanja. FISH provedena je prema protokolu Pinkel et al.
[21] uz modifikacije uvedene Calcagno et al.
[22]. Stanice su hibridizirani sa Spektar Orange pregled sondi (LSI Vysis /Abbott, Inc., IL) za myc pregled regija gena (8q24.12-q24.13) a jezgre su prebrojane s 4 ', 6-diamidino-2-fenilindol izbljeđivanja. Fluorescencija se detektira korištenjem Olympus Bx41 fluorescentnim mikroskopom (Olympus, Japan), s ekscitacijskom filtara za 4 ', 6-diamidino-2-fenilindolom (260 nm) i (rodamin 570 MN). Za svaki slučaj, 200 međusloja jezgre su analizirani pomoću ASI sustava za analizu slike (Applied Spectral Imaging, Izrael). Pozitivna myc pregled gena signali se pojavila kao crvene mrlje u jezgri te su je postigao korištenjem kriterije Hopman i sur.
[23]. Kako bi se izbjeglo tumačenje zbog tehničke greške, normalnih limfocita jezgre i normalnom želučanom tkivu korištene su kao kontrola. Rezultati FISH su prikazani kao postotak myc pregled pojačanje stanici, u kojoj smo obračunava postotak stanica pokazuje 3 ili više signala za myc pregled sondom po stanicu. Pregled

qPCR je izvedena pomoću kvantitativne TaqMan CNV eseji (Life Technologies, USA) za myc
gena (Hs01764918_cn) te za unutarnju kontrolu RNA p pregled (Ƹ3326). Multiplex qPCR reakcije su provedene u četiri primjerka sa gDNA prema uvjetima protokola i biciklističkih proizvođača u 7500 Fast real-time PCR (Life Technologies, USA). Relativni broj kopija procijenjena je za svaki uzorak pomoću Copy pozivatelja Software V1.0 (Life Technologies, USA). Komercijalni ljudska gDNAs (G1521 i G1471, Promega, USA) su korišteni za kalibraciju pregled

myc pregled metilacije pregled

obrasca metilacije i učestalost myc promoter su ocijenjeni u 125 tumorima i 67 odgovarajućih uzoraka kontrolnih metilom specifični PCR (MSP) kako je prethodno opisano [24]. gDNA (2 ug) svih uzoraka je modificiran bisulfita liječenja, pretvaranje nemetilirane citozini da uracile i ostavljajući metilirani cytosins nepromijenjena [25]. Specifični primjeri za myc pregled promotora bili su kako slijedi: F5'-TAGAATTGGATTGGGGTAAA-3 'i R5'-CCAACCAAAAATCAACATGAAT-3' za nemetiliranih reakcije (očekuje se veličina produkt 291 bp); F5'-TAGAATTGGATCGGGGTAAA-3 'i R5'-CGACCGAAAATCAACGCGAAT-3' za metilnim reakcijama (očekuje veličine proizvoda od 290 bp), što je prethodno opisanih [26].

PCR reakcije su provedene s 0,1 umol /L dNTPs, 2 umol /L MgCl _{2, 0.5 umola početnica, 1.25 u Taq DNA polimeraze i 100 ng bisulfita modificirani DNA. Nakon početne denaturacije za 5 minuta na 94 ° C, 40 ciklusa na 9 4 ° C za 45 s, 52,4 ° C tijekom 45 s, te 72 ° C u trajanju od 30 sekundi su provedena, a nakon čega slijedi konačno proširenje za 5 minuta na 72 ° C. PCR proizvodi su direktno stavi na 3% agaroznom gelu i elektroforetski. Gel je zamrljan SYBR® sigurnom DNA Gel Stain (Life Technolgies, USA) i izravno predočiti pod UV osvjetljenje. Kao pozitivna kontrola svih MSP reakcije, uzorak gDNA bio potpuno metiliran pomoću CpG metilazom (SssI, New England Biolabs, USA) u skladu s uputama proizvođača. . Nadalje, primjeri za divlji tip se koristiti za praćenje potpunu pretvorbu DNA dobivene u reakciji bisulfitnog pregled}

Uzorci su poredani su: 1) hypomethylated uzorci pri pozitivan produkt amplifikacije je otkriven samo u PCR sa specifičnim primerima za nemetiliranih sekvencama; 2) hypermethylated uzorci kada pozitivno pojačanje je otkriven samo u PCR sa specifičnim primerima za metilirani sekvencama; 3) djelomični metilni uzorci kada pozitivno pojačanje je detektirana u PCR s dva primera seta. Pregled

myc pregled genotipa pregled

Tri eksona myc
gen su odabrane za analizu mutacija u svim uzorcima 125 želuca. Sljedeći primeri su dizajnirani za PCR amplifikaciju i sekvenciranje: eksona 1 F5'-TTTATAATGCGAGGGTCTGGA-3 'i R5'-GCATTCGACTCATCTCAGCA-3' (očekivana veličina produkt 654 bp); eksona 2 F5'-CTGCCTCCCGCTTTGTGT-3 'i R5'-TTTGATGAAGGTCTCGTCGT-3' (očekuje se veličina produkt 423 bp), F5'-TGGGAGGAGACATGGTGAA-3 'i R5'-TGCCAATGAAAATGGGAAAG-3' (očekuje se veličina produkt 507 bp); ekson 3 F5'-TGTCCAGAGACCTTTCTAACGTAT-3 'i 5'-CCGTAGCTGTTCAAGTTTGTG-3' (očekivana veličina produkt 663 bp), 5'-TGTCCGTCCAAGCAGAGG-3 'i 5'-TGATGAAAACAAACAGGGATG-3' (očekivana veličina produkt 639 bp). pregled

PCR reakcije su izvedena s 0.1 umol /L dNTPs, 2 umol /L MgCl _{2, 0.5 umol /L primera, 1 u Taq polimerazom i 100 ng DNA. PCR uvjeti su bili 95 ° C kroz 10 minuta, zatim je slijedilo 35 ciklusa od 1 min denaturacije na 95 ° C, 1 min na temperaturu žarenja (u rasponu od 59 do 61 ° C), i 1 min na 72 ° C. Amplikonima su razdvojeni na 2% -tnom agaroznom gelu koji je obojen SYBR® sigurnom DNA Gel Stain (Life Technolgies, USA) i direktno vizualizirana pod UV osvjetljenjem,}

amplikona su sekvencirane koristeći Sanger metode [27]. Izravno sekvenciranja su provedena pomoću Big Dye® Terminatorv3.1 Ciklus sekvencioniranja kita (Life Technologies, USA) i analizirani na ABI PRISM® 3130 Genetic Analyzer (Life Technologies, SAD) pomoću Pop 7 polimer. Kompjutora za pretraživanje mutacija izvedena je pomoću Chromas Pro 1.5 (Technelysium Pty Ltd, Australija). Referentna sekvenca gena ID: 4609 (NCBI). Varijante s manje od 1% manja frekvencije alela su prijavili. Patogenost missense mutacija je određen u silico analizu pomoću PolyPhen (http://genetics.bwh.harvard.edu/pph/) i prosijati (http://sift.jcvi.org). Pregled

Statistička analiza pregled

myc pregled metilacije, omjer imunoreaktivnost izgledi mutacije, ili svoje proizvode '(OR) za clinicophatological značajke procijenjena je logističke regresije. Dob pri uzorkovanju želučanog tkiva je definirana kao kovarijata u regresijskom modelu. Pregled

Normalnost raspodjele za kvantitativnih varijabli testirana je Shapiro-Wilk testom. Podaci koji nisu bili normalno distribuirani su pretvoreni (z-score transformacija) u normalnu distribuciju za analizu. Analiza myc
mRNA ekspresije i kopirati broj su provedena od strane General Linear Model (GLM) sa prilagodbe za dob, koja pruža veličine učinka i promatraju snaga (OP) svake analize. Veličina učinka za GLM analizama se temelji na Eta kvadrat (η ^{2), u kojoj je 0,15 i ispod je određena kao male veličine učinka, 0.16-0.40 kao srednje veličine učinka i iznad 0.40 kao velike veličine učinka. pregled}

korelacija između ekspresije mRNA i broju kopija analizirana je Pearson testu, u kojem je vrijednost njegovog koeficijenta korelacije (r) ispod 0,30 utvrđen kao slaba korelacija, 0.30-0.70 kao medij korelacije i iznad 0,70 što je jaka korelacija. pregled

U svim analizama, interval pouzdanosti je 95% i p pregled vrijednosti manje od 0,05 smatrale su značajne. pregled

Rezultati pregled

myc pregled pojačanje je poznato da se odnosi na visoko proteinska /mRNA ekspresije u želučanom karcinogeneze [28] međutim, koliko je nama poznato, nekoliko studija je provedena kako bi opisao ulogu metilacije i myc pregled mutacije u tom procesu. Kako bi se postigao taj cilj, analizirali smo 125 predmeta u kojima 68% su muškarci, a 32% su žene. Prosječna dob naših skupu uzoraka je 62 godina (raspon od 26-89 godina). Nešto veće učestalosti intestinalnog tipa (56,8%) i bez cardic (58,4%) tumora su primijećeni (Tablica 1 i 2). Pregled

myc nuklearni protein pronađen pozitivna u 76,8% (96/125) želučanih tumora (Slika 1). Myc proteina izraz je češća kod crijevnih tipa od tumora difuznog tipa ( p izvoznici < 0,001, OR = 7,856, CI 95% = 2,803 - 22,013) (Tablica 1). Myc imunološko također bio povezan s kasnim početkom (p = 0,026, OR = 3.276; CI 95% = 1.152-9.315), dublji proširenje tumora ( p pregled = 0,045, OR = 2,975, CI 95% = 1.027 -8,623) i prisutnost udaljenim metastazama ( p pregled < 0.001, ili = 17,682, Cl 95% = 3,914 - 79,882) (Tablica 1). Nadalje, myc imunoreaktivnost je povezana s povećanom ekspresijom mRNA ( p pregled = 0,003, η ^{2 = 0.178, OP = 0.870) i ​​ myc pregled broj kopija pomoću FISH ( p pregled = 0,009, η 2 = 0,139, OP = 0,759) i qPCR ( p pregled = 0,003, η 2 = 0.177, OP = 0,869) (Tablica 1).}

razina ekspresije myc pregled mRNA bila je veća u svim uzorcima tumora u odnosu na njihove uparenih kontrole (RQ = 3,39 ± 0,14; raspon 1.57-5.18). Povećani myc pregled ekspresije mRNA bila povezana s dubljim produžetak tumora ( p pregled = 0.006, η ^{2 = 0.152, OP = 0,801), prisustvo limfnih čvorova metastaza ( p = 0,023 pregled, η 2 = 0,107, OP = 0,632) i udaljene metastaze ( p izvoznici < 0,001, η 2 = 0,788, OP = 1) (Tablica 2 ). Osim toga, razina mRNA izravno je povezana s myc pregled kopirati broj ( p izvoznici < 0,01; r = 0,716). Pregled}

Dobit od myc
primjeraka pronađen je u svim uzorcima želučane adenokarcinoma ribe i qPCR testove. Pomoću FISH, srednji postotak stanica predstavlja myc pregled amplifikacije bio je 72,1% (raspon od 50 do 83.5% stanica s amplifikacijom) (Slika 2. A i B). Srednja myc pregled primjerka po qPCR je 4,5 (raspon od 3 do 9 kom) (Slika 2 ° C). Pregled

FISH i qPCR analize pokazale su da je povećana myc pregled broj kopija bio je povezan s kasnim početkom ( p izvoznici &0,001; η ^{2 = 0.257, OP = 0,976; p pregled = 0,025; η 2 = 0,103, OP = 0,662, respektivno), crijevni tipa karcinoma ( p pregled = 0,037; η 2 = 0,091, OP = 0,557; p pregled = 0,009; η 2 = 0,139, OP = 0,762, respektivno), a prisutnost udaljenih metastaza ( p pregled = 0,001; η 2 = 0.221, OP = 0,942; p izvoznici &0,001; η 2 = 0,356, OP = 0,999, respektivno). Osim toga, myc pregled pojačanje riba bila povezana s uznapredovalim stadijima tumora ( p pregled = 0,037; η 2 = 0,091, OP = 0,558), ali samo dvije rane tumori bili analizirati u ovoj podgrupi uzoraka (tablica 2). pregled}

Svi uzorci raka želuca predstavio pozitivno pojačanje sa unmethylated vodeći skup. Zanimljivo je da je 86,4% uzoraka karcinoma su hypomethylated. S druge strane, prisutnost nemetiliranih sekvenci na myc pregled promotora zabilježena je u 28,4% od kontrolnih uzoraka (djelomični metiliranih uzoraka), što ukazuje na gubitak metilacije u ovim uzorcima (Slika 3). Primeri ¡ť specifičnost i MSP rezultati su potvrđeni pomoću bisulfita sekvenciranje PCR (BSP) pristup [29] u kojoj smo slučajno odabranih pet hypomethylated uzoraka; pet hypermethylated uzoraka i pet djelomičnih metilirani uzoraka (podaci nisu prikazani). myc pregled hypomethylation je češća kod difuznog tipa u odnosu na rak želuca intestinalna tipa ( p pregled = 0,007; OR = 8,554; 95% CI = 01.798-40.695, korištenjem difuzni tip kao referentna skupina). Osim toga, myc pregled hypomethylation je povezana s uznapredovalim stadijima tumora ( p pregled = 0,033; OR = 6,602; 95% CI = 1,162 - 37,501), dublje proširenje tumora ( p
= 0,022; OR = 4,752; 95% CI = 1,257 - 17,965), a prisustvo metastaza limfnog čvora ( p pregled = 0,032; OR = 5,12; 95% CI = 1,149 - 22,814) (tablica 1). pregled

Što se tiče gena sekvenciranje, ni nova mutacija je otkriven u želučanim tumora. Uzorci trinaest (10,4%) tumorskih predstavljen najmanje jednu poznatu mutaciju s varijantama na manje od 1%, manje frekvencije alela. Ukupno, 18 mutacije su identificirani, sa 4 uzorka pokazuju ko-se javljaju mutacije. U eksona 1, pet s GG i četiri sa CG na rs117856857; jedan sa GG na rs73707292; i četiri sa CT na rs4645949. U eksona 2, u vezi misscnsc mutacije, dvije tumori gajili mutaciju na kodon 47 rezultira u promjeni iz tirozina u histidin (rs114570780, prosijati predviđanja = štetan, predviđanja PolyPhen = vjerojatno štetno), a dvije na kodon 72 rezultira promjenama iz prolina za serin (rs28933407; prosijati predviđanja = tolerirati; predviđanje PolyPhen = vjerojatno oštećenja). Sve tumor sa mutacijom u eksonu 2 prikazana jednu ili dvije poznate mutacije u eksonu 1. Egzon 2 mutacije su detektirane samo tumora difuzno tipa u odmakloj fazi. Ne mutacija je identificiran u eksona 3. Prisustvo poznatih myc pregled mutacija je povezana s difuzno tipa tumora ( p pregled = 0,004, OR = 21,717, 95% CI = 2,678 do 176,111; upotrebom difuznog tipa kao referentne skupine) i prisutnost udaljenih metastaza ( p pregled = 0,032, OR = 4,492; 95% CI = 1,141 - 17,679). pregled

Rasprava pregled

myc proteina ima učinak na oko 15% gena u ljudskom genomu [30]. Dakle, myc deregulacija može dovesti do promjena u različitim biološkim putova uključenih u inicijaciji i progresiju raka [5]. Međutim, do danas, odnos između myc pregled izmjena i kliničkopatološkim parametara nije dobro razumio. Naši uzorci predstavljeni muško-ženski omjer 2:1 a većina bolesnika bilo je starije od pedeset i pet. Štoviše, crijevni tipa raka želuca bila češća od difuznog tipa i tumori bili su češći u ne-kardija. Ovi epidemiološki podaci u skladu s prethodnim studijama [28], [31] -. [33] pregled

kromosomske translokacije u myc
lokusa vrlo CoMMMM u krvotvornih raka. Međutim, u solidnih tumora kod ljudi kao što su rak želuca, myc pregled, promjene su najčešće zbog genske amplifikacije [34]. Nadalje, myc pregled priznaje da se najčešće pojačavaju gena za kodiranje proteina u svim vrstama raka [35]. U ovom istraživanju, gledali smo tri ili više myc pregled kopije gena u svim želučanih tumora studirali, potvrđujući s prethodnim istraživanjima u osnovnim želučanih tumora pojedinaca iz našeg stanovništva [10], [28], [36] - [39], kao i iz istočne Azije i Europe [40] - [42]. Također, myc pregled pojačanje zabilježeno je u plazmi [43] i želučanih staničnim linijama karcinoma utvrđenih u našoj grupi [44] - [47]. Osim toga, naša grupa je primijetio da Klonska visoko pojačanje myc pregled je rjeđa u difuznom tipa nego u intestinalni tipa primarnog karcinoma želuca [10], [22], [28], a to je bio pojačan ovo istraživanje, pregled

myc hiperekspresija opisan je u rasponu od 15.6% do 100% u primarnim karcinomima želuca [9]. u
studije vitro pokucao dolje myc izražavanja u želučanom staničnim linijama karcinoma pokazala su ključnu ulogu izražavanja myc u želučanom rast tumorskih stanica, opstanak i održavanje parametara tumorske stanice koje mogu doprinijeti malignog potencijala [48 ]. Štoviše, Mehndiratta et al. Pregled, [49] su pokazali značajno smanjenje (40%) u myc izražavanja i mRNA i proteina i njegove nizvodne mete pomoću siRNA. Pregled

U ovom istraživanju, 76,8% želučanih tumora pokazala myc imunoreaktivnost i sve tumore, crijeva i difuzna tip, predstavila povećanu ekspresiju mRNA u odnosu na njihove uparenih kontrole. Nadalje, mi smo opazili da myc imunoreaktivnost te povećana ekspresija mRNA su povezani s nastavkom dublje tumora i prisustvo metastaza. Ovi rezultati ukazuju na to da myc ima ulogu u tumora, metastaze, a time i agresivnost, potvrđujući prethodne studije [37]. Iako su neke analize prezentirani malu veličinu učinka, ovi rezultati su također u dogovoru s prethodnom istraživanju naše skupine u nehumanih primata, u kojoj smo pokazali kontinuirani porast myc
mRNA ekspresije i kopirati broj tijekom uzastopne korake intestinalni tipa želučane karcinogeneze u N-metil-nitrozourea (mnu) tretiranih nehumani primati [16]. S druge strane, bilo veza između myc i histološkog stupnja, lokacija tumora, limfnih čvorova metastaza, ili patološke fazi je otkriven u želučanom istraživanju raka razvijena u kineskoj populaciji [50], naglašavajući da je nacionalnosti pogođeno stanovništvo može dovesti do biološki i klinički želučani podskupovi od raka [51]. pregled

Iako, amplifikacija gena nije nužno povezana ili potrebno za pojačanom ekspresijom, naša studija pokazuje da myc imunoreaktivnost, myc
razine mRNA, a broj kopija su u izravnu vezu. pregled

DNA metilacije je moćan mehanizam potiskivanjem transkripcije. Pravilno genomske metilacije-obrasci postaju duboko promijenjeni u stanicama raka: uočene su obje dobici (Hipermetilacija) i gubitaka (hypomethylation) od metilnog stranicama [52], [53]. Hypomethylation na određene promotora može aktivirati neprirodni izraz onkogena i gubitka otisak u nekom loci [44]. Do sada, nekoliko studija raspravlja odnos između metilacije uzorak myc Netlogu i njezin utjecaj na ekspresiju gena i na kancerogene procese. myc pregled hypomethylation prethodno bio povezan s onkogenom napredovanje i indukcije metastaza u štakorskom modelu raka jetre [54] i u humanim uzorcima s kolorektalnim karcinomom [55]. Osim toga, myc pregled hypomethylation je također povezan s myc pregled ekspresije u želučanim tumorima [26], [56] - [58] i stanične linije [48]. Međutim, nismo bili u mogućnosti promatrati značajnu povezanost između myc
hypomethylation i svoj izraz u našim uzorcima. Među ostalim čimbenicima, ovaj nedostatak povezanosti može biti zbog prisutnosti myc
pojačanja u svim tumorima s hypomethylated promotora (86,4% uzoraka) i stoga, maskiranje mogući učinak ovog epigenetičke modifikacije na myc pregled transkripcije propis. pregled

Suzuki i sur.
[59] prije je pokazala da visoka razina hypomethylation je pokazatelj loše prognoze u oba želuca i debelog crijeva, te Epigenetske promjene bili su dob ovisi, pojavio pred genetske promjene. U ovom istraživanju, neke kontrole već predstavili nemetilirane sekvence u myc pregled promotora. Osim toga, pokazali smo da myc pregled hypomethylation je bio povezan s višim fenotipa (tumora agresivnosti, prisutnost limfni čvor metastaza, i histoloških tipova karcinoma). Ovi rezultati ukazuju na to da myc pregled metilne skupine može se nakupila tijekom napredovanja tumora, i to bi moglo biti zajednički događaj u želučanom carinogenesis [60], [61], jer je taj mehanizam je zapažena kod drugih gena u nekoliko tipova tumora [ ,,,0],62], [63]. Kao što je već predloženo za DNK Hipermetilacija [64], promotor hypomethylation može se koristiti kao nove generacije biomarkera i ima dijagnostičku i prognostičku obećanja za kliničara. Pregled

Koliko je nama poznato, myc
eksona gena nikada nisu bili potpuno sekvencirani u ljudskim želučanih tumora. Ovdje sekvencionirao smo tri eksona myc pregled: eksona 1 je ne-kodiranje proteina a, eksona 2 i 3 su za kodiranje proteina [za pregled vidi (Pelengaris & Khan, 2003)]. Nismo pronašli nikakve nove mutacije, međutim, primijetili smo da su 4 tumori predstavio misscnsc mutacije (rs114570780 i rs28933407) na eksona 2. Ove mutacije su u evolucijskom očuvanih slijed myc
: transaktivacijskog domeni [4] [65]. Osim toga, oba identificirani mutacije smatra vjerojatno oštećenje prema PolyPhen softvera. Promjena prolina u serin na kodona 72 također je ranije prijavljena kao patogene varijante u NCBI dbSNP bazu podataka (http://omim.org/~~HEAD=pobj). Dakle, obje mutacije na eksona 2 može utjecati na myc aktivnost želučanih tumora. Osim toga, prisutnost myc pregled mutacije bio je povezan s udaljenim metastazama. Međutim, daljnja istraživanja su potrebni da se razjasni, ako myc pregled mutacije imaju ulogu u metastatskog procesa. Pregled

Prema Lauren klasifikaciji, želuca adenokarcinom je klasificiran uglavnom u crijevnih i difuznih oblika [17]. Crijevna tipa raka želuca napreduje kroz niz uzastopnih koraka, počevši s atrofični gastritis, nakon čega slijedi intestinalne metaplazije, intraepitelnom neoplazija i karcinoma [66]. S druge strane, difuzno tipa općenito ne mijenjaju od predkanceroznih lezija [67], [68]. U ovom istraživanju, primijetili smo da je crijevna tipa prezentirani češće myc imunoreaktivnost, kao i veći broj myc pregled primjerka od tumora difuznog tipa, koji potvr s prethodnim istraživanjima naše grupe [10] [22], [28], [38]. Osim toga, myc pregled hypomethylation i točkaste mutacije su češća kod difuznog tipa u odnosu na tumore crijevna tipa. Dakle, naši rezultati podupiru mišljenje da su ta dva histološkoj slijede različite genetske putove i mogu biti dva različita entiteta [67]. Pregled

U zaključku, naši rezultati pokazuju da myc pregled pojačanom ekspresijom i promotor hypomethylation može imati ulogu u procesu karcinogeneze želuca. myc pregled deregulacija bila povezana uglavnom s lošim prognostičkim. Naši rezultati također pojačati prisutnost različitih putova uključenih u crijevnoj tipa i difuzna tipa želučane karcinogeneze. Dakle, naši rezultati ukazuju na to da myc može biti koristan marker za kliničku raslojavanja i prognozu. Pregled

• PLoS ONE: Otkriće tumorskih markera za rak želuca by Proteomics
• PLoS ONE: rak želuca inscenacije sa Dual Energy Spectral CT Imaging