PLoS One: MYC deregulációja gyomorrákban és annak Klinikopatológiai Implications

absztrakt katalógusa

A vizsgálat során a kapcsolatát MYC katalógusa elváltozások és krónikus klinikai tünetei a gyomor rák. Értékeltük a hatás MYC
mRNS expresszióját és annak protein immunreaktivitást, valamint kópiaszám variáció, promoter DNS-metiláció, és pontmutációk, 125 gyomor adenokarcinóma és 67 paried nem neoplasztikus szövetekben. Megfigyeltük, hogy 77% a tumorok bemutatott MYC immunreakciót, amely szignifikánsan összefüggött a fokozott mRNS expresszió ( p katalógusa < 0,05). Ezek a megfigyelések arra járó daganat mélyebb kiterjesztése és a jelenléte áttét ( p katalógusa < 0,05). MYC protein expressziót is gyakrabban megfigyelhető bél típusú, mint a diffúz típusú tumorok ( p katalógusa < 0,001). Továbbá, MYC katalógusa mRNS és fehérje expresszió szignifikáns összefüggést mutattak a kópiaszám ( p katalógusa < 0,05). A nyereség MYC katalógusa példányban járt késői, bél típusú, korszerű tumorstádium és jelenléte távoli áttét ( p katalógusa < 0,05). Egy hypomethylated MYC
promoter volt kimutatható 86,4% a tumor mintákban. MYC katalógusa hipometiláció társult diffúz típusú, korszerű tumorstádium mélyebb tumorbetörés, és a jelenléte nyirokcsomó áttét ( p katalógusa < 0,05). Sőt, tizennyolc tumor minták bemutatott legalább egy ismert mutációt. A jelenléte MYC katalógusa mutáció kapcsolódó diffúz típusú tumor ( p katalógusa < 0,001). Eredményeink azt mutatták, hogy MYC katalógusa dereguláció főleg járó rossz prognózisú funkciók és megerősítette a jelenlétét különböző utak részt bél típusú és diffúz típusú gyomorrák kialakulásában. Így eredményeink arra utalnak, hogy myc katalógusa lehet hasznos marker klinikai rétegződés és a prognózis. Katalógusa

Citation: de Souza CRT, Leal MF, Calcagno DQ, Costa Sozinho EK, Borges BDN, Montenegro RC, et al. (2013) MYC katalógusa deregulációja gyomorrákban és annak következményei Klinikopatológiai. PLoS ONE 8 (5): e64420. doi: 10,1371 /journal.pone.0064420 katalógusa

Szerkesztő: Masaru Katoh, National Cancer Center, Japán katalógusa

Beérkezett: január 30, 2013; Elfogadva: 12. április 2013; Megjelent: május 22, 2013 katalógusa

Copyright: © 2013 de Souza et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa

Forrás: A szerzők hálásak Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq; CRTdS, AKCRdS, SEBdS, RRB és MdACS) és Fundacao de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP; DQC és MFL), amelyek támogatják ezt a tanulmányt, támogatásokat és ösztöndíjakat. A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető

a gyomorrák a negyedik leggyakoribb rák típusától, és továbbra is a második leggyakoribb oka a rák okozta halál világszerte [1]. Ez a rák általában diagnosztizálják előrehaladott szakaszában, és az egyetlen kuratív terápia elérhető igényel sebészi eltávolítását [2]. Így a gyomorrák komoly közegészségügyi probléma a világon. Egy jobb megértése a biológiai e daganata a kritikus, és hasznos lehet irányítani a betegek kezelését, valamint az új terápiás lehetőségeket. Katalógusa

MYC katalógusa egyik legtöbbet tanulmányozott onkogének fakadó fennálló kapcsolatából számos betegség [3]. MYC szerepet játszik a több alapvető funkciója of Cell Biology, beleértve a sejtnövekedés szabályozásában, és proliferáció, metabolizmus, differenciálódás, az apoptózis, és az angiogenezist (áttekintését lásd: [4], [5]). Ezért, MYC egy integrátor az extracelluláris és intracelluláris jeleket, és annak sejtes fenotípust függ szöveti helyen [6], [7]. Nem meglepő, hogy a dereguláció myc funkciók hozzájárul a tumor fenotípus. Katalógusa

MYC katalógusa dereguláció génamplifikáció [8], [9], a kromoszóma vagy beillesztése [10], [11] mutációk [12], és epigenetikai módosítások [13], [14], leírták a rák különböző típusainak, különösen a gyomorrák. MYC kifejezés általában emelkedik vagy szabályozatlan a humán daganatok [4], és úgy tűnik, hogy a kereszteződésen több fontos utak és folyamatokat karcinogenezissel [15], hogy egy kulcsfontosságú esemény a gyomor karcinogenezis [9]. Korábban a csoport megmutatta, hogy MYC katalógusa mRNS expressziója és kópiaszám növekszik során egymást követő lépésekben intesztinális típusú gyomor karcinogene- egy főemlős modell [16], ami arra utal, hogy a MYC katalógusa lehet be kell vonni a gyomor tumor kialakulásában és progressziójában. katalógusa

a megértése MYC katalógusa biológia rendkívül fontos rávilágítani szerepét patogenezisében gyomorrák. Naprakész, nincs tanulmány korreláló MYC
mutáció, amplifikáció, fehérje /mRNS-szintek, és metilációs ebben neoplázia. Itt mi értékeltük a MYC katalógusa változtatások klinikopatológiai jellemzők gyomorrákban. Ezen túlmenően, MYC
mRNS expresszióját és a fehérje immunreaktivitást, valamint számos molekuláris mechanizmusok korábban kapcsolódnak az dereguláció mint kópiaszám variáció (CNV), mutáció, és a DNS-metiláció, elemezték ugyanazokat a gyomorrák mintákat.

anyagok és módszerek katalógusa

etikai nyilatkozat katalógusa

Minden minták származnak írásos beleegyezési és jóváhagyását a University Hospital (Belém, Pará, Brazília) etikai felülvizsgálatot táblák ( protokoll szám: 142004). katalógusa

Klinikai minták

125 gyomor adenokarcinóma és 67 megfelelő, nem daganatos szövetekben gyomor (kontrollként) kaptuk sebészetileg betegeket a João de Barros Barreto Egyetemi Kórház Pará állami, Brazília. Minden alany nem voltak kitéve sem kemoterápia vagy sugárkezelés a műtét előtt. A gyomor tumorok szerint osztályoztuk Lauren [17] és a tumorokat színre standard kritériumok által TNM stádium [18]. Klinikopatológiai jellemzői táblázat tartalmazza az 1. és 2.

kimetszettük a tumor és a kontroll mintákat gyorsan lefagyasztottuk folyékony nitrogénben, amíg nukleinsav tisztítás. Egy másik része ugyanazon szövetek formalin-fixált és paraffinba ágyaztuk. A fluoreszkáló in situ katalógusa hibridizáció (FISH) vizsgálattal, a maradék tumor minta bontani a leírtak szerint [19]. Katalógusa

MYC immunreakciót katalógusa

Az immunhisztokémiai vizsgálatok esetében a MYC protein volt végzett 125 formalin-fixált, paraffinba ágyazott tumor szakaszok. Immunhisztokémiai festés szerint végeztük Calcagno et al.
[10]. A tumor szöveti metszeteken (3 vagy 4 mm vastag) adtunk paraffint xilolban és rehidratált egy fokozatos sorozat etanolt. Miután hővel indukált epitóp visszakeresés, a szöveti metszeteket elsődleges felismerő egér monoklonális ellenanyag MYC (hígítás 1:50; SC-40, Santa Cruz Biotechnology, USA és Zymed®, USA). Egy univerzális peroxidáz-konjugált másodlagos antitesttel készlet (LSAB Rendszer, DakoCytomation, USA) használtunk az érzékelő rendszer. Mi használt 3,30-diamino-benzidin /H _{2 O 2 (Dakocytomation, Dánia), chromogén és hematoxilin a Counterstain. Bármilyen nukleáris folt vagy anélkül citoplazmatikus festést tekinthető pozitív eredményt, függetlenül az intenzitás. Myc-pozitív esetben került meghatározásra, mint amelynek 10% -os vagy nagyobb tumorsejtek pozitív ez a fehérje.}

nukleinsav kivonása

A genomiális DNS-t (gDNS) extraháljuk QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen, Németország) a gyártó utasításai szerint. Teljes RNS-t extraháljuk, Tri-reagent® (Life Technologies, USA), a gyártó protokollja szerint. DNS-t és RNS-koncentráció és a minőség határoztuk meg NanoDrop spektrofotométerrel (Kisker, Németország). RNS integritását úgy határoztuk meg, gélelektroforézissel (1% -os agaróz gélek esetén). Minden mintát -80 ° C-on tároltuk felhasználásig.

MYC
mRNS expressziós

kvantitatív mRNS-szintje MYC katalógusa, a teljes RNS-t izoláltunk a 49 párosított normális és tumoros szövetekben Trizol (Life Technologies, USA). Az RNS-t reverz transzkripció révén nagy kapacitású cDNS Archive szerinti készlet a gyártó protokollja (Life Technologies, USA). Komplementer DNS-t ezután erősítve real-time PCR TaqMan vásárolt esszék-on-demand Termékek Gene Expression (Life Technologies, USA) egy 7500 Fast Real Time PCR (Life Technologies, USA). GAPDH katalógusa gént választották a belső kontroll RNS bemenet és reverz transzkripció hatékonyságát. Minden valós idejű reverz transzkripciós kvantitatív PCR (RT-qPCR) háromszoros ismétlésben végeztünk mindkét megcélzott gén ( MYC katalógusa: Hs00153408_m1) és a belső kontroll ( GAPDH katalógusa: NM_002046.3).

Relatív számszerűsítése (RQ) a gén expresszió szerint számítottuk Livak és Schmittgen [20]. A megfelelő kontroll minta jelölték kalibráló minden tumor. Katalógusa

MYC katalógusa kópiaszám katalógusa

FISH és qPCR arra, hogy értékelje MYC katalógusa kópiaszám egy részhalmaza 49 tumorok, ugyanaz a tanulmányban használt kifejezés. FISH szerint végeztük protokollja Pinkel et al.
[21] által bevezetett módosítások Calcagno et al.
[22]. A sejteket hibridizáltuk Spectrum Orange katalógusa Probe (LSI Vysis /Abbott, Inc., IL) az MYC katalógusa génszakasz (8q24.12-q24.13) és magokat kontrasztfestést 4 ', 6-diamino-2-fenil-antifade. Fluoreszcenciát egy Olympus BX41 fluoreszcens mikroszkóppal (Olympus, Japán) gerjesztési Szűrők 4 ', 6-diamino-2-fenil-(260 nm) és a rodamin (570-ban). Minden egyes esetben 200 interfázisos sejtmagot analizáltuk ASI képelemző rendszer (Applied Spectral Imaging, Izrael). Pozitív MYC katalógusa gén szignál megjelent piros foltok magok és pontozták alkalmazva a Hopman et al.
[23]. A félreértések elkerülése végett technikai hiba miatt, a normál limfocita sejtmagok és a normál gasztrikus szövetet használtunk kontrollként. A FISH eredmények mutatták be a százalékos MYC katalógusa erősítés egy sejt, amelyben számított százalékos mutató sejtek 3 vagy több jelet a MYC katalógusa szonda sejt. Katalógusa

qPCR végeztünk kvantitatív TaqMan CNV vizsgálatokkal (Life Technologies, USA) az MYC katalógusa gén (Hs01764918_cn), valamint a belső ellenőrzés P-t katalógusa (Ƹ3326). Multiplex qPCR reakciókat hajtottunk végre négy példányban a gDNS szerint a gyártó protokollja és a kerékpározás feltételek 7500 Fast Real-Time PCR-t (Life Technologies, USA). A relatív kópiaszám becsülték minden egyes minta a Másolás hívófél Software v1.0 (Life Technologies, USA). Kereskedelmi emberi gDNAs (G1521 és G1471, Promega, USA) használtunk a kalibráláshoz. Katalógusa

MYC katalógusa metiláció katalógusa

A metilációs mintázatát és gyakoriságának MYC
promoter értékeltük 125 tumorok és 67 kontroll minták metil-specifikus PCR-t (MSP) a korábban leírtak [24]. gDNS (2 ug) az összes minta módosította biszulfit-kezeiés, konvertáló metilálatlan citozinok hogy uracilok és az onnan metilezett cytosins változatlan [25]. Specifikus primerek a MYC
promóter a következők voltak: F5'-TAGAATTGGATTGGGGTAAA-3 'és R5'-CCAACCAAAAATCAACATGAAT-3' a metilálatlan reakciók (várható termék mérete 291 bp); F5'-TAGAATTGGATCGGGGTAAA-3 'és R5'-CGACCGAAAATCAACGCGAAT-3' a metilezett reakciók (várható termék mérete 290 bp), mint a korábbi leírt [26].

PCR reakciókat végeztünk 0,1 | imol /L dNTP-k, 2 umol /l MgCI _{2, 0,5 umol primerek, 1,25 U Taq DNS-polimeráz, és 100 ng-hidrogénszulfit-módosított DNS-t. Miután a kezdeti denaturálás 5 perc 94 ° C, 40 ciklusban, 9, 4 ° C-on 45 s, 52,4 ° C-on 45 másodpercig és 72 ° C-on 30 s végeztük, majd egy végső extenziós 5 perces, 72 ° C-on. A PCR termékeket közvetlenül felvittük 3% -os agaróz gélen elektroforetizáljuk. A gélt SYBR® Safe DNS Gel Stain (Life TECHNOLGIES, USA), és közvetlenül láthatóvá UV megvilágítással. Pozitív kontrollként minden MSP reakciók, egy gDNS minta teljesen metilezett segítségével CpG metilázzal (SSSI, New England Biolabs, USA) a gyártó utasításai szerint. Ezen túlmenően a primerek vad típusú használtunk ellenőrzésére teljes átalakulását DNS kapott a biszulfit-reakció.}

A mintákat rétegezni például: 1) hypomethylated mintákat amikor pozitív amplifikációs termék volt kimutatható csak a PCR-rel specifikus primerek a metilálatlanok sorozatok; 2) hipermetilációja mintákat amikor pozitív amplifikáció volt kimutatható csak a PCR-specifikus primereket metilált szekvenciák; 3) részleges denaturált mintákban pozitív erősítés volt kimutatható a PCR-ben a két primer készletek. Katalógusa

MYC katalógusa Genotyping katalógusa

A három exonjain a MYC
gént választottunk mutáció analízisre minden 125 gyomorrákos mintákban. A következő primereket terveztünk a PCR amplifikációs és szekvenciáló: exon 1 F5'-TTTATAATGCGAGGGTCTGGA-3 'és R5'-GCATTCGACTCATCTCAGCA-3' (a várható termék mérete 654 bp); exon 2 F5'-CTGCCTCCCGCTTTGTGT-3 'és R5'-TTTGATGAAGGTCTCGTCGT-3' (a várható termék mérete 423 bp), F5'-TGGGAGGAGACATGGTGAA-3 'és R5'-TGCCAATGAAAATGGGAAAG-3' (a várható termék mérete 507 bp); 3. exon F5'-TGTCCAGAGACCTTTCTAACGTAT-3 'és 5'-CCGTAGCTGTTCAAGTTTGTG-3' (a várható termék mérete 663 bp), 5'-TGTCCGTCCAAGCAGAGG-3 'és 5'-TGATGAAAACAAACAGGGATG-3' (a várható termék mérete 639 bp).

A PCR-reakciókat végeztünk 0,1 | imol /l dNTP-k, 2 umol /l MgCI _{2, 0,5 umol /l a primerek, 1 U Taq-polimeráz, és 100 ng DNS-t. A PCR körülményei a következők voltak: 95 ° C-on 10 percen keresztül, majd 35 ciklus 1 perc követett denaturálással 95 ° C-on, 1 perc a lágyítási hőmérséklet (egészen 59-61 ° C), és 1 perces 72 ° C-on. Az amplikonok elválasztjuk 2% -os agaróz gélen megfestettük SYBR® Safe DNS Gel Stain (Life TECHNOLGIES, USA), és közvetlenül láthatóvá UV megvilágítással.}

ampiikonokat szekvenáltuk Sanger módszerrel [27]. Közvetlen szekvenálása végeztük a Big Dye® Terminatorv3.1 Cycle Sequencing Kit (Life Technologies, USA), és analizáltuk ABI PRISM® 3130 Genetic Analyzer (Life Technologies, USA) használva Pop 7 polimert. Az in silico mutáció keresés alkalmazásával hajtottuk végre Chromas Pro 1.5 (Technelysium Pty Ltd, Ausztrália). A referencia szekvencia Gene ID: 4609 (NCBI). Változatok kevesebb, mint 1% minor allél gyakoriság jelentettek. Patogenitását missense mutáció értékelték in silico analízis PolyPhen (http://genetics.bwh.harvard.edu/pph/) és szitál (http://sift.jcvi.org). Katalógusa

A statisztikai elemzés

MYC katalógusa metiláció, mutáció, illetve annak termékeit "immunreakció esélyhányados (OR) clinicophatological jellemzői becsülték logisztikus regresszió. Az életkor gyomor szöveti mintavétel úgy definiáljuk, mint kovariáns a regressziós modellben. Katalógusa

A normalitás eloszlás mennyiségi változók vizsgálatára a Shapiro-Wilk teszt. Az adatok, amelyeket nem normális eloszlású átalakultak (z-score transzformáció) egy normális eloszlás elemzésre. Elemzés MYC katalógusa mRNS expressziója és kópiaszám végeztünk a General Linear Model (GLM) és az életkor, amely a hatás mértéke és a megfigyelt teljesítmény (OP) az egyes elemzés. A hatás nagysága a GLM elemzések alapult Eta Squared (η ^{2), amelyben 0,15 alatt határoztuk meg egy kis hatás mérete, 0,16-0,40, mint egy közepes méretű hatás, és a fenti 0.40, mint egy nagy hatásának mértékét.}

a korreláció mRNS expressziója és kópiaszám analizáltuk a Pearson teszt, melynek értéke a korrelációs együttható (r) az alábbi 0,30 határoztuk meg egy gyenge összefüggés, 0,30-0,70 mint egy közepes korreláció, és felett 0,70 mivel erős korrelációt. katalógusa

az összes vizsgálatban a konfidencia intervallum 95%, p katalógusa értékek 0,05-nél kisebb tekintettük szignifikánsnak. katalógusa

Eredmények katalógusa

MYC
amplifikációs ismert, hogy kapcsolatban áll a magas fehérje /mRNS expressziójának gyomor karcinogenezis [28], azonban, hogy a legjobb tudásunk, kevés vizsgálatot végeztek, hogy leírja a szerepe a metiláció és MYC katalógusa mutáció ebben a folyamatban. Ahhoz, hogy elérjük ezt a célt, elemeztük 125 esetben, ahol a 68% -a férfi és 32% nő volt. Az átlagéletkor a mi mintakészletbeli 62 év (tartomány 26-89 év). Kissé nagyobb gyakorisággal intesztinális típusú (56,8%) és a nem szívizom (58,4%) tumorokat figyeltünk (1. táblázat és 2. ábra).

MYC nukleáris fehérje találtak pozitív 76,8% (96/125) a gyomor daganatok (1. ábra). MYC protein expressziót gyakrabban figyeltek bél típusú, mint a diffúz típusú tumorok ( p katalógusa < 0,001, OR = 7,856, CI 95% = 2,803-22,013) (1. táblázat). MYC immunfestést is társult késői kezdetű (p = 0,026, OR = 3,276; CI 95% = 1,152-9,315), a daganat mélyebb kiterjesztés ( p katalógusa = 0,045, OR = 2,975, CI 95% = 1.027 -8,623), és a jelenléte távoli áttét ( p katalógusa < 0,001, OR = 17,682, CI 95% = 3,914-79,882) (1. táblázat). Nagycsaládok, MYC immunreakciót járó fokozott mRNS expresszió ( p = 0,003 katalógusa, η ^{2 = 0,178, OP = 0,870) és a MYC katalógusa kópiaszám FISH ( p katalógusa = 0,009, η 2 = 0,139, OP = 0,759), valamint a qPCR ( p = 0,003 katalógusa, η 2 = 0,177, OP = 0,869) (1. táblázat).}

Az expressziós szintje MYC katalógusa mRNS magasabb volt az összes tumor mintákban, mint a páros kontrollok (RQ = 3,39 ± 0,14; 1,57-5,18 tartományban). A megnövekedett MYC katalógusa mRNS expressziója kapcsolódó mélyebb tumorbetörés ( p = 0,006 katalógusa, η ^{2 = 0,152, OP = 0,801), jelenléte nyirokcsomómetastasis ( p = 0.023 katalógusa, η 2 = 0,107, OP = 0,632), és a távoli áttétek ( p katalógusa < 0,001, η 2 = 0,788, OP = 1) (2. táblázat ). Emellett a mRNS-szint közvetlen összefüggésben van a MYC katalógusa kópiaszám ( p katalógusa < 0,01; r = 0,716). Katalógusa}

Gain MYC
példányban találtak minden gyomor adenokarcinóma minta FISH és qPCR vizsgálatokban. A FISH során az átlagos százalékos sejteket bemutató MYC
amplifikációs volt 72,1% (tartomány 50-83,5% sejtek amplifikáció) (2. ábra A és B). Az átlag MYC katalógusa másolatok qPCR 4,5 (tartomány 3-9 példány) (2. ábra C). Katalógusa

FISH és qPCR elemzések azt mutatták, hogy a megnövekedett MYC katalógusa kópiaszám társult késői kezdetű ( p katalógusa < 0,001; η ^{2 = 0,257, OP = 0,976; p = 0,025 katalógusa; η 2 = 0,103, OP = 0.662 -kal), intesztinális típusú rák ( p katalógusa = 0,037; η 2 = 0,091, OP = 0,557; p = 0,009 katalógusa; η 2 = 0,139, OP = 0,762-kal), és a jelenléte távoli áttét ( p = 0,001 katalógusa; η 2 = 0,221, OP = 0,942; p katalógusa < 0,001; η 2 = 0,356, OP = 0,999, sorrendben). Ezen túlmenően, MYC katalógusa erősítés FISH járt előrehaladott tumor szakaszában ( p katalógusa = 0,037; η 2 = 0,091, OP = 0,558), azonban csak két korai tumorok elemzett részhalmaza minta (2. táblázat).}

Minden gyomorrák minta bemutatott pozitív amplifikációs egy metilálatlan láncindító készlet. Érdekes, hogy 86,4% -a rákos mintákat hypomethylated. Másrészt, a jelenléte nem metilált szekvenciák a MYC
promoter volt megfigyelhető 28,4% a kontroll minták (részleges metilezett minta), ami arra utal, a veszteség a metiláció ezekben a mintákban (3. ábra). A primereket sajátosságait és MSP eredményeket megerősítették a biszulfit szekvenálás PCR (BSP) megközelítés [29], amelyben véletlenszerűen kiválasztott öt hypomethylated minta; Öt hipermetiláltnak minták és öt részleges denaturált mintákat (nem közölt adatok). MYC katalógusa hipometiláció gyakrabban megfigyelhető diffúz típusú, mint a bél típusú gyomorrák ( p = 0,007 katalógusa; OR = 8,554; 95% CI = 01.798-40.695 segítségével diffúz típusú referencia-csoport). Ezen túlmenően, MYC katalógusa hipometiláció járt előrehaladott tumor szakaszában ( p katalógusa = 0,033; OR = 6,602; 95% CI = 1,162-37,501), a daganat mélyebb kiterjesztés ( p
= 0,022; OR = 4,752; 95% CI = 1,257-17,965), és a jelenléte nyirokcsomó áttét ( p katalógusa = 0.032; OR = 5,12; 95% CI = 1,149-22,814) (táblázat 1). katalógusa

Ami a gén szekvenálás, nem új mutáció volt kimutatható gyomor tumorok. Tizenhárom (10,4%) a tumor minták bemutatott legalább egy ismert mutáció, a variánsok kevesebb, mint 1% minor allél gyakoriság. Összesen 18 mutációt azonosítottunk, 4 minta mutat együtt előforduló mutációkat. Az exon 1, öt GG és négy a CG rs117856857; egyik GG rs73707292; és négy a CT az rs4645949. 2. exonban vonatkozó missense mutáció, két tumor hordozott mutációt kodon 47 változást eredményez tyrosinból a hisztidin (rs114570780; SZITÁL becslés = ártalmas; PolyPhen becslés = valószínűleg káros), és két-es kodon 72 változást eredményez Proline szerin (rs28933407; SZITÁL becslés = tolerálható; PolyPhen becslés = valószínűséggel káros). Minden tumor mutáció exon 2 bemutatott egy vagy két ismert mutáció exon 1 Exon 2 mutációt csak kimutatni diffúz típusú daganatok előrehaladott állapotban van. Nem mutációt azonosítottak exon 3 jelenléte ismert MYC katalógusa mutáció kapcsolódó diffúz típusú tumorok ( p = 0,004 katalógusa, OR = 21,717, 95% CI = 2,678-176,111; használva diffúz típusú referencia-csoport), és a jelenléte távoli áttét ( p = 0.032 katalógusa, OR = 4,492, 95% CI = 1,141-17,679). katalógusa

Vita katalógusa

a MYC protein hatással van a mintegy 15% -át a gének a humán genomban [30]. Így MYC dereguláció eltéréseket okozhat a különböző biológiai útvonalak szerepet játszanak a rák kialakulásában és progressziójában [5]. Ugyanakkor naprakész, a kapcsolat a MYC katalógusa változtatások és klinikopatológiai paraméterek nem ismertek. A mintákat bemutatott egy férfi-nő arány 02:01, és a betegek többsége idősebb volt, mint ötven éves. Sőt, az intesztinális típusú gyomorrák gyakoribb volt, mint a diffúz típusú tumorok gyakoribb volt a nem cardia. Ezek epidemiológiai adatok összhangban vannak a korábbi tanulmányok [28], [31] - [33]. Katalógusa

A kromoszomális transzlokációk a MYC katalógusa locus nagyon összeköttetés a vérképző rák. Azonban a szilárd humán tumorok, mint a gyomorrák, MYC
változtatásokat általában génamplifikáció [34]. Továbbá, MYC
elismerten a leggyakrabban amplifikált fehérje-kódoló gén az összes rák típusok [35]. A jelen tanulmányban megfigyelt három vagy több MYC katalógusa gén kópia minden gyomor daganatok tanult, igazoltan a korábbi vizsgálatok primer gyomor tumorok egyének a népesség [10], [28], [36] - [39], valamint Kelet-Ázsiában és Európában [40] - [42]. Továbbá, MYC katalógusa erősítés figyeltek meg a plazma [43], valamint a gyomorrák sejtvonalak a csoportban [44] - [47]. Továbbá, a csoport megfigyelte, hogy klonális nagy erősítés a MYC katalógusa kevésbé gyakori a diffúz típusú, mint a bél típusú primer gyomorrák [10], [22], [28], és ezt erősítette ebben a vizsgálatban.

MYC overexpressziója van leírva, mint kezdve 15,6% és 100% -ban primer gyomor- rákok [9]. In vitro vizsgálatok katalógusa letaglózott MYC expresszió gyomorrák sejtvonalakon bizonyított kulcsfontosságú szerepe MYC kifejezés a gyomor daganatos sejtek növekedését, a túlélés és a fenntartó tumorsejt paraméterek, amelyek hozzájárulhatnak a malignus potenciállal [48 ]. Sőt, Mehndiratta et al.
, [49] jelentős csökkenést mutatott (40%) MYC expresszióját mRNS és fehérje és downstream célpontokat siRNS.

A jelen vizsgálatban, 76,8% -a gyomor daganatok megmutatta MYC immunreaktivitást és minden daganat, bél- és diffúz típusú, bemutatva fokozott mRNS expressziója összehasonlítva a párosított ellenőrzéseket. Továbbá azt tapasztaltuk, hogy MYC immunreakció és a megnövekedett mRNS expresszió járó daganat mélyebb kiterjesztése a metasztázisok jelenlétével. Ezek az eredmények azt sugallják, hogy MYC szerepe van a tumor invazív, metasztázis, és így agresszivitás, igazoltan, egy korábbi tanulmány [37]. Bár egyes elemzések bemutatott egy kis hatás nagysága, ezek az eredmények is egyetért a korábbi tanulmány a mi csoport főemlősök, amelyben igazolták, hogy folyamatos növekedése MYC katalógusa mRNS expressziója és kópiaszám alatt egymás utáni lépéseket bél típusú gyomor karcinogenezis N-metil-nitrozo-karbamid (MNU) kezelt főemlősök [16]. Másrészről, e összefüggés MYC és szövettani fokozatú, a tumor helyen, nyirokcsomó-metasztázis, vagy kóros szakaszban volt kimutatható egy gyomorrák tanulmány kifejlesztett egy kínai populációban [50], megerősítve, hogy az etnikai a nyomorultak népesség vezethet biológiai és klinikai gyomorrák részhalmaza [51]. katalógusa

Bár, génamplifikáció nem feltétlenül jár vagy szükséges annak túltermelése, a tanulmány azt mutatja, hogy MYC immunreakciót, MYC katalógusa mRNS szinteket, és kópiaszám közvetlenül összefügg. katalógusa

DNS metiláció egy erős mechanizmus transzkripciós elnyomás. Megfelelő genom metilációs mintázat válik alapvetően módosította a rákos sejtekben: mind nyereség (hipermetiláltsági) és veszteségek (hipometiláció) Metiiezett oldalak észleltek [52], [53]. Hipometiláció specifikus promoterek aktiválhatja a namika onkogének és a veszteség a imprinting bizonyos lókuszok [44]. Eddig kevés tanulmány tárgyalja a kapcsolat a metilációs mintázatát MYC katalógusa és annak hatása a génexpresszió és karcinogén folyamatokban. MYC
hipometiláció korábban társított onkogén progresszió és metasztázis indukció patkány modellben a májrák [54] és a humán kolorektális rák mintákban [55]. Ezen túlmenően, MYC katalógusa hipometiláció is társult MYC katalógusa kifejezés a gyomor tumorok [26], [56] - [58] és sejtvonalak [48]. Azonban nem tudtunk megfigyelni szignifikáns összefüggést a MYC katalógusa hipometiláció és expresszió a minták. Egyebek mellett ezt a kapcsolat hiányára lehet jelenléte miatt a MYC katalógusa amplifikáció minden daganat hypomethylated promóterek (86,4% -a minta), és így eltakarják a lehetséges hatása az epigenetikai módosítás a MYC katalógusa transzkripciós szabályozása. katalógusa

Suzuki et al.
[59] korábban kimutatták, hogy a magas szintű hipometiláció volt mutatója rossz prognózissal mind gyomor- és vastagbél-rák, és epigenetikai változások volt életkorfüggő, előforduló előtt genetikai eltérések. A jelen tanulmány néhány vezérlőt már bemutatott metilálatlanok szekvenciák a MYC katalógusa promoter. Ezen túlmenően kimutattuk, hogy MYC
hipometiláció járt egy agresszívabb fenotípust (tumor agresszivitás, jelenléte a nyirokcsomó-metasztázis, és szövettani típusú rák). Ezek az eredmények arra utalnak, hogy MYC katalógusa demetilációja lehet halmozni a tumoros progresszió, és ez lehet egy közös esemény a gyomor carinogenesis [60], [61], mivel ez a mechanizmus volt megfigyelhető más gének számos daganat típusok [ ,,,0],62], [63]. Mint már javasolta a DNS hipermetiláltsági [64], a promoter hipometiláció lehet használni, mint egy új generációs biomarkerek és birtokolja diagnosztikai és prognosztikai ígéretet a klinikusok. Katalógusa

A legjobb tudásunk szerint, MYC
gén exon sohasem teljesen szekvenáltuk a humán gyomor daganatok. Itt, mi szekvenáltuk a három exonjának MYC
: exon 1 egy nem-kódoló fehérje, exonok 2 és 3 fehérjét kódoló [összefoglalását lásd: (Pelengaris & Khan, 2003)]. Nem találtunk olyan új mutációt, azonban azt tapasztaltuk, hogy a 4 tumorok bemutatott missense mutáció (rs114570780 és rs28933407) az exon 2. Ezek a mutációk voltak az evolúciósan konzervált szekvencia MYC katalógusa: transzaktivációs domén [4] , [65]. Ezen túlmenően mindkét azonosított mutációkat tekintették valószínűleg káros szerinti PolyPhen szoftver. A változás a prolin szerin kodon 72 is korábban beszámolt a patogén változatot az NCBI dbSNP adatbázis (http://omim.org/). Így mind a mutációk az exon 2 befolyásolhatja MYC aktivitás a gyomor tumorok. Ezen túlmenően, a jelenléte a MYC
mutációk társult távoli metasztázist. Azonban további vizsgálatok szükségesek annak tisztázására, ha a MYC katalógusa mutációk szerepe van a metasztatikus folyamatban. Katalógusa

szerint Laurén besorolás, gyomor adenokarcinóma sorolják főleg a bélben és a diffúz típusú [17]. Bél típusú gyomorrák előrehaladtával számos, egymást követő lépéseket, kezdve sorvadásos gyomorhurut majd intestinalis metaplasia, intraepitelial neoplasia, és carcinoma [66]. Másrészt, a diffúz típusú általában nem fejlődnek a rákot megelőző elváltozások [67], [68]. A jelen tanulmányban azt tapasztaltuk, hogy a bél típusú bemutatott gyakrabban MYC immunreakciót, valamint nagyobb számú MYC katalógusa másolat mint diffúz típusú daganatok, ami alátámasztja a korábbi vizsgálatok eredményeit a mi csoport [10] [22], [28], [38]. Ezen túlmenően, MYC katalógusa hipometiláció és pontmutáció gyakrabban megfigyelhető diffúz típusú, mint intesztinális típusú daganatok. Így eredményeink alátámasztják, hogy ez a két szövettani altípus követni a különböző genetikai útvonalak, és lehet két külön vállalkozás [67]. Katalógusa

Összefoglalva, az adatok arra utalnak, hogy a MYC katalógusa túltermelése és promoter hipometiláció lehet egy szerepet a gyomor karcinogenezis folyamatot. MYC katalógusa dereguláció járt főleg rossz prognózisú funkciókat. Eredményeink megerősítik a jelenléte a különböző utak részt bél típusú és diffúz típusú gyomorrák kialakulásában. Így eredményeink arra utalnak, hogy MYC lehet hasznos marker klinikai rétegződés és a prognózis. Katalógusa

• PLoS One: Discovery tumormarkerek gyomorrák által proteomikai
• PLoS One: gyomorkarcinóma Staging Dual Energy Spectral CT Imaging