PLoS ONE: MYC panaikinimas skrandžio vėžio ir jos klinikos Implications

Anotacija

Mūsų tyrimas tyrė tarp santykių, Myc
pakeitimai ir klinikos ypatumai skrandžio vėžio. Mes įvertino poveikį MYC
iRNR išraiškos ir jos baltymų reaktyvumas, o taip pat variantams kopijų skaičiaus, promotorius DNR metilinimo, ir taškines mutacijas, 125 skrandžio adenokarcinoma ir 67 paried ne neoplastinių audiniuose. Mes nustatėme, kad 77% navikų pateikti MYC reaktyvumas, kuri buvo žymiai, susijusios su padidėjusiu iRNR išraiškos ( P
< 0,05). Šios pastabos buvo susijusios su gilesniu naviko pratęsimo ir metastazių buvimas ( P pervežimas < 0,05). MYC baltymų išraiška buvo taip pat dažniau pasireiškė žarnyno tipo nei difuzinis tipo navikai ( P
< 0,001). Be to, MYC
mRNR ir baltymo ekspresija buvo reikšmingai susijęs su jos kopijų skaičiaus ( P
< 0,05). Iš Myc
kopijų pelnas buvo susijęs su pabaigoje prasidėjusią, žarnyno tipo, pažangių auglio stadijos, ir tolimos metastazės akivaizdoje ( P pervežimas < 0,05). Hypomethylated , Myc
rengėjas buvo aptiktas 86,4% nuo navikų mėginiuose. MYC
hipometilinimą buvo susijęs su difuzinio tipo, pažangių auglio stadijos, giliau naviko pratęsimo, ir limfmazgių metastazių buvimas ( P pervežimas < 0,05). Be to, aštuoniolika navikų mėginiuose pateikti bent vieną žinomą mutacija. Iš Myc
mutacijų buvimas buvo susijęs su difuzine tipo naviko ( P
< 0,001). Mūsų rezultatai parodė, kad MYC
dereguliavimo buvo daugiausia susijęs su prasta prognozinių funkcijų, taip pat sustiprino įvairių būdų, susijusių su žarnyno tipo ir difuzinis tipo skrandžio kancerogenezėje buvimą. Taigi, mūsų rezultatai rodo, kad , Myc
gali būti naudinga žymeklis klinikinės stratifikacijos ir prognozės

nurodomoji dalis:. De Souza CRT, Leal MF CALCAGNO DQ, Kosta Sozinho Ek Borgesas nj, Juodkalnija RC, ir kt. (2013), MYC
panaikinimas skrandžio vėžio ir jos klinikos padarinių. PLoS ONE 8 (5): e64420. Doi: 10,1371 /journal.pone.0064420

redaktorius: Masaru Katoh, Nacionalinis vėžio centras, Japonija

Įstojo: sausio 30, 2013; Priėmė: Balandžio 12, 2013 m Paskelbta: Gegužės 22, 2013

Visos teisės saugomos: © 2013 de Souza et al., Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Attribution licencija, kuri leidžia nevaržomai naudotis, paskirstymo ir dauginimąsi bet kokioje laikmenoje sąlygomis, su sąlyga, kad pirmasis autorius ir šaltinis įskaitomos

Finansavimas:. Autoriai yra dėkinga Conselho Nacional de Header Científico e Tecnológico (CNPq; CRTdS, AKCRdS, SEBdS, RRB ir MdACS) ir Fundação de Amparo à Pesquisa padaryti Estado de São Paulo (FAPESP; DQC ir MFL) Ši parama šį tyrimą kaip dotacijas ir stipendijas. Į finansuotojai neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, ar ruošiant rankraštį

konkuruojančių interesų.. Autoriai pareiškė, kad nėra konkuruojantys interesai egzistuoja

Įvadas

Skrandžio vėžys yra ketvirtoji dažniausia tipo vėžio ir lieka antroji pagrindinė priežastis, dėl vėžio susijusių mirčių visame pasaulyje [1]. Tai vėžys yra dažniausiai diagnozuojama stadijose ir bendroji gydomasis terapija prieinama reikalauja chirurginės rezekcija [2]. Taigi, skrandžio vėžys yra rimta visuomenės sveikatos problema visame pasaulyje. Geresnį supratimą apie šios navikas biologijos yra labai svarbūs ir gali būti naudinga vadovautis paciento valdymą, taip pat kurti naujus gydymo galimybes.

MYC
yra vienas iš labiausiai ištirtų onkogenų kylančių iš jos kartu su daug ligų [3]. MYC vaidina svarbų vaidmenį kelių pagrindinių funkcijų ląstelių biologijos, įskaitant ląstelių augimo ir proliferacijos, metabolizmo, diferenciacija, apoptozės ir angiogenezę Reglamento (peržiūrėti pamatyti [4], [5]). Taigi, MYC yra iš ekstraląstelinio ir ląstelės viduje signalų integratorius, ir jo ląstelinė fenotipas priklauso nuo audinių padėtį [6], [7]. Nenuostabu, dereguliavimas Myc funkcijų prisideda prie naviko fenotipą.

Myc
reguliavimą dėl genų amplifikacijos [8], [9], TRANSLOKACIJA arba įterpimo [10], [11] mutacijos [12] ir Epigenetiniai modifikacijos [13], [14], buvo pranešta skirtingų rūšių vėžio, ypač skrandžio vėžio. MYC išraiška dažnai padidėjusi arba nereguliuojama žmogaus navikų [4], ir, atrodo, būti ne keletą svarbių būdų ir procesų dalyvaujančių kancerogenezėje [15] sankryžoje, būdamas pagrindinis įvykis skrandžio kancerogenezėje [9]. Anksčiau, mūsų grupė įrodė, kad MYC
iRNR raiška ir nukopijuokite skaičius didėja per nuoseklių žingsnių žarnyno tipo skrandžio kancerogenezėje į nežmoginių primatų modelį [16], o tai rodo, kad MYC
gali dalyvauja skrandžio naviko inicijavimo ir progresavimą.

ir MYC
biologijos supratimas yra pirmaeilės svarbos išsiaiškinti savo vaidmenį skrandžio vėžio patogenezėje. Iki šiol nėra Tyrimas koreliacijos Myc
mutacijos, gausinimo, baltymų /iRNR kiekį, ir metilinimas šioje navikų. Čia mes įvertino tarp Myc
pokyčių ir klinikos ypatybių santykį skrandžio vėžio. Be to, MYC
iRNR išraiškos ir baltymų reaktyvumas, taip pat kelių molekulinius mechanizmus anksčiau, susijusių su jos dereguliavimo kaip kopijų skaičiaus variacijos (CNV), mutacija, ir DNR metilinimo, buvo analizuojami toje pačioje rinkinį skrandžio vėžio mėginiai.

medžiagos ir metodai

etika pareiškimas

Visi mėginiai buvo gauti rašytinį informuoto asmens sutikimą ir patvirtinimą iš universitetinės ligoninės (Belém, punktas, Brazilija) etikos peržiūros lentos ( protokolas Nr. 142004)

klinikinius mėginius

125 skrandžio adenokarcinoma ir 67 atitinkantį ne navikinių skrandžio audinių (kontrolinių mėginių) buvo gauti chirurginiu būdu iš pacientų iš João de Barros Barreto universitetinės ligoninės para valstybė, Brazilija. Visi dalykai nebuvo veikiami arba chemoterapija ar radioterapija prieš operaciją. Skrandžio navikai suskirstyti pagal Lauren [17] ir navikų inscenizavo naudojant standartinius kriterijus TNM sustojimo [18]. Į klinikos funkcijos yra parodyta 1 lentelėje ir 2

išpjaustytų naviko ir kontrolės mėginiai buvo greitai užšaldyti skystame azote, kol nukleorūgščių gryninimo. Kitas tų pačių audinių dalis buvo formalinu fiksuotų ir parafino įdėta. Dėl fluorescentinės in situ hibridizacijos (FISH
) Analizės, likusi naviko pavyzdys buvo skirstomi kaip buvo aprašyta anksčiau [19].

MYC reaktyvumas

Imunohistocheminis analizes MYC baltymų buvo atlikta 125 formalinu fiksuotos, parafino-embedded naviko skyriuose. Imunohistocheminį dažymo buvo atlikta pagal Calcagno et al.
[10]. Naviko audinio skyriai (3 arba 4 mm storio) buvo deparaffinized į ksileno ir rehidrataciją diferencijuotai serijos etanolio. Po šilumos sukelta epitopą paieška, audinių dalys buvo inkubuojami su pirminės pelės monokloninis antikūnas prieš MYC (skiedžiant 1:50; SC-40, Santa Cruz biotechnologijos, JAV ir Zymed®, JAV). Universali peroksidazės-konjuguoto antrinis antikūnas rinkinys (LSAB sistema, DakoCytomation, JAV) buvo naudojamas su aptikimo sistema. Mes naudojome 3,30-diamino-Benzidino /H _{2O 2 (Dakocytomation, Danija), kaip chromogeną ir hematoksilinu kaip kontrasto. Bet kokio branduolinio dėmių su arba be citoplazmos dažymo buvo laikomas teigiamas rezultatas, nepriklausomai nuo intensyvumo. Myc teigiamas atvejis buvo apibrėžta kaip turintis 10% ar daugiau vėžinių ląstelių teigiamas šio baltymo.}

Nukleino rūgščių ekstrakcijos

genomo DNR (gDNA) buvo išgauti naudojant QIAamp DNR Mini Kit (Qiagen, Vokietija) pagal gamintojo instrukcijas. Iš viso RNR buvo išskirta su Tri-reagent® (Life technologies ", JAV) pagal gamintojo protokolą. DNR ir RNR koncentracija ir kokybė buvo nustatoma naudojant NanoDrop spektrofotometru (Kisker, Vokietija). RNR vientisumas buvo nustatomas pagal gelio elektroforezės (1% agarozės gelyje). Visi bandiniai buvo laikomi -80 ° C iki naudojimo.

MYC
iRNR raiška

Jei quantitate iRNR lygį, MYC
, RNR buvo izoliuota iš 49 suporuotų normaliomis ir navikų audiniuose, naudojant Trizol (Life technologies ", JAV). RNR buvo atvirkštinis transkripcija naudojant didelės talpos kDNR Archyvas komplektas pagal gamintojo protokolu (Life Technologies, JAV). tada Papildoma DNR buvo papildyta realaus laiko PGR naudojant TaqMan zondai perkami kaip tyrimai-on-demand preparatų genų ekspresiją (Life technologies ", JAV) ant 7500 Greitas Real Time PCR (Life Technologies, JAV). GAPDH
genas buvo pasirinktas kaip vidaus kontrolės RNR įvesties ir atvirkštinės transkripcijos efektyvumą. Visi realaus laiko atvirkštinės transkripcijos kiekybine PGR (RT-qPCR) buvo atliekami tris kartus, tiek taikinio geno ( MYC
: Hs00153408_m1) ir vidaus kontrolė ( GAPDH
: NM_002046.3).

Santykinis kiekybinis (RQ) iš genų ekspresijos buvo apskaičiuojamas pagal Livak ir Schmittgen [20]. Atitinkamas bandinys buvo paskirta kaip kalibratorių iš kiekvienos naviko.

MYC
kopijuoti Taškų

Žuvis ir qPCR buvo naudojamas įvertinti MYC
kopijuoti skaičių į 49 navikų pogrupyje, tas pats naudojamas išraiškos tyrimo. ŽUVYS buvo atlikta pagal Pinkel protokolo , et al.,
[21] su įvestos Calcagno modifikacijos , et al.,
[22]. Ląstelės buvo hibridizuoj spektro Oranžinė
zondas (LSI Vysis /Abbott, Inc, IL) už MYC
genas regionas (8q24.12-q24.13) ir branduoliai buvo counterstained su 4 ', 6-diamidino-2-fenilindolo antifade. Fluorescencija buvo aptiktas naudojant "Olympus BX41 fluorescencijos mikroskopijos (Olympus, Japonija) su žadinimo filtrai 4 ', 6-diamidino-2-fenilindolo (260 nm) ir Rodamininių (570 MN). Kiekvienu atveju, 200 interfazės branduoliai buvo analizuojami naudojant ASI vaizdo analizės sistema (Taikomoji Spektrinė Imaging, Izraelis). Teigiamas MYC
genų signalai pasirodė kaip raudonos dėmės branduolyje ir pelnė naudodamasis Hopman et al kriterijus.
[23]. Siekiant išvengti neteisingo dėl techninės klaidos, normalus limfocitų branduolių ir normalus skrandžio audinyje buvo naudojami kaip kontrolės. Žuvis rezultatai buvo pristatyti kaip procentais, MYC
amplifikacija ląstelė, kurioje mes apskaičiuotos ląstelių procentą parodyti 3 ar daugiau signalų, kad Myc
zondas ląstelių.

qPCR buvo atliekama naudojant kiekybinius TaqMan CNV tyrimai (Life technologies ", JAV) MYC pervežimas geno (Hs01764918_cn) ir vidaus kontrolės RNAse p
(.403.326). Multiplex qPCR reakcijos buvo atliktas keturiais egzemplioriais su gDNA pagal gamintojo protokolą ir dviračių sąlygų 7500 Fast realiojo laiko PGR (Life technologies ", JAV). Santykinis kopija skaičius buvo apskaičiuotas kiekvieno mėginio, naudojant Kopijuoti Caller Software v1.0 (Life technologies ", JAV). Komercinės žmogaus gDNAs (G1521 ir G1471; PROMEGA, JAV) buvo naudojami kalibruojant

MYC
metilinimas

metilinimas modelis ir dažnis MYC rengėjas buvo įvertintas 125 auglių ir 67 suderintų kontrolės mėginių metil-specifinis PGR (MSP), kaip aprašyta anksčiau [24]. gDNA (2 mikrogramų) visų mėginių buvo pakeista bisulfito gydymo, konvertuoti nedenatūruotą cytosines į uracilai ir paliekant denatūruoti cytosins nepakitęs [25]. Konkretūs gruntai Myc
rengėjas buvo taip: F5'-TAGAATTGGATTGGGGTAAA-3 "ir R5'-CCAACCAAAAATCAACATGAAT-3" už nedenatūruotą reakcijų (tikimasi produktas dydis 291 bp); F5'-TAGAATTGGATCGGGGTAAA-3 "ir R5'-CGACCGAAAATCAACGCGAAT-3" už denatūruotu reakcijų (tikimasi produktas dydis 290 bp), taip Ankstesnis aprašytų [26].

PGR reakcijos buvo atliekamas su 0,1 mkmol /L yra dNTP 2 mkmol /l MgCl _{2, 0,5 mikromoliai gruntai, 1,25 U Taq DNR polimerazės ir 100 ng bisulfito modifikuotų DNR. Po pirminio denatūracija, 5 min, esant 94 ° C, 40 ciklų, esant 9 4 ° C temperatūroje 45 S, 52,4 ° C 45 s, ir 72 ° C temperatūroje 30 s atliktų, o po to paskutinį kartą pratęsti 5 min 72 ° C. PGR produktai buvo tiesiogiai pakrauti 3% agarozės gelyje ir elektroforezė. Gelis tamsintas su SYBR® Safe DNR Gel Stain (Gyvenimas TECHNOLGIES, JAV) ir tiesiogiai vizualizuoti UV apšvietimą. Kaip teigiamą kontrolę visais JEP reakcijų A gDNA pavyzdys buvo visiškai metilo naudojant CPG metilazę (SssI, Naujoji Anglija BioLabs, JAV) pagal gamintojo instrukcijas. . Be to, iš laukinio tipo pradmenys buvo naudojami stebėti visiško atsivertimo DNR, gautos bisulfito reakcijos}

Mėginiai buvo suskirstyti į grupes, kaip: 1) hypomethylated mėginius, kai teigiamas amplifikacija produktas buvo nustatytas tik PGR su pradmenis už nedenatūruotą sekomis; 2) hypermethylated pavyzdžių, kai teigiamas stiprinimas buvo aptiktas tik PGR su specialiais gruntais už denatūruotu sekas; 3) dalinis Metilinti mėginiai, kai teigiamas stiprinimas buvo aptiktas PGR su dviem pradmenų rinkinius.

MYC
genotipo

trys egzonų iš MYC
genas buvo atrinkti mutacijos analizės visose 125 skrandžio vėžio mėginių. Šie gruntai buvo skirta PGR ir sekos: Exon 1 F5'-TTTATAATGCGAGGGTCTGGA-3 "ir R5'-GCATTCGACTCATCTCAGCA-3" (tikimasi produktas dydis 654 bp); Exon 2 F5'-CTGCCTCCCGCTTTGTGT-3 "ir R5'-TTTGATGAAGGTCTCGTCGT-3" (tikimasi produktas dydis 423 bp), F5'-TGGGAGGAGACATGGTGAA-3 "ir R5'-TGCCAATGAAAATGGGAAAG-3" (tikimasi produktas dydis 507 bp); Exon 3 F5'-TGTCCAGAGACCTTTCTAACGTAT-3 "ir 5'-CCGTAGCTGTTCAAGTTTGTG-3" (tikimasi produktas dydis 663 bp), 5'-TGTCCGTCCAAGCAGAGG-3 "ir 5'-TGATGAAAACAAACAGGGATG-3" (tikimasi produktas dydis 639 bp).

PGR reakcijos buvo atlikti su 0,1 mikromoliai /L iš dNTP, 2 mkmol /L iš MgCl _{2, 0,5 mkmol /L pradmenų, 1 U iš Taq polimerazės, ir 100 ng DNR. PGR sąlygos buvo 95 ° C temperatūroje 10 min, po to 95 ° C temperatūroje 35 ciklų 1 min denatūruojant, 1 min atkaitinimo temperatūros (svyruoja nuo 59 iki 61 ° C), ir 1 min pratęsiant 72 ° C temperatūroje. Į amplikonų buvo atskirtas nuo 2% agarozės gelyje tamsintas su SYBR® Safe DNR Gel Stain (Gyvenimas TECHNOLGIES, JAV) ir tiesiogiai vizualizuojami UV apšvietimą.}

Amplikonų sekos buvo naudojant Sanger metodą [27]. Tiesioginis sekos buvo atliekami naudojant Big Dye® Terminatorv3.1 ciklas Sequencing rinkinį (Life "technologijas, JAV) ir analizuojami ABI PRISM® 3130 Genetic Analyzer (Life Technologies, JAV), naudojant Pop 7 polimeras. Į silicinio mutacija paieška atlikta naudojant chromas Pro 1.5 (Technelysium Pty Ltd, Australija). Nuoroda seka buvo Genų ID: 4609 (NCBI). buvo pranešta variantai su mažiau nei 1% nepilnametis alelio dažnis. Patogeninis missense mutacijų buvo įvertintas in silico analizė naudojant PolyPhen (http://genetics.bwh.harvard.edu/pph/) ir perkratyti (http://sift.jcvi.org).

Statistinė analizė

MYC
metilinimas, mutacija, arba jos produktai "reaktyvumas šansų santykis (ŠS) ir clinicophatological funkcijų buvo vertinama pagal logistinės regresijos. Amžius, skrandžio audinių mėginių buvo apibrėžtas kaip kovariantą į regresijos modelį.

pasiskirstymo kiekybinių kintamųjų normalumas buvo išbandyta Shapiro-Wilk testo. Duomenys, kurie buvo ne paprastai platinamas buvo pertvarkyta (Z-balas transformacija) į normaliojo pasiskirstymo analizei. Analizė MYC pervežimas iRNR išraiškos ir nukopijuokite skaičius buvo atliktas Generalinės Linijinis modelis (GLM) su koregavimo amžių, kuris numato efekto dydį ir stebėjo galią (OP) kiekvieno analizę. Poveikis dydis GLM analizės buvo grindžiamas Eta kvadratu (η ^{2), kuriame 0,15 ir toliau buvo nustatomas kaip nedidelis poveikis dydžio, 0.16-0.40 kaip vidutinio poveikio dydžio, ir aukščiau 0,40 kaip didelio poveikio dydžio.}

tarp iRNR išraiškos ir kopijų skaičiaus koreliacija buvo analizuojamas pagal Pearson bandymas, kuriame reikšmė žemiau 0,30 jos koreliacijos koeficientas (r) buvo nustatyta kaip silpna koreliacija, 0.30-0.70 kaip vidutinio koreliacijos ir virš 0,70, kaip stipri koreliacija.

visų analize, pasikliautinasis intervalas buvo 95% ir p
vertės mažesnis nei 0,05 buvo laikomas reikšmingu.

rezultatai

MYC
amplifikacija yra žinoma, kad būti susiję su daug baltymų /mRNR ekspresijos skrandžio kancerogenezėje [28], tačiau į mūsų žiniomis, buvo atliktas apibūdinti metilinimo ir vaidmenį keletas tyrimų , Myc
mutacijos šiame procese. Norint pasiekti šį tikslą, mes išanalizavo 125 atvejai, kai 68% buvo vyrai ir 32% buvo moterys. Amžiaus vidurkis mūsų imtį buvo 62 metai (svyravo nuo 26-89 metų). Šiek tiek didesnis dažnis žarnyno tipo (56,8%) ir ne cardic (58,4%) navikų buvo pastebėtas (1 lentelė ir 2).

Myc atominės baltymų buvo nustatyta teigiami 76,8% (96/125) skrandžio navikų (1 paveikslas). MYC baltymų ekspresija buvo dažniau pastebėti žarnyno tipo kaip difuzinis tipo navikai ( P
< 0,001, arba = 7,856, PI 95% = 2,803-22,013) (1 lentelė). MYC imunodažymu taip pat buvo susijęs su pabaigoje prasidėjusią (p = 0,026, arba = 3.276; CI 95% = 1.152-9.315), giliau naviko plėtinį ( P
= 0,045, arba = 2,975, PI 95% = 1.027 -8,623), ir tolimą metastazių buvimas ( p
< 0,001, arba = 17,682, PI 95% = 3,914-79,882) (1 lentelė). Be to, abi Myc reaktyvumas buvo susijęs su padidėjusia iRNR išraiškos ( P
= 0,003, η ^{2 = 0,178, OP = 0,870) ir MYC
kopijuoti numerį žuvys ( P
= 0,009, η 2 = 0,139, OP = 0,759) ir qPCR ( p
= 0,003, η 2 = 0,177, OP = 0,869) (1 lentelė).}

išraiška lygis MYC
mRNR buvo didesnis visose navikų mėginiuose nei jų suporuotas kontrolę (RQ = 3.39 ± 0.14; asortimentas 1.57-5.18). Padidėjęs, MYC
iRNR išraiškos buvo susijęs su gilesne naviko pratęsimo ( P
= 0,006, η ^{2 = 0,152, OP = 0,801), buvimas limfmazgių metastazių ( p
= 0,023, η 2 = 0,107, OP = 0,632), o toli metastazės ( p
< 0,001, η 2 = 0,788, 2 OP = 1) (lentelė ). Be to, iRNR lygis tiesiogiai koreliuoja su MYC
kopijuoti numerį ( P
< 0,01; r = 0,716).}

Pelnas iš MYC
kopijos buvo rasti visų skrandžio adenokarcinoma bandinių Žuvis ir qPCR tyrimus. FISH, vidutinis procentas ląstelių pristatyti MYC
amplifikacija buvo 72,1% (nuo 50 iki 83,5% ląstelių su amplifikacijos) (2 pav A ir B). Iš vidutinė Myc
kopijas qPCR buvo 4,5 (nuo 3 iki 9 kopijos) (2 pav C temperatūroje).

ŽUVYS parsisiųsti ir qPCR analizė parodė, kad padidėjo MYC
kopijuoti skaičių buvo susijęs su pabaigoje prasidėjusią ( p
< 0,001; η ^{2 = 0,257, OP = 0,976 p
= 0,025; η 2 = 0,103, OP = 0,662, atitinkamai), žarnyno tipo vėžys ( p
= 0,037; η 2 = 0,091, OP = 0,557 p
= 0,009; η 2 = 0,139, VP = 0,762, atitinkamai), o tolimoje metastazių buvimas ( p
= 0,001; η 2 = 0,221, OP = 0,942 p
< 0,001; η 2 = 0,356, OP = 0,999, atitinkamai). Be to, MYC
stiprinimas žuvis buvo siejamas su pažangių naviko etapais ( P
= 0,037; η 2 = 0,091, OP = 0,558), tačiau tik du pirmieji augliai buvo analizuojami šiame mėginių (2 lentelė) pogrupyje.}

Visi skrandžio vėžio mėginiai pateikti teigiamą amplifikacija su nedenatūruotu pradmenimis. Įdomu tai, kad 86,4% vėžio mėginiai buvo hypomethylated. Kita vertus, nedenatūruotą sekomis buvimas Myc
rengėjas buvo stebimas 28,4% kontrolinių mėginių (dalinis Metilinti pavyzdžiai), o tai rodo, kad metilinimas nuostolių šių mėginių (3 paveikslas). Pradmenų Liaudies specifiškumą ir MSP rezultatai buvo patvirtinti naudojant bisulfito sekvenavimo PGR (BSP) metodą [29], kurioje mes atsitiktinai atrinko penkis hypomethylated mėginius; penki hypermethylated mėginiai ir penki daliniai Metilinti mėginiai (duomenys neparodyti). MYC
hipometilinimą buvo dažniau pastebima difuzinio tipo, lyginant su žarnyno tipo skrandžio vėžiu ( P
= 0,007; arba = 8,554; 95% PI = 01.798-40.695, naudojant difuzinis tipo kaip kontrolinės grupės). Be to, MYC
hipometilinimą buvo susijęs su pažangiomis naviko etapais ( P
= 0,033; arba = 6,602; 95% PI = 1,162-37,501), giliau navikas pratęsimo (, p
= 0,022; arba = 4,752; 95% PI = 1,257-17,965) ir limfmazgių metastazių buvimas ( p
= 0,032; arba = 5.12; 95% PI = 1,149-22,814) (lentelė 1).

kalbant apie genų sekos, ne romanas mutacija buvo aptikta skrandžio navikų. Trylikos (10,4%) navikų mėginiuose pateikti bent vieną žinomą mutaciją, su variantų apie mažiau nei 1% nedidelės alelio dažnis. Iš viso buvo nustatyti 18 mutacijų, 4 mėginių eksponuoti bendrai vyksta mutacijos. Egzono 1, penkių su GG ir keturi su CG ne rs117856857; vienas su GG rs73707292; ir keturių su CT ne rs4645949. Egzono 2 d missense mutacijas, du navikai slėpė kodono 47 mutacija, dėl pakeitimo iš tirozino į histidino (rs114570780; atsijoti prognozavimo = žalingą; PolyPhen prognozę = tikriausiai žalinga), ir du kodono 72, dėl kurio iš prolino kaita į serino (rs28933407; atsijoti prognozavimo = toleruojamas PolyPhen prognozavimas = tikriausiai kenkia). Visi navikas su egzono 2 mutacijos pateikti vieną ar du žinomi mutaciją į egzono 1. Exon 2 mutacijos buvo aptikta tik difuzinis tipo navikų pažengęs. Nėra mutacija buvo aptikta egzono 3. žinomų buvimas MYC
mutacijų buvo susijęs su difuzine tipo navikų ( P
= 0,004, arba = 21,717, 95% PI = 2,678-176,111; naudojant išsklaidytą tipą kaip kontrolinės grupės) ir tolimos metastazės buvimą ( p
= 0,032, arba = 4,492, 95% PI = 1,141-17,679).

Diskusijos

Myc baltymas turi įtakos apie 15% genų poveikį žmogaus genomo [30]. Taigi Myc reguliavimo panaikinimas gali sukelti pokyčių skirtingais biologiniais būdais dalyvaujančių vėžio inicijavimo ir progresavimo [5]. Tačiau iki šiol tarp Myc
pokyčių ir klinikos parametrų santykiai nebuvo gerai suprantama. Mūsų mėginiai pristatė vyrų ir moterų santykis 2:1 ir dauguma pacientų buvo vyresni nei penkiasdešimt penki. Be to, žarnyno tipo skrandžio vėžys buvo dažnesni nei difuzinio tipo ir navikai dažniau pasitaikė ne Cardia. Šie epidemiologiniai duomenys atitinka ankstesnių tyrimų [28], [31] - [33].

TRANSLOKACIJA į MYC pervežimas lokuso yra labai Commun į kraujodaros vėžio. Tačiau, kietoje žmogaus navikų, tokių kaip skrandžio vėžio Myc
pakitimai yra dažniausiai dėl genų amplifikacijos [34]. Be to, MYC
yra pripažintas dažniausiai sustiprina baltymų kodavimo genas visose [35] vėžio tipų. Šioje studijoje, mes nustatėme, trijų ar daugiau, MYC
genų kopijų visų skrandžio navikų ištirtas, patvirtinančių su ankstesniais tyrimais pradinėse skrandžio navikų asmenų iš mūsų gyventojų [10], [28], [36] - [39], taip pat iš Rytų Azijoje ir Europoje [40] - [42]. Be to, MYC
amplifikacija buvo kraujo plazmoje [43] ir skrandžio vėžio ląstelių linijų įsikūrė mūsų grupės [44] - [47]. Be to, mūsų grupė buvo pastebėta, kad klonų aukštos stiprinimas MYC
yra retesni difuzinio tipo nei žarnyno tipo pirminis navikas [10], [22], [28], o tai sustiprino šis tyrimas.

MYC raiška yra apibūdinamas kaip nuo 15,6% iki 100% pradinėse skrandžio vėžio [9]. In vitro
tyrimai išjudinti žemyn Myc raiškos skrandžio vėžio ląstelių linijas parodė esminį MYC raiškos skrandžio naviko ląstelių augimas, išlikimą, ir naviko ląstelių parametrų išlaikymo, gali prisidėti prie piktybinio potencialo [48 ]. Be to, Mehndiratta , et al.,
[49] parodė, kad reikšmingai sumažėjo (40%) į MYC išraiška tiek mRNR ir baltymų ir jos paskesnių tikslų naudojant siRNA.

Šiame tyrime 76,8% skrandžio navikų parodė Myc reaktyvumas ir visus auglius, žarnyno ir difuzinio tipo pristatė padidintą iRNR išraiška, palyginti su jų suporuotas kontrolės. Be to, mes nustatėme, kad Myc reaktyvumas ir padidėjo iRNR raiška buvo susiję su gilesne naviko pratęsimo ir buvimo metastazių. Šie rezultatai rodo, kad MYC turi vaidmenį navikų invazijos, metastazių, taigi ir agresyvumas, patvirtinančias ankstesnį tyrimą [37]. Nors kai kurie tyrimai pateikė nedidelį poveikį dydį, šios išvados taip pat yra susitarusi su ankstesniu tyrimu mūsų grupės nežmoginių primatų, kurioje mes įrodė nuolatinį didėjimą MYC
iRNR išraiškos ir nukopijuokite skaičius per nuoseklius žingsnius žarnyno tipo skrandžio kancerogenezėje į N-metil-nitrozokarbamidu (mnu) gydomiems nežmoginių primatų [16]. Kita vertus, bet ryšys tarp MYC ir histologinio laipsnio, naviko vietą, limfmazgių metastazių, arba patologinės etape buvo aptikta skrandžio vėžio tyrime sukurta Kinijos gyventojų [50], sustiprinti, kad ligų užpultose populiacijos etniškumas gali sukelti biologiškai ir kliniškai skrandžio vėžio sutrumpinti [51].

Nors geno nebūtinai susijęs ar būtinas jo raiškos, mūsų tyrimas rodo, kad MYC reaktyvumas, MYC
iRNR lygiai ir kopijuoti skaičių buvo tiesiogiai susiję.

DNR metilinimas yra stiprus mechanizmas transkripcijos represijų. Tinkamas genomikos metilinimo-modeliai tampa esmės pakeitė vėžio ląstelių: Pastebėta abu pelnas (hypermethylation) ir nuostolius (hipometilinimas) Metilinto svetainių [52], [53]. Hipometilinimas konkrečioms vykdytojų galite aktyvuoti netipiško išraišką onkogenų ir praradimo spauda kai loci [44]. Iki šiol nedaug tyrimų aptarė tarp metilinimo modelio MYC
ir jos poveikį genų ekspresiją ir apie kancerogeninių procesų santykius. MYC
hipometilinimą anksčiau buvo susijęs su onkogeninių progresavimo ir metastazes indukcijos žiurkių modelį kepenų vėžio [54] ir žmogaus storosios žarnos vėžio pavyzdžių [55]. Be to, MYC
hipometilinimą taip pat buvo susijęs su Myc
išraiška skrandžio navikų [26], [56] - [58] ir ląstelių linijų [48]. Tačiau mes negalėjome stebėti reikšmingą ryšį tarp MYC
hipometilinimą ir jos išraišką mūsų pavyzdžius. Tarp kitų veiksnių, ši asociacija trūkumas gali būti dėl to, kad MYC pervežimas amplifikacijos visų auglių su hypomethylated vykdytojų (86,4% mėginių), todėl buvimas, maskavimo galimą poveikį šios epigenetinio pakeitimo į MYC
transkripcijos taisykles.

Suzuki , et al.,
[59] anksčiau parodė, kad aukšto lygio hipometilinimą buvo prastos prognozės rodiklis tiek skrandžio ir storosios žarnos vėžiu, o Epigenetiniai pakeitimai buvo amžiaus priklauso, vyksta prieš genetinių pakitimų. Šioje studijoje, kai kontrolė jau pateikė nedenatūruotą sekas Myc
rengėjas. Be to, mes parodė, kad MYC
hipometilinimą buvo susijęs su agresyvesniu fenotipo (naviko agresyvumą, buvimo limfmazgis metastazėmis ir histologinių tipų vėžys). Šie rezultatai rodo, kad MYC
demetilinant gali būti kaupiami metu naviko progresavimo, o tai gali būti bendras renginys skrandžio carinogenesis [60], [61], nes šis mechanizmas buvo nustatytas kituose genų kelių tipų navikais [ ,,,0],62], [63]. Kaip jau pasiūlė DNR hypermethylation [64], rengėjas hipometilinimas gali būti naudojamas kaip naujos kartos biologinius žymenis ir turi diagnostinę ir prognostinę žada gydytojams.

Kiek mums žinoma MYC
genų egzonų niekada nebuvo visiškai jo seka, žmogaus skrandžio navikų. Čia mes sekos tris egzonų iš MYC
: Exon 1 yra ne kodavimo baltymų, ir 3 egzonų 2 yra baltymų kodavimo [peržiūrai pamatyti (Pelengaris & Hanojus, 2003)]. Neradome jokių naujų mutacijų, tačiau, mes nustatėme, kad 4 navikai pateikti missense mutacijos (rs114570780 ir rs28933407) apie egzono 2. Šios mutacijos buvo evoliucinio išsaugota seka MYC pervežimas: į transactivation domeno [4] [65]. Be to, abi nustatyti mutacijos buvo laikomas tikriausiai kenkia pagal PolyPhen programinės įrangos. Iš prolino pakeitimas serinu kodone 72 taip pat buvo pranešta anksčiau kaip patogeninio variantą į NCBI dbSNP duomenų bazėje (http://omim.org/~~HEAD=pobj). Taigi, tiek egzono 2 mutacijos gali paveikti Myc veiklą skrandžio navikų. Be to, buvimas, MYC
mutacijų buvo susijęs su tolimos metastazės. Tačiau tolesni tyrimai yra būtini siekiant išsiaiškinti, ar , Myc
mutacijos turi vaidmenį metastazavusiu procese.

Pasak Lauren klasifikavimo, skrandžio adenokarcinoma yra klasifikuojamas daugiausia į žarnyno ir pasklidųjų tipų [17]. Žarnų tipo skrandžio vėžys progresuoja per nuosekliųjų žingsnių, pradedant atrofinį gastritas, po žarnyno metaplazijos, intraepitelial neoplazijos, ir karcinomos [66]. Kita vertus, neapibrėžtumo-tipas paprastai nekinta iš priešvėžinių pažeidimų [67], [68]. Šiame tyrime, mes nustatėme, kad žarnyno tipo pateikti dažniau MYC reaktyvumas, taip pat skaičius yra didesnis MYC
kopijos kaip difuzinis-tipo auglių, o tai patvirtina su ankstesnių tyrimų mūsų grupės [10] , [22], [28], [38]. Be to, MYC
hipometilinimas ir taškinių mutacijų buvo dažniau pastebėti difuzinio tipo, palyginti su žarnyno tipo navikų. Taigi, mūsų išvados remti, kad šie du histologiniai potipiai sekti įvairius genetinius modelius ir gali būti du atskiri subjektai [67].

Taigi, mūsų duomenys rodo, kad MYC
raiška ir propaguotojas hipometilinimas gali turėti į skrandžio kancerogenezės procese vaidmenį. MYC
dereguliavimo buvo susijęs daugiausia neturtingų prognozinių funkcijų. Mūsų rezultatai taip pat sustiprinti skirtingų būdų dalyvaujančių žarnyno tipo ir difuzinis tipo skrandžio kancerogenezėje buvimą. Taigi, mūsų rezultatai rodo, kad MYC gali būti naudinga žymeklis klinikinės stratifikacijos ir prognozės.

• PLoS ONE: Discovery naviko žymenų skrandžio vėžio proteomiką
• PLoS ONE: skrandžio vėžys Sustojimo su dvigubos energijos spektrinis CT Imaging