Финансирование:. Авторы благодарны Conselho Насиональ де Desenvolvimento Científico е Tecnológico (НСИ; CRTdS, AKCRdS, SEBdS, РРК и MdACS) и Fundação де Ампаро à Pesquisa сделать Estado-де-Сан-Паулу (FAPESP; DQC и MFL), которые поддерживают это исследование в виде грантов и стипендий. Доноры не играет никакой роли в дизайн исследования, сбора и анализа данных, решение о публикации или подготовки рукописи
<р> Конкурирующие интересы:.. Авторы заявили, что не существует никаких конкурирующих интересов
Введение
<р> рак желудка является четвертым наиболее распространенным видом рака и остается второй ведущей причиной рака, связанных смерти во всем мире [1]. Этот рак обычно диагностируется на поздних стадиях и единственная лечебная терапия, доступная требует хирургической резекции [2]. Таким образом, рак желудка является серьезной проблемой общественного здравоохранения в мире. Лучшее понимание биологии этого новообразования является критическим и может быть полезным для руководства ведения пациентов, а также для разработки новых терапевтических возможностей.
MYC MYC Материалы и методы Этика Заявление Клинические образцы MYC Реакции ПЦР проводили с F5'-TAGAATTGGATCGGGGTAAA-3 0,1 мкмоль /л дНТФ, 2 мкмоль /л MgCl <к югу> 2, 0,5 мкмоль праймеров, 1,25 ед Taq ДНК-полимеразы и 100 нг бисульфит-модифицированной ДНК. После первоначальной денатурации в течение 5 мин при 94 ° С, 40 циклов при 9 4 ° С в течение 45 с, 52,4 ° C в течение 45 с, и 72 ° C в течение 30 с были проведены, с последующим конечным удлинением в течение 5 мин при температуре 72 ° С. ПЦР-продукты были непосредственно загружены на 3% -ном агарозном геле и подвергали электрофорезу. Гель окрашивали с SYBR® Safe ДНК из геля Stain (Life Technolgies, США) и непосредственно визуализировали в УФ-освещении. В качестве положительного контроля всех реакций MSP, образец гДНК был полностью метилированный использованием CpG метилазой (УОНИ, New England Biolabs, США) в соответствии с инструкциями изготовителя. . Кроме того, праймеры для дикого типа были использованы для мониторинга полной конверсии ДНК, полученной в реакции бисульфита Ампликоны секвенировали с использованием метода Sanger [27]. Прямое секвенирование проводили с использованием набора для циклического секвенирования Big Dye® Terminatorv3.1 (Life Technologies, США) и анализировали на ABI Prism® 3130 Genetic Analyzer (Life Technologies, США) с помощью поп-7 полимера. В силикомарганца поиска мутации проводили с использованием Chromas Pro 1.5 (Technelysium Pty Ltd, Австралия). Эталонная последовательность была Gene ID: 4609 (NCBI). были представлены варианты с менее чем 1% частоты минорного аллеля. Патогенность миссенс мутаций оценивали в анализе силикомарганца использованием PolyPhen (http://genetics.bwh.harvard.edu/pph/) и SIFT (http://sift.jcvi.org). MYC Результаты MYC уровень экспрессии MYC Обсуждение хромосомные транслокации в MYC
является одним из наиболее изученных онкогенов, вытекающих от его ассоциации с большим числом заболеваний [3]. MYC играет определенную роль в нескольких основных функций клеточной биологии, в том числе регуляции роста и пролиферации клеток, обмена веществ, дифференцировки, апоптоза и ангиогенеза (обзор см [4], [5]). Следовательно, MYC является интегратором внеклеточных и внутриклеточных сигналов, а его клеточный фенотип зависит от расположения ткани [6], [7]. Не удивительно, что дерегулирование функций MYC способствует опухолевого фенотипа.
дерегулирование из-за амплификации гена [8], [9], хромосомная транслокация или вставки [10], [11] , мутации [12], и эпигенетические модификации [13], [14], было сообщено в различных типах рака, особенно при раке желудка. MYC выражение часто поднимается или дерегулирование в новообразованиях человека [4], и, кажется, на пересечении нескольких важных путей и процессов, вовлеченных в канцерогенез [15], является ключевым событием в желудочном канцерогенезе [9]. Ранее наша группа продемонстрировала, что MYC
экспрессии мРНК и число копий увеличивается во время последовательных стадий кишечного типа рака желудка в модели приматов, не являющегося человеком [16], предполагая, что MYC
может принимать участие в инициации желудка и прогрессии опухоли.
<р> понимание MYC
биологии имеет первостепенное значение для выяснения его роли в патогенезе рака желудка. До настоящего времени, нет никакого исследования коррелируют MYC
мутации, усиление, белок /уровни мРНК и метилирование в этом неоплазии. Здесь мы оценивали взаимосвязь между Мус
изменений и клинико-патологическими особенностями в развитии рака желудка. Кроме того, MYC
экспрессии мРНК и белка иммунореактивности, а также несколько молекулярных механизмов, ранее связанных с его дерегуляции как изменение количества копий (CNV), мутации и метилирование ДНК, были проанализированы в том же самом наборе рака желудка образцы.
<р> Все образцы были получены с письменного информированного согласия и одобрения от университетской больницы (Белен, Pará, Бразилия) этических наблюдательных советов ( номер протокола:. 142004)
<р> 125 аденокарциномы желудка и 67 соответствующих неопухолевых желудочных тканей (контрольных образцов) были получены хирургическим путем у пациентов госпиталя Жоао де Баррос Баррето университета в Pará Государство, Бразилия. Все субъекты не подвергались либо химиотерапии или лучевой терапии до операции. Желудочный опухоли были классифицированы в соответствии с Lauren [17] и опухолей поэтапных с использованием стандартных критериев по TNM постановки [18]. В клинико-патологических особенностей, приведены в таблице 1 и 2.
<р> Препарированные опухоли и контрольные образцы были быстро замораживали в жидком азоте до очистки нуклеиновых кислот. Другая часть той же ткани был фиксированных формалином и парафином. Для люминесцентных ламп Ситу
гибридизация (FISH) в анализе, остальные образцы опухоли в разбивке, как описано ранее [19].
MYC иммунореактивности
<р> Иммуногистохимическое анализы для белка MYC были выполнены на 125 фиксированных формалином, парафин срезов опухоли. Иммуногистохимическое окрашивание проводили в соответствии с Кальканьо и др.
[10]. Разделы опухолевой ткани (3 или 4 мм толщиной) были депарафинировали в ксилоле и регидратации в серии градуированных этанола. После извлечения эпитопа тепла индуцированных срезы ткани инкубировали с первичным мышиного моноклонального антитела против MYC (разведение 1:50; SC-40, Santa Cruz Biotechnology, США и Zymed®, США). Универсальный Комплект вторичного антитела, конъюгированные с пероксидазой (LSAB система, DakoCytomation, США) использовали для системы обнаружения. Мы использовали 3,30-диамино-бензидина /H <суб> 2О <суб> 2 (DakoCytomation, Дания) в качестве хромогена и гематоксилином как контрастирующая. Любой окрашивающий ядра, с или без окрашивание цитоплазмы рассматривалось как положительный результат, независимо от интенсивности. MYC-положительный случай был определен как один из которых содержит 10% или более опухолевые клетки положительным для этого белка.
нуклеиновые кислоты экстракции
<р> геномную ДНК (гДНК) экстрагировали с помощью QIAamp ДНК Mini Kit (Qiagen, Германия) в соответствии с инструкциями изготовителя. Суммарную РНК экстрагировали Tri-reagent® (Life Technologies, США) в соответствии с протоколом производителя. ДНК и РНК, концентрация и качество определяли с использованием спектрофотометра NanoDrop (Kisker, Германия). Целостность РНК определяли с помощью гель-электрофореза (1% агарозном геле). Все образцы хранили при -80 ° С до использования.
MYC
экспрессия мРНК
<р> Для количественной оценки уровней мРНК <ЕМ> MYC
, Общую РНК выделяли от 49 парных нормальных и опухолевых тканей с использованием Trizol (Life Technologies, США). РНК подвергали обратной транскрипции с использованием большой емкости кДНК Archive комплект в соответствии с протоколом производителя (Life Technologies, США). Комплементарной ДНК затем усиливается ПЦР в реальном времени с использованием зондов TaqMan купленных в АНАЛИЗЫ по запросу Продукты для экспрессии генов (Life Technologies, США) на 7500 Быстрый ПЦР в реальном времени (Life Technologies, США). GAPDH
ген был выбран в качестве внутреннего контроля для ввода РНК и обратной транскрипции эффективности. Все в режиме реального времени обратной транскрипции количественной ПЦР (RT-КПЦР) были выполнены в трех экземплярах как для гена-мишени ( MYC
: Hs00153408_m1) и внутренний контроль ( GAPDH
: NM_002046.3).
<р> Относительное количественное определение (RQ) экспрессии гена рассчитывали в соответствии с Livak и Schmittgen [20]. Соответствующий контрольный образец был определен в качестве калибратора от каждой опухоли.
MYC
число копий
<р> FISH и КПЦР были использованы для оценки MYC
скопировать номер в подгруппе из 49 опухолей, то же самое используется при изучении экспрессии. FISH была выполнена в соответствии с протоколом Pinkel и др.
[21] с изменениями, вносимые Кальканьо и др.
[22]. Клетки гибридизовали с Spectrum Orange
Probe (LSI Vysis /Abbott, Inc., IL) для MYC
гена область (8q24.12-q24.13) и ядер были контрастно с 4 ', 6-диамидино-2-фенилиндол antifade. Флуоресцентная был обнаружен с помощью Olympus BX41 флуоресцентного микроскопа (Olympus, Япония) с фильтрами возбуждения для 4 ', 6-диамидино-2-фенилиндол (260 нм) и родамин (570 млн). Для каждого случая, 200 интерфазных ядрах были проанализированы с использованием системы анализа изображений ASI (Applied Spectral Imaging, Израиль). Положительная MYC
генные сигналы появились в виде красных пятен в ядрах и оценивали с использованием критериев Hopman и др.
[23]. Чтобы избежать неправильной интерпретации из-за технической ошибки, нормальных ядер лимфоцитов и нормальной ткани желудка были использованы в качестве контроля. Результаты были представлены FISH как процент MYC
амплификации клеткой, в которой мы рассчитали процент клеток показывает 3 или более сигналов для Мус
зонда клеткой.
<р> КПЦР проводили с использованием количественных TaqMan Cnv анализов (Life Technologies, США) для MYC
гена (Hs01764918_cn) и для внутреннего контроля РНКазы P
(Ƹ3326). Multiplex реакции КПЦР проводили в четырех экземплярах с гДНК в соответствии с условиями протокола и велосипедного производителя в 7500 Fast ПЦР в реальном времени (Life Technologies, США). Относительное число копий оценивали для каждого образца с помощью Copy Software V1.0 Caller (Life Technologies, США). Коммерческие человека gDNAs (G1521 и G1471; Promega, США) были использованы для калибровки
метилирование
<р> Картина метилирования и частота MYC <бр.> промотор были оценены в 125 опухолей и 67 подобранных контрольных образцов метилом-специфической ПЦР (MSP), как описано ранее [24]. гДНК (2 мкг) из всех образцов была модифицирована путем обработки бисульфита, преобразование неметилированные цитозина в урацила и оставляя метилированных cytosins без изменений [25]. Конкретные праймеры для Мус
промотора распределились следующим образом: F5'-TAGAATTGGATTGGGGTAAA-3 'и R5'-CCAACCAAAAATCAACATGAAT-3' для неметилированных реакций (ожидаемый размер продукта из 291 пар оснований); 'R5'-CGACCGAAAATCAACGCGAAT-3 и' для метилированных реакций (ожидаемый размер продукта из 290 пар оснований), как и предыдущие, описанных [26].
<р> Образцы были разделены следующим образом: 1) hypomethylated образцов при положительной продукт амплификации был обнаружен только в ПЦР с использованием специфических праймеров для неметилированных последовательностей; 2) гиперметилированы образцов, когда положительное усиление было обнаружено только в ПЦР со специфическими праймерами для метилированных последовательностей; 3) частичные метилированных образцов, когда положительный амплификации был обнаружен в ПЦР с использованием двух наборов праймеров.
MYC
генотипирование
<р> Три экзонов MYC <бр> ген, были отобраны для анализа мутаций во всех 125 образцов желудочного рака. Следующие праймеры для ПЦР-амплификации и секвенирования: экзон 1 F5'-TTTATAATGCGAGGGTCTGGA-3 'и R5'-GCATTCGACTCATCTCAGCA-3' (ожидаемый размер продукта 654 п.н.); экзон 2 F5'-CTGCCTCCCGCTTTGTGT-3 'и R5'-TTTGATGAAGGTCTCGTCGT-3' (ожидаемый размер продукта из 423 пар оснований), F5'-TGGGAGGAGACATGGTGAA-3 'и R5'-TGCCAATGAAAATGGGAAAG-3' (ожидаемый размер продукта из 507 пар оснований); экзон 3 F5'-TGTCCAGAGACCTTTCTAACGTAT-3 'и 5'-CCGTAGCTGTTCAAGTTTGTG-3' (ожидаемый размер продукта 663 п.н.), 5'-TGTCCGTCCAAGCAGAGG-3 'и 5'-TGATGAAAACAAACAGGGATG-3' (ожидаемый размер продукта из 639 пар оснований).
<р> реакции ПЦР проводили с 0,1 мкмоль /л дНТФ, 2 мкмоль /л MgCl <суб> 2, 0,5 мкмоль /л праймеров, 1 ед Taq-полимеразы и 100 нг ДНК. Условия ПЦР были 95 ° С в течение 10 мин, а затем 35 циклов: 1 мин денатурация при 95 ° С, 1 мин от температуры отжига (в диапазоне от 59 до 61 ° С), и 1 мин удлинения при 72 ° С. Ампликонов разделяли на агарозном геле 2%, окрашенном SYBR® Safe ДНК из геля Stain (Life Technolgies, США) и непосредственно под действием УФ-визуализированы освещении.
Статистический анализ
метилирование, соотношение иммунореактивности вероятность мутации или продуктов его '(OR) для clinicophatological признаков оценивали по логистической регрессии. Возраст проб желудочного ткани определяли как ковариант в регрессионной модели.
<Р> нормальности распределения количественных переменных была проверена с помощью теста Шапиро-Wilk в. Данные, которые не были распределены нормально были преобразованы (Z-счет преобразования) в нормальное распределение для анализа. Анализ MYC
экспрессии мРНК и число копий были выполнены общей линейной модели (GLM) с учетом возраста, который обеспечивает величину эффекта и наблюдаемая мощность (OP) каждого анализа. Величина эффекта для GLM анализ был основан на Eta Squared (η 2), в котором 0,15 и ниже, была определена в качестве небольшого размера эффекта, 0.16-0.40 в качестве среднего размера эффекта, и выше 0,40, как большого размера эффекта.
<р> корреляция между экспрессией мРНК и числом копий анализировали с помощью теста Пирсона, в котором значение его коэффициента корреляции (г) ниже 0,30, определяют в слабой корреляции, 0.30-0.70 в качестве среды корреляции, и выше 0,70 в качестве сильной корреляции.
<р> Во всех анализах, доверительный интервал составлял 95% и р
значения менее 0,05 считались значимыми.
амплификации, как известно, связано с высоким содержанием белка экспрессии /мРНК в желудочном канцерогенезе [28], однако, насколько нам известно, мало исследований было проведено, чтобы описать роль метилирования и Мус
мутации в этом процессе. Для достижения этой цели, мы проанализировали 125 случаев, в которых 68% составляли мужчины и 32% составляли женщины. Средний возраст нашей выборочной совокупности составил 62 лет (диапазон 26-89 лет). Несколько более высокая частота кишечного типа (56,8%) и не cardic (58,4%) опухолей наблюдалось (таблица 1 и 2).
<Р> Мус ядерный белок был обнаружен положительный в 76,8% (96/125) опухолей желудка (Рисунок 1). экспрессия белка MYC чаще наблюдалось в кишечном типа, чем опухоли диффузного типа ( р
&л; 0,001, OR = 7,856, CI 95% = 2.803-22.013) (таблица 1). MYC иммунное был также связан с поздним началом (р = 0,026, OR = 3.276; CI 95% = 1.152-9.315), более глубокое расширение опухоли ( р
= 0,045, OR = 2,975, CI 95% = 1.027 -8,623), а также наличие отдаленных метастазов ( р
&л; 0,001, OR = 17,682, CI 95% = 3.914-79.882) (таблица 1). Futhermore, MYC иммунореактивности было связано с увеличением экспрессии мРНК ( р
= 0,003, η 2 = 0,178, OP = 0,870) и MYC
число копий с помощью FISH ( р
= 0,009, η 2 = 0,139, OP = 0,759) и КПЦР ( р
= 0,003, η 2 = 0,177, OP = 0,869) (таблица 1).
мРНК была выше во всех образцах опухолей, чем их парными контроля (RQ = 3,39 ± 0,14; диапазон 1.57-5.18). Увеличение MYC
экспрессии мРНК было связано с более глубоким расширением опухоли ( р
= 0,006, η 2 = 0,152, OP = 0,801), наличие метастазов в лимфатических узлах ( р
= 0,023, η 2 = 0,107, OP = 0,632), а также отдаленных метастазов ( р
&л; 0,001, η 2 = 0,788, OP = 1) (Таблица 2 ). Кроме того, уровень мРНК непосредственно коррелирует с MYC
число копий ( р
&л; 0,01; г = 0,716).
<Р> Усиление MYC <бр> копии были найдены во всех образцах аденокарциномы желудка рыбы и КПЦР анализов. Рыбы, средний процент клеток, представляя <ЕМ> MYC
амплификации был 72,1% (диапазон от 50 до 83,5% клеток с усилением) (рис 2 А и В). Среднее значение Мус
копии КПЦР составила 4,5 (диапазон от 3 до 9 копий) (Рисунок 2 C).
<Р> FISH и КПЦР анализы показали, что увеличение MYC
скопировать номер было связано с поздним началом ( р
&л; 0,001; η 2 = 0,257, OP = 0,976; р
= 0.025; η 2 = 0,103, OP = 0,662, соответственно), кишечного типа рака ( р
= 0,037; η 2 = 0,091, OP = 0,557; р
= 0,009; η 2 = 0,139, OP = 0,762, соответственно), а также наличие отдаленных метастазов ( р
= 0,001; η 2 = 0,221, OP = 0,942; р
&л; 0,001; η 2 = 0,356, OP = 0,999, соответственно). Кроме того, MYC
амплификации с помощью FISH была связана с продвинутой стадии опухоли ( р
= 0,037; η 2 = 0,091, OP = 0,558), однако, только две ранние опухоли были проанализированы в этой подгруппе образцов (таблица 2).
<р> Все образцы желудочного рака представлен положительный амплификации с неметилированный набором праймеров. Интересно, что были hypomethylated 86,4% образцов рака. С другой стороны, наличие неметилированных последовательностей в Мус
промотор наблюдалась в 28,4% контрольных образцов (частичные метилированных проб), что указывает на потерю метилирования в этих образцах (рисунок 3). Праймеры специфичность и игровая MSP результаты были подтверждены с помощью ПЦР подход бисульфит секвенирования (BSP) [29], в котором мы случайным образом выбрали пять hypomethylated образцов; пять гиперметилированы образцов и пять частичных метилированных образцов (данные не показаны). чаще наблюдалось MYC
гипометилированию в диффузной типа по сравнению с раком желудка кишечного типа ( р
= 0,007; OR = 8,554; 95% ДИ = 01.798-40.695, используя диффузного типа в качестве контрольной группы). Кроме того, MYC
гипометилированию был связан с продвинутой стадии опухоли ( р
= 0,033; OR = 6,602; 95% ДИ = 1.162-37.501), более глубокое расширение опухоли ( р <бр> = 0,022; OR = 4,752; 95% ДИ = 1.257-17.965), а также наличие метастазов в лимфатических узлах ( р
= 0,032; OR = 5,12; 95% ДИ = 1.149-22.814) (таблица 1).
<р> Что касается секвенирование гена, не новый мутация не была обнаружена в опухолях желудка. Образцы Тринадцать (10,4%) опухоли представлены по меньшей мере, одну известную мутацию, с вариантами на менее чем 1% малой частоты аллеля. В общей сложности было выявлено 18 мутаций, с 4-мя образцами, проявляющих сопутствующих мутаций. В экзона 1, пять с GG и четыре с CG на rs117856857; один с ГГ в rs73707292; и четыре с КТ в rs4645949. В экзоне 2, в отношении миссенс мутации, две опухоли питали мутации в кодоне 47, что приводит к переходу от тирозин на гистидин (rs114570780; Просеять предсказания = пагубное; предсказание PolyPhen = вероятно повреждение) и два в кодоне 72, что приводит к изменению от пролина на серин (rs28933407; Просеять предсказания = толерантными; предсказание PolyPhen = вероятно повреждение). Все опухоли с мутацией в экзоне 2 представлен один или два известных мутаций в экзоне 1. Экзон 2 мутации были обнаружены только в опухолях диффузного типа в продвинутой стадии. Ни одна мутация не была выявлена в экзоне 3. Наличие известных MYC
мутаций, ассоциированных с опухолями диффузного типа ( р
= 0,004, OR = 21,717, 95% ДИ = 2.678-176.111; используя диффузного типа в качестве контрольной группы) и наличие отдаленных метастазов ( р
= 0,032, OR = 4,492, 95% ДИ = 1.141-17.679).
<р> белок MYC оказывает влияние на примерно 15% генов в геноме человека [30]. Таким образом, MYC дерегулирование может привести к изменениям в различных биологических путей, участвующих в инициации рака и прогрессии [5]. Тем не менее, до настоящего времени, отношения между Мус
изменений и клинико-патологическими параметрами не хорошо изучены. Наши образцы представлены соотношение мужчин и женщин среди 2:1 и большинство пациентов были старше пятидесяти пяти. Кроме того, рак желудка кишечного типа был более частым, чем диффузного типа и опухоли были более частыми в не-кардии. Эти эпидемиологические данные находятся в соответствии с предыдущими исследованиями [28], [31] - [33].
локуса очень коммун в гемопоэтических раковых заболеваний. Тем не менее, в солидных опухолях человека, таких как рак желудка, Мус
изменения, как правило, из-за амплификации гена [34]. Кроме того, MYC
признана наиболее часто усиливается белок-кодирующих генов во всех типах рака [35]. В настоящем исследовании мы наблюдали три или более MYC
копий гена во всех опухолей желудка изучали, подтверждающей с предыдущими исследованиями, в первичных опухолях желудка лиц из нашего населения [10], [28], [36] - [39], а также из Восточной Азии и Европы [40] - [42]. Кроме того, MYC
усиление наблюдалось в плазме [43] и в желудочном раковых клеточных линиях, созданных в нашей группе [44] - [47]. Кроме того, наша группа отметила, что клоновая высокое усиление MYC
реже диффузной типа, чем в кишечном типа первичного рака желудка [10], [22], [28], и это было подкреплено это исследование.
<р> MYC суперэкспрессия описывается как в диапазоне от 15,6% до 100% в первичных рака желудка [9]. В пробирке
исследования с разобранной Мус экспрессии в желудочном линиях раковых клеток показали решающую роль экспрессии MYC в желудочном роста опухолевых клеток, выживание и поддержание параметров опухолевых клеток, которые могут способствовать злокачественным потенциалом [48 ]. Кроме того, Mehndiratta и др.
, [49] показали значительное снижение (40%) в MYC экспрессии как мРНК и белка и его нижестоящих мишеней с использованием миРНК.
<Р> В настоящем исследовании, 76,8% опухолей желудка показал MYC иммунореактивности и все опухоли, кишечную и диффузного типа, представлены повышенную экспрессию мРНК по сравнению с их сопряженными управления. Кроме того, мы обнаружили, что MYC иммунореактивности и увеличение экспрессии мРНК были связаны с более глубоким расширением опухоли и наличием метастазов. Эти данные позволяют предположить, что MYC играет определенную роль в опухоль инвазивности, метастазирования, и, следовательно, агрессивность, подтверждающую предыдущее исследование [37]. Хотя некоторые анализы представила небольшой размер эффекта, эти результаты также согласуются с предыдущим исследованием нашей группы в нечеловеческих приматов, в котором мы продемонстрировали непрерывный рост MYC
экспрессии мРНК и число копий во время последовательные этапы кишечного типа рака желудка в N-метил-нитрозомочевины (НММ) -обработанной Нечеловекообразные приматы [16]. С другой стороны, любая ассоциация между MYC и гистологического класса, локализации опухоли, узел метастаза лимфатический или патологической стадии был обнаружен в желудочном исследовании рака, разработанной в китайской популяции [50], усиливая, что этническая принадлежность пострадавшего населения может привести к биологически и клинически желудка подмножеств рака [51].
<р> Несмотря на то, амплификации гена не обязательно связан или не требуется для его избыточной экспрессии, наше исследование показывает, что MYC иммунореактивности, MYC
уровни мРНК, и число копий были напрямую связаны между собой.
<р> метилирования ДНК является мощным механизмом репрессии транскрипции. Надлежащие геномные метилирования узоры становятся глубоко изменены в раковых клетках: наблюдались как доходы (гиперметилирование) и убытков (гипометилирование) метилированных сайтов [52], [53]. Понижение уровня метилирования в определенных промоторов может активировать аберрантную экспрессию онкогенов и потерю импринтинга в некоторых локусов [44]. До сих пор мало исследований обсуждали взаимосвязь между характером метилирования MYC
и его влияние на экспрессию генов и на канцерогенных процессов. MYC
гипометилированию ранее связывали с онкогенными прогрессии и метастазирования индукции в крысиной модели рака печени [54] и в образцах колоректального рака человека [55]. Кроме того, MYC
гипометилированию был также связан с Мус
выражение в опухоли желудка [26], [56] - [58] и клеточных линий [48]. Тем не менее, мы не могли наблюдать существенную связь между MYC
гипометилированию и его выражение в наших образцах. В числе других факторов, это отсутствие ассоциации может быть связано с наличием MYC
усиления во всех опухолей с hypomethylated промоторов (86,4% образцов) и, таким образом, маскировать возможный эффект этой модификации эпигенетическому на MYC
регуляция транскрипции.
<р> Suzuki и др.
[59], ранее было показано, что высокий уровень гипометилированию является показателем плохого прогноза в обоих желудка и рак толстой кишки, и эпигенетические изменения были возраст зависимых, происходящих до того генетических изменений. В настоящем исследовании, некоторые элементы управления уже представлены неметилированные последовательности в Мус
промоутер. Кроме того, мы показали, что MYC
гипометилированию был связан с более агрессивным фенотипом (агрессивности опухоли, наличие метастазов, лимфатический узел и гистологических типов рака). Эти данные позволяют предположить, что MYC
деметилирования может накапливаться во время прогрессирования опухоли, и это может быть обычным явлением в желудочном carinogenesis [60], [61], так как этот механизм наблюдается для других генов в нескольких типах опухолей [ ,,,0],62], [63]. Как уже было предложено для гиперметилированием ДНК [64], промотор гипометилирование может быть использован в качестве нового поколения биомаркеров и имеет диагностическое и прогностическое посыл для клиницистов.
<Р> Насколько нам известно, MYC <бр> гена экзоны никогда не были полностью секвенировали в опухолях желудка человека. Здесь мы упорядочили три экзона MYC
: экзон 1 представляет собой некодирующие белок, экзоны 2 и 3 представляют собой белок-кодирующих [для обзора см (Pelengaris &Amp; Khan, 2003)]. Мы не нашли какой-либо новой мутации, однако, мы обнаружили, что 4 опухоли представлены миссенс мутации (rs114570780 и rs28933407) на экзоне 2. Эти мутации были эволюционно консервативную последовательность из MYC
: домен трансактивации [4] , [65]. Кроме того, как идентифицированные мутации рассматривались как вероятно повреждение в соответствии с программным обеспечением PolyPhen. Изменение пролина на серин в кодоне 72 также сообщалось ранее в качестве патогенного варианта в базе данных NCBI dbSNP (http://omim.org/~~HEAD=pobj). Таким образом, обе мутации в экзоне 2, могут влиять на активность MYC в опухолях желудка. Кроме того, наличие MYC
мутаций было связано с отдаленными метастазами. Тем не менее, необходимы дальнейшие исследования, чтобы уточнить, если Мус
мутации играют определенную роль в процессе метастазирования.
<Р> Согласно классификации Lauren, аденокарциномы желудка классифицируется главным образом в желудочно-кишечные и диффузных типов [17]. Кишечный типа рака желудка прогрессирует через ряд последовательных этапов, начиная с атрофическим гастритом с последующей кишечной метаплазией, intraepitelial неоплазии и рака [66]. С другой стороны, диффузного типа обычно не развивается из предраковых поражений [67], [68]. В настоящем исследовании мы обнаружили, что кишечная типа представлены более частой MYC иммунореактивности, а также большее количество Мус
копий, чем опухоли диффузного типа, который подкрепляет с предыдущими исследованиями нашей группы [10] , [22], [28], [38]. Кроме того, MYC
гипометилирование и точечные мутации были чаще наблюдаются при диффузных типа по сравнению с опухолями кишечного типа. Таким образом, наши данные подтверждают, что эти два гистологических подтипов следуют различные генетические пути и могут быть две различные сущности [67].
<Р> В заключение, наши данные свидетельствуют о том, что MYC
избыточная экспрессия и промоутер гипометилирование может иметь роль в желудочном процессе канцерогенеза. MYC
дерегулирования было связано в основном с плохими прогностическими признаками. Наши результаты также усилить присутствие различных путей, участвующих в кишечном типа и диффузного типа рака желудка. Таким образом, наши данные свидетельствуют о том, что MYC может быть полезным маркером для клинического стратификации и прогнозирования.
Заболевание раздраженного кишечника увеличивает риск деменции
Наличие определенных кишечных бактерий у матери может защитить ребенка от пищевой аллергии
Оральный секс может вызвать бактериальный вагиноз
Анализ крови на микробную ДНК может предупредить о раке
Органические яблоки обладают пробиотическими свойствами
Новое исследование определяет связь между микробиомом кишечника и инсультами.
Ученые превращают кровь группы A в универсальную кровь типа O,
потенциально удвоение запасов крови Исследователи из Университета Британской Колумбии нашли потенциальный способ превратить кровь типа A в универсальную кровь типа O, разработка, которая могла бы зна
Молочнокислые бактерии и кишечные бактерии способствуют пользе ржи для здоровья,
исследование показывает Рожь имеет множество преимуществ для здоровья. Новое исследование Университета Восточной Финляндии показывает, что и молочнокислые бактерии, и кишечные бактерии способствуют по
Правильно ли указаны уровни микробов на этикетках коммерческих кефирных продуктов?
Микробиом кишечника - важная часть человеческого организма, как это стало совершенно очевидно из множества исследований, проведенных за последние несколько десятилетий. Международная научная ассоциаци