Sažetak pregled
ataksija-o izrazito mutirani (ATM) je Ser /Thr protein kinaza, koja ima važnu ulogu u oštećenja induciranih DNA signalizacije i pokretanje točke staničnog ciklusa signala u odgovor na sredstava koja oštećuju DNA, kao što su ionizirajućeg zračenja. Smo ranije naveli ATM gubitka proteina imunohistokemijom (IHH) u 16% ljudskog raka želuca (GC) tkiva. Mi smo pretpostavili da je ATM pregled gen introna mutacije na meti mikrosatelitne nestabilnosti (MSI) uzrokuju ATM gubitak proteina u podskupu GC. Proučavali smo Mononukleotid mutacije na introna ATM pregled gena, bankomat IHC i MSI u GC. Deset ljudske stanične linije raka želučani su proučavali za ATM pregled genske mutacije na introna, RT-PCR, izravnog sekvenciranja i imunohistokemijski. GC tkiva 839 bolesnika analizirani su za MSI i ATM IHC. Među njima su 604 slučaja su analizirani za ATM pregled mutacije na introna prethodnih ekson 6, ekson 10 i ekson 20. Dva ljudskih staničnih linija GC (SNU-1 i -638) pokazala je ATM Netlogu introna mutacije, brisanje u RT-PCR i izravno sekvenciranje, te bankomat gubitak proteina po IHC. Frekvencije ATM pregled mutacije, MSI i ATM gubitka proteina bile su 12,9% (78/604), 9,2% (81/882) i 15,2% (134/839), respektivno. Analiza udruga među MSI, genske mutacije bankomat i bankomat gubitka proteina otkrila je veliku koegzistira ATM pregled genske izmjene i MSI. ATM pregled introna mutacija i ATM gubitak proteina otkrivene su u 69,3% (52/75) i 53,3% (40/75) od MSI pozitivne GC. MSI pozitivnost i ATM gubitak proteina bile su prisutne u 68,4% (52/76) i 48,7% (37/76) GC s bankomata introna mutacije. ATM pregled, mutacija i ATM protein gubitak imala karakteristike starosti, udaljenog položaja tumora, velike veličine tumora, i histološke crijevne tipa. Naša studija može se tumačiti kao da je ATM pregled genske mutacije na introna mogao biti na meti MSI i dovesti do bankomata gubitka proteina u odabranoj skupini GC. pregled Izvor: Kim HS, Choi SI, Min HL, Kim MA, Kim WH (2013) Mutacija na intronske ponavljanja ataksija-o izrazito Mutirana (ATM) gena i ATM gubitak proteina u primarnim rakom želuca s mikrosatelitne nestabilnosti , PLoS ONE 8 (12): e82769. doi: 10,1371 /journal.pone.0082769 pregled Urednik: Hoguen Kim, Yonsei University College of Medicine, Republika Koreja pregled Primljeno: 21. srpnja 2013. godine; Prihvaćeno: 27. listopada 2013; Objavljeno: 6. prosinca 2013 pregled Copyright: © 2013 Kim et al. Ovo je otvorenog pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan financiranja. Ovo istraživanje je podržan od strane Osnovnog Science Research programa kroz National Research Foundation Koreje (NRF) financiranog od strane Ministarstva znanosti, ICT & Budućnost planiranje (NRF-2012R1A1A2004648). U financijeri nisu imali ulogu u studiju dizajna, prikupljanja i analize podataka, Odluka o objavi, ili pripremu rukopisa pregled U konkurenciji interese.. Autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled Uvod pregled ataksija-o izrazito mutirani (ATM) gen je sastavni dio oštećenja DNK odgovora (DDR), a aktivira se DNA dvolančanih lomova (DSBs), te signalizira staničnog ciklusa punktu da uspori prolaz stanica kroz ciklus kako bi se olakšalo popravak DNA. Gen je lokaliziran na kromosomu 11q22-23. bankomata pregled gena je vrlo velika, u rasponu genomske regije od 150 kb, koji se sastoji od 66 eksona s kodiranja slijed 91668 bp. pregled ATM uključen u odgovorima na DSBs koji se javljaju u specijaliziranim fiziološki vrsta stanica, poput zametnih stanica i limfocita. ATM protein pomaže stanicama u prepoznavanju oštećene ili slomljene lance DNA. ATM protein koordinira popravka DNA aktiviranjem enzima koji popraviti slomljena nitima. Učinkovito popravak oštećenih lanaca DNA pomaže u održavanju stabilnosti genetske informacije ćelije [1]. pregled ATM gubitak zabilježen je u 16% ljudskog GC tkiva u velikoj kohortne studije [2]. Inaktivacija ATM pregled gena može biti česta pojava u razvoju ljudskog raka želuca (GC); Međutim, događaji koji se odnose na gubitak ATM pregled izraz u GC ne može objasniti niske prevalencije bankomatu pregled mutacije. Većina ATM pregled utvrđenih mutacija u primarnim staničnim linijama GC i GC tkiva su točkaste mutacije [3]. pregled sparenih baza za popravak (MMR) sustav ispravlja pogreške koje se mogu dogoditi tijekom replikacije DNA, dok je homologna rekombinacija i ne-homologni kraj pridružio sudjeluju u popravku DNA DSB. Mutacije u DNK reparacije DSB gena, kao što su bankomat, MRE11, RAD50, NBS1 Netlogu i ATR pregled, da se pretpostavlja da igraju ulogu u razvoju probavnog malignih bolesti s oštećenjem MMR funkciju. U kolorektalnog tumora s oslabljenom MMR sustav, mutacije intronske Mononukleotid ponavlja u ATM Netlogu i MRE11 pregled je utvrđeno da rezultat u abcrantnog srastanje, zatim smanjenom ekspresijom divljeg tipa proteina [4 ]. pregled Oko 10% GC je povezana s mikrosatelitne nestabilnosti (MSI). MSI se odnosi na promjenu broja nukleotida ponavlja u mikrosatelitni regija koje se nalaze unutar područja kodiranje gena, a zbog toga mutacije pomaka okvira. MSI je identificiran u regija koje kodiraju protein poznatih ciljnih gena uključujući TGF-βRII, IGFIIR, BAX pregled [5-7], i hRAD50 pregled gena. [8] hRAD50, BLM pregled i BRACA1 pregled gena imaju poli (A) Mononukleotid ponavlja unutar regije kodiranje, hMSH6 pregled mora (C) 8 trakta, NBS1 pregled ima (a) 7 trakta, a ATM pregled ima (T) 7 trakta. Mutacije pomaka okvira ovih gena s promjenjivom učestalosti prethodno [9-11] je prijavljen. pregled Uz mnoštvo mutacija akumuliranih u neutralnim mikrosatelitni sekvence, MSI također generira mutacije u genima raka, dakle u tim genima koje igraju aktivnu ulogu u više koraka procesa karcinogeneze. Iako ponavljaju sekvence u područje kodiranja gena kraći od tipičnog mikrosatelitne lokusa koji se koristi za mapiranje gena, njihova sklonost prolaze spontano klizanje pogreške tijekom replikacije je još uvijek viša od one u nonrepetitive sekvenci. Mutacije u intronske repeat su prijavili da se izazove oslabljenu izražavanje MRE11 pregled gena [12,13]. Polypyrimidine ponoviti mutacije u ATM pregled gena može poremetiti ispravan mRNA [14]. Međutim, ne postoje dokazi da je umetanje /brisanje pojavljuju na ovim non-coding Mononukleotid sekvenci utjecati na normalan ATM protein funkcija u MSI-vezane GC. U ljudskom GC tkiva s MSI, učestalosti ATM pregled, mutacija i povezanost s gubitkom funkcije proteina nije jasno. Mi smo pretpostavili da su promjene Mononukleotid puteva u introna ATM pregled gen povezan s gubitkom ATM proteina funkcije u GC sa MSI. pregled Istražili smo mutacije na intronske (T) 15 u ATM pregled gena intervenira slijed (IVS) prethodi ekson 6, što je dovelo do 22 bp brisanje eksona 6 u ljudskim staničnim linijama karcinoma želuca , U ovom istraživanju, mutacije ATM pregled gena, zajedno s prisutnošću MSI ispitani su u ljudskim GC staničnim linijama i osnovnim GC tkiva. Naši rezultati pokazuju da je ATM pregled gena introna mutacija bila česta u GC sa MSI i bio je statistički značajno povezana s gubitkom ATM proteina funkcije. pregled Materijali i metode pregled Etika Izjava pregled Ova retrospektivna studija provedena je pomoću uzoraka tijekom policama nakon patološkog dijagnoze, a svi su uzorci u anonimne prije istraživanja. Ova retrospektivna studija je odobren od strane Institutional Review Board of Seoul National University Hospital (H-1010-065-336), uz odricanje od informiranog pristanka u stanju skrivanje. pregled Stanične linije i uzorci tkiva Deset ljudska stanica lines- SNU-1, SNU-5, SNU-16, SNU-216, SNU-484, SNU-601, SNU- rak želuca 620, SNU-638, SNU-668 i SNU-719 su dobiveni iz korejskog stanične linije banke (Seoul, Korea). Sve stanične linije su uzgajane u RPMI1640 uz dodatak 10% fetalnog goveđeg seruma (FBS; Hyclone, Lorgan, UT, USA) i antibioticima (100 U /ml penicilina G i 100 ug /ml streptomicina) na 37 ° C u vlažnoj 5% CO 2 inkubator. Niz tkiva slide stanična linija izrađena od ubranih i fiksnim stanicama ljudskog GC dobiven je za imunohistokemijski (Superbiochips, Koreja). Pregled formalinom fiksna, parafin uklopljenih primjerci GC tkiva iz 839 pacijenata koji su bili podvrgnuti ljekovito gastrektomije za primarni želuca liječenje raka u razdoblju između 1. siječnja 2004. i 31. st prosinca 2005. godine na Seoul National University Hospital su prikupljeni. Pacijenti uključeni 577 muškaraca i 262 žene s prosječnom dobi od 57,6 godina (raspon: od 4 do 87 godina). Informacije o lokaciji tumora koji je dobiven od 835 slučajeva: gornju trećinu u 109, srednji treći u 323, manja treća na 383, a cijeli želudac u 20 slučajeva. Temeljem Obavijesti o razvrstavanju Lauren, karcinomi su histološki klasificiran kao crijevne tipa u 381, difuznog tipa u 327. mješovitog tipa u 123, te neutvrđen u 8 slučajeva. Od 839 slučajeva, 165 bili su rano GC i 674 su napredne GC. Limfnih čvorova metastaze bio prisutan u 531 slučajeva, a nema u 308 slučajeva. Dvije stotine i četrdeset i pet bolesnika je dijagnosticirano kao fazi sam, 254 kao i faza II, 291 stadiju III, a 85 kao stadiju IV. Adjuvantna kemoterapija nakon operacije je provedeno na 533 pacijenata, što uključuje i 32 bolesnika u fazi I, 153 u fazi II, 260 u stadiju III, a 82 u stadiju IV. Srednja follow-up razdoblje je 49.3 mjeseci (raspon: 0-85 mjeseci). Lokalni recidiv zabilježen je u 185 (21,0%), udaljenim metastazama u 85 (9,6%), a smrt od bilo kojeg uzroka u 289 od ukupno 882 bolesnika (32,8%). Pacijent podaci o preživljavanju, uključujući datume i uzroka smrti, dobiveni su iz Korean Central Registra za rak, Ministarstvo zdravstva i socijalne skrbi, Koreja. Standardna patohistološko ispitivanje uključeno procjenu vrste raka i patoloških fazi tumora, u skladu s kriterijima utvrđenim u 7. izdanje od AJCC uprizorenju Manual [15]. tumorskog tkiva uzorci na stakalcima su ispitani pod svjetlosnim mikroskopom. Područje tumora u kojoj je postotak tumorskih stanica premašio minimalno 50% svih stanica u tom području i uparene područje normalne sluznice tkiva koji ne sadrži tumorske stanice su označene i struganje s nožem. Strugane tkivo je sakupljena u 1.5 mL mikroepruvete sadrže 50 ul tkiva pufera za lizu (0,5% Tween 20 [Sigma, St. Louis, MO] i 100 mM Tris HCl pufera [pH 7.6], 1 mM EDTA i 20 ug proteinaze K [ ,,,0],Sigma]). Epruvete su inkubirane 24 do 48 sati na 55 ° C sve dok se tkivo sadržava pufera postala bistra. Proteinaze K je inaktivira inkubacijom na 95 ° C tijekom 10 minuta, te je ekstrahirana DNA bila je pohranjena na -20 ° C do upotrebe. MSI je procijenjena na lokusa BAT25, BAT26, D2S123, D5S346 i D17S250. Tumori su bili klasificirani kao MSI + ako najmanje 2 (40%) od 5 mikrosatelitskih markera su bili povezani s alela promijenjenom veličine u tumora DNA u usporedbi s DNA iz ne-tumorskog tkiva. pregled Otkrivanje mutacije bankomatu PCR amplifikacija je provedena u 10 volumena jal koji sadrži 1 jal genomska DNA, 5 pmol svaki od naprijed i natrag primera, i 5 ul premiksa. Trideset i tri ciklusa PCR je izvedena s parametrom ciklusa 95 ° C 30 sekundi, 30 sekundi na temperaturu žarenja odgovarajući za svaki par prajmera i 65 ° C 1 min, a zatim 10 min na 72 ° C. Varijacija mononukleotid ponoviti u ATM pregled gena otkrivena je pomoću PCR testu. Genomska DNA pojačana je primers- F-CCTTTTTCTGTATGGGATTATGG, R-TGAACATCTTGTGAAGGTTTCAG za exon6 (T) 15 (155 bp), F-TCCTTTTAGTTTGTTAATGTGATGGA, R-GCTGTTGGGGTAGAAGCTGA za exon10 (T) 15 (165 bp) i F-GCCAATGGAAGATGTTCTTGA R- CATCTTGGTCACGACGATACA za exon20 (T) 15 (178 bp). pregled Detekcija od aberacije srastanje u ATM Ukupna RNA (2.5 ug) iz ljudskih staničnih linija raka želuca je pripremio Trizol reagens (GIBCO-BRL) upotrijebljen je za prvi dvolančanih sinteza cDNA s Superscript II reverzna transkriptaza (GIBCO-BRL) i oligo-d (T) 12-18 primera. Alikvot reakcijske smjese je amplificiran PCR sintetizirati raznim dijelovima ATM cDNA. Pregled PCR amplifikacija je provedena u volumenu od 20 ul koji sadrži 1 ul reverzno-transkribirane cDNA, 5 pmol svakog od napredne i reverzne početnice i 10 ul premiksa. Trideset i pet ciklusa PCR je izvedena s parametrom ciklusa 95 ° C 30 sekundi, 30 sekundi na postizanje temperature odgovarajući za svaki par prajmera i 72 ° C kroz 1 min, a zatim 10 min na 72 ° C. PCR produkti su podvrgnuti elektroforezi na 2% -tnom agaroznom gelu koji sadrži etidij bromid i vizualiziran pod UV svjetlom. β-aktin je korišten kao interni standard. pregled Tri RT-PCR parova dobivene iz ATM pregled sekvencije (GenBank NM_000051) korišteni su F-TGGTGCTATTTACGGAGCTG i R-TTCGAAAGTTGACAGCCAAA detektirati transkripte eksona 5-7 (veličina proizvoda: 347 bp), F-TCCCTTGCAAAAGGAAGAAA i R-TACTGGTGGTCAGTGCCAAA za eksona (veličina proizvoda: 504 bp) 9-11 i F-TGGAGAAGAGTACCCCTTGC i R-GATTGACTCTGCAGCCAACA za eksona 19-22 (veličina proizvoda: 415 bp ). pregled sekvenciranje analiza pregled Redoslijed je provedeno metodom dideoksi lanca terminacije pomoću DNA sekvenciranje Kit (Applied Biosystems) i ABI PRISM 310 Genetic Analyzer. Umnoženi PCR produkti pročišćeni su enzimatski korištenjem presequencing kita (Amersham Life Science, Cleveland, OH, USA), u skladu s uputama proizvođača, te je izravno sekvenciran koristeći BigDye metode terminator (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA). Reakcije sekvenciranja su pokrenuti na ABI 3100 automatizirani sekvencer (Applied Biosystems, Biosystems, Foster City, CA, USA), a podaci dobiveni su analizirani pomoću DNA sekvenciranje analiza 3.7 softvera (tnom City, CA, USA). Novi podaci su pohranjeni u GenBank (pristupni broj: KF704396) pregled Imunohistokem pregled Reprezentativni tumor-blok dijelovi i stanične linije array sekcije debljine 4 um su deparafmizirane i rehidrira u ocjenjuju. alkohol. Antigen dohvat se postiže pritiskom -cooking uzorke u 0,01 mol /L citratnom puferu tijekom 5 minuta. Kunić monoklonalno antitijelo (klon Y170 dobiven iz Epitomics, Burlingame, CA, USA) je korišten za imunohistokemiju. ATM je označena u jezgri normalnoj sluznici želuca, stanice strome i limfocita. Intenzitet je ocijenjena kao 0 (potpuno negativno), ± (dvosmisleni bojenje, signal promatrati samo u high-power mikroskopije sa × 40 okular), + /3 (slaba pozitivna), ++ /3 (umjereno pozitivna) i +++ /3 (jako pozitivan, gotovo jednako limfocita i neutrofila). Kriteriji za negativne slučajeve su bili postavljeni na manje od 10% stanica koje su označene kao slab pozitivan (+ /3), odnosno gušći, odnosno više od 90% stanica koje pokazuju totalno negativno (0) ili dvosmisleni bojenje (±) [2 ]. pregled statistička analiza pregled SPSS 15.0 paket se koristi u statističke analize. korišteni su hi-kvadrat test i Cox proporcionalnih rizika modela. Svi P-vrijednosti su dvije jednostrane i P vrijednosti. ≪ 0,05 smatrati značajnim za statističkih metoda u ovoj studiji pregled Rezultati Mutacija na intronske Mononukleotid ponavljanja gena bankomata u ljudskoj želuca stanične linije raka Od 10 ljudskih staničnih linija raka želuca, SNU-1 i SNU-638 koji su karakterizirani kao MSI pozitivno, ATM pregled genske mutacije pozitivnog i ATM gubitka na temelju IHC. U SNU-1 i SNU-638, 22 parova baza delecija eksona 6 je otkriven pomoću RT-PCR, a što je i potvrđeno u naknadnu analizu sekvence (slika 1). SNU-5, SNU-16, SNU-484, SNU-601, SNU-620, SNU-668, a SNU-719 su bili MSI negativna i imao divlji tip bankomatu pregled, gen. Iako SNU-216 je MSI negativno, gajio mutacije u ATM pregled gena, a imao je jaku ATM izraz otkrio IHC (tablica 1). mutacija na introna Mononukleotid ponavljanja ATM pregled gena i mikrosatelitne nestabilnosti u želučanom tkivu karcinoma pregled Učestalost intronske mutacije u ATM pregled gena se odredi kao 12,9% (78/604). Učestalost ATM pregled genske mutacije bio je 9,3% (50/540) u introna prethodnom IVS 6; 11,0% (59/534) u introna prethodnom IVS 10 i 8,8% (46/523) u introna prethodnom IVS 20; među njima, IVS 6 i IVS 10 preklapati u 39, IVS 10 i IVS 20, 35, IVS 10 i IVS 20 u 34, IVS 6, IVS 10 i IVS 20 u 31 slučajeva (Tablica 2). Frekvencije MSI pozitivnosti bio je 9,2% (81/882) i ATM gubitak proteina bila je 15,2% (134/839) u našem istraživanju GC. U 596 slučajeva, analizirani su udruge među MSI (slika 2A), genske mutacije ATM (slika 2B) i ATM gubitak proteina (Slika 3). ATM pregled introna mutacija i ATM gubitak proteina otkrivene su u 69,3% (52/75) i 53,3% (40/75) od MSI pozitivne GC. MSI pozitivnost i ATM gubitak proteina bile su prisutne u 68,4% (52/76) i 48,7% (37/76) GC s bankomata introna mutacije. MSI pozitivni i ATM intron mutacije nađene su u 35,7% (40/112) i 33,0% (37/112) GC sa ATM gubitka proteina (Tablica 3). Učestalost rezultata ATM IHC pokazali su značajno viši gubitak ATM u podskupinu MSI pozitivne i ATM pregled mutacija pozitivan GC (slika 4a). Trideset tri od 596 slučajeva (5,5%) imaju sva tri molekularne značajke (Slika 4b). Pregled Lokacija kliničko korelacije ATM pregled genske mutacije u GC pregled GC bolesnika s ATM pregled genske mutacije su povezane sa starošću, velike veličine tumora, udaljenog položaja, crijevnih tipa, dublje invazije, i niže recidiva stopa. GC bolesnici s negativnim ATM IHC bili povezani sa starošću, velike veličine tumora, ali do umjereno diferencirani vrstom i crijevnih vrsti Laurenov klasifikacije (tablica S1). Hi-kvadrat test ATM pregled statusa genske mutacije u ATM IHC negativnih i pozitivnih skupina s kliničko varijabli je izvršena. U negativnoj skupini ATM IHC, ATM pregled mutacija pozitivan GC bili povezani sa starosti (P = 0,032) i distalni položaj (P = 0,045). U ATM IHC pozitivne grupe, ATM pregled genske mutacije bio povezan s dobro ili umjereno diferencirani vrsti GC (P = 0,022) (tablica S1). Pregled Survival analize pregled Cox proporcionalnih rizika model koristi se u oba univarijatne i multivarijatne testova. Jednosmjerna Cox regresijska analiza za ukupno preživljenje i bolesti preživljenja bez pokazala značajnu prediktivnu vrijednost pojedinih utvrđenih prognostičkih čimbenika kao što su limfni čvor metastaza, dubine tumora i Laurenov klasifikaciji histološka tipa. Skupina bolesnika koji su primali adjuvantne chemotherpy imali značajno visok relativni rizik za ukupni (OS) i bolesti slobodnog opstanka (DFS) (P &0,001, Relativni rizik = 3,82 [95,0% CI, 2,81-5,18] za OS i P < 0.001, Relativni rizik = 5.63 [95,0% CI, 3,69-8,58] DFS). Međutim, nema značajnijih trendova relativnog rizika (RR) opažena je za ATM pregled introna mutacije, gubitak MSI, ili ATM IHC. Multivarijatna analiza pomoću varijabli dubini od tumora, statusa limfnih čvorova, Lauren je klasifikacija histološka tipa, adjuvantna kemoterapija, ATM pregled je proveden introna mutacija, a bankomat ekspresija proteina. ATM introna mutacija ima manji relativni rizik s graničnom značaja za ukupno preživljavanje (P = 0,05, relativni rizik = 0,60, [95.0% CI 0,36-1,00]) (Tablica 4). Rasprava pregled Naši rezultati pokazuju da mutacije introna ponoviti u ATM pregled gena rezultirati abcrantnog srastanje, što je dovelo do 22 bp brisanje i ATM proteina gubitak ekspresije u GC staničnim linijama. Ovi rezultati su u skladu s prethodnom izvješću [13] u vezi s identifikacijom za spajanje grešaka u MRE11 pregled prethodnik transkript povezana s mutacijama od poli (T) 11 ponavljanja u intervenira slijed 4 (IVS-4), isključivo u MMR deficijentnih staničnih linija raka i primarnih tumora. Naši rezultati su otkrili da je bankomat gubitak proteina u GC značajno korelira s prisutnošću intronske mutacije gena u ATM Netlogu. pregled U ataksija-o izrazito bolesnika, 70% -90% od ATM pregled, mutacije su gluposti, okvir pomak ili furnirom mutacije koje skratiti proteina [16]. Prema kozmičkom bazama podataka (http://www.sanger.ac.uk/cosmic), mutacije na kodiranje regije ATM pregled gena nađene su u 5% (433 od 9249) od raznih vrsta raka. Među njima rak želuca pokazao mutacija samo 1,35% (1 od 74). Iako ATM pregled genske mutacije u GC je ranije izvijestili [3,9], sveobuhvatno objašnjenje bio je ograničen niskom učestalosti mutacije i relativno visoka učestalost funkcionalne gubitak ATM [2]. U našoj studiji, oko 70% MSI pozitivne GC je pokazala značajnu ATM pregled gena intronske mutacije povezane s ATM gubitak proteina. Naši rezultati snažno podupiru tu intronske mutaciju ATM Netlogu s osnovnom MSI je jedan od glavnih mehanizama gubitak ATM u ljudskoj GC. ATM gubitak pripisan abcrantnog srastanje povezane s intronske skraćivanja u MSI pozitivnim staničnim linijama raka debelog raka. Ejima et al. Tražili ATM pregled genske mutacije koje koriste 62 pari oligonukleotidnim klicama, što odgovara regiji u rasponu od eksona 4 do eksona 65. ATM Netlogu i njenih bočnih introna. Skraćivanje Mononukleotid puteva ATM pregled introna iznosio 34 (87%) od 39 intronske promjena. Trideset i jedan od njih pronađeni su u staničnim linijama raka debelog tumora 5 imaju MSI (LS180, HCT15, HCT 116, SW48 i LOVO). Također su pokazali nisku ekspresiju ATM proteina u MSI pozitivnim rakom debelog crijeva stanične linije [14]. ATM izraz znatno je smanjen u mnogim su karcinomi dojke i zaključio da nema ATM pregled mutaciju u toj staničnoj liniji [17]. To ukazuje na različite značajke ATM pregled genske promjene između raka probavnog sustava i dojke. Pregled Osim mutacije, nekoliko tumor može se inaktivira metilacije citozina ostataka unutar CpG otoke koji se nalaze u promicatelj mnogih gena. ATM pregled gen je nova meta epigenetičke odsutnost kroz neodgovarajućom metiliranjem svom proksimalnom promotorskom regijom korelira s povećanim radiosenzitivnost i niske ekspresije proteina u ljudskom kolorektalnog linije tumorskih stanica [18] i humanog glioma stanične linije [18]. bez ikakvih ATM pregled genske mutacije. pregled MSI ciljanje ATM pregled gena predstavlja vezu između MSI i popravka DNA u GC. Nekoliko studija ukazuju na to da funkcionalni gubitak bankomata je povećan u MSI i ljudski bankomata pregled gen je glavni cilj za inaktivaciju u MSI pozitivno GC stanicama i tkivima [19,20]. Razlog je izrazito visoka učestalost ATM pregled gena introna mutacija MSI pozitivnom GC može biti s obzirom na Mononukleotid ponavlja (T) 15, te dužinom od 13 nukleotida ili više bili su posebno osjetljivi na to ciljano skraćivanje [14 ]. Učestalost ATM pregled mutacija gena okvira čitanja (T) 7 u eksona 6 kodiranje sekvenci u MSI pozitivnom GC je izvijestila da se samo 6% (2/36) [8], što je znatno niže od našeg promatranja. pregled To je izvijestio da je nedostatak ATM senzibilizira stanice na sprječavanju rasta učincima inhibitora PARP, olaparib, u želučanih stanica raka sa smanjenim ATM pregled izrazu [21]. Poli (ADP-riboza), inhibitori polimeraze trenutno u kliničkim ispitivanjima protiv različitih karcinoma, uključujući karcinom debelog crijeva [22]. U GC, nedostatak ATM je poznato da se može predvidjeti odgovor inhibitora PARP [23-25]. Obilježivač homologne rekombinacije, Rad 51, poznato je da se prediktivno marker neoadjuvansima anthracylcine bazi kemoterapije raka dojke [26] kao i inhibitora PARP u GC [24]. Pregled Naši rezultati pokazuju da ATM gubitak proteina nije agresivan faktor GC, iako je značajno povezana s nepovoljnim trendom HR u MSI negativnom GC. To se može usporediti s drugim studijama koje prijavljuju ATM gubitak proteina kao štetni prognostički faktor [20]. U našim istraživanjima, ATM pregled, mutacija i ATM negativna GC je imao različita kliničko- karakteristike; Međutim, ova grupa nije pokazala nikakvu razliku preživljavanja s drugima. U MSI negativnoj skupini HR GC sa ATM gubitka proteina bio je značajno visok, u MSI pozitivnom skupini HR u GC sa ATM gubitka proteina nije bio značajan. To pokazuje da je MSI je potencijalni molekularna faktor koji utječe biološko ponašanje GC. Dakle, naša studija podupire MSI status može utjecati na osjetljivost na inhibitor PARP koji utječu na stanje oštećenja DNA izražavanja odgovor proteina kroz Mononukleotid ponavlja promjene. pregled Ukratko, ATM pregled genske mutacije u GC je 12,9%, a 33,0% za GC s ATM pregled genske mutacije povezan je s bankomata gubitak proteina. MSI pozitivno GC je pokazala ATM pregled mutaciju u 69,7%. Naši rezultati ukazuju na to da je ishod gubitak ATM i osjetljivost na kemoterapijski spoj, olaparib, može se bolje razumjeti ako se slučajevi stratificirani temelji na ATM pregled genske mutacije statusa ili MSI. pregled Zaključci Naša studija otkrila je ATM pregled gena introna mutacija prisutna u 69% MSI pozitivne GC i 49% bankomatu pregled introna mutacija povezana s gubitkom ATM proteina. Oni ukazuju na ATM pregled gena introna mutacija na meti mikrosatelitne nestabilnosti je povezana s bankomata gubitka proteina u podgrupi ljudskog raka želuca. pregled popratne podatke pregled Tablica S1.
ekstrakcija DNA i MSI određivanje pregled
na introna Mononukleotid ponavlja pregled
MSI
ATM pregled genske mutacije od intronske Mononukleotid ponavlja pregled ATM pregled sekvenciranje
ATM pregled RT-PCR
ATM IHC
Bat 26 pregled, Bat 25 pregled IVS 6
IVS 10 pregled IVS 20 pregled egzona 6 pregled egzona 10
egzona 20 pregled egzona 6
egzona 10 pregled egzona 20
SNU-1 +++++ 22-bp delnono22-bp delnonoNegativeSNU-5 ----- nonononononoPositiveSNU-16 ----- ndndndnononoPositiveSNU-216 - +++ nononono nonoPositiveSNU-484-----ndndndnononoPositiveSNU-601-----ndndndnononoPositiveSNU-620-----ndndndnononoPositiveSNU-638+++++22-bp delnono22-bp del nonoNegativeSNU-668 ----- ndndndnononoPositiveSNU-719 ----- ndndndnononoPositiveTable 1. mikrosatelitni status nestabilnost i ATM pregled profila genske ljudskim staničnim linijama karcinoma želuca. pregled IVS, intervenirajući slijed; IHC, imunohistokemija. CSV Preuzmite CSV
ponavlja (divlji tip)
Intron mutacije u GC pregled Intron mutacija MSI pozitivnom GC
Intron mutacija u ATM IHC negativnom GC pregled ATM
IVS 6 (T) 1550/540 (9,3%) 42/50 (84,0%) 29/111 (26,1%), ATM pregled IVS 10 (T) 1559/534 (11,0%) 47/59 (78,7%) 29/111 (26,1%), ATM pregled IVS 20 (T) 1546 /523 (8,8%) 34/46 (73,9%) 22/107 (20,6%), ATM
IVS 6 ili IVS 10 ili IVS 20 (T) 1578/604 (12,9%) 53/76 (69,7%) 37/112 (33,0%) Tablica 2. Incidencies ATM pregled gena introna mutacija želučanog karcinoma (GC)
IVS, intervenirajući slijed. MSI, mikrosatelitne nestabilnost; IHC, imunohistokemija. CSV Preuzmite CSV
ATM IHC
MSI pregled ATM pregled mutacija pregled N pregled Negativna pregled pozitivnog
NegativeNegative49768 (13,7 %) 429 (86,3%) Positive244 (16,7%) 20 (83,3%) Subtotal52172 (13,8%) 449 (86,2%) PositiveNegative237 (30,4%) 16 (69,6%) Positive5233 (63,5%) 19 (36,5%) Subtotal7540 (53,3 %) 35 (46,7%) Negative52075 (14,4%) 445 (85,6%) Positive7637 (48,7%) 39 (51,3%) Total596112 (18,8%) 484 (81,2%) Tablica 3. Učestalost ATM ekspresije proteina u podskupine prema mikrosatelitni nestabilnost status (MSI) i ATM pregled introna mutacija.
CSV Preuzimanje CSV
Ukupnog preživljavanja pregled
bez znakova bolesti opstanak
Relativni rizik pregled 95,0% CI pregled vrijednost P pregled N
relativnog rizika
95,0% CI pregled P vrijednost pregled N
Napredna želudac Cancer8.263.00-22.750.005965.051.81-14.130.00544Lymph čvor tipa positive6.663.47-12.770.005963.201.58-6.480.00544Diffuse histology1.431.06 -1.940.025961.611.09-2.360.02544Adjuvant chemotherapy0.990.57-1.730.985962.171.00-4.720.05544 ATM pregled introna mutation0.600.36-1.000.055960.560.29-1.080.08544ATM protein loss1.190.82-1.730 .355961.100.67-1.810.70544Table 4. Multivarijantna Cox regresijska analiza.
CSV Preuzmite CSV
kliničko korelacije želučanog karcinoma s genskom mutacijom ATM i ATM ekspresije proteina. pregled doi: 10,1371 /journal.pone.0082769.s001 pregled (docx) pregled
Osobe sa simptomima IBS -a vjerojatno imaju niske razine vitamina D,
Strategija pripreme pedijatrijske zdravstvene zaštite za drugi val pandemije COVID-19
Teške komplikacije COVID-19 povezane s rušenjem crijevne barijere
Crijevni i oralni mikrobiomi predviđaju ozbiljnost COVID-19
Kronični kašalj mogao bi se ublažiti novim lijekom
Znanstvenici dokazuju ulogu mikrobioma u pretilosti
COVID-19:Kako bolest izgleda
Uz sve veće prikupljanje informacija o bolesti COVID-19 iz prve ruke, dobiva se točnija slika kliničkih obilježja. Kako se COVID-19 predstavlja Pa kako počinje? Državni odjeli za zdravstvo, i svje
Sirova hrana za kućne ljubimce predstavlja rizik za ljude i životinje
Istraživači su otkrili u novoj studiji da kućni ljubimci psi i mačke koji konzumiraju sirovo meso mogu širiti sojeve bakterija otpornih na antibiotike na ljude. Njihova studija pod nazivom, “Prehrana
Povećanje rizika biološke obrane od sintetske biologije
Studija koju je naručilo američko Ministarstvo obrane otkrila je da postoji nekoliko alata za genetski inženjering koji bi se mogli koristiti za izradu biološkog oružja u kratkom vremenu. Opsežno iz