PLoS One: mutáció Intronic megismétli az ataxia-teleangiectasia mutáns (ATM) és Gene ATM Protein veszteség a Primary gyomorrák Microsatellite Instability

absztrakt katalógusa

ataxia-teleangiectasia mutált (ATM) egy Ser /Thr protein-kináz, amely fontos szerepet játszik a DNS-károsodás által indukált jelátvitel és megindítása sejtciklus ellenőrző pont szignalizáció válasz a DNS-károsító szerek, mint például az ionizáló sugárzás. Korábban már beszámoltunk az ATM fehérje veszteség immunhisztokémiai (IHC) és 16% -ban humán gyomorrák (GC) szövet. Feltételeztük, hogy ATM katalógusa gén mutációi intron célzott mikroszatellit instabilitás (MSI) okozhat ATM fehérje veszteség egy részét a GC. Vizsgáltuk mononukleotid mutációkat intron a ATM katalógusa gén, ATM IHC és MSI GC. Tíz ember gyomorrák sejtvonalat vizsgáltunk a ATM katalógusa gén mutáció intronok RT-PCR, direkt szekvenálás és immunhisztokémiai. GC szöveteiben 839 beteg elemeztük MSI és ATM IHC. Ezek közül 604 esetben analizáltuk a ATM
mutációk intronok megelőző exon 6, exon 10 és exon 20. Két humán GC-sejtvonalak (SNU-1 és -638) azt mutatta, ATM katalógusa intron mutációk, deléció RT-PCR és szekvenálás közvetlen és ATM fehérje veszteség IHC. A frekvenciák ATM katalógusa mutáció, MSI, és az ATM-fehérje veszteség volt: 12,9% (78/604), 9,2% (81/882) és 15,2% (134/839) volt. Elemzés az egyesületek között MSI, ATM gén mutáció, és az ATM-fehérje veszteség kiderült nagyon együtt létező ATM katalógusa gén eltéréseinek és az MSI. ATM katalógusa intron mutáció és ATM fehérje veszteség volt kimutatható 69,3% (52/75) és 53,3% (40/75) az MSI pozitív GC. MSI pozitivitás és ATM fehérje veszteség volt jelen 68,4% (52/76) és 48,7% (37/76) GC ATM intron mutációt. ATM katalógusa mutáció és ATM fehérje veszteség volt jellemzőit öregségi, távolabbi helyen a tumor, nagy tumor méretét és szövettani intesztinális típusú. A vizsgálatra lehet értelmezni, hogy a ATM katalógusa gén mutációjának intron megcélozható MSI és vezet ATM fehérje veszteség a kiválasztott csoport GC.

Citation: Kim HS, Choi SI, Min HL, Kim MA, Kim WH (2013) mutáció Intronic megismétli az ataxia-teleangiectasia mutáns (ATM) és Gene ATM Protein veszteség a Primary gyomorrák mikroszatellit-instabilitása . PLoS ONE 8 (12): e82769. doi: 10,1371 /journal.pone.0082769 katalógusa

Szerkesztő: Hoguen Kim, Yonsei University College of Medicine, a Koreai Köztársaság katalógusa

Beérkezett: július 21, 2013; Elfogadva: október 27, 2013; Megjelent: december 6, 2013 katalógusa

Copyright: © 2013 Kim et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa

Forrás: A kutatás támogatott Basic Science Research Program a Nemzeti Kutatási Alapítvány Korea (NRF) finanszírozza a Tudományos, ICT & Future Planning (NRF-2012R1A1A2004648). A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető

ataxia-teleangiectasia mutált (ATM) gén egy komponens a DNS-károsodás válasz (DDR) és aktiválja DNS kettős szál törései (DSB-k), és a jelzéseknek a sejt-ciklus ellenőrzőpont, hogy lassú áthaladását sejtek a ciklus során, hogy megkönnyítsék a DNS-javítás. A gén lokalizálódik kromoszóma 11q22-23. A ATM
gén igen nagy, spanning egy genomiális régió 150 kb, azzal jellemezve, 66 exonból egy kódolószekvenciája 91.668 bp.

ATM közrejátszik válaszok DSBs előforduló fiziológiailag speciális sejttípusokban, mint a csírasejtek és limfociták. Az ATM fehérje segíti a sejtek felismerésében sérült vagy törött DNS szálak. Az ATM protein koordináták DNS-javító aktiválásával enzimek rögzíti a törött szálak. Hatékony javítása, a sérült DNS-szálak segít fenntartani a stabilitást a sejt genetikai információ [1].

ATM veszteséget figyeltek meg 16% humán GC szövet egy nagy közös tanulmány [2]. Inaktiválását ATM
gén lehet olyan gyakori esemény a fejlesztés a humán gyomorrák (GC); Az események viszont, hogy megszűnt a ATM katalógusa kifejezést GC nem magyarázható az alacsony elterjedtsége ATM katalógusa mutációt. A legtöbb ATM katalógusa azonosított mutációk primer GC sejtvonalak és GC szöveteket pontmutáció [3].

A DNS mismatch repair (MMR) rendszer korrigálja a hibákat, amelyek során előforduló DNS-replikáció, mivel homológ rekombináció és a nem homológ végén csatlakozott részt vesznek a javítás a DNS DSB. Mutációi DNS DSB repair gének, mint a ATM, Mre11, RAD50, NBS1 katalógusa és ATR katalógusa, amelyek feltételezik, hogy szerepet játszik a fejlesztés a gastrointestinalis daganatok egy károsodott MMR funkciót. A vastagbél-végbél daganatok egy károsodott MMR rendszer, mutációi intronikus mononukleotid ismétlődések ATM
és a Mre11
találtak eredményez aberráns splicing, majd csökkentett expressziója a vad típusú protein [4 ].

körülbelül 10% -a GC társul mikroszatellit instabilitás (MSI). MSI utal elváltozások számának nukleotid ismétlődések mikroszatellita régiókban található kódoló régiók gének, és az eredményeket a frameshift mutációkat. MSI már azonosították a fehérje kódoló régiójában ismert célgének beleértve TGF-βRII, IGFIIR, BAX katalógusa [5-7], és hRAD50 katalógusa gének [8]. A hRAD50, BLM katalógusa, és BRACA1 katalógusa gének poli (A) mononukleotid megismétli a kódoló régiók, a hMSH6 katalógusa van (C) 8 rendszer, a NBS1
van (a) 7 traktusban, és a ATM
rendelkezik a (t) 7 traktusban. Frameshift mutációt ezen gének változó eseményekre számoltak korábban [9-11].

Amellett, hogy a számtalan mutáció felhalmozódott semleges mikroszatellitszekvenciák, az MSI is generál mutációk rák gének, azaz azokban gének játszanak aktív szerepet a többlépcsős folyamat kialakulásában. Bár ismétlődő szekvenciák a kódoló régió gének rövidebbek, mint a tipikus mikroszatellit lókuszok használt gén térképezés, a hajlam áteső spontán csúszás hibák replikáció során még mindig magasabb, mint a nonrepetitive szekvenciákat. Mutációk egy intronikus ismétlés számoltak indukáló károsodott kifejezése Mre11 katalógusa gén [12,13]. Polipirimidin ismétlés mutáció a ATM katalógusa gén megzavarhatja a megfelelő mRNS splicing [14]. Azonban, nincs bizonyíték arra, hogy inszerciós /deléciós előforduló ezeket a nem-kódoló mononukleotid szekvenciák befolyásolja a normál ATM protein funkció MSI kapcsolatos GC. Az emberi GC szövet MSI, a frekvencia ATM katalógusa mutáció és az egyesület a veszteség a fehérje funkcióját nem érthető világosan. Azt feltételeztük, hogy mononukleotid traktus változásai intron a ATM katalógusa gén elvesztésével jár ATM protein funkciójának GC MSI.

Megvizsgáltuk mutációkkal intronic (T) 15 A ATM katalógusa gén köztes szekvencia (IVS) előző 6. exon, vezető 22 bp törlésével exon 6 humán gyomorrák sejtvonalakon . A jelen tanulmányban a mutációk a ATM katalógusa gén együttes jelenléte az MSI vizsgáltuk humán GC sejtvonalak és primer GC szövetekben. Eredményeink azt mutatták, hogy ATM katalógusa gén intron mutáció gyakoribb GC MSI és szignifikánsan elvesztésével jár ATM fehérje működését.

Anyagok és módszerek katalógusa

Etikai Nyilatkozat katalógusa

Ez a retrospektív vizsgálatot végeztünk a minták több mint a polcokon után patológiai diagnózis, és az összes mintát névteleníti a vizsgálat előtt. A retrospektív tanulmány jóváhagyta az Institutional Review Board Szöul Nemzeti Egyetemi Kórház (H-1010-065-336) A lemondást tájékozott beleegyezés azzal a feltétellel anonimizálási.

sejtvonalak és szövetminták

Tíz emberi gyomorrák sejt-vonalak SNU-1, SNU-5, SNU-16, SNU-216, SNU-484, SNU-601, SNU- 620, SNU-638, SNU-668 és SNU-719 kaptuk a koreai sejtvonal Bank (Szöul, Korea). Az összes sejtvonalat növesztettünk RPMI1640, kiegészítve 10% magzati borjúszérummal (FBS; Hyclone, Lorgan, UT, USA) és antibiotikumokkal (100 E /ml penicillin G és 100 ug /ml sztreptomicin), 37 ° C-on, nedvesített, 5% CO _{2 inkubátorban. A sejt-line szövet array slide készült betakarított és rögzített emberi GC sejtvonalak kaptunk immunhisztokémiai (Superbiochips, Korea). Katalógusa}

A formalinban fixált, paraffinba ágyazott GC szövetminták 839 átesett betegek gyógyító gasztrektómiának számára primer gyomorrák kezelésére 1. között ^{st, 2004. január 31-ig st 2005 december szöuli Nemzeti Egyetemi Kórház gyűjtöttünk. A beteget vontak 577 férfi és 262 nő, átlagéletkoruk 57,6 év volt (tartomány: 4-87 év). Tájékoztatás a tumor helye kapunk 835 esetben: felső harmadában 109, középső harmadában a 323, alsó harmadában 383, és az egész gyomor 20 esetben. Alapján a Lauren osztályozás, a rák volt szövettanilag minősített bél típusú 381, diffúz típusú 327, vegyes típusú 123, és meghatározatlan 8 esetben. Ki a 839 esetben 165 volt a korai GC és 674 megelőlegezett GC. Nyirokcsomó metasztázis volt jelen 531 esetben, és hiányzik a 308 esetben. Kétszáz és negyven beteget diagnosztizáltak I. stádiumú, 254 színpadi II, 291 a színpadi III és 85 színpadi IV. Adjuváns kemoterápiát követően műtétet végeztünk 533 beteg, amely magában foglalja a 32 betegnél az I. szakaszban, a 153 Stage II, 260 Stage III és 82 Stage IV. Az átlagos követési idő 49,3 hónap (tartomány: 0-85 hónap). Helyi kiújulás volt megfigyelhető 185 (21,0%), távoli áttét 85 (9,6%), és a halál bármilyen okból a 289 közül 882 beteg (32,8%). A beteg túlélési adatok, beleértve a napok és a halálokok, kaptuk a koreai központi rákregiszterébôl Egészségügyi Minisztérium és a Népjóléti, Korea. Normál kórszövettani vizsgálat tartalmazza értékelését a rák típusától és a kóros tumor stádiuma szerint megállapított kritériumok által 7. kiadás a AJCC Staging Manual [15]. Katalógusa}

DNS kivonás és MSI meghatározása katalógusa

A daganatos szövetet minták tárgylemezen vizsgáltuk fénymikroszkóp alatt. Egy területet a tumor, amely a százalékos tumorsejtek meghaladta legalább 50% -a az összes sejtek ezen a területen, és a párosított terület a normális nyálkahártya-szövet nem tartalmazó tumorsejteket jelölni és lekaparjuk, penge. A lekapart szövetet összegyűjtöttük, 1,5 ml mikrokémcsövekre, amely 50 ul szöveti lízis puffert (0,5% Tween 20-at [Sigma, St. Louis, MO], 100 mM Tris-HCl-pufferben [pH = 7,6], 1 mM EDTA-t, és 20 ng proteináz K [ ,,,0],Sigma)]. A csöveket inkubáltuk 24-48 órán át 55 ° C-on, amíg a szövet-tartalmú lízis pufferben világossá vált. Proteináz K-t inaktiváljuk inkubálás 95 ° C-on 10 percen át, és az extrahált DNS-t tárolunk -20 ° C hőmérsékleten tároljuk felhasználásig. MSI értékelték a loci BAT25, BAT26, D2S123, D5S346 és D17S250. A tumorokat besorolt ​​MSI +, ha legalább 2 (40%) az 5 mikroszatellit markereket társított alléljei megváltozott méretű tumor DNS összehasonlítva származó DNS nem-daganatos szövetet.

mutációk kimutatására a ATM
intron mononukleotid ismétli

PCR amplifikációt végeztünk 10 | il térfogatban, amely 1 pl genomi DNS, 5 pmol mindegyik forward és reverz primert, t és 5 nl Premix. Harminchárom ciklus PCR végeztünk ciklus paramétere 95 ° C-on 30 másodperc, 30 másodperc egy lágyítási hőmérséklet adott esetben minden egyes primer pár és 65 ° C-on 1 percig, majd 10 percig 72 ° C-on.

változása mononukleotid ismétlés a ATM katalógusa gént kimutatható PCR-alapú vizsgálat. A genomiális DNS-t amplifikáltuk primers- F-CCTTTTTCTGTATGGGATTATGG, R-TGAACATCTTGTGAAGGTTTCAG számára exon6 (T) 15 (155 bp), az F-TCCTTTTAGTTTGTTAATGTGATGGA, R-GCTGTTGGGGTAGAAGCTGA számára exon10 (T) 15 (165 bp), és az F-GCCAATGGAAGATGTTCTTGA, R- CATCTTGGTCACGACGATACA az exon20 (T) 15 (178 bp). katalógusa

kimutatása aberráns splicing ATM Matton

a teljes RNS (2,5 mg) humán gyomorrák sejtvonalak által készített Trizol reagens (Gibco-BRL) használtuk első szál cDNS-szintézist Superscript II reverz transzkriptáz (Gibco-BRL) és az oligo-d (T) _{12-18 primer. Egy aliquot részt a reakcióelegyet PCR-rel amplifikáltuk, hogy szintetizálni különböző szegmensek ATM cDNS-t.}

PCR amplifikációt végeztünk 20 pl térfogatban, amely 1 ul reverz transzkripcióval cDNS-t, 5 pmol mindegyik forward és reverz primert, és 10 ul Premix. Harmincöt ciklus PCR végeztünk ciklus paramétere 95 ° C-on 30 másodperc, 30 másodperc egy lágyítási hőmérséklet adott esetben minden egyes primer pár és 72 ° C-on 1 percig, majd 10 percig 72 ° C-on. A PCR termékeket elektroforézisnek 2% -os agaróz gélen tartalmazó etídium-bromiddal, és láthatóvá tettük UV fény alatt. β-aktin használtunk belső standardként.

Három RT-PCR-primer párok származó ATM
szekvenciákat (GenBank NM_000051) felhasznált F-TGGTGCTATTTACGGAGCTG és R-TTCGAAAGTTGACAGCCAAA kimutatására átiratok exon 5-7 (a termék mérete: 347 bp), az F-TCCCTTGCAAAAGGAAGAAA és R-TACTGGTGGTCAGTGCCAAA számára exon 9-11 (termék mérete: 504 bp), és az F-TGGAGAAGAGTACCCCTTGC és R-GATTGACTCTGCAGCCAACA számára exon 19-22 (termék mérete: 415 bp ).

A szekvenciaelemzés

szekvenálást végeztünk a didezoxi-láncterminációs módszerrel DNS-szekvenáló kit (Applied Biosystems), és az ABI PRISM 310 Genetic Analyzer. Az amplifikált PCR-termékeket tisztítottuk, enzimatikusan alkalmazásával presequencing készlet (Amersham Life Science, Cleveland, OH, USA) szerint a gyártó utasításait, majd közvetlenül szekvenáltuk BigDye terminátor módszert (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA). A szekvenálási reakciókat futtattunk egy ABI 3100 automata szekvenátorral (Applied Biosystems, Biosystems, Foster City, CA, USA), és a kapott adatok alkalmazásával elemeztük DNS-szekvenáló analízis 3.7 szoftver (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA). Az új adatok is letétbe helyezték a GenBank (nyilvántartási száma: KF704396).

Immunhisztokémia

Képviselő tumor-blokk szakaszok és a sejt-vonal array szakaszok 4-um vastagságú arra paraffint és rehidratált az osztályozott alkohol. Antigén-visszanyerés értük el nyomás -Főzés a mintákat 0,01 mol /l citrát pufferben 5 percen át. A nyúl monoklonális antitest (klón Y170 nyert Epitomics, Burlingame, CA, USA) használtunk immunhisztokémiai. ATM festettük a sejtmagban a normál gyomornyálkahártya, stromális sejtek és limfociták. Intenzitást osztályoztuk, mint 0 (teljesen negatív), ± (bizonytalan festés megfigyelt jel csak nagy teljesítményű mikroszkópos × 40 szemlencse), + /3 (gyenge pozitív), ++ /3 (mérsékelten pozitív) és +++ /3 (erősen pozitív, szinte egyenlő a limfociták és neutrofilek). A kritériumok negatív esetek beállítva kevesebb mint 10% festett sejtek gyenge pozitív (+ /3) vagy nagyobb intenzitású, azaz több mint 90% -a mutató sejtek teljesen negatív (0) vagy többféleképpen festődés (±) [2 ].

A statisztikai elemzés katalógusa

A SPSS 15.0 csomagot statisztikai elemzésekhez. Chi-négyzet próba és a Cox-féle modell használtunk. Minden P-érték két oldalú és P értékeket < 0,05 tekinthető jelentősnek a statisztikai módszerek ebben a vizsgálatban. Katalógusa

Eredmények katalógusa

mutáció intronic mononukleotid ismétli az ATM gén az emberi gyomor rákos sejtvonalak

között 10 emberi gyomor rákos sejtvonalak, SNU-1 és SNU-638 úgy jellemezzük, MSI pozitív, ATM
gén mutációi pozitív és ATM veszteség IHC. Az SNU-1 és SNU-638, 22 bázispár deléciója 6. exon detektáltuk RT-PCR-rel és megerősítést nyert, az ezt követő szekvencia-analízis (1. ábra). SNU-5, SNU-16, SNU-484, SNU-601, SNU-620, SNU-668, és SNU-719 volt MSI negatív volt a vad típusú ATM katalógusa gént. Bár SNU-216 volt MSI negatív, úgy hordozott mutáció a ATM katalógusa gén, s erős ATM kifejezés kimutatható IHC (1. táblázat). Matton MSI Matton ATM katalógusa gén mutációja intronic mononukleotid ismétli katalógusa ATM katalógusa szekvenálás Matton ATM katalógusa RT-PCR Matton ATM IHC Matton Bat 26 katalógusa Bat 25 katalógusa IVS 6 katalógusa IVS 10 katalógusa IVS 20 katalógusa Exon 6 katalógusa Exon 10
Exon 20 katalógusa Exon 6 katalógusa Exon 10 katalógusa Exon 20 Matton SNU-1 +++++ 22 bp delnono22-bp delnonoNegativeSNU-5 ----- nonononononoPositiveSNU-16 ----- ndndndnononoPositiveSNU-216 - +++ nononono nonoPositiveSNU-484-----ndndndnononoPositiveSNU-601-----ndndndnononoPositiveSNU-620-----ndndndnononoPositiveSNU-638+++++22-bp delnono22-bp del nonoNegativeSNU-668 ----- ndndndnononoPositiveSNU-719 ----- ndndndnononoPositiveTable 1. Mikroszatellita instabilitás állapot és ATM katalógusa gén profilok emberi gyomor rákos sejtvonalak. katalógusa IVS, köztes szekvencia; IHC, immunhisztokémia. CSV letöltése CSV

mutáció intron mononukleotid ismétlődését ATM katalógusa gén és mikroszatellit-instabilitása gyomorrákban szövetek katalógusa

A frekvencia intronic mutáció ATM katalógusa gén határozza mint 12,9% (78/604). A frekvencia a ATM katalógusa génmutációt 9,3% volt (50/540) a megelőző intron IVS 6; 11,0% (59/534) a megelőző intron IVS 10 és 8,8% (46/523) a megelőző intron IVS 20; Közülük, IVS 6. és IVS 10 átlapolt 39, IVS 10 és IVS 20 35, IVS 10 és IVS 20 34, IVS 6, IVS 10 és IVS 20 31 esetben (2. táblázat). A frekvenciák MSI pozitivitás 9,2% (81/882) és az ATM fehérje veszteség 15,2% (134/839) a tanulmányban a GC. 596 esetben az egyesületek között MSI (2A ábra), ATM génmutáció (2B), és az ATM fehérje veszteség (3. ábra) elemeztük. ATM katalógusa intron mutáció és ATM fehérje veszteség volt kimutatható 69,3% (52/75) és 53,3% (40/75) az MSI pozitív GC. MSI pozitivitás és ATM fehérje veszteség volt jelen 68,4% (52/76) és 48,7% (37/76) GC ATM intron mutációt. MSI pozitivitás és ATM intron mutációt mutattunk 35,7% (40/112) és 33,0% (37/112) a GC ATM fehérje veszteség (3. táblázat). A frekvencia ATM IHC eredménye szignifikánsan magasabb ATM veszteség egy alcsoportja MSI pozitív és ATM katalógusa mutáció pozitív GC (4A). Harminc három 596 esetben (5,5%) a három molekuláris jellemzői (4B ábra). Katalógusa Hely katalógusa ismétlése (vad típusú) hotelben lntron mutáció GC katalógusa lntron mutáció MSI pozitív GC
az intron mutáció ATM IHC negatív GC katalógusa ATM
IVS 6 (T) _{1550/540 (9,3%) 42/50 (84,0%) 29/111 (26,1%) ATM katalógusa IVS 10 (T) 1559/534 (11,0%) 47/59 (78,7%) 29/111 (26,1%) ATM katalógusa IVS 20 (T) 1546 /523 (8,8%) 34/46 (73,9%) 22/107 (20,6%) ATM
IVS 6 vagy IVS 10 vagy IVS 20 (T) 1578/604 (12,9%) 53/76 (69,7%) 37/112 (33,0%) 2. táblázat Incidencies a ATM katalógusa gén intron mutáció a gyomorrák (GC).
IVS, köztes szekvencia; MSI, mikroszatellit-instabilitása; IHC, immunhisztokémia. CSV letöltése CSV
ATM IHC Matton MSI katalógusa ATM katalógusa mutáció katalógusa N katalógusa Negatív katalógusa Pozitív katalógusa NegativeNegative49768 (13,7 %) 429 (86,3%) Positive244 (16,7%) 20 (83,3%) Subtotal52172 (13,8%) 449 (86,2%) PositiveNegative237 (30,4%) 16 (69,6%) Positive5233 (63,5%) 19 (36,5%) Subtotal7540 (53,3 %) 35 (46,7%) Negative52075 (14,4%) 445 (85,6%) Positive7637 (48,7%) 39 (51,3%) Total596112 (18,8%) 484 (81,2%) 3. táblázat gyakorisága ATM protein expresszió alcsoportok szerint mikroszatellit instabilitás (MSI) állapotát, és ATM katalógusa intron mutáció.
CSV letöltése CSV}

klinikai és összefüggéseit ATM katalógusa gén mutációja GC katalógusa

GC betegek ATM katalógusa génmutáció jártak öregségi, nagy tumor mérete, távolabbi helyen, bél típusú, mélyebb invázió, és az alacsonyabb kiújulási arány. GC negatív betegeknél ATM IHC jártak idős kor, a nagy tumor méretét, valamint a közepesen differenciált típus, és a bél típusú Lauren besorolás (táblázat S1). Chi-négyzet próba ATM katalógusa génmutáció állapotát ATM IHC pozitív és negatív csoportok klinikai és patológiai változók végeztünk. Az ATM IHC negatív csoport, ATM katalógusa mutáció pozitív GC jártak öregségi (P = 0,032), és a távoli helyen (P = 0,045). Az ATM IHC pozitív csoportban, ATM katalógusa génmutáció járt jól vagy közepesen differenciált típusú GC (P = 0,022) (táblázat S1). Katalógusa

Túlélési analízis katalógusa

a Cox-féle arányos kockázati modellt használtuk mind egy- és többváltozós vizsgálatok. Az egyváltozós Cox regressziós elemzés a teljes túlélés és betegségmentes túlélés szignifikáns prediktív értéke egyes létrehozott prognosztikai tényezők, mint a nyirokcsomó-metasztázis, mélysége tumor, és Lauren osztályozása szövettani típus. A betegcsoport, akik adjuváns chemotherpy szignifikánsan magas relatív kockázat teljes (OS) és betegségmentes túlélés (DFS) (P < 0,001, relatív kockázat = 3,82 [95,0% CI, 2,81-5,18] OS és a P < 0.001, relatív kockázat = 5,63 [95,0% CI, 3,69-8,58] DFS). Azonban nincs szignifikáns trendeket relatív kockázata (RR) volt megfigyelhető ATM katalógusa intron mutáció, MSI, vagy ATM IHC veszteség. A többváltozós elemzés változók használatával mélysége tumor, nyirokcsomó státusz, Lauren besorolása a szövettani típus, adjuváns kemoterápia, ATM katalógusa intron mutáció, és az ATM-fehérje expresszióját végeztünk. ATM intron mutáció alacsonyabb relatív kockázat a szignifikancia határán a teljes túlélést (p = 0,05, relatív kockázat = 0,60, [95,0% CI 0,36-1,00]) (4. táblázat). Matton Teljes túlélés katalógusa
Disease Free Survival Cégkatalógus relatív kockázat katalógusa 95,0% CI katalógusa P érték katalógusa N Matton relatív kockázata
95,0% CI katalógusa P érték katalógusa N
előrehaladott gyomorrák Cancer8.263.00-22.750.005965.051.81-14.130.00544Lymph csomópont positive6.663.47-12.770.005963.201.58-6.480.00544Diffuse típusú histology1.431.06 -1.940.025961.611.09-2.360.02544Adjuvant chemotherapy0.990.57-1.730.985962.171.00-4.720.05544 ATM katalógusa intron mutation0.600.36-1.000.055960.560.29-1.080.08544ATM fehérje loss1.190.82-1.730 .355961.100.67-1.810.70544Table 4. többváltozós Cox regressziós analízis.
CSV letöltése CSV

Vita katalógusa

Eredményeink azt mutatták, hogy a mutációk egy intron ismétlés a ATM katalógusa gén eredményez aberráns splicing, ami a 22 bp-s kiiktatást és ATM protein expresszió elvesztése GC sejtvonalakban. Ezek az eredmények összhangban vannak a korábbi jelentés [13] azonosítására vonatkozó Szplájszingszekvencia hiba a Mre11 katalógusa prekurzor átirat kapcsolódó mutációk egy poli (T) 11 ismétlés belül köztes szekvencia 4 (IVS-4), kizárólag MMR-hiányos rákos sejtvonalakban és primer tumorokban. Úgy találtuk, hogy az ATM protein veszteség GC korrelál a jelenléte intronic gén mutáció ATM katalógusa.

ataxia-teleangiectasia betegek 70% -90% a ATM katalógusa mutációk nonszensz, keret eltolódás, vagy toldás mutációk, darabolni a fehérje [16]. Szerint KOZMIKUS adatbázisok (http://www.sanger.ac.uk/cosmic) mutációkat kódoló régiójában ATM katalógusa gént fedeztek fel 5% (433 9249) a különböző rákos megbetegedések. Közülük gyomorrák megmutatta mutáció csak 1,35% (1 74). Bár ATM katalógusa gén mutációja GC jelentették korábban [3,9], átfogó magyarázatot korlátozta az alacsony frekvenciájú mutáció és viszonylag magas előfordulási funkcionális veszteség ATM [2]. Vizsgálatunkban mintegy 70% -a MSI pozitív GC szignifikáns ATM katalógusa gén mutációja intronic járó ATM fehérje veszteség. Eredményeink határozottan támogatja, hogy intronic mutáció a ATM katalógusa alapbetegségben MSI egyik fő mechanizmusa az ATM veszteség az emberi GC. ATM veszteség tulajdonítható aberráns splicing társított intronikus rövidülést MSI pozitív vastagbél-rákos sejtvonal. Ejima és munkatársai. keresett ATM
génmutációk segítségével 62 pár oligonukleotid primerek, amely megfelel a régió kezdve exon 4 keresztül exon 65 ATM
és szegélyező intronokat. Lerövidítése mononukleotid röpiratok ATM katalógusa intronok elszámolni 34 (87%) 39 intronic változásokat. Harmincegy közülük találtak a 5 vastagbél-tumorsejtvonalak rendelkező MSI (LS180, HCT15, HCT116, SW48, és LoVo). Azt is kimutatták, alacsony expressziója ATM protein MSI pozitív kolorektális rákos sejtvonalak [14]. Az ATM kifejezés jelentősen csökkent sok emlőrákok, és nem talált ATM katalógusa mutáció, amely sejtvonal [17]. Ez azt jelzi, különböző funkciók ATM
gén elváltozások között a gyomor-bél és mellrákot.

Amellett, hogy a mutációk, tumorszuppresszor gének lehet inaktiváljuk metilezésével citozin maradékok belül CpG-szigetek, amely található a promotor sok gén. ATM
gén egy új cél epigenetikai hangtompító keresztül nem megfelelő metilezése proximális promoter régió korrelál fokozottan sugárérzékenységet és alacsony fehérje expresszióját egy humán kolorektális tumor sejtvonal [18] és a humán glióma sejtvonal [18]. nélkül ATM katalógusa génmutációt. katalógusa

Az MSI célzás a ATM katalógusa gén jelentenek kapcsolatot MSI és a DNS javító GC. Számos tanulmány azt mutatják, hogy a funkcionális elvesztése ATM fokozott MSI és a humán ATM
gén egyik fő célpontja inaktiválásának MSI pozitív GC sejtvonalak és szövetekben [19,20]. Ennek oka az, feltűnően magas előfordulási ATM
gén intront mutáció MSI pozitív GC lehet köszönhető, hogy a mononukleotid ismétlődés (T) 15, és hossza 13 vagy több nukleotidból voltak különösen érzékeny e célzott lerövidítése [14 ]. A frekvencia ATM katalógusa gén leolvasási keret mutáció (T) 7-es exon 6 kódoló szekvencia MSI pozitív GC jelentették, hogy csak 6% (2/36) [8], amely jóval alacsonyabb, mint a megfigyelés.

Úgy tűnik, hogy az ATM-hiány érzékennyé teszi a sejteket a növekedést gátló hatása PARP inhibitor, olaparib, a gyomorrák sejtek csökkent ATM katalógusa kifejezés [21]. A poli (ADP-ribóz) polimeráz inhibitorok jelenleg klinikai vizsgálatokat ellen a különböző rákos megbetegedések, beleértve a vastagbél-karcinóma [22]. GC, ATM-hiány ismert, hogy egy előrejelzője válasz PARP inhibitor [23-25]. A marker a homológ rekombináció, Rad 51, ismert, hogy a prediktív markere neoadjuváns anthracylcine alapú kemoterápia emlőrákban [26], valamint a PARP inhibitor GC [24].

Eredményeink azt mutatták, hogy az ATM fehérje veszteség nem agresszív tényező GC, bár szignifikánsan összefügg a kedvezőtlen tendencia HR MSI negatív GC. Ez hasonló a többi tanulmány számol ATM fehérje veszteség, mint egy rossz prognosztikai faktor [20]. Vizsgálatainkban ATM katalógusa mutáció és ATM negatív GC volt különböző klinikai és patológiai jellemzői; Azonban ez a csoport nem mutatott túlélés különbség másokkal. MSI negatív csoport, HR GC ATM fehérje veszteség szignifikánsan magas, azonban az MSI pozitív csoportban, HR GC ATM fehérje veszteség nem volt szignifikáns. Ez azt jelzi, hogy az MSI potenciális molekuláris befolyásoló tényező biológiai viselkedése GC. Így a tanulmány alátámasztja, hogy az MSI állapota befolyásolhatja az érzékenységet PARP inhibitor érintő állapot DNS-károsodás válasz fehérje expressziója révén mononukleotid ismétli változtatások.

Összefoglalva, ATM katalógusa génmutáció GC 12,9%, és 33,0% -a GC ATM katalógusa génmutáció társul ATM fehérje veszteség. MSI pozitív GC megmutatta ATM katalógusa mutáció 69,7%. Eredményeink arra utalnak, hogy az eredmény az ATM veszteség és az érzékenység kemoterápiás vegyületet, olaparib, talán jobban érthető, ha az ügyek osztályozásának alapja a ATM katalógusa génmutáció állapot vagy MSI.

Következtetések katalógusa

A vizsgálat feltárta, ATM katalógusa gén intron mutáció jelen van a 69% -os MSI pozitív GC és 49% ATM katalógusa intron mutáció társul elvesztése ATM protein. Ezek arra utalnak, a ATM katalógusa gén mutációja intron célzott mikroszatellit instabilitás társul ATM fehérje veszteség egy részét a humán gyomorrák.

alátámasztó információk katalógusa táblázat S1.
klinikai és összefüggések a gyomorrák az ATM génmutációt és ATM fehérje expresszióját.
doi: 10,1371 /journal.pone.0082769.s001 katalógusa (DOCX) hotelben

• PLoS One: Előfordulási, prediktív tényezők, illetve klinikai kimenetelt az akut vese sérülése után gyomor műtét gyomorrák
• PLoS One: konvertálása microarray Signature egy diagnosztikai vizsgálat: A Trial of Custom 74 Gene Array Tisztázási és előrejelzése a gyomorrák prognózisa