PLoS ONE: mutacija Intronic pasikartojimai ir ataksija-telangiectasia mutavo (OEV) genas ir ATM baltymų praradimą pirminis navikas su MIKROSATELITŲ nestabilumas

Anotacija

ataksija-telangiectasia mutavo (OEV) yra Ser /Kt baltymų kinazės, kad vaidina labai svarbų vaidmenį DNR pažeidimai sukeltos signalizacijos ir inicijavimo ląstelės ciklo kontrolės punkto signalizacijos, reaguojant į DNR pažeidžiančiais preparatais, pvz kaip jonizuojančiosios spinduliuotės. Mes jau anksčiau pranešė, bankomatų baltymų praradimą imunohistocheminiu (IHC) 16% žmogaus skrandžio vėžys (GC) audinio. Mes iškėlė hipotezę, kad ATM
genas INTRON mutacijos taikiniu mikrosatelitiniai nestabilumo (MSI) sukelti bankomatų baltymų netekimas GC pogrupyje. Mes studijavo mononukleotido mutacijas ties intronas ATM
genas, bankomatas IHC ir MSI GC. Dešimt žmogaus skrandžio vėžio ląstelių linijos buvo tiriamas ATM
genų mutacija intronai, RT-PGR, tiesioginio sekvenavimo ir imunohistocheminiu. GC audiniai iš 839 pacientų buvo analizuojami MSI ir ATM IHC. Tarp jų 604 bylos buvo analizuojami ATM
mutacijos intronai ankstesnių Exon 6, Exon 10 ir Exon 20. Dvi žmogaus GC ląstelių linijas (SNU-1 ir -638) parodė, ATM
iNTRON mutacijos, išbraukta iš RT-PGR ir tiesioginio sekvenavimo ir bankomatų baltymų netekimas IHC. Į ATM
mutacijų, MSI ir ATM baltymų praradimo dažnis buvo 12,9% (78/604), 9,2% (81/882), ir 15,2% (134/839), atitinkamai. Analizė asociacijų tarp MSI, ATM genų mutacijos, ir bankomatų baltymų praradimo atskleidė labai bendrai esamų ATM
genų pakeitimus ir MSI. ATM
intronui mutacija ir bankomatų baltymų netekimas buvo aptikta 69,3% (52/75) ir 53,3% (40/75) MSI teigiamą GC. MSI pozityvumo ir bankomatų baltymų netekimas buvo pateikti 68,4% (52/76) ir 48,7% (37/76) GC su ATM introno mutacijos. ATM
mutacija ir bankomatų baltymų netekimas turėjo charakteristikas senatvės, distalinio vietą naviko, didelis naviko dydžio ir histologinis žarnyno tipo. Mūsų tyrimas gali būti aiškinama kaip kad ATM
geno mutacija intronas gali būti skirta MSI ir sukelti ATM baltymų praradimą pasirinktos grupės GC.

nurodomoji dalis: Kim SS, Choi SI min HL Kim MA Kim WH (2013) mutacija Intronic pasikartojimai ir ataksija-telangiectasia mutavo (OEV) genas ir ATM baltymų praradimą pirminis navikas su MIKROSATELITŲ nestabilumas , PLoS ONE 8 (12): e82769. Doi: 10,1371 /journal.pone.0082769

redaktorius: Hoguen Kim Yonsei universitetas medicinos koledžo, Korėjos Respublika

Įstojo: liepos 21, 2013; Priėmė: Balandis 27, 2013 m Paskelbta: Gruodžio 6, 2013

Visos teisės saugomos: © 2013 Kim et al., Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Attribution licencija, kuri leidžia nevaržomai naudotis, paskirstymo ir dauginimąsi bet kokioje laikmenoje sąlygomis, su sąlyga, kad pirmasis autorius ir šaltinis įskaitomos

Finansavimas:. Šis tyrimas parėmė pagrindinių mokslo tyrimų programa pagal nacionalinės mokslinių tyrimų fondo Korėjos (NRF), finansuojamą iš mokslo, IRT &ministerijos; Ateities planavimas (NRP-2012R1A1A2004648). Į finansuotojai neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, ar ruošiant rankraštį

konkuruojančių interesų.. Autoriai pareiškė, kad nėra konkuruojantys interesai egzistuoja

Įvadas

ataksija-telangiectasia mutavo (OEV) genas yra DNR žalą atsako (DDR) sudedamųjų dalių ir yra aktyvuojamas DNR dvigubos grandinės trūkio (DSBs) ir signalizuoja ląstelių ciklo kontrolės punkto sulėtinti ląstelių ištrauką per ciklą, kad būtų lengviau DNR remontas. Genas yra lokalizuota į chromosomos 11q22-23. ATM
genas yra labai didelis, apimanti genomo regione 150 KB, susidedantį iš 66 egzonų su kodavimo sekos 91668 bp.

ATM yra susijęs atsakymų į DSBs, kurie atsiranda fiziologiškai specializuotose ląstelių tipų, pavyzdžiui, lytinių ląstelių ir limfocitų. ATM baltymas padeda ląstelėms atpažinti pažeistà DNR grandinę. ATM baltymų koordinuoja DNR reparacijos aktyvuojant fermentus, kurie nustatyti skaldytų sruogų. Efektyvus remontas pažeistų DNR grandinę padeda išlaikyti ląstelės genetinės informacijos [1] stabilumą.

bankomatų praradimas buvo stebimas 16% žmonių GC audinio didelėje kohortos tyrimo [2]. Inaktyvacija iš ATM
geno gali būti dažnas įvykis žmogaus skrandžio vėžiu (GC) plėtra; Tačiau įvykiai, susiję su nuostolių, ATM
išraiška GC negalėjo paaiškinti mažo paplitimo ATM
mutacijos. Dauguma ATM
mutacijų nustatytų pirminių GC ląstelių linijų ir GC audiniuose buvo taškines mutacijas [3].

DNR neatitikimas remontas (MMR) sistema taiso klaidas, kurios gali kilti per DNR replikacija, kadangi homologiczne rekombinacijos ir ne homologiczne pabaigos sujungiant dalyvauja DNR DSB remontas. Mutacijos DNR DSB remonto genų, pavyzdžiui, Bankomatas, MRE11, RAD50, NBS1
ir , "ATR
, yra postuluojama vaidinti vaidmenį virškinimo trakto piktybinių navikų su sutrikusia MMR funkcija. Gaubtinės ir tiesiosios žarnų auglių, kurių sutrikusi MMR sistemos, mutacijos intronic mononukleotido kartojasi į ATM
ir MRE11
buvo nustatyta, kad sukelti nukrypusiu nuo normos sandūrų, po sumažinto išraiška laukinio tipo baltymų [4 ].

Maždaug 10% GC yra susijęs su mikrosatelitiniai nestabilumo (MSI). MSI remiasi pokyčių pagal nukleotidų kartojasi iš mikrosatelitinių regionuose esančių kodavimo regionuose genų skaičius ir rezultatų rėmelio mutacijų. MSI buvo nustatyti baltymų kodavimo regionus žinomų tikslinių genų, įskaitant , TGF-βRII, IGFIIR, BAX
[5-7] ir hRAD50
genai [8]. hRAD50, BLM
, ir BRACA1
genų turi poli (A) mononukleotido kartojasi per kodavimo regionuose, hMSH6
turi (c) 8 takų, NBS1
turi (a) 7 takus ir ATM
turi (T), 7 takus. Rėmelio mutacijos šių genų su kintančia sutrikimus anksčiau [9-11] pranešė.

Be sukauptų neutralių mikrosatelitinių sekų mutacijų minios MSI taip pat sukuria mutacijų vėžio genų, t.y. tose genų, kurie vaidina aktyvų vaidmenį daugiapakopį procesą kancerogenezėje. Nors pakartotinių sekos koduojančios srities genų yra trumpesnis nei paprastai mikrosatelitiniai lokusų naudojami genų žemėlapių, jų polinkis į vyksta spontaniškai dangą klaidų replikacijos metu yra vis dar didesnis nei nekartojimo sekų. Mutacijos, kurių intronic pakartoti buvo pranešta, kad sukelti sutrikusi išraišką MRE11
genas [12,13]. Polypyrimidine pakartoti mutacijos ATM
geno gali sutrikdyti tinkamą iRNR sandūrų [14]. Tačiau nėra įrodymų, kad įterpimo /išbraukta vyksta šiose nekoduojanti mononukleotido sekų paveikti įprastą bankomatų baltymų funkcija MSI susijusios GC. Žmogaus GC audinio su MSI, nuo dažnio, ATM
mutacija ir asociacija su baltymų funkcijos praradimo nesupranta aiškiai. Mes iškėlė hipotezę, kad mononukleotido takų pakitimus intronas iš ATM
genas yra susijęs su nuostolių ATM baltymų funkcijos GC su MSI.

Mes tyrėme mutacijas tuo intronic (T) 15 per ATM
genas, įstojusi seka (IVS) prieš Exon 6, kurių atsiranda ištrynimo egzono 6 22 bp žmogaus skrandžio vėžio ląstelių linijų , Šioje studijoje, mutacijos ATM
geno kartu su MSI akivaizdoje buvo išnagrinėti žmogaus GC ląstelių linijų ir pirminių GC audiniuose. Mūsų rezultatai parodė, kad ATM
genas intronui mutacija buvo dažnos GC su MSI ir buvo ženkliai susijęs su nuostolių ATM baltymų funkciją.

Medžiagos ir metodai

Etika pareiškimas

retrospektyva Tyrimas buvo atliktas naudojant mėginius per lentynos po patologinio diagnozę, ir visi mėginiai buvo anonimiški prieš tyrimą. Ši retrospektyvinė studija patvirtino institucinių ekspertizės valdyba Seulo nacionalinio universiteto ligoninė (H-1010-065-336) su atsisakymo informuoto sutikimo prie anonimizavimą būklės.

Mobilaus ryšio linijos ir audinių mėginių

Dešimt žmogaus skrandžio vėžio ląstelių lines- SNU-1 SNU-5, SNU-16, SNU-216, SNU-484, SNU-601, SNU- 620, SNU-638, SNU-668 ir SNU-719 buvo gauti iš Korėjos ląstelių linijos bankas (Seulas, Pietų Korėja). Visi ląstelių linijos buvo auginamos RPMI1640, papildytoje 10% vaisiaus galvijų serumo (FBS; Hyclone, Lorgan, UT, JAV) ir antibiotikų (100 V /ml penicilino G ir 100 ug /ml streptomicino) 37 ° C temperatūroje drėgnoje 5% CO _{2 inkubatorius. Ląstelių linija audinių masyvo Pristatymas pagamintas iš surinktų ir ilgalaikio žmogaus GC ląstelių linijų buvo gautas imunohistocheminis (Superbiochips, Korėja).}

formalinu fiksuotos, parafino-embedded GC audinio mėginiai iš 839 pacientų, kuriems buvo atlikta gydomoji pašalintas skrandis už pagrindinis skrandžio vėžio gydymas nuo 1 ^{St sausio, 2004 ir 31 St gruodžio 2005 Seulo nacionalinio universiteto ligoninės buvo surinkti. Pacientai įtraukiami 577 vyrai ir 262 moterys, kurių amžiaus vidurkis 57.6 metai (diapazonas: nuo 4 iki 87 metų). Informacija apie naviko vietą buvo gauta iš 835 atvejų: viršutinis trečdalis 109, viduriniame trečdalyje iš 323, mažesnis trečias 383, ir visą skrandį per 20 atvejų. Remiantis Lauren klasifikaciją, vėžio buvo histologiškai klasifikuojami kaip žarnyno tipo 381, difuzinio tipo 327, mišraus tipo 123, ir nenustatyta 8 atvejais. Iš 839 atvejų 165 buvo anksti GC 674 buvo išplėstas GC. Limfmazgių metastazės buvo pateikti 531 atvejais ir nėra 308 atvejų. Du šimtai keturiasdešimt penki pacientai buvo diagnozuotas I etapas, 254 kaip II etape 291 kaip III etape, ir 85, kaip IV stadijos. Pagalbinis chemoterapija po operacijos buvo atliekamos 533 pacientų, kuri apima 32 pacientų iš I etapas, 153 II etapo metu, 260 III etape ir 82 IV etapas. Vidutinė stebėjimo laikotarpio trukmė buvo 49,3 mėnesiai (diapazonas: 0-85 mėnesių). Vietinis pasikartojimo buvo pažymėta 185 (21,0%), toli metastazių 85 (9,6%), o mirtis bet 289 iš 882 pacientų (32,8%) priežastis. Pacientų išgyvenamumo duomenys, įskaitant datų ir mirties priežasčių, buvo gauti iš Korėjos centrinės vėžio registro ministerija, Sveikatos apsaugos ir gerovės, Korėja. Standartinė histopatologinė tyrimas apėmė vertinimą vėžio rūšies ir patologinės auglio stadijoje, atsižvelgiant į kriterijus, nustatytus 7-osios versijos į AJCC sustojimo Manual [15].}

DNR išskyrimo ir MSI nustatymas

vėžinių audinių mėginiai ant stikliukų buvo tiriamas šviesos mikroskopu. Naviko sritis, kurioje navikinių ląstelių kiekis viršytų ne mažesnis kaip 50% visų ląstelių šioje srityje minimalios ir susietą plotas įprastą gleivinės audinio, kuriuose nėra vėžinių ląstelių buvo pažymėta ir mėšlą su peilį. Pavogta audinių buvo surinkta 1,5 ml Microtube, kurių sudėtyje yra 50 pL audinių lizės buferiniame tirpale (0,5% Tween 20 [Sigma ", Sent Luiso, MO], 100 mmol Tris HCl buferiniame tirpale [pH 7,6], 1 mM EDTA ir 20 mikrogramų proteinazės K [ ,,,0],sigma]). Vamzdžiai buvo inkubuojamos 24 iki 48 valandų esant 55 ° C temperatūroje, kol audinių, kurių sudėtyje yra lizės buferio tapo aiški. Proteinazės K inaktyvuodavo inkubacijos 95 ° C temperatūroje 10 minučių, ir ekstrahuojamas DNR buvo laikomi -20 ° C temperatūroje, kol naudojimo. MSI buvo vertinama loci BAT25, BAT26, D2S123, D5S346 ir D17S250. Navikai buvo klasifikuojami kaip MSI +, kai bent 2 (40%) iš 5 mikrosatelitinius žymenų buvo susijęs su alelių pakitusios dydžio navikų DNR, palyginti su DNR iš ne-naviko audinio.

aptikimas mutacijų ATM
ne intronas mononukleotido atkartojami

PGR amplifikacija buvo atlikta 10 iL tūrio, kuriame yra 1 iL genomo DNR, 5 pmol Viename pirmyn ir atgal pradmenys, ir 5 pL Pašaro. Trisdešimt trys ciklai PGR atliekama su ciklo parametro 95 ° C temperatūroje 30 sekundžių, 30 s esant renatūracijos temperatūros tikslinga kiekvienu pradmenų porą ir 65 ° C temperatūroje 1 min, po 72 ° C temperatūroje, naudojant 10 min pratęsimo.

kitimas mononukleotido pakartoti ATM
geno buvo aptiktas naudojant PGR pagrįstas tyrimu. Genominės DNR buvo papildyta su primers- F-CCTTTTTCTGTATGGGATTATGG, R-TGAACATCTTGTGAAGGTTTCAG už exon6 (T) 15 (155 bp), F-TCCTTTTAGTTTGTTAATGTGATGGA, R-GCTGTTGGGGTAGAAGCTGA už exon10 (T) 15 (165 bp), ir F-GCCAATGGAAGATGTTCTTGA, R CATCTTGGTCACGACGATACA už exon20 (T), 15 (178 bp).

aptikimas nukrypusiu nuo normos sandūrų į ATM

viso RNR (2,5 mikrogramų) iš žmogaus skrandžio vėžio ląstelių linijų parengtus Trizol reagentas (GIBCO-BRL) buvo naudojamas pirmą kryptis sintezei su Viršutinis II atvirkštinės transkriptazės (GIBCO-BRL) ir oligo-D (T) _{12-18 gruntu. Reakcijos mišinio mėginys, esantis buvo amplifikuotas sintetinti įvairių segmentus ATM kDNR.}

PGR amplifikacija buvo atlikta 20 mikrol, tūrio, kuriame yra 1 pL atvirkSdiai Aranžuoti cDNR, 5 pmol kiekvieno iš priekinės ir atbulinės eigos pradmenis, ir 10 pL Pašaro. Trisdešimt penkių ciklų PGR atliekama su ciklo parametro 95 ° C temperatūroje 30 sek, 30 s esant renatūracijos temperatūroje tam tikros kiekvieno pradmenų porą ir 72 ° C temperatūroje 1 min, ir po to 72 ° C temperatūroje 10 min pratęsimo. PGR produktai buvo atliekama elektroforezė 2% agarozės gelyje, kurių sudėtyje yra Etidžio bromido ir vizualizuojami pagal UV šviesos. β-aktino buvo naudojamas kaip vidinis etaloninis tirpalas.

Trys RT-PGR pradmenų poros gautų iš ATM
sekas (GenBank NM_000051), naudojami buvo, F-TGGTGCTATTTACGGAGCTG ir R-TTCGAAAGTTGACAGCCAAA aptikti nuorašai egzono 5-7 (produkto dydis: 347 BP), F-TCCCTTGCAAAAGGAAGAAA ir R-TACTGGTGGTCAGTGCCAAA už Exon 9-11 (produkto dydis: 504 bp), ir F-TGGAGAAGAGTACCCCTTGC ir R-GATTGACTCTGCAGCCAACA už Exon 19-22 (produkto dydis: 415 BP ).

Sekos analizė

Sekos buvo atlikti dideoksi-DNR grandinės užbaigimą metodu, naudojant DNR sekvenavimo rinkinį (Applied Biosystems) ir ABI PRISM 310 Genetic analizatorių. Amplifikuoti PGR produktai buvo išvalytas fermentais naudojant presequencing rinkinį (Amersham Life Science, Cleveland, OH, JAV), pagal gamintojo nurodymus, o tada tiesiai sekos naudojant BigDye terminatorius metodą (Applied Biosystems Foster Miestas, CA, JAV). Sekos reakcijos buvo paleisti ABI 3100 automatizuota sequencer (Applied Biosystems, Biosystems Foster Miestas, CA, JAV) ir gauti buvo analizuojami naudojant DNR sekos nustatymą 3,7 programinę įrangą, duomenų (Applied BIOSYSTEMS Foster City, CA, JAV). Nauji duomenys buvo kaupiamos GenBank (prisijungimas numeris: KF704396)

imunohistocheminis

Atstovybės naviku blokas skyriai ir ląstelių linijos masyvo skyriai 4-mikronų storio buvo deparaffinized ir rehidratuoti balais. alkoholis. Antigenas paieškos buvo pasiekta slėgio -cooking mėginius į 0,01 mol /L citrato buferio 5 min. Triušis monokloninis antikūnas (klonas Y170 gauti iš Epitomics, Burlingame, CA, JAV) buvo naudojamas imunohistocheminiu. Bankomatas buvo tamsintas į normalų skrandžio gleivinės, stromos ląstelėse ir limfocitų branduolį. Intensyvumas buvo įvertintas kaip 0 (visiškai neigiamas), ± (abejotini dažymo, signalas stebimas tik didelės galios mikroskopija su × 40 okuliaro), + /3 (silpnas teigiamas), ++ /3 (vidutiniškai teigiamas) ir +++ /3 (labai teigiamas, beveik lygus limfocitų ir neutrofilų). Naudojant neigiamų atvejais kriterijai buvo nustatyti kaip mažiau nei 10% ląstelių dažytų kaip silpną teigiamą (+ /3), arba aukštesnės intensyvumo, tai yra, daugiau nei 90% ląstelių, rodančių visiškai neigiamą (0) arba dviprasmišką dažymo (±) [2 ].

Statistinė analizė

SPSS 15.0 paketu buvo naudojamas statistinės analizės. buvo naudojamas Chi kvadrato testas ir Cox proporcinės pavojai modelis. Visi P vertės yra dvipusio ir P vertes. ≪ 0,05, buvo laikomi reikšmingi statistiniai metodai šiame tyrime

Rezultatai

mutacija intronic mononukleotido kartojasi ATM geno žmogaus skrandžio vėžio ląstelių linijas

Tarp 10 žmogaus skrandžio vėžio ląstelių linijas, SNU-1 ir SNU-638 buvo apibūdinamas kaip MSI teigiamas ATM
genų mutacijų teigiamas ir ATM praradimo IHC. Be SNU-1 ir SNU-638, 22 bazinių porų išbraukta egzono 6 buvo aptiktas RT-PGR ir jis buvo patvirtintas vėliau sekų analizė (1 paveikslas). SNU-5, SNU-16, SNU-484, SNU-601, SNU-620, SNU-668, ir SNU-719 buvo MSI neigiamas ir turėjo laukinio tipo ATM
geną. Nors SNU-216 buvo MSI neigiamas, jis priglaudė mutacijų ATM
geno, ir turėjo stiprią bankomatų išraišką aptiktas IHC (1 lentelė).
MSI
ATM
geno mutacija intronic mononukleotido kartojasi
ATM
sekos
ATM
AT-PGR
bankomatų IHC
šikšnosparnis 26
šikšnosparnis 25
IVS 6
IVS 10
IVS 20
Exon 6
Exon 10
Exon 20
Exon 6
Exon 10
Exon 20
SNU-1 +++++ 22-BP delnono22-BP delnonoNegativeSNU-5 ----- nonononononoPositiveSNU-16 ----- ndndndnononoPositiveSNU-216 - +++ nononono nonoPositiveSNU-484-----ndndndnononoPositiveSNU-601-----ndndndnononoPositiveSNU-620-----ndndndnononoPositiveSNU-638+++++22-bp delnono22-BP del nonoNegativeSNU-668 ----- ndndndnononoPositiveSNU-719 ----- ndndndnononoPositiveTable 1. Mikrosatelitų nestabilumas statusas ir ATM
genų profiliai žmogaus skrandžio vėžio ląstelių linijų.
IVS, įstojusi seka; IHC, imunohistocheminis. CSV Parsisiųsti CSV

mutacija intronui mononukleotido kartojasi iš ATM
genų ir mikrosatelitiniai nestabilumo skrandžio vėžio audinio

iš intronic mutacijos dažnis, ATM
genas buvo nustatomas kaip 12,9% (78/604). Dažnumas ATM
geno mutacija buvo 9,3% (50/540) į intronas praėjusių IVS 6; 11,0% (59/534) į intronas praėjusių IVS 10 ir 8,8% (46/523) į intronas praėjusių IVS 20; tarp jų, IVS 6 IVS 10 sutapo 39, IVS 10 IVS 20 35, IVS 10 IVS 20 34, IVS 6, IVS 10 IVS 20 31 atvejais (2 lentelė). Į MSI pozityvumo dažniai buvo 9,2% (81/882), ir bankomatų baltymų nuostolis buvo 15,2% (134/839) mūsų tyrime GC. Be 596 atvejais buvo analizuojami tarp MSI asociacijos (2a pav), bankomatas genų mutacijos (2B pav) ir bankomatų baltymų netekimas (3 paveikslas). ATM
intronui mutacija ir bankomatų baltymų netekimas buvo aptikta 69,3% (52/75) ir 53,3% (40/75) MSI teigiamą GC. MSI pozityvumo ir bankomatų baltymų netekimas buvo pateikti 68,4% (52/76) ir 48,7% (37/76) GC su ATM introno mutacijos. MSI pozityvumo ir bankomatų intronui mutacija buvo aptikta 35,7% (40/112) ir 33,0% (37/112) GC su ATM baltymų praradimo (3 lentelė). ATM IHC rezultatų dažnis parodė žymiai didesnį bankomatų nuostolių iš MSI pogrupio teigiamas ir ATM
mutaciją GC (4a paveikslas). Trisdešimt trys iš 596 atvejų (5,5%) turi visus tris molekulinius funkcijas (4b pav.)
Kur
pasikartojimų (laukinio tipo) pervežimas INTRON mutacijos GC
Intron mutacija MSI teigiamą GC
Intron mutacija bankomatų IHC neigiamas GC
bankomatų
IVS 6 (T) _{1550/540 (9,3%) 42/50 (84,0%) 29/111 (26,1%), bankomatų
IVS 10 (t) 1559/534 (11,0%) 47/59 (78,7%) 29/111 (26,1%), ATM
IVS 20 (t) 1546 /523 (8,8%) 34/46 (73,9%) 22/107 (20,6%), ATM
IVS 6 arba IVS 10 arba IVS 20 (t) 1578/604 (12,9%) 53/76 (69,7%) 37/112 (33,0%) 2 lentelė Incidencies iš ATM
genas intronui mutacija skrandžio vėžio (GC)
IVS, įstojusi seka.; MSI Mikrosatelitinis nestabilumas; IHC, imunohistocheminis. CSV Atsisiųsti CSV
bankomatų IHC
MSI
, bankomatas
mutacija
N.
Neigiama
Teigiamas pervežimas NegativeNegative49768 (13,7 %) 429 (86,3%) Positive244 (16,7%) 20 (83,3%) Subtotal52172 (13,8%) 449 (86,2%) PositiveNegative237 (30,4%) 16 (69,6%) Positive5233 (63,5%) 19 (36,5%) Subtotal7540 (53,3 %) 35 (46,7%) Negative52075 (14,4%) 445 (85,6%) Positive7637 (48,7%) 39 (51,3%) Total596112 (18,8%) 484 (81,2%) 3. Stalo dažnumas ATM baltymų raiškos pogrupius pagal MIKROSATELITŲ nestabilumas (MSI) statusas ir , bankomatas
intronui mutacija.
CSV Parsisiųsti CSV}

Clinicopathologic koreliacijas, ATM
geno mutacija GC

GC pacientams, sergantiems ATM
geno mutacija buvo susijęs su senyvu amžiumi, didelis naviko dydžio, distalinio vietoje, žarnyno tipo, giliau invazijos ir apatinio pasikartojimo norma. GC pacientai su neigiamu ATM IHC buvo susijęs su senyvu amžiumi, didelis naviko dydžio, gerai ar vidutiniškai diferencijuotam tipą ir žarnyno tipo Lauren klasifikacija (lentelė S1). Chi-kvadrato testas, buvo atliekama bankomatų
genų mutacijų būklė ATM IHC teigiamų ir neigiamų grupių clinicopathologic kintamųjų. Į bankomatų IHC neigiamas grupės, ATM
mutaciją GC buvo susijęs su senyvu amžiumi (p = 0,032) ir distalinio vietoje (p = 0,045). Į bankomatų IHC teigiamą grupės ATM
geno mutacija buvo susijęs su gerai arba vidutiniškai diferencijuotam tipo GC (p = 0,022) (lentelė S1).

išgyvenimo analizė

Cox proporciniai pavojai modelis buvo naudojamas iš abiejų Vienaveiksnės ir daugiamatis bandymus. Vienmatės Cox regresinė analizė bendro išgyvenamumo ir ligų išgyvenamumą be parodė reikšmingą prognostinė vertė kai kurių nustatytų prognozinių veiksnių, tokių kaip limfmazgių metastazių, gylis naviko ir Lauren anketa klasifikaciją histologinis tipas. Pacientas grupė, kurie gavo adjuvantinis chemotherpy turėjo žymiai aukštą santykinę riziką bendras (OS) ir ligos reiškinių išgyventas laikotarpis (DFS) (p < 0,001, santykinė rizika = 3,82 [95,0% PI, 2,81-5,18] OS ir P < 0.001, santykinė rizika = 5,63 [95,0% PI, 3,69-8,58] už DFS). Tačiau jokių reikšmingų tendencijos santykinė rizika (RR), buvo pastebėta ATM
intronui mutacijų, MSI, arba ATM IHC praradimo. Daugiamatė analizė naudojant kintamuosius gylio naviko, limfmazgių būklė, Lauren anketa klasifikacija histologinis tipas, palaikomoji chemoterapija ATM
buvo atliktas intronui mutacija, ir bankomatų baltymų išraiška. Bankomatų intronui mutacija turi mažesnę santykinę riziką su pasienio reikšmę bendram išgyvenamumui (p = 0,05, Santykinis rizikos = 0,60, [95,0% PI 0,36-1,00]) (4 lentelė).
Bendras išgyventas

ligos reiškinių išgyventas
santykinė rizika
95,0% PI
P vertę
N pervežimas pervežimas santykinė rizika
95,0% PI
P vertę
N
Išplėstinė Skrandžio Cancer8.263.00-22.750.005965.051.81-14.130.00544Lymph mazgas positive6.663.47-12.770.005963.201.58-6.480.00544Diffuse tipo histology1.431.06 -1.940.025961.611.09-2.360.02544Adjuvant chemotherapy0.990.57-1.730.985962.171.00-4.720.05544 ATM
intronui mutation0.600.36-1.000.055960.560.29-1.080.08544ATM baltymų loss1.190.82-1.730 .355961.100.67-1.810.70544Table 4. daugiamatė Cox regresinė analizė.
CSV Parsisiųsti CSV

Diskusijos

Mūsų rezultatai parodė, kad mutacijos intronus pakartoti ATM
geno sukelti nukrypusiu nuo normos sandūrų, todėl ištrynimą 22 bp ir ATM baltymo ekspresija nuostolių GC ląstelių linijų. Šie rezultatai sutampa su ankstesnės ataskaitos [13] dėl tam sandūrų broką identifikavimo MRE11
pirmtakas stenograma susijęs su mutacijomis pagal poli (T) 11 Pakartokite per įsikišimo seka 4 (IVS-4), tik MMR trūkumas vėžio ląstelių linijų ir pirminių navikų. Mūsų rezultatai parodė, kad bankomatas baltymų nuostoliai GC gerokai koreliuoja su intronic genų mutacijų buvimą ATM
.

ataksija-telangiectasia pacientų, 70% -90% nuo ATM
mutacijos yra nesąmonė, rėmas perėjimas, arba sandūrų mutacijos, kad trumpinti baltymų [16]. Pagal kosminio duomenų bazių (http://www.sanger.ac.uk/cosmic), mutacijos kodavimo regionus, ATM
genas buvo aptiktas 5% (433 iš 9249) įvairių vėžio. Tarp jų skrandžio vėžys parodė mutacija tik 1,35% (1 iš 74). Nors ATM
geno mutacija GC buvo pranešta anksčiau [3,9], išsamus paaiškinimas buvo ribotas dėl mažo dažnio mutacijų ir gana didelis sergamumas funkcinės praradimo ATM [2]. Mūsų tyrimo duomenimis, apie 70% MSI teigiamą GC parodė reikšmingą ATM
genų mutaciją intronic, susijusias su bankomatų baltymų praradimo. Mūsų rezultatai tvirtai remia šį intronic mutacija ATM
su pagrindinės MSI yra vienas iš pagrindinių mechanizmų ATM nuostolių žmogaus GC. Bankomatų nuostoliai priskiriami nukrypusiu nuo normos sandūrų, susijusių su intronic sutrumpinimo į MSI teigiamų žarnos vėžio ląstelių linijų. Ejima ir kt. ieškoma ATM
genų mutacijos, naudojant 62 porų oligonukleidų pradmenys, atitinkančius regiono svyruoja nuo egzono 4 per egzono 65 ATM
ir jos gretutinių intronai. Sutrumpinimas mononukleotido nedirbamos ATM
intronai sudarė 34 (87%) 39 intronic pokyčius. Trisdešimt vienas iš jų buvo rasti 5 dvitaškis-vėžinių ląstelių linijų, turinčių MSI (LS180, HCT15, HCT116, SW48 ir Lovo). Jie taip pat parodė mažą raišką ATM baltymų MSI teigiamų storosios žarnos vėžio ląstelių linijų [14]. ATM išraiška yra gerokai sumažintas daugelyje krūties karcinoma ir nerado ATM
mutacija, kad ląstelių linijos [17]. Tai rodo skirtingas savybes ATM
genų pakitimai tarp virškinimo ir krūties vėžio.

Be mutacijų, auglio slopinamojo genai gali būti inaktyvuoja metilinimo Cytosine likučių per CpG salų, esančių į propaguotojas daug genų. ATM
genas yra naujas taikinys epigenetinio nuslopinami dėl netinkamo metilinimo savo proksimalinės promotoriaus regione koreliuoja su padidėjusia Radioczulość ir mažas baltymų raiškos žmogaus storosios žarnos vėžinių ląstelių linijos [18] ir žmogaus gliomos ląstelių linijos [18]. be jokių ATM
genų mutacijų.

MSI nukreipti į ATM
geno sudaro ryšį tarp MSI ir DNR reparacijos GC. Keletas tyrimų rodo, kad funkcinis praradimas ATM yra didesnė MSI ir žmogaus ATM
genas yra pagrindinis tikslas aktyvumo mažinimo MSI teigiamas GC ląstelių linijų ir audinių [19,20]. Dėl stulbinamai didelis sergamumas, ATM
genas intronui mutacija MSI teigiamą GC gali būti dėl to, kad mononukleotido kartojasi (T) 15, ir 13 nukleotidų ar daugiau ilgio priežastis buvo itin jautrūs tai skirta sutrumpinti [14 ]. Iš ATM
genas rėmelio mutacija (T), 7 Exon 6 kodavimo seka MSI teigiamą GC buvo pranešta dažnis yra tik 6% (2/36) [8], kuris yra daug mažesnis nei mūsų stebėjimu.

Jis pranešė, kad bankomatas trūkumas sensitizes ląstelių augimo slopinantis poveikis PARP inhibitorius, olaparib, skrandžio vėžio ląstelių riboto ATM
išraiška [21]. Poli (ADP ribozės) polimerazės inhibitorių šiuo metu įvertintas klinikiniuose tyrimuose prieš vėžio įvairovė, įskaitant gaubtinės žarnos vėžio [22]. GC, ATM trūkumas yra žinoma, kad atsako į PARP inhibitoriaus [23-25] prognozuoti. A homologinės rekombinacijos žymeklis, Rad 51, yra žinoma, kad galima prognozuoti žymuo neoadjuvantas anthracylcine pagrindu chemoterapijos krūties vėžio [26], taip pat PARP inhibitorius GC [24].

Mūsų rezultatai parodė, kad bankomatas baltymų netekimas yra ne agresyvus veiksnys GC, nors jis yra reikšmingai susijęs su nepalankia tendencija vyriausiojo įgaliotinio MSI neigiamas GC. Tai galima palyginti su kitų tyrimų, kad pranešti apie bankomatų baltymų praradimą kaip nepageidaujamas prognostinis faktorius [20]. Mūsų studijų ATM
mutacija ir bankomatų neigiamas GC turėjo skirtingas clinicopathologic charakteristikas; Tačiau, ši grupė neparodė išgyvenimo skirtumas su kitais. Be MSI neigiamas grupės HR GC su ATM baltymų praradimo buvo gerokai didelis, tačiau MSI teigiamą grupės HR GC su ATM baltymų praradimą nebuvo reikšmingas. Tai rodo, kad MSI yra potencialus molekulinės veiksnys, lemiantis biologinis elgesį GC. Taigi, mūsų tyrimas parodė, kad MSI statusas gali įtakoti jautrumą PARP inhibitorių iki paveikti DNR pažeidimai atsakas baltymų ekspresijos būklė per mononukleotido kartojasi pakeitimus.

Apibendrinant, ATM
geno mutacija GC yra 12,9%, o 33,0% GC su ATM
geno mutacija yra susijęs su bankomatų baltymų praradimo. MSI teigiamas GC parodė, ATM
mutaciją į 69,7%. Mūsų rezultatai rodo, kad ATM nuostolių ir jautrumo chemoterapinių junginio, olaparib rezultatas, gali būti geriau suprantama, jei bylos sluoksniuojant remiantis ATM
genų mutacijų būklė arba MSI.

Išvados

Mūsų tyrimas atskleidė, ATM
genas intronui mutacija būna 69% MSI teigiamą GC ir 49% ATM
intronui mutacija yra susijęs netekimo ATM baltymų. Tai rodo, ATM
genas intronui mutacija taikiniu mikrosatelitiniai nestabilumo yra susijęs su bankomatų baltymų praradimą dėl žmogaus skrandžio vėžio pogrupyje.

Parama Informacija
S1 lentelėje.
Clinicopathologic koreliacijas skrandžio karcinoma su ATM genų mutacijų ir ATM baltymų išraiška.
Doi: /journal.pone.0082769.s001
(docx)
10,1371

• PLoS ONE: sergamumas, Nuspėjamasis veiksniai ir Klinikiniai rezultatai ūminio inkstų pažeidimo po skrandžio operacijos skrandžio Cancer
• PLoS ONE: Konvertavimas mikrogardeliq Parašas į diagnostinį testą: pagal užsakymą 74 Gene Array Bandomoji paaiškinti ir prognozavimo skrandžio Cancer