PLO-ON: Gene Expression Potpis stečene kemijska otpornost na cisplatin i fluorouracil kombinirana kemoterapija u rak želuca Patients

Sažetak

Pozadina pregled

Mi smo pokrenuli budućeg suđenje za identifikaciju transkripcije promjene povezane s stečene kemoterapije otpornost od prije i nakon biopsije uzorka iz istog pacijenta i otkriti potencijalne molekularni putevi koji su uključeni u neuspjeha liječenja kako bi voditi terapijske alternative. pregled

Metodologija /glavne nalaze

a budući, visoke propusnosti transkripcijski profiliranje istraživanje je provedeno pomoću endoskopske biopsije uzoraka iz 123 metastatskih pacijenata s rakom želuca prije cisplatina i fluorouracil (CF) kombinirane kemoterapije. 22 pacijenata koji su u početku su odgovorili na CF ponovno su biopsije nakon što su razvili otpornost na CF. Stečena kemoterapija otpor potpis je identificiran analizom profila genske ekspresije iz odgovarao pre-i post-CF liječi uzoraka. Pregled

stečena otpornost potpis bio u stanju odvojiti poseban skupinu od 101 novo-dijagnosticiranih bolesnika s rakom želuca prema vremenu do progresije nakon CF. Hijerarhijski klastera pomoću 633-gen stekli otpornost na potpis I (izbor svojstava P izvoznici < 0,01) odvoji 101 predtretmana uzoraka pacijenata u dvije skupine s bitno različitim vremenima do progresije (2,5 vs 4,7 mjeseci). Ovaj 633-gen potpis uključen doreguliranje AKT1
, EIF4B pregled i RPS6 pregled (mTOR put), geni za popravak DNA i metabolizam lijeka, te je obogaćen za gene izraženo u embrionalnih matičnih stanica potpisa. 72-gen stečena otpornost potpis (podskup potpis na 633 gena također identificiran u ES stanica povezanih setova gena) bila samostalna predskazatelj vremena do progresije (prilagođen P pregled = 0,011) i opstanka (prilagođen p pregled = 0,034) od tih 101 pacijenata. pregled

Zaključak /Značaj pregled

Ovaj potpis može ponuditi nove uvide u identificiranju nove ciljeve i terapijama koje su potrebne za prevladavanje stečena otpornost raka želuca za CF. pregled

Citation: Kim HK, Choi IJ, Kim CG, Kim HS, Oshima A, Michalowski A, et al. (2011) A Gene Expression Potpis stečene kemijska otpornost na cisplatin i fluorouracil kombinirana kemoterapija u rak želuca bolesnika. PLoS ONE 6 (2): e16694. doi: 10,1371 /journal.pone.0016694 pregled

Urednik: Alfons Navarro, Sveučilište u Barceloni, Španjolska pregled

Primljeno: 10. rujna 2010. godine; Prihvaćeno: 24. prosinca 2010; Objavljeno: 18. veljača 2011 pregled

Ovo je otvorenog pristupa članak distribuirati pod uvjetima deklaracije Creative Commons Public Domain koja kaže da, jednom stavljen u javnoj domeni, ovaj rad može slobodno reproducirati, distribuirati, prenositi, mijenjati, izgrađena na, ili na drugi način koristiti bilo tko za bilo koju zakonitu svrhu pregled

Financiranje:. Ovaj rad je podržan u sklopu koje je National Institutes of Health unutar škole programu Centra za istraživanje raka, National Cancer Institute; Korean National Cancer Center Grant 0910570 i Programa konvergira Research Center putem Ministarstva obrazovanja, znanosti i tehnologije (2010K001121). U financijeri nisu imali ulogu u studiju dizajna, prikupljanja i analize podataka, Odluka o objavi, ili pripremu rukopisa pregled

U konkurenciji interese.. Autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled

Uvod pregled

Razumijevanje kako tumori razvijaju na molekularnoj razini, kako bi prevladali toksični učinci kemoterapije je ključan korak u razvoju terapeutskih pristupa koji će spriječiti ili nadvladati kemijska otpornost. Međutim, zbog teškoća u dobivanju serijske biopsije tumora od pacijenata u različitim fazama terapije, identifikacija molekularnih promjena koje se javljaju kao tumori postali otporni na terapiju je uznemirujući problem. Serijski prikupljanje uzoraka solidnih tumora iz istih pacijenata je vrlo teško u kliničkim uvjetima, ali rak želuca daje jedinstvenu priliku za ovu svrhu, budući da je često u početku reagirati na kemoterapiju i ponovljeni endoscopies može se izvesti za praćenje odgovora tumora na kemoterapija. pregled

U ovoj studiji, endoskopska biopsija uzorci prikupljeni su od pacijenata s rakom želuca. Identificirali smo Gene Expression potpis za stečena kemijska otpornost na cisplatinom i fluorouracil (CF) kombinirane kemoterapije, usporedbom uzoraka prikupljenih prije CF terapiju uzoraka uzetih iz istog bolesnika u vrijeme otpora CF razvijen na temelju objektivne kliničke progresije. Takvim pristupom bi se mogla identificirati molekularne kandidata koji eventualno mogu dovesti do razvoja novih ciljanih terapija za rak želuca. Važno je, također otkrili da stečena kemijska otpornost potpis bi mogao utvrditi da li novodijagnosticiranih bolesnika s rakom želuca će imati kratak ili više održiv odgovor CF terapiju. Budući da je stečena otpornost potpis već je visoko zastupljena u nisu reagirali, a da je malo vjerojatno da će brojni izraz promjene koje nastaju na globalnoj razini će se razvijati u relativno kratkom vremenskom periodu, naši rezultati pojavljuju podržati konvencionalne, klonsku izbor modela progresija tumora i stekao kemijska otpornost [1]. Identificiranje biomarkera koje razlikuju pacijenata oboljelih od raka koji će ili neće imati koristi od citotoksične kemoterapije uvelike će poboljšati kliničko upravljanje. Iako su studije koje koriste velike propusnosti transkripcije profiliranje prije liječenja biopsija uzoraka pokušali identificirati takve prediktora, izvođenje ovih prediktora je mješoviti [2]. U dijelu, to može biti zbog poteškoća u identificiranju robustan genske potpisa u tumorima iz populacije s velikim genetskih varijacija. Naši podaci pokazuju da je ekspresija-profiliranje uzoraka posttreatment mogao biti moguć alternativni pristup. Pregled

Neke studije pokazale su da su tumori koji se razvijaju kemijska otpornost može steći određena svojstva svojstvene matičnih stanica, a to kemoterapije liječenje dovodi do istodobne obogaćenja raka matične stanice In vitro pregled [3]. Mi dalje pokazuju da je stečena otpornost potpis obogaćen za gene prethodno utvrđene u embrionalne matične (ES) ekspresije stanica potpisa, što dodatno ukazuje na to da za rak želuca, kemijska otpornost proizlazi iz odabira već postojećih stanica s određenim karakteristikama matičnih stanica. Pregled

Materijali i metode

Pacijent razgraničenja i follow-up pregled

Ovo je dio potencijalnog suđenja odobren od strane Institutional Review Board (IRB) u Nacionalnom bolnice Cancer Center u Goyang, Koreje (NCCNHS01-003). Svi sudionici potpisali IRB-odobreni obrazac informiranog pristanka. Pravo na upis na studije uključene sljedeće parametre: 1) dobne ≥18 godina; 2) histološki potvrđene želučane adenokarcinom; 3) klinički dokumentirano udaljenih metastaza; 4) nema prethodnih ili popratne zloćudne bolesti osim raka želuca; 5) bez prethodnog povijest kemoterapije, bilo pomoćno sredstvo ili palijativna; i 6) odgovarajuća funkcija svih glavnih organa. Pacijenti koji su izgubljeni za praćenje prije dovršetka 6 ciklusa kemoterapije, osim dokumentiranih progresivne bolesti, isključeni su iz analize. Pregled

Naša prospektivno ispitivanje imala 2 cilja. Prvi je cilj, a to je u središtu drugog papira [4], bio je razvoj genomske prediktor za početnu kemoterapije odgovor povezivanjem izraza profiliranje podataka o uzorcima prije liječenja s kliničkom ishodu ( unutrašnji otpor studija
). Veličina uzorka suđenja bio planiran na temelju tog prvog cilja. Za trening seta, 91 događaji su procijenjeni koje se zahtijevaju na a = 0,001, P = 0,05, τ (standardnu ​​devijaciju log intenziteta) = 0,75, a δ (omjer rizika povezan s jednim jedinica promjenom intenziteta log) = 2. Dakle, 96 uzoraka za predobradu prikupljeni su od kolovoza 2001. do siječnja 2005. godine, kao i trening seta (za unutrašnji otpor studija Netlogu). Druga skupina od 27 prihvatljivih pacijenata upisana kao kohorte niz validacije od veljače 2005. do travnja 2006. godine, koji uključuje 22 bolesnika liječenih CF i 5 bolesnika liječenih cisplatinom plus oralnog kapecitabinom (a fluorouracila pro-lijek smatrati ekvivalentom fluorouracil; CX ). CX terapija je pokazao da je terapeutski ekvivalentna CF režim za metastatskog karcinoma želuca [5]. Pregled

Drugi cilj našeg potencijalnog suđenja, s kojom se bavi analizama prikazanih u ovom radu bio je utvrditi ekspresiju gena potpis za stečena kemijska otpornost usporedbom uzoraka prije i nakon liječenja u kliničkim odgovorom ( stečena otpornost studija pregled). Nakon početnog endoskopske biopsije, svi pacijenti studije su potencijalno liječiti i slijede. Pacijenti su tretirani s cisplatin (60 mg /m ^{2, D1) u kombinaciji s bilo fluorouracil (1 g /m 2 od 5 dana; n = 118) ili kapecitabin (Xeloda, Roche, 1,250 mg /m 2 ponuda za 2 tjedna; n = 5) 5 svaka 3 tjedna. doze kemoterapije su smanjene, ovisno o toksičnosti i stanja performansi pacijenta. Specifična modifikacija doze sheme za sljedeći ciklus liječenja bili u diskreciji zaduženog onkolog. Raspored tretman za fluorouracila se može skratiti po nahođenju onkolog od 5 do 3 dana za starije bolesnike (≥70 godina) ili bolesnika s lošeg stanja performansi (Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG) status performanse ≥2). Abdominalna spiralne kompjutorska tomografija (CT) skenira su provedena za sve pacijente u 3 ciklusa kemoterapije ( tj.
, 9 tjedana). Cilj odgovor je zabilježen u bolesnika s mjerljivim bolesti sukladno Svjetska zdravstvena organizacija (WHO) kriterija [6]. Djelomični odgovor (PR) je definirana kao nešto više od 50% -tno smanjenje u zbroju produkata 2 najvećih okomitih promjera mjerljivih lezija za najmanje 4 tjedna, ali potvrda CT nije bio rutinski izvodi 4 tjedna nakon početne dokumentacije PR. pregled}

bilo je 38 bolesnika s PR među 96 trening set (od unutrašnji otpor studija Netlogu). Bolesnici s PR doživio je opaženo praćenje biopsije kod progresije vremenskom bolesti ( tj.
, Progresivne bolesti prema kriterijima WHO), koji se navode kao "chemoresistant državu". Odgovarajuće uzorci biopsije od tumora u chemoresistant države bili su dostupni od 22 bolesnika s javnošću (57,9%). Kemijska otpornost državne uzorci biopsije ostalih 16 bolesnika (42,1%) ne može biti profilirana ili zbog neadekvatnog RNA Količina /kvalitete ili odbijanje pacijenata. Nije bilo razlike u dobi, spola, histološkom tipu, vremenu do progresije (TTP), a ukupno preživljenje između 22 re-biopsije bolesnika i ostalih 16 pacijenata koji su imali PR, ali nisu ponovno biopsija. Uzorci su prikupljeni najmanje 2 tjedna nakon zadnje doze fluorouracila i
prije nego što su počeli drugi linija kemoterapije, kako bi se umanjili bilo akutnih učinaka lijekova na ekspresiju profilu.

Dva komada glomazno-normalni uzorci želučane sluznice tkiva su također prikupljeni iz antruma 21 zdravih dragovoljaca (tablica S1). pregled

Identifikacija stečene otpornosti potpis CF

Endoskopski biopsije su izvedena da bi se dobio novi tkiva , Pet do deset dijelova svježeg tumorskog tkiva su dobivene iz ne-nekrotičnom dijelu tumora pomoću velikih šalica biopsija kliješta promjera 7,3 mm (Olympus FB-24K-1, Olympus, Tokyo, Japan). Zatim dobiveni svježe tkiva su zamrznuti u tekućem dušiku unutar 15 minuta od prve berbe biopsije. Uzorci tkiva koje sadrže najmanje 50% tumorskih stanica su obrađeni za RNA kao što je prethodno [7] opisano. Jedan mikrogram ukupne RNA pojačan hibridizira s HG-U133A uloška polja, u skladu s protokolom proizvođača (Affymetrix, Santa Clara, CA). Svi podaci su izraz mikropostrojima je dostupan na Gene Expression Omnibus (GEO) baze podataka (pristupni broj GSE14210, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo) [TRENUTNO, recenzent pristup samo: http: //www.ncbi .nlm.nih.gov /geo /upit /acc.cgi token = rtgnlocqoqeiwtw & acc = GSE14210]. Gene Expression podaci microarray su normalizirani Robusna čipova Average (RMA) pomoću R2.6. Prije i poslije CF izraz podataka iz 22 rebiopsied su reagirali su normalizirani neovisno od podataka o ekspresiji od posebnu skupinu od 101 ne-rebiopsied pacijenata. Microarray podaci su analizirani pomoću BRB ArrayTools (verzija 3.6, Nacionalni institut za rak, http://linus.nci.nih.gov/BRB-ArrayTools.html) [8].

promjene ekspresije gena koji ističu početna transkripcijski status tumora od gene Expression uzoraka nakon što je tumor postao chemoresistant određeni su za 22 bolesnika s dokumentiranom početne odgovor (PR) u CF terapije. Usklađeno mikropostrojima podaci su u odnosu između uzoraka dobivenih prije CF liječenje i uzoraka prikupljenih nakon otpornosti na terapiju razvio. Ovi podaci su analizirani pomoću klase usporedbu algoritam BRB-ArrayTools (slučajna odstupanja modela), koji izračunava paru t pregled -test za svaki gen korištenjem RMA-sažeti log-intenzitete za Affymetrix U133A polja. Geni različito izražena između tih 22 uparenih uzoraka definiranih stečena otpornost na potpis. Na izbor svojstava P pregled-vrijednost razgraničenja od 0,05 i 0,01, izračunat je permutacija P vrijednost, što je udio od slučajnih permutacija koje identificiraju sličan broj značajnih gena koji se nalaze kada se uspoređuju istinske klase oznake. pregled

Vrijeme do progresije je nanesena uporabom Kaplan-Meier metodi. Log-rank test je korišten za određivanje razlike između krivulja preživljavanja. Wald-ov test je korišten za procjenu statističke značajnosti omjera Cox opasnosti. Multivarijabilni regresijske analize provedene su pomoću modela proporcionalna opasnost Cox. Sve ove analize provedene su pomoću SPSS (verzija 15.0, SPSS Inc., Chicago, IL). Multivarijabilno redni logistička regresijska analiza je provedena pomoću za SAS (verzija 9.1.3, SAS, Cary, NC), procijeniti povezanost između 72 gena prediktivni indeksa i radiografskog odgovoru. Pregled

Transkripcija faktorska analiza pregled

transkripcija faktor analize provedene su u potrazi za obogaćivanje transkripcijski faktor ciljeva u genima koji obuhvaća stečena otpornost na potpis (BRB-ArrayTools). Svi geni upita u ovoj analizi algoritmu su katalogizirani za transkripcijski faktor koji reagiraju kategorije na temelju eksperimentalno potvrđenih faktora transkripcije brzinu. Transkripcijski faktor koji vežu informacije gradiva u transkripcijski regulacijski element baze podataka (TRED) [9] se koristi za uklanjanje ciljeva bez eksperimentalne provjere. Pregled

Analiza microarray podataka javnosti DNK iz kirurški liječenih bolesnika s rakom želuca pregled

javno dostupne mikropostrojima podataka za liječene kirurški želučanih bolesnika generirani od strane Stanford funkcionalne genomike Objekt također su dobiveni iz NCBI GEO baze podataka (GSE4007) i uključeno oko 30.300 gena zajedničko ovim bazama podataka. Podaci microarray stvorene su i normalizirane kao što je opisano u Leung i sur
[10]. Hrpa efekti u ekspresiji gena su uklonjene sa sondom mudar znači centriranje i nestalih podataka su uračunati metodom u prosjeku najbližeg susjeda [11]. Niz cDNA klonova su označeni pomoću izvora (Stanford Microarray baze podataka), a Entrez GeneID se koristi kao identifikator mapiranja za Affymetrix HG-U133A polje. Pregled

Gene set usporedba analizira

Set gena usporedba alat analizira korisnički definirane skupove gena za diferencijalne ekspresije među unaprijed definiranim klasama izvora podataka. Za svaki izvor naziv, P pregled-vrijednost se izračunava za svaki gen povezala razinu ekspresije vs. Pregled, vrijeme preživljenja korištenjem proporcionalnih rizika modela (ili za diferencijalne ekspresije između unaprijed definiranih klase, ovisno o prirodi fenotip), generira rangirani popis gena danog BRB-ArrayTools projekta. Za skup n pregled gena, statistika LS se definira kao srednji negativan prirodni logaritam P
-values ​​od odgovarajućih jednom genu univarijatne testove [12]. Sažetak statistike računa se da rezimira to P
vrijednosti preko korisnik-definiran set gena; statistika sažetak je prosjek log ( P pregled) za sažetak LS kako P
vrijednosti razlikuju od jednolike raspodjele za LS [12]. Statistika sažetak se odnosi na distribuciju sažetak statistike za slučajnih uzoraka n pregled, geni, uzeti uzorci od onih predstavljeni u nizu. Ovdje N pregled je broj gena u korisnički definiranim skupom gena. 100.000 slučajnih seta gena uzorkovane su izračunati ovu distribuciju. LS P pregled vrijednost je udio slučajnih kompleta n pregled gena s manjim prosječnim skraćenom statistiku od LS sažecima izračunatim za stvarne podatke. Ovaj pristup se koristi za razne vrste korelacije između razine genske ekspresije i fenotipa. Priroda fenotipa (na primjer, vrijeme preživljavanja ili binarnih pokazatelja) određuje način na koji se gen specifičan P
vrijednostima izračunatim. An LS P pregled vrijednost manja od 0.005 koja se smatraju signifikantna. Pregled

Identifikacija raka želuca specifična potpis i želuca diferencijaciji raka potpisa

Ukupna RNA izolirana je iz zamrznutih endoskopskih uzorci biopsije od antralnog sluznice prikupljeni iz 21 zdravih dobrovoljaca i analiziran microarray kao što je prethodno opisano. Kako bi se identificirali želučanog raka specifičan potpis, usporedili smo podatke izraz iz 21 normalnih uzoraka s 101 uzoraka od pacijenata prije uzoraka za kemoterapiju (osim 22 rebiopsied pacijente koji se koriste za razvoj stečena otpornost na potpis) pomoću klase usporedbu algoritama BRB- ArrayTools. pregled

od 101 bolesnika, 41 bolesnika je imalo crijevnu histološki tip primarnih tumora Lauren i 60 imali su difuzne tip. Mješoviti tipa tumori su kategorizirani zajedno s difuznom tipa. Razlikovanje potpis je identificiran usporedbom podataka ekspresije gena od 41 uzoraka crijevne tipa s uzorcima 60 difuznih tipa pomoću klase usporedbu algoritama BRB-ArrayTools. Pregled

Generiranje stanica potpisa ES iz objavljuju podaci pregled

generirati niz gena korisnički definiranih za analizu naše usporedba gena, usvojili smo nekoliko popisa gena iz objavljenog rada Ben-Porath i sur
[13], u kojoj je nekoliko setova gena koja je povezana s identitetom ES stanica su izrađeni za analizu gena set usporedbu. Skupina " ES izraz postavljena pregled" je prethodno definirano Ben-Porath i sur pregled [13] kao i geni više-izraženih u ljudskim matičnih stanica u najmanje pet od ukupno 20 profiliranje studija [14 ]. Ovaj ES izraz set onda je izmijenjena [13], tako da su geni u "proliferacija" Gene ontologije i proliferacije klastera od raka dojke [13], [15] su bili isključeni i nazivaju es postaviti bez proliferacije gena
. Liste ciljnih gena za myc [16], SOX2 [17], OCT4 [17], NANOG [17], SUZ12 [18], EED [18], a H3K27 [18], koji su ključni faktori transkripcije u matičnim stanicama također su usvojene od Ben-Porath [13]. Ovi geni su izvorno identificirani od strane kromatina imunoprecipitacijom array studija [16] - [18]. Za naše gene set usporedba analize, Entrez ID [13] ciljnih gena su mapirani sonda set ID na HG-U133A polja (www.NetAffx.com). Pregled

Identifikacija 72-gena prediktivni indeks

Među 468 gena nadregulirani na chemoresistant stanju ( p izvoznici < 0,01), 72 jedinstvenih gena bili su članovi barem jednog od 4 objavljenom ES stanica povezanih setova gena
( " es postaviti bez proliferacije gena
" [13], [15], eksperimentalno-potvrđene myc transkripcijski faktor ciljni gen set (TRED MYC_T00140) [9] i ciljni geni myc i SOX2 identificirati kromatina imunotaloženje niz studija [16], [17]). Genomske prediktor (u daljnjem tekstu kao "72-gena prediktivni indeks") konstruirana je izračunavanje ponderirane linearne kombinacije log signala vrijednosti tih 72 jedinstvenih gena koji se preklapaju između stečene otpornosti potpis i " matične stanice povezanih setova gena pregled ". Univarijatnom t pregled -statistics za usporedbu klase (stečena chemoresistant vs.
Predobradu stanja) su korišteni kao utega. BRB-ArrayTools (predviđanja razred) se koristi za izračunavanje t pregled-vrijednost svakog gena. Prediktivna snaga 72-gena prediktivni indeks bio je testiran na vrijeme do progresije i opstanak pomoću Cox proporcionalnih rizika model. Pregled

Rezultati

Identifikacija stečenog otpornosti potpis CF pregled

Dvadesetdva pacijenta koji su pokazivali klinički odgovor (PR) CF terapiju su biopsije prije početka liječenja i nakon toga slijedi napredovanje bolesti nakon kemoterapije. Prije i uzorci nakon CF nisu bile značajno različite u postotku od tumorskih stanica i mjera kontrole kvalitete mikropostrojima podataka (Tablica 1 i Tablica S2). Medijan interval između 2 biopsija je 8.7 mjeseci (raspon interquartile, 6,4 do 12,6). Od permutacije P
vrijednosti su dosljedno manje od 0,05 na P
razgraničenja za izbor svojstava od 0,01 i 0,05 (permutaciono P
vrijednosti, 0,012 i 0,006, respektivno), to pokazuje da je ekspresija gena značajno se razlikuje između chemoresistant i prije liječenja stanja. Geni različito izražena između predobrade stanju 22 tumora koja se pokazala u početku reagiraju na CF kemoterapije i tumora istog bolesnika nakon što je razvio u stečena chemoresistant stanju su identificirani kao "stečena otpornost potpisa". 2.446 gene su identificirane na stečene otpornosti potpis s izborom značajkom P pregled i 0,05, a 633 gene su identificirane pomoću odabira značajka P pregled < 0.01. Najviše visoko zastupljene funkcionalna kategorija u stečene otpornosti potpis je sinteza proteina pregled (Tablica S3, domišljatosti Put Analiza [www.ingenuity.com]), što uključuje i AKT1
, ribosomalni podjedinica mRNA ( RPS6, RPL13, RPL14, RPL15, RPL18, RPL29, RPL3, RPL30, RPL4, RPS11, RPS19, RPS9 pregled) i eukariotske inicijaciju translacije faktori ( EIF4B EIF3D, EIF3E, EIF3F, EIF3H
). Akt /mTOR i Ras-MAPK signalizacije moduli su dvije najčešće studirali putevi koji pokazuju izniman utjecaj na translacijske propisu [19]. S obzirom na istodoban regulaciju ovih ključnih komponenti ovog puta ( AKT1 pregled ( P pregled = 0,0012), EIF4B pregled ( P pregled = 0.0089), i RPS6 pregled ( P pregled = 0,0009)) je PI3K /Akt /mTOR signalnog puta se pretpostavlja da se aktivira u stečena otpornost stanju (Slika S1). AKT1 je povezan s in vitro pregled cisplatin otpor [20] - [22]. inhibicija mTOR također je poznato da preokrenu in vitro pregled stečena otpornost na endokrinoj terapiji i EGFR inhibitori karcinoma dojke i pluća, respektivno [23], [24]. Budući da erbB2 pregled također je reguliran u stečene otpornosti potpis ( P pregled = 0,0065), erbB2 pregled može igrati ulogu u ranijim koracima Protein Synthesis
su povezane s gena putem aktivacije mTOR staze [25]. pregled

faktora transkripcije gena set usporedba analiza je pokazala da je stečena otpornost potpis je obogaćen meta multiplih transkripcijskih faktora, uključujući set myc ciljnog gena (TRED MYC_T00140) [9] (Tablica S4). To je u skladu s mikročipa podataka u literaturi da je većina gena koji reagiraju na myc prekomjernu ekspresiju uključeni u makromolekulnim sinteze, prometa proteina i metabolizam, uključujući i 30 ribosomalnih protein gena [26]. Pregled

Stečena otpornost potpis segregates pacijenata prema vremenu do progresije bolesti nakon CF terapije, ali nije prognostički u bolesnika s rakom želuca liječeni samo operacijom pregled

željeli smo utvrditi da li izraz stečene otpornosti potpisa u želučanih tumora raka kod početne dijagnoze bila je predvidivih odgovora na CF terapiju. Izražavanje stečene otpornosti potpisom u posebnoj skupini od 101 non-rebiopsied pacijenata oboljelih od raka želuca je određena i odnosi se na klinički ishod pacijenata prema kojem glavni hijerarhijske klaster su grupirane pacijenti. U bolesnika bez oštećenja početku izmjerio dijagnostici, vrijeme do progresije (TTP) je mjereno od početka CF terapije u vrijeme kad je potrebna promjena u terapiji zbog progresije nedvosmislen bolesti. Hijerarhijski grupiranje uzoraka 101 prije liječenja provedena je pomoću 2446-gen stečena otpornost potpis na. Ishod, mjereno TTP bila značajno različita između pacijenata u svakoj od dvije osnovne skupine. Bolesnici u skupini s povećanom ekspresijom gena reguliran u na chemoresistant državi imali značajno kraće TTP od bolesnika s nižom ekspresijom tih gena (log-rank P pregled vrijednost = 0,033) (Slika 1A). Kako bi se dodatno procijeniti povezanost tih 2.446 gena s TTP od 101 pacijenata, također smo proveli analizu predviđanja rizika opstanak BRB-ArrayTools, u kojoj je cijela 10 puta proces križne provjere ponavlja korištenjem 2.446 gena i log rang test za TTP između dva predvidio rizične skupine dobiven za svaki slučajan skup podataka sa TTP podacima laganim među 101 pacijenata [8], [27]. Permutacija P pregled vrijednost za testiranje nulte hipoteze da ne postoji veza između 2.446 gena i TTP, što je rep području ovog null distribuciju izvan log-rank vrijednosti dobivene za stvarnim podacima, procijenjeno je 0,06 , što ukazuje na granični značaj udruge. Bolesnici u skupini s povećanom ekspresijom 468 gena reguliran u na chemoresistant stanju na P izvoznici < 0,01 i imala je znatno kraće TTP od bolesnika s nižom ekspresijom tih gena (log-rank P
vrijednost = 0,012) (slika 1B). Ovi rezultati sugeriraju da je stečena otpornost potpis odražava stvarnu molekularnu profil chemoresistant klonova, a ne nespecifičnih učinaka lijekova. Pregled

Također smo željeli dodatno baviti jesu li ti stečena potpisi otpor bili su prediktivni CF odgovora ili je predstavljao opći prognostičkog potpis koji mogao predvidjeti preživljavanje od 88 pacijenata s rakom želuca koji su liječeni kirurški sama, a ne kemoterapijom ^{10. Niti jedan od dva stečena otpornost potpisa (2.446 ili 633 gena) bila prediktivna za opstanak u kirurški liječenih bolesnika s rakom želuca korištenjem iste hijerarhijske metode određivanja klastera kao gore (log-rank P
vrijednosti, 0,84, odnosno 0,41 ). Dakle, stečena otpornost potpis je predvidivih odgovora pacijenta na CF, a ne samo prognostički za pacijente s rakom želuca u cjelini. Pregled}

U stekli otpornost na potpis dijeli mnoge značajke s unutarnje potpisom otpora, ali ne i sa želučanom cancer- specifičan potpis ili želuca diferencijacije karcinoma potpis pregled

Ove su stečene potpisa otpora uspoređeni su s unutarnje otpornosti na lijek potpisivanja posebnu skupinu od 101 ne-rebiopsied pacijenata, pomoću genske set usporedbe analizu BRB-ArrayTools [12] , Ukratko, ovaj algoritam izračunava P pregled-vrijednost za svaki od 2.446 gena u korelaciji razinu ekspresije vs. Pregled TTP tih 101 pacijenata koji koriste proporcionalnih rizika model. Onda je izračunao znači negativan prirodni logaritam P
-values ​​od pojedinačnih gena univarijatne testove (LS statistički ovog skupa 2.446 gena) i udio slučajnih kompleta 2.446 gena s manjim prosječnim skraćenom statistiku od LS sažeci izračunati za stvarne podatke (LS P pregled vrijednost). Ista analiza se ponavlja za 633 gena izabranih na P izvoznici < 0.01. U skladu s rezultatima hijerarhijskog grupiranja analize, stečene potpisi otpora Utvrđeno je da su se visoko obogaćeni u "intrinzičnu potpis otpora" u zasebnoj skupini od 101 bolesnika s CF-liječiti. LS ponovno uzorkovanje P
vrijednosti bile < 10 ^{-5 za oba korisnički definirane gen setovi odabranih s različitim odrezanim trapericama definirati stečena otpornost na potpis ( odnosno pregled, za 2.446 i 633 gena). Geni se preklapaju između stečenih i intrinzične potpisa otpora navedene su u tablici 2. Slika 2C b pregled grafički prikazuje da 468 gena regulira prema gore na chemoresistant stanju 22 rebiopsied bolesnika ( P izvoznici < 0,01) pokazuju saglasan prekomjerna ekspresija u ne-rebiopsied bolesnika s kraćim TTP, a 165 geni regulirani na chemoresistant stanju pokazati saglasan ekspresiju u bolesnika s dužim TTP.}

Korištenje sličan gen set usporedbu analize, stečene potpisi otpora uspoređeni su s pregled " rak želuca specifičan potpis
" i "želučane diferencijacije karcinoma potpis
" tih 101 pacijenata. Za usporedbu stečena otpornost na potpis " želučanog karcinoma specifičan potpis Netlogu", statističkog LS od 2.446 gena u stečene otpornosti potpisom procijenjena je izračunavanjem prosječne negativan prirodni logaritam P Netlogu -values ​​jedinstvenih gena univarijatne testove za diferencijalne ekspresije svake od 2.446 gena između 101 pacijenata oboljelih od raka želuca i 21 zdravih dobrovoljaca. Nema značajnog preklapanja u ekspresiji gena opažena je usporedbom stečena otpornost potpis na " želučanog karcinoma specifičan potpis Netlogu" (LS P pregled vrijednost = 0,96; tablica S5). Slično tome, nije bilo značajno preklapanje između 2446-gena stečene otpornosti potpisom i "želuca diferencijacija rak potpis pregled" da smo identificirali kroz usporedbu ekspresije gena između Laurenov intestinal- (n = 41), vs pregled difuzno tipa (n = 60) tumori, bilo (LS P pregled vrijednost = 0,024 Tablica S5). Ovi rezultati sugeriraju da je stečena otpornost potpis predstavlja skup gena nereguliranom u suradnji s kemijska otpornost, a ne raka općenito. Pregled

Stečene otpora potpis dionice mogućnosti sa matičnih stanica potpisa pregled

S obzirom da je složene regulatorne mreže u matičnim stanicama mogu se najbolje detektirati izražavanja analize mnogih gena, proveli smo nekoliko gena postaviti usporedba analize uspoređujući naše stečene potpise otpora s objavljenim stanica potpisa ES kako je izvijestio Ben-Porath i sur
^{13 (Tablica S6). Mi smo pretpostavili da je usporedbom stečena otpornost na potpis sa staničnim potpisa ES će biti informativan, jer je sugerirao da je rak ishodišne ​​stanice posjeduju stanice slične osobine matične [28]. pregled}

Naša stečena otpornost potpis, za razliku od