PLOS NËMMEN: Eng Gene Expression ënnerschriwwe Qualifikatiounen Chemoresistance zu Cisplatin an Fluorouracil geschéckt Chimiotherapie zu Gastric Cancer kennen

Wat VerfÜgung

Background VerfÜgung

Mir Ausgangspunkt eng mèi Prozess transcriptional hire Restaurant mat der Société Chimiotherapie Resistenz vum Ethikcode an Post-Fro Echantillon aus dem selwechten Patient verbonne ze identifizéieren an getrueden Potential molekulare Weeër Équipe an Behandlung Echec ze hëllefen therapeutesch Alternativen Guide. VerfÜgung

Methodik /Principal effektiv VerfÜgung

a mèi, héich-duerch dat transcriptional profiling Etude war virun cisplatin an fluorouracil benotzt Bild Fro Echantillon vun 123 metastatic gastric Kriibs Patienten gesuergt (CF) geschéckt Chimiotherapie goen. 22 Patienten, déi am Ufank zu CF Etzella sech du-biopsied der se Resistenz zu cf. entwéckelt An behal Chimiotherapie Resistenz Ënnerschrëft vun analyséiert der Gentherapie Ausdrock Profiler vun der stemmt Ethikcode an Post-CF behandelt Echantillon identifizéiert huet. VerfÜgung

D'Société Resistenz Ënnerschrëft enger separater Kohort vun 101 nei-festgestallte gastric Kriibs Patienten ze segregate gebass no der Zäit bis Werdegang der cf. Hierarchie Käre engem 633-Gentherapie Qualifikatiounen Resistenz Ënnerschrëft (Fonktioun Auswiel um P VerfÜgung &Si besteet; 0.01) benotzt getrennt der 101 pretreatment Patient Echantillonen an zwou Gruppe mat vill verschidde Mol zu Werdegang (2,5 vs. 4,7 Méint). Dësen 633-Gentherapie Ënnerschrëft dorënner de upregulation vun AKT1 VerfÜgung, EIF4B VerfÜgung, an RPS6 VerfÜgung (mTOR Passerelle), DNA Reparatur an Drogenofhängeger ukuerbelt Genen, a war fir Genen beräichert zu embryonal Stammzellenfuerschung Ënnerschrëfte overexpressed. Eng 72-Gentherapie Qualifikatiounen Resistenz Ënnerschrëft (en Ziel vun der 633 Gentherapie Ënnerschrëft och am ES Zell-Zesummenhang Gene ausgedréckt identifizéiert) war eng onofhängeg Estimatioun fir Zäit ze Werdegang (seng P VerfÜgung = 0.011) an Iwwerliewe (seng P VerfÜgung = 0.034) vun deenen 101 Patienten. VerfÜgung

Conclusioun /Grousses VerfÜgung

Dëst Ënnerschrëft kann nei Abléck Offer an nei Ziler Erkenntnesser an Therapien néideg der Société Resistenz vun gastric Kriibs ze iwwerwanne zu cf. VerfÜgung

Fro: Kim HK, Choi Luxusartikelen, Kim CG, Kim t, Oshima a, MICHALOWSKI a, et al. (2011) A Gene Expression ënnerschriwwe Qualifikatiounen Chemoresistance zu Cisplatin an Fluorouracil geschéckt Chimiotherapie zu Gastric Cancer kennen. PLoS NËMMEN 6 (2): e16694. Doi: 10.1371 /journal.pone.0016694 VerfÜgung

Redakter: Alfons Navarro, Universitéit vu Barcelona, ​​Spuenien VerfÜgung

Arnaque: 10 September 2010; Akzeptéiert: 24. Dezember 2010; Publizéiert: 18. Februar 2011 zu

Dëst ass eng oppen-Zougang Artikel ënnert de Bedingunge vun der Domain Deklaratioun Creative Commons Ëffentlech verdeelt déi CIE datt, eemol am Domaine public gemaach gouf, kann dës Aarbecht fräi kopéiert ginn, verdeelt, iwwerdroen, geännert, opgebaut, oder soss duerch iergendeen fir all erlaabt Zweck benotzt VerfÜgung

Funding:. war am Kader vun der National Instituter Gesondheetsminister Intramural plangen, Center fir Cancer Research, National Cancer Institut Dës Aarbecht ënnerstëtzt; vun der Koreanesch National Cancer Center Grant 0910570 a vun der Converging Research Center plangen duerch de Ministère vun der Education, Science and Technology (2010K001121). D'funders hu keng Roll am Etude Design, Daten Kollektioun an Analyse, Décisioun, oder Virbereedung vun der mëttelalterlech Handschrëft ze publizéieren VerfÜgung

Wettsträit Interessen:.. D'Auteuren hunn deklaréiert, datt keng Competitioun Interessen existéieren VerfÜgung

Aféierung VerfÜgung

verstoen wéi erhéijen op engem molekulare Niveau sech d'cytotoxic Auswierkunge vun Chimiotherapie iwwerwonnen ass eng kritesch Schrëtt an therapeutesch Approche entwéckelt, datt chemoresistance iwwerwonne ginn verhënneren oder. Allerdéngs, wéinst de Schwieregkeeten am Serien entholl biopsies vu Patienten op verschidden Etappe vun Therapie Maîtrise, d'Identifikatioun vun molekulare hire Restaurant datt den erhéijen geschéie méi resistent Therapie engem vexing Problem ass. D'Serien Kollektioun vun zolidd entholl Echantillon aus dem selwechten Patienten huet de Medeziner Kader extrem schwéier ginn, mä gastric Kriibs gëtt eng eemoleg Geleeënheet fir dësen Zweck, well et oft Ufank responsiven zu Chimiotherapie ass an widderholl endoscopies standing kann entholl Äntwert ze kontrolléieren Chimiotherapie goen. VerfÜgung

An dëser Etude, Bild Fro Echantillon waren aus gastric Kriibs Patienten gesammelt. Mir identifizéiert engem Gene Ausdrock Ënnerschrëft fir Qualifikatiounen chemoresistance zu cisplatin an fluorouracil (CF) geschéckt Chimiotherapie, déi aus der selwechter Patienten op der Zäit Resistenz zu CF geholl Echantillon gesammelt virun CF Therapie mat Echantillon vergläichen entwéckelt baséiert op objektiv Medeziner Werdegang. Mat Hëllef vun dëser Approche, kéint mir molekulare Kandidaten identifizéieren, datt méiglecherweis zu Entwécklung vun neie geziilte Therapien fir gastric Kriibs Féierung kann. Wichtegst, mir hunn och, dass eng Société chemoresistance Ënnerschrëft ob nei festgestallte Patienten eng kuerz oder méi nohalteg Äntwert CF gema hätt gastric Kriibs identifizéiere kéint. Zënter der Société Resistenz Ënnerschrëft schonn an Net-datt héich vertrueden ass, an dass et schéngt onwahrscheinlech, dass de Konzern Ausdrock Ännerungen op weltwäitem Niveau geschitt an enger relativ kuerzer Zäit sech hätt, schéngen eis Resultater déi konventionell, clonal Auswiel Modell ze ënnerstëtzen fir entholl Werdegang an Qualifikatiounen chemoresistance [1]. Identifikatioun biomarkers datt Kriibs Patienten z'ënnerscheeden déi wäerten oder net aus cytotoxic Chimiotherapie profitéiere wäert immens Medeziner Gestioun ze verbesseren. Obwuel Studien héich-duerch dat Transkriptiouns profiling vun pretreatment Fro Echantillon versicht hunn mat esou dacks ze identifizéieren, huet de Leeschtunge vun dëse dacks gemëscht ginn [2]. Am Kader, kann dëst un d 'Schwieregkeet vum Erkenntnesser sécherlech Gentherapie Ënnerschrëfte zu erhéijen aus Populatiounsschichte mat grousser genetesch Variant wéinst ginn. Eis Daten drop hindeit datt Ausdrock-profiling vun posttreatment Echantillon hätt eng méiglech Alternativ Approche sinn. VerfÜgung

Verschidde Studie virgeschloen hunn, datt erhéijen déi chemoresistance entwéckelen Onfruchtbarkeet verschidden Eegeschaften gewannen kann Zellen ze Desaccord, an datt Chimiotherapie Behandlung féiert zu engem concomitant Beräicherung vum Kriibs Stammzellen kënschtlech VerfÜgung [3]. Mir weisen weider dass d'Société Resistenz Ënnerschrëft fir Genen vun embryonal Stammzellen (ES) Zell Ausdrock Ënnerschrëfte identifizéiert virdrun beräichert gëtt, weider suggeréiert datt fir gastric Kriibs, Ressort chemoresistance aus Auswiel vun Pre-bestehend Zellen mat allem Stammzellenfuerschung Charakteristiken. VerfÜgung

spontan a Methode VerfÜgung

Patienten- accrual a Suivi VerfÜgung

dat ass den Deel vun engem mèi Prozess vum Verwaltungsrot (IRB) Finanzpolitiker Kritik Accord vun der National Cancer Center Hospital zu Goyang, Korea (NCCNHS01-003). All Participant ënnerschriwwen eng IRB-guttgeheescht Awëllegung Form. Zoulag fir eng Aschreiwung an der Etude och folgend Parameteren: 1) Alter ≥18 Joer; 2) histologically-bestätegt gastric adenocarcinoma; 3) klinesch-dokumentéiert wäit Metastasen; 4) net virdrun oder concomitant malignancies anere wéi de gastric Kriibs; 5) keng Welpen Geschicht vun Chimiotherapie goen, entweder adjuvant oder Palliativmedezin; an 6) adequate Funktioun vun all grouss Uergel. Patienten, déi verluer huet verlooss, ier 6 Zykle vun Chimiotherapie zu Suivi, ausser fir progressiv Krankheet dokumentéiert, vun der Analyse ausgeschloss waren. VerfÜgung

Eis mèi Prozess haten 2 Objektiver. D'éischt Zil, wat de Schwéierpunkt vun engem anere Blat ass [4], war e Frankräich Estimatioun fir initial Chimiotherapie Äntwert ze entwéckelen vum Ausdrock correlating Donnéeën vun pretreatment Echantillon mat Medeziner Resultat profiling ( Ausriichtung Resistenz Etude VerfÜgung). Sample Gréisst vun der Auditioun war baséiert op dës éischt Zil geplangt. Fir d'Formatioun gesat, goufen 91 Evenementer geschate = 2 (mat eent-Moosseenheet Ännerung vun Logbuch Intensitéit verbonne iwwerschloen Verhältnis) op α = 0,001, β = 0,05, τ (Standard deviation vun Logbuch Intensitéit) = 0,75, an δ verlaangt gin. dofir, goufen 96 pretreatment Echantillon vun August 2001 bis Januar 2005 als den Training Formatioun (fir den Ausriichtung Resistenz Etude VerfÜgung) gesammelt. Eng zweet Grupp vu 27 beliwwert Patienten war wéi déi lackeleg Confirmatioun Kohort tëscht Februar 2005 an Abrëll 2006, wou 22 Patiente anerem mat CF behandelt Coursë, a 5 mat cisplatin plus mëndlech capecitabine behandelt Patienten (e fluorouracil pro-Drogenofhängeger gleichgestallt Betruecht ze fluorouracil; CX ). CX Therapie bewisen huet therapeutically entsprécht den CF regimen fir metastatic gastric Kriibs ze ginn [5]. VerfÜgung

Déi zweet Zil vun eiser mèi Prozess, deen duerch Analysë vun dësem Pabeier presentéiert emgesat ginn ass, war e Gene Ausdrock ze identifizéieren Ënnerschrëft fir de Qualifikatiounen chemoresistance vun Ethikcode an Post-Behandlung Echantillon vun de Medeziner datt ( Qualifikatiounen Resistenz Etude VerfÜgung) vergläichen. No engem éischte Bild Fro, all Etude Patienten goufen elo behandelt an duerno-up. Patienten sech mat cisplatin (60 mg /m 2, D1) behandelt a Kombinatioun mat entweder fluorouracil (1 g /m 2 fir 5 Deeg; n = 118) oder capecitabine (Xeloda; Roche; 1.250 mg /m 2 Offer 2 Wochen; n = 5) 5 all 3 Wochen. Chimiotherapie Schrëtt sech je op toxicities reduzéiert an d'Leeschtungsfähegkeet Status d'Patient. Spezifësch Portioun Modifikatioun ofgeséchert fir d'Kierzunge Behandlung Zyklus sech um Diskretioun vun der Richterskala oncologist. D'Behandlung Zäitplang fir fluorouracil konnt mat engem aarme Leeschtung Status (Osteuropa Coopérative Zukunft Group (ECOG) Leeschtung Status ≥2) vun 5 bis 3 Deeg fir eeler Patienten (≥70 Joer) oder Patienten am Diskretioun vun der oncologist verkierzt ginn. Postwendend misse Spiralgalaxien berechnen tomography (Kosovo) Katalogiséierung sech fir all Patienten standing all 3 Zykle vun Chimiotherapie ( i.e. VerfÜgung, 9 Wochen). Zil Äntwert war fir Patiente mat moossbar Krankheet dokumentéiert no Weltgesondheetsorganisatioun (DÉI) Critèren [6]. Eng Äntwert (PR) war méi wéi eng 50% erof geet an der Zomm vun den Produiten vun der 2 gréisst vertikal Duerchmiesser vun moossbar lesions fir op d'mannst 4 Wochen definéiert, mä eng Confirmatiouns CT war net Zäitche standing 4 Wochen no der éischter Dokumentatioun vun PR. VerfÜgung

sech Et 38 Patiente mat PR ënner 96 Training Formatioun (vun der Ausriichtung Resistenz Etude VerfÜgung). Patienten mat PR mécht e Suivi Fro um Werdegang Zäit Krankheet war observéiert ( i.e. VerfÜgung, progressiv Krankheet no der DÉI Critèren), bezeechent wéi déi "chemoresistant Staat". Adequat Fro Echantillon vun erhéijen an engem chemoresistant Staat sech aus 22 Patiente mat PR (57.9%) sinn. Chemoresistance Staat Fro Echantillon vun den aneren 16 Patienten (42.1%) konnt net wéinst entweder mëttelméisseg RNS Quantitéit /Qualitéit oder Patienten Verweigerung profiléiert ginn. Et war keen Ënnerscheed am Alter, Geschlecht, histological Typ, Zäit fir Werdegang (TTP), an allgemeng d'Iwwerliewe tëscht 22 nei-biopsied Patienten an déi aner 16 Patienten, déi PR Équipe mee sech net du-biopsied. Echantillon waren op d'mannst 2 Wochen no der leschter Portioun der fluorouracil an VerfÜgung virum zweeten-Linn Chimiotherapie huet sech gesammelt, an fir all Fouss Drogenofhängeger Auswierkungen op Ausdrock Profil ze minimiséieren. VerfÜgung

zwee Stécker vun Réckbehalung-normal gastric mucosa Otemschwieregkeeten Echantillon waren och aus antrum vun 21 gesond Fräiwëlleger (Table S1) gesammelt. VerfÜgung

Umeldung vun enger Société Resistenz Ënnerschrëft ze CF VerfÜgung

Bild biopsies sech standing déi frësch Otemschwieregkeeten ze kréien . Fënnef bis zéng Stécker vun frësch entholl Stoffer sech aus Net-necrotic Deel vun entholl mat grousse Coupe Fro Pincette vun 7.3 mm Duerchmiesser kritt (Olympus FB-24K-1, Olympus, Tokyo, Japan). Da kritt frësch Stoffer sech an flëssege Stéckstoff bannent 15 min vun der éischter Fro Recolte gefruer. Ray Echantillon op d'mannst 50% entholl Zellen mat sech fir RNS Filteren wéi virdru beschriwwen [7]. One microgram vun insgesamt RNS war Kick an hybridized fir eng HG-U133A Patroun onerfëllt, laut den Hiersteller d'Protokoll (Affymetrix, Santa Clara, CA). All Ausdrock microarray Donnéeën ass bei der Gene Expression Omnibus (Geo) Datebank (Bäitrëtt Zuel GSE14210, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo) [MOMENT, Aktivitéiten ZOUGANG JUST sinn: http: //www.ncbi .nlm.nih.gov /Geo /fonktionnéiert /acc.cgi symbolesch = rtgnlocqoqeiwtw &? zu Enn = GSE14210]. Gene Ausdrock microarray Date goufen normalized vun sécherlech Multichip duerchschnëttlech (RMA) benotzt R2.6. Ethikcode an Post-CF Ausdrock Daten aus 22 rebiopsied datt sech onofhängeg vun der Ausdrock Daten aus enger separater Grupp vun 101 Net-rebiopsied Patienten normalized. Microarray Daten benotzt BRB ArrayTools analyséiert (Versioun 3.6, National Cancer Institut, http://linus.nci.nih.gov/BRB-ArrayTools.html) [8]. VerfÜgung

Ännerungen Gene Ausdrock, datt d'éischt ënnerscheeden transcriptional Status vun erhéijen vum Gene Ausdrock Musteren wann erhéijen gouf chemoresistant sech mat dokumentéiert initial Äntwert (PR) fir d'22 Patiente sech ze CF Therapie. Iwwereneestëmmen microarray Daten tëscht den demolege kritt virun CF Behandlung an Echantillon gesammelt der Resistenz ze Therapie entwéckelt Verglach. Dës Donnéeë goufen der Klass Verglach sind vun BRB-ArrayTools analyséiert benotzt (zoufälleg Varianz Modell), déi e t VerfÜgung Azeton fir all Gentherapie mat der RMA-zesummegefaasst Log-intensities fir Affymetrix U133A flamenden Ofgrond vläit computes. Genen differentially tëschent dësen 22 vläit Echantillon definéiert der Société Resistenz Ënnerschrëft ausgedréckt. Op Fonktioun Auswiel P VerfÜgung -value cutoffs vun 0,05 an 0,01, engem permutation P Wäert berechent gouf, wat den Undeel vun zoufälleg dohinner gehéiert ass, datt eng ähnlech Zuel vu wichtege Genen identifizéieren déi fonnt ginn, wou de richtege Klass Etiketten ze vergläichen. VerfÜgung

Time zu Werdegang opgezeechent war d'Kaplan-Meier Method benotzt. A aloggen-Platz Test war benotzt Differenzen tëscht Iwwerliewe Kéieren ze bestëmmen. Bëssen d'Test war benotzt statistesch Bedeitung vun de Cox iwwerschloen Verhältnis ze bewäerten. Multivariable Réckgang analyséiert goufen mat enger Cox proportional iwwerschloen Modell gesuergt. All dës analyséiert goufen benotzt SPSS gesuergt (Versioun 15,0; SPSS Galaxy, Chicago, IL). Multivariable ordinal Logistikzenter Réckgang Analyse gouf benotzt fir SAS gesuergt (Versioun 9.1.3, SAS, Cary, NC), der Associatioun tëscht der 72-Gentherapie predictive index a Lëtzebuergesch Äntwert ze diskutéieren. VerfÜgung

Transkriptioun Faktor Analyse VerfÜgung

Transkriptioun Faktor analyséiert goufen fir de Räichtum vun Transkriptiouns Faktor Ziler an de Genen mat der Société Resistenz Ënnerschrëft (BRB-ArrayTools) Wanterschlof gesuergt. All Genen vun dëser Analyse sind queried muss Transkriptiouns Faktor responsiven Kategorien baséiert op experimentally-Fra Transkriptiouns Faktor Réceptivitéit katalogiséiert ginn. Transkriptioun Faktor-verbindlech curation Informatiounen zu der Transcriptional Regulatioune Element Datebank (TRED) [9] benotzt gouf Ziler ouni experimentell Kontrollen ze killen. VerfÜgung

Analys vum ëffentlechen DNA microarray Daten aus surgically gastric Kriibs Patienten behandelt VerfÜgung

ëffentlech zougänglech Daten microarray fir surgically-behandelt gastric Patienten generéiert vun der Stanford Fonctionnement Genomics Facility waren och aus der NCBI Geo Datebank (GSE4007) kritt an och iwwer 30.300 Genen gemeinsam un dësen Daten. D'microarray Date goufen generéiert an normalized wéi zu Leung beschriwwen et al VerfÜgung [10]. Gefouert Effekter vun der Gentherapie Ausdrock sech mat Studiebäihëllefe-schlau geläscht mengen lénker an Daten vermësst mat den nooste Noper averaging Method imputed sech [11]. D'Partie cDNA clones benotzt SOURCE (Stanford Microarray Datebank) forcéiert an der Entrez GeneID war den androën Identifikatioun fir d'Affymetrix HG-U133A vill benotzt. VerfÜgung

Gene Formatioun Verglach Analysë VerfÜgung

der Gentherapie Formatioun Verglach Outil Analysë Benotzer-definéiert Gene ausgedréckt fir Ënnerscheed Ausdrock ënnert Pre-definéiert Klasse vun enger Quell Donnéeën. Fir all Quell Donnéeën, engem P VerfÜgung -value ass fir all Gentherapie berechnen den Ausdrock Niveau ze vergläichen vs. VerfÜgung Iwwerliewe Zäit eng proportional Risikoe Modell (oder fir den Ënnerscheed Ausdrock tëscht Pre-definéiert mat Klassen, jee op d'Natur vun der phenotype), eng Tunique Gentherapie Lëscht vun enger bestëmmter BRB-ArrayTools Projet generéieren. Fir eng Rei vun N VerfÜgung Genen, ass den LS iwwerleen wéi d'mengen negativen natierleche uräicheren vun der definéiert P VerfÜgung -values ​​vun de passenden Single Gentherapie univariate Tester [12]. E Resumé iwwerleen ass berechnen, datt dësen resüméiert P VerfÜgung Wäerter iwwer de Benotzer-definéiert Gentherapie Formatioun; de Resumé iwwerleen ass Duerchschnëtt aloggen ( P VerfÜgung) fir den LS Resumé vun wéi déi P VerfÜgung Wäerter vun enger eenheetlecher Verdeelung fir LS ënnerscheeden [12]. De Resumé iwwerleen ass d'Distributioun vun de Resumé domatter ze dinn fir zoufälleg en Echantillon vun N VerfÜgung Genen, vun deenen der vill representéiert anerer. Hei N VerfÜgung ass d'Zuel vun Genen zu de Benotzer-definéiert Gentherapie virbereet. 100.000 zoufälleg Gene ausgedréckt huet flächeméisseg dat Verdeelung fir auszerechnen. Den LS P VerfÜgung Wäert ass den Undeel vun zoufälleg baut vun N VerfÜgung Genen matt kleng Duerchschnëtt Resumé Statistiken wéi der LS dobäikomm fir déi richteg Donnéeën berechnen. Dës Approche gëtt vun enger Rei vu Zorte vun kennenzeléieren tëscht Gentherapie Ausdrock Niveauen a phenotype benotzt. D'Natur vun der phenotype (zB, Survival Zäit oder Duebelstären Indicateuren) bestëmmt d'Art a Weis wéi d'Gentherapie spezifesch P VerfÜgung Wäerter berechnen sinn. An LS P VerfÜgung Wäert manner ewéi 0,005 ass bedeitend considéréiert. VerfÜgung

Umeldung vun engem gastric Kriibs-spezifesch Ënnerschrëft an enger gastric Kriibs dat Ënnerschrëft VerfÜgung

Total RNS aus gefruerenem Bild isoléiert war Fro Echantillon vun der antral mucosa aus 21 gesond Fräiwëlleger gesammelt an vun microarray analyséiert wéi virdru beschriwwen. Fir d'gastric Kriibs-spezifesch Ënnerschrëft ze identifizéieren, am Verglach mir den Ausdrock Donnéeën aus de 21 normal Echantillon mat 101 Echantillon vun Patiente virun Chimiotherapie Echantillon (ausser 22 rebiopsied Patienten benotzt der Société Resistenz Ënnerschrëft ze entwéckelen) benotzt Klass Verglach algorithms vun BRB- ArrayTools. VerfÜgung

vun de 101 Patienten, 41 Patiente Lauren d'intestinal histological Typ vun der Primärschoul erhéijen Équipe an der 60. hat de diffusen Typ. Bréissel-Typ erhéijen sech zesumme mat der diffusen Typ klasséiert. Eng dat Ënnerschrëft andeems der Gentherapie Ausdrock Donnéeën aus de 41 intestinal Typ Echantillon mat 60 diffusen Typ Echantillon benotzt Klass Verglach algorithms vun BRB-ArrayTools identifizéiert huet. VerfÜgung

Generation vun ES Zell Ënnerschreften vun Donnéeën VerfÜgung publizéiert

fir e Benotzer-definéiert Gentherapie Formatioun fir eis Gene Verglach gebueden generéieren, adoptéiert mir Lëschte puer Gentherapie aus der publizéiert Aarbecht vu Ben-Porath et al VerfÜgung [13], an déi mat ES Zell Identitéit puer Gene ausgedréckt assoziéiert huet iwwerlieft fir Gentherapie Formatioun Verglach analyséiert. Eng " ES Ausdrock Formatioun VerfÜgung" virdrun zur Ben-Porath definéiert gouf et al VerfÜgung [13] Den Genen iwwer-ausgedréckt an mënschlechen ES Zellen vun op d'mannst 5 aus 20 profiling Studien [14 ]. Dëst ES Ausdrock Formatioun huet dunn amendéiert [13], esou datt Genen vun der "Prolifératioun" Gene Ontologie an d'Prolifératioun Stärekoup vun Broscht Kriibs [13], [15] ausgeschloss waren an Éieren den ouni Prolifératioun Genen Formatioun ES
. Lëschte vun Zil- Genen fir MYC [16], SOX2 [17], OCT4 [17], NANOG [17], SUZ12 [18], EED [18], an H3K27 [18], déi Schlëssel Transkriptiouns Facteuren zu Stammzellen, sech och aus Ben-Porath [13] adoptéiert. Dës Genen waren ursprénglech déi chromatin immunoprecipitation vill Studien identifizéiert [16] - [18]. Fir eis Gene Formatioun Verglach gebueden, Entrez IDen [13] vun Zil- Genen huet Ëmgéigend Formatioun IDen op den HG-U133A vill ze Studiebäihëllefe (www.NetAffx.com). VerfÜgung

Umeldung vun engem 72-Gentherapie predictive Index

vun de 468 Genen um chemoresistant Staat upregulated ( P VerfÜgung &si besteet; 0.01), 72 eenzegaarteg Genen huet Membere vun op d'mannst een vun 4 publizéiert ES Zell-Zesummenhang Gene ausgedréckt
( " ouni Prolifératioun Genen Formatioun ES VerfÜgung" [13], [15], de MYC Transkriptiouns Faktor Zil- Gentherapie Formatioun (TRED MYC_T00140)-experimentally validéiert [9], an Zil- Genen vun MYC an SOX2 bestëmmt duerch engem chromatin immunoprecipitation vill Etude [16], [17]). A Frankräich Estimatioun (bezeechent wéi déi "72-Gentherapie predictive index") war zur Berechnung vum déifgräifender Kris linear Kombinatioun vun Logbuch Signal Wäerter vun dësen 72 eenzegaarteg Genen phpNuke tëscht der Société Resistenz Ënnerschrëft a " ES Zell-Zesummenhang Gene ausgedréckt gebaut VerfÜgung ". D'univariate t VerfÜgung -statistics fir d'Klassen vergläichen (Société chemoresistant vs. VerfÜgung pretreatment Staaten) huet als Gewiichter benotzt. BRB-ArrayTools (der Klass Cepheid) benotzt gouf de t VerfÜgung -value vun all Gentherapie ze berechnen. D'predictive Muecht vun der 72-Gentherapie predictive index war fir Zäit ze Werdegang an Iwwerliewe mat de Modell proportional Risikoe Cox getest. VerfÜgung

Resultater VerfÜgung

Umeldung vun enger Société Resistenz Ënnerschrëft ze CF VerfÜgung

Twenty-zwee Patienten, déi e Medeziner Äntwert bewisen (PR) Therapie ze CF sech virun der Initiatioun vun Therapie biopsied an dono folgend Werdegang vun Krankheet an der Chimiotherapie goen. Ethikcode an Post-CF Echantillon waren net vill anescht an d'entholl Zell Prozentsaz a Mesuren vun microarray Donnéeën Qualitéitskontroll (Table 1 an Table S2). Paracetamol Tëscht dem 2 biopsies war 8.7 Méint (interquartile Rei, 6.4-12.6). Zënter der permutation P VerfÜgung Wäerter sech konsequent manner wéi 0,05 op P VerfÜgung cutoffs fir Fonktioun Auswiel vun 0,01 an 0,05 (permutation P VerfÜgung Wäerter, 0,012 an 0,006 bzw.), dëst weist datt Gentherapie Ausdrock tëscht der chemoresistant an pretreatment Staaten vill verschidden ass. Genen tëscht der pretreatment Zoustand vun 22 erhéijen differentially ausgedréckt, datt am Ufank responsiven bewisen Chimiotherapie an erhéijen aus der selwechter Patienten ze CF der als "Société Resistenz Ënnerschrëfte" identifizéiert sech an eng Société chemoresistant Staat Perséinlechkeeten mussen. 2.446 Genen huet an der Société Resistenz Ënnerschrëft mat engem Fonktioun Auswiel vun identifizéiert P VerfÜgung &Si besteet; 0,05 hierkommen 633 Genen identifizéiert sech mat enger Fonctioun Auswiel vun P VerfÜgung &Si besteet; 0,01. De stäerkste héich representéiert funktionell Kategorie vun der Société Resistenz Ënnerschrëft war Protein Synthes VerfÜgung (Table S3; Ingenuity Passerelle Analys [www.ingenuity.com]), deen ënner anerem AKT1 VerfÜgung, ribosomal subunit mRNAs ( RPS6, RPL13, RPL14, RPL15, RPL18, RPL29, RPL3, RPL30, RPL4, RPS11, RPS19, RPS9 VerfÜgung), an eukaryotic Iwwersetzung Initiatioun Faktoren ( EIF4B EIF3D, EIF3E, EIF3F, EIF3H
). Akt /mTOR an Ras-MAPK sécher Moduler sinn zwou meescht-studéiert Weeër datt e primordialer Effekt op respektiv Regulatioun Collectioun [19]. Am Bezug op déi concurrent upregulation vun deene wichtegsten Deeler vun dëser Passerelle ( AKT1 VerfÜgung ( P VerfÜgung = 0.0012), EIF4B VerfÜgung ( P VerfÜgung = 0.0089), an RPS6 VerfÜgung ( P VerfÜgung = 0.0009)), de PI3K /Akt /mTOR Signal transduction Passerelle ass ugin an der Société Resistenz Staat (Dorënner S1) ausgeléist gin. AKT1 gouf zu Hausnummeren kënschtlech VerfÜgung cisplatin Resistenz [20] - [22]. mTOR inhibition gouf och zu ëmgedréint bekannt kënschtlech VerfÜgung Qualifikatiounen Resistenz zu endocrine Therapie an EGFR inhibitors vun Broscht an haett Cancers, bzw. [23], [24]. Zanter ass ERBB2 VerfÜgung och vun der Société Resistenz Ënnerschrëft upregulated ( P VerfÜgung = 0.0065), ERBB2 VerfÜgung eng Roll an der upregulation vun spillen kann Protein Synthes
-related Genen, duerch Aktivatioun vun der mTOR Passerelle [25]. VerfÜgung

Gentherapie Formatioun Verglach Analyse Transkriptioun Faktor uginn, datt de Qualifikatiounen Resistenz Ënnerschrëft mat Ziler vu multiple Transkriptiouns Faktoren beräichert gëtt, e MYC Zil- Gentherapie Formatioun dorënner (TRED MYC_T00140) [9] (Table S4). Dat ass konsequent mat engem microarray Daten an der Literatur, datt d'Majoritéit vun de Genen responsiven zu Myc overexpression zu macromolecular Synthes Équipe sinn, FAQ Ëmsaz, an ukuerbelt, dorënner 30 ribosomal FAQ Genen [26]. VerfÜgung

D'Société Resistenz Ënnerschrëft segregates Patienten no der Zäit bis Krankheet Werdegang folgenden CF Therapie, mä ass vun Agrëff net prognostic Patienten zu gastric Kriibs behandelt nëmmen VerfÜgung

Mir gewënscht um initial Diagnos Ausdrock vun der Société Resistenz Ënnerschrëft an gastric Kriibs erhéijen fir festzestellen, ob de predictive vun Äntwert ze CF Therapie. Ausdrock vun der Société Resistenz Ënnerschrëft an enger separater Grupp vun 101 Net-rebiopsied gastric Kriibs Patienten sech an huet bis de Medeziner Resultat vun de Patienten am Zesummenhang no déi grouss Hierarchie Stärekoup de Patienten gruppéiere sech. An Patienten ouni lesions Ufank moossbar vun diagnostic Imaging, Zäit fir Werdegang (TTP) war vun der Initiatioun vun CF Therapie zu der Zäit gemooss wann eng Verännerung an Therapie wéinst däitlech Krankheet Werdegang néideg war. Hierarchie Käre vun de 101 pretreatment Echantillon gouf mat der Resistenz Ënnerschrëft Qualifikatiounen 2,446-Gentherapie gesuergt. Konklusiounen wéi déi TTP gemooss gouf vill verschidden tëscht Patienten zu jidderengen vun den zwou Primärschoul Stärekéip. Patienten am Stärekoup mat fräi Ausdrock vun de Genen an der chemoresistant Staat upregulated hat eng däitlech méi kuerz TTP wéi Patienten mat manner Ausdrock vun dësen Genen (Log-Platz P VerfÜgung Wäert = 0.033) (Dorënner 1A). Fir d'Associatioun vun deenen 2.446 Genen mat TTP vun 101 Patienten ze weider diskutéieren, mir standing och eng Iwwerliewe Risiko Cepheid Analyse vun BRB-ArrayTools, an deem de ganze 10-fantastesch Kräiz-Confirmatioun Prozess widderholl huet mat 2.446 Genen an enger log- attributer iwwerleen fir TTP tëscht 2 Risiko Gruppen virausgesot gouf ënner 101 Patienten fräi fir all zoufälleg Donnéeën mat TTP Donnéeë kritt [8], [27]. D'permutation P VerfÜgung Wäert fir d'automatesch Hypothes Testen, datt et keng Relatioun tëscht 2.446 Genen an TTP, déi de Schwanz Beräich vun dëser automatesch Verdeelung iwwer d'Logbuch-Platz Wäert ass fir déi richteg Donnéeë kritt, war 0,06 geschate , eng geséchert Bedeitung vun der Associatioun suggeréiert. Patienten am Stärekoup mat fräi Meenungsäusserung vun 468 Genen vun der chemoresistant Staat upregulated op P VerfÜgung &Si besteet; 0,01 haten och e wesentlech méi kuerz TTP wéi Patienten mat manner Ausdrock vun dësen Genen (Log-Platz P
Wäert = 0,012) (Dorënner 1B). Dës Resultater hindeit, datt d'Société Resistenz Ënnerschrëft real molekulare Profil vun chemoresistant clones iwwerleet, net nonspecific Drogenofhängeger Effekter. VerfÜgung

Mir och weider gewënscht Adress ob dës Qualifikatiounen Resistenz Ënnerschrëfte waren predictive vun CF Äntwert oder representéiert engem allgemenge prognostic Ënnerschrëft déi kéint Iwwerliewe vun 88 gastric Kriibs Patiente soe deen eleng an net vun Chimiotherapie vun Agrëff behandelt goufen 10. Weder vun de zwou Qualifikatiounen Resistenz Ënnerschrëfte (2,446 oder 633 Genen) war predictive vun Iwwerliewe vun der surgically behandelt gastric Kriibs Patienten déi selwecht Hierarchie Käre Method mat den uewen (Log-Platz P VerfÜgung Wäerter, 0,84 an 0,41, bzw. ). Soumat ass de Qualifikatiounen Resistenz Ënnerschrëft predictive vum Patient Äntwert ze CF an net just prognostic fir gastric Kriibs Patienten am Allgemengen. VerfÜgung

D'Ënnerschrëft Qualifikatiounen Resistenz deelt ville Fonctioune mat der Ausriichtung Resistenz Ënnerschrëft, mä net mat engem gastric cancer- spezifesch Ënnerschrëft oder engem gastric Kriibs dat Ënnerschrëft VerfÜgung

Dës Qualifikatiounen Resistenz Ënnerschrëfte sech dann mat der Ausriichtung Drogenofhängeger Resistenz Ënnerschrëft vun engem eenzelnen Grupp vun 101 Net-rebiopsied Patienten Verglach, Gentherapie Formatioun Verglach Analyse vun BRB-ArrayTools benotzt [12] . engem P VerfÜgung -value fir jiddereng vun 2.446 Genen ze vergläichen den Ausdrock Niveau vs dëser sind berechnen. VerfÜgung TTP vun deenen 101 Patienten mat engem proportional Risikoe Modell kuerz,. Dunn berechnen en negativen natierleche uräicheren vun der P VerfÜgung -values ​​vun der eenzeger Gentherapie univariate Tester (LS iwwerleen vun dëser Formatioun vun 2.446 Genen) heeschen an den Undeel vun zoufälleg baut vun 2.446 Genen matt kleng Duerchschnëtt Resumé Statistiken wéi der LS dobäikomm fir d'real Donnéeën berechnen (LS P VerfÜgung Wäert). D'selwecht Analyse gouf fir 633 Genen widderholl ausgewielt op P VerfÜgung &Si besteet; 0,01. Konsequent mat de Resultater vun der Hierarchie Käre analyséiert, huet de Qualifikatiounen Resistenz Ënnerschrëfte fonnt an der "Ausriichtung Resistenz Ënnerschrëft" héich beräichert ginn vun enger separater Grupp vun 101 CF-behandelt Patienten. LS du-probéieren P VerfÜgung Wäerter waren &Si besteet; 10 -5 fir béid Benotzer-definéiert Gentherapie mat verschiddene cutoffs ausgewielt baut d'Société Resistenz Ënnerschrëft ( dh VerfÜgung, fir 2.446 ze definéieren an 633 Genen). Genen tëscht Qualifikatiounen an Ausriichtung Resistenz Ënnerschrëfte phpNuke zu Table 2. Dorënner 2C opgezielt sinn b VerfÜgung graphically weist, datt 468 Genen um chemoresistant Zoustand vun 22 rebiopsied Patienten upregulated ( P VerfÜgung &Si besteet; 0.01) weisen der concordant overexpression an Net-rebiopsied Patienten mat kuerz TTP, iwwerdeems 165 Genen um chemoresistant Staat d'concordant overexpression zu Patiente mat méi TTP. VerfÜgung

Ausschöpfung ähnlechen Gentherapie Formatioun Verglach weisen downregulated gebueden, opkaf Resistenz Ënnerschrëfte waren dann am Verglach mat " gastric Kriibs-spezifesch Ënnerschrëft VerfÜgung" an "gastric Kriibs dat Ënnerschrëft VerfÜgung" vun deenen 101 Patienten. Ze vergläichen war de Qualifikatiounen Resistenz Ënnerschrëft mat " gastric Kriibs-spezifesch Ënnerschrëft VerfÜgung", den LS iwwerleen vun 2.446 Genen vun de Qualifikatiounen Resistenz Ënnerschrëft geschate vun engem mengen negativen natierleche uräicheren vun der P VerfÜgung Rechenzäit -values ​​vun der eenzeger Gentherapie univariate Tester fir Ënnerscheed Ausdrock vun jidderengen vun 2.446 Genen tëschent 101 gastric Kriibs Patienten an 21 gesond Fräiwëlleger. Nee bedeitendst iwwerlageren an der Gentherapie Ausdrock war observéiert der Société Resistenz Ënnerschrëft zu engem " gastric Kriibs-spezifesch Ënnerschrëft VerfÜgung" vergläichen (LS P VerfÜgung Wäert = 0,96; Table S5). Den Zerfall, gouf et keen groussen iwwerlageren tëscht der 2,446-Gentherapie Qualifikatiounen Resistenz Ënnerschrëft an enger "gastric Kriibs dat Ënnerschrëft VerfÜgung", datt mir duerch de Verglach vun der Gentherapie Ausdrock tëscht Lauren d'intestinal- identifizéiert (n = 41) vs. VerfÜgung diffusen-Typ (n = 60) erhéijen, entweder (LS P VerfÜgung Wäert = 0,024; Table S5). Dës Resultater proposéiere weider dass d'Société Resistenz Ënnerschrëft engem Set vu Genen duerstellt an Veräin mat chemoresistance dysregulated, an net Kriibs am Allgemengen. VerfÜgung

D'Société Resistenz Ënnerschrëft deelt Fonctiounen mat Stammzellenfuerschung Ënnerschrëfte VerfÜgung

Tatsaach, datt komplex reglementaresche Netzwierker an Stammzellen kënnen am beschten duerch Ausdrock Analyse vun villen Genen nogewise ginn, standing mir puer Gentherapie Formatioun Verglach Analysë mat publizéiert ES Zell Ënnerschrëfte eis Qualifikatiounen Resistenz Ënnerschreften ze vergläichen wéi vun Ben-Porath gemellt et al VerfÜgung 13 (Table S6). Mir Hypothes, datt déi Qualifikatiounen Resistenz Ënnerschrëft mat ES Zell Ënnerschreften ze vergläichen wier praktesch, well et datt Kriibs Grënner Zellen besëtzen Zell-wëll Spure ugeholl gouf Desaccord [28]. VerfÜgung

Eis Qualifikatiounen Resistenz Ënnerschrëft, am Géigesaz zu den