PLoS ONE: genų ekspresija Parašas įgytų Atsparumas cheminėms cisplatinos ir fluorouracilu kombinuotos chemoterapijos skrandžio vėžio Patients

Anotacija

Fonas

inicijavo būsimo teismo nustatyti transkripcijos pakeitimus, susijusius su įgyta chemoterapijos pasipriešinimo iš anksto ir po biopsijos mėginių iš to paties paciento ir atskleisti potencialius molekulinės keliai dalyvauja gydymo nesėkmės padėti terapines alternatyvas.

metodologija /Pagrindinės išvados

būsimasis, didelio našumo transkripcijos profiliavimo tyrimas buvo atliekamas naudojant endoskopinius biopsijomis iš 123 metastazavusiu skrandžio vėžiu sergantiems pacientams prieš cisplatinos ir fluorouracilu (SF) kombinuotos chemoterapijos. 22 pacientai, kurie iš pradžių reagavo į CF buvo pakartotinai biopsiją, kai jie sukūrė atsparumą CF Įgytas chemoterapija atsparumas parašas buvo nustatyta analizuojant genų ekspresijos profilius iš suderintos prieš ir po CF bandiniai.

įgytas atsparumas parašas galėjo atskirti atskirą kohortos 101 naujai diagnozuota skrandžio vėžiu sergančių pacientų atsižvelgiant į laiką iki ligos progresavimo po CF Hierarchinis grupavimas naudojant 633-genų įgytas atsparumas parašas (funkcija atranka, P
< 0,01) atskyrė 101 paruošiamųjų pacientų mėginius į dvi grupes, kurių gerokai skirtingu laiku iki ligos progresavimo (2,5 vs 4,7 mėnesių). Tai 633-genas parašas apėmė ląstelę AKT1
EIF4B
, ir RPS6
(mTOR kelias), DNR remonto ir narkotikų metabolizmo genai, ir buvo praturtintas genų ekspresija yra embrioninių kamieninių ląstelių parašais. 72-genas įgytas atsparumas parašas (A iš 633 genų pasirašymo taip pat nustatė Es ląstelių susijusių genų rinkinių poaibis) buvo nepriklausoma prognozuoti už laiką iki ligos progresavimo (Pritaikytas P
= 0,011) ir išlikimas (pakoreguotas p
= 0,034) šių 101 pacientų.

Išvada /Reikšmė

Šis parašas gali pasiūlyti naujų įžvalgų nustatyti naujus tikslus ir gydymo reikalingų įveikti įgytas atsparumas skrandžio vėžio į CF

Citation: Kim HK, Choi IJ, Kim CV, Kim SS, Oshima A, MICHAŁOWSKI A et al. (2011) geną išraiška parašas įgyto Atsparumas cheminėms cisplatinos ir fluorouracilu kombinuotos chemoterapijos skrandžio vėžiu sergantiems pacientams. PLoS ONE 6 (2): e16694. Doi: 10,1371 /journal.pone.0016694

redaktorius: Alfons Navarro Barselonos universitetas, Ispanija

Įstojo: rugsėjo 10, 2010; Priėmė: Gruodžio 24 ", 2010; Paskelbta: Vasario 18, 2011

Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Visuomenės Domenų deklaraciją, kurioje nurodoma, kad, patekęs į viešo požiūriu, šis darbas gali būti laisvai kopijuojami, platinti, perduoti, keisti, pastatytas ant, ar jos kitaip nenaudojamos niekam bet kuriam teisėtam tikslui

finansavimas:. Šis darbas buvo iš dalies remiamą National Institutes of Health vidines programa, centro vėžio tyrimų, nacionalinio vėžio instituto; Korėjos nacionalinio vėžio centro Grant 0910570 ir konverguojantįjį tyrimų centras programa, per Švietimo, mokslo ir technologijų (2010K001121) ministerijos. Į finansuotojai neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, ar ruošiant rankraštį

konkuruojančių interesų.. Autoriai pareiškė, kad nėra konkuruojantys interesai egzistuoja

Įvadas

supratimas, kaip augliai vystosi molekuliniu lygiu įveikti citotoksinių poveikį chemoterapija yra svarbus žingsnis kuriant gydymo metodus, kad bus užkirstas kelias arba įveikti Atsparumas cheminėms. Tačiau dėl to, kad į gauti serijinius naviko biopsijos iš pacientų įvairiuose etapuose gydymo sunkumų, molekulinių pokyčių identifikavimas, kurie atsiranda kaip navikų tapti atsparus terapija buvo apmaudu problema. Serijos kolekcija kietų navikų mėginiuose iš tos pačios pacientų buvo labai sunku klinikinėje aplinkoje,, bet skrandžio vėžys suteikia unikalią galimybę šiam tikslui, nes ji yra dažnai iš pradžių reaguoja į chemoterapijos ir gali būti atliekamas pakartotinai endoscopies stebėti naviko atsaką į chemoterapija.

šiame tyrime endoskopinės biopsijos mėginiai buvo imami iš skrandžio vėžiu sergantiems pacientams. Mes nustatė genų ekspresijos parašą už įsigytą Atsparumas cheminėms į cisplatina ir fluorouracilu (SF) kombinuotos chemoterapijos, lyginant surinktus prieš CF terapijos su mėginiais, paimtais iš tos pačios pacientų atsparumo laikas CF sukūrė pagrįsta objektyviais klinikiniais progresavimo mėginius. Naudojant šį metodą, mes galime nustatyti molekulinius kandidatus, kurie galbūt sukelti kurti naujas tikslines gydymo skrandžio vėžio. Svarbu tai, kad mes taip pat nustatė, kad įsigijo Atsparumas cheminėms parašas gali nustatyti, ar naujai diagnozuota skrandžio vėžiu sergantiems pacientams turėtų trumpą ar daugiau stabilaus atsako CF terapija. Kadangi įgytas atsparumas parašas jau labai atstovaujama nereagavo ir kad ji atrodo mažai tikėtina, kad daug išraiška Pokyčiai pasauliniu lygmeniu būtų plėtojami per gana trumpą laiką, mūsų rezultatai, atrodo, remia tradicinių, klonų atranką modelį naviko progresavimas ir įgijo Atsparumas cheminėms [1]. Nustatyti biologinių žymeklių, kad atskirti vėžiu sergantiems pacientams, kuriems bus ar nebus naudos iš citotoksiniais chemoterapiniais vaistais bus labai pagerinti klinikinę valdymą. Nors tyrimai, naudojant didelio našumo transkripcijos profiliavimo pirminio apdorojimo biopsijos mėginių bandė nustatyti tokias prognostinius, šių faktorių veikimas buvo sumaišytos [2]. Iš dalies, tai gali būti dėl to, kad nustatant tvirtus genų parašų navikų iš gyventojų su dideliu genetinės variacijos sunkumų. Mūsų duomenys rodo, kad pasakymas-profiliavimas posttreatment pavyzdžių galėtų būti galimas alternatyvus požiūris.

Kai kurie tyrimai rodo, kad augliai, kurie sukurti Atsparumas cheminėms gali įsigyti tam tikras savybes, būdingas su kamieninėmis ląstelėmis ir kad chemoterapijos veda į kartu praturtėjimo vėžio kamieninės ląstelės in vitro
[3]. Mes taip pat rodo, kad įgytas atsparumas parašas yra praturtintas genų anksčiau nustatytų embriono kamieninių (ES) ląstelių ekspresijos parašų, toliau rodo, kad skrandžio vėžio, Atsparumas cheminėms kyla iš atrankos anksto esamų ląstelių su ypač kamieninių ląstelių savybes.

medžiagos ir metodai

Ligonių kaupimo ir tolesnės

Tai būsimasis teismo pagal institucinius ekspertizės valdyba (IRB) pritarė nacionalinio vėžio centro ligoninės Goyang, Korėja dalis (NCCNHS01-003). Visi dalyviai pasirašė IRB-patvirtintą informuoto sutikimo formą. Tinkamumas įtraukimo į tyrimą įtraukti šiuos parametrus: 1) amžiumi ≥ 18 metų; 2) histologiškai patvirtintas skrandžio adenokarcinoma; 3) kliniškai dokumentais toli metastazių; 4) nėra kitų nei skrandžio vėžio ankstesnius arba kartu vartojami piktybinių navikų; 5) ne anksčiau buvo chemoterapijos, arba adjuvantinis arba paliatyvi; 6) pakankama funkcija visų pagrindinių organų. Pacientams, kurie buvo praradę imtis tolesnių prieš užbaigiant 6 chemoterapijos ciklų, išskyrus dokumentais progresuojančia liga, buvo išbraukti iš analizės.

Mūsų būsimasis bandymus turėjo 2 tikslus. Pirmasis tikslas, kuris yra kito [4] popieriaus dėmesio, buvo sukurti genomo Predictor pradinėms chemoterapijos atsakas susiejant išraiška profiliavimo duomenų pirminio apdorojimo mėginių klinikinės baigties (, vidinė varža tyrimas
). Buvo planuota, imties dydis teismą remiantis šio pirmojo tikslo. Dėl mokymo rinkinys, 91 įvykiai buvo apskaičiuota, kad reikalaujama ne alfa = 0,001, ß = 0,05, τ (standartinis nuokrypis log intensyvumo) = 0,75, ir δ (rizikos santykis, susijęs su log intensyvumo vieno vieneto keitimo) = 2. Taigi, 96 pirminio apdorojimo mėginiai buvo surinkti nuo 2001 metų rugpjūčio iki 2005 metų sausio, kaip mokymo rinkinys (už būdinga atsparumo studijų
). Antroji grupė 27 reikalavimus atitinkančių pacientų buvo įrašytas kaip masyvas patvirtinimo kohortos nuo 2005 vasario iki 2006 balandžio, kuris apima 22 pacientai, gydomi CF ir 5 pacientai, gydomi cisplatinos plius burnos kapecitabinu (a fluorouracilo pro-vaisto, laikomi lygiaverčiais fluorouracilu; CX ). terapija CX buvo įrodyta, kad terapiniu prilygsta CF režimas dėl skrandžio vėžiui [5].

Antrasis tikslas mūsų perspektyvinį tyrimą, kuris yra vykdomos pateiktos šiame dokumente analizių, buvo nustatyti genų ekspresiją Parašas už įsigytą atsparumas cheminėms lyginant prieš ir po gydymo pavyzdžių klinikinių atsakas (, įgytas atsparumas tyrimas
). Po pradinio endoskopinės biopsija, visi tyrime dalyvavusių pacientų buvo perspektyviai gydomi ir stebimi iki. Pacientai buvo gydomi cisplatinos (60 mg /m ^{2, D1) kartu su abiem fluorouracilu (1 g /m 2 5 dienas, n = 118) arba kapecitabinu (Xeloda; Roche; 1250 mg /m 2 kartus per parą 2 savaites; n = 5) 5 kas 3 savaites. Chemoterapija dozė buvo mažinama priklausomai nuo toksinio poveikio ir ligonio funkcinei būklei. Konkretūs dozės keisti schemas dėl tolesnio gydymo ciklo metu buvo ne gydančio onkologui nuožiūra. Gydymas tvarkaraštis fluorouracilu gali būti sutrumpintas ne iš onkologui nuožiūra nuo 5 iki 3 dienų senyviems pacientams (70 metų), arba pacientams, kurių būklė bloga (Rytų kooperatinės onkologijos grupės (ECOG) veiklos statusas ≥2). Pilvo spiraliniai kompiuterinė tomografija (CT) nuskaito buvo atliekami visiems pacientams kas 3 chemoterapijos ciklų (, t.y..
, 9 savaites). Tikslas atsakymas buvo dokumentuota pacientams su išmatuojamais ligos pagal Pasaulio sveikatos organizacija (PSO) kriterijus [6]. Dalinis atsakas (DA) buvo apibrėžta kaip daugiau nei 50% sumažino nuo 2 didžiausių statmenų skersmens išmatuojamų pažeidimų ne trumpiau kaip 4 savaites produktų suma, tačiau patvirtinimo KT nebuvo reguliariai atliekama praėjus 4 savaitėms po pirmine dokumentacija PR.}

buvo 38 pacientai, sergantys PR tarp 96 mokymo rinkinys (iš būdinga atsparumo studijų
). Pacientai, kurių PR atlikta buvo pastebėtas tolesnių biopsija tuo metu ligos progresavimo (, t.y..
, Liga progresuoja pagal PSO kriterijus), vadinama "chemoterapijai atsparia valstybės". buvo gauti iš 22 pacientų, sergančių PR (57,9%) pakankamai biopsijos mėginiai iš navikų yra chemoterapijai atsparia būklę. Atsparumas cheminėms valstybės biopsijos mėginiai kitų 16 pacientų (42,1%) negalėjo būti profiliuoti arba dėl nepakankamo RNR kiekio /kokybės ar pacientų atsisakymo. Nebuvo amžiaus, lyties, histologinio tipo, laiko skirtumas iki ligos progresavimo (LIP) ir bendras išgyvenamumas tarp 22 pakartotinio biopsiją pacientų ir kitų 16 pacientų, kuriems buvo PR, bet nebuvo iš naujo biopsiją. Mėginiai buvo imami ne mažiau kaip 2 savaitėms po paskutinės dozės fluorouracilu, ir
prieš buvo pradėtas antrasis linija chemoterapija, siekiant sumažinti bet kokį ūmų narkotikų poveikis ekspresijos profilio.

Dvi pjesės iš šiurkščiai normalus skrandžio gleivinės audinio mėginiai taip pat buvo renkami iš antralinėje dalyje 21 sveikų savanorių (lentelė S1).

Cheminės įsigyjant atsparumo pasirašymo CF

endoskopiniai biopsijos buvo atliktas siekiant gauti šviežią audinį , Nuo penkerių iki dešimties vienetų šviežių navikų audiniuose buvo gauti ne iš nekrotinio dalį naviko naudojant didelius puodelis biopsijos žnyplės 7,3 mm skersmens ( "Olympus" FB-24K-1, "Olympus", Tokijas, Japonija). Tada gauti šviežios audiniai buvo užšaldomos skystame azoto per 15 min pirmosios biopsijos derliaus nuėmimo. Audinio mėginiai, kurių sudėtyje yra ne mažiau kaip 50% naviko ląstelių buvo neparuoštų RNR kaip buvo aprašyta anksčiau [7]. Vienas mikrogramų visos RNR buvo išplėstos ir kryžminosi į HG-U133A kasetės masyvo, pagal gamintojo protokolu (Affymetrix, Santa Clara, Kalifornija). Visi išraiška Mikrogardelė duomenų galima rasti genų ekspresijos Omnibus (GEO) duomenų bazė (prisijungimas skaičius GSE14210, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo) [METU, Peržiūrėtojas prieiti tik http: //www.ncbi .nlm.nih.gov /GEO /užklausos /acc.cgi žetonas = rtgnlocqoqeiwtw &? ACC = GSE14210]. Genų ekspresijos mikrogardeliq duomenys buvo normalizavosi Tvirtas Daugialustis vidurkį (RMA), naudojant R2.6. Iki ir po CF išraiškos duomenys iš 22 rebiopsied atsakas buvo normalizuotas nepriklausomai nuo ekspresijos duomenimis atskirą grupę 101 ne rebiopsied pacientams. Mikrogardeliq duomenys buvo analizuojami naudojant Brb ArrayTools (versija 3.6, Nacionalinis vėžio institutas, http://linus.nci.nih.gov/BRB-ArrayTools.html) [8].

Genų ekspresijos pokyčius, išskyrė pirminį transkripcijos statusas navikų nuo genų išraiškos būdus, kai navikai tapo chemoterapijai atsparia buvo nustatytas 22 pacientams, sergantiems dokumentais pradinio atsakymo (PR) į CF terapija. Atitiko Mikrogardelė duomenys buvo lyginami tarp mėginių, gautų prieš CF gydymo ir mėginių, surinktų po atsparumo terapija sukurta. Šie duomenys buvo analizuojami naudojant klasė palyginimo algoritmą BRB-ArrayTools (atsitiktine tvarka dispersija modelis), kuri apskaičiuoja suporuotas , T
-test kiekvieno geno naudojant RMA-apibendrinti rąstinius-intensyvumo Affymetrix U133A matricos. Genai skirtingai išreikšta tarp tų 22 apibrėžtais įgytas atsparumas parašą suporuotas pavyzdžius. Tuo funkcija atrankos P
-Pridėtinės Apipjaustymas 0,05 ir 0,01, buvo priskaičiuota kombinacija P verte, kuri yra atsitiktinių kombinacijų, kad nustatyti panašų skaičių reikšmingų genų, kurie randami lyginant tikruosius klasės etiketes dalis.

laikas iki ligos progresavimo buvo brėžiamas naudojant Kaplan-Meier metodu. Rąstinis-rank testas buvo siekiama nustatyti skirtumus tarp išgyvenimo kreivių. Wald testas buvo naudojamas įvertinti statistinį reikšmingumą Cox pavojaus santykį. Kintamųjų regresijos analizė buvo atlikta naudojant Cox proporcinės rizikos analize. Visi šie tyrimai buvo atliekami naudojant SPSS (versija 15.0; SPSS, Inc., Chicago, IL). Kintamųjų kelintinis logistinės regresijos analizė atlikta naudojant SAS (versija 9.1.3, SAS, Cary, NC), įvertinti tarp 72-genų prognozavimo indekso ir rentgenologinių atsakymo asociacija.

transkripcijos faktorius analizė
buvo atlikta

transkripcijos faktorius analizės ieškoti už transkripcijos faktorius tikslų praturtėjimo genuose, apimančios įgytas atsparumas parašas (BRB-ArrayTools). Visi genai paieškoma ši analizė algoritmas buvo kataloguoti, kad transkripcijos faktorius reaguoja kategorijas, pagrįstas eksperimentiškai patikrinta transkripcijos faktorius reagavimą. Transkripcijos faktorius privalomos saugojimui informaciją Transkripcinis reguliavimo elementų duomenų bazės (Tred) [9] buvo naudojamas pašalinti tikslus be jokių eksperimentinės patikros.

Analizė viešojo DNR microarray duomenų iš chirurgiškai gydytų skrandžio vėžiu sergantiems pacientams

viešai prieinama Mikrogardelė duomenys chirurgiškai gydytų pacientų skrandžio generuoja Stanfordo funkcinės genomikos priemonę taip pat buvo gauta iš NCBI GEO duomenų bazės (GSE4007) ir įtraukti apie 30.300 genų, bendrus šių rinkinių. Mikrogardeliq duomenys buvo sukurtas ir normalizuotas kaip aprašyta Leung ir kt pervežimas [10]. Serija poveikis genų ekspresijos buvo pašalintas zondas-protingas reiškia centravimo ir trūkstamų duomenų buvo priskirti su artimiausios vidutiniškai metodas [11]. Array kDNR klonai buvo komentuojami naudojant šaltinio (Stanfordo mikrogardeliq duomenų bazė) ir Entrez GeneID buvo naudojamas kaip kartografavimo identifikatorius Affymetrix HG-U133A masyvo.

Genų rinkinys palyginimas analizuoja

genų rinkinys palyginimas įrankis analizuoja vartotojo apibrėžtos genų rinkiniai diferencinė ekspresija tarp anksto apibrėžtų klasių šaltinio rinkinį. Už kiekvieną source rinkinį, P
-Pridėtinės skaičiuojamas už kiekvieną geną abipusiškai susieti sąvoką lygį vs.
Išgyvenimo laikas naudojant proporcinės rizikos modelį (arba diferencinis išraiškos tarp teminės klases, priklausomai nuo Fenotipiniam pobūdžio), generuoti eiliškumo genų sąrašą tam tikro BRB-ArrayTools projekto. Norėdami gauti N
genų rinkinys, LS statistika yra apibrėžiamas kaip vidutinis neigiamas natūralusis logaritmas, P
k dydžiai Atitinkamų vieno geno Vienaveiksnės bandymų [12]. Santrauka statistika yra skaičiuojama, kad apibendrina tai P
verčių per vartotojo nustatytą genų rinkinį; santrauka statistika yra vidutinis žurnalas ( P
) už LS santrauką, kaip P
reikšmės skiriasi nuo vienodo paskirstymo LS [12]. Santrauka statistika yra susijusi su suvestines statistikos platinimo atsitiktinių imčių, N
genai, atrinkti iš tų, atstovaujama masyvo. Čia N
yra genų vartotojo apibrėžta genų skaičių rinkinyje. 100.000 Atsitiktinės genų rinkiniai buvo imami apskaičiuoti šį paskirstymą. LS P
vertė yra atsitiktinių rinkinių proporcija N
genai su mažesniais vidutiniais suvestinių statistinių duomenų, nei LS santraukos skaičiuojamą realius duomenis. Šis metodas yra naudojamas įvairių tipų koreliacija tarp genų ekspresijos lygį ir fenotipo įvairovė. Iš fenotipo (pavyzdžiui, išgyvenimo laiko ar dvejetainių rodiklių) pobūdį lemia būdą, kuriuo geno konkretus P
vertės apskaičiuojamos. An LS P
vertė mažesnė nei 0,005 laikoma reikšminga.

Cheminės skrandžio vėžio konkrečių pasirašymo ir skrandžio vėžio diferenciacijos parašo

Viso RNR buvo išskirta iš šaldytų endoskopinis renkami iš 21 sveikų savanorių biopsijos mėginiai antralinių gleivinės ir analizuojami microarray kaip buvo aprašyta anksčiau. Siekiant nustatyti skrandžio vėžio konkrečiai parašo, mes palygino raiškos duomenis iš 21 įprastų bandinių su 101 mėginių iš pacientų prieš chemoterapiją mėginių (išskyrus 22 rebiopsied pacientų vartojo plėtoti įgytas atsparumas parašas) per klasės palyginimo algoritmai BRB- ArrayTools.

iš 101 pacientų, 41 pacientų Lauren anketa žarnyno histologinis tipas pirminių navikų ir 60 turėjo Difuzinis tipą. Mišrūnė tipo navikai skirstomi kartu su difuzinio tipo. Diferencijavimu parašas buvo nustatyta lyginant genų ekspresijos duomenis iš 41 žarnyno tipo pavyzdžiai su 60 pasklidųjų tipo pavyzdžiai naudojant klasė palyginimo algoritmai BRB-ArrayTools.

generavimas es ląstelių parašų iš paskelbtų duomenų

Norėdami generuoti vartotojo nustatytą genų rinkinį mūsų genų palyginimas analizes, mes priėmėme keletą genų sąrašus iš paskelbto darbo Ben-Porath ir kt pervežimas [13], kurioje susijusių keletas genų rinkiniai su ES mobilųjį tapatybės buvo rengiami genų rinkinys palyginimas analizes. Yra " ES nustatyti
Sąvoka" anksčiau buvo apibrėžta Ben-Porath ir kt
[13], kaip genai per daug išreikštų žmogaus es ląstelių bent 5 iš 20 profiliavimo tyrimai [14 ]. Tai es tada išraiška rinkinys buvo keičiama [13], kad genai į "platinimu" Gene ontologijos ir platinimo klasterio krūties vėžio [13], [15], buvo atmesti ir vadinama ES nustatyti be platinimo genų
. Sąrašai tikslinių genų už MYC [16], SOX2 [17], OCT4 [17], nanog [17], SUZ12 [18], EDF [18] ir H3K27 [18], kurie yra pagrindiniai transkripcijos veiksniai kamieninių ląstelių, taip pat buvo priimti nuo Ben-Porath [13]. Šie genai iš pradžių buvo žymimas chromatino imunoprecipitaciją matricų tyrimų [16] - [18]. Juk mūsų genų rinkinys palyginimas analizes, Entrez ID [13] tikslinių genų buvo priskirta zondas užsibrėžtų ID apie HG-U133A masyvo (www.NetAffx.com).

Cheminės 72-genų prognozavimo puslapis

Tarp 468 genų aktyvinama tuo chemoterapijai atsparia valstybės ( p
< 0,01), 72 unikalių genų buvo nariai bent vieną iš 4 paskelbtą eS ląstelių susijusių genų rinkiniai
( " eS nustatyti be platinimo genų UAB" [13], [15], eksperimentiniu-patvirtinti MYC transkripcijos faktorius taikinio geno rinkinys (TRED MYC_T00140) [9], ir tikslinių genų MYC ir SOX2 identifikuojama chromatino imunoprecipitacijos masyvo tyrimas [16], [17]). Genominės prognozuoti (vadinamos "72-genų prognozavimo indeksą") buvo apskaičiuota apskaičiuojant svertinį tiesinę kombinaciją žurnalas signalo vertės šių 72 unikalių genų sutampančių tarp įgyto atsparumo pasirašymo ir " ES mobiliuosius susijusių genų rinkinius UAB ". Vienmatės , T
-statistics lyginti klases (įsigijo chemoterapijai atsparia vs.
Pirminio apdorojimo narės) buvo naudojami kaip svoriai. BRB-ArrayTools (klasės prognozavimo) buvo naudojama apskaičiuoti T
-Pridėtinės kiekvieno geno. buvo išbandytas prognozavimo galia 72 genų prognozavimo indekso laikas iki ligos progresavimo ir išgyvenimo naudojant Cox proporcinės rizikos modelį.

Rezultatai

Cheminės įsigyjant atsparumo pasirašymo CF

Dvidešimt du pacientai, kurie parodė klinikinį atsaką (Pr) CF terapija buvo biopsiją prieš gydymo pradžią ir po to po ligos progresavimo po chemoterapijos. Prieš ir po CF mėginiai reikšmingai nesiskyrė į naviko ląstelių procentais ir priemonių Mikrogardelė duomenų kokybės kontrolei (1 lentelė ir lentelė S2). Mediana intervalas tarp 2 biopsijos buvo 8,7 mėnesio (interkvartilinis asortimentas, 6,4-12,6). Nuo kombinacija P
vertės buvo nuolat mažesnis nei 0,05 adresu P
Apipjaustymas dėl funkcijų parinkimo 0,01 ir 0,05 (pakaitos P
vertės, 0,012 ir 0.006, atitinkamai), Tai rodo, kad genų ekspresijos labai skiriasi tarp chemoterapijai atsparia ir pirminio apdorojimo narių. Genai skirtingai išreikštos tarp pirminio miesto būklės 22 auglių, kad pasitvirtino iš pradžių reaguoja į CF chemoterapija ir auglius nuo pačių pacientų po to išsivystė į įgytą chemoterapijai atsparia valstybės buvo identifikuoti kaip "įgytas atsparumas parašų". 2,446 genai buvo aptikta įgytas atsparumas pasirašymo su funkcija atrankos P
< 0,05, o 633 genai buvo nustatyti naudojant funkciją pasirinkimą P
< 0,01. Labiausiai atstovavo funkcionalus kategorija įsigytos atsparumo pasirašymo buvo , baltymų sintezę
(lentelė S3; Išradingumas Kelias analizė [www.ingenuity.com]), kuri apima AKT1
, ribosomos subvieneto mRNR ( RPS6, RPL13, RPL14, RPL15, RPL18, RPL29, RPL3, RPL30, RPL4, RPS11, RPS19, RPS9
) ir eukariotinių vertimas inicijavimo veiksniai ( EIF4B EIF3D, EIF3E, EIF3F, EIF3H
). Akt /mTOR ir RAS-MAPK signaliniai moduliai yra du labiausiai ištirtas keliai, kad nedemonstruoja svarbiausią poveikį transliacijos reguliavimo [19]. Atsižvelgiant į tai, kad kartu ląstelę šių pagrindinių komponentų per šį eliminacijos ( AKT1
( P
= 0,0012), EIF4B
( P
= 0.0089), ir RPS6
( P
= 0,0009)), The PI3K /Akt /mTOR preziumuojama signalo perdavimas kelias turi būti aktyvuotas įgytas atsparumas valstybės (S1 paveiksle). AKT1 buvo susijęs su in vitro
cisplatina varža [20] - [22]. mTOR slopinimas taip pat buvo žinoma, kad pakeisti in vitro
įsigijo atsparumas endokrininės terapijos ir EGFR inhibitoriais krūties ir plaučių vėžio, atitinkamai [23], [24]. Nuo erbb2
taip pat aktyvinama į įgytas atsparumas parašas ( P
= 0,0065), erbb2
gali vaidinti vaidmenį ląstelę Baltymų sintezė
AMŽIAUS genai, per aktyvavimo mTOR keliu [25].

transkripcijos faktorius genų rinkinys palyginimas analizė parodė, kad įgytas atsparumas parašas yra praturtintas tikslų keliais transkripcijos veiksnių, įskaitant MYC taikinio geno rinkinys (TRED MYC_T00140) [9] (lentelė S4 "). Tai dera su microarray literatūros duomenys, kad genų reaguoja į Myc raiškos dauguma dalyvaujančių makromolekularnego sintezei, baltymų apykaitai ir medžiagų apykaitą, taip pat 30 ribosomų baltymas genų [26].

Apie įgytas atsparumas parašas atskirtų pacientus pagal laiką iki ligos progresavimo po CF terapija, tačiau tai nėra prognostinė skrandžio vėžiu sergančių pacientų, gydytų tik chirurginiu

norėjo nustatyti, ar išraiška įgytas atsparumas pasirašyti skrandžio vėžio navikų pirminės diagnozės buvo prognozuoti atsaką į CF terapija. Išraiška įgyto atsparumo parašas atskirą grupę 101 ne-rebiopsied skrandžio vėžiu sergantiems pacientams buvo nustatytas ir susijusiais su klinikiniu rezultatus pacientų, pagal kurį pagrindinis hierarchinis buvo suskirstyti pacientai. Pacientams, be pakitimų pradžių išmatuoti diagnostikos, laikas iki ligos progresavimo (LLP) buvo matuojama nuo CF gydymo pradžios iki to laiko, kai buvo reikalaujama kurio reiktų keisti gydymą, nes vienareikšmiškai ligos progresavimo. Hierarchinis grupavimas iš 101 pirminio apdorojimo mėginių buvo atliktas naudojant 2446-genų įgytas atsparumas parašą. Metu nustatoma, kaip matuojamas pagal TTP buvo žymiai skiriasi tarp pacientų kiekvienoje iš dviejų pagrindinių grupių. Pacientai klasterius su padidintu išraiškos genų aktyvinama į chemoterapijai atsparia valstybės turėjo žymiai trumpesnį LLP nei pacientams su mažesniu išraiškos šių genų (log-rank P
reikšmė = 0,033) (1a pav.) Siekiant dar labiau įvertinti šių 2,446 genų su TTP 101 pacientų asociacija, mes taip pat atliko išlikimo rizika prognozavimo analizę BRB-ArrayTools, kurioje visas 10 kartų kryžminio patvirtinimo procesas buvo pakartotas naudojant 2,446 genus ir logoritminis rangas statistika už TTP tarp 2 prognozuojama rizikos grupių buvo gauta už kiekvieną atsitiktinės rinkinį su LIP duomenų stipriu tarp 101 pacientų [8], [27]. Kėliniai P
vertė bandymų null hipotezę, kad nėra ryšio tarp 2,446 genų ir TTP, kuri yra uodega plotas šio null paskirstymo už log-rank reikšmė, gauta realiais duomenimis, buvo įvertintas 0,06 , tai rodo Borderline reikšmę asociacijos. Pacientai klasterius su padidintu išraiškos 468 genų aktyvinama į chemoterapijai atsparia narėje P
< 0,01 taip pat turėjo žymiai trumpesnį LLP nei pacientams su mažesniu išraiškos šių genų (log-rank p
vertė = 0,012) (1B pav.) Šie rezultatai rodo, kad įgytas atsparumas parašas atspindi realią molekulinė profilį chemoterapijai atsparia klonų, o ne nespecifinių vaistų poveikį.

Mes taip pat norėjo toliau spręsti, ar šie įgytas atsparumas parašai buvo prognozuoti CF atsakymo arba sudarė bendrą prognostinę parašą gali prognozuoti išlikimą 88 skrandžio vėžiu sergantiems pacientams, kurie buvo gydomi chirurginiu būdu vienas ir ne chemoterapijos ^{10. Nei vienas iš šių dviejų įgytas atsparumas parašų (2,446 arba 633 genų) buvo prognozuoti Išgyvenimo chirurginiu būdu apdorotų skrandžio vėžiu sergantiems pacientams, naudojant tą pačią hierarchinę grupavimo metodą, kaip nurodyta pirmiau (log-rank P
vertės, 0,84 ir 0,41, atitinkamai ). Taigi, įgytas atsparumas parašas prognozuoti pacientų reakcijos į CF ir ne tik prognostinė skrandžio vėžiu sergančių pacientų apskritai.}

įgytas atsparumas parašas akcijos daug funkcijų su vidiniu atsparumo pasirašymo, bet ne su skrandžio vėžį specifinis parašas arba skrandžio vėžys diferenciacija parašas

tada Šie įgytas atsparumas parašai buvo palygintos su vidiniu atsparumo narkotikų pasirašymo atskirą grupę 101 ne rebiopsied pacientams, naudojant genų rinkinys palyginimo analizę BRB-ArrayTools [12] , Trumpai tariant, šis algoritmas skaičiuojamas P
-Pridėtinės už kiekvieną 2,446 genų susieti sąvoką lygį vs.
TTP šių 101 pacientų naudojant proporcinės rizikos modelį. Tada jis skaičiuojamas vidutinis neigiamas natūralus logaritmas P
k dydžiai bendrosios genų Vienaveiksnės bandymų (Lt statistika šios 2,446 genų rinkinys) ir atsitiktinių rinkinių 2,446 genų dalį su mažesniais vidutiniais suvestinių statistinių duomenų, nei įprastinių LS santraukos kompiuterinė realius duomenis (Lt P
vertės). Tas pats tyrimas buvo pakartotas 633 genų atrinktų P
< 0,01. Suderinamas su rezultatais hierarchinę klasterių analizes, buvo nustatyta, kad įgytas atsparumas parašai turi būti labai prisodrinto į "vidinę atsparumo parašas" atskiro grupės 101 CF pacientams. LS imti pakartotinius mėginius P
vertės buvo < 10 ^{-5 abi user-defined genų rinkiniai pažymėtus skirtingų Apipjaustymas apibrėžti įgytas atsparumas parašą (, ty
, už 2,446 ir 633 genai). Genai, sutapimo įsigytų ir būdingas atsparumas parašų, yra išvardyti 2 lentelėje 2C pav b
Už grafiškai rodo, kad 468 genai aktyvinama tuo chemoterapijai atsparia būklės 22 rebiopsied pacientų ( P
< 0,01) Rodyti Współbrzmieniowy raiška ne rebiopsied pacientams, sergantiems trumpesnį TTP, o 165 genai downregulated tuo chemoterapijai atsparia valstybės parodyti Współbrzmieniowy raiška pacientams su ilgesniu TTP.}

Naudojant panašų geną palyginimą analizes, įgytas atsparumas parašai buvo tada palyginti su ", skrandžio vėžys konkrečiai parašo UAB" ir "skrandžio vėžio diferenciacijos parašo UAB" šių 101 pacientų. Norėdami palyginti įgytas atsparumas parašą " skrandžio vėžio konkrečiai parašo UAB", LS statistinį 2,446 genų įsigytos atsparumo pasirašymo buvo įvertintas apskaičiuojant vidutinį neigiamą natūraliojo logaritmo P
k dydžiai bendrosios genų Vienaveiksnės bandymų diferencinė ekspresija kiekvienas 2,446 genų tarp 101 skrandžio vėžiu sergančių pacientų ir 21 sveikų savanorių. Nėra didelis sutapimas genų išraiškos buvo pastebėta lyginant įgytas atsparumas parašą į " skrandžio vėžio konkrečiai parašo UAB" (LS, P
vertė = 0.96; lentelė S5). Be to, nebuvo didelis sutapimas tarp 2446-genų įgytas atsparumas parašu ir "skrandžio vėžio diferenciacijos parašas UAB" kad mes identifikuojamos per genų ekspresijos palyginti Lauren anketa intestinal- (n = 41), vs
difuzinis tipo (n = 60) navikai, arba (LS P
vertė = 0,024; lentelė S5). Šie rezultatai dar rodo, kad įgytas atsparumas parašas reiškia genų dysregulated kartu su Atsparumas cheminėms, o ne vėžio apskritai rinkinį.

Įsigytos atsparumo parašas akcijos yra su kamieninių ląstelių parašų

Atsižvelgiant į tai, sudėtingus tinklus kamienines ląsteles galima geriausiai aptinka ekspresijos analizės daugelio genų, mes atliekame keletą genų nustatyti palyginimas analizuoja lyginant mūsų įgytas atsparumas parašus su paskelbtais es ląstelių parašų kaip pranešė Ben-Porath ir kt pervežimas ^{13 (lentelė S6). Mes iškėlė hipotezę, kad lyginant įgytas atsparumas parašą su es ląstelių parašų būtų informatyvus, nes ji buvo pasiūlyta, kad vėžys kamieninių ląstelių turi kamieninių ląstelių panašių bruožų [28].}

Mūsų įgytas atsparumas parašas, skirtingai nei