PLoS One: A Gene Expression aláírása szerzett kemorezisztenciájának a ciszplatin + fluorouracil kombinált kemoterápia gyomorrákban Patients

absztrakt katalógusa

Háttér katalógusa

Mi indított prospektív vizsgálat azonosítani transzkripciós változások összefüggnek a szerzett kemoterápia ellenállást előtti és utáni biopszia mintákat ugyanabban a betegben, és felfedjék a lehetséges molekuláris útvonalakat vesz részt a kezelés elmaradása segítse terápiás alternatíva. katalógusa

Módszertan /fő eredményei katalógusa

a prospektív, nagy áteresztőképességű transzkripciós profilozás vizsgálatot végeztünk endoszkópos biopsziás mintákban a 123 metasztatikus gyomor rákos betegek megelőzően cisplatin és fluorouracil (CF) kombinált kemoterápia. 22 betegnél, akik kezdetben reagáltak a CF újból biopsziát, miután szemben rezisztenciát fejlesztettek CF. Szerzett kemoterápia rezisztencia aláírás azonosították elemzésével génexpressziós profilokat a párosított pre- és post-CF kezelt mintákban. Katalógusa

A szerzett rezisztencia aláírást tudja szétválasztani külön kohorsz 101 újonnan diagnosztizált gyomorrákos betegek szerint a progresszióig eltelt idő után CF Hierarchikus klaszterezés segítségével 633-gén szerzett rezisztencia aláírás (funkció kiválasztása a P katalógusa < 0,01) elkülönítjük a 101 előkezelő beteg mintákat két csoportban szignifikánsan eltérő időpontban a progresszió (2,5 vs. 4,7 hónap). Ez 633-gén aláírás szerepel a túlszabályzását Akt1 katalógusa, EIF4B katalógusa, és RPS6 katalógusa (mTOR útvonal), a DNS-javítás és gyógyszer-metabolizmus géneket, és gazdagodott a gének túltermelõdik embrionális őssejt aláírásokat. A 72-gént a szerzett rezisztencia aláírás (részhalmaza 633 gén aláírás is azonosították ES sejtekkel kapcsolatos gén készlet) volt független előrejelzője a progresszióig eltelt idő (korrigált P katalógusa = 0,011) és a túlélés (kiigazított P katalógusa = 0,034) ezen 101 beteg. katalógusa

Következtetés /Jelentés katalógusa

Ez az aláírás kínálhatnak új betekintést azonosítja az új célok és terápiák leküzdéséhez szükséges a szerzett rezisztencia gyomorrák a CF katalógusa

Citation: Kim HK, Choi IJ, Kim CG, Kim HS, Oshima a, Michalowski a, et al. (2011) génexpressziós aláírása szerzett kemorezisztenciájának a ciszplatin + fluorouracil kombinált kemoterápia a gyomorrákos betegek. PLoS ONE 6 (2): e16694. doi: 10,1371 /journal.pone.0016694 katalógusa

Szerkesztő: Alfons Navarro, University of Barcelona, ​​Spanyolország katalógusa

Beérkezett: szeptember 10, 2010; Elfogadva: december 24, 2010; Megjelent: február 18, 2011 katalógusa

Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Public Domain nyilatkozat, amely kimondja, hogy ha elhelyezett nyilvános, ez a munka is szabadon másolható, terjeszthető, továbbítani, módosítani, épül, vagy más módon bárki felhasználhatja bármilyen törvényes célra. katalógusa

Forrás: Ezt a munkát részben támogatta a National Institutes of Health Intramural Program, Center for Cancer Research, National Cancer Institute; a koreai Nemzeti Rákkutató Központ Grant 0910570 és a Converging Research Center Program révén az Oktatási Minisztérium, Tudományos és Technológiai (2010K001121). A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető

megértése tumorok fejlődnek molekuláris szinten leküzdeni a citotoxikus kemoterápia egy kritikus lépés a fejlődő terápiás megközelítések, amelyek megakadályozzák vagy leküzdeni kemorezisztencia. Azonban, mivel a nehezen jutnak soros tumorbiopsziák betegekből származó különböző szakaszaiban a terápia, az azonosító molekuláris változások, amelyek akkor jelentkeznek, mint a daganatok ellenállóvá válnak terápia már egy bosszantó probléma. A soros gyűjteménye szilárd tumor azonos mintát a betegek rendkívül nehéz volt a klinikai környezetben, de a gyomorrák egyedülálló lehetőséget nyújt erre a célra, mivel gyakran kezdetben reagál a kemoterápiára, és ismételt endoszkópos lehet végezni, hogy nyomon tumor válasz kemoterápia.

Ebben a vizsgálatban, endoszkópos biopsziás mintákat vettünk gyomor rákos betegeknél. Mi azonosított génexpressziós aláírást szerzett kemorezisztenciájának a cisplatin és fluorouracil (CF) kombinált kemoterápia, összehasonlítva gyűjtött minták előtt CF terápia vett mintákban azonos beteg idején ellenállás CF alapján fejlesztik az objektív klinikai progresszió. Ezt a megközelítést használva, tudtuk azonosítani molekuláris jelöltek, hogy esetleg vezethet az új célzott terápiák számára gyomorrák. Fontos, hogy azt is megállapította, hogy a megszerzett kemorezisztenciájának aláírás tudta azonosítani, hogy az újonnan diagnosztizált gyomorrákos betegek volna egy rövid vagy több, a tartós válasz CF terápia. Mivel a szerzett rezisztencia aláírás már erősen képviselteti magát a nem reagáló, és nem valószínű, hogy a számos kifejezés bekövetkező változások globális szinten fog fejlődni, viszonylag rövid idő alatt, a mi eredmények jelennek meg, hogy támogassa a hagyományos, klónszelekció modell tumor progresszió és a szerzett kemorezisztenciájának [1]. Azonosító biomarkerek, amelyek megkülönböztetik a rákos betegek, akik vagy nem részesülhet citotoxikus kemoterápia nagyban javítja a klinikai kezelése. Bár a vizsgálatok segítségével nagy áteresztőképességű transzkripciós profilalkotás előkezelés biopsziás mintákat igyekezett meghatározni, hogy az ilyen előrejelző, a teljesítmény e előrejelzője vegyes volt [2]. Részben ez lehet az oka, hogy nehezen tudták meghatározni robusztus gén aláírás tumorok népesség nagy genetikai variáció. Adataink arra utalnak, hogy expressziós profiljának meghatározása a kezelés utáni minta lehet egy lehetséges alternatív megközelítést. Katalógusa

Egyes vizsgálatok arra utalnak, hogy a daganatok, amelyek fejlesztése kemorezisztenciájának szerezhet bizonyos tulajdonságait rejlő őssejtekkel, és hogy a kemoterápiás kezelés vezet egyidejű dúsítás rákos őssejtek in vitro
[3]. Azt is kiderült, hogy a szerzett rezisztencia aláírás feldúsított gének korábban azonosított embrionális őssejtek (ES) sejt expressziós aláírások, továbbá arra utal, hogy a gyomorrák, kemorezisztencia ered kiválasztott előre meglévő sejtek különösen őssejt jellemzői.

anyagok és módszerek katalógusa

a beteg eredményszemléletű és nyomon követése katalógusa

Ez a rész egy prospektív vizsgálat által jóváhagyott intézményi Review Board (IRB) a Nemzeti Rákkutató Központ Kórház Goyang, Korea (NCCNHS01-003). Minden résztvevő aláírt egy IRB által jóváhagyott tájékozott beleegyező nyilatkozatot. Jogosultság regisztrációját a vizsgálatban az alábbi paraméterek: 1) életkor ≥18 év; 2) szövettanilag igazolt gyomor adenokarcinóma; 3) klinikailag dokumentált távoli áttét; 4) nincs korábbi vagy egyidejű rosszindulatú eltérő gyomorrák; 5) korábban nem a kemoterápia, vagy adjuváns vagy palliatív; 6) megfelelő, az összes főbb szervek. A betegek, akik elvesztek a követés befejezése előtt 6 kemoterápiás ciklusban, kivéve dokumentált progresszív betegség, kizárták az elemzéseket. Katalógusa

A prospektív vizsgálat volt 2 célkitűzéseket. Az első cél, amely a hangsúlyt a másik papírt [4], az volt, hogy dolgozzon ki egy genomi előrejelzője kezdeti kemoterápia válasz összefüggésbe hozzuk expressziós profil adatait előkezelés minták klinikai eredmény ( belső ellenállás vizsgálat katalógusa). A minta mérete a tárgyalás a tervek alapján az első cél. A tanító, 91 eseményt a becslések szerint szükség α = 0,001, β = 0,05, τ (szórása log intenzitás) = 0,75, és δ (kockázati arány társul egy egységnyi változás a log intenzitás) = 2. Így 96 előkezelés gyűjtöttünk 2001. augusztus 2005. január képzési set (a belső ellenállás vizsgálat katalógusa). A második csoport a 27 alkalmas betegek beiratkozott a tömb validációs csoport között 2005 februárja és 2006 áprilisában, amely magában foglalja a 22 kezelt beteg CF és 5 kezelt betegeknél cisplatin + szájon át adott kapecitabin (a fluorouracil pro-drug egyenértékűnek tekinthető fluorouracil; CX ). CX terápia bebizonyosodott, hogy terápiásan egyenértékű a CF rend áttétes gyomorrák. [5] katalógusa

A második cél a mi prospektív vizsgálat, amelyet követett elemzések jelen tanulmányban bemutatott, az volt, hogy azonosítsa a génexpresszió aláírás a megszerzett kemorezisztenciájának összehasonlításával előtti és utáni kezelés mintáinak klinikai reagáló ( szerzett rezisztencia vizsgálat katalógusa). A kezdeti endoszkópos biopszia, minden vizsgálatban a betegeket prospektív kezelt és nyomon követték. A betegeket a ciszplatin (60 mg /m ^{2, D1) kombinálva mindkét fluorouracil (1 g /m 2, 5 napig; n = 118) vagy kapecitabin (Xeloda®; Roche; 1,250 mg /m 2 BID 2 hétig; n = 5) 5, minden 3. héten. Kemoterápiás dózisok csökkentették függően toxicitások és a beteg teljesítmény státusz. Specifikus dózis módosítása rendszerek a következő kezelési ciklusban voltak belátása szerint a jelenlévő onkológus. A kezelést a fluorouracil lehetne rövidíteni belátása szerint az onkológus 5-3 nap idős betegeknél (≥70 év), vagy beteg a rossz teljesítési státusszal (Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG) teljesítmény státusz ≥2). Hasi spirál komputertomográfia (CT) végeztünk minden beteg minden 3 kemoterápiás cikluson keresztül ( azaz.
, 9 hét). Objektív válasz dokumentálni mérhető betegséggel rendelkező betegeknél szerint az Egészségügyi Világszervezet (WHO) kritériumok [6]. Egy részleges választ (PR) úgy határozzuk meg, mint több, mint 50% -os csökkenés az összege a termékeket a 2. legnagyobb merőleges átmérő mérhető elváltozások legalább 4 hétig, de egy megerősítő CT nem rutinszerűen után 4 héttel a kezdeti dokumentáció PR. katalógusa}

voltak 38 beteg közül 96 PR tanító ( belső ellenállás vizsgálat katalógusa). Betegek PR ment nyomonkövetési biopszia idején a betegség progresszióját figyelték meg ( azaz. Katalógusa, progresszív betegség szerint a WHO-kritériumok), a továbbiakban a "kemorezisztens állam". Megfelelő biopsziás mintákat tumorok egy kemorezisztens állapotban volt elérhető a 22 beteg PR (57,9%). Kemorezisztenciájának állam biopsziás mintákat a többi 16 beteg (42,1%) nem lehetett profilozott miatt akár a nem megfelelő RNS mennyiség /minőség vagy a betegek elutasítást. Nem volt különbség a kor, a nem, a szövettani típus, a progresszióig eltelt idő (TTP) és a teljes túlélés között 22 ismételt biopsziát betegek és a többi 16 beteg, akik PR, de nem kerültek újra biopsziát. Gyűjtöttük legalább 2 héttel az utolsó adag a fluorouracil és katalógusa előtt második vonalbeli kemoterápia indult annak érdekében, hogy minimalizálják a heveny drog hatásait expressziós profiljának. Katalógusa

Két darab súlyosan normál gyomornyálkahártya szöveti mintákat is gyűjtöttünk antrumból 21 egészséges önkéntes (táblázat S1). katalógusa

azonosítása szerzett rezisztencia aláírását CF katalógusa

az endoszkópos biopszia végeztünk, így a friss szövet . Öt-tíz darab friss tumorszövetekben kaptuk nem-nekrotikus része daganat nagy csésze biopsziás fogó 7,3 mm átmérőjű (Olympus FB-24K-1, az Olympus, Tokió, Japán). Ezután kapott friss szöveteket lefagyasztottuk folyékony nitrogénben 15 percen belül az első biopszia aratás. A szövetmintákat, amelyek legalább 50% tumor sejteket feldolgoztuk RNS a korábban leírtak [7]. Egy mikrogramm össz-RNS-t amplifikáltunk, és hibridizáltuk egy HG-U133A patron tömb szerint a gyártó protokollja szerint (Affymetrix, Santa Clara, CA). Minden expressziós microarray adat a Gene Expression Omnibus (GEO) Adatbázis (nyilvántartási száma GSE14210, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo) [Jelenleg REVIEWER Csak hozzáférés: http: //www.ncbi .nlm.nih.gov /geo /lekérdezés /acc.cgi? token = rtgnlocqoqeiwtw & acc = GSE14210]. A génexpressziós microarray adatokat normalizáltuk Robust Multichip Average (RMA) alkalmazásával R2.6. Pre- és post-CF-expressziós adatokkal 22 rebiopsied reagáló normalizáltuk függetlenül az expressziós adatokat egy külön csoportját 101 nem-rebiopsied betegeknél. Microarray adatok segítségével elemeztük BRB ArrayTools (version 3.6, National Cancer Institute, http://linus.nci.nih.gov/BRB-ArrayTools.html) [8]. Katalógusa

A génexpressziós változások különböztetni a kezdeti transzkripciós állapotát daganatok génexpressziós amikor a tumorok lett kemorezisztens meghatároztuk a 22 beteg dokumentált első válasz (PR) a CF terápia. Egyező microarray adatok összehasonlítottuk a kapott minták előtt CF kezelése és mintákban után rezisztencia kezelés fejleszteni. Ezeket az adatokat elemeztük az osztály algoritmust BRB-ArrayTools (random variancia modell), amely kiszámítja a párosított t katalógusa próba minden génben a RMA--ról log-intenzitások Affymetrix U133A tömbök. Gének eltérő expressziót ezek között 22 párosított minták meghatározása a szerzett rezisztencia aláírást. Abban funkció kiválasztása P katalógusa -érték cutoffs 0,05 és 0,01, a permutációs P értéket úgy számították ki, amely az aránya véletlen permutációk, amelyek azonosítják a hasonló számos jelentős gének összevetve megállapítható az igazi osztály címkéket.

a progresszióig eltelt idő függvényében ábrázoltuk a Kaplan-Meier-módszerrel. A log-rank teszt segítségével mértük közötti különbségek túlélési görbék. Wald teszt azt vizsgáltuk, hogy a statisztikai jelentősége a Cox hazárd. Többváltozós regressziós analízist végeztünk a Cox. Mindezek a analíziseket SPSS (version 15.0; SPSS Inc., Chicago, IL). Többváltozós ordinális logisztikus regressziós analízist végeztünk a SAS (version 9.1.3, SAS, Cary, NC), hogy értékelje a szövetség között a 72 gén prediktív index és radiográfiai választ. Katalógusa

A transzkripciós faktorok elemzése katalógusa

a transzkripciós faktorok elemzéseket végeztünk, hogy vizsgálja meg a dúsítás transzkripciós faktor célpontok a génekben, amely a szerzett rezisztencia aláírás (BRB-ArrayTools). Minden gén lekérdezett ebben elemzési algoritmust már katalogizált transzkripciós faktor reagáló kategória alapján kísérletileg igazolt transzkripciós faktor érzékenységet. Transzkripciós faktor-kötő curation információt a transzkripciós szabályozó elem Database (TRED) [9] arra használták, hogy megszűnjenek célokat nélkül kísérleti ellenőrzése. Katalógusa

elemzése nyilvános DNS microarray adatok sebészileg kezelt gyomorrákos betegek katalógusa

nyilvánosan hozzáférhető microarray adatokat sebészetileg kezelt gyomor betegek által generált Stanford Funkcionális genomika Facility is nyert az NCBI GEO adatbázis (GSE4007) és benne körülbelül 30.300 gének közös ezekre adatkészletek. A microarray adatok generáltunk és normalizált leírt Leung és munkatársai katalógusa [10]. Batch hatások génexpresszió eltávolítottuk szondával járásával jelenti központosító és a hiányzó adatokat imputált a legközelebbi szomszéd átlagolási módszer [11]. A tömb cDNS klónokat címkézést használ SOURCE (Stanford Microarray adatbázis), és a Entrez GeneID használták a térképészeti azonosítója Affymetrix HG-U133A tömbben. Katalógusa

Gene készlet összehasonlítása elemzések katalógusa

A gén készlet összehasonlítás eszköz elemzi a felhasználó által definiált gén készlet eltérő expressziója között előre meghatározott osztályok egy forrás adatbázisba. Minden forrás adatbázisba, a P katalógusa értékből kiszámítjuk minden egyes gén megfeleltetni az expressziós szint vs. Katalógusa túlélési időt arányos kockázati modellt (vagy eltérő expressziója között előre meghatározott osztályok, jellegétől függően a fenotípus), így egy rangsorolt ​​gén listáját egy adott BRB-ArrayTools projektben. Egy sor N katalógusa gének, az LS statisztikákba meghatározása: az átlagos negatív természetes logaritmusa P katalógusa -értékei a megfelelő egyetlen gén egyváltozós vizsgálatok [12]. Egy összefoglaló statisztika kerül kiszámításra, amely összefoglalja ezeket P katalógusa feletti értékek a felhasználó által definiált gén készlet; Az összefoglaló statisztika átlagos log ( P katalógusa) az LS röviden ismertetni kell a P katalógusa értékek eltérnek egyenletes eloszlást LS [12]. Az összefoglaló statisztika kapcsolódik a megoszlása ​​az összesítő statisztikákat minták véletlenszerű N katalógusa gének, mintavétel amelyek képviseltetik magukat az tömb. Itt N katalógusa a gének száma a felhasználó által definiált gén készlet. 100000 random gén készlet mintát vettek, hogy kiszámolja eloszlást. Az LS P katalógusa érték aránya véletlen sorozat N katalógusa gének kisebb átlagos összefoglaló statisztikákat, mint az LS összefoglalók kiszámítjuk a valós adatokat. Ezt a megközelítést alkalmazzuk a különböző típusú közötti korrelációk génexpresszió szintek és fenotípus. A természet a fenotípus (például, a túlélési idő vagy bináris mutatók) határozza meg azt a módot, amelyben a gén specifikus P
értékeket számítjuk. LS P katalógusa értéke kisebb, mint 0,005 jelentősnek tekinthető. Katalógusa

azonosítása a gyomorrák-specifikus aláírással és gyomorrák differenciálás aláírás katalógusa

A teljes RNS-t izoláltunk fagyasztott endoszkópos biopsziás mintákat az antrális nyálkahártya gyűjtött 21 egészséges önkénteseken és elemeztük microarray az előzőekben leírt. Annak érdekében, hogy azonosítsa a gyomorrák-specifikus aláírás, összehasonlítottuk az expressziós adatokat a 21 normál mintákat 101 betegektől származó mintákban, a kemoterápia előtt a mintákat (kivéve a 22 rebiopsied betegek kifejlesztéséhez használt szerzett rezisztencia aláírás) segítségével osztály összehasonlító algoritmusok a BRB- ArrayTools.

101 beteg, 41 betegnél Lauren bél szövettani típusú elsődleges tumorok és 60 volt diffúz típusú. Vegyes típusú daganatok kategorizáljuk együtt diffúz típusú. A differenciálás aláírást azonosítottuk génexpressziós adatokat a 41 intesztinális típusú minták 60 diffúz típusú minták segítségével osztály összehasonlító algoritmusok BRB-ArrayTools. Katalógusa

generálása ES sejt aláírások közzétett adatok katalógusa

Hogy létrehoz egy felhasználó által definiált gén készlet a gén összehasonlítás elemzések, amit elfogadott számos gén listákat a közzétett munka ben-Porath és munkatársai katalógusa [13], amelyben több gén határozza kapcsolódó ES sejt identitás állítottak össze a gén készlet összehasonlítás elemzéseket. Egy " ES Expression Set
" korábban meghatározott Ben-Porath és munkatársai katalógusa [13], a gének túlzott kifejezett humán ES sejteket legalább 5 kivéve 20 profilozási tanulmányok [14 ]. Ez ES kifejezés készlet ezután módosították [13], hogy a gének a "burjánzás" Gene ontológia és elterjedése klaszter emlőrák [13], [15] kizárták, és a továbbiakban a ES nélkül proliferációs géneket
. Jegyzéke target gének MYC [16], Sox2 [17], OCT4 [17], Nanog [17], SUZ12 [18], EED [18], és H3K27 [18], melyek kulcsfontosságú transzkripciós faktorok őssejtek, is elfogadott a Ben-Porath [13]. Ezeket a géneket eredetileg azonosított kromatin immunprecipitációs tömb tanulmányok [16] - [18]. A mi gén készlet összehasonlítása elemzések, Entrez azonosítók [13] target gének feltérképezésére, hogy a szonda készlet azonosítók a HG-U133A array (www.NetAffx.com). Katalógusa

azonosítása egy 72 gén prediktív index

Ezek a 468 aktiválódott gének a kemorezisztens állapot ( P katalógusa < 0,01), 72 egyedi gének tagjai voltak legalább az egyik 4 közzétett ES-sejtekkel kapcsolatos gén készlet
( " ES nélkül proliferációs géneket
" [13], [15], a kísérletileg validált MYC transzkripciós faktor megcélzott gén készlet (TRED MYC_T00140) [9], és célgénjeit MYC és Sox2 azonosított kromatin immunprecipitációs tömb tanulmány [16], [17]). A genomiális prediktor (a továbbiakban a "72-gén prediktív index") került kialakításra, kiszámításakor a súlyozott lineáris kombinációja log jel értékeinek a 72 egyedi gének közötti átfedés a szerzett rezisztencia aláírás és " ES-sejtekkel kapcsolatos gén-készletek katalógusa ". Az egyváltozós t katalógusa -statistics összehasonlításához osztályok (szerzett kemorezisztens vs. Katalógusa előkezelés Államok) használtunk a súlyokat. BRB-ArrayTools (az osztály predikciós) volt kiszámításához használt T
-értéke minden gént. A prediktív ereje a 72 gén prediktív index teszteltük a progresszióig eltelt idő és a túlélés a Cox-féle arányos kockázati modellt. Katalógusa

Eredmények katalógusa

azonosítása szerzett rezisztencia aláírását CF katalógusa

Huszonkét betegek bizonyította klinikai válasz (PR) CF kezelést kapott biopsziát megkezdése előtt, a terápia és később követi a betegség progressziója kemoterápia után. Pre- és post-CF minták szignifikánsan nem különbözik a tumorsejtek százalékos és intézkedései microarray adatok minőségének ellenőrzésére (1. táblázat és táblázat S2). Medián közötti időtartam 2 biopszia volt 8,7 hónap (interkvartilis tartomány, 6,4-12,6). Mivel a permutációs P katalógusa értékek következetesen kevesebb, mint 0,05, a P katalógusa cutoffs a funkció kiválasztása 0,01 és 0,05 (permutáció P katalógusa értékek 0,012 és 0,006-kal), ez azt mutatja, hogy génexpresszió különbözött szignifikánsan a kemorezisztens és előkezelés Államokban. Gének eltérő expressziót között előkezelés állapota 22 tumor bizonyult kezdetben reagálnak CF kemoterápia és a daganatok ugyanazon beteg, miután átalakult egy megszerzett kemorezisztens állapotban azonosítottak, mint a "szerzett rezisztencia aláírás". 2446 gént azonosítottak a szerzett rezisztencia aláírás olyan funkció kiválasztása P katalógusa < 0,05, míg a 633 gént azonosítottunk egy funkció kiválasztása P katalógusa < 0,01. A leginkább képviselt funkcionális kategória a szerzett rezisztencia aláírás Fehérjeszintézis katalógusa (táblázat S3; Ingenuity Pathway Analysis [www.ingenuity.com]), amely magában foglalja a Akt1 katalógusa, riboszóma alegység mRNS ( RPS6, RPL13, RPL14, RPL15, RPL18, RPL29, RPL3, RPL30, RPL4, RPS11, RPS19, RPS9 katalógusa), és eukarióta transzlációs kezdő tényezők ( EIF4B EIF3D, EIF3E, EIF3F, EIF3H
). Akt /mTOR és Ras-MAPK jelátviteli modulok két leginkább tanulmányozott útvonalakat, mutatnak kiemelkedő hatással transzlációs szabályozás [19]. Tekintettel arra, hogy egyidejű túlszabályzását e kulcsfontosságú komponensei útvonal ( Akt1 katalógusa ( P katalógusa = 0,0012), EIF4B katalógusa ( P katalógusa = 0,0089), és RPS6 katalógusa ( P katalógusa = 0.0009)), a PI3K /Akt /mTOR jelátviteli útvonal feltételezik, hogy aktiválja a szerzett rezisztencia állam (ábra S1). Akt1 összefüggésbe hozták a in vitro
ciszplatin rezisztencia [20] - [22]. Az mTOR gátlása is ismert, hogy fordított in vitro
szerzett rezisztenciát endokrin terápia és EGFR-inhibitorok mell- és tüdőrák, illetve [23], [24]. Mivel ERBB2 katalógusa is túlszabályozott a szerzett rezisztencia aláírás ( P katalógusa = 0,0065), ERBB2 katalógusa szerepet játszhat a túlszabályzását Fehérjeszintézis
val kapcsolatos gének aktiválása révén az mTOR-útvonal [25].

transzkripciós faktor gén készlet összehasonlítás analízis jelezte, hogy a szerzett rezisztencia aláírás dúsított célokat több transzkripciós faktorok, beleértve a MYC célgén készlet (TRED MYC_T00140) [9] (táblázat S4). Ez összhangban van egy microarray adatok a szakirodalomban, hogy a legtöbb gén reagáló Myc overexpresszió vesznek részt makromolekuláris szintézis, fehérje forgalom, és az anyagcserét, beleértve a 30 riboszomális fehérje gén [26].

A szerzett rezisztencia aláírás elkülöníti a betegek szerint az idő, hogy a betegség progresszióját követően CF terápia, de nem prognosztikai gyomorrákos betegeknél csak műtéti úton katalógusa

kívántuk meghatározni, hogy kifejezése a szerzett rezisztencia aláírás gyomorrákban tumorok a kezdeti diagnózis prediktív válasz CF terápia. Kifejezés a szerzett rezisztencia aláírás egy külön csoportját 101 nem rebiopsied gyomorrákos betegek meghatároztuk és kapcsolódó klinikai kimenetel a betegek, amely szerint a nagy hierarchikus klaszter a betegeket csoportosítottuk. Azoknál a betegeknél, elhalás nélkül kezdetben mérhető diagnosztikai képalkotó, a progresszióig eltelt idő (TTP) mértük megindítását CF-kezelés az idő, amikor a terápia megváltoztatását volt szükség miatt egyértelmű a betegség progresszióját. Hierarchikus klaszterezést a 101 előkezelő minták alkalmazásával hajtottuk végre 2446-gén szerzett rezisztencia aláírását. Eredmény mérve TTP szignifikánsan különbözött a betegek között mind a két elsődleges klaszterek. A betegek a cluster megnövekedett expressziója a gének fokozódik a kemorezisztens állam szignifikánsan rövidebb TTP mint betegekben alacsonyabb expressziója ezeknek a géneknek (log-rank P
érték = 0,033) (1a ábra). Annak érdekében, hogy tovább értékeljük a társulási ezeknek 2446 gének TTP 101 beteg, mi is végeztünk egy túlélési kockázatjelző elemzése BRB-ArrayTools, amelyben az egész 10-szeres cross-érvényesítési eljárást megismételjük 2446 gének és egy log rang statisztika TTP között 2 megjósolt kockázati csoportok kaptunk minden véletlen adatbázisba TTP adatok csoszogott között 101 betegnél [8], [27]. A permutációs P katalógusa érték tesztelése a nullhipotézist, hogy nincs összefüggés között 2446 gének és TTP, ami a farok terület a null eloszlás túl a log-rank kapott értéket a valós adatokat, a becslések 0,06 , ami arra utal, a szignifikancia határán az egyesület. A betegek a klaszter fokozott expressziója 468 aktiválódott gének a kemorezisztens állapotban P katalógusa < 0,01 szintén szignifikánsan rövidebb TTP, mint akiknek alacsonyabb ilyen gének expressziójának (Log-rank P
value = 0,012) (1B). Ezek az eredmények arra utalnak, hogy a szerzett rezisztencia aláírás tükrözi a valós molekuláris profilja kemorezisztens klónok, nem specifikus gyógyszerhatás. Katalógusa

Azt is akarta, hogy tovább foglalkozzon-e ezeket a szerzett rezisztencia aláírások voltak prediktív CF válasz vagy képviselt általános prognosztikai aláírás, amely tudta volna megjósolni túlélése 88 gyomorrákos betegek, akiket a műtét önmagában és nem a kemoterápia ^{10. Sem a két szerzett rezisztencia aláírást (2446 vagy 633 gének) volt prediktív a túlélés a sebészetileg kezelt gyomor rákos betegek ugyanazt a hierarchikus klaszterezést módszerrel, mint fent (log-rank P
értékeket, 0,84 és 0,41, illetve ). Így a szerzett rezisztencia aláírás prediktív beteg válasz CF és nem csak prognosztikai gyomorrákos betegek általában. Katalógusa}

A szerzett rezisztencia aláírás sok tulajdonsága a belső ellenállás aláírás, de nem a gyomor, a rákkal egyedi aláírással vagy gyomorrák differenciálás aláírás katalógusa

Ezek a szerzett rezisztencia aláírást ezután összehasonlították a belső gyógyszer-rezisztencia aláírása külön csoport 101 nem rebiopsied betegek, a gén készlet összehasonlító elemzés BRB-ArrayTools [12] . Röviden, ez az algoritmus számított egy P katalógusa -érték minden 2446 gének korrelálnak expressziós szintje vs. Katalógusa TTP ezek 101 beteg egy arányos kockázati modellt. Aztán számított jelent negatív természetes logaritmusa P katalógusa -értékei az egyetlen gén egyváltozós vizsgálatok (LS statisztika e sor 2446 gének) és aránya a véletlenszerű készlet 2446 gének kisebb átlagos összefoglaló statisztikákat, mint a LS összefoglalók kiszámítjuk a valós adatok (LS P katalógusa érték). Ugyanez az elemzés megismételtük 633 gén kiválasztott P katalógusa < 0,01. Összhangban eredmények a hierarchikus klaszterezés elemzések, a szerzett rezisztencia aláírások azt találták, hogy a magasan dúsított a "belső ellenállás aláírás" egy másik csoportja 101 CF-kezelt betegeknél. LS újra-mintavételezési P katalógusa értékek < 10 ^{-5 mind a felhasználó által definiált gén készlet kiválasztott különböző cutoffs, hogy meghatározza a szerzett rezisztencia aláírás ( pl katalógusa, az 2446 és 633 gének). Gének közötti átfedések szerzett és a belső ellenállás aláírásokat a 2. táblázatban 2C ábra b katalógusa grafikusan megjeleníti, hogy 468 aktiválódott gének a kemorezisztens állam 22 rebiopsied betegek ( P katalógusa < 0,01) mutat egybehangzó túltermelése nem rebiopsied betegek rövidebb TTP, míg 165 gén downregulált a kemorezisztens állapotban mutatják egybehangzó túltermelése betegeknél hosszabb TTP. katalógusa}

a hasonló gén készlet összehasonlítása elemzések, a szerzett rezisztencia aláírást ezután képest " gyomorrák-specifikus aláírás katalógusa" és a "gyomorrák differenciálás aláírás katalógusa" ezen 101 beteg. Összehasonlítani a szerzett rezisztencia aláírást " gyomorrák-specifikus aláírás katalógusa", az LS statisztikát 2446 gének szerzett rezisztencia aláírás becsültük számítástechnikai átlagos negatív természetes logaritmusa P katalógusa -értékei az egyetlen gén egyváltozós vizsgálatok eltérő expressziója egyes gének 2446 között 101 gyomorrákos betegek és 21 egészséges önkéntest. Nem jelentős átfedést génexpresszió, amikor összehasonlították a szerzett rezisztencia aláírás a " gyomorrák-specifikus aláírás katalógusa" (LS P katalógusa value = 0,96; táblázat S5). Hasonlóképpen, nincs szignifikáns átfedés a 2446-gén szerzett rezisztencia aláírással és "gyomorrák differenciálás aláírás
", hogy mi révén azonosított összehasonlítás génexpresszió között Lauren intestinal- (n = 41) vs. katalógusa diffúz típusú (n = 60) daganatok, vagy (LS P katalógusa value = 0,024; táblázat S5). Ezek az eredmények továbbá azt mutatják, hogy a szerzett rezisztencia aláírás jelent génkészlet diszreguláit társulva kemorezisztencia, és nem a rák általában.

A szerzett rezisztencia aláírás részvények funkciók őssejt aláírást

Tekintettel arra, hogy bonyolult szabályozó hálózatok őssejtek lehet a legjobban kimutatható expressziós analízise számos gén végeztünk több gén meghatározott összehasonlítás elemzések összehasonlítjuk a szerzett rezisztencia aláírásokat közzétett ES sejt aláírások által jelentett ben-Porath és munkatársai
^{13 (táblázat S6). Feltételeztük, hogy összehasonlítjuk a szerzett rezisztencia aláírást ES sejt aláírást lenne informatív, mert azt javasolták, hogy a rákos őssejtek rendelkeznek őssejt-szerű vonások [28]. Katalógusa}

A szerzett rezisztencia aláírás, ellentétben a