Plos ONE: izražanje genov Podpis pridobljene Chemoresistance za cisplatin in fluorouracil kemoterapija želodčnega raka bolnikov

Povzetek

Ozadje

začela bodoči poskus, da prepoznajo transkripcijske spremembe, povezane s pridobljeno odpornost kemoterapije od pred- in post-biopsijo vzorcev iz istega bolnika in odkriti morebitne molekularnih poti, ki sodelujejo pri neuspeh zdravljenja, da bi usmerjali alternative.

Metodologija /Glavne ugotovitve

A bodoči, visoko prepustnost študija transkripcijski profiliranje je bila izvedena z endoskopsko biopsijo vzorcev iz 123 bolnikih z metastatskim želodca rakom pred cisplatinom in fluorouracilom (CF) kemoterapija. 22 bolnikov, ki so se najprej odzvali na CF so ponovno biopsijo, ko so razvili odpornost na CF. Pridobljeno kemoterapija podpis odpornost smo identificirali z analizo profilov izražanja genov iz izravnane pred in po-CF zdraviti vzorcev.

pridobil podpis odpornost bil sposoben ločiti ločeno kohorto 101 na novo diagnosticiranih bolnikov z rakom želodca glede na čas do napredovanja po CF. Hierarhično povezovanje z uporabo 633-genski podpis je pridobil upora (izbirno funkcijo na P
< 0,01) ločeni vzorcev bolnikov 101 predhodno zdravljenje v dve skupini z bistveno različnem času do napredovanja (2,5 v primerjavi z 4,7 meseca). Ta 633-gen podpis vključiti uravnavanjem AKT1
, EIF4B
in RPS6
(mTOR pot), popravilo DNA in presnove drog geni, in je obogaten genov izraženi pri zarodkov podpisov izvornih celic. 72-gen podpis pridobljena odpornost (podmnožica podpisa 633 genov opredeljena tudi v ES genskih sklopov, povezanih celic) je bil neodvisen napovednik za čas do napredovanja (prilagojeno P
= 0,011) in preživetje (prilagojena P
= 0.034), od teh 101 bolnikov.

Zaključek /Pomen

Ta podpis lahko ponudijo nove vpoglede v opredelitev novih ciljev in terapij, potrebne za premagovanje pridobili odpornost raka želodca za CF.

Navedba: Kim HK, Choi IJ, Kim CG, Kim HS, Oshima A, Michalowski A, et al. (2011) izražanje genov Podpis pridobljene Chemoresistance za cisplatin in Fluorouracil kemoterapija v želodčnih bolnikih z rakom. PLoS ONE 6 (2): e16694. doi: 10,1371 /journal.pone.0016694

Urednik: Alfons Navarro, Univerza v Barceloni, Španija

Prejeto: 10. septembra 2010; Sprejeto: 24. december 2010; Objavljeno: 18. februar 2011

To je odprtega dostopa članek distribuira pod pogoji iz izjave o Creative Commons Public Domain, ki določa, da je, potem ko je dan na razpolago javnosti, to delo lahko prosto reproducirati, distribuirati, prenašati, spreminjati, nadgrajevati, ali kako drugače uporablja kdorkoli za kakršne koli zakonite namene

Financiranje:. To delo je bilo podprto delno s strani National Institutes of Health Notranji programa, Center za raziskave raka, National Cancer Institute; ki ga je korejski National Cancer Center Grant 0910570 in program Converging Research Center z Ministrstvom za šolstvo, znanost in tehnologijo (2010K001121). Med financerji imel nobene vloge pri oblikovanju študije, zbiranje in analizo podatkov, sklep, da se objavi, ali pripravi rokopisa

nasprotujočimi si interesi.. Avtorji so izjavili, da ne obstajajo konkurenčni interesi

Uvod

Razumevanje, kako tumorji razvijajo na molekularni ravni za premagovanje citotoksične učinke kemoterapije je pomemben korak v razvoju terapevtske pristope, ki bodo preprečevali ali premagovanje chemoresistance. Vendar pa je zaradi težav pri pridobivanju serijske tumorja biopsije pri bolnikih na različnih stopnjah zdravljenja, identifikacija molekularnih sprememb, ki se pojavljajo kot tumorji postanejo odporne na zdravljenje je bil vznemirjen problem. Serijska zbiranje trdnih vzorcev tumorjev iz istih bolnikov je bilo zelo težko v kliničnem okolju, vendar želodčni rak zagotavlja edinstveno priložnost za ta namen, ker je pogosto sprva odziva na kemoterapijo in ponavljajočih endoscopies se lahko izvede za spremljanje odziva tumorja na kemoterapijo.

V tej študiji, endoskopske biopsije vzorce smo zbrali pri bolnikih z rakom želodca. Identificirali smo izražanje genov podpis za pridobljene chemoresistance s cisplatinom in fluorouracilom (CF) kombinirano kemoterapijo, s primerjavo vzorcev, zbranih pred CF zdravljenja z vzorcev, odvzetih iz istih bolnikov v času odpornosti proti CF razvite na osnovi objektivne klinično napredovanje. Na ta način bi lahko prepoznajo molekularne kandidate, ki lahko vodi k razvoju novih ciljnih terapij za raka želodca. Pomembno je, da smo tudi ugotovili, da bi lahko pridobili chemoresistance podpis ugotoviti, ali bi moral na novo diagnosticiranih bolnikov z rakom želodca kratko ali bolj trajen odziv CF zdravljenja. Ker je pridobil podpis upor že močno zastopana v neodzivne in da je malo verjetno, da se številne izraz spremembe, ki se pojavljajo na globalni ravni bi razvijala v relativno kratkem času, se zdi, naši rezultati za podporo konvencionalne, klonske selekcije model napredovanje tumorja in pridobili chemoresistance [1]. Prepoznavanje biomarkerjev, ki razlikujejo bolnikov z rakom, ki bo ali ne bo koristi od citotoksično kemoterapijo, bo znatno izboljšala klinično upravljanje. Čeprav so študije, ki uporabljajo visoko prepustnost prepisu profiliranje predobdelavo biopsijo vzorcev poskušal identificirati take predvidevanja, je izvajanje teh kazalcev mešati [2]. Delno je to lahko posledica težav z identifikacijo robustne genskih podpisov v tumorjih iz populacije z velikim genetske variacije. Naši podatki kažejo, da je lahko izraz, profiliranje vzorcev posttreatment možni alternativni pristop.

Nekatere študije so pokazale, da lahko tumorji, ki razvijajo chemoresistance pridobiti določene lastnosti, značilne za izvorne celice, in da zdravljenje s kemoterapijo vodi do sočasnega obogatitev raka matične celice in vitro
[3]. Mi še dokazati, da je pridobil podpis odpornost obogaten genov predhodno ugotovljene v embrionalnih matičnih (ES) celic izražanja podpisov, nadalje kaže, da je za rakom na želodcu, chemoresistance izhaja iz izbora prej obstoječih celic z določenimi lastnostmi matičnih celic.

materiali in metode

obračunski pacientov in spremljanje

To je del bodočega sojenjem, ki ga Institutional Review Board (IRB) odobrenega državnega bolnišnice Cancer Center v goyang Koreji (NCCNHS01-003). Vsi udeleženci podpisali IRB-odobreno informirano obrazec soglasja. Upravičenost za vpis v študiji, so naslednje parametre: 1) starost ≥ 18 let; 2) histološko potrjen adenokarcinomom želodca; 3) klinično dokumentirane oddaljenih metastaz; 4) brez predhodne ali sočasno uporabo malignosti, razen rakom želodca; 5) predhodna zgodovina kemoterapijo, bodisi adjuvans ali paliativno; in 6) ustrezno delovanje vseh glavnih organov. Bolniki, ki so bili izgubljeni za spremljanje pred zaključkom 6 ciklov kemoterapije, razen dokumentirano napredujočo boleznijo, so bili izključeni iz analize.

Naš bodoči preskušanje imeli 2 ciljev. Prvi cilj, ki je v središču drugega [4] papirju, je bil razviti genomske napovedovalec za prvi odgovor kemoterapije s korelacijo izraz profiliranje podatkov vzorcev predobdelavo s kliničnim izidom ( intrinzično odpornost študija
). velikost vzorca sojenja je bila načrtovana na podlagi tega prvega cilja. Pri seriji za učenje, so bili ocenjeni 91 dogodkov, ki se zahteva pri a = 0,001, P = 0,05, τ (standardni odklon intenzivnosti log) = 0,75, in δ (razmerje tveganj, povezanih s spremembami v eno enoto intenzivnosti log) = 2. Zato je bilo 96 predobdelavo vzorci odvzeti od avgusta 2001 do januarja 2005 kot sklop usposabljanja (za intrinzično odpornost študijskega
). Druga skupina 27 primernih bolnikov je bil vpisan kot kohorte potrjevanja matrika med februarjem 2005 in aprilom 2006, ki vključuje 22 bolnikov, zdravljenih s CF in 5 bolnikov, zdravljenih s cisplatinom plus kapecitabinom peroralno (v fluorouracilom predzdravilu enakovreden fluorouracil; CX ). terapija CX bilo dokazano terapevtsko enakovreden režim CF metastatskega raka želodca [5].

Drugi cilj našega bodočega sojenja, ki se opravlja z analizami, predstavljenih v tem dokumentu, je bil določiti izražanje genov podpis za prevzete chemoresistance s primerjavo vzorcev pred in po zdravljenju kliničnih odzivom ( pridobljena odpornost študija
). Po začetnem endoskopski biopsije so vsa študijska bolnikov naprej obdelano in spremljali. Bolniki so bili zdravljeni s cisplatinom (60 mg /m ^{2, D1) v kombinaciji s fluorouracilom (1 g /m 2, 5 dni; n = 118) ali kapecitabinom (Xeloda, Roche, 1250 mg /m 2 dvakrat na dan 2 tedna, n = 5) 5 na 3 tedne. odmerki kemoterapijo so se zmanjšali odvisno od toksičnih in bolnikovo stanje zmogljivosti. Posebni programi modifikacija odmerek za naslednjem ciklusu so bili po presoji lečečega onkologa. Razpored za zdravljenje fluorouracilom se lahko skrajša na presoji onkologa od 5 do 3 dni starejših bolnikih (≥ 70 let) ali pri bolnikih s slabim odzivom (Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG) statusa performance ≥2). Trebuhu spiralna računalniška tomografija (CT) skenira so bile opravljene za vse bolnike vsake 3 cikluse kemoterapije ( t.j..
, 9 tednov). Cilj Odziv je bil dokumentiran pri bolnikih z merljivo boleznijo po merilih Svetovne zdravstvene organizacije (WHO) [6]. Delni odgovor (PR) je bil opredeljen kot več kot 50% zmanjšanje vsoto proizvodov iz 2 največjih pravokotnih premerov merljive poškodb za najmanj 4 tedne, toda potrditev CT ni bila rutinsko opravili 4 tedne po začetnem dokumentacije PR.}

je bilo 38 bolnikov s PR med 96 sklop usposabljanja (v intrinzično odpornost študijskega
). Bolniki z PR doživel opazili nadaljevanje biopsijo na napredovanje bolezni času ( t.j..
, Napredujoče bolezni, po merilih WHO), imenovan "kemoterapijo države". Ustrezni biopsije vzorcev tumorjev v kemoterapijo stanju so bili na voljo od 22 bolnikov s PR (57,9%). Chemoresistance državni biopsije vzorce preostalih 16 bolnikov (42,1%) ni bilo mogoče profilirana bodisi zaradi nezadostnega RNA količine /kvalitete ali zavrnitev bolnikov. Ni bilo nobene razlike v starosti, spola, histološki tip, čas do napredovanja (TTP), in celokupno preživetje med 22 ponovno biopsijo bolnikov in drugih 16 bolnikov, ki so imeli PR, vendar niso bili ponovno biopsijo,. Vzorci so bili zbrani vsaj 2 tedna po zadnjem odmerku fluorouracil in
, preden je začela druga vrstica kemoterapijo, da bi zmanjšali morebitne akutne učinke drog na izraz profilu.

Dve kosov za skrajno-normalno želodca vzorce sluznice tkiva so bili zbrani tudi iz antruma 21 zdravih prostovoljcev (tabela S1).

Identifikacija pridobljeno odpornost podpisano CF

endoskopski biopsije so bili izvedeni za pridobitev svežega tkiva . Pet do deset kosov svežega tumorskih tkiv so bili pridobljeni iz ne-nekrotičnemu dela tumorja z uporabo velike skodelice biopsijo klešče premera 7,3 mm (Olympus FB-24K-1, Olympus, Tokio, Japonska). Nato so bili pridobljeni sveže tkiva zamrznemo v tekočem dušiku v 15 min prvega biopsije žetvi. Tkivnih vzorcev, ki vsebujejo vsaj 50% tumorskih celic smo obdelali za RNA kot je opisano predhodno [7]. Eden mikrogram celotne RNA smo pomnožili in hibridizirali HG-U133A paleto za kartuše po protokolu proizvajalca (Affymetrix, Santa Clara, CA). Vse izraz mikromrež podatkov je na voljo na Gene Expression Omnibus (GEO) baze (število pristop GSE14210, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo) [TRENUTNO, Pregledovalec DOSTOP SAMO: http: //www.ncbi .nlm.nih.gov /geo /izraz /acc.cgi žeton = rtgnlocqoqeiwtw &? acc = GSE14210]. Gene podatkov mikromrež izraz smo normalizirali s Robustna Veććipno Povprečje (RMA) z R2.6. Pre- in post-CF izraz podatkov iz 22 rebiopsied odzivom smo normalizirali neodvisno od podatkov izražanja iz ločenega skupine 101 non-rebiopsied bolnikov. podatkov mikromrež smo analizirali z BRB ArrayTools (različica 3.6, National Cancer Institute, http://linus.nci.nih.gov/BRB-ArrayTools.html) [8].

izražanja genov spremembe, ki jih odlikujejo začetna transkripcije status tumorjev iz genskih vzorcev izražanja, ko tumorji postali neodzivni na kemoterapijo so se za 22 bolnikov s potrjeno prvi odgovor (PR) na zdravljenje CF. Ujema podatkov mikromrež smo primerjali med pridobljenih pred zdravljenjem CF vzorcev in vzorcev, odvzetih po odpornosti na zdravljenje razvite. Ti podatki so bili analizirani s pomočjo razreda primerjavo algoritem za BRB-ArrayTools (random variance model), ki se izračuna Seznanjeni t
-test za vsak gen z uporabo RMA-povzete log-intenzivnosti za Affymetrix U133A nizi. Geni različno izražena med temi 22 parih vzorcev, opredeljenih pridobljenega podpisa odpornost. Na izbiro funkcijo P
-vrednost Cutoffs od 0,05 do 0,01, je bila izračunana vrednost permutacija P, ki je delež naključnih permutacij, ki ugotavljajo podobno število pomembnih genov, ki jih najdemo pri primerjavi dejanske oznake razreda.

Čas do napredovanja je bila narisana po metodi Kaplan-Meier. Test log-rang je bila uporabljena za določanje razlike med krivuljami preživetja. Wald je preizkus smo uporabili za oceno statistične pomembnosti razmerja Cox nevarnosti. Multivariabilen regresijskih analiz so bile izvedene z uporabo Cox model sorazmerna nevarnosti. Vse te analize so bile opravljene z uporabo SPSS (različica 15.0; SPSS, Inc., Chicago, IL). Multivariabilen zaporedna logistična regresijska analiza je bila narejena z SRS (različica 9.1.3, SAS, Cary, NC), naj oceni povezavo med napovedno indeksom 72-gena in radiološko odgovor.

Transcription dejavnik analiza

analize Transcription faktorjev so bile izvedene, da si za obogatitev ciljev transkripcijski faktor v genih, ki obsega pridobljenega podpisa upora (BRB-ArrayTools). Vsi geni poizveduje v tej analizi algoritma so katalogizirati na transkripcijski faktor, ki se odzivajo skupine, ki temeljijo na eksperimentalno preverjena transkripcije faktor odzivnosti. Transkripcijski faktor veže informacije ohranjevanje v podatkovni bazi Transkripcijska regulatorni element (tred) [9] je bila uporabljena za odpravo cilje brez eksperimentalnega preverjanja.

Analiza podatkov mikromrež javnega DNK s kirurško zdravljenih bolnikov z rakom želodca

Javno dostopni podatki mikromrež za kirurško zdravljenih-želodčnih bolnikih, ki jih je Stanford funkcijske genomike Objekt smo pridobili tudi iz baze NCBI GEO (GSE4007) in vključiti okoli 30.300 genov, ki so skupne teh nizov. Podatki o mikromrež so bili pridobljeni in normalizira, kakor je opisano v Leung et al
[10]. Serija učinki v izražanju genov smo odstranili s sondo-moder pomeni centriranje in manjkajoči podatki so pripisani s povprečnim metodo najbližjega soseda [11]. V zaporedji cDNA kloni so označeni s pomočjo vira (Stanford mikromrež Database) in Entrez GeneID je bila uporabljena kot identifikator kartiranja za Affymetrix HG-U133A array.

Gene set Primerjava analiz

Gen set primerjava orodje analize uporabniško določenih genov kompleti za diferencialno izražanje pri vnaprej določenih vrstah vira CCD. Za vsak vir CCD, a P
-vrednost se izračuna za vsak gen soodvisnosti med stopnjo izražanja vs.
Čas preživetja z uporabo sorazmernih tveganj model (ali za različno ekspresijo med vnaprej določenih razredov, glede na naravo fenotipa), generiranje postavljen gen seznama določenega projekta BRB-ArrayTools. Za sklop N
genov, je LS statistika opredeljen kot srednji negativnega naravnega logaritma P
-values ​​iz ustreznih single gena enolastnostnimi testov [12]. Povzetek statistika se izračuna, ki povzema to P
vrednosti v uporabniško določeno genom; povzetek statistika je povprečna log ( P
) za povzetek LS, kako P
vrednosti razlikujejo od enakomerne porazdelitve za LS [12]. Povzetek statistika se nanaša na distribucijo zbirno statistiko za naključnih vzorcev N
geni, vzorčenih od tistih, ki so zastopane v matriki. Tu N
je število genov v uporabniško določeno genom. 100.000 naključnih genov kompleti so vzorčili za izračun te razdelitve. LS P
vrednost je delež naključnih nizov N
genov z manjšimi povprečnimi zbirno statistiko kot povzetkov LS izračunanih za resnične podatke. Ta pristop se uporablja za različne tipe povezav med ravnmi izražanja gena in fenotip. Narava fenotipa (na primer, čas preživetja ali binarnih kazalcev), določa način, na katerega se izračunava specifičnega gena P
vrednosti. An LS P
vrednost manj kot 0,005 se šteje za pomembno.

Identifikacija želodčnega raka specifično podpisom in želodca diferenciacije rak podpis

Total RNA smo izolirali iz zamrznjenega endoskopsko biopsije vzorci antralnih sluznice zbrali iz 21 zdravih prostovoljcev in analizirali z mikromrežnem kot smo že prej opisali. Da bi ugotovili želodčnega raka specifične podpis, smo primerjali podatke izražanja iz običajnih vzorcev, 21 s 101 vzorcev, od pacientov pred vzorcev kemoterapije (razen 22 rebiopsied bolnika za razvoj pridobljenega podpisa odpornost) z uporabo razreda primerjava algoritmov BRB- ArrayTools.

od 101 bolnikov, je imelo 41 bolnikov črevesno histološki tip Lauren primarnih tumorjev in 60 je bilo razpršeno vrsto. Mešani tipa tumorji so razvrščene skupaj z difuzno tipa. Diferenciacija podpis smo identificirali s primerjavo podatkov o izražanju genov od 41 vzorcev črevesja tipa z vzorci tipa 60 razpršenih uporabo razred primerjave algoritmov BRB-ArrayTools.

generacija mobilnih podpisov scenarija izpostavljenosti objavljenih podatkov

Če želite ustvariti uporabniško določen gen set za analizo naših genov primerjava, smo sprejeli več genov seznamov iz objavljenega dela Ben-Porath et al
[13], v katerem je več genov sklopov, povezanih s celično identitete ES so bili zbrani za analizo gen set primerjava. Za " ES izraz nastavljen
" je bila prej opredeljena Ben-Porath et al
[13], kot geni preveč izražene v človeških scenarija izpostavljenosti celic v vsaj 5 od 20 profilov študij [14 ]. To es izraz niz je bil nato spremenjen [13], tako da geni v "orožja" Gene ontologije in grozda proliferacije raka dojke [13], [15] so bile izključene in besedilu es določen brez genov orožja
. Seznami ciljnih genov za myc [16], SOX2 [17], OCT4 [17], NANOG [17], SUZ12 [18], Potreba [18], in H3K27 [18], ki so ključni transkripcijski faktorji v matičnih celic, sprejeti so bili tudi Ben-Porath [13]. Ti geni so bili prvotno opredeljeni s študijami kromatin imunoprecipitacijskih matrik [16] - [18]. Za analizo naše gen set primerjava, Entrez ID [13] ciljnih genov so preslikani v sonda zastavljenih ID na HG-U133A array (www.NetAffx.com).

Identifikacija napovedni indeks 72-gena

med 468 genov molekul na kemoterapijo stanju ( P
< 0,01), 72 edinstveno geni so bili člani vsaj enega od 4 objavljena ES genskih sklopov, povezanih celic
( " es določen brez genov orožja
" [13], [15], eksperimentalno potrjena MYC prepisovanje ciljni gen faktor set (TRED MYC_T00140) [9], in ciljne geni myc in SOX2 opredeljena študija kromatin imunoprecipitacije niz [16], [17]). Genomske napovednik (navedeno kot "72-gena napovedni indeks") je bila zgrajena z izračunom tehtanega linearno kombinacijo vrednosti log signalov teh 72 edinstvenih genov, ki se prekrivajo med pridobljenega podpisa odpornosti in " es genskih sklopov, povezanih celic
". Univariatne t
-statistics za primerjavo razredov (pridobljena neodzivni na kemoterapijo vs.
Predobdelavo države) so bili uporabljeni kot uteži. BRB-ArrayTools (napoved razred) je bila uporabljena za izračun t
-vrednost vsakega gena. Napovedna moč napovedno indeksu 72-gena smo testirali za čas do napredovanja in preživetje z uporabo Cox sorazmernih tveganj modela.

Rezultati

Identifikacija pridobljeno odpornost podpisano CF

Dvaindvajset bolniki, ki so dokazale, klinični odziv (PR) CF zdravljenja so biopsijo pred začetkom zdravljenja in nato po napredovanju bolezni po kemoterapiji. Pred in vzorci po CF niso bistveno drugačen odstotek tumorskih celic in ukrepi za nadzor kakovosti podatkov mikromrež (tabela 1 in tabela S2). Mediana interval med 2 biopsije je bila 8,7 meseca (interkvartilni razpon, 6,4-12,6). Ker permutacije P
vrednosti so bile dosledno manj kot 0,05 na P
Cutoffs za izbiro funkcij od 0,01 do 0,05 (permutacije P
vrednosti, 0,012 in 0,006, v tem zaporedju), to dokazuje, da je izražanje genov bistveno razlikuje med kemoterapijo in predobdelavo držav. Geni različno izražena med državo predobdelave 22 tumorjev, ki so se izkazali na začetku odziva na CF kemoterapijo in tumorji, iz istih bolnikov, po tem, ko se je razvil v kupljenem kemoterapijo stanju, so bila opredeljena kot "pridobljenih podpisov odpornost". 2,446 geni so bile ugotovljene v pridobljenega podpisa odpornosti z izbiro potezami P
< 0,05, medtem ko smo identificirali 633 genov s pomočjo izbor značilnost P
< 0,01. Najbolj izrazito zastopana funkcionalna kategorija v pridobljenega podpisa odpornosti je sintezo beljakovin
(tabela S3; Iznajdljivost Pathway Analiza [www.ingenuity.com]), ki vsebuje AKT1
, ribosomske podenote mRNK ( RPS6, RPL13, RPL14, RPL15, RPL18, RPL29, RPL3, RPL30, RPL4, RPS11, RPS19, RPS9
), in evkariontskih prevod vžigalni dejavniki ( EIF4B EIF3D, EIF3E, EIF3F, EIF3H
). Akt /mTOR in Ras-MAPK signalne module sta najbolj raziskani poti, ki kažejo zelo pomembno vpliva na translacijskih uredbe [19]. Glede na hkratno Povecanje teh ključnih komponent tej poti ( AKT1
( P
= 0,0012), EIF4B
( P
= 0.0089), in RPS6
( P
= 0,0009)) je PI3K /Akt /mTOR signalov pot se domneva, da se aktivira v pridobljene odpornosti stanju (slika S1). AKT1 je povezan z in vitro
cisplatin upor [20] - [22]. Zaviranje mTOR je bilo znano tudi, da se obrne in vitro
pridobljena odpornost na endokrinega terapijo in zaviralci EGFR za dojke in raka pljuč, oziroma [23], [24]. Ker je erbB2
molekul tudi v pridobljenega podpisa upora ( P
= 0,0065), erbB2
lahko igrajo vlogo pri uravnavanjem sintezo beljakovin
-povezana geni, preko aktivacije mTOR poti [25].

analiza Transcription dejavnik gen set primerjava je pokazala, da je pridobil podpis upor je obogatena s cilji več dejavnikov, prepisovanje, vključno z MYC ciljno genom (TRED MYC_T00140) [9] (tabela S4). To je v skladu s podatkih o mikromrež v literaturi, da je večina genov, ki se odzivajo na myc čezmerni vključenih v makromolekul sinteze, prometa beljakovin in presnove, vključno s 30 ribosomskih proteinskih genov [26].

Pridobljeno podpis odpornost ločuje bolnikov glede na čas do napredovanja bolezni po zdravljenju CF, vendar ni prognostični pri bolnikih želodca z rakom, zdravljenih samo z operacijo

smo želeli ugotoviti, ali je izraz pridobljenega podpisa odpornosti pri želodčnih tumorjev raka pri prvi diagnozi napovedujejo odziv na zdravljenje CF. Izraz pridobljenega podpisa odpornosti v ločenem skupini 101 non-rebiopsied bolnikov z rakom želodca je bila določena in so povezane z klinični izid bolnikov, po katerem glavni hierarhično grozd so združene bolniki. Pri bolnikih brez poškodb najprej merljivih jih diagnostično slikanje, čas do napredovanja (TTP), smo merili od začetka zdravljenja CF od do trenutka, ko je bilo zahtevano spremembo terapije zaradi napredovanja nedvoumno bolezni. Hierarhično grozdenje 101 predobdelave vzorcev je bila narejena z 2446-gena pridobili odpornost podpis je. Rezultat, kot je merjena s TTP je pomembno razlikovala med bolniki v vsakem od dveh osnovnih skupin. Bolniki v skupini s povečano izražanje genov molekul na kemoterapijo stanju imela bistveno krajši TTP kot pri bolnikih z nižjo izražanje teh genov (Log-rank P
vrednost = 0,033) (Slika 1A). Da bi še dodatno ocenili pridružitvi teh 2,446 genov s TTP 101 bolnikov, smo izvedli tudi analizo predvidevanja tveganj za preživetje v BRB-ArrayTools, v kateri je bila celotna 10-krat proces navzkrižne validacije ponovljeno uporabo 2,446 genov in log- čin statistika za TTP med 2 napovedali ogrožene skupine so bile pridobljene za vsak naključni nabor podatkov s podatki TTP premešan pri 101 bolnikih, [8], [27]. Permutacija P
vrednost za testiranje ničelne hipoteze, da ni nobene povezave med 2,446 genov in TTP, ki je območje rep te null distribucijo zunaj log-rank dobljene vrednosti dejanskih podatkov, je bila ocenjena 0,06 , kar kaže na mejno pomen združenja. Bolniki v skupini s povečanim izražanjem 468 genov molekul na kemoterapijo stanju na P
< 0,01 imeli tudi bistveno krajši TTP kot pri bolnikih z nižjo izražanje teh genov (log-rang P
vrednost = 0,012) (slika 1B). Ti rezultati kažejo, da je pridobil podpis odpornost odraža dejanski molekularni profil kemoterapijo klonov, ne nespecifičnih učinkov drog.

smo želeli tudi za nadaljnjo obravnavo, ali so bili ti pridobljeni podpisi odpornost napovedujejo CF odziva ali zastopanih splošno napovedni podpis, mogoče napovedati preživetje 88 bolnikov želodca z rakom, ki so se zdravili z operacijo sama in ne s kemoterapijo ^{10. Nobena od obeh pridobljenih podpisov uporom (2,446 ali 633 genov) je bila predvidevanja preživetje v kirurško zdravljenih bolnikov želodca z rakom uporabo iste hierarhične metode za povezovanje, kot je zgoraj (Log-rank P
vrednosti, 0,84 in 0,41, v tem zaporedju ). Tako je pridobil podpis upor napovedujejo odziv bolnika na CF in ne le prognostični za bolnike želodca z rakom na splošno.}

podpis delnice so pridobili odpornost veliko funkcij z notranjo podpisom odpornosti, ne pa tudi z želodčno cancer- poseben podpis ali želodca razlikovanje rak podpis

Te pridobila podpise upornosti smo nato primerjali z notranjo podpisom odpornosti drog ločene skupine 101 non-rebiopsied bolnikih, ki uporabljajo analizo gen set primerjalni BRB-ArrayTools [12] . Na kratko, ta algoritem izračuna a P
-vrednost za vsako od 2,446 genov povezati nivo izražanja vs.
TTP teh 101 bolnikov, ki uporabljajo sorazmerno nevarnosti modela. Potem je izračunana pomeni negativen naravni logaritem P
-values ​​o enolastnostnimi testov single genskih (LS statistične tega sklopa 2,446 genov) in delež naključnih nizov 2,446 genov z manjšimi povprečnimi zbirno statistiko kot pa v LS povzetke izračuna za resnične podatke (LS P
vrednosti). Ista analiza je ponovil za 633 genov, izbranih na P
< 0,01. analize je bilo ugotovljeno, v skladu z rezultati hierarhičnega grozdenja s pridobljenimi podpise odpornost za visoko obogaten z "notranjo podpis odpornosti" ločene skupine 101 bolnikov-CF zdraviti. LS ponovno vzorčenje P
vrednosti so < 10 ^{-5 obe uporabniško določene genske seti izbranih z različnimi cutoffs opredeliti pridobljenih podpis upora ( tj
za 2,446 in 633 genov). Geni prekrivanje med pridobljenimi in notranjih podpisov odpornost, so navedeni v tabeli 2. Slika 2C b
grafično prikaže, da je 468 geni molekul na kemoterapijo stanju 22 rebiopsied bolnikov ( P
< 0,01) kažejo ustrezne privolitve overexpression v non-rebiopsied bolnikih s krajšim TTP, medtem ko je 165 genov navzdol reguliranih na kemoterapijo države kažejo, ki je usklajen čezmerno pri bolnikih z daljšim TTP.}

s podobno gen set primerjave analiz, pridobila podpise upornosti smo nato primerjali z " želodcu raka specifične podpis
" in "v želodcu diferenciacije rak podpis
" teh 101 bolnikov. Za primerjavo pridobljenega podpisa odpornost z " želodčnega raka specifične podpis
", LS statistiko za 2,446 genov v pridobljenega podpisa odpornosti bila ocenjena z izračunom povprečno negativen naravni logaritem P
-values ​​o posameznih genov enolastnostnimi testi za diferencialno izražanje vsakega od 2,446 genov med 101 želodca bolnikov z rakom in 21 zdravih prostovoljcev. niso opazili znatno prekrivanje genske ekspresije primerjavo pridobljenega podpisa odpornost na " želodčnega raka specifične podpis
" (LS P
vrednost = 0,96; Tabela S5). Prav tako ni bilo pomembno prekrivanje med 2446-gena, pridobljenega podpisa upora in a "želodca diferenciacija rak podpis
", da smo identificirali s primerjavo izražanja genov med Lauren intestinal- (n = 41) vs
difuzna-type (n = 60), tumorji, bodisi (LS P
vrednost = 0,024; Tabela S5). Ti rezultati nakazujejo, da je pridobil podpis upor predstavlja nabor genov dysregulated v povezavi z chemoresistance, in ne raka na splošno.

Pridobljeni podpis delnice odpornost funkcije z izvornimi celicami podpisov

Glede na to, da je kompleksnih mrež, ki v matičnih celic se lahko najbolje zaznati z analizo ekspresije številnih genov, smo izvedli več genov določi primerjava analiz primerjanje pridobljenih podpisov upora z objavljenimi celic podpisov ES, kot je Ben-Porath et al
^{13 (tabela S6). Domnevali smo, da bi bilo primerjanje pridobljenih podpis odpornost z mobilnih podpisov scenarija izpostavljenosti informativne narave, saj je bilo predlagano, da rak izvornih celic imajo izvornih lastnosti celic, kot so [28].}

Naša pridobil podpis odpornost, za razliko od