PLoS ONE: genetiniai variantai epidermio augimo faktoriaus receptoriaus kelią genų ir rizikos stemplės suragėjusių ląstelių karcinoma ir skrandžio vėžio kinų Population

Anotacija

epidermio augimo faktoriaus receptoriaus (EGFR) signaliniai kelią reguliuoja ląstelių proliferaciją, diferenciacija, ir išlikimas, ir dažnai dysregulated į stemplės ir skrandžio vėžio. Nedaug tyrimai išsamiai išnagrinėjo tarp gemalo genetinių variantų EGFR keliu ir rizikos stemplės ir skrandžio vėžio asociacija. Remiantis genomo asociacijos tyrime A Han Kinijos gyventojų, mes išanalizavome 3443 SNP 127 genų EGFR keliu už 1942 stemplės suragėjusių ląstelių karcinomos (ESCCs), 1758 skrandžio vėžio (GKS), ir 2111 kontrolę. SNP lygio analizė buvo atlikta naudojant logistinės regresijos modelius. Mes taikė Mėginių ėmimo pagrindu prisitaikanti rango sutrumpintą požiūrį nustatyti genais ir kelias lygio asociacijų. EGFR kelias buvo reikšmingai susijęs su GC rizikos ( P
= 2.16 × 10 ^{-3). Genų lygio analizes Rasta 10 genai turi būti susijęs su GC, įskaitant FYN pervežimas MAPK8 pervežimas MAP2K4
GNAI3
MAP2K1
TLN1
PRLR
PLCG2
RPS6KB2
, ir PIK3R3
(, p
< 0,05). Dėl ESCC, mes nesilaikė didelę kelias lygio asociaciją ( P
= 0,72), tačiau genų lygio analizė rodo, asociacijas tarp GNAI3
CHRNE
PAK4
WASL
, ir itch
ir ESCC ( P
< 0,05). Mūsų duomenys rodo, kad tarp konkrečių genų į EGFR signalizacijos kelio ir rizikos GC ir ESCC asociacija. Tolesni tyrimai yra tikslingas siekiant patvirtinti šias asociacijas ir ištirti pagrindinius mechanizmus}

nurodomoji dalis:. Li W Klausimas Hu N. Wang Z, J. K S O Wang L et al. (2013) genetinių variantų epidermio augimo faktoriaus receptoriaus kelią genų ir rizikos stemplės suragėjusių ląstelių karcinoma ir skrandžio vėžio Kinijos gyventojų. PLoS ONE 8 (7): e68999. Doi: 10,1371 /journal.pone.0068999

redaktorius: Valli de Re, Centro di riferimento Oncologico, IRCCS Nacionalinio vėžio instituto, Italija

Įstojo: Kovo 24, 2013; Priėmė: Birželis 4, 2013 m Paskelbta: Lie 18, 2013

Tai atviros prieigos straipsnio be visų autorių, ir gali būti laisvai atgaminti, platinti, perduoti, keisti, pastatytas ant, ar jos kitaip nenaudojamos niekam bet kuriam teisėtam tikslui. Darbas prieinamas pagal Creative Commons CC0 viešo atsidavimą

Finansavimas:. Shanxi viršutinės virškinimo trakto vėžys Genetika Projektą rėmė Nacionalinio vėžio instituto (NVI) AR SUTARTIS NO2-SC-66211 su Shanxi vėžio ligoninėje ir institutas. Maistingumo Intervencinės bandymai buvo remiami NVI sutartis No1-SC-91030 ir HHSN261200477001C su vėžio instituto kinų medicinos mokslų akademijos. Dabartinė analizė parėmė vidines tyrimų programa National Institutes of Health (NIH), NVI ir vėžio epidemiologijos ir genetikos skyrius. Į finansuotojai neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, ar ruošiant rankraštį

konkuruojančių interesų. Autoriai turi šias interesus. Karolis Giffen ir Xiaoqin Xiong dirba informacinių Management Services, Inc. Nėra patentai, produktų vystymo ar parduodama produktai deklaruoti. Tai nekeičia autorių laikytis visų PLoS ONE politikos dalijimosi duomenimis ir medžiagų, kaip nurodyta internete vadove autoriams.

Įvadas

ERBBs arba epidermio augimo faktoriaus receptorių (EGFRs ) priklauso receptoriaus tirozino kinazės (RTK) superšeimai ir yra svarbūs signalizavimo baltymai įprastomis fiziologinėmis sąlygomis [1], [2]. Pavyzdžiui, ligandų jungiasi EGFRs yra reguliatoriai ląstelių-ciklo progresavimas, dauginimosi, išlikimo, invazija, ir kiti vėžio prisidėti procesai [3], [4]. Nenuostabu, todėl nariai EGFR šeimos, ypač EGFR (taip pat žinomas kaip ErbB1 ar HER1) ir erbb2 (HER2), buvo susijęs su daugeliu žmogaus vėžio vystymuisi ir yra vykdoma kaip gydomieji tikslų [3], [4] , [5]. Ryšium su stemplės ir skrandžio vėžio, didesnės EGFR ir erbb2 lygis koreliuoja su prastos stemplės ir skrandžio vėžio išgyvenimo [4], [6], [7]. Terapija, skirtoms EGFR šeima buvo įrodyta, kad pagerinti stemplės ir skrandžio vėžio prognozę [4]. Keli tyrimai taip pat atskleidė, somatinių mutacijų, dėl kurių genų EGFR šeimos stemplės ir skrandžio vėžio [8], [9], [10], [11], [12]. Be to, dėl pasroviui signalizacijos EGFR šeimos vaidmuo taip pat buvo nustatyta, su molekulių, dalyvaujančių MAPK /ERK būdo aktyvintomis į stemplės ir skrandžio vėžio [13], [14], [15].

Atsižvelgiant į šio kelio reikšmė, genetiniai skirtumai EGFR signalizacijos baltymų gali būti siejamas su polinkiu į stemplės ir skrandžio vėžio. Tačiau tik nedaugelis tyrimų tyrė gemalo vieno nukleotido polimorfizmas (SNP) Atsižvelgiant į šias vėžio vaidmenį. Šios kelios ankstesnių tyrimai buvo tik ribotą aprėptį genų šiuo būdu [16], [17], [18], [19], [20], [21], [22], [23]. Nors SNP šiame kelyje dar nepasiekė genomo reikšmė paskelbtų genomo asociacijos tyrimų (GWAS) [24], [25], [26], [27], [28], [29], [30], [31], [32], toks kriterijus gali būti pernelyg konservatyvus aptikti kuklius asociacijas. Todėl kelias analizė gali padėti nustatyti svarbius genetinius įmokas, kurių individualus poveikis dydžiai gali būti per mažas, kad būtų galima aptikti naudojant GWAS reikšmingumo kriterijus [33], [34]. Remiantis mūsų GWAS duomenų etninių kinų dalykų [24], mes visapusiškai įvertintas ryšys tarp genetinių variantų EGFR keliu ir stemplės suragėjusių ląstelių karcinoma (ESCC) ir skrandžio vėžio (GC) rizika 1942 ESCC atvejais, 1758 GC atvejais ( 1126 atvejai skrandžio CARDIA vėžiu (GCA) ir 632 skrandžio noncardia vėžiu (GNCA)), ir 2111 kontrolė gyvenantys Taihangšanas regione Kinijoje, plotas su didele rizika ESCC ir GC.

medžiagos ir metodai

etika pareiškimas

Šansi viršutinės virškinimo trakto (UGI) Vėžys Genetika projektas (Šansi, įregistruota ClinicalTrials.gov kaip NCT00341276) gautą raštišką informuoto sutikimo iš dalykų dalyvauti Shanxi patronuojanti tyrimą ir bendras GWAS (dabartinis tyrimas) ir visa procedūras patvirtino Shanxi vėžio ligoninėje ir instituto institucinių ekspertizės valdyba. Į Linxian Mityba Intervencinės tyrimų (glindų, registruotų ne ClinicalTrials.gov kaip NCT00342654) gautas raštiškas sutikimas iš dalykų dalyvauti NIT patronuojanti tyrimą ir bendrą GWAS (dabartinis studijų) ir visa procedūras patvirtino vėžio instituto Kinijos mokslų akademijos medicinos mokslai Institucinis apžvalga taryba. NVI Specialūs Tyrimai Institucinis apžvalga taryba patvirtino abi Shanxi ir NIT tėvų studijas, taip pat bendrą GWAS (dabartinis studijų).

Studijų Gyventojų

Tyrimo dalyviai buvo įtraukti iš dviejų viršutinės virškinimo trakto ( UGI) vėžio projektai vykdomiems Taihangšanas srityje Kinija: Shanxi ir glindų tyrimas. Shanxi tyrimas buvo pradėtas 1997 metais ir turėjo atvejo-kontrolės dalį ir vienintelis atvejis-dalį. Mes įtraukti naujai diagnozuota, histologiškai patvirtintas ESCC ir GC atvejus, ir, atvejo-kontrolės dalį šiame tyrime, amžius (± 5 metai) -, lytinius ir kaimynystės atitikimo kontrolė buvo įtraukti per 6 mėnesius nuo nustatymo kiekvieno atveju [35]. Kraujo mėginiai buvo imami registracija. Į glindų buvo pradėtas Linxian 1985 metais ir išbandė kelis vitaminų ir mineralinių derinių poveikį vartojamas kasdien iki šešerių metų nuo stemplės ir skrandžio vėžio [36] rezultatais. Mes surinkome kraujas 1999 ir 2000 specialiai gauti DNR iš NIT dalyviams. Per tolesnius iki gruodžio 31, 2010, visi naujai diagnozuota, histologiškai patvirtinta ESCC ir GC bylas kartu su kontrolės iš amžiaus ir lyties sluoksniuojant atsitiktinai atrinktų subcohort, buvo įtrauktos į dabartinę genetinę analizę. Visi išnagrinėti stemplės vėžio buvo ESCC, ir visi GCS buvo adenokarcinoma. GCAs buvo apibrėžiamas kaip tie įsikūręs proksimalinės 3 cm skrandžio, o GNCAs buvo tie, skrandžio laikui.

Genų parsisiųsti ir SNP atranka

Mes atlikome išsamią literatūros paiešką iš EGFR kelio metu genai [1], [2], [3], [4], [5]. Geno buvo įtrauktas į mūsų analizės, jei ji yra nuoroda į bent vieną iš šių duomenų bazių: ErbB signalinio kelio į KEGG (http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?pathway:map04012~~HEAD=dobj, priimtus gruodis 20, 2012), "EGF signalo kelią į BioCarta (http://www.biocarta.com/pathfiles/h_egfPathway.asp, atkuriami Gru 20, 2012), arba erbB receptorių signalus, ErbB2 /ErbB3 signalizacijos EGF receptoriaus signalų, ar erbB4 signalizacijos kelias į NVI kelią Sąveika duomenų bazę (http://pid.nci.nih.gov/browse_pathways.shtml, atkuriami Gru 20, 2012). Mes nustatė 131 EGFR kelią genų viso. Nėra SNP atvaizduojamos AREGB
EIF4EBP1
PAK3
, ir SHC1
mūsų rinkinį, paliekant 127 genus (lentelė S1) analizės. Iš 3443 VNP-ai esančių šių genų ir jų gretutines sritis (20 KB tiekėjų ir 10 kb pasroviui) Iš viso, su nedideliu alelio dažnis > 1% (tais atvejais ir kontrolės kartu) buvo įtraukta į mūsų analizės, o pilnas sąrašas šių VNP-ai

genotipo ir kokybės kontrolė
pločio genomo-

skaityti buvo atlikta naudojant "Illumina 660W masyvas, kuris buvo detaliai aprašyta mūsų paskelbta GWAS ant Ugi vėžio [24 buvo parodyta S2 lentelėje. ]. Po to, kai šio pranešimo, mes nuskaityti papildomų dalykus ant tos pačios platformos ne į tą patį įrenginį. Pradinės ir papildomos tema skenavimo duomenys patyrė panašius perdirbimo ir kokybės kontrolės filtravimo metrikos. Mes atmesti SNP su trūkstama norma > 5%, dalykų, kurių įvykdymo rodiklis iš visų VNP-ai < 94% asmenims, kurių sutrikusi reikšti heterozigotiškumu vertybes (> 30% ar < 25%), lyčių prieštaringi dalykai, ar netikėtą dublikatą poros. Į GWAS duomenys Ugi vėžio tyrime gyventojų buvo nusėda ant genotipų ir fenotipų (dbGaP, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/, studijų narystei skaičius duomenų bazėje: phs000361.v1. P1).

Statistinė analizė

tyrė tarp genų asociacija EGFR signalizacijos kelio ir rizikos ESCC ir GC. Norėdami atlikti genų lygio analizę, pirmiausia atliekamas SNP lygio analizė. Mes apskaičiavome šansų santykį (PVA) ir 95% pasikliautinasis intervalas (CIS) už rizikos ESCC ar GC susijęs su turintys vieną nedidelę alelių, naudojant besąlygiškai logistinę regresiją į priedų modelį už kiekvieną SNP, koreguojant pagal amžių, lytį ir studijų ( Šansi arba NIT). Mes nemanė gyventojų stratifikacija, nes nėra įrodymų, svarbių problemų, susijusių su gyventojų pagrindo [24]. Mes naudojome dominuojančią modelį VNP-ai, kai tikimasi, tiriamųjų skaičius nedidelį alelį buvo mažesnis nei penkių.

tada Genų lygio asociacijos buvo apskaičiuotas naudojant prisitaikanti rangą sutrumpintą (ARTP) požiūris, kuris taikomas rank- elektroniniai bandymų statistika ir perstatymas pagrindu ėmimo procedūra (1,000,000 resamplings) [34]. Asociacija signalai per tam VNP-ai per geno rinkinys buvo sujungti, o tai sudaro SNP šarnyro pusiausvyros pažeidimo (LD) struktūros ir daugeliui lyginimų. Mes taip pat įvertino bendrą EGFR keliu su ESCC ir GC, kuris visame pasaulyje kartu tarp kiekvieno rezultato ir genų viduje keliu asociacijas asociacija. Mes naudojome ARTP metodą su 1.000.000 resamplings gauti vieną apibendrintą keliu lygio P
-Pridėtinės kiekvieno vėžio tipo.

antrinių analizių, mes papildomai reguliuoti cigarečių rūkymo (nors arba niekada ), alkoholio vartojimas (nuolat arba retai /niekada), o šeimos istorija Ugi vėžio (taip arba ne). Nuo rezultatai šių SNP lygio antrinių analizės parodė iš esmės panašius rezultatus kaip ir nuo pirminių modelių, mes pateikiame tik pirminis analizuoja popieriaus.

Mes išbandėme tarp VNP-ai ir ESCC ir GC asociacija, pogrupių sekso , rūkymas, alkoholio vartojimas, ir šeimos istorija Ugi vėžio. P
sąveikos tarp VNP-ai ir šių kintamųjų buvo tiriama naudojant likehood santykis bandymus

Statistinis reikšmingumas už genais ir kelią pagrįstą analizę buvo apibrėžiamas kaip P pervežimas. ≪ 0,05. Kadangi nė vienas iš VNP-ai pasiekė Bonferroni koreguotas reikšmingumo lygį (1,45 × 10 ^{-5, 0,05 /3443 SNP), statistinę reikšmę SNP lygio analizė buvo apibrėžiamas kaip P
< 0,001. Statistinė duomenų analizė atlikta naudojant R kalbą. Mes įvertino susiejimo disbalansui (LD) tarp VNP-ai visoje konkrečių genų regionuose, Haploview versija 4.1.}

Rezultatai

1942 m atvejų ESCC, 1758 atvejais GC (1126 GCA ir 632 GNCA viso atvejai), ir 2111 kontrolė buvo įtraukta iš Shanxi ir NIT tyrimų (lentelė S3). Apskritai, amžiaus vidurkis buvo 56.0 metų kontrolės, 56,0 ir ESCCs ir 56,3 per GCS.

Mes atlikome genas lygio analizę tarp 127 genų, ir nustatė penkis genus, įskaitant GNAI3
CHRNE
PAK4
WASL
, ir itch
, kad buvo reikšmingai susijęs su ESCC rizikos ( P
< 0,05) (1 lentelė). Dešimt genai buvo reikšmingai susijęs su rizika GC, įskaitant FYN pervežimas MAPK8 pervežimas MAP2K4
GNAI3
MAP2K1
TLN1
PRLR
PLCG2
RPS6KB2
, ir PIK3R3
( P
< 0,05) (2 lentelė). Tarp GC susijusių genų GNAI3
MAP2K1
FYN
, ir MAPK8
buvo susiję su GCA, ir TLN1
RPS6KB2
MAP2K4
, ir PIK3R3
buvo susiję su GNCA ( P
< 0,05 ). Mes taip pat nustatė keletą papildomų genų, susijusių tik su GCA ( TGFA
RASA1
JAK2
HSP90AA1
DLG4 pervežimas ir CHRNE
) arba GNCA ( NEDD4
PTK2
HBEGF
CHRNA1
), bet ne su viso GC. Genai su stipriausiais asociacijų buvo GNAI3
už ESCC ( P
= 8.17 × 10 ^{-3) FYN
už viso GC (, p
= 2,63 × 10 -3) GNAI3
už GCA ( P
= 4.50 -3) ir MAPK8
už × 10 GNCA ( P
= 3.79 × 10 -3), bet nė vienas viršijo Bonferroni pakoreguotą ribą ( P
= 3,94 × 10 -4, 0,05 /127 genai ) (lentelė S1). Tarp tirtų genų GNAI3 parsisiųsti ir CHNRE
buvo susiję tiek ESCC ir GCA. Svarbiausias SNP GNAI3
buvo tas pats ESCC ir GCA (rs1434285), tačiau svarbiausi SNP į CHRNE
buvo skirtingi ESCC (rs8081611) ir GCA (rs3760490), ir šie du SNP nebuvo didelis LD (R 2 = 0,007).}

kelias lygio analizė parodė statistiškai reikšmingą asociacija bendram EGFR keliu su GC rizika (, p =
2,16 × 10 ^{-3), bet ne su ESCC rizika ( P
= 0,72). Tačiau asociacija nebuvo reikšmingas arba GCA (, p =
0,12) arba GNCA ( P
= 0,097).}

SNP lygio asociacijos rodomi lentelės 3. Nors nė vienas iš VNP-ai viršijo reikšmingumo lygį po koregavimo daugeliui lyginimų, mažesne riba 0,001 rs1884361 ( NRG3
) buvo susijęs su ESCC riziką bei rs9387033 ( FYN pervežimas ), rs9788973 ( MAP2K4
), rs7187863 ( PLCG2
) ir rs7720677 ( PRLR
) buvo susiję su GC rizika. Mes taip pat nustatė, kad koreliacijos rs549386 ( TGFA
) su GCA, taip pat koreliacijos rs16947307 ir rs9923225 (tiek, WWOX
) su GNCA. Be pogrupis analizes, mes nesilaikė reikšmingos sąveikos tarp VNP-ai ir kitas savybes tuo 0,001 ribą (duomenys neparodyti).

Diskusijos

somatinės mutacijos ir pakitęs reguliavimas EGFR kelią genų turi buvo plačiai susijęs kuriant ir prognoze stemplės ir skrandžio vėžio [6], [7], [8], [9], [10], [11], [12], [13], [14], [ ,,,0],15]. Priešingai, tai yra mažiau aišku, ar germinacinės genetiniai variantai, esantys EGFR būdo yra susijęs su šių vėžio. Naujausi GWASs nustatė daugybę rizikos loci, susijusios su ESCC ar GC, bet iki šiol, nebuvo jokių įrodymų dėl su genetiniais variantų EGFR keliu asociacijos. Keliu pagrindu metodai buvo sukurta siekiant efektyviau panaudoti genomo duomenis ir jie turi potencialą duoti naujų išvadas [33], [34]. Mes visapusiškai įvertino genų EGFR kelio ir rizikos ESCC ir GC naudojant ARTP požiūris. Nors nė vienas iš genų susitiko Bonferroni-pataisą daugeliui lyginimų, esant 0,05 riba, mes nustatėme, kad keletas genų, taip pat bendrą EGFR kelią, buvo susijęs su rizika GC. Rezultatai taip pat parodė, asociacijas tarp kelių EGFR susijusių genų ir ESCC rizika.

nustatė penkis genus reikšmingai susijęs su ESCC rizika. Tarp jų, GNAI3 parsisiųsti ir CHRNE
buvo reikšmingas tiek ESCC ir GCA, bet ne GNCA. GNAI3
1p13.3 kodavimas Guaninas nukleotidas privalomas baltymai g (K) subvieneto alfa, buvo svarbiausias genas ESCC ir taip pat susiję su rizika GC, ypač GCA. Guaninas nukleotidų prisijungiančių baltymų (g baltymų) dalyvauja kaip moduliatoriai ar daviklių įvairių transmembraninis signalizacijos būdus. Vienas Ankstesnis tyrimas parodė, kad tarp rs11184738 asociaciją ( PRMT6
, įsikūręs 1p13.3) ir ESCC rizikos į GWAS nuskaityti bet ne patvirtinimo etape [28]. GNAI3
yra 2,3 Mbps pasroviui, PRMT6
, o viršuje SNP GNAI3
(rs1434285) nebuvo didelis LD su rs11184738 mūsų GWAS rinkinį (R ^{2 < 0,01). CHRNE
17p13.2 kodavimas acetilcholino receptorių subvienetų epsilon pirmtakas, buvo susijęs su rizika tiek ESCC ir GCA, bet ne su GC apskritai. Vienas GWAS pranešė, kad rs17761864 ( SMG6
, įsikūręs 17p13.3) buvo susijęs su rizika ESCC [32], tačiau SMG6
yra daugiau kaip 2,5 Mbps pasroviui nuo CHRNE
.}

Dešimt genai buvo reikšmingai susijęs su GC rizikos mūsų tyrime. FYN
6q21 buvo svarbiausias geno GC apskritai, bet buvo susijęs tik su GCA o ne GNCA. FYN baltymų priklauso membranos susijęs Src tirozino kinazės šeimos ir turi lemiamą vaidmenį ląstelių sukibimą, platinimo ir apoptozės [37]. MAPK8
10q11 buvo svarbiausias geną GNCA ir taip pat buvo susijęs su GCA. MAPK8 yra iš mitogenu aktyvinto proteino kinazės narys ir dalyvauja ląstelių proliferaciją, diferenciaciją, apoptozės ir transkripcijos. Naujausi kelias pagrįstą mokslinių tyrimų rodo, kad MAPK8
buvo susijęs su tiesiosios žarnos vėžio ir kasos vėžio [38], [39].

Kadangi standartiniai vieno lokuso metodai gali praleisti SNP vidutinio sunkumo efektas dydis , mes panaudojome Mėginių ėmimo pagrindu ARTP metodas, kuris jungia asociacijos signalus tarp atskirų VNP-ai per genų, norint apskaičiuoti genas lygio asociacijų. Be pirmiau pabrėžė genų, mūsų rezultatai rodo, kad kai kurios kitos genai taip pat buvo susijęs su rizika GC ar ESCC, nors atskiri SNP šių genų nebuvo pranešta ankstesniais GWAS studijas. Mes taip pat nustatė reikšmingų genų genų lygio analizę, kurių individualūs SNP nebuvo reikšmingas anksto nustatytą ribą, SNP lygio analizę, pabrėžęs, kad labiau integruoto suprasti genetinių įmokų nei SNP lygio požiūriu būtina tik .

Mūsų rezultatai yra biologiškai patikimas. EGFR šeimos buvo nustatyta, kad būti aktyvinama ir yra somatinių mutacijų UGI vėžio tikslas, ir jį kliniškai Bandymo metu buvo nustatyta patobulintą vėžio prognozę dėl gydymo taikymo EGFR šeimą [4], [6], [7]. Išankstiniai tyrimai taip pat pranešė apie vartotojų signalizacija EGFR šeimos genų Ugi vėžio vaidmenį. Vienas iš naujausių ataskaitoje nurodoma, kad MAPK kelias buvo dažniausiai skatinami esophagogastric vėžio po aktyvavimo RTKs [13]. Antrasis tyrimas parodė, kad onkogeninė CagA skatinamas GC riziką aktyvuojant ERK signalizacijos būdus [15].

Ankstesnė GWASs nurodyta genetinių variantų, PLCE1
dažnas jautrumas lokusų už ESCC ir GCA bet ne GNCA [24], [27]. Mūsų analizių, mes nustatėme du genus, reikšmingas ESCC ir GCA bet ne GNCA, toliau rodo, kad bendras genetinis mechanizmas gali prisidėti prie ESCC ir GCA plėtrai.

Mūsų tyrimo, mes naudojome prieš biologinį žinias sistemingai ištirti ryšius tarp genų EGFR kelio ir rizikos ESCC ir GC per didelės rizikos gyventojų šiaurės centrinėje Kinijoje. Mūsų žiniomis, tai pirmasis tyrimas, išsamiai ištirti genetinės variacijos vaidmenį EGFR kelią genų ir riziką Ugi vėžio. Santykinai didelės imties dydis leido mums įvertinti asociacijas už ESCC, GC bendro ir anatominių svetaines su protingą valdžią. Mes taip pat pripažįsta, tačiau mūsų tyrimo trūkumų. Pirma, mes neturėjo informacijos apie Helicobacter pylori
( H. Pylori
) infekcija [40], kuri galėtų būti susiję, ypač dėl GNCA analizė. Tačiau neseniai apklausa NIT plazmos mėginių parodė, kad H paplitimą. pylori
serologinis pozityvumas ir 96,6% tarp GNCA, 95,8% tarp GCA, ir 93,9% kontrolinės grupės (neskelbtų duomenų), naudojant Multiplex tyrimą su H. pylori
pozityvumo apibrėžiama kaip trijų ar daugiau antigenų yra teigiamas [41]. Nors daugkartinis metodas yra linkęs būti jautresni nei tradicinių IFA, tai serologinis tyrimas atskleidė labai aukštą H. pylori
infekcijų dažnis šioje srityje net tarp kontrolės, o tai rodo, kad mūsų rezultatai buvo mažiau linkę būti labai iškreipta trūksta informacijos apie H. pylori
infekcija. Antra, dar atsikirtimai į nepriklausomų populiacijų privalo nustatyti, ar asociacijos mes nustatėme tarp EGFR kelią genų bei ESCC ir GC rizika yra reali. Trečia, teminės EGFR kelias, kad mes patikrinome negali atstovauti visiems funkciškai susijusius EGFR genų dėl apribojimų turimomis žiniomis. Ketvirta, dar bendrinamąjį kitiems gyventojams reikia skirti atsargiai, nes mūsų tyrimas buvo atliktas tik tarp didelės rizikos Han kinų.

Taigi, mūsų tyrimo nustatė reikšmingą ryšį tarp gemalo genetinių variantų bendrą EGFR signalizacijos kelią ir keliomis atskiromis genai ir GC rizika, taip pat kaip atskiri genai ir ESCC rizikos, tai rodo, galimą vaidmenį EGFR tuo pačiu būdu, genai UGI vėžio vystymosi. Tolesni tyrimai yra tikslingas siekiant patvirtinti nepriklausomuose gyventojų asociacijas ir ištirti pagrindinius biologinius mechanizmus.

Pagalbinė informacija
S1 lentelėje. Bendrovės asociacijos tarp visų EGFR kelią genų ir rizikos stemplės suragėjusių ląstelių karcinoma ir skrandžio adenokarcinoma
Doi. 10,1371 /journal.pone.0068999.s001
(docx)
S2 lentelėje. Bendrovės NCBI dbSNP identifikatoriai, esančių genų, ir chromosomos VNP-ai įtraukti į tyrimo
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0068999.s002
(docx)
lentelė S3.
Charakteristikos tyrimo dalyvių
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0068999.s003
(docx)

• PLoS ONE: įteisinimas Memorial Sloan-Kettering Cancer Center NOMOGRAMA prognozuoti ligos konkrečių išgyvenimo po R0 rezekcijos į kinų skrandžio vėžys gyventojams
• PLoS ONE: Piruvato kinazės M2 vaidina dvigubą vaidmenį reglamento EGF /EGFR signalizacijos elektroniniu cad priklausomu būdu skrandžio vėžio ląsteles