PLoS One: genetikai variánsok az epidermális növekedési faktor receptor útvonal Gének és a kockázat az nyelőcső laphámrák és a gyomorrák a kínai Population

absztrakt katalógusa

Az epidermális növekedési faktor receptor (EGFR) jelátviteli szabályozza a sejtek szaporodását, differenciálódás és a túlélés, és gyakran megbomlik nyelőcső és gyomor rák. Kevés tanulmány átfogóan vizsgálta a szövetség között csíravonal genetikai variánsok az EGFR és a kockázat a nyelőcső és a gyomor rák. Alapján a genom-szintű asszociációs vizsgálat egy Han kínai populációban, megvizsgáltuk 3443 SNP 127 gének az EGFR esetében 1942 nyelőcső pikkelysejtes karcinómák (ESCCs), 1758 gyomor rák (GC-k), és 2111 ellenőrzéseket. SNP-szintű elemzéseket végeztünk logisztikus regressziós modellek. Alkalmaztunk újramintavételezési alapú adaptív rank csonka termék megközelítés határozza meg a gén- és útvonal szintű egyesületek. Az EGFR útvonal szignifikánsan összefüggött a GC kockázat ( P katalógusa = 2,16 × 10 ^{-3). Gene-szintű elemzések eredménye 10 gént összefüggésbe hozható GC, beleértve FYN katalógusa, MAPK8 katalógusa, MAP2K4 katalógusa, GNAI3 katalógusa, MAP2K1 katalógusa, TLN1 katalógusa, PRLR katalógusa, PLCG2 katalógusa, RPS6KB2 katalógusa, és PIK3R3 katalógusa ( P
< 0,05). Mert ESCC, nem tapasztaltunk jelentős útvonal szintű szövetség ( P katalógusa = 0,72), de a gén szintű vizsgálatok szerint összefüggés a GNAI3 katalógusa, CHRNE katalógusa, PAK4 katalógusa, Wasl katalógusa, és ITCH katalógusa, és ESCC ( P katalógusa < 0,05). Eredményeink azt sugallják közötti társulás specifikus gének az EGFR jelátviteli kockázata GC és ESCC. További vizsgálatok szükségesek, hogy érvényesítse ezekkel a szervezetekkel, hogy vizsgálja meg azok hátterében. Katalógusa}

Citation: Li W-Q, Hu N, Wang Z, Yu K, Su H, Wang L. et al. (2013) genetikai variánsok az epidermális növekedési faktor receptor útvonal Gének és a kockázat az nyelőcső laphámrák és a gyomorrák a kínai népesség. PLoS ONE 8 (7): e68999. doi: 10,1371 /journal.pone.0068999 katalógusa

Szerkesztő: Valli De Re, Centro di Riferimento Oncologico, IRCCS National Cancer Institute, Olaszország katalógusa

Beérkezett: március 24, 2013; Elfogadva: június 4, 2013; Megjelent: július 18, 2013 katalógusa

Ez egy nyílt hozzáférésű cikk, mentesen minden szerzői jogot, és szabadon másolható, terjeszthető, továbbított, módosított, épül, vagy más módon bárki felhasználhatja bármilyen törvényes célra. A munka legyen elérhető a Creative Commons CC0 közkincs elkötelezettség. Katalógusa

Forrás: A Shanxi Felső gasztrointesztinális rák Genetics Projekt támogatta a National Cancer Institute (NCI) szerződés NO2-SC-66211 a Shanxi Cancer Kórház és Intézet. A Nutrition intervenciós kísérleteket támogatta NCI szerződések NO1-SC-91030 és HHSN261200477001C a Cancer Institute, a kínai Orvostudományi Akadémia. A jelenlegi elemzés támogatta a Intramural Research Program a National Institutes of Health (NIH), NCI, és az osztály Cancer Epidemiology és a genetika. A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők az alábbi érdekeit. Carol Giffen és Xiaoqin Xiong által alkalmazott Information Management Services, Inc. nincs szabadalom, a fejlesztés alatt álló, illetve a forgalmazott termékek nyilatkozni. Ez nem változtat a szerzők betartása minden PLoS One politikák adatok megosztása és anyagok, részletes online útmutató a szerzők. Katalógusa

Bevezető katalógusa

ERBBs vagy epidermális növekedési faktor receptor (EGFR ) tartozik a receptor tirozin-kináz (RTK) szupercsalád, és fontos jelátviteli fehérjék normál fiziológiás körülmények között [1], [2]. Például ligandumhoz kötött EGFR vannak szabályozói sejtciklus progresszióját, proliferáció, túlélés, invázió, és más rákos hozzájáruló eljárások [3], [4]. Nem meglepő tehát, tagjai a EGFR család, különösen az EGFR (más néven ErbB1 vagy HER1) és az ErbB2 (HER2), szerepet játszanak a fejlesztés a számos emberi rákos megbetegedések és megvalósítják terápiás célpontként [3], [4] , [5]. Annak tekintetében, hogy a nyelőcső és a gyomorrák, a magasabb EGFR és az ErbB2 szintek korreláltak szegény nyelőcső és a gyomorrák túlélési [4], [6], [7]. Terápiákkal célzás az EGFR család kimutatták, hogy javítja a nyelőcső és a gyomorrák prognózisa [4]. Számos tanulmány azt is kimutatta, szomatikus mutációk a gének az EGFR család nyelőcső és gyomor rákos [8], [9], [10], [11], [12]. Ezen túlmenően, a szerepe a jelátviteli az EGFR család is tapasztaltuk, molekulákkal részt vesz a MAPK /ERK útvonal aktiválódik nyelőcső és gyomor rákos [13], [14], [15].

Tekintve, hogy jelentős ez az útvonal, a genetikai variációk EGFR jelátviteli fehérjék is korrelál hajlam nyelőcső és gyomor rák. Azonban csak kevés tanulmány vizsgálta a szerepe a csírasejt egypontos nukleotid polimorfizmusok (SNP) ezen daganatok. Ez a néhány korábbi tanulmányok már csak korlátozott fedezetet a gének ebben a folyamatban [16], [17], [18], [19], [20], [21], [22], [23]. Bár SNP ebben a folyamatban nem érte el teljes genomot jelentősége közzétett genomot egyesület tanulmányok (GWAS) [24], [25], [26], [27], [28], [29], [30], [31], [32], az ilyen kritériumok lehetnek túlságosan konzervatívnak kimutatására szerény egyesületek. Ezért útvonal elemzés segíthet azonosítani fontos genetikai hozzájárulást, amelynek egyedi hatását méretben lehet túl kicsi ahhoz, hogy kimutatható a GWAS jelentősége feltételeknek [33], [34]. Ezek alapján GWAS adatok etnikai kínai betegek [24], átfogóan értékelni összefüggést a genetikai variánsok az EGFR és a kockázat a nyelőcső laphámrák (ESCC) és gyomorrák (GC) 1942 ESCC esetben 1758 GC esetben ( 1126 esetben cardia rák (GCA) és 632 a gyomor noncardia rák (GNCA)), és 2111 ellenőrzést élő Taihang Mountain régiójában Kína, a terület nagy a kockázata a ESCC és GC. katalógusa

anyagok és módszerek katalógusa

Etikai nyilatkozat katalógusa

a Shanxi felső gasztrointesztinális (UGI) Cancer Genetics Project (Shanxi, regisztrált ClinicalTrials.gov mint NCT00341276) kapott írásos beleegyezést alanyok, hogy részt vegyen a Shanxi szülő tanulmány a teljes GWAS (jelenlegi tanulmány), illetve az egész eljárásokat jóváhagyta Shanxi Cancer Kórház és Intézet Intézményi Review Board. A Linxian Nutrition Intervention Trials (serkék, regisztrált ClinicalTrials.gov mint NCT00342654) kapott írásos beleegyezést alanyok, hogy részt vegyen a NIT szülő tanulmány, valamint az általános GWAS (jelenlegi tanulmány), illetve az egész eljárásokat jóváhagyta Cancer Institute, a Kínai Tudományos Akadémia Medical Sciences Intézményi Review Board. Az NCI Special Studies Intézményi Review Board jóváhagyta mind a Shanxi és NIT szülő vizsgálatok, valamint az általános GWAS (jelenlegi tanulmány). Katalógusa

Vizsgálati populáció katalógusa

A tanulmány résztvevői vontak két felső gasztrointesztinális ( UGI) rák lebonyolított a Taihang hegyvidéki terület Kína: a Shanxi és serkék tanulmány. A Shanxi vizsgálatot indított 1997-ben volt egy eset-kontroll része és egy esetben csak részét. Mi beiratkozott az újonnan diagnosztizált, szövettanilag igazolt ESCC és GC esetekben, és az eset-kontroll része ezt vizsgálatban az életkor (± 5 év) -, nemben, és a szomszédos illesztett vontak 6 hónapon belül az azonosító minden esetben [35]. Vérmintákat gyűjtöttünk beiratkozás. A Nits kezdeményezték Linxian 1985-ben és tesztelte a hatása több vitamin és ásványi anyag kombináció naponta akár hat év eredményeiről szóló nyelőcső és a gyomor daganatos [36]. Mi összegyűjtöttük a vér 1999-ben és 2000 kifejezetten megszerezni a DNS-NIT résztvevők. A nyomon követés révén december 31, 2010, az újonnan diagnosztizált, szövettanilag igazolt ESCC és GC esetben együtt vezérlők életkor és a nem-rétegzett véletlenszerű mintába subcohort, vettek részt a jelenlegi genetikai elemzés. Minden vizsgált nyelőcsőrák volt ESCC, és az összes GC volt adenocarcinoma. GCAs definiáltuk azokat található a közeli 3 cm a gyomorban, míg GNCAs voltak a többi a gyomor. Katalógusa

Gene és az SNP Selection katalógusa

Végeztünk egy kiterjedt szakirodalmi kutatás a EGFR-útvonal gének [1], [2], [3], [4], [5]. A gént tartalmazzák elemzés ha azt hivatkozott legalább egyet a következő adatbázisok: ErbB jelátviteli Kegg (http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?pathway:map04012, visszakeresett december 20, 2012), EGF jelátviteli BioCarta (http://www.biocarta.com/pathfiles/h_egfPathway.asp, lekért december 20, 2012), vagy ErbB receptor jelátvitel, ErbB2 /ErbB3 jelátvitel EGF receptor jelátvitel, vagy ErbB4 szignalizációs az NCI Út Interaction Database (http://pid.nci.nih.gov/browse_pathways.shtml, lekért december 20, 2012). Mi azonosított összesen 131 EGFR-útvonal géneket. Nem SNP leképezett AREGB katalógusa, EIF4EBP1 katalógusa, PAK3 katalógusa, és SHC1 katalógusa mi adatbázisba, így 127 gén (táblázat S1) elemzésre. Összesen 3443 SNP található ezen gének és szegélyező területeken (20 kb upstream és 10 kb downstream), a minor allél frekvenciája > 1% (az esetek és a kontrollok kombinált) vontuk be elemzés, valamint a teljes lista ezeknek SNP táblázat tartalmazza az S2.

geno- és minőség-ellenőrzési

genomot szkennelési alkalmazásával végeztük a Illumina 660W tömb, amely már részletezett mi közzétett GWAS on UGI rák [24 ]. Ezután jelentésben vizsgált további témák ugyanazon a platformon ugyanazon üzemben. Az eredeti és a kiegészítő alá szkennelt adatokat ment hasonló feldolgozásával és minőségellenőrzés szűrési mutatókat. Mi kizárt SNP hiányzik az arány > 5%, akiknél befejezése arány az összes SNP < 94%, akiknél kóros jelent heterozigótaság értékek (> 30% vagy < 25%), nem disszonáns témák, vagy váratlan ismétlődő párok. A GWAS adatok UGI rák a vizsgálati csoportokban letétbe adatbázisán genotípusok és fenotípus (dbGaP, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/, tanulmány nyilvántartási száma: phs000361.v1. p1). katalógusa

a statisztikai elemzés katalógusa

Megvizsgáltuk a szövetség között gének az EGFR jelátviteli kockázata ESCC és GC. A magatartás gén szintű elemzést, először végzett SNP-elemzés. Kiszámoltuk esélyhányadosokat (OR) és a 95% -os megbízhatósági intervallumok (CI) a kockázata ESCC vagy GC társított, amely egy minor allél, a feltétel nélküli logisztikus regresszió additív modellben az egyes SNP, az életkor, a nem és tanulmány ( Shanxi vagy NIT). Nem vettük figyelembe a népesség rétegződése, mert nem volt bizonyíték jelentős problémákat lakosság alépítmény [24]. Mi egy domináns modell SNP, ha a várható tárgyak száma hordozó minor allél kevesebb, mint öt. Katalógusa

Gene szintű egyesületek ezután kiszámított adaptív rang csonkított terméket (artP) megközelítés, amely alkalmazható hármas tagolást csonka teszt statisztikák és a permutációs alapú mintavételi eljárással (1000000 resamplings) [34]. Egyesület jelek halmaza SNP belül gén egyesítjük míg a számviteli SNP kapcsolódási egyenlőtlenség (LD) struktúrák és többszörös összehasonlításokat. Azt is értékelték az egyesület a teljes EGFR gyalogutat ESCC és GC, amely globálisan együttes az egyesületek közötti eredményt és a gének a nyomvonalon belül. Mi használtuk artP módszer 1000000 resamplings szerezni egy összefoglaló útvonal szintű P katalógusa értékből az egyes daganatok. Katalógusa

A másodlagos elemzések, kiegészítésül korrigált dohányzás (valaha vagy soha ), alkoholfogyasztás (elveszett vagy csak nagyon ritkán /soha), és a család története UGI rák (igen vagy nem). Mivel ezek eredménye SNP-szintű másodlagos elemzések azt mutatták, lényegében hasonló eredményeket az elsődleges modell, itt csak az elsődleges analízis a papír. Katalógusa

Mi teszteltük a szövetség között SNP-k és ESCC és GC szerint alcsoportok sex , a dohányzás, az alkoholfogyasztás, és a család története UGI rák. A P katalógusa közötti kölcsönhatásokat SNP-k és ezek változók segítségével vizsgáltuk likehood arány vizsgálatát. Katalógusa

Statisztikai jelentőségű gén- és útvonal-alapú elemzések definiálták P katalógusa < 0.05. Mivel egyik SNP elérte a Bonferroni korrigált szignifikanciaszint (1,45 × 10 ^{-5, 0,05 /3443 SNP), a statisztikai szignifikancia SNP-szintű elemzések definiálták P katalógusa < 0,001. A statisztikai elemzéseket végeztünk a R nyelvet. Értékeltük a kapcsolódási egyenlőtlenség (LD) között SNP-szerte specifikus gén régiókat Haploview 4.1-es verziója. Katalógusa}

Eredmények katalógusa

Az összesen 1942 esetben ESCC, 1758 esetben GC (1126 GCA és 632 GNCA eset), és 2111 kontrollokat a Shanxi és NIT tanulmányok (táblázat S3). Összességében az átlagéletkor 56,0 év a kontroll, 56,0 a ESCCs, és 56,3 a GC. Katalógusa

Mi végzett gén-szintű elemzés közül 127 gén, és az azonosított öt gén, beleértve a GNAI3 katalógusa CHRNE katalógusa, PAK4 katalógusa, Wasl katalógusa, és ITCH katalógusa, amely szignifikáns összefüggést mutattak a ESCC kockázat ( P <katalógusa 0,05) (1. táblázat). Tíz gének szignifikáns összefüggést kockázata GC, beleértve FYN katalógusa, MAPK8 katalógusa, MAP2K4 katalógusa, GNAI3 katalógusa, MAP2K1 katalógusa TLN1 katalógusa, PRLR katalógusa, PLCG2 katalógusa, RPS6KB2 katalógusa, és PIK3R3 katalógusa ( P <katalógusa 0,05) (2. táblázat). Között a GC-asszociált gének, GNAI3 katalógusa, MAP2K1 katalógusa, FYN katalógusa, és MAPK8 katalógusa jártak GCA, és MAPK8
, TLN1 katalógusa, RPS6KB2 katalógusa, MAP2K4 katalógusa, és PIK3R3 katalógusa jártak GNCA ( P katalógusa < 0,05 ). Azt is azonosítottak számos további kapcsolatos gének csak GCA ( TGFA katalógusa, RASA1 katalógusa, JAK2 katalógusa, HSP90AA1 katalógusa, DLG4 katalógusa és CHRNE katalógusa), vagy GNCA ( NEDD4 katalógusa, pTK2 katalógusa, HBEGF katalógusa, CHRNA1 katalógusa), de nem a teljes GC. A gének a legerősebb szövetség volt GNAI3 katalógusa számára ESCC ( P katalógusa = 8.17 × 10 ^{-3), FYN katalógusa teljes GC ( P
= 2,63 × 10 -3), GNAI3 katalógusa a GCA ( P katalógusa = 4,50 × 10 -3), és a MAPK8 katalógusa számára GNCA ( P katalógusa = 3,79 × 10 -3), de egyik sem haladta meg a Bonferroni korrigált érték ( P katalógusa = 3,94 × 10 -4, 0,05 /127 gén ) (táblázat S1). Között vizsgált gének, GNAI3 katalógusa és CHNRE katalógusa jártak mind ESCC és GCA. A legjelentősebb SNP GNAI3 katalógusa ugyanaz volt ESCC és GCA (rs1434285), de a legjelentősebb SNP CHRNE katalógusa voltak különbözőek ESCC (rs8081611) és GCA (rs3760490), és E két SNP nem voltak nagy LD (r 2 = 0,007). katalógusa}

az út szintű elemzés kimutatta, statisztikailag szignifikáns összefüggés a teljes EGFR útvonal GC kockázat ( P =
2,16 × 10 ^{-3), de nem ESCC kockázat ( P katalógusa = 0,72). Azonban a szövetség nem volt szignifikáns akár GCA ( P = 0,12 katalógusa), vagy GNCA ( P katalógusa = 0,097). Katalógusa}

A SNP szintű egyesületek táblázat mutatja 3. Bár egyik SNP meghaladta a szignifikancia szintet kijavítása után többszörös összehasonlítások, csökkentett küszöbértéket 0.001, rs1884361 ( NRG3 katalógusa) összefüggésbe hozták ESCC kockázatot, és rs9387033 ( FYN katalógusa ), rs9788973 ( MAP2K4 katalógusa), rs7187863 ( PLCG2 katalógusa), és rs7720677 ( PRLR katalógusa) csatlakoztak GC kockázatot. Azt is megállapították, korreláció rs549386 ( TGFA katalógusa) a GCA, valamint összefüggést rs16947307 és rs9923225 (mind WWOX katalógusa) a GNCA. A alcsoportelemzések nem tapasztaltunk szignifikáns interakciók az SNP-k és egyéb jellemzőit a küszöbén 0,001 (nem közölt adatok). Katalógusa

Vita katalógusa

szomatikus mutációk és a megváltozott szabályozás EGFR útvonal gének széles körben játszik a fejlesztés és a prognózis a nyelőcső és a gyomor daganatos [6], [7], [8], [9], [10], [11], [12], [13], [14], [ ,,,0],15]. Ezzel ellentétben, ez kevésbé világos, hogy csíravonal genetikai variánsok az EGFR-útvonal társított ezeket rák. Újabb GWASs azonosítottak számos kockázati loci kapcsolódó ESCC vagy GC, de eddig, nem volt bizonyíték az egyesület genetikai variánsok EGFR-útvonal. Út-alapú megközelítést dolgoztak ki, hogy kihasználja genomot adatokat hatékonyabban, és tartsa a lehetőség, hogy így újszerű eredményei [33], [34]. Mi átfogóan értékelni gének az EGFR-útvonal, és kockázata ESCC és GC segítségével artP megközelítés. Bár egyik gének találkozott a Bonferroni-korrekció a többszörös összehasonlításhoz, egy olyan küszöbértéket 0,05, megfigyeltük, hogy több gén, valamint az általános EGFR-útvonal, kapcsolatban voltak kockázata GC. Az eredmények azt is javasolta, egyesületek között több EGFR-gén és ESCC kockázat. Katalógusa

Öt olyan gének szignifikánsan összefüggött ESCC kockázatot. Közülük GNAI3 katalógusa és CHRNE katalógusa szignifikánsak voltak mind ESCC és GCA, de nem GNCA. GNAI3
1p13.3 kódoló guanin nukleotid-kötő fehérje a G (k) alegység alfa, volt a legjelentősebb gént ESCC és szintén korrelációban kockázatát GC, különösen GCA. Guanin nukleotid-kötő fehérjék (G-fehérjék) részt modulátoraiként vagy átalakítók különböző transzmembrán jelátviteli utak. Egy korábbi tanulmány azt közötti társulás rs11184738 ( PRMT6 katalógusa található 1p13.3) és ESCC kockázattal egy GWAS beolvasni, de nem az érvényesítési szakaszban [28]. GNAI3 katalógusa található 2,3 Mbps letöltési az PRMT6 katalógusa, és a felső SNP GNAI3 katalógusa (rs1434285) nem volt nagy LD az rs11184738 mi GWAS adatbázisba (r ^{2 < 0,01). CHRNE
17p13.2 kódoló acetilkolin receptor alegység epszilon prekurzor, korrelált kockázata mind ESCC és GCA, de nem GC összességében. Egy GWAS számolt be, hogy rs17761864 ( SMG6 katalógusa található 17p13.3) összefüggésbe hozták a veszélye ESCC [32], de SMG6 katalógusa található több mint 2,5 Mbps lefelé CHRNE
.}

Tíz gének szignifikáns összefüggést mutattak a GC kockázat a vizsgálatba. FYN
6q21 volt a legjelentősebb gén GC összességében, de járt csak GCA és nem GNCA. FYN fehérje tartozik a membránhoz kapcsolódó Src tirozin-kináz család, és van egy központi szerepet sejtadhézió, proliferációját és apoptózist [37]. MAPK8
10q11 volt a legjelentősebb gént GNCA és is társult GCA. MAPK8 tagja a mitogén-aktivált protein kinázok és részt vesz a sejtproliferáció, differenciálódás, az apoptózis és a transzkripciót. Újabb útvonal-alapú kutatás azt mutatta, hogy MAPK8 katalógusa járt végbélrák és hasnyálmirigyrákban [38], [39]. Katalógusa

Mivel a szabvány egy locus módszerek hagyj SNP közepesen hatásnagyság használtuk a újramintavételezési alapú artP módszer, amely egyesíti a szövetség jeleket és a különböző SNP belül egy olyan gént, kiszámításához gén szintű egyesületek. Amellett, hogy a fent kiemelt gének, eredményeink azt javasolta, hogy néhány más géneket is társult kockázatával GC vagy ESCC, bár egyes SNP-k ezek a gének nem jelentettek a korábbi GWAS vizsgálatokban. Azt is megállapították, jelentős gének gén szintű elemzése, amelyek az egyes SNP nem volt szignifikáns az előre meghatározott küszöbértéket SNP-szintű elemzés, ami alátámasztja, hogy szükség van egy integrált megértése a genetikai hozzájárulást, mint az SNP-szint szempontjából csak .

Eredményeink biológiailag elfogadható. Az EGFR család már megállapították, hogy túlszabályozott és a cél a szomatikus mutációk UGI rákok, és egy klinikai vizsgálatban jelzett rák hatékonyabb prognózisa terápiák megcélzó EGFR család [4], [6], [7]. Előzetes vizsgálatok azt is bizonyították, a szerepe a jelátviteli EGFR család gének UGI rák. Egy friss jelentés szerint a MAPK útvonal is gyakran ösztönözte a nyelőcső rák aktiválást követően RTK-k [13]. Egy másik tanulmány azt mutatta, hogy az onkogén CagA támogatott GC kockázatot aktiválásával ERK jelátviteli [15]. Katalógusa

Előző GWASs feltüntetett genetikai variánsok PLCE1 katalógusa közös fogékonyság iokusza ESCC és GCA de nem GNCA [24], [27]. A mi elemzések, találtunk két gén szignifikáns ESCC és GCA de nem GNCA, továbbá arra utal, hogy a közös genetikai mechanizmus hozzájárulhat a fejlesztési ESCC és GCA. Katalógusa

A mi munkánkban előtt használt biológiai ismeretek rendszeresen vizsgálja szervezetek között a gének az EGFR és kockázatát ESCC és GC magas kockázatú populáció északi központi Kínában. Tudomásunk szerint ez az első tanulmány, hogy átfogóan vizsgálja a szerepe a genetikai variáció EGFR-útvonal gének és kockázatát UGI rák. A viszonylag nagy minta mérete lehetővé tette számunkra, hogy értékelje a szövetségek ESCC, GC összességében és anatómiai helyek ésszerű erő. Azt is elismerik azonban a korlátai a vizsgálatba. Először is, nem volt információ Helicobacter pylori katalógusa ( H. Pylori katalógusa) fertőzés [40], ami aggodalomra ad okot, különösen az elemzés a GNCA. Ugyanakkor egy friss felmérés között NIT plazma minták mutattak prevalenciája H. pylori
szeropozitivitás 96,6% között GNCA, 95,8% között GCA, és 93,9% között kontrollok (nem közölt adatok), egy multiplex assay H. pylori
pozitivitás definiált három vagy több antigént a pozitív [41]. Bár a multiplex eljárás általában sokkal érzékenyebb, mint a hagyományos ELISA, ezt szerológiai vizsgálat kimutatta, hogy nagyon magas H. pylori
fertőzés aránya ezen a területen még a kontroll, ami arra utal, hogy az eredményeink kevésbé valószínű, hogy jelentősen torzította az információ hiánya a H. pylori fertőzés
. Másodszor, további ismétlésben független populációk van szükség annak meghatározására, hogy a szervezet, akiket között megfigyelt EGFR-útvonal gének és a kockázat ESCC és GC valósak. Harmadszor, az előre meghatározott EGFR-útvonal, hogy kipróbáltuk nem képviselheti a funkcionális kapcsolatos EGFR gén korlátai miatt a jelenlegi ismeretek. Negyedszer, tovább általánosíthatók más populációkban elővigyázatosságot igényel, mivel a vizsgálat során csak a nagy kockázatú han kínai. Katalógusa

Összefoglalva, a tanulmányban azonosított jelentős összefüggést a csírasejt genetikai variációk a teljes EGFR jelátviteli útvonal és számos egyéni gének és a kockázat a GC, valamint az egyes gének és a kockázat az ESCC, ami arra utal egy lehetséges szerepét EGFR-útvonal gének a fejlesztés a UGI rák. További vizsgálatok szükségesek, hogy erősítse meg az egyesületek önálló lakosság és felfedezni a mögöttes biológiai mechanizmusok. Katalógusa

alátámasztó információk katalógusa táblázat S1.
Az egyesületek közötti EGFR-útvonal gének és kockázatát nyelőcső laphámrák és gyomor adenokarcinóma. katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0068999.s001 katalógusa (DOCX) hotelben táblázat S2.
NCBI dbSNP azonosítók található gének, és kromoszómák az SNP-k bekerültek a vizsgálatba.
doi: 10,1371 /journal.pone.0068999.s002 katalógusa (DOCX) katalógusa táblázat S3.
Jellemzői a vizsgálatban résztvevők. katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0068999.s003 katalógusa (DOCX) hotelben