PLOS ONE: profil génomique du sous-muqueuse gastrique-cancer invasif par Array-Based génomique comparative Hybridization

Résumé

Genomic nombre de copies aberrations (CNA) dans le cancer gastrique ont déjà été largement caractérisée par hybridation génomique comparative (array CGH) analyse. Cependant, l'implication des CNAs génomiques dans le processus d'invasion de la sous-muqueuse et des métastases ganglionnaires dans le cancer gastrique précoce est encore mal comprise. Dans cette étude, pour résoudre ce problème, nous avons recueilli un total de 59 échantillons de tumeurs de 27 patients atteints de cancers gastriques muqueux-invasive (SMGC), analysé leurs profils génomiques par CGH array, et comparé les entre paires d'échantillons de muqueuse (MU) et muqueux (SM) invasion (23 paires), et SM invasion et des ganglions lymphatiques (LN) métastases (9 paires). Dans un premier temps, nous avons émis l'hypothèse que l'acquisition de l'AIIC (s) spécifique est important pour ces processus. Cependant, nous avons observé aucune différence significative dans le nombre de CNAs génomiques entre apparié MU et SM, et entre SM couplé et LN. De plus, nous avons été incapables de trouver un CNAs spécifiquement associé à l'invasion SM ou LN métastase. Parmi les 23 cas analysés, 15 avaient une certaine tendance similaire du profilage génomique entre SM et MU. Fait intéressant, 13 des 15 cas ont également montré des différences dans les profils génomiques. Ces résultats suggèrent que la majorité des SMGCS sont composées de sous-populations hétérogènes provenant de la même origine clonale. Comparaison des CNAs génomiques entre SMGCS avec et sans LN métastases a révélé que le gain de 11q13, 11q14, 11q22, 14q32 et l'amplification de 17q21 étaient plus fréquentes chez SMGCS métastatiques, suggérant que ces CNAs sont liés à LN métastase du cancer gastrique. En conclusion, nos données suggèrent que la production de sous-clones génétiquement distinctes, plutôt que l'acquisition de l'AIIC spécifique à MU, fait partie intégrante du processus d'invasion de muqueux, et que les sous-clones qui acquièrent gain de 11q13, 11q14, 11q22, 14q32 ou l'amplification de 17q21 sont susceptible de devenir métastatique

Citation:. Kuroda A, Tsukamoto Y, Nguyen LT, Noguchi T, Takeuchi I, Uchida M, et al. (2011) du profil génomique du sous-muqueuse gastrique-cancer invasif par Array-Based hybridation génomique comparative. PLoS ONE 6 (7): e22313. doi: 10.1371 /journal.pone.0022313

Editeur: Giuseppe Novelli, Université Tor Vergata de Rome, Italie

Reçu le 25 Février 2011; Accepté le 19 Juin 2011; Publié le 21 Juillet, 2011

Droit d'auteur: © 2011 Kuroda et al. Ceci est un article en accès libre distribué sous les termes de la licence Creative Commons Attribution, qui permet une utilisation sans restriction, la distribution et la reproduction sur tout support, à condition que l'auteur et la source originelle sont crédités

Financement:. Cette recherche a été soutenu en partie par le ministère de l'Education, des sciences, des sports et de la Culture du Japon, et subventions-in-Aid pour jeunes scientifiques (B), n ° 20790286 (http://www.mext.go.jp), et le Fonds de recherche à la discrétion du Président, Université Oita (http://www.oita-u.ac.jp/english/index.html). Aucun financement externe supplémentaire a été reçu pour cette étude. Les bailleurs de fonds ont joué aucun rôle dans la conception de l'étude, la collecte et l'analyse des données, la décision de publier, ou de la préparation du manuscrit

Intérêts concurrents:.. Les auteurs ont déclaré aucun conflit d'intérêts existent

Introduction

le cancer gastrique reste l'une des maladies les plus mortelles, malgré sa tendance à la baisse constante dans le monde entier. Dans l'ensemble, la mortalité due au cancer de l'estomac est estimé à 700.000 cas par an (10,4% de tous les décès liés au cancer), se classant 2e seulement après le cancer du poumon [1]. le résultat clinique est meilleure lorsque les cellules tumorales sont limitées à la muqueuse. Cependant, une fois que les cellules tumorales passent à travers la muqueuse musculaire, le résultat clinique devient pire, étant donné que le risque de métastases des ganglions lymphatiques, ce qui est l'un des facteurs pronostiques les plus importants dans le cancer gastrique, augmente significativement jusqu'à 18% ou plus, par rapport à moins de 4% quand les cellules tumorales restent limitées à la muqueuse [2], [3]. Par conséquent, une meilleure compréhension des mécanismes impliqués dans le processus d'invasion sous-muqueux est nécessaire.

Il est actuellement reconnu que l'accumulation d'anomalies génétiques en plusieurs étapes est responsable de l'apparition et la progression de divers cancers [4]. En fait, il a été rapporté que le nombre total d'aberrations génomiques augmente avec la progression de la tumeur dans divers types de tumeurs [5]. Nous avons également constaté que les fréquences des gains à 20q, 20p12, 1q42, 3q27 et 13q34 et pertes à 4q34-qter, 4p15, 9p21, 16q22, 18q21 et 3p14, qui avait été fréquemment détecté dans le cancer gastrique, étaient plus fréquents chez AGC que en EGC [6]. Pendant ce temps, il a été récemment rapporté que, au cours de la progression tumorale, une seule cellule tumorale d'origine évolue vers plusieurs sous-populations génétiquement distinctes grâce à l'acquisition d'une grande variété d'aberrations génomiques. La masse de la tumeur résultante, qui est composé de sous-populations génétiquement hétérogènes, est considéré comme devenu résistant à une variété de pressions de sélection de l'environnement [7], [8], [9], [10].

Array-based hybridation génomique comparative (CGH array) fournit des informations sur la génomique des aberrations du nombre de copies (CNA) à travers l'ensemble du génome [11]. En outre, CGH est également applicable à l'étude de l'hétérogénéité génomique intratumorale [12], [13], [14], [15]. Bien tableau plusieurs groupes ont utilisé CGH pour identifier les régions abritant des gènes oncogènes ou tumeur suppressive dans le cancer gastrique [6], [16], [17], [18], [19], [20], [21], [22 ], [23], [24], [25], CNAs liés à muqueux invasion et la phase précoce de métastases ganglionnaires n'a pas encore été déterminée. En outre, étant donné que la plupart des études précédentes de CNAs dans le cancer gastrique ont analysé un seul échantillon pour chaque tumeur, les détails de l'hétérogénéité des profils génomiques dans un seul cancer gastrique sont restés largement incertaine.

Dans cette étude, nous avons étudié la implication des CNAs génomiques dans le processus d'invasion de la sous-muqueuse et des métastases ganglionnaires dans le cancer gastrique précoce. A cet effet, nous avons recueilli des échantillons de tumeurs provenant de différentes parties de la même tumeur séparément, analysé leurs profils génomiques par CGH array, et comparé les profils génomiques entre des échantillons appariés de muqueuse (MU) et muqueux (SM) parties, et la partie SM et la lymphe noeud (LN) métastase. En outre, en comparant le CNAs entre métastatique et les cancers gastriques non métastatiques muqueux-invasive (SMGC), nous avons identifié le candidat CNAs lié à LN métastases du cancer gastrique précoce.

Matériel et méthodes

éthique Déclaration

Cette étude a été approuvée par le comité d'éthique de l'hôpital universitaire Oita (Approbation No P-05-04). le consentement écrit a été obtenu de tous les patients et /ou leurs familles.

Les patients, des échantillons de tissus et de l'extraction de l'ADN génomique

Vingt-sept SMGCS ont été chirurgicalement réséquées à l'hôpital universitaire Oita. Les coupes de tissus ont été découpés à partir, d'un tissu inclus dans la paraffine fixés à la formaline et colorées avec l'hématoxyline-éosine (HE) pour l'analyse histologique et avec du bleu de toluidine (Wako, Osaka, Japon) pour l'extraction de l'ADN génomique (figure 1A). Utilisation de laser capture microdissection, nous avons recueilli 1 à 3 échantillons de la MU, SM et /ou une partie de LN métastatique du même tissu SMGC séparément. En conséquence, nous avons été en mesure d'obtenir un total de 59 échantillons provenant de 27 patients (tableau 1). Tous les échantillons comprenaient une proportion de cellules tumorales de plus de 70% du total. L'ADN génomique a été extrait en suivant la méthode de digestion de la proteinase K standard, suivie d'une extraction au phénol /chloroforme. tissu gastrique non néoplasique des mêmes patients a été utilisé comme un contrôle normal.

CGH array et analyse des données

analyse Array-CGH a été réalisée en utilisant 44 K oligonucléotides CGH arrays (Agilent Technologies Inc. , Palo Alto, CA). Étiquetage et l'hybridation ont été réalisées selon le protocole fourni par Agilent Technologies Inc. En bref, 0,85 à 2 pg d'ADN de tumeur et une quantité égale d'ADN de contrôle ont été digérés avec AluI et Rsal (Promega, Madison, WI, USA) pendant 24 h à 37 ° C. La tumeur digéré et l'ADN de contrôle ont été marquées avec Cy5-dUTP et Cy3-dUTP, respectivement, en utilisant un ADN génomique Labeling Kit Plus (Agilent), purifié avec Microcon YM-30 filtres (Millipore, Billerica, MA, USA), et concentrés 80,5 ul. Des quantités égales d'ADN de la tumeur et de contrôle ont ensuite été regroupées et mélangées avec de l'ADN Cot-1 humain, dissous dans un tampon d'hybridation (Agilent Oligo aCGH Hybridization Kit, Agilent Technologies), dénaturées et hybridées à la CGH à 65 ° C pendant 24 h. Les lames de verre ont été lavées puis numérisée en conformité avec les instructions du fabricant.

images de biopuces ont été analysées à l'aide FEATURE EXTRACTION v.9.5.3.1 (Agilent Technologies) avec normalisation linéaire (protocole CGH-v4_95_Feb07), et les données résultantes ont été importés en DNA Analytics v.4.0.81 (Agilent Technologies). Après la normalisation des données brutes, l'log2ratio de Cy5 (tumeur) à Cy3 (Control) a été calculé. les régions aberrants ont été déterminés par l'algorithme ADM-2 à un seuil de 8,0. Pour détecter les gains et les pertes, nous avons fixé les valeurs des paramètres pour les filtres d'aberration que: nombre minimum de sondes dans la région 2, log2ratio moyenne minimale absolue pour la région de 0,26, le nombre maximum de régions aberrantes 10000, et le pourcentage pénétrance par fonction 0. De même, pour détecter les amplifications et les suppressions, nous avons fixé les valeurs des paramètres pour les filtres d'aberration que: nombre minimum de sondes dans la région 2, log2ratio moyenne minimale absolue pour la région 1.0, nombre maximal de régions aberrantes 10000, et le pourcentage pénétrance par fonction 0. les données générées par les sondes mis en correspondance avec les chromosomes X et Y ont été éliminés. positions génomiques de sondes et des régions aberrantes ont été basées sur la 2006 séquence de référence humaine UCSC Mars (de hg18) (NCBI construire séquence de référence 36). Toutes les données sont conformes MIAME (http://www.mged.org/Workgroups/MIAME/miame.html) et les données brutes ont été déposées dans la base de données de GEO MIAME conforme (http: //www.ncbi.nlm.nih .gov /geo /, numéro d'accession GSE26800). Un aperçu de la conception expérimentale est représentée sur la figure 1B. Pour la comparaison des CNAs entre les parties MU et SM appariés, nous avons sélectionné 23 cas par rapport au total de 27 (figure 1B, a et b), étant donné que les profils génomiques des deux parties dans ces cas avaient été analysés avec succès. De même, pour comparaison entre CNAs SM appariés et des portions LN, nous avons sélectionné neuf des 12 cas avec une partie LN (figure 1B, c et d). De plus, nous avons comparé les fréquences de CNAs entre les cas avec ou sans métastases LN (figure 1B, e et f).

immunohistochimie

immunohistochimie a été réalisée comme décrit précédemment [21] en utilisant anti- EGFR (1:100; Dako, Glostrup, Danemark), anti-CTTN (1:200; Abcam, Cambridge, MA, USA) et anti-ERBB2 (1:800; Cell Signaling Technology, Berverly, MA, USA) anticorps.

L'analyse statistique

t apparié de test et le test exact de Fisher ont été utilisés. Différences à P
<. 0,05 ont été considérées comme statistiquement significative

clonalité génomique et de l'hétérogénéité de

Résultats de la muqueuse et la sous-muqueuse de portions SMGC

Pour étudier la implication des CNAs génomiques dans le processus d'invasion de muqueux, nous avons d'abord comparé le nombre de CNAs entre les échantillons MU et SM appariés des 23 SMGCS (figure 2A). Onze des 23 cas ont montré une augmentation du nombre de CNAs dans la partie SM par rapport à la partie MU, 11 a montré un certain nombre a diminué, et un cas restants ont montré aucun changement (figure 2A). Par conséquent, il n'y avait pas de différence statistiquement significative du nombre de paires CNAs entre MU et SM parties (figure 2A, non significatif dans le test t apparié). En outre, pour identifier CNAs spécifiquement associé à l'invasion de la sous-muqueuse, nous avons comparé les fréquences moyennes de CNAs dans la partie MU avec ceux dans la partie SM apparié (figure 2B), mais nous avons été incapables de trouver une quelconque
.

Pour étudier la différence de CNAs entre MU et SM de la même tumeur, nous avons comparé les profils génomiques de paires MU et SM dans chaque cas. Un cas représentatif est montré à la figure 2C, D, E et F. Le jumelé MU et des échantillons SM partagé un modèle similaire d'aberration génomique dans le chromosome 9p (figure 2D). Cependant, il y avait des aberrations génomiques distinctes dans les chromosomes 7p et 11 dans le même cas, comme le montre la figure 2E et F. Amplification de 7p12 a été observé que dans MU, mais pas dans SM (figure 2F), et le gain du chromosome 11 a été observée qu'en SM, mais pas dans les MU (figure 2F). Ces résultats suggèrent que les cellules tumorales dans le MU et SM de cette affaire étaient liées par clonage, mais composés de sous-populations génétiquement hétérogènes.

Ensuite, pour déterminer si les cellules tumorales présentant une amplification de 7p12 et ceux montrant gain de 11q13 de cas 4 ont été très limitée à la MU et SM, respectivement, nous avons analysé des coupes de tissus de cas 4 par immunohistochimie avec des anticorps contre EGFR, qui a été amplifié uniquement dans la partie MU (Figure 2F), et CTTN, qui a été acquise que dans le SM partie (Figure 2F). Comme le montre la figure 3, immunoréactivité positive pour EGFR a été limitée à la partie MU (Figure 3D, E et F), alors que seule la partie SM a montré une forte immunoréactivité pour CTTN (Figure 3G, H et I). Ces résultats suggèrent que, dans le cas 4, les cellules tumorales avec 7p amplification en MU ne pouvaient pas avoir envahi le SM, tandis que ceux avec le chromosome 11 le gain aurait envahi le SM.

Ensuite, nous avons analysé la clonalité génomique et de l'hétérogénéité dans le MU et SM d'autres cas. Parmi les 22 autres cas, 14 ont montré une tendance similaire d'aberration génomique dans les MU et SM (Figures S1 (6 cas) et S2 (8 cas)), ce qui suggère que les cellules cancéreuses dans le MU et SM de ces cas étaient liés par clonage . Fait intéressant, 12 des 14 cas a montré une différence significative dans les modèles de profils génomiques entre MU et SM (Figures S1 (6 cas) et S2 (6 cas)), ce qui suggère que ces cas ont également été constitués de sous-populations génétiquement hétérogènes.

clonalité génomique et de l'hétérogénéité dans le primaire (SM) et métastatique (LN) parties de

Next SMGC, pour enquêter sur l'implication des CNAs dans le processus de métastase ganglionnaire du cancer gastrique au début, nous avons comparé le nombre de CNAs entre le primaire apparié (SM) et métastatique (LN) parties de 9 SMGCS (figure 4A). Trois des 9 cas ont montré une augmentation du nombre CNAs dans la partie LN, tandis que les 6 autres cas ont montré une diminution (figure 4A). Par conséquent, il n'y avait pas de différence significative dans le nombre de CNAs entre les SM et LN portions appariées (figure 4A, non significatif dans un test t apparié). En outre, pour identifier CNAs spécifiquement associée à LN métastase, nous avons comparé les fréquences moyennes de CNAs à SM avec ceux dans la partie LN apparié (figure 4B), mais nous avons été incapables de trouver une quelconque.

Pour étudier la différence de CNAs entre SM et LN de la même tumeur, nous avons comparé les profils génomiques de SM appariés et des échantillons LN dans chaque cas. Un exemple représentatif est présenté sur la figure 4C, D et E. Le SM appariés et des échantillons LN partagé un schéma similaire d'aberration génomique sur le chromosome 8 (figure 4D), ce qui suggère que les deux parties ont été obtenues de la même origine clonale. Cependant, le gain du chromosome 14 a été observée uniquement dans le document SM, mais pas dans LN (figure 4E). Ces résultats suggèrent que les cellules tumorales dans les SM et LN parties de cette affaire étaient liées par clonage, mais composés de sous-populations génétiquement hétérogènes.

Nous avons également analysé la clonalité génomique et de l'hétérogénéité dans SM et LN portions d'autres cas. Parmi les 8 autres cas, 5 ont montré une tendance similaire d'aberration génomique dans les deux SM et LN (Figure S3), suggérant que les SM et LN portions appariées de ces cas étaient liés par clonage. De plus, 4 des 5 cas ont montré une différence significative dans les modèles de profils génomiques entre SM et LN (Figure S3), suggérant que ces cas ont également été constitués de sous-populations génétiquement hétérogènes.

Comparaison des profils génomiques entre métastatique et non-métastatique SMGC

Depuis aucune différence statistiquement significative n'a été détectée dans les fréquences de CNAs entre SM appariés et des parties de LN (figure 4B), nous avons supposé que les sous-populations porteurs connexes métastase CNAs pourrait être présent dans le SM, ainsi que la partie LN du SMGC métastatique. Par conséquent, nous avons ensuite comparé les fréquences de CNAs dans la partie SM de SMGCS métastatiques (12 cas) avec ceux de SMGCS non métastatiques (15 cas), et a constaté que les gains à 11q13, 11q14, 11q22 et 14q32 ont été détectés plus fréquemment dans métastatique SMGCS que dans SMGCS non métastatiques (Figure 5A et tableau 2). Nous avons également comparé les fréquences de haut niveau aberrations du nombre de copies, telles que l'amplification et la suppression, entre les deux groupes, et a constaté que l'amplification de 17q21 a été détectée plus fréquemment dans les SMGCS métastatiques que dans SMGCS non métastatiques (tableau 3 et le tableau S1) . Ces résultats suggèrent que les gains à 11q13, 11q14, 11q22, 14q32 et 17q21 amplification à sont impliqués dans la métastase LN de SMGCS.

La région commune minimale d'amplification à 17q21 contenait 5 gènes énumérés dans le tableau 3. Depuis ERBB2 , un oncogène bien connu [26], [27], [28], a été inclus dans la liste, nous avons effectué une analyse immunohistochimique de ERBB2 surexpression dans les 27 cas. Comme le montre la figure 5B, les cas avec 17q21 amplification présentaient une forte coloration pour ERBB2 dans SM, alors un cas sans amplification n'a pas. En outre, ERBB2 surexpression était significativement associée à 17q21 amplification (tableau 4), ce qui suggère que ERBB2 amplification et la surexpression peut être impliqué dans la métastase LN d'une proportion de SMGCS.

Discussion

Il est largement admis qu'une tumeur provient d'une seule cellule. Cependant, comment il progresse à un stade avancé est encore en discussion. Les premières études de colorectal et du pancréas ont conduit à une notion que le développement et la progression de ces cancers sont associés à l'accumulation d'aberrations chromosomiques, appelés le modèle en plusieurs étapes de la tumorigenèse [29], [30]. Par exemple, des aberrations génomiques des gènes APC, KRAS, SMAD4 et TP53 sont impliqués dans la séquence adénome-carcinome du côlon [29]. Toutefois, ces études ont porté sur une partie seulement des gènes liés à la tumeur, et néglige le rôle de la plupart des autres gènes. En outre, ce modèle a été incapable d'évaluer l'importance de l'hétérogénéité génomique intratumorale pour le développement et la progression tumorale. Pendant ce temps, des études récentes ont conduit à la création d'un autre modèle, désigné le modèle d'évolution clonale [7], [9], [10]. Dans ce modèle, un seul clone évolue en plusieurs sous-populations distinctes à travers l'accumulation d'anomalies génétiques diverses. La population prédominante peut être remplacée par des sous-populations distinctes au sein d'une masse tumorale individuelle par les effets de la pression de sélection de l'environnement et /ou le stade de la progression tumorale. En conséquence, plusieurs populations cellulaires génétiquement hétérogènes peuvent coexister au sein d'une masse tumorale unique. La preuve d'hétérogénéité génétique intra-tumorale associée à l'évolution clonale a été obtenue pour une variété de tumeurs solides, y compris le cancer de la prostate [14], de l'oesophage de Barrett [31], le cancer de l'ovaire [32], [33], le cancer du col [34], le cancer du sein [15], [35], un neuroblastome [36], le cancer du pancréas [13], [37] et le cancer du côlon [38]. Fait intéressant, dans une étude sur le cancer de la prostate métastatique létale, aucun CNAs spécifiquement lié au site des métastases ont été trouvés [14]. De même, dans une étude de haute qualité carcinome ovarien séreux, il n'y avait aucune preuve d'une relation entre l'acquisition de la résistance au cisplatine et CNAs spécifiques [39]. Ces résultats suggèrent que le modèle de tumorigenèse en plusieurs étapes, dans lequel les aberrations spécifiques jouent un rôle important dans le développement et la progression tumorale, ne représente pas toujours la façon dont les tumeurs acquièrent leur caractère malin. Dans la présente étude, nous avons d'abord émis l'hypothèse que l'acquisition de l'AIIC (s) spécifique pourrait être important pour l'invasion de la sous-muqueuse. Cependant, nous avons été incapables de trouver des CNAs qui étaient plus fréquents chez les SM que dans l'échantillon MU appariés. En outre, nous avons également observé aucune différence significative en ce qui concerne le nombre de CNAs dans les parties MU et SM appariés. Cependant, nous avons constaté que la majorité des SMGCS était composée de sous-populations clonale-apparentées, mais génétiquement distinctes, ce qui suggère que l'évolution clonale peut se produire au cours de la progression du cancer gastrique. Pris ensemble, bien que le nombre de cas examinés a été limité, nos résultats suggèrent que la production d'organismes génétiquement différentes sous-populations plutôt que l'acquisition de CNAs spécifique dans la partie MU peut être important pour le processus d'invasion de la sous-muqueuse. Sur la base de ces résultats, nous proposons un modèle hypothétique pour le processus d'invasion SM et LN métastases du cancer gastrique précoce (Figure 6). Pour confirmer cette hypothèse, d'autres études avec des échantillons plus importants seront nécessaires.

Nos données indiquent que SMGCS sont composés de sous-populations génétiquement hétérogènes sont importantes dans le contexte de la recherche sur le cancer de l'estomac et de traitement, parce que l'hétérogénéité de la tumeur rend le développement de médicaments efficaces difficiles. Etant donné que CNAs génomiques ont un impact sur les profils d'expression de gènes dans divers cancers [16], [21], [40], [41], [42], [43], il est possible que chacun des sous-populations génétiquement distinctes au sein d'une seule la tumeur peut différer à la fois le comportement biologique et de la réponse aux médicaments anticancéreux, y compris des agents de ciblage moléculaire. Cooke et al. ont proposé que la clarification des différentes sous-populations génétiques au sein d'une tumeur unique permettrait une thérapie efficace utilisant un agent spécifique ciblant une aberration génomique commune ou agents combinés ciblant des aberrations génomiques uniques dans chacune des sous-populations distinctes [39]. Cette stratégie peut également applicable au traitement du cancer gastrique.

Parmi les 23 cas que nous avons analysés, 15 ont montré une relation clonale entre les parties MU et SM. En outre, 13 de ces derniers 15 cas ont également montré des différences dans CNAs entre les deux régions, ce qui suggère que l'évolution clonale se produit fréquemment dans la phase précoce de la carcinogenèse gastrique. La relation entre les échantillons MU et SM appariés dans les 8 autres cas sans CNAs commune est restée incertaine. Deux explications possibles peuvent être suggérées. La première est que les tumeurs dans les parties appariées, qui ne disposaient pas CNAs communs, développés indépendamment. L'autre est que les parties paires partagées d'autres types d'aberrations génétiques, telles que des mutations et des translocations, qui ne peuvent pas être détectés par CGH array. Dans ce dernier cas, le séquençage de prochaine génération pourrait être utile pour l'analyse de ces relations.

Dans cette étude, les gains à 11q13, 11q14, 11q22 et 14q32 et l'amplification à 17q21, étaient plus fréquentes dans la partie SM des SMGCS métastatiques que dans ceux des SMGCS non métastatiques. Fait intéressant, les gains à 11q13 et 14q32 seraient impliqués dans les métastases hépatiques d'un cancer du côlon [38]. Par conséquent, ces données suggèrent que le gain à 11q13 et 14q32 peuvent être impliqués dans la métastase des cancers gastro-intestinaux. Chromosome 17q21 héberge un oncogène puissant, ERBB2. Association d'expression de ERBB2 avec les caractéristiques clinico de cancer de l'estomac a été étudié dans plusieurs études [44], [45], [46], [47], [48], [49]. Cependant, l'influence de ERBB2 surexpression sur LN métastase différait entre ces études [44], [46], [47]. Dans la présente étude, malgré le nombre limité de SMGCS examiné, tous ceux avec ERBB2 amplification et la surexpression a montré des métastases ganglionnaires. Une étude plus poussée à l'aide d'un plus grand nombre de SMGCS sera nécessaire pour évaluer l'importance de cette tendance.

Informations complémentaires
Figure S1.
cas montrant les aberrations génomiques communs et différents entre les parties MU et SM. Les panneaux de gauche montrent des modèles communs d'aberrations génomiques dans MU et SM pour chaque cas. Le centre et panneaux de droite montrent différents modèles d'aberration génomique entre les deux parties dans chaque cas
doi:. 10.1371 /journal.pone.0022313.s001
(TIF)
Figure S2.
cas montrant les aberrations génomiques communs et différents entre les parties MU et SM. motifs communs et différents d'aberration génomique entre MU et SM pour chaque cas sont présentés
doi:. 10.1371 /journal.pone.0022313.s002
(TIF)
Figure S3.
cas montrant les deux aberrations génomiques communs et différents entre les SM et LN portions. Les panneaux de gauche montrent des modèles communs d'aberration génomique entre SM et LN pour chaque cas. Le centre et panneaux de droite montrent différents modèles d'aberration génomique entre les deux parties dans chaque cas
doi:. 10.1371 /journal.pone.0022313.s003
(TIF)
Tableau S1.
amplifications récurrentes et les suppressions dans SMGCS.
doi:. 10.1371 /journal.pone.0022313.s004
(DOC)

Remerciements

Nous remercions Misuzu Taguchi, Yoko Miyanari et Tsuyoshi Iwao pour leur excellente assistance technique

• PLOS ONE: Importance Prognostic de miR-181b et miR-21 dans l'estomac des patients cancéreux traités par S-1 /oxaliplatine ou doxifluridine /oxaliplatine
• PLOS ONE: oncogènes CagA Favorise gastrique risque de cancer via Activation ERK voies de signalisation: emboîtée Case-Control Study