PLoS ONE: Genomo profiliavimo gleivine invazinės Skrandžio vėžio masyvas-Based lyginamosios Genomo Hybridization

Anotacija

Genomo kopijos numeris aberacijos (CNAs) skrandžio vėžys jau buvo plačiai apibūdinamas masyvo lyginamosios genomo hibridizacijos (masyvas CGH) analizė. Tačiau dalyvavimas genomo CNAs į gleivine invazija ir limfmazgių metastazių ankstyvą skrandžio vėžio procese vis dar menkai suprantama. Šiame tyrime, siekiant išspręsti šią problemą, mes surinkome 59 navikų mėginiuose iš viso nuo 27 pacientai su gleivine invazinės skrandžio vėžio (SMGC), analizavo savo genomo profilių masyvo CGH ir palyginti juos tarp suporuotų pavyzdžių gleivinės (MU) ir Po gleivine (cm) invazija (23 poros), o S. invazija ir limfmazgių (LN) metastazės (9 poros). Iš pradžių, mes iškėlė hipotezę, kad konkretaus CNA (-ių) įgijimą svarbu šiems procesams. Tačiau mes nustatėme reikšmingai nesiskyrė nuo genomo CNAs tarp suporuotų MU ir SM numeriu, ir tarp suporuotų SM ir LN. Be to, mes negalėjome rasti jokių CNAs, konkrečiai susijusių su SM invazijos ar LN metastazių. Tarp 23 analizuotų atvejų 15 buvo šiek tiek panaši genomo profiliavimo tarp SM ir MV. Įdomu tai, kad 13 iš 15 atvejų taip pat parodė keletą genomo profilių skirtumus. Šie rezultatai rodo, kad AJVKS dauguma sudaro įvairiarūšių smulkesnes grupes, gautų iš tos pačios klonavimo kilmė. Palyginimas genomo CNAs tarp AJVKS su ir be LN metastazių atskleidė, kad 11q13, 11q14, 11q22, 14q32 pelną ir papildytas 17q21 buvo dažnesnės metastazavusiu AJVKS, tai rodo, kad šie CNAs yra susiję su LN metastazių ankstyvo skrandžio vėžio. Taigi, mūsų duomenys rodo, kad karta genetiškai skirtingų subklonais, o ne įsigijimo konkretaus CNA ne MU, yra neatsiejama gleivine invazijos procesą, ir kad subklonais įsigijusių pelnas 11q13, 11q14, 11q22, 14q32 ar amplifikacija iš 17q21 yra gali tapti metastazavusiu

nurodomoji dalis:. Kuroda A Tsukamoto Y Nguyenas LT, Noguchi T Takeuchi aš, Uchida, M, et al., (2011) Genomo profiliavimo Po gleivine invazinės Skrandžio vėžio masyvas-Based lyginamosios Genomo hibridizacijos. PLoS ONE 6 (7): e22313. Doi: 10,1371 /journal.pone.0022313

redaktorius Giuseppe Novelli Tor Vergata universiteto Roma, Italija

Įstojo: Vasario 25, 2011; Priėmė: Gegužės 19, 2011 m Paskelbta: Lie 21, 2011

Visos teisės saugomos: © 2011 Kuroda et al. Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Attribution licencija, kuri leidžia nevaržomai naudotis, paskirstymo ir dauginimąsi bet kokioje laikmenoje sąlygomis, su sąlyga, kad pirmasis autorius ir šaltinis įskaitomos

Finansavimas:. Šis tyrimas buvo iš dalies remiamą švietimo, mokslo, sporto ir kultūros Japonijos, ir dotacijas-in-pagalbos jaunųjų mokslininkų (B), Nr 20.790.286 (http://www.mext.go.jp) ministerijos, ir mokslinių tyrimų fondas ne Prezidento nuožiūra, Oitos universitetas (http://www.oita-u.ac.jp/english/index.html). buvo gauta jokių papildomų išorės finansavimas šiame tyrime. Į finansuotojai neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, ar ruošiant rankraštį

konkuruojančių interesų.. Autoriai pareiškė, kad nėra konkuruojantys interesai egzistuoja

Įvadas

Skrandžio vėžys išlieka viena iš labiausiai mirtinų ligų, nepaisant jos nuolat mažėja visame pasaulyje. Apskritai, mirtingumas dėl skrandžio vėžio yra apskaičiuota, kad 700.000 atvejų kasmet (10,4% visų vėžio mirčių), reitingą 2nd tik po plaučių vėžio [1]. Klinikinių pasekmių yra geriau, kai naviko ląstelės yra tik skirta vartoti per gleivinę. Tačiau, kai naviko ląstelės pro muscularis gleivinės, klinikiniam rezultatui tampa dar blogiau, nes limfmazgių metastazių, kuris yra vienas iš svarbiausių prognostinių faktorių, skrandžio vėžio rizika, žymiai padidina iki 18% arba daugiau, palyginti su mažiau nei 4%, kai naviko ląstelės yra apribota vartoti per gleivinę, [2], [3]. Todėl geriau suprasti mechanizmų, dalyvaujančių gleivine invazijos procese yra būtinas.

Šiuo metu pripažino, kad daugiastadijinė kaupimas genetinių anomalijų yra atsakinga už pasireiškimo laiką bei eigą įvairių vėžio [4]. Iš tiesų, ji buvo pastebėta, kad bendras skaičius genomo aberaciją padidina su naviko progresavimo, įvairių tipų auglių [5]. Mes taip pat nustatė, kad pelnas ne 20Q, 20p12, 1q42, 3q27 ir 13q34 arba nuostolius 4q34-qter, 4p15, 9p21, 16q22, 18q21 ir 3p14, kuris buvo dažnai aptinkamas skrandžio vėžio dažnis buvo dažnesnės AGC nei į EGC [6]. Tuo tarpu, ji neseniai buvo pranešė, kad per naviko progresavimo žinoma, vienas naviko ląstelė kilmės vystosi į keletą genetiškai skirtingų subpopuliacijų per įvairių genomo aberaciją įsigyjant. Gautas naviko masė, kuris yra sudarytas iš genetiškai įvairiarūšių smulkesnes grupes, yra laikoma, kad tapti atsparus tam tikrų aplinkos apsaugos atrankos spaudimo įvairių [7], [8], [9], [10].

Array pagrindu lyginamoji genomo hibridizacijos (masyvas CGH) teikia informaciją apie genomo kopijų skaičiumi aberacijos (CNAs) visame genome [11]. Be to, CGH taip pat taikoma į naviką genomo heterogeniškumo tyrimo [12], [13], [14], [15]. Nors kelios grupės naudojamas masyvo CGH identifikuoti regionus, savyje onkogeninių arba auglio-slopinančio genus skrandžio vėžio [6], [16] [17], [18], [19], [20], [21], [22 ], [23], [24], [25], CNAs susiję su gleivine invazija ir ankstyvąją fazę limfmazgių metastazių dar nebuvo nustatytas. Be to, kadangi dauguma ankstesnių tyrimų CNAs skrandžio vėžio nagrinėjo tik vieną mėginį kiekvienam naviko, detalės genomo profilių heterogeniškumo viename skrandžio vėžio liko beveik neaiški.

Šiame tyrime mes ištirtas dalyvavimas genomo CNAs į gleivine invazija ir limfmazgių metastazių proceso pradžioje skrandžio vėžio. Šiam tikslui, mes surinkti navikų mėginiuose iš skirtingų dalių to paties auglio atskirai, analizuojami jų genomo profilius masyvo CGH, ir palyginti genominės profilius tarp dviejų prijungtų pavyzdžių gleivinės (MV) ir gleivine (SM) porcijomis, ir SM daliai ir atitinkamai limfos mazgas (LN) metastazės. Be to, lyginant CNAs tarp metastazavusiu ir nemetastazavusį gleivine invazinės skrandžio vėžio (SMGC), mes nustatyti kandidatas CNAs susiję su LN metastazių ankstyvo skrandžio vėžio.

Medžiagos ir metodai

etikos taisyklės

Šis tyrimas buvo patvirtintas etikos komiteto Oita universitetinės ligoninės (patvirtinimo Nr p-05-04). Informuotas sutikimas raštu buvo gauta iš visų pacientų ir /ar jų šeimoms.

Pacientai, audinio mėginiai ir gavybos genomo DNR

Dvidešimt septyni AJVKS buvo chirurgiškai rezekcijos metu Oita universitetinė ligoninė. Audinių dalys buvo išpjauti iš formalino fiksuotas, parafiną įdėta audinio ir tamsintas hematoksilinu-eozinu (HE) ir histologiniai analizės ir su toluidino mėlyna (Wako, Osaka, Japonija) gavybos genomo DNR (1a pav.) Naudojant lazerio-fiksavimo microdissection, mes surinkti nuo 1 iki 3 mėginius iš MU, SM ir /arba metastazavusio LN dalį to paties SMGC audinio atskirai. Kaip rezultatas, mes galėjo gauti 59 mėginių iš viso nuo 27 pacientų (1 lentelė). Visi mėginiai buvo įtraukta vėžinių ląstelių viršija 70% viso dalį. Genominės DNR buvo išgauta pagal standartą proteinazės K virškinimo metodu, po to fenolis /ekstrahuojant chloroformu. Ne neoplazminė skrandžio audinių iš tų pačių pacientų buvo naudojamas kaip normalus kontrolę.

Masyvo CGH ir duomenų analizė

Masyvo-CGH analizė buvo atliekama naudojant 44 K oligonukleotidinius CGH matricos ( "Agilent Technologies Inc , Palo Alto, Kalifornija). Ženklinimo ir hibridizacija buvo atlikta pagal protokolą pateiktos Agilent Technologies Inc. Trumpai 0,85-2 mikrogramų naviko DNR ir vienodo dydžio valdymo DNR buvo sukarpyta AluI ir RsaI (PROMEGA, Madison, WI, JAV) 24 h 37 ° C temperatūroje. Suvirškintas navikas ir valdymo DNR buvo paženklinti Cy5-dUTP ir Cy3-dUTP, atitinkamai, naudojant genomo DNR žymėjimas Kit Plus (AGILENT), išgrynintas su Microcon YM-30 filtrų (MILLIPORE, BILLERICA, MA, JAV) ir koncentruotas į 80.5 įxL. Lygios sumos ir navikų ir kontrolės DNR vėliau buvo sujungtos ir maišoma su žmogaus Lopšys-1 DNR, ištirpintas hibridizacijos buferio (Agilent Oligo aCGH hibridizacijos Kit; Agilent Technologies), denatūruotas ir hibridizuoti į CGH išsirikiavo prie 65 ° C temperatūroje 24 val. Stikliukų buvo plaunami ir tada nuskaityti pagal gamintojo instrukcijas.

mikrogardeliq vaizdai buvo analizuojami naudojant požymių išskyrimas v.9.5.3.1 (Agilent Technologies) su linijinės normalizuoti (protokolinis CGH-v4_95_Feb07), ir dėl to duomenų buvo importuoti į DNR Analytics v.4.0.81 (Agilent Technologies). Po normalizavimo žalio duomenimis, buvo apskaičiuotas iš Cy5 (naviko) į Cy3 (kontrolė) log2ratio. Neįprastų regionai buvo nustatomas pagal ADM-2 algoritmu, esant 8,0 ribinę vertę. Aptikti pelnas ir nuostoliai, mes nustatyti parametrų aberacijos filtrų vertybes kaip: minimalus skaičius zondai į regiono 2, minimali absoliuti vidutinis log2ratio už regiono 0,26, maksimalus skaičius neįprastos regionuose 10000, ir procentiniu penetrantiškumas per funkcija 0. Panašiai į aptikti amplifikaoija ir delecijos, mes nustatyti parametrų vertes aberacijos filtrus: minimalus skaičius zondai regione 2, minimali absoliuti vidutinis log2ratio už regiono 1.0, maksimalų skaičių neįprastos regionuose 10000, ir procentiniu penetrantiškumas per funkcija 0. duomenis, generuojamus zondai susietas su X ir Y chromosomos buvo pašalinta. Genomo pozicijos zondų ir neįprastos regionuose buvo grindžiami UCSC kovo 2006 žmonių kontroline seka (hg18) (NCBI statyti 36 kontroline seka). Visi duomenys yra MIAME suderinamas (http://www.mged.org/Workgroups/MIAME/miame.html) ir pirminiai duomenys buvo kaupiamos MIAME atitinkančios GEO duomenų bazėje (http: //www.ncbi.nlm.nih .gov /GEO /prisijungimas skaičius GSE26800). Eksperimentinės dizaino apžvalga parodė, 1B pav. Palyginimui CNAs tarp suporuotų MU ir SM porcijomis, mes išrinkome 23 atvejais iš 27 viso (1b pav A ir B), nes genomo profiliai abiejų šių atvejų porcijomis buvo sėkmingai analizuojami. Panašiai palyginimui CNAs tarp suporuotų SM ir LN porcijomis, mes išrinkome 9 iš 12 atvejų su LN dalis (1B pav, c ir d). Be to, mes palyginti su CNAs dažnius tarp atvejais su ir be LN metastazių (1b pav, E ir F).

imunohistocheminis

imunohistocheminis buvo atliktas taip, kaip aprašyta anksčiau [21], naudojant anti EGFR (1:100; Dako, Glostrup, Danija), anti-CTTN (1:200; Abcam, Cambridge, MA, JAV) ir anti-erbb2 (1:800; Mobilaus Signalizacijos įranga, Berverly, MA, JAV) antikūnai.

Statistinė analizė

buvo naudojamas Suporuotas t testas ir tikslus Fišerio testas. Skirtumų, P
. ≪ 0,05 buvo laikomas statistiškai reikšmingas

Rezultatai

Genomo clonality ir heterogeniškumas gleivinės ir pogleivio dalių SMGC

Jei ištirti dalyvavimas genomo CNAs į gleivine invazijos procesą, mes pirmą kartą palygino CNAs skaičių tarp suporuotų MU ir SM mėginių iš 23 AJVKS (2A pav.) Vienuolika iš 23 atvejų parodė padidėjusį skaičių CNAs į SM dalis, palyginti su MU dalį, 11 parodė sumažėjęs, o likę vienas atvejis parodė, jokių pokyčių (2a pav.) Kaip rezultatas, nebuvo statistiškai reikšmingas skirtumas tarp CNAs skaičius tarp suporuotų MU ir SM porcijomis (2a pav, o ne reikšmingas suporuotas t-testą). Be to, siekiant nustatyti CNAs specialiai susijęs su gleivine invazijos, mes palyginti suvidurkintoms dažnius CNAs į MU dalį su tuos suporuotų SM dalis (2b pav), tačiau negalėjome rasti.

Jei ištirti skirtumas CNAs tarp MU ir SM iš to paties naviko, mes palygino genomo profilius suporuotų MU ir SM kiekvienu konkrečiu atveju. Vienas atstovas atvejis parodė, 2c pav, D, E ir F. suporuotas MV ir SM mėginiai pasidalino panašų modelį genomo aberacijos chromosomos 9P (2d pav.) Tačiau, ten buvo skirtingi, genomo aberacijos, esantys chromosomų 7p ir 11 toje pačioje byloje, kaip parodyta 2E pav ir F. amplifikaoija 7p12 buvo stebimas tik MU, bet ne SM (2E pav), ir buvo stebima padidėjimas chromosomos 11 tik SM, bet ne MU (2F pav). Šie rezultatai rodo, kad naviko ląstelės MU ir SM šioje byloje buvo klonavimo požiūriu susijusios, tačiau sudarytas iš genetiškai nevienalyčių gyventojų grupėms.

Be to, siekiant nustatyti, ar vėžinių ląstelių, rodantys stiprinimas iš 7p12 ir tie rodo pelnas 11q13 iš 4 atvejis buvo tikrai tik į MU ir SM, atitinkamai, mes analizuojami audinių pjūvių iš atveju 4 imunohistocheminiu su antikūnų prieš EGFR, kuris buvo amplifikuoto tik MU dalies (2E pav), ir CTTN, kuris buvo įgyti tik SM dalis (2F pav.) Kaip parodyta 3 paveiksle, teigiama reaktyvumas už EGFR buvo tik MU dalis (3D paveikslas, E ir F), o tik SM dalis smarkiai reaktyvumas už CTTN (3G figūra, H ir I). Šie rezultatai rodo, kad, jei 4, naviko ląstelės su 7P amplifikacijos MU negalėjo įsiveržė į SM, o tie su chromosoma 11 prieaugis galėjo įsiveržė į SM.

Be to, mes analizuojami genomo clonality ir heterogeniškumas į MU ir SM ir kitais atvejais. Tarp kitų 22 atvejų 14 parodė panašius genomo aberacijas MU ir SM (duomenys S1 (6 atvejai) ir S2 (8 atvejai)), o tai rodo, kad vėžio ląstelių MU ir SM iš šių atvejų buvo klonavimo požiūriu susijusios , Įdomu tai, kad 12 iš 14 atvejų parodė didelį skirtumą genomo profilio modelių tarp MU ir SM (duomenys S1 (6 atvejai) ir S2 (6 atvejai)), o tai rodo, kad šios bylos taip pat buvo sudarytas iš genetiškai nevienalyčių gyventojų grupėms.

Genomo clonality ir heterogeniškumas pirminėje (SM) ir metastazavusiu (LN) porcijos SMGC

Be to, ištirti CNAs dalyvavimą limfmazgių metastazių ankstyvo skrandžio vėžio procesą, mes palyginti numerį iš CNAs tarp suporuotų pirminis (SM) ir metastazavusiu (LN) porcijomis 9 AJVKS (4a pav.) Trys iš jų 9 atvejais parodė padidėjusį skaičių CNAs į LN dalis, o likusieji 6 atvejai parodė, sumažėjimas (4a pav.) Kaip rezultatas, nebuvo reikšmingas skirtumas tarp CNAs skaičius tarp suporuotų SM ir LN porcijomis (pav 4A, nėra reikšmingas suporuotas t-testą). Be to, siekiant nustatyti CNAs, konkrečiai susijusių su LN metastazių, mes palyginti suvidurkintoms dažnius CNAs SM su tais suporuotų LN dalis (4b paveikslas), tačiau negalėjome rasti.

Jei ištirti skirtumą CNAs tarp SM ir LN to paties naviko, mes palygino genomo profilius suporuotų SM ir LN mėginius kiekvienu konkrečiu atveju. Atstovas atvejis parodytas 4C, D ir E pav suporuotų SM ir LN mėginiai pasidalino panašų modelį genomo aberacijos chromosomos 8 (4d pav), o tai rodo, kad abi dalys buvo gautos iš to paties klono kilmės. Tačiau, padidėjimas chromosomos 14 buvo stebimas tik SM, bet ne LN (4E pav). Šie rezultatai rodo, kad naviko ląstelių SM ir LN porcijas šios bylos buvo klonavimo požiūriu susijusios, tačiau sudarytas iš genetiškai nevienalyčių gyventojų grupėms.

Taip pat analizuojami genomo clonality ir heterogeniškumo SM ir LN dalimis iš kitų atvejų. Tarp kitų 8 atvejais, 5 rodė panašius genomo aberacijas tiek SM ir LN (S3 paveikslas), o tai rodo, kad suporuoti SM ir LN dalys iš šių atvejų buvo klonavimo požiūriu susijusios. Be to, 4 iš 5 atvejų parodė didelį skirtumą genomo profilio modelių tarp SM ir LN (S3 pav), o tai rodo, kad šios bylos taip pat buvo sudarytas iš genetiškai nevienalyčių gyventojų grupėms.

palyginimas genomo profilių tarp metastazavusiu ir nemetastazavusį SMGC

Kadangi statistiškai reikšmingi skirtumai buvo aptikta apie CNAs dažnių tarp suporuotų SM ir LN porcijomis (4b paveikslas), mes iškėlė hipotezę, kad pogrupius vykdyti metastazės susijusi CNAs gali būti pateikti į SM, taip pat kaip LN dalis išplitusiam SMGC. Todėl kitą kartą palygino CNAs dažnių SM dalį metastazavusiu AJVKS (12 atvejai) su tų nemetastazavusį AJVKS (15 atvejai), ir nustatė, kad pelnas ne 11q13, 11q14, 11q22 ir 14q32 buvo aptikta dažniau metastazavusiu AJVKS negu nemetastazavusį AJVKS (5a pav ir 2 lentelė). Mes taip pat palygino aukšto lygio kopija skaičius aberacijos, kaip antai stiprinimas ir ištrynimo dažnius tarp dviejų grupių, ir nustatė, kad iš 17q21 amplifikacija buvo aptiktas dažniau metastazavusiu AJVKS nei nemetastazavusį AJVKS (3 lentelė ir lentelė S1) , Šie rezultatai rodo, kad pelnas ne 11q13, 11q14, 11q22, 14q32 ir amplifikacijos ne 17q21 dalyvauja LN metastazės AJVKS.

minimali bendra regionas amplifikacijos ne 17q21 pateikta 5 genus išvardytus 3 lentelėje Nuo erbb2 , gerai žinomas onkogeno [26], [27], [28], buvo įtrauktas į sąrašą, mes atliekamas imunohistocheminės analizę erbb2 raiškos visose 27 atvejais. Kaip parodyta 5B pav atvejai su 17q21 amplifikacijos eksponuojami stiprus dažymas, erbb2 SM, o vienas atvejis be amplifikacijos ne. Be to, erbb2 raiška buvo reikšmingai susijęs su 17q21 amplifikacijos (4 lentelė), o tai rodo, kad erbb2 amplifikacija ir raiška gali būti įtraukti į LN metastazės iš AJVKS proporcingai.

Diskusijos

Tai plačiai gyvūnus, kad navikiniam iš vienos ląstelės. Tačiau, kaip jis progresuoja pažengęs tebediskutuojama. Ankstyvieji tyrimai žarnos ir kasos vėžio paskatino mintis, kad plėtra ir progresavimo šių vėžio yra susijęs su kaupimu chromosomų aberacijas, nurodytų kaip daugiapakopį Tumorigenesis modelį [29], [30]. Pavyzdžiui, genomo aberacijos į APC, KRAS, SMAD4 ir TP53 genų dalyvauja adenomos-karcinoma seka gaubtinės [29]. Tačiau tokie tyrimai orientuota tik vienoje iš naviko susijusių genų dalis, ir užleistos daugumos kitų genų vaidmenį. Be to, šis modelis nesugebėjo įvertinti naviką genomo heterogeniškumo naviko vystymosi ir progresavimo reikšmę. Tuo tarpu naujausi tyrimai atvedė prie kito modelio sukūrimo, vadinamą klonuotą evoliucijos modelį [7], [9], [10]. Pagal šį modelį, vienas klonas vystosi į keletą skirtingų gyventojų grupėms, per įvairių genetinių anomalijų kaupimosi. Dominuojantis populiacija gali būti pakeičiama skirtingų subpopuliacijų vienoje naviko masės per aplinkos atrankos spaudimą ir /arba naviko progresavimo etapo poveikis. Kaip pasekmė, keletas genetiškai nevienodos ląstelių populiacijos gali egzistuoti vienoje naviko masę. Įrodymai naviką genetinės heterogeniškumo, susijusių su klonų evoliucija buvo gautas iš solidinių navikų, įskaitant prostatos vėžio [14], Bareto stemplės [31], kiaušidžių vėžio [32] įvairovė, [33], gimdos kaklelio vėžio [34] krūties vėžiu [15], [35], neuroblastomos [36], kasos vėžys [13], [37], ir gaubtinės ir tiesiosios žarnos vėžys [38]. Įdomu tai, kad iš mirtiną metastazavusiu prostatos vėžiu tyrimo metu CNAs konkrečiai susijusios su metastazių svetainėje rasta [14]. Panašiai, kaip aukštos kokybės serozinis kiaušidžių karcinoma tyrimo, nebuvo jokių įrodymų dėl ryšio tarp įsigijimo atsparumo cisplatina ir konkrečių CNAs [39]. Šie rezultatai rodo, kad daugiastadijinė Tumorigenesis modelis, kuriame konkrečios aberacijos vaidina svarbų vaidmenį navikų vystymosi ir progresavimo, ne visada reiškia būdą, kuriuo navikai įsigyti savo piktybinis charakterį. Šioje studijoje, mes iš pradžių iškėlė hipotezę, kad konkretaus CNA (-ių) įgijimą, gali būti svarbi gleivine invazijos. Tačiau, mes negalėjome rasti jokių CNAs, kurie buvo dažnesnės SM nei suporuotų MU mėginyje. Be to, mes taip pat nenustatė reikšmingo skirtumo Kalbant apie CNAs skaičius suporuotas MU ir SM porcijomis. Tačiau, mes nustatėme, kad AJVKS dauguma buvo sudarytas iš klonavimu susijusių, tačiau genetiškai skirtingų gyventojų grupėms, o tai rodo, kad per skrandžio vėžio progresavimą gali atsirasti klonų raida. Kartu paėmus, nors bylų skaičius išnagrinėjo buvo ribotas, mūsų išvados teigė, kad karta genetiškai skirtingų gyventojų grupėms, o ne įsigijimo konkretaus CNAs į MU dalis gali būti svarbus gleivine invazijos procese. Remiantis šiomis išvadomis, siūlome hipotetinis modelis SM invazija ir LN metastazių ankstyvo skrandžio vėžio procesą (6 paveikslas). Norėdami patvirtinti šią hipotezę, bus reikalaujama tolesnių tyrimų su didesniais pavyzdžius.

Mūsų duomenų, rodančių, kad AJVKS sudaro genetiškai nevienalyčių gyventojų grupėms yra svarbus skrandžio vėžio mokslinių tyrimų ir gydymo srityje, nes auglys heterogeniškumas daro plėtrą veiksmingų vaistų sunku. Nuo genomo CNAs turėti įtakos genų ekspresijos profilius įvairiose vėžio [16], [21], [40], [41], [42], [43], ji yra įmanoma, kad kiekviena iš genetiškai skirtingų subpopuliacijų per vieną navikas gali skirtis tiek biologinio elgesio ir reagavimo į priešvėžinių vaistų, įskaitant molekulinės skirtomis medžiagomis. Cooke ir kt. pasiūlė, kad skirtingų genetinių gyventojų grupėms paaiškinti per vieną naviko leistų veiksmingą terapiją dirba konkretų agentas taikymo bendrą genomo aberaciją arba kartu agentai taikymo unikalius genomo aberacijas kiekvieną atskirą gyventojų grupėms [39]. Ši strategija taip pat gali taikytina skrandžio vėžiui gydyti.

Tarp 23 atvejais mes analizuotų, 15 parodė klonuotą santykius tarp MU ir SM porcijomis. Be to, 13 iš pastarųjų 15 atvejų taip pat parodė skirtumus CNAs tarp šių dviejų regionų, rodo, kad klonų evoliucija dažnai pasitaiko ankstyvojoje fazėje skrandžio kancerogenezėje. Tarp suporuotų MU ir SM mėginių santykiai kitose 8 atvejais neturi bendros CNAs liko neaišku. Du galimi paaiškinimai, tai gali būti siūloma. Viena yra tai, navikai suporuotas porcijomis, kurios neturėjo bendrų CNAs, sukurta savarankiškai. Kita yra tai, kad suporuoti porcijos bendra kitų rūšių genetinių aberaciją, pavyzdžiui, mutacijų ir perkėlimas, kurie negali būti aptikti masyvo CGH. Pastaruoju atveju, naujos kartos sekvenavimo gali būti naudinga analizuojant tokius santykius.

Šiame tyrime pelnas ne 11q13, 11q14, 11q22 ir 14q32 ir amplifikacijos ne 17q21, buvo dažnesni SM dalis nuo metastazių AJVKS sunkiau nei nemetastazavusį AJVKS. Įdomu tai, kad pelnas ne 11q13 ir 14q32 Pranešama dalyvauja kepenų metastazių gaubtinės žarnos vėžio [38]. Todėl šie duomenys rodo, kad pelnas ne 11q13 ir 14q32 gali būti įtraukti į virškinimo trakto vėžio metastazių. Chromosomų 17q21 priglaudžia stiprus onkogeną, erbb2. Asociacija erbb2 išraiškos su klinikos ypatybių skrandžio vėžio buvo tiriamas keliuose tyrimuose [44], [45], [46], [47], [48], [49]. Tačiau erbb2 raiškos įtaka LN metastazių skyrėsi tarp šių tyrimų [44], [46], [47]. Šioje studijoje, nepaisant riboto skaičiaus AJVKS išnagrinėjo, visi tie su erbb2 stiprinimas ir raiškos parodė limfmazgių metastazių. Daugiau tyrimas naudojant didesnį skaičių AJVKS bus reikalaujama įvertinti šios tendencijos reikšmę.

Pagalbinė informacija
S1 paveiksle.
atvejai rodo tiek bendrus ir skirtingus genomo aberacijas tarp MU ir SM porcijomis. Į kairę plokštės parodyti bendrus modelius genomo aberacijų MU ir SM kiekvienu atveju. Centras ir dešinė plokštės parodyti skirtingus modelius genomo aberacijos tarp dviejų porcijų kiekvienu atveju
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0022313.s001
(TIF)
S2 pav.
atvejai rodo tiek bendrus ir skirtingus genomo aberacijas tarp MU ir SM porcijomis. Bendrosios ir skirtingi modeliai genomo aberacijos tarp MU ir SM kiekvienu atveju rodomi
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0022313.s002
(TIF)
S3 pav.
atvejai, rodantys tiek bendrus ir skirtingus genomo aberacijas tarp SM ir LN porcijomis. Į kairę plokštės parodyti bendrus modelius genomo aberacijos tarp SM ir LN už kiekvienu atveju. Centras ir dešinė plokštės parodyti skirtingus modelius genomo aberacijos tarp dviejų porcijų kiekvienu atveju
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0022313.s003
(TIF)
S1 lentelėje.
Pasikartojančios amplifikacijos ir išbrauktas iš AJVKS.
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0022313.s004
(DOC)

Padėka

Mes dėkojame Misuzu Taguchi, Yoko Miyanari ir Tsuyoshi Iwao už puikų techninę pagalbą

• PLoS ONE: prognostinis reikšmė miR-181b ir miR-21 skrandžio vėžiu sergantiems pacientams, gydomiems S-1 /oksaliplatina arba oksaliplatinos Doxifluridine /
• PLoS ONE: onkogeniniam CagA Skatina skrandžio vėžio riziką per aktyvinti ERK signalo perdavimo kelių: įdėtos atvejo-kontrolės Study