Plos ONE: Genomska profiliranje Submukozno-invazivne Rak želodca s Array-Based Primerjalna genomske hibridizacije

Povzetek

Genomski število kopija aberacije (CNAs) pri raku želodca so že v veliki meri značilna paleto genomske hibridizacije (array CGH) primerjalne analize. Vendar pa vključevanje genomskih CNAs v procesu Submukozno invazije in bezgavkah metastaze v zgodnjem raku želodca je še vedno slabo razumljen. V tej študiji, ki obravnava to vprašanje, smo zbrali skupno 59 vzorcih tumorja od 27 bolnikov s želodca raka Submukozno-invazivna (SMGC), analizirati svoje genomske profile po matrike CGH, in jih primerjala med parnih vzorcev sluznice (ME) in Submukozno (SM) invasion (23 parov), in SM invazija in bezgavka (LN) metastaze (9 parov). Najprej smo predpostavili, da je pridobitev specifičnega CNA (ih) pomembna za te postopke. Vendar pa smo opazili nobene pomembne razlike v številu genomskih CNAs med seznanjeno MU in SM, in med seznanjeno SM in LN. Poleg tega nismo mogli najti CNAs posebej povezano z SM invazijo ali LN metastaz. Med 23 analiziranih primerih, 15 je imel nekaj podobnega vzorec genomske profiliranja med SM in MU. Zanimivo je, da 13 od 15 primerov so pokazale tudi nekatere razlike v genomskih profilih. Ti rezultati kažejo, da je večina SMGCS sestavi heterogenih podpopulacij, ki izhajajo iz iste klonsko izvora. Primerjava genomskih CNAs med SMGCS z in brez LN metastaz pokazala, da je dobiček 11q13, 11q14, 11q22, 14q32 in pomnoževanje 17q21 so bile pogostejše pri metastatskih SMGCS, kar kaže, da so ti CNAs povezane z LN metastazami zgodnjega raka želodca. Skratka, naši podatki kažejo, da je generacija genetsko različnih subkloni, namesto pridobitev posebnega CNA v MU sestavni del procesa Submukozno invazije, in da so subkloni da pridobijo dobiček 11q13, 11q14, 11q22, 14q32 ali ojačanje 17q21 verjetno, da postanejo metastatskega

Navedba. Kuroda A, Tsukamoto Y, Nguyen LT, Noguchi T, Takeuchi I, Uchida M, et al. (2011) Genomska profiliranje Submukozno-invazivne Rak želodca s Array-Based primerjalne genomske hibridizacije. PLoS ONE 6 (7): e22313. doi: 10,1371 /journal.pone.0022313

Urednik: Giuseppe Novelli, Tor Vergata Univerza v Rimu, Italija

Prejeto: 25. februar, 2011; Sprejeto: 19. junij 2011; Objavljeno: 21. julij 2011

Copyright: © 2011 Kuroda et al. To je odprtega dostopa članek razširja pod pogoji Creative Commons Attribution License, ki omogoča neomejeno uporabo, distribucijo in razmnoževanje v katerem koli mediju, pod pogojem, da prvotni avtor in vir knjižijo

Financiranje:. Ta raziskave je bil podprt v okviru ministrstva za izobraževanje, znanost, šport in kulturo Japonske, in posojila v obliki pomoči za mlade znanstvenike (B), št 20790286 (http://www.mext.go.jp), in Raziskovalni sklad po presoji predsednika, Oita University (http://www.oita-u.ac.jp/english/index.html). Nobena dodatna zunanja sredstva prejela za to študijo. Med financerji imel nobene vloge pri oblikovanju študije, zbiranje in analizo podatkov, sklep, da se objavi, ali pripravi rokopisa

nasprotujočimi si interesi.. Avtorji so izjavili, da ne obstajajo konkurenčni interesi

Uvod

rak želodca je še vedno ena od najbolj smrtonosnih bolezni, kljub temu vztrajno upadal po vsem svetu. Na splošno se je umrljivost zaradi raka želodca ocenjena na 700.000 primerov na leto (10,4% vseh smrti zaradi raka), uvrstitev na 2. mesto šele po pljučnega raka [1]. Klinični rezultat je bolje, če so tumorske celice omejena na sluznico. Vendar, ko so tumorske celice prehajajo skozi muscularis sluznico, klinični izid poslabša, saj je nevarnost bezgavkah metastaz, ki je eden od najpomembnejših prognostičnih dejavnikov pri raku želodca, znatno poveča za 18% ali več v primerjavi z manj kot 4%, če tumorske celice ostati omejena na sluznico [2] [3]. Zato je potrebno boljše razumevanje mehanizmov vključenih v proces Submukozno invazije.

Trenutno je znano, da je večstopenjski kopičenje genetskih nepravilnosti odgovoren za nastanek in napredovanje različnih vrst raka [4]. V resnici je bilo poročali, da je skupno število genomskih aberacij povečuje z napredovanja tumorja pri različnih vrst tumorjev [5]. Prav tako smo ugotovili, da so frekvence dobičkov na 20q, 20p12, 1q42, 3q27 in 13q34 in izgube na 4q34-qter, 4p15, 9p21, 16q22, 18q21 in 3p14, ki je bila pogosto odkrijejo raka želodca pogostejše v AGC kot v EGC [6]. Medtem pa je pred kratkim so poročali, da so tekom napredovanja tumorja, ena tumorska celica izvora razvija v več genetsko različnih podpopulacij s pridobitvijo različnih genomskih aberacije. Nastalo tumorske mase, ki je sestavljena iz genetsko heterogenih podpopulacij, se šteje, da postanejo odporni na različne izbirne pritiskov na okolje [7], [8], [9], [10].

Array ki temeljijo primerjalne genomske hibridizacije (array CGH) vsebuje informacije o genomskih števila kopij aberacije (CNAs) v celotni genom [11]. Poleg tega CGH se uporablja za preučevanje intratumorska genomske raznovrstnosti [12] [13] [14] [15] prav. Čeprav je več skupin so uporabljali zaporedje CGH opredeliti regije zatočišča onkogeni ali tumorsko omejevalno genov pri raku želodca [6], [16], [17], [18], [19], [20], [21], [22 ], [23] [24] [25], CNAs povezane z Submukozno invazijo in zgodnjo fazo bezgavk metastaz še niso bili določeni. Poleg tega, ker večina prejšnjih študij CNAs na raka želodca so analizirali le en vzorec za vsako tumorja, so podrobnosti o heterogenosti genomskih profilov v okviru posameznega raka želodca ostala večinoma jasno.

V tej študiji smo raziskovali vključevanje genomskih CNAs v procesu Submukozno invazije in bezgavkah metastaze v zgodnjega raka želodca. Za ta namen smo zbrali vzorce tumorja iz različnih delov istega tumorja ločeno analizirati njihove genomske profilov po diod CGH in primerjali genomske profile med parnih vzorcih sluznice (ME) in Submukozno (SM) odsekov in SM odseka in limfe vozlišče (LN) metastaze. Poleg tega s primerjavo CNAs med metastatskim in non-metastatskih Submukozno-invazivna želodčnega raka (SMGC), smo ugotovili, kandidat CNAs povezane z LN metastazami zgodnjega raka želodca.

Materiali in metode

etika Izjava

Ta študija je odobril odbor za etiko univerzitetne bolnišnice Oita (odobritve št P-05-04). Obveščeni pisno soglasje je bilo pridobljeno iz vseh bolnikov in /ali njihovih družin.

Bolniki, vzorce tkiva in pridobivanje genomske DNA

Sedemindvajset SMGCS so kirurško resekcija na University Hospital Oita. Tkivo odseki so bili izrezani iz-formalinom določen,-parafinskega vgrajeni tkiva, in obarvali s hematoksilin-eozinom (HE) na histološko analizo in s toluidin modro (Wako, Osaka, Japonska) za pridobivanje genomske DNA (Slika 1A). Uporaba laser-zajem mikrodisekcijo, smo zbrali 1 do 3 vzorce iz MU, SM in /ali metastatskega dela LN istega SMGC tkivo posebej. Kot rezultat, smo uspeli pridobiti skupno 59 vzorcev od 27 bolnikov (tabela 1). Vsi vzorci vključen delež tumorskih celic, ki presegajo 70% skupnega zneska. Genomsko DNA smo ekstrahirali v skladu s standardno metodo proteinaza K prebave, čemur sledi ekstrakcija fenol /kloroform. Non-neoplastični želodca tkivo iz istih bolnikov, je bila uporabljena kot normalno kontrolo.

Array CGH in analiza podatkov

Array-CGH Analiza je bila izvedena z 44 K oligonukleotidnih CGH nizi (Agilent Technologies Inc. , Palo Alto, CA). Označevanja in hibridizacije so bile izvedene v skladu s protokolom, ki jih Agilent Technologies Inc kratko, 0,85-2 ig tumorja DNK in enako količino kontrolno DNA so prebavi z AluI in RSAI (Promega, Madison, WI, ZDA) 24 ur na 37 ° C. Prebavljena tumor in nadzor DNA so bili označeni z Cy5-dUTP in Cy3-dUTP, oziroma z uporabo genomske DNA Označevanje Kit Plus (Agilent), čistimo z Microcon YM-30 filtrov (Millipore, Billerici, MA, ZDA) in koncentrirali za 80,5 ul. Enake količine tumorskih in kontrolne DNK smo nato združimo in zmešamo s humanim Zibelka-1 DNA raztopimo v hibridizacije pufru (Agilent oligo aCGH hibridizacijo Kit; Agilent Technologies), denaturiran in hibridiziramo s CGH polja pri 65 ° C 24 h. Steklene diapozitivi speremo in nato skenirane v skladu z navodili proizvajalca.

mikromrež slike smo analizirali s pomočjo za kopiranje v.9.5.3.1 (Agilent Technologies), z linearnim normalizacijo (protokol CGH-v4_95_Feb07), in podatkov, ki izhajajo so bili uvoženi v DNA Analytics v.4.0.81 (Agilent Technologies). Po normalizaciji neobdelanih podatkov, je bil izračunan log2ratio za Cy5 (tumorja) do Cy3 (Control). Neobičajne območja so določena z algoritmom ADM-2 na pragu 8,0. Za odkrivanje dobičke in izgube, smo postavili vrednosti parametrov za aberacij filtre, kot so: minimalno število sond v regiji 2, najmanjšo absolutno povprečno log2ratio za regijo 0,26, maksimalno število zmotna regij 10000, in odstotek penetrantnih na funkcijo 0. Podobno odkrivanje ojačitve in brisanjem, smo postavili vrednosti parametrov za aberacij filtrov so: minimalno število sond v regiji 2, najmanjšo absolutno povprečno log2ratio za regijo 1,0, maksimalno število zmotna regij 10000, in odstotek penetrantnih na funkcijo 0. podatkov, pridobljenih s sondami preslika v X in so bile odpravljene Y kromosomi. Genomske pozicije sond in zmotna regije so temeljili na UCSC marca 2006 človeška referenčno zaporedje (hg18) (NCBI zgraditi 36 referenčno zaporedje). Vsi podatki so MIAME skladni (http://www.mged.org/Workgroups/MIAME/miame.html) in surovi podatki so shranjeni v GEO podatkovni bazi MIAME izpolnjuje zahtev (http: //www.ncbi.nlm.nih .gov /geo /, dostopno številko GSE26800). Pregled eksperimentalnega modela je prikazano na sliki 1B. Za primerjavo CNAs med seznanjenih MU in SM delov, smo izbrali 23 primerov od skupno 27 (Slika 1B, a in b), ker je bilo uspešno analizirani genomske profili obeh delov v teh primerih. Podobno velja za primerjavo CNAs med seznanjeno SM in LN dela, smo izbrali 9 od 12 primerov z LN delom (slika 1B, c in d). Poleg tega smo primerjali frekvence CNAs med primerih z in brez LN metastaz (slika 1B, E in F).

Imunohistokemija

Imunohistokemija smo izvedli kot je opisano predhodno [21] z uporabo anti- EGFR (1:100, Dako, Glostrup, Danska), anti-CTTN (1:200, Abcam, Cambridge, MA, ZDA) in anti-erbB2 (1:800, celična signalizacija Technology, Berverly, MA, ZDA) protitelesa.

Statistična analiza

smo uporabili Seznanjene t preizkus in Fisherjev natančni preizkus. Razlike v P
. ≪ 0,05, so bile obravnavane statistično značilno

Rezultati

Genomska clonality in heterogenost v sluznici in Submukozno delov SMGC

Za preiskuje vključevanje genomskih CNAs v procesu Submukozno invazije, smo najprej primerjali število CNAs med seznanjenih MU in SM vzorcev iz 23 SMGCS (slika 2A). Enajst od 23 primerov je pokazala povečano število CNAs v SM delu v primerjavi z MU del, 11 je pokazala zmanjšano število in preostali en primer, niso pokazale sprememb (slika 2A). Kot rezultat, ni bilo statistično značilne razlike v številu CNAs med seznanjenih MU in SM delov (slika 2A, ni pomembna v seznanjenih t-test). Poleg tega, da prepoznajo CNAs posebej povezana z Submukozno invazijo, smo primerjali povprečnih frekvence CNAs v delu MU s tistimi v paru SM dela (slika 2B), vendar niso mogli najti koli.

Za preiskuje razlika CNAs med MU in SM iz istega tumorja, smo primerjali genomske profile seznanjeno MU in SM v vsakem primeru. En predstavnik primer je prikazan na sliki 2C, D, E in F. paru ME in SM vzorci delijo podoben vzorec genomske aberacija v kromosomsko 9P (slika 2D). Vendar pa so bili različni genomske aberacije v kromosomih 7P in 11 v isti zadevi, kot je prikazano na sliki 2E in F. pomnoževanja 7p12 opazili samo pri MU, vendar ne v SM (slika 2E) in opazili dobiček kromosoma 11 Samo v SM, vendar ne v MU (slika 2F). Ti rezultati kažejo, da so tumorske celice v MU in SM v tem primeru klonsko sorodnih, vendar sestavljen iz gensko heterogenih skupinami prebivalstva.

Naprej, da se ugotovi, ali so tumorske celice, ki kažejo ojačanje 7p12 in tiste, ki prikazuje dobiček 11q13 od primer 4 bili zelo omejeni na MU in SM, v tem zaporedju, smo analizirali dele tkiva iz primera 4 z imunohistokemijo s protitelesi proti EGFR, ki je ojačeno le v MU odseku (slika 2E) in CTTN, ki so pridobili le v SM odsek (slika 2F). Kot je prikazano na sliki 3, je bil pozitiven radioinkorporacijo za EGFR omejena MU odsekom (Slika 3D, E in F), medtem ko je le SM odsek pokazala močne radioinkorporacijo za CTTN (slika 3G, H in I). Ti rezultati kažejo, da je v primeru 4, tumorske celice z 7P ojačanje v MU ne bi vdrl v SM, medtem ko tiste z kromosoma 11 dobiček morda napadli SM.

Nato smo analizirali genomske clonality in neenakomernosti v MU in SM v drugih primerih. Med drugim 22 primerih, 14 pokazala podoben vzorec genomske aberacija v MU in SM (Številke S1 (6 primerov) in S2 (8 primerov)), kar kaže, da so rakave celice v MU in SM teh primerih klonsko sorodnih . Zanimivo je, da 12 od 14 primerov je pokazala pomembne razlike v genomskih vzorcev profila med ME in SM (Številke S1 (6 primerov) in S2 (6 primerov)), kar kaže, da so bili ti primeri sestavlja tudi gensko heterogenih podpopulacij.

Genomska clonality in heterogenost v primarnem (SM) in metastatskega (LN) deli SMGC

Naprej, da razišče vpletenost CNAs v procesu bezgavk metastaze zgodnjega raka želodca, smo primerjali število od CNAs med seznanjene glavni (SM) in metastatskega (LN) delov 9 SMGCS (slika 4A). Tri od 9 primerov je pokazala povečano število CNAs v LN delu, medtem ko so preostali 6 primerov je pokazala zmanjšanje (slika 4A). Zaradi tega ni bilo bistvene razlike v številu CNAs med seznanjenimi SM in LN delov (slika 4A, ni pomembna v seznanjenih t-test). Poleg tega, da prepoznajo CNAs posebej povezano z LN metastaz, smo primerjali povprečnih frekvence CNAs v SM s tistimi v paru LN dela (slika 4B), vendar niso mogli najti koli.

Da bi raziskali razliko CNAs med SM in LN istega tumorja, smo primerjali genomske profile seznanjeno SM in LN vzorcev v vsakem primeru. Predstavnik primer je prikazan na sliki 4C, D in E. seznanjenih SM in LN vzorci delijo podoben vzorec genomske aberacija v kromosomu 8 (Slika 4D), kar kaže, da sta bili obe deli izhajajo iz istega klonsko izvora. Vendar pa so opazili dobiček kromosoma 14, samo v SM, vendar ne v LN (slika 4E). Ti rezultati kažejo, da so tumorske celice v SM in LN delov tem primeru klonsko sorodnih, vendar sestavljen iz gensko heterogenih skupinami prebivalstva.

Prav tako smo analizirali genomske clonality in neenakomernosti v SM in LN delov drugih primerih. Med drugim 8 primerih, 5 pokazala podoben vzorec genomske aberacije tako v SM in LN (Slika S3), kar kaže, da so v parih SM in LN odseki iz teh primerih klonsko povezani. Poleg tega 4 od 5 primerov je pokazala pomembne razlike v genomskih vzorcev profila med SM in LN (Slika S3), kar kaže, da so bili ti primeri sestavlja tudi gensko heterogenih skupinami prebivalstva.

Primerjava genomskih profilov metastatskim in non-metastatskega SMGC

Ker so bile ugotovljene statistično pomembne razlike v frekvencah CNAs med seznanjeno SM in LN dele (slika 4b), smo predpostavili, da Podskupine izvedbo povezanih metastaze-CNAs lahko prisotne v SM, kot tudi na delu LN metastatskega SMGC. Zato smo poleg primerjali frekvence CNAs v delu SM metastatskih SMGCS (12 primerov), s tistimi, ki niso metastatskim SMGCS (15 primerov), in ugotovila, da so bili dobički na 11q13, 11q14, 11q22 in 14q32 v metastatskim pogosteje zaznali SMGCS kot v ne-metastatskih SMGCS (slika 5A in tabela 2). Primerjali smo tudi frekvence visokih števila kopij aberacije, kot je ojačanje in izbrisa, med obema skupinama, in ugotovila, da pomnoževanje 17q21 je v ne-metastatskih SMGCS pogosteje odkrita v metastatskih SMGCS kot (Tabela 3 in Tabela S1) . Ti rezultati kažejo, da so dobički v 11q13, 11q14, 11q22, 14q32 in ojačanje na 17q21 vključeni v LN metastazami SMGCS.

minimalna skupna regija ojačanja na 17q21 vsebuje 5 genov, navedene v Tabeli 3. Ker ErbB2 je dobro znano onkogena [26], [27], [28], je bila vključena v seznam, smo izvedli imunohistokemični analizi ErbB2 prekomerno v vseh 27 primerih. Kot je prikazano na sliki 5B, primeri z 17q21 ojačanje razstavljen velik madež za erbB2 v SM, ker je eden primer brez ojačanja ni. Poleg tega je bila erbB2 čezmernim značilno povezana z 17q21 ojačanja (tabela 4), kar kaže, da erbB2 ojačitve in čezmernim lahko sodelujejo v LN metastazami delež SMGCS.

Pogovor

To je zelo sprejeto, da je tumor izvira iz ene same celice. Vendar, kako napreduje v višji stopnji se še vedno razpravlja. Zgodnje študije debelega črevesa in trebušne slinavke, raka privedla do zamisli, da sta razvoj in napredovanje teh rakavih obolenj, povezanih s kopičenjem kromosomskih aberacij, navedenih kot večstopenjski modela tumorigeneze [29], [30]. Na primer, genomske aberacije genov APC, KRAS, SMAD4 in TP53 vpleten v adenom, karcinom sekvence v debelem črevesu [29]. Vendar pa takšne raziskave osredotočil samo na deležu povezanih tumorskih genov in zanemarjeno vlogo večine drugih genov. Poleg tega je ta model ni mogel oceniti pomen intratumorska genomske heterogenosti za razvoj in napredovanje tumorjev. Medtem pa so nedavne študije privedle do vzpostavitve drugega modela, ki je določen klonske modela evolution [7], [9], [10]. V tem modelu, en sam klon razvija v več ločenih podpopulacij s kopičenjem različnih genetskih nepravilnosti. Prevladujoča populacija se lahko nadomesti z različnima podpopulacij znotraj enega mase tumorja skozi učinkov selekcijski pritisk okolja in /ali stopnjo napredovanja tumorja. Kot posledica tega lahko več genetsko raznolike populacije celic soobstajajo v enotnem mase tumorja. Dokazi o intratumorska genetske raznolikosti, povezano s klonsko evolucijo so bili pridobljeni iz različnih solidnih tumorjev, vključno z rakom na prostati [14], Barrett požiralniku [31], rak jajčnikov [32], [33], raka materničnega vratu [34], raka na dojki [15], [35], nevroblastom [36], rak trebušne slinavke [13], [37] in kolorektalnega raka [38]. Zanimivo je, da v študiji smrtonosno metastatskega raka na prostati, ne CNAs se posebej nanaša na mestu metastaz bilo ugotovljeno, [14]. Podobno je v študiji visoke stopnje serozni karcinom jajčnikov, ni bilo dokazov o povezavi med pridobivanjem odpornosti cisplatinom in posebnih CNAs [39]. Ti rezultati kažejo, da je večstopenjski tumorigeneze modela, v katerem posebni aberacije igrajo pomembno vlogo pri razvoju tumorjev in napredovanje, ne vedno predstavlja način, na katerega tumorji pridobivajo njihova maligni značaj. V tej raziskavi smo najprej predpostavili, da je pridobitev posebnega CNA (i) je lahko pomembno za Submukozno invazijo. Vendar pa nismo našli nobenega CNAs, ki so pogostejše pri SM kot v paru MU vzorca. Poleg tega smo ugotovili tudi, da ni značilnih razlik glede na število CNAs v paru MU in SM delov. Vendar pa smo ugotovili, da je bila večina SMGCS sestavljajo klonsko-sorodnih, vendar genetsko različnih skupinami prebivalstva, kar pomeni, da lahko pride do klonske razvoj med napredovanje raka želodca. Skupaj, čeprav se je število preučenih primerih je bila omejena, naše ugotovitve kažejo, da je lahko generacija genetsko različnih skupinami prebivalstva, ne pa pridobitev posebnega CNAs v MU delu pomembna za proces Submukozno invazijo. Na podlagi teh ugotovitev predlagamo hipotetični model za proces SM invazije in LN metastazami zgodnjega raka želodca (slika 6). Za potrditev te hipoteze, bodo potrebne nadaljnje raziskave z večjimi vzorci.

Naši podatki kažejo, da so SMGCS sestavljen iz gensko heterogenih podpopulacij so pomembni v okviru želodca raziskave in zdravljenje raka, saj je tumor heterogenost omogoča razvoj učinkovita zdravila težko. Ker imajo genomske CNAs vpliva na izražanje genov profile pri različnih vrst raka [16], [21], [40], [41], [42], [43], je možno, da vsaka gensko ločenih podpopulacije znotraj enotnega tumor se lahko razlikujejo tako v biološkem obnašanja in odzivanja na proti raku drog, vključno z molekularno agentov ciljanje. Cooke sod. so predlagali, da bi pojasnitev različnih genetskih skupinami prebivalstva v enem samem tumorju bi omogočila učinkovito zdravljenje, ki uporablja posebno sredstvo za ciljanje skupen genomske aberacije ali v kombinaciji sredstva za ciljanje edinstvene genomske aberacije v vsakem od različnih skupinami prebivalstva [39]. Ta strategija se lahko uporablja za zdravljenje raka želodca tudi.

Med 23 primerih smo analizirali, 15 pokazala klonske odnos med ME in SM delov. Poleg tega je 13 od zadnjih 15 primerih so pokazale tudi razlike v CNAs med obema regijama, kar kaže, da klonska evolucija se pogosto pojavlja v zgodnji fazi želodca rakotvornost. Razmerje med seznanjenimi MU in SM vzorcev v drugih 8 primerih brez skupnega CNAs ostala nejasna. Dve možni razlagi za to lahko predlagal. Ena je, da tumorji v parih delih, ki niso imeli skupnih CNAs, razvili neodvisno. Drugi pa je, da je v paru odseki delijo druge vrste genetskih aberacije, kot so mutacije in prenosov, ki se ne zaznajo z matrično CGH. V slednjem primeru lahko naslednje generacije zaporedja koristno za analizo teh odnosov.

V tej študiji so dobički na 11q13, 11q14, 11q22 in 14q32 in ojačanje na 17q21, so bile pogostejše v SM delu z metastatskim SMGCS kot pri tistih, ki niso metastatskih SMGCS. Zanimivo je, da so dobički v 11q13 in 14q32 domnevno vpleten v jetrih metastaz raka na debelem črevesu [38]. Zato so ti podatki kažejo, da je dobiček na 11q13 in 14q32 lahko sodelujejo v metastaz raka prebavil. Kromosom 17q21 skriva močan onkogena, ErbB2. Združenje ErbB2 izražanja s clinicopathological značilnosti raka želodca so raziskovali v več študijah [44] [45] [46] [47] [48] [49]. Vendar pa je vpliv erbB2 prekomerno o LN metastaz razlikovala med tistimi študij [44] [46] [47]. V tej študiji, kljub omejenemu številu SMGCS pregledanih vse tiste, ki imajo erbB2 ojačevanje in prekomerno pokazala limfnega vozla metastaz. Nadaljnje študije z uporabo večjega števila SMGCS bo potrebno oceniti pomen te težnje.

Podpora Informacije
Slika S1.
Primeri so razvidni tako skupnih in različnih genomskih aberacije med ME in SM delov. Levo plošče kažejo skupne vzorce genomskih aberacije v MU in SM za vsak primer posebej. Center in desna plošče kažejo različne vzorce genomske aberacije med obema deloma v vsakem primeru
doi:. 10,1371 /journal.pone.0022313.s001
(IOD)
Slika S2.
Primeri so razvidni tako skupnih in različnih genomskih aberacije med ME in SM delov. Skupne in različne vzorce genomske aberacije med ME in SM za vsak primer so prikazani
doi:. 10,1371 /journal.pone.0022313.s002
(IOD)
Slika S3.
primeri, ki kažejo tako skupnih in različnih genomskih aberacije med SM in LN delov. Levo plošče kažejo skupne vzorce genomske aberacije med SM in LN za vsak primer posebej. Center in desna plošče kažejo različne vzorce genomske aberacije med obema deloma v vsakem primeru
doi:. 10,1371 /journal.pone.0022313.s003
(IOD)
Tabela S1.
Ponavljajoče ojačitve in izbrisi v SMGCS.
doi:. 10,1371 /journal.pone.0022313.s004
(DOC)

Priznanja

Zahvaljujemo Misuzu Taguchi, Yoko Miyanari in Tsuyoshi Iwao za odlično tehnično pomoč

• Plos ONE: prognostični pomen miR-181b in pokoj-21, Rak želodca bolnikov, zdravljenih z S-1 /oksaliplatinom ali doksifluridina /Oxaliplatin
• Plos ONE: onkogeni CagA Spodbuja Rak želodca tveganja z aktiviranjem ERK signalnih poti: ugnezdeni Case-Control Study