PLoS One: Genomikai profiljának elemzése Submucosalis invazív gyomorkarcinóma által tömbalapú összehasonlító genomi hibridizáció

absztrakt katalógusa

A genom kópiaszám aberráció (CNAS) gyomorrákban már széles körben jellemzi array komparatív genomiális hibridizáció (CGH array) elemzése. Azonban bevonása genomiális CNAS a folyamat a nyálkahártya alatti invázió és nyirokcsomó-metasztázis korai gyomorrák még mindig kevéssé ismert. Ebben a vizsgálatban, hogy foglalkozzon ezzel a kérdéssel, gyűjtöttünk összesen 59 tumor mintákban 27 beteg nyálkahártya alatti invazív gyomorrák (SMGC) elemezték genomi profilok array CGH, és összehasonlította között párosított minták nyálkahártya (MU) és submucosalis (SM) invázió (23 pár), és az SM invázió és a nyirokcsomó (LN) áttét (9 pár). Kezdetben feltételeztük, hogy megszerzése specifikus CNA (ek) számára fontos, ezeket a folyamatokat. Azonban nem tapasztaltunk szignifikáns különbséget a száma genom CNAS között párosított MU és SM között, valamint a párosított Sm és LN. Továbbá, mi nem találtunk semmilyen CNAS specifikusan a SM invázió vagy LN áttét. Közül 23 esetben elemezték, 15 volt néhány hasonló mintát genomi profilalkotás között SM és a MU. Érdekes, hogy 13 a 15 esetben azt is kimutatta, bizonyos különbségek a genomiális profilokat. Ezek az eredmények arra utalnak, hogy a legtöbb SMGCS állnak heterogén szubpopulációk származó azonos klonális eredetű. Összehasonlítása genomi CNAS között SMGCS és anélkül LN áttét kiderült, hogy nyereséget 11q13, 11q14, 11q22, 14q32 és erősítést 17q21 gyakoribb volt áttétes SMGCS, ami arra utal, hogy ezek a CNAS kapcsolatos LN metasztázis korai gyomorrák. Összefoglalva, az adatok arra utalnak, hogy az ilyen genetikailag különböző szubklónoknak helyett megszerzése sajátos CNA MU, a folyamat szerves nyálkahártya alatti invázió, és szubklónoknak hogy megszerezzék nyereség 11q13, 11q14, 11q22, 14q32 vagy erősítés a 17q21 vannak valószínű, hogy lesz áttétes.

bevezető hivatkozás: Kuroda a, Tsukamoto Y, Nguyen LT, Noguchi T., Takeuchi I, Uchida M, et al. (2011) A genomi profiljának elemzése Submucosalis invazív gyomorkarcinóma által tömbalapú összehasonlító genomi hibridizáció. PLoS ONE 6 (7): e22313. doi: 10,1371 /journal.pone.0022313 katalógusa

Szerkesztő: Giuseppe Novelli, a Tor Vergata Egyetem, Róma, Olaszország katalógusa

Beérkezett: február 25, 2011; Elfogadva: június 19, 2011; Megjelent: július 21, 2011 katalógusa

Copyright: © 2011 Kuroda és munkatársai. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa

Forrás: A kutatás részben támogatta az Oktatási Minisztérium, Tudományos, Sport és japán kultúra és Grants-in-Aid Fiatal tudósok (B), No. 20790286 (http://www.mext.go.jp), és a kutatási Alap belátása szerint az elnök, Oita University (http://www.oita-u.ac.jp/english/index.html). Nincs szükség további külső finanszírozást kapott ebben a vizsgálatban. A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető

a gyomorrák továbbra is az egyik leghalálosabb betegség, annak ellenére, hogy folyamatosan csökkenő tendenciát mutat világszerte. Összességében halálozás miatt gyomorrák becslések szerint 700.000 eset fordul elő évente (10,4% -a, a rákkal kapcsolatos haláleset), rangsor 2. csak a tüdőrák után. [1] Klinikai eredmény jobb, amikor a tumorsejteket korlátozódnak a nyálkahártyát. Azonban, ha a tumorsejtek áthaladnak a muscularis mucosa, a klinikai eredmény lesz rosszabb, mivel a kockázata a nyirokcsomó-metasztázis, amely az egyik legfontosabb prognosztikai faktorok gyomorrák, jelentős mértékben megnő, hogy 18% vagy annál nagyobb, szemben a kevesebb mint 4%, amikor a tumorsejteket korlátozott marad, a nyálkahártya [2], [3]. Ezért egy jobb megértéséhez a mechanizmusok a folyamat a nyálkahártya alatti invázió van szükség.

jelenleg felismert, hogy a többlépéses felhalmozódása genetikai rendellenességek felelős a megjelenését és előrehaladását különféle rákok [4]. Sőt, azt is leírták, hogy az összes genomi aberrációk növeli a tumor progressziójának különböző típusú daganatok [5]. Azt is megállapították, hogy a frekvenciák a nyereség a 20q, 20p12, 1q42, 3q27 és 13q34 és veszteséget 4q34-qter, 4p15, 9p21, 16q22, 18q21 és 3p14, amely már gyakran kimutatható gyomorrák, gyakoribbak voltak AGC mint az EGC [6]. Eközben a közelmúltban leírták, hogy, során a tumor progresszióját, egyetlen tumorsejt származási fejlődik több genetikailag különböző szubpopulációk megszerzése révén a legkülönbözőbb genomiális aberrációk. Az így kapott tumor tömege, amely áll a genetikailag heterogén populációk tekinthető, hogy ellenállóvá válnak a különböző környezeti szelekciós nyomás [7], [8], [9], [10]. Katalógusa

Array alapú összehasonlító genomi hibridizáció (CGH array) tájékoztatást nyújt a genom kópiaszám aberráció (CNAS) az egész genomot [11]. Sőt, CGH is alkalmazható a tanulmány intratumorális genomiális heterogenitás [12], [13], [14], [15]. Bár számos csoport alkalmazott array CGH régióinak azonosítására menedéket onkogén vagy tumor elnyomó gének gyomorrákban [6], [16], [17], [18], [19], [20], [21], [22 ], [23], [24], [25], CNAS kapcsolatos nyálkahártya alatti invázió és a korai szakaszában a nyirokcsomó-metasztázis még nem határozták meg. Továbbá, mivel a legtöbb korábbi tanulmányok CNAS gyomorrákban elemezték csak egy minta, minden daganatos, részletek a heterogenitás genomi profilok egyetlen gyomorrák nagyrészt még nem tisztázott. Katalógusa

Ebben a tanulmányban azt vizsgáltuk, bevonása genomiális CNAS a folyamat a nyálkahártya alatti invázió és nyirokcsomó-metasztázis korai gyomorrák. Erre a célra gyűjtöttünk tumor mintákat különböző részeit ugyanazon tumor külön-külön, elemezték genomiális profilok array CGH, és összehasonlítottuk a genomiális profilok között párosított minták a nyálkahártya (MU) és nyálkahártya alatti (SM) részletekben, és az SM rész és nyirok csomópont (LN) áttétet. Továbbá összehasonlítva a CNAS között metasztázisos és nem metasztázisos submucosalis invazív gyomor rák (SMGC), azonosítottuk a jelölt CNAS kapcsolatos LN metasztázis korai gyomorrák.

Anyagok és módszerek

etikai nyilatkozat katalógusa

Ez a tanulmány által jóváhagyott etikai bizottság Oita University Hospital (jóváhagyás száma P-05-04). Tájékozott írásos beleegyezésüket adták az összes beteg és /vagy családjuk. Katalógusa

A betegek, szövetminták és kitermelése genomi DNS katalógusa

Huszonhét SMGCS műtétileg eltávolított a Oita University Hospital. A szöveti metszeteket vágunk formalin-fixált, paraffinba ágyazott szövet, és megfestettük hematoxilin-eozin (HE) a szövettani elemzéshez és toluidin kékkel (Wako, Osaka, Japán) extrahálásához genomiális DNS (1a ábra). A lézer-capture mikrodisszekció, gyűjtöttünk 1-3 mintát a MU, SM és /vagy metasztatizáló LN részét ugyanazon SMGC szövet külön-külön. Ennek eredményeként, képesek voltunk megszerzéséhez összesen 59 mintát a 27 beteg (1. táblázat). Minden minta tartalmazott egy hányadát tumorsejtek meghaladja a 70% -át. A genomiális DNS-t extraháltuk a szabvány szerint proteináz-K emésztés módszer, majd fenol /kloroform extrakcióval. Nem daganatos gyomor szövet ugyanabból a betegre, mint egy normál kontroll.

Array CGH és az adatok elemzése

array-CGH analízis segítségével végeztük 44 K oligonukleotid CGH tömbök (Agilent Technologies Inc. , Palo Alto, CA). Címkéző és hibridizációs szerint végeztük a protokoll által biztosított Agilent Technologies Inc. Röviden, 0,85-2 ug tumor DNS-t és azonos mennyiségű kontroll DNS-t emésztünk AluI és RsaI (Promega, Madison, WI, USA) 24 órán át 37 ° C-on. Az emésztett tumor és a kontroll-DNS-t Cy5 jelölt-dUTP-vel és Cy3-dUTP-vel, illetve egy genomiális DNS-t Labeling Kit Plus (Agilent), tisztítjuk Microcon YM-30 szűrő (Millipore, Billerica, MA, USA), és betöményítettük 80,5 ul. Azonos mennyiségű tumor és ellenőrző DNS-eket ezt követően összegyűjtöttük, és összekeverjük humán Cot-1 DNS-ben oldott hibridizációs pufferben (Agilent Oligo aCGH Hybridization Kit; Agilent Technologies), denaturáltuk, és hibridizáltuk a CGH tömb 65 ° C-on 24 órán át. Üveg lemezeket mostuk, majd a beolvasott összhangban a gyártó utasításai szerint.

Microarray képeket analizáltuk Feature Extraction v.9.5.3.1 (Agilent Technologies) lineáris normalizálás (protokoll CGH-v4_95_Feb07), és a kapott adatokat behozták DNS Analytics v.4.0.81 (Agilent Technologies). Miután normalizálása nyers adatok, a log2ratio Cy5 (tumor) Cy3 (Kontroll) számítottuk. Aberráns régiókat úgy határoztuk meg, az ADM-2 algoritmus egy küszöbértéket 8,0. Észlelni nyereségek és veszteségek, mi meg a paraméterek értékeinek az aberráció szűrők: minimum szondák száma a régióban 2, a legkisebb abszolút átlagos log2ratio a régióban 0,26, maximális száma aberráns régiók 10000, és százalékos penetrancia per funkció 0. Hasonlóan, érzékeli amplifikációs és törlések, mi meg a paraméterek értékeinek az aberráció szűrők: minimum szondák száma a régióban 2, a legkisebb abszolút átlagos log2ratio a régió 1,0, maximális száma aberráns régiók 10000, és százalékos penetrancia per funkció 0. adatok által generált szondák leképezett az X és Y kromoszómák megszűntek. Genomikai pozíciói szondák és aberráns régiókat alapul UCSC március 2006 humán referencia szekvencia (hg18) (NCBI építeni 36 referencia szekvencia). Minden adatot MIAME kompatibilis (http://www.mged.org/Workgroups/MIAME/miame.html), valamint a nyers adatok kerültek elhelyezésre a MIAME kompatibilis GEO adatbázis (http: //www.ncbi.nlm.nih .eu /geo /hozzáférési szám GSE26800). Egy áttekintést a kísérleti tervezés ábrán látható az 1B. Összehasonlításképpen a CNAS között párosított MU és SM adagok, kiválasztottunk 23 esetben a teljes 27 (1B, a és b), mivel a genomiális profilok mindkét részét ezekben az esetekben már sikeresen elemezték. Hasonlóképpen, az összehasonlítás a CNAS között párosított Sm és LN adagok, mi kiválasztott 9. 12 esetben egy LN része (1B ábra, C és D). Továbbá, összehasonlítottuk a frekvenciáit CNAS között az esetek és anélkül LN metasztázis (1B, E és F).

Immunhisztokémia

immunhisztokémiai vizsgálatot végeztünk a korábban leírtak szerint [21] alkalmazásával anti- EGFR (1:100; Dako, Glostrup, Dánia), anti-CTTN (1:200; ABCAM, Cambridge, MA, USA) és az anti-erbB2 (1:800; Cell Signaling Technology, Berverly, MA, USA) antitesteket.

a statisztikai elemzés katalógusa

párosított t-próba és Fisher-féle egzakt tesztet használtuk. Különbségek P katalógusa < 0,05 statisztikailag szignifikánsnak tekintettük. Katalógusa

Eredmények katalógusa

A genomi klonalitást és heterogenitás nyálkahártya és a nyálkahártya alatti részeit SMGC katalógusa

Annak vizsgálatára, a bevonása genomiális CNAS a folyamat a nyálkahártya alatti invázió, először képest száma CNAS között párosított MU és SM mintát a 23 SMGCS (2A ábra). Tizenegy A 23 eset mutatott megnövekedett számú CNAS az SM rész képest a MU rész, 11 volt, kisebb szám, és a maradék egy esetben nem mutatott változást (2A ábra). Ennek eredményeként nem volt statisztikailag szignifikáns különbség a számát CNAS között párosított MU és SM részek (2A ábra, nem szignifikáns párosított t-teszt). Továbbá azonosítani CNAS kifejezetten kapcsolódó submucosalis invázió, összehasonlítottuk az átlagolt frekvenciái CNAS a MU része azokkal a párosított SM rész (2B), de nem találtunk. Katalógusa

Annak vizsgálatára, a különbség CNAS között MU és SM ugyanabból a tumor, összehasonlítottuk a genomiális profilok párosított MU és SM minden esetben. Az egyik képviselő az esetet mutatja a 2C ábra, D, E és F. A párosított MU és SM minták megosztott egy hasonló mintát genomiális aberráció kromoszóma 9p (2D, ábra). Voltak azonban eltérő genomi aberrációk kromoszómák 7P és 11 azonos esetben, amint ábrán látható 2E és F. amplifikációja 7p12 volt megfigyelhető csak MU, de nem SM (ábra 2E), és az erősítés 11. kromoszóma volt megfigyelhető csak SM, de nem a MU (ábra 2F). Ezek az eredmények arra utalnak, hogy a daganatos sejtek a MU és SM a Case klonálisan kapcsolódó, de tagjai genetikailag heterogén szubpopulációk.

Továbbá, annak meghatározására, hogy a tumorsejtek mutató amplifikációja 7p12 és feltüntető nyereséget 11q13 a 4. eset arra tényleg csak a MU és SM, illetve elemeztük szöveti metszetet 4. eset immunhisztokémiai elleni antitestekkel EGFR, amely amplifikáltuk csak a MU rész (ábra 2E), és CTTN, melyet szert csak a SM rész (ábra 2F). Amint a 3. ábrán látható, a pozitív immunreaktivitást EGFR korlátozódott a MU rész (ábra a 3D, E és F), míg csak az SM része mutatott erős immunreaktivitást CTTN (ábra 3G, H és I). Ezek az eredmények arra utalnak, hogy a 4. esetben a tumorsejteket 7p amplifikáció MU nem szállták meg a SM, mivel ezek a 11-es kromoszóma erősítés lehet megszállták az SM. Katalógusa

Továbbá, elemeztük genomi klonalitást és heterogenitás a MU és SM más esetben. Az egyéb 22 esetben, 14 mutatott hasonló mintát genomiális aberráció a MU és SM (ábra S1 (6 eset) és az S2 (8 eset)), ami arra utal, hogy a rákos sejtek a MU és SM ilyen esetben voltak klonális kapcsolódó . Érdekes, hogy 12 a 14 esetben mutatott szignifikáns különbséget a genomiális profil minták között MU és SM (ábra S1 (6 eset) és az S2 (6 eset)), ami arra utal, hogy ezek az esetek is tagjai genetikailag heterogén szubpopulációk.

a genomi klonalitást és heterogén primer (SM) és metasztatikus (LN) részei SMGC katalógusa

Továbbá, hogy vizsgálja meg a részvételét CNAS a folyamat nyirokcsomó áttétek korai gyomorrák, összehasonlítottuk a szám a CNAS között párosított primer (SM) és metasztatikus (LN) részeit 9 SMGCS (4A). Három a 9 esetben mutatott megnövekedett számú CNAS az LN rész, míg a fennmaradó 6 esetben csökkenést mutatott (4a ábra). Ennek eredményeként, nem volt szignifikáns különbség a számát CNAS között a párosított SM és LN részek (4a ábra, nem szignifikáns párosított t-teszt). Továbbá azonosítani CNAS kifejezetten kapcsolódó LN metasztázis, összehasonlítottuk az átlagolt frekvenciái CNAS SM azokkal a párosított LN része (4B ábra), de nem találtunk. Katalógusa

Annak vizsgálatára, az eltérő CNAS között Sm és LN az azonos daganat, összehasonlítottuk a genomiális profilok párosított Sm és LN minták minden esetben. Egy reprezentatív eset ábrán látható a 4C, D és E. Az párosított Sm és LN mintákban megosztott egy hasonló mintát genomiális aberráció kromoszóma 8 (ábra 4d), ami arra utal, hogy mind a fázisokat származhatnak ugyanabból klonális eredetű. Azonban, az erősítés 14. kromoszóma volt megfigyelhető csak SM, de nem LN (ábra 4E). Ezek az eredmények arra utalnak, hogy a daganat sejtek a SM és LN részei ebben az esetben klonálisan kapcsolódó, de tagjai genetikailag heterogén szubpopulációk.

Mi is vizsgált genomiális klonalitás és heterogenitás SM és LN részeinek és egyéb esetekben. Az egyéb 8 esetben, 5 mutatott hasonló mintát genomiális aberráció mindkét SM és LN (ábra S3), ami arra utal, hogy a párosított SM és LN részeinek és ezekben az esetekben volt klonális kapcsolódó. Továbbá, 4. 5 esetben mutatott szignifikáns különbséget a genomiális profil minták között Sm és LN (ábra S3), ami arra utal, hogy ezekben az esetekben is tagjai genetikailag heterogén szubpopulációk.

összehasonlítása genomiális profilok között metasztatikus és nem metasztatizáló SMGC

mivel nincs statisztikailag szignifikáns különbségeket mutattunk ki a frekvenciák CNAS között párosított Sm és LN részek (4b ábra), azt feltételeztük, hogy szubpopulációk hordozó metasztázis-kapcsolódó CNAS jelen lehet az SM is mint az LN részét áttétes SMGC. Ezért a következő képest frekvenciái CNAS az SM részét áttétes SMGCS (12 eset), azokkal a nem áttétes SMGCS (15 eset), és megállapította, hogy nyereséget a 11q13, 11q14, 11q22 és 14q32 mutattunk gyakrabban metasztatikus SMGCS, mint a nem áttétes SMGCS (5A ábra és 2. táblázat). Is összehasonlítottuk a frekvenciák magas szintű kópiaszámú aberrációk, mint például amplifikáció és deléciós, a két csoport között, és megállapította, hogy amplifikációja 17q21 mutattunk gyakrabban metasztatikus SMGCS, mint a nem áttétes SMGCS (3. táblázat és táblázat S1) . Ezek az eredmények arra utalnak, hogy a nyereség a 11q13, 11q14, 11q22, 14q32 és amplifikáció a 17q21 részt vesznek a LN metasztázisában SMGCS.

A minimális közös régió amplifikáció a 17q21 tartalmazott 5 gén táblázatban felsorolt ​​3. Mivel ERBB2 egy jól ismert onkogén [26], [27], [28], sem szerepelt a listán, akkor végzett immunhisztokémiai elemzése ERBB2 túltermelése 27 esetben. Ábrán látható az 5B, esetek 17q21 amplifikáció mutatott erős festődést ErbB2 SM, míg egy esetben erősítés nélkül nem. Továbbá ERBB2 túltermelése szignifikánsan összefüggött a 17q21 amplifikáció (4. táblázat), ami arra utal, hogy ERBB2 amplifikációját és túlzott lehet vonni az LN áttét egy részének SMGCS. Katalógusa

Vita katalógusa

Ez széles körben elfogadta, hogy a daganat keletkezik egyetlen sejtből. Azonban hogyan fejlődik, egy előrehaladott szakaszában még vita tárgyát képezi. A kezdeti vizsgálatokban a kolorektális és hasnyálmirigyrákok vezetett elképzelést, hogy a fejlődés és progressziójának ilyen rákok társított felhalmozódása kromoszomális aberrációk, a továbbiakban a többlépéses tumorigenezis modell [29], [30]. Például genomiális aberrációk az APC, KRAS, Smad4 és TP53 gén vesz részt az adenoma-carcinoma szekvencia a vastagbélben [29]. Azonban az ilyen vizsgálatok középpontjában csak egy részét tumorral kapcsolatos gének, és az elhanyagolt szerepe a legtöbb más géneket. Továbbá, ez a modell nem tudta értékelni a jelentőségét intratumorális genomiális heterogenitás tumor kialakulásában és előrehaladásában. Eközben, a legutóbbi vizsgálatok vezettek a létesítmény egy másik modell, a kijelölt klonális evolúció modell [7], [9], [10]. Ebben a modellben egyetlen klónt fejlődik több elkülönülő alpopulációk felhalmozódása révén a különböző genetikai rendellenességek. Az uralkodó népesség helyettesíteni lehet elkülönült szubpopulációk belül egyetlen tumor tömege hatásai révén környezeti szelekciós nyomás és /vagy a szakaszában a daganat progresszióját. Ennek következtében számos, genetikailag heterogén sejtpopulációk egymás mellett egyetlen tumor tömege. Bizonyíték a intratumorális genetikai heterogenitás társított klonális evolúció nyerték a különböző szilárd tumorok, beleértve a prosztatarákot, [14] Barrett-nyelőcső [31], petefészekrák [32], [33], a méhnyakrák [34], a mellrák [15], [35], a neuroblasztóma [36], hasnyálmirigyrák [13], [37], és a vastagbélrák [38]. Érdekes, hogy a tanulmány a halálos áttétes prosztatarákban, nem CNAS konkrét kapcsolatban áll a helyén metasztázis találtak [14]. Hasonlóképpen, a tanulmány a kiváló minőségű savós petefészek-karcinóma, nem volt bizonyítható kapcsolat között megszerzése cisplatin ellenállás és egyedi CNAS [39]. Ezek az eredmények azt sugallják, hogy a többlépéses tumorigenezis modell, amelyben specifikus aberrációk fontos szerepet játszanak a tumor kialakulásában és progressziójában, nem mindig felelnek meg a módját tumorok megszerezzék rosszindulatú jellegét. A jelen tanulmányban azt eredetileg feltételeztük, hogy felvásárolta a konkrét CNA (k) fontos lehet a nyálkahártya alatti invázió. Mi azonban nem találtunk olyan CNAS, hogy gyakoribb volt SM, mint a páros MU minta. Továbbá azt is megfigyelhető szignifikáns különbség számát illetően CNAS a párosított MU és SM részek. Ugyanakkor azt találtuk, hogy a legtöbb SMGCS álltak össze klonálisan kapcsolódó, de genetikailag különböző alcsoportból áll, ami arra utal, hogy a klonális evolúció során előfordulhatnak progresszióját gyomorrák. Mindent összevetve, bár az esetszám vizsgált korlátozott volt, a megállapítások felmerült, hogy a genetikailag különböző populációk helyett megszerzése konkrét CNAS a MU rész fontos lehet a folyamat submucosalis invázió. Az E megállapítások alapján azt javasoljuk, egy hipotetikus modellt a folyamat SM invázió és LN metasztázis korai gyomorrák (6. ábra). Annak igazolására, ezt a hipotézist, a további vizsgálatok nagyobb mintákat lesz szükség.

adat azt jelzi, hogy SMGCS állnak genetikailag heterogén szubpopulációk fontos összefüggésben gyomor Cancer Research and Treatment, mert a tumor heterogenitás teszi a fejlesztési hatékony gyógyszerek nehéz. Mivel a genomiális CNAS hatással génexpressziós profilokat különböző rákokban [16], [21], [40], [41], [42], [43], lehetséges, hogy mind a genetikailag különböző alpopulációk belül egyetlen tumor eltérhetnek mind biológiai viselkedése és a válasz a rákellenes gyógyszerek, beleértve a molekuláris célzott szerek. Cooke et al. Javasoltam, hogy tisztázni a különböző genetikai alcsoportok egyetlen tumor lehetővé teszi a tényleges terápia alkalmazásával egy adott hatóanyag célba közös genomi aberráció vagy kombinált szerek kifejlesztésének egyedülálló genetikai aberrációk minden elkülönült populációk [39]. Ez a stratégia is alkalmazható a kezelés a gyomorrák.

közül 23 esetben elemeztük, 15 mutatott klonális kapcsolat a MU és SM részeket. Továbbá, 13 az utóbbi 15 esetben is eltéréseket mutatott CNAS a két régió között, ami arra utal, hogy a klonális evolúció gyakran fordul elő a korai szakaszában gyomor carcinogenesis. A kapcsolat a párosított MU és SM mintákat a többi 8 esetben nincs közös CNAS tisztázatlan maradt. Két lehetséges magyarázat az lehet indokolt. Az egyik az, hogy a daganat a páros részek, ahol eddig nem volt közös CNAS, függetlenül alakult ki. A másik az, hogy a párosított részek megosztott más típusú genetikai aberrációk, mint például a mutációk és transzlokációk, amelyet nem lehet kimutatható array CGH. Az utóbbi esetben, következő generációs szekvenálás lehet hasznos a ilyen kapcsolatokat. Katalógusa

Ebben a vizsgálatban a nyereség a 11q13, 11q14, 11q22 és 14q32, és erősítést 17q21, gyakoribb volt a SM rész metasztatikus SMGCS mint azokban a nem áttétes SMGCS. Érdekes, hogy nyereséget a 11q13 és 14q32 jelentések szerint részt vesz a máj metasztázis vastagbélrák [38]. Ezért ezek az adatok azt sugallják, hogy az erősítést, 11q13 és 14q32 is be lehet vonni a metasztázis gasztrointesztinális daganatok. Kromoszóma 17q21 kikötők hatásos onkogén, ERBB2. Egyesület ERBB2 kifejezés a klinikopatológiai jellemzők gyomorrák vizsgálták több tanulmány [44], [45], [46], [47], [48], [49]. Azonban a befolyása ERBB2 fokozott expressziója LN áttét különbözött körében tanulmányok [44], [46], [47]. A jelen vizsgálatban, annak ellenére, hogy a korlátozott számú SMGCS vizsgált, az összes ilyen az ErbB2 amplifikációját és túlzott expresszióját mutatta, nyirokcsomó-metasztázis. További vizsgálat egy nagyobb számú SMGCS lesz szükség, hogy értékelje a jelentőségét ez a tendencia. Katalógusa

alátámasztó információk
ábra S1.
esetek mutatja mindkét közös és eltérő genom aberrációk között a MU és SM részek. A bal oldali panelek mutatják közös minták genomi aberrációk MU és SM minden esetben. A központ és a jobb panelek mutatják különböző mintákat a genom aberráció két része közötti minden esetben. Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0022313.s001 katalógusa (TIF) hotelben ábra S2.
esetek mutatja mindkét közös és eltérő genom aberrációk között a MU és SM részek. Közös és különböző mintákat genomi aberráció között MU és SM minden esetben jelennek meg. Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0022313.s002 katalógusa (TIF) hotelben ábra S3.
esetek mutatja mindkét közös és eltérő genom aberrációk között SM és LN részeket. A bal oldali panelek mutatják közös minták genomi aberráció között SM és LN minden esetben. A központ és a jobb panelek mutatják különböző mintákat a genom aberráció két része közötti minden esetben. Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0022313.s003 katalógusa (TIF) hotelben táblázat S1.
Időszakos amplifikációs és a törlések SMGCS.
doi: 10,1371 /journal.pone.0022313.s004 katalógusa (DOC) hotelben

Köszönetnyilvánítás katalógusa

Köszönjük Misuzu Taguchi, Yoko Miyanari és Tsuyoshi Iwao a kiváló technikai segítséget.

• PLoS One: prognosztikai miR-181B és a miR-21 gyomorrákban kezelt betegeknél S-1 /oxaliplatin vagy doxifluridin /Oxaliplatin
• PLoS One: onkogén CagA Elősegíti Gyomor rák kockázatát keresztül aktiválása ERK jelátviteli: A eset-kontroll tanulmány