PLoS ONE: Genska profiliranje submukozalnim-invazivne rak želuca by Array bazi komparativne genomske Hybridization

Sažetak pregled

Gcnomskc broj kopija aberacije (CNAs) u rak želuca, već su u velikoj mjeri karakteriziraju polja komparativne genomske hibridizacije (polje CHG) analiza. Međutim, sudjelovanje genomskih CNAs u procesu submukozne invazije i limfnih čvorova metastaza u ranom stadiju raka želuca još uvijek slabo razumio. U ovom istraživanju, kako bi riješio taj problem, prikupili smo ukupno 59 uzoraka tumora od 27 pacijenata s submukozalnim-invazivne želučanog karcinoma (SMGC), analizirali njihove genomske profile polja CGH, au odnosu ih između uparenih uzorcima sluznice (MU) i submukozna (SM) upad (23 parova) i SM invazije i limfnih čvorova (LN) metastaze (9 parova). U početku smo hipotezu da vezanje specifičnog CNA (s) je važan za ove procese. Međutim, primijetili smo da nema značajne razlike u broju genomske CNAs između uparenih MU i SM, a između uparenih SM i LN. Osim toga, nismo bili u mogućnosti pronaći bilo CNAs posebno povezan s SM invazija ili LN metastaza. Među 23 slučajeva analiziranih, 15 je neki sličan uzorak genomske profiliranja između SM i MU. Zanimljivo je da je 13 od 15 slučajeva također su pokazali neke razlike u genomske profila. Ovi rezultati ukazuju na to da se većina SMGCs sastoji od heterogenih subpopulacija izvedeni iz istog klonskom podrijetla. Usporedba genoma CNAs između SMGCs sa i bez LN metastaza otkrila da je dobit od 11q13, 11q14, 11q22, 14q32 i pojačanje 17q21 su češći u metastatskih SMGCs, što ukazuje da su ove CNAs odnose na LN metastaza ranog karcinoma želuca. U zaključku, naši rezultati pokazuju da generacija genetski različitih supklonovima, a ne stjecanje specifičnih CNA na MU, sastavni je dio procesa submukozne invazije, a to Supklonove da steknu dobit od 11q13, 11q14, 11q22, 14q32 ili pojačanje 17q21 su vjerojatno da će biti metastatski pregled

Izvor. Kuroda A, Tsukamoto Y, Nguyen LT, Noguchi T, Takeuchi I, Uchida M, et al. (2011) Genska profiliranje submukozalnim-invazivne rak želuca by Array bazi komparativne genomske hibridizacije. PLoS ONE 6 (7): e22313. doi: 10,1371 /journal.pone.0022313 pregled

Urednik: Giuseppe Novelli, Tor Vergata Sveučilište u Rim, Italija pregled

Primljeno: 25. veljače, 2011; Prihvaćeno: 19. lipnja 2011; Objavljeno: 21. srpnja 2011 pregled

Copyright: © 2011 Kuroda et al. Ovo je otvorenog pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan

financiranja. Ovo istraživanje je podržan u sklopu koje je Ministarstvo obrazovanja, znanosti, sporta i kulture Japana, i darovnica-u-Aid za mlade znanstvenike (B), broj: 20790286 (http://www.mext.go.jp), a istraživanja fond po vlastitom nahođenju predsjednika, Oita University (http://www.oita-u.ac.jp/english/index.html). Nema dodatnih vanjsko financiranje primljena je u ovom istraživanju. U financijeri nisu imali ulogu u studiju dizajna, prikupljanja i analize podataka, Odluka o objavi, ili pripremu rukopisa pregled

U konkurenciji interese.. Autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled

Uvod pregled

rak želuca ostaje jedna od najsmrtonosnijih bolesti, unatoč stalnom opadanju trend u svijetu. Sve u svemu, smrtnost zbog raka želuca Procjenjuje se da je 700.000 slučajeva godišnje (10,4% svih smrtnih slučajeva vezanih za rak), rang 2. tek nakon raka pluća [1]. Klinički učinak je bolje kada se tumorske stanice ograničene na sluznicu. Međutim, nakon što su tumorske stanice prolaze kroz muskularis sluznice, klinički ishod postaje još gore, jer je rizik od limfnih čvorova metastaza, što je jedan od najvažnijih prognostičkih čimbenika u rak želuca, značajno se povećava na 18% ili više, u usporedbi s manje od 4%, kada se tumorske stanice ostaju ograničeni na sluznicu [2], [3]. Stoga, bolje razumijevanje mehanizama uključenih u proces submukozne invazije je potrebno. Pregled

To je trenutno poznato da višestupanjska akumulacija genetskih abnormalnosti je odgovoran za nastanak i progresiju različitih vrsta raka. [4] U stvari, to je izvijestio da je ukupni broj genomskih aberacija povećava s progresijom tumora u različitim vrstama tumora [5]. Također smo otkrili da su frekvencije dobitaka na 20q, 20p12, 1q42, 3q27 i 13q34 i gubitaka kod 4q34-qter, 4p15, 9p21, 16q22, 18q21 i 3p14, koji je često bio otkriven kod raka želuca, bili su češći u AGC od u EGC [6]. U međuvremenu, nedavno je izvijestio da je, tijekom napredovanja tumora, jedan tumorske stanice porijekla razvija u nekoliko genetski različitih subpopulacija kroz stjecanje raznih genomske aberacije. Dobivena masa tumora, koji se sastoji od genetski raznorodnih subpopulacija, smatra se da postane otporan na razne pritisaka okolišnih [7], [8], [9], [10]. Pregled

Array bazi komparativna genomska hibridizacija (polje CHG) pruža informacije o genomske broj kopija aberacija (CNAs) na cijeloj genoma [11]. Štoviše, CGH je također odnosi se na proučavanje intratumoralno genomske heterogenosti [12], [13], [14], [15]. Iako je nekoliko skupina su koristili niz CGH identificirati područja zadržanih onkogene ili tumorskih potiskuju gena u rakom želuca [6], [16], [17], [18], [19], [20], [21], [22 ], [23], [24], [25], CNAs odnose na submukozalnim invaziju i ranu fazu limfnih čvorova metastaze još nije određen. Nadalje, budući da većina prijašnjih studija CNAs kod raka želuca su analizirali samo jedan uzorak za svaki tumor, pojedinosti o heterogenosti genomske profila u jednoj raka želuca su ostali uglavnom nejasno. Pregled

U ovoj studiji smo istražili uključenost genomskih CNAs u procesu submukozne invazije i limfnih čvorova metastaza u ranom stadiju raka želuca. Za ovu svrhu, uzima se iz tumorskog tkiva različitih dijelova istog tumora odvojeno, analizirali njihove genomske profile poljem CGH i usporedili genomske profila između združenih uzorka sluznice (MU) i submukozna (SM) dijela i SM dio i limfnim čvor (LN) metastaza. Nadalje, uspoređujući CNAs između metastazama i ne-metastatskih submukozalnim-invazivne želučanog karcinoma (SMGC), identificirali smo kandidat CNAs odnose na LN metastaza ranog karcinoma želuca. Pregled

Materijali i metode

Etika Izjava pregled

Ova studija je odobrilo Etičko povjerenstvo Oita sveučilišne bolnice (Odobrenje p-05-04). Informirani pisani pristanak koji je dobiven od svih bolesnika i /ili njihovim obiteljima. Pregled

Pacijenti, uzorci tkiva i vađenje genomske DNA pregled

Dvadeset sedam SMGCs kirurški resected u Oita Sveučilišne bolnice. Uzorci tkiva su izrezana iz formalinom fiksiranih, u parafin uklopljenih tkiva i obojene hematoksilin-eozinom (HE) za histološku analizu i s toluidin plavom (Wako, Osaka, Japan) za ekstrakciju genomske DNA (Slika 1A). Koristeći laser-hvatanje mikrodisekcijom, uzima se 1 do 3 uzorke MU, SM i /ili metastatske LN dijela istog SMGC tkiva odvojeno. Kao rezultat, mogli smo da se dobije ukupno 59 uzoraka iz 27 pacijenata (Tablica 1). Svi uzorci uključeni udio tumorskih stanica većim od 70% od ukupnog broja. Genomska DNA je ekstrahirana u skladu sa standardnom metodom digestije proteinazom K, nakon čega slijedi ekstrakcija fenola /kloroforma. Non-neoplastični želuca tkivo iz istih bolesnika je korišten kao normalan kontrolom. Pregled

Array CGH i analiza podataka pregled

Polje-CGH analiza provedena je pomoću 44 K oligonukleotidnih CGH polja (Agilent Technologies Inc. , Palo Alto, CA). Označavanje i hibridizacija su provedeni u skladu s protokolom predviđeno od strane Agilent Technologies Inc. Ukratko, 0,85-2 ug tumora DNA i jednaku količinu kontrolne DNA su razgrađeni Alui i RsaI (Promega, Madison, WI, USA) tijekom 24 sata pri 37 ° C. Digestirano tumora i kontrolna DNK su obilježeni s CY5-dUTP i Cy3-dUTP, respektivno, korištenjem genomska DNA Labeling Kit Plus (Agilent), pročišćeno s Mikrokonska YM-30 filtera (Millipore, Billerica, MA, USA), i koncentrirana do 80,5 ul. Jednake količine tumora i kontrolne DNA su zatim sakupljene i pomiješan s humanim Cot-1 DNA, otopljen u hibridizacijskom puferu (Agilent Oligo aCGH Hybridization Kit, Agilent Technologies), denaturirani te hibridizira s CGH polja na 65 ° C tijekom 24 sata. Stakalca su isprane, a skenirane, u skladu s uputama proizvođača.

mikropolja slike su analizirani pomoću određivanja značajki v.9.5.3.1 (Agilent Technologies) s linearnim normalizacije (protokol CGH-v4_95_Feb07), a podaci su uvezeni u DNA Analytics v.4.0.81 (Agilent Technologies). Nakon normalizacije sirovih podataka izračunata je log2ratio od Cy5 (tumora) u Cy3 (kontrola). Poremećena područja su određena ADM-2 algoritma pri pragu od 8.0. Za otkrivanje dobitke i gubitke, postavili smo vrijednosti parametara za aberacije filtere kao što su: minimalni broj sondi u regiji 2, minimalna apsolutna prosječna log2ratio za regiju 0,26, maksimalni broj neprirodnih regija 10.000, a postotak pojavnosti po značajku 0. Isto tako, kako bi se otkriti pojačanja i brisanja, postavili smo vrijednosti parametara za aberacije filtere kao što su: minimalni broj proba u regiji 2, minimalna apsolutna prosječna log2ratio za regiju 1,0, maksimalan broj neprirodnih regija 10.000, a postotak pojavnosti po značajku 0. podataka koje generira sondi mapirati na X i Y kromosomi su eliminirani. Genomske pozicije sondi i neprirodnih regije su se temeljile na UCSC ožujka 2006. ljudski referentne sekvence (hg18) (NCBI izgraditi 36 referentnog slijeda). Svi podaci su MIAME usklađen (http://www.mged.org/Workgroups/MIAME/miame.html) i sirovi podaci su pohranjeni u bazi podataka GEO MIAME kompatibilnom (http: //www.ncbi.nlm.nih .gov /geo /, pristupni broj GSE26800). Pregled pokusa je prikazan na slici 1B. Za usporedbu CNAs između uparenih Mu i SM dijelova, odabrali smo 23 slučajeva od ukupno 27 (Slika 1B, A i B), budući da su uspješno analizirani genomskih profili oba dijela u tim slučajevima. Slično tome, za usporedbu CNAs između uparen SM i LN dijela, odabrali smo 9 od 12 slučajeva s LN dijela (Slika 1B, C i D). Nadalje, uspoređeni su frekvencije CNAs između predmeta sa i bez LN metastaza (Slika 1B, e i f). Pregled

Imunohistokemija pregled

imunohistokemija je provedena kao što je opisano [21] pomoću anti EGFR (1:100; Dako, Glostrup, Danska), anti-CTTN (1:200; Abcam, Cambridge, MA, USA) i anti-erbB2 (1:800; staničnu signalizaciju Tehnologija, Berverly, MA, USA) antitijela. pregled

Statistička analiza pregled

korišteni su parni t-test i Fisherov egzaktni test. Razlike u P pregled. ≪ 0,05 smatrane su statistički značajne pregled

Rezultati

Genska clonality i heterogenost u sluznice i submukozalnim dijelova SMGC pregled

Kako istražiti uključenost genomskih CNAs u procesu submukozne invazije, prvo smo u odnosu na broj CNAs između uparenih Mu i SM uzoraka iz 23 SMGCs (slika 2A). Jedanaest od 23 slučajeva su pokazali povećan broj CNAs u SM dio u usporedbi s MU dijelu, 11 su pokazali smanjenu broja, a preostalih jedan slučaj nije pokazalo nikakvu promjenu (slika 2a). Kao rezultat toga, nije bilo statistički značajne razlike u broju CNAs između uparenih Mu i SM dijelova (slika 2a, nije značajan u paru t-test). Nadalje, identificirati CNAs posebno povezana s submukozne invazije, dok smo u prosjeku frekvencije CNAs u MU dijela s onima u paru SM dijela (slika 2B), ali nisu mogli pronaći. Pregled

Kako istražiti razlika od CNAs između MU i SM iz istog tumora, usporedili smo s genomske profile uparenim MU i SM u svakom slučaju. Jedan predstavnik slučaj prikazan je na Slici 2C, D, E i F. paru MU i SM uzorci dijeli sličan uzorak genomske aberacije u kromosomu 9p (Slika 2D). Međutim, bilo je vidljivih genomske aberacije u kromosomima 7p i 11 u istom slučaju, kao što je prikazano na slici 2E i F. amplifikaciju 7p12 je opažena samo u MU, ali ne u SM (Slika 2E) te je opaženo povećanje od kromosoma 11 samo SM, ali ne u MU (Slika 2F). Ovi rezultati sugeriraju da tumorske stanice u MU i SM u ovom slučaju bili kloniranim vezani, već se sastoji od genetski raznorodnih subpopulacija. Pregled

Nadalje, kako bi se utvrdilo da li su tumorske stanice pokazuju pojačanje 7p12 i oni koji pokazuje dobit od 11q13 od slučaj 4 jako su ograničeni na MU i SM, odnosno, analizirali smo dijelove tkiva iz slučaja 4 imunohistokemijski s antitijelima protiv EGFR, koji je pojačan samo u MU dijela (Slika 2e), a CTTN, koji je stekao tek u SM dio (Slika 2F). Kao što je prikazano na slici 3, pozitivan imunoreaktivnost za EGFR je ograničena na MU dijela (Slika 3D, E i F), dok se samo SM dijela pokazale su snažnu imunoreaktivnost za CTTN (Slika 3G, H i I). Ovi rezultati sugeriraju da, u slučaju 4, tumorske stanice s 7p pojačanje u MU nisu mogli napao SM, dok one s kromosoma 11 dobitak možda su napali SM. Pregled

Zatim, analizirali smo genomske clonality i heterogenost u MU i SM drugih slučajeva. Od ostalih 22 slučajeva, 14 je pokazao sličan uzorak genomske aberacije u MU i SM (brojke S1 (6 slučajeva) i S2 (8 slučajeva)), što ukazuje da stanice raka u MU i SM tih slučajeva bili kloniranim vezani , Zanimljivo je da je 12 od 14 slučajeva pokazala značajnu razliku u genomske uzoraka profila između MU i SM (brojke S1 (6 slučajeva) i S2 (6 slučajeva)), što ukazuje da su ti slučajevi su također sastoji od genetski raznorodnih subpopulacija. Pregled

Genska clonality i heterogenost u primarnoj (SM) i metastatskog (LN) dijelovi SMGC pregled

Dalje, istražiti uključenost CNAs u procesu limfnih čvorova metastaza ranog karcinoma želuca, usporedili smo broj od CNAs između uparenih Primarna (SM) i metastatskog (LN) dijelova 9 SMGCs (slika 4a). Tri od 9 slučajeva pokazali povećan broj CNAs u LN dijelu, dok je preostalih 6 slučajeva pokazala je smanjenje (slika 4a). Kao rezultat toga, nije bilo značajne razlike u broju CNAs između uparenim SM i LN dijela (Slika 4A, nisu značajne u par t-testom). Nadalje, identificirati CNAs posebno povezan s LN metastaza, dok smo u prosjeku frekvencije CNAs u SM s onima u paru LN dijela (slika 4b), ali nisu mogli pronaći. Pregled

Kako istražiti razliku CNAs između SM i LN istog tumora, usporedili smo s genomske profile uparenim SM i uzoraka LN u svakom slučaju. Predstavnik slučaj prikazan je na slici 4C, D i E. uparenim SM i LN uzorci dijeli sličan uzorak genomske aberacije u kromosomu 8 (Slika 4D), upućuje na to da su oba dijela izvedena iz istog klonskom podrijetla. Međutim, korist od kromosomu 14 je opažena samo u SM, ali ne u LN (Slika 4E). Ovi rezultati sugeriraju da su tumorske stanice u dijelovima SM i LN u ovom slučaju bili kloniranim vezani, već se sastoji od genetski raznorodnih subpopulacija. Pregled

Također smo analizirali genomske clonality i heterogenost u SM i LN dijelove iz drugih predmeta. Između ostalih 8 slučajeva, 5 pokazala je sličan obrazac genomske aberacija u oba SM i LN (Slika S3), što ukazuje da su upareni SM i LN porcije od ovih slučajeva su klonalno vezani. Nadalje, 4 od 5 slučajeva su pokazali značajnu razliku u genomske uzoraka profila između SM i LN (Slika S3), što ukazuje da su ti slučajevi su također sastoji od genetski raznorodnih subpopulacija. Pregled

Usporedba genoma profila između metastazama i ne metastatski SMGC pregled

od otkrivena su statistički značajne razlike u frekvencijama CNAs između uparenih SM i LN dijela (slika 4b), pretpostavili smo da subpopulacije obavljanje metastaza vezane CNAs može biti prisutna u SM kao i kao LN dijela metastatskog SMGC. Stoga smo pored odnosu frekvencije CNAs u SM dijela metastatskih SMGCs (12 slučajeva) s onima koji nisu metastatskih SMGCs (15 predmeta), i utvrdili da je dobit u 11q13, 11q14, 11q22 i 14q32 su češće otkrivena u metastazama SMGCs nego u ne-metastatskom SMGCs (Slika 5A i tablica 2). Također smo usporedili učestalost visokih broj kopija aberacije, kao što su pojačavanje i brisanja, između dvije grupe, i utvrdili da pojačanje 17q21 je češće otkrivena u metastatskih SMGCs nego u ne-metastatskih SMGCs (tablica 3 i Tablica S1) , Ovi rezultati sugeriraju da su dobici na 11q13, 11q14, 11q22, 14q32 i pojačanje na 17q21 uključeni u LN metastaziranja SMGCs. Pregled

Minimalni zajednički područje pojačanja na 17q21 sadržavala 5 gena su navedene u Tablici 3. Od erbB2 , poznati onkogena [26], [27], [28], bio je uključen u popis, proveli smo imunohistokemijske analize erbB2 prekomjernom ekspresijom u svih 27 slučajeva. Kao što je prikazano na slici 5B, slučajevi s 17q21 pojačanje izložena jak bojenje za erbB2 u SM, dok je jedan slučaj bez pojačanja nisu. Nadalje, erbB2 prekomjerna ekspresija bila je značajno povezana s 17q21 pojačanjem (tablica 4), što ukazuje da erbB2 pojačanje i prekomjernom ekspresijom mogu biti uključeni u LN metastaze jedan dio SMGCs. Pregled

Rasprava pregled

To je široko prihvaćeno je da tumor nastaje iz jedne stanice. Međutim, kako se napreduje na naprednoj fazi se još uvijek raspravlja. Rana istraživanja debelom crijevu i raka gušterače dovela je do ideje da je razvoj i napredovanje ovih oblika raka su povezane s nakupljanjem kromosomskih aberacija, nazivaju se više koraka tumorigenezi modela [29], [30]. Na primjer, genomske aberacije APC, Kraš, SMAD4 i TP53 gena koji su uključeni u nizu adenom-karcinom kolona [29]. Međutim, takve studije usredotočene na samo jedan dio gena vezana za tumor, a zanemario ulogu u većini drugih gena. Osim toga, ovaj model nije bio u mogućnosti procijeniti značaj intratumoralno genomske heterogenosti za razvoj tumora i napredovanje. U međuvremenu, nedavna istraživanja su dovela do osnivanja drugog modela, označen klonalne evolucija modela [7], [9], [10]. U ovom modelu, jedan klon razvija u nekoliko različitih subpopulacija se prikupi različitih genetičkih abnormalnosti. Prevladavajući populacije mogu biti zamijenjeni sa različite subpopulacija unutar jedne tumorske mase zbog učinaka tlak okoline selekcije i /ili fazi progresije tumora. Kao posljedica toga, nekoliko staničnih populacija genetički heterogeni mogu postojati u jednom mase tumora. Dokaz intratumoralno genetska heterogenost je povezan s klonalne evolucijom dobivena je za razne solidnih tumora, uključujući rak prostate [14], Barrettovog jednjaka [31], raka jajnika [32], [33], rak grlića maternice [34], rak dojke [15], [35], neuroblastoma [36], rak gušterače [13], [37] i rak debelog crijeva [38]. Zanimljivo je da je u studiji o smrtonosnim metastatskim karcinomom prostate, nema CNAs posebno odnose na mjestu metastaze su pronađeni [14]. Slično tome, u studiji visoko kvalitetni serozni karcinom jajnika, nije bilo dokaza za odnos između stjecanja otpornosti cisplatinom i posebnih CNAs [39]. Ovi rezultati sugeriraju da je višestupanjska modela tumorigenezi, u kojoj određene aberacije igraju važnu ulogu u razvoju tumora i napredovanje, ne uvijek predstavljaju način na koji tumori stekli svoje zloćudni karakter. U ovom istraživanju smo prvotno pretpostavili da stjecanje specifičnih CNA (e) može biti važno za submukozne invazije. Međutim, nismo uspjeli naći nikakve CNAs koji su češći u SM nego u paru MU uzorka. Osim toga, mi također primijetio da nema značajne razlike u pogledu broja CNAs u uparenih MU i SM dijelova. No, otkrili smo da je većina SMGCs su sastavljeni od kloniranim-srodnih, ali genetski različitih subpopulacija, sugerirajući da Klonska evolucija se mogu pojaviti tijekom napredovanja raka želuca. Uzeti zajedno, iako je broj slučajeva pregledao bio je ograničen, naši nalazi sugeriraju da generacija genetski različitih subpopulacija, a ne stjecanje specifičnih CNAs u MU dijelu mogu biti važni za proces submukozne invazije. Na temelju tih nalaza, predlažemo hipotetski model za proces SM invazije i metastaziranja LN ranog karcinoma želuca (Slika 6). Da bi potvrdili ovu hipotezu, daljnja istraživanja s većim uzorcima će biti potrebna. Pregled

Naši podaci ukazuju na to da su SMGCs sastoji od genetski raznorodnih subpopulacija su važni u kontekstu želučanog istraživanje i liječenje raka, jer tumor heterogenost čini razvoj učinkoviti lijekovi teško. Budući genomski CNAs utjecati na gensku ekspresiju profila u različitim oblicima raka [16], [21] [40], [41], [42], [43], moguće je da svaki od genetski različitih subpopulacija u jedan tumor se može razlikovati u oba biološka ponašanje i reakcija na lijekove protiv raka, uključujući i sredstava za molekularno ciljanja. Cooke et al. su predložili da se objašnjenje različitih genetskih subpopulacija unutar jedne tumor će omogućiti efikasnu terapiju primjenom određenog sredstva za ciljanje zajedničku genomske aberacija ili u kombinaciji sredstava za ciljanje jedinstvene genomske aberacije u svakoj od različitih subpopulacija [39]. Ova strategija može također odnosi se na liječenje karcinoma želuca. Pregled

Među 23 slučajeva smo analizirali, 15 je pokazao klonsku odnos između dijelova MU i SM. Nadalje, 13 potonje 15 slučajeva također su pokazali razlike u CNAs između dviju regija, sugerirajući da Klonska evolucija često se javlja u ranoj fazi želučane karcinogeneze. Odnos između uparenih Mu i SM uzoraka u ostalim 8 slučajeva bez zajedničkog CNAs ostalo nejasno. Dva moguća objašnjenja za to može biti predložen. Jedan od njih je da su tumori u uparenih dijelova, koji nisu imali zajedničke CNAs, razvijen samostalno. Drugi je da upareni dijelovi dijele druge vrste genetske aberacije, kao što su mutacije i translokacije, koja se ne može se detektirati polja CGH. U potonjem slučaju, nova generacija sekvencioniranje bi moglo biti korisno za analizu takvih odnosa. Pregled

U ovoj studiji, dobici na 11q13, 11q14, 11q22 i 14q32, i pojačanje u 17q21, bili su češći u SM dio metastatskih SMGCs nego u onima koji nisu metastatskih SMGCs. Zanimljivo, dobici na 11q13 i 14q32 navodno su uključeni u jetri metastaze raka debelog crijeva [38]. Stoga, ovi podaci ukazuju na to da dobitak na 11q13 i 14q32 mogu biti uključeni u metastaziranje gastrointestinalnih karcinoma. Kromosom 17q21 krije moćan onkogena, erbB2. Povezanost erbB2 ekspresije sa klinikopatološkim značajke raka želuca je ispitivan je u nekoliko studija [44], [45], [46], [47], [48], [49]. Međutim, utjecaj erbB2 prekomjernom ekspresijom na LN metastaza razlikovala među tim istraživanjima [44], [46], [47]. U ovom istraživanju, unatoč ograničenom broju SMGCs pregledao, sve one s erbB2 pojačanja i pojačane ekspresije pokazali limfnog čvora metastaza. Daljnje istraživanje pomoću većeg broja SMGCs bit će potrebno procijeniti značaj te tendencije. Pregled

popratne podatke
Slika S1. pregled Slučajevi prikazuje obje zajedničke i različite genomske aberacije između obroka MU i SM. U lijeve snimke pokazuju uobičajene obrasce genomske aberacija u MU i SM za svaki slučaj. Centar i desne snimke pokazuju različite obrasce genomske odstupanja između dva dijela, u svakom slučaju pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0022313.s001 pregled (TIF) pregled Slika S2. pregled Slučajevi prikazuje obje zajedničke i različite genomske aberacije između obroka MU i SM. prikazati će se Zajednička i različite uzorke genomske odstupanja između MU i SM za svaki slučaj pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0022313.s002 pregled (TIF) pregled slika S3.
slučajevi pokazuju obje zajedničke i različite genomske aberacije između SM i LN dijelova. U lijeve snimke pokazuju uobičajene obrasce genomske odstupanja između SM i LN za svaki slučaj. Centar i desne snimke pokazuju različite obrasce genomske odstupanja između dva dijela, u svakom slučaju pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0022313.s003 pregled (TIF) pregled Tablica S1. pregled povratan pojačanja i brisanja u SMGCs. pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0022313.s004 pregled (DOC) pregled

Izvori pregled

Zahvaljujemo Misuzu taguchi, Yoko Miyanari i Tsuyoshi Iwao za svoje odlične tehničke pomoći