PLoS ONE: roman Funkcionalna TagSNP Rs7560488 u DNMT3A1 Promotor je povezana s osjetljivošću na rak želuca modulirajući aktivnost promotora

Sažetak pregled

DNA-metiltransferaze (DNMT) 3a koja sadrži DNMT3A1
i DNMT3A2 pregled izoformi se smatralo da imaju ključnu ulogu u procesu karcinogeneze i pokazao neprirodni izraz u većini vrsta raka. Akumulirani dokazi također pokazuju da u jednom nukleotidu gena (SNP) u DNMT gena su povezani s osjetljivošću na različitim tumorima. Mi smo pretpostavili da genetske varijante u DNMT3A1 pregled promotorska regija povezani s rizikom od nastanka karcinoma želuca. Odabrali smo tagSNPs iz HapMap baze podataka za kineski i genotipiziran u case-control studije je procijeniti povezanost s rakom želuca (GC) u kineskoj populaciji. Identificirali smo da su funkcionalni tagSNP rs7560488 T &C je povezan sa značajno povećanim rizikom od GC. In vitro pregled funkcionalna analiza pokusom luciferaznog reportera i EMSA je pokazala da je tagSNP rs7560488 T C značajno izmijenio transkripcijsku aktivnost DNMT3A1 pregled gena pomoću utjecanja vezanja nekih transkripcijskih faktora, iako određeno transkripcijskim faktor Tek treba utvrditi. U usporedbi s TT homozigoti, predmeta koji su bili TC heterozigoti i CC homozigoti izloženih smanjenu ekspresiju DNMT3A1 pregled. Nadalje, slojevita analiza pokazala je da pojedinci koji gaje TC ili CC genotipova manje od 60 godina bili su više osjetljivi na GC. Naši rezultati pokazuju da su genetske varijacije u DNMT3A1 pregled promotor pridonose osjetljivosti na GC, a također daju uvid da tagSNP rs7560488 T &C može biti obećavajući biomarker za predviđanje GC genetičku podložnost i vrijedne informacije u GC patogeneza pregled

Izvor. Wu H, Zhang K, Gong p, Qiao F, Wang L, Cui H, et al. (2014) roman Funkcionalna TagSNP Rs7560488 u DNMT3A1 Promotor je povezana s osjetljivošću na rak želuca modulirajući aktivnost promotora. PLoS ONE 9 (3): e92911. doi: 10,1371 /journal.pone.0092911 pregled

Urednik: Xin-yuan Guan, Sveučilište u Hong Kongu, Kina pregled

Primljeno: 22. prosinca 2013. godine; Prihvaćeno: 27 veljača 2014; Objavljeno: 25 ožujak 2014 pregled

Copyright: © 2014 Wu i sur. Ovo je otvorenog pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan

financiranja. Ovo djelo je podržan od strane Nacionalne zaklade prirodoslovni Kine (Grant br 81.171.915 a broj 91229107) i znanstveno istraživanje i planom inovacije za diplomce Jiangsu Province, China (Grant br CXZZ13_0082). U financijeri nisu imali ulogu u studiju dizajna, prikupljanja i analize podataka, Odluka o objavi, ili pripremu rukopisa pregled

U konkurenciji interese.. Autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled

Uvod pregled

rak želuca je jedan od najčešćih zloćudnih tumora u Kini, posebno u provinciji Jiangsu s visokom učestalosti i smrtnosti stopa [1], [2]. To se može širiti kroz želudac i na druge organe, uključujući i jednjaka, pluća, limfnih čvorova ili jetre. Stoga, rak želuca je drugi vodeći uzrok karcinoma povezanih smrti u [3] svijeta. Uzimajući u obzir terapeutsko učinkovitosti kirurških resekcija može biti primarna Liječenje za ranijoj fazi GC pacijenata [4]. Nažalost, većina pacijenata s rakom želuca se otkrije u poodmakloj fazi, tijekom kojeg razdoblja je tumor se kirurški odstraniti više. Nadalje, povratak nakon operacije je još jedan strašan događaj za siromašne stopa preživljavanja od 5 godina. S obzirom pacijenata s uznapredovalim ili rekurentne raka želuca, to je bez sumnje da je otkriće biomarkera i njihovu primjenu u pratnji s tradicionalnim dijagnoze može biti vrijedan pokazatelj i opsežna pomoć formulirati strategiju prevencije i liječenja. Međutim, do sada, nekoliko mjerljivih biomarkeri za predviđanje GC ponavljanje su identificirani. Pregled

tumorigenezi je poznato da se u više koraka, što je rezultat ne samo genetske promjene, ali i Epigenetske promjene [5]. DNA metilacije je glavni oblik epigenetičke izmjeni i ima važnu ulogu u razvoju, diferencijaciju genomske stabilnosti, X-inaktivacija i označavanja posebnim regulaciji ekspresije gena. Najčešće studirao epigenetičko fenomen je DNA metilacije, bitan regulator transkripcije i kromatina strukture. Poremećena DNA metilacije uzoraka u genetski osjetljivosti podlozi može biti povezana s povećanim rizikom od niza humanih poremećaja [6], [7], uključujući GC [8]. DNMT3A pregled koji sadrži DNMT3A1 pregled i DNMT3A2 pregled dva de novo
DNA methyltransferases igra ključnu ulogu u embrionalnom razvoju i abcrantnog metilacije DNA u karcinogeneze. Neki polimorfizmi DNMT3A
gena mogu regulirati ekspresiju gena, utječe na njegovu enzimsku aktivnost i mogu pridonijeti osjetljivost na rak. Akumulirani dokazi u molekularnoj genetici pokazuju da SNP u DNMT pregled gena povezane s osjetljivošću do raka [9], [10]. Nedavni napreduje u istraživanju genoma širom Association (GWAS) također su identificirane nove osjetljivosti SNP za GC, što je korisno za razumjeti temeljni mehanizam genetskih varijacija u razvoju GC [11] - [14]. Naša prethodna studija je otkrila funkcionalne SNP rs1550117 u DNMT3A pregled promotor koji može povećati transkripcijsku aktivnost i doprinos genetskoj predispoziciji za rak želuca u kineskoj populaciji [15], [16]. Pregled

GWAS je dala brojne SNP-ova povezanih s mnogo vrsta raka. U nekim slučajevima, više desetaka SNP-ova, pod nazivom tagSNPs koji predstavljaju SNP-ova u regiji genoma s visokim spojnici neravnoteže mogu identificirati genetske varijacije bez genotipa svakih SNP u kromosomske regije, pa tagSNPs su korisni u cijelog genoma studija SNP udruženja, kao što su rak prostate, dojke, jajnika, debelog crijeva i raka mozga [17] - [19]. U ovom istraživanju, izdvojili smo tagSNP rs7560488 iz HapMap baze podataka za kineski subjekti procijeniti povezanost između genetske varijante u DNMT3A1 pregled, promotor i želuca rizik od raka u kineskoj populaciji. Identificirali smo rizika povezanih s rs7560488 T >. C polimorfizma u DNMT3A1 pregled, promotor, a naš daljnji rad sugerira da je ova varijanta mogla mijenjati aktivnost promotora i uništiti sposobnost vezanja transkripcijskih faktora pregled

Materijali i metode

ispitanika pregled

ukupno 405 bolesnika s histološki potvrđenih karcinoma želuca i 408 raka bez kontrole su regrutirani u ovom case-control studija, te karakteristike slučajeva i kontrola detaljno su prikazani u tablici 1. Kućišta i kontrola su uskladiti prema dobi, spolu i odabrani su iz Prve SRODNE bolnici Nanjing Medical University. Svi uzorci su dobiveni uz pisanu suglasnost i analizirati anonimno. Ova studija je provedena uz odobrenje liječničkog etičkog povjerenstva Medicinskog fakulteta Sveučilišta u jugoistočnoj. Pregled

TagSNP Izbor i TF Binding Site predviđanju

Glavni hipoteza se temelji ovaj eksperiment je da postoji jedna ili više SNP u DNMT3A1 pregled regije promotora koji su povezani s rizikom od raka želuca. Ovisno o povezanost neravnoteže (LD), strukture u određenom lokusu, tagSNPs može biti surogati za mnoge tisuće drugih SNP. Mi pretpostaviti da su takvi tagSNPs su također vjerojatno označiti dosad identificiranih SNP-ova u DNMT3A1 pregled promotora. Dakle, odabrali smo SNP-ova u DNMT3A1 pregled promotorske regije s manje frekvencije alela (MAF) od > 5% iz oba HapMap i dbSNPs baza podataka. Za provedbu potencijalno funkcionalno izbor tagSNP, koristimo podatke iz Međunarodne HapMap i slobodno web-based tagSNP alata za odabir kako biste odabrali tagSNPs i koristiti algoritam TF-pretragu (http://mbs.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH~~HEAD=dobj .html) predvidjeti rs7560488 faktor transkripcije (TF) vezno mjesto. pregled

DNA Vađenje i HRM genotipa pregled

kako bi proučili DNMT3A1 pregled promotor tagSNP rs7560488, genomska DNA je izolirana iz 1 ml periferne krvi od bolesnika i zdravih pojedinaca i ekstrahira se iz bijelih krvnih stanica u roku od tjedan dana nakon uzimanja uzorka od digestije proteinazom K, kao što je prethodno opisano [20]. TagSNP rs7560488 je genotipiziran pomoću dsDNA boje LC Green u kombinaciji s visokom rezolucijom tališta (HRM) analize. U detalje, PCR primeri su dizajnirani od strane LightScanner primer dizajn softver (Idaho Technology) (naprijed primer: 5'-AGGCAGACACAAATGCATAAAT-3 ', zadnji primer: 5'-GTCATAAGTACAACCACCACCG-3') koji proizvod jednu 208 bp fragment. Svaki PCR reakcija inicijalno je izvršena u konačnom reakcijskom volumenu od 10 ul, koristeći 25 ng genomske DNA, 0,2 pmol svakog primera, 0.8 ul 2.5 mM dNTPs, 1 ul 25 mM MgCl _{2, 1 ul 10x Taq pufer s (NH4) 2SO 4, 0.4 u Taq DNA polimeraze (Fermantas), 1 ul 1X LC Green PLUS (Idaho Technology) i 0.4 ul dimetilsulfoksida (DMSO). Reakcijska smjesa se inkubira na 95 ° C 5 min i zatim podvrgnuta 40 ciklusa 95 ° C 30 sekundi, 57 ° C tijekom 30 s, te 72 ° C tijekom 30 sekundi, a zatim 72 ° C tijekom 7 minuta koristeći PTC-200 termalni ciklički (Bio-Rad). PCR reakcije su prenesene u 96-jažica (Bio-Rad) i analizirani na svjetlo skenera (Idaho Technology). Fluorescencije Podaci su prikupljeni tijekom temperaturnom rasponu od 70-97 ° C, a analiza krivulje taljenja provedena je prema softveru proizvođača. HRM mogao izravno diskriminiraju na heterozigot (TC) i homozigot (CC ili TT) genotipova tagSNP rs7560488 T &C kroz unosom taline. Nakon miješanja homozigotni DNA s jednakom količinom poznatih PCR produkata (npr CC), to dodatno razlikovati između CC i TT genotipova. Za dodatne potvrde, 5% od uzoraka iz svake skupine otkriven od strane HRM nasumično odabrani su i podvrgnuti DNA sekvenciranje da bi se osigurala pouzdanost i reproducibilnost. Pregled}

Izgradnja reporterskog plazmida Netlogu

Kako konstruirati DNMT3A1 tagSNP rs7560488 reporter plazmid, pojačavaju smo 948 bp fragment od 25422345 do 25422345 od DNMT3A1 pregled promotorska regija koja sadrži T i C alel od SNP pomoću PCR iz genomske DNA. Primeri korišteni za PCR povećavanje: (Forward: 5'-TACGCTAGCATACCAAGTCCCCATTCCCC-3 ', reverzna: 5'-GTATAAGCTTTCGGCTTCTACACCCCTCAC-3'). PCR produkti su subklonirani u Nhel i HindIII restrikcijska mjesta pGL3-Basic vektor (Promega, Madison, WI). Utvrdili smo sve rekombinantnih klonova DNA sekvenciranje. pregled

Prolazna Transformacija i dual luciferaze testu pregled

Ljudski rak želuca AGS i BGC-823 stanice (ATCC) uzgojene su u RPMI-1640 mediju uz dodatak 10 % fetalnog goveđeg seruma (FBS), i 1% otopina penicilin /streptomicina (10 000 U /mL i 10 mg /mL). AGS i BGC-823 stanice (1 × 10 ^{5) su posađene na ploče za uzgoj kulture s 24 jamice. Nakon 24 sata kulture AGS, BGC-823 stanice su bile transfektirane lipofektamin 2000 (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) s 0,8 mg svakog izgrađene vektora, ili s T alela ili C alel. Istovremeno, 10 ng pRL-TK plazmidi (Promega) po jažici je također transfektiran kao unutarnju kontrolu kod ispravljanje efikasnost transfekcije. Prije toga, stanice su nasađene na ploče s 24 bunarića preko noći da bi se osiguralo 90% do 95% konfluentnosti u vrijeme ubacivanja. Dvadeset i četiri sata nakon transfekcije, aktivnost luciferaze mjerena je Dual-Luciferase reporter Assay System (Promega, Madison, WI, USA) i izražena kao omjer luciferaze krijesnice za Renilla luciferaze aktivnosti. Sve stanice se rade po tri puta s istim uvjetima. Tri neovisna eksperimenta transfekcije su izvedene, i svaki luciferaze je provedeno u triplikatu. Pregled}

Shift Assay pokretljivosti (EMSA) pregled

5'-biotinom oligonukleotide duge 25 bp duljine dobivene od Beijing genomika institut (BGI). Oligo sekvence su rs7560488 [T] Naprijed: 5'-TAGTCAGACTCATAGAGACAGAAG-3 ', rs7560488 [T] Revers: 5'-CTTCTGTCTCTATGAGTCTGACTA-3'. rs7560488 [C] Naprijed: 5'-TAGTCAGACTCACAGAGACAGAAG-3 ', rs7560488 [C] Revers: 5'-CTTCTGTCTCTGTGAGTCTGACTA-3'. Za žarenje, koncentrira komplementarnih oligonukleotida je pomiješano u 1:01 molarnom odnosu i inkubira na 95 ° C 5 min, a zatim se postupno smanjuje tijekom nekoliko sati sve dok se oligonukleotidi dosegne sobnu temperaturu. Kali oligonukleotida su razrijeđene do konačne koncentracije od 10 fmol. Nuklearne proteini su iz BGC-823 stanice korištenjem NE-PERTM jezgri i u citoplazmi ekstrakcijskih reagensi (Pierce, rock-Ford, IL, USA) prema uputama proizvođača. LightShift kemiluminiscentne EMSA kit (Pierce /Thermo Fisher Scientific) je korišten u skladu s uputama proizvođača. Ukratko, vezne reakcije izvode se kao što slijedi: Ekstrakti jezgre (8 ug proteina) i 1 × puferom za vezanje s 2,5% glicerola, 5 mM MgCl2, 50 ng /jal poli (dI-dC), 0,05% NP-40, i 60 u fmol biotin-obilježenog rs7560488 T /C rs7560488 probe su inkubirani na ledu 30 minuta, u volumenu od 20 ul. Za proučavanje kompeticije, ekstrakti jezgre su inkubirani sa neobilježenom oligonukleotidom za 30 min prije dodavanja obilježenog oligonukleotida. Za supershift, AP-1 antitijelo je dodana (BOSTER, Kina). Kompleksi su razdvojeni elektroforezom na nativni 6% PAGE u 0,5 × TBE pufera pri 110 V. gelovi su prenesene u Biodyne B rezanih modificirane najlonsku membranu (Pierce /Thermo Fisher Scientific) primjenom trans-Blot SD polusuhe prijenosa stanice ( Bio-Rad Laboratories). Membrane su umreženi (UVC-508 UV cross-linker, Ultra LUM), a signal je otkriven sa sustavom kemiluminescentan detekcije (Pierce /Thermo Fisher Scientific) u skladu s uputama proizvođača.

Detekcija DNMT3A1 Transkripti kvantitativnom RT-PCR (Q-PCR) pregled

kako bi se dodatno otkriti povezanost između razine i rs7560488 polimorfizma DNMT3A1 mRNA, 44 želučani tkiva raka s različitih genotipova bili podvrgnuti ekstrakciji ukupne RNA pomoću Trizol reagensa ( invitrogen, Inc.). Razina DNMT3A1 mRNA mjerena je kvantitativno u realnom vremenu PCR nakon reverzne transkripcije na Prism 7900 stvarnog vremena PCR stroja (Applied Biosystems, Foster City, CA). β-aktin je korišten kao interni kvantitativne kontrole za svaki uzorak. Primeri korišteni za amplifikaciju DNMT3A1 su F: 5'-GAACAGAAGGAGACCAACATCGAA-3 'i R: 5'-GCGCTTGCTGATGTAGTAGGG-3'; prajmeri za p-aktin su F: 5'-GACCTCTATGCCAACACAGT-3 'i R: 5'-AGTACTTGCGCTCAGGAGGA-3'. Relativno kvantificiranje DNMT3A1 mRNA je izračunata primjenom metode 2-ΔΔCT, a svaki ispitivanje provedeno je u tri primjerka. Pregled

Statističke analize pregled

Svi podaci su analizirani s SPSS pregled verzije 13.0 (SPSS Inc., Chicago, IL, USA). Pacijenti i kontrole uspoređene su Student-a t pregled -test za kontinuirane varijable i hi-kvadrat (X2) Test za kategoričke varijable. Alel i frekvencije genotipova između kontrolnih i GC ispitanika dobivene su pomoću hi-kvadrat test, a standard dobrote-of-fit test je korišten za testiranje Hardy-Weinberg ravnoteže. P pregled vrijednost manja od 0,05 smatrala se statistički značajnom. Pregled

Rezultati

Karakteristike ispitanika pregled

raspodjelu čestina slučajevima i kontrole su prikazani su u tablici 1, nije bilo značajne razlike u frekvencijskim distribucijama između predmeta i kontrolne skupine (p = 0,243 za dob i P = 0,355 za seks). Prosječna bolesnika i kontrola bila je 59,8 godina (raspon 20~93 godina) i 60.6 godine (raspon 25~90 godina), respektivno. Nema značajne razlike u prosječnoj dobi i spolu, sugerirajući da odgovara na temelju tih dviju varijabli bila odgovarajuća. Pregled

Kandidat tagSNP Izbor i genotipa pregled

Među SNP kandidata u DNMT3A1
, usredotočili smo se na tagSNPs u promicatelj DNMT3A1 Netlogu i predvidjeti njihov potencijalni funkciju na obvezujućim transkripcijskih faktora koji utječu na kvalitativni i kvantitativni izraz DNMT3A1 pregled. Primijenili smo izbor tagSNP algoritam LD-based (r ^{2≥0.80, MAF≥5%), koji je identificirao dva tagSNPs predstavlja zajedničku genetsku varijaciju u kroničnog hepatitisa B stanovništva, uključujući i kandidata tagSNPsrs7560488 i rs1550117 koji je funkcionalni polimorfizam koji mijenja osjetljivost na rak želuca, što je potvrdio pred [15], [16]. TFSEARCH algoritam predvidjeti da rs7560488 T stvara vezno mjesto za AP-1 (slika 1). Uzorci za određivanje genotipa po HRM i sekvenciranje po ABI 3730 automatizirani sekvencer redom (slika 2) pregled}

TagSNP rs7560488 Varijanta T >. C u DNMT3A1 Promotor značajno povećava rizik od GC pregled

genotipa distribucija i alela frekvencije rs7560488 prikazani su u tablici 2. frekvencije genotipova u kontrolnoj grupi u dogovoru s modelom Hardy-Weinberg (P = 0,274). Kao što je prikazano u tablici 2, genotipske frekvencije rs7560488 su 68,9%, 27,4%, te 3,7% za TT, TC, a CC genotipa među predmetima i 79,9%, 18,4% i 1,7% kod kontrole, odnosno, razlika između predmeta i kontrola je statistički značajna (P 0,05). Osim toga, za T alel frekvencija bila je značajno niža kod slučajevima od kontrole (82,6% u odnosu na 89,2%, P = 0,000). Osim toga, u kombinaciji TC /CC genotipa frekvencija bila veća kod predmeta od kontrole (31,1% u odnosu na 20,1%, P = 0,002). Kada uzimanje TT genotip i T alel kao referenca, otkrili smo da su varijante genotipovi (TC i CC) bili su povezani s povećanim rizikom od GC (OR = 1.653, 95% CI = 1.194-2.287; P = 0,002). Slično tome, mi također primijetio da su C učestalosti alela bila je statistički značajno viša nego u kontrolnim (OR = 1.744, 95% CI = 1.310-2.321; P = 0,000). Uzeti zajedno, ovi podaci sugerirali da su genotipovi TC i CC povezane s genetskom sklonošću prema GC; DNMT3A pregled 1 rs7560488 T alela može biti potencijalni zaštitni alela. Nije bilo značajnijih različite frekvencije rs7560488 u GC na dobne skupine do 60 godina u odnosu na ≤60 godina (P = 0,756), a muškarci u odnosu na ženke (P = 0,459) (Tablica 3) pregled

Pojedinci Manje od. 60 godina bili su više osjetljiv na rak želuca s tagSNP rs7560488 varijanta T > C pregled

Dob i spol bili su važni čimbenici u tumorskom procesu karcinogeneze, uključujući rak želuca. Kada analize su stratificirani po dobi i spolu bolesnika, otkrili smo da je značajna povezanost primijetio, pojedinci koji nose TC /CC genotipova bile su povezane s genetskom sklonošću za GC, kako u muškoj i ženskoj grupi. Stoga rs7560488 C alel bio je značajno povećan rizični faktor u odnosu na T alela (Tablica 4). Daljnje raslojavanje ocjenjuje povezanost rs7560488 T &C s rakom želuca u različite dobi. TC /CC genotipova bile su povezane s genetskom sklonošću GC u rasponu dobi ≤60 godina (OR = 1,794; 95% CI = 1,118-2,877; P = 0,015), osim starijih od 60 godina, na sličan način, također je primijetio da u C učestalosti alela bila je statistički značajno viša nego u kontrolnim (OR = 1.720, 95% CI = 1.127-2.622; P = 0,011). Ovi rezultati sugeriraju da su genotipovi TC i CC povezane s genetskom osjetljivošću na GC, osobito kod osoba nema više od 60 godina (tablica 4) pregled

rs7560488 T >. C Varijanta utječe DNMT3A1 transkripcije Aktivnost pregled

Za procjenu biološke funkcionalni učinak rs7560488 polimorfizma na DNMT3A1 prepisivanje, konstruirali smo luciferaze vektore (pGL3), koje obuhvaćaju 4.389.823 na 4.390.770 baza iz DNMT3A1 pregled, promotor, bilo s divljim tipom (alela T) ili mutant tipa (C alel) i transfektirani ih u BGC-823, AGS stanica (Slika 3A). Kao što je prikazano na slici. 3B, utvrdili smo da je transkripcija aktivnost T alela bila je veća od C alela s približno 2 puta u gore dvije stanične linije, sugerirajući da rs7560488 T alela radio kao branitelj za rak želuca povećanjem transkripciju DNMT3A1
pregled

rs7560488 T >. C Varijante slabi Transkripcija Factor Affinity pregled

s obzirom na tagSNP rs7560488 nalazi se u DNMT3A1 pregled promotorske regije; smo pretpostavili da bi to moglo promijeniti vezivanje transkripcijski faktor (TF). Doista, koristeći algoritam TF-pretragu (www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html~~HEAD=dobj), predviđa se da rs7560488 T stvara TF vezanja za AP-1. Da bi se utvrdilo je li ovaj polimorfizam ima utjecaj na sposobnost vezanja transkripcijski faktor, proveli smo elektroforetsku testa pokretljivosti shift (EMSA) za analizu vezanja oligo sondi koje sadrže T ili C alel za nuklearne proteine ​​ekstrahirane iz AGS stanice. Kao što je prikazano na slici. 4A, specifična pomiče DNA /nuklearni protein kompleksa band je generiran C i u T alela sonde (Sl. 4A linije 2, 5). Međutim, T alela još uvijek nisu u potpunosti konkurentno inhibiran (Sl. 4A red 4), iako je promijenio bend je ukinuta od strane 50-puta neobilježenih C sondi (Sl. 4A stupac 1), što ukazuje da je aktivnost vezanja sekvencu koja sadrži rs7560488 T alela bila je jača u usporedbi s C alela i transkripcijski faktor možda imaju afinitet za vezanje na T alela, a ne C alela. Štoviše, super-EMSA korištenjem AP-1 antitijelo nije izazvao supershift biotin označena sonda /nuklearnih proteina (Sl. 4B traka 2, 5), što ukazuje da je AP-1 ne smiju na faktor transkripcije koji se veže na promotorske regije sadrži T ili C alel. Ovi rezultati pokazuju da rs7560488 C alel mogao smanjiti aktivnosti vezanja nuklearna proteina, iako je učinak ne utječe na faktor transkripcije AP-1. Pregled

pridruživanju između DNMT3A1rs7560488 polimorfizma i razine ekspresije DNMT3A1 pregled mRNA pregled

Četrdeset i četiri želučani tkiva raka s različitim genotipova DNMT3A1 rs7560488 su dostupne u ovoj studiji. Zbog niske učestalosti CC genotipa, dodaje se u uzorcima s TC genotipa za analizu. Kao što je prikazano na slici. 5, razina ekspresije DNMT3A1 mRNA bila je niža u osoba s TC ili CC genotipa nego u onih s TT genotip (p < 0,05) pregled

Rasprava

Genome-wide hypomethylation i promotor Hipermetilacija su. obilježja veliki izbor vrsta raka koji pridonose nastanku tumora i DNA metilacije igra ključnu ulogu u regulaciji ekspresije gena i održavanje genomske stabilnosti [21], [22]. DNA metilacije se izvodi DNA methyltransferases (DNMTs) DNMT1 pregled, DNMT3B pregled i DNMT3A pregled [23], [24]. de novo
methyltransferases DNMT3A pregled su vrlo izražen tijekom ranog embrionalnog razvoja i dolje regulirano u većini diferenciranim somatskih stanica [25]. Uloga DNMT3A pregled kod raka kod ljudi je istaknuo izvješća DNMT3A pregled mutacija u oko 20% bolesnika s akutnim mijeloične leukemije [26], [27]. Pojava ovih mutacija u korelaciji sa smanjenjem enzimske aktivnosti i genomskih regija s smanjen metilacije. DNMT3A pregled mutacije također su identificirani u 8% bolesnika s mijelodisplastični sindrom [28]. DNMT3A pregled također igra ključnu ulogu u epigenetičke odsutnost matičnih hematopoetskih stanica (HSC) regulatorni geni i omogućuje učinkovito diferencijaciju [29]. Pregled

DNMT3A pregled genomske lokus proizvodi dva transkripti zbog kojih su dva proteina, više DNMT3A1 pregled i kraći DNMT3A2 pregled, koji se razlikuju time što je 219-amino-kiseline amino (N) terminalnom rep je prisutan samo u DNMT3A1 pregled [30], [31]. N-terminalna domena DNMT3A1 Netlogu se zove "regulatorna" domenu, jer ne posjeduje enzimsku DNA-metiltransferaze aktivnost. Domena ne dijele značajnu homologiju s bilo kojim drugim poznatim proteinima. DNMT3A1 pregled je koncentrirana u heterokromatina, koji se smatra da je transkripcijski tih, a funkcionira primarno kao potiskivanjem transkripcije [30]. No, druga su istraživanja pokazala da je DNMT3A1 pregled je uspješno regrutiraju se s prigušivačem Oct3 /4 i aktivnim vitronektina (VTN) gena promotora putem svog jedinstvenog N-terminalne domene [32]. Pregled

On je izvijestio da genetske varijacije u DNMT3A pregled gena pridonijeti karcinogeneze posebno povezan s GC [15], [33] - [36]. Zatim se predlaže daljnja istraživanja odnosa između SNP i paralelno regulaciji svojih ciljnih gena. No, utvrđivanjem bioloških funkcija za svaku SNP često zahtijeva mnogo vremena, eksperimente molekularne biologije. Dakle, analizirajući veliki broj SNP-ova vezanih na bilo koji određeni lokus u praksi zahtijeva sustavnu procjenu bioinformatike i prioriteta suziti skup mogućih varijanti funkcionalnih kandidata. Budući da većina SNP u LD, studije udruga s haplotipom-based smatraju moćniji od jednog SNP analize identificirati kauzalne genetske varijante temeljne etiologije složenih bolesti poput raka [37], osim toga, korištenje tagSNPs koje bilježe većina haplotypic raznolikosti u studiju udruge je sugerirao [38]. Iako GWAS je dala brojne SNP-ova ili tagSNPs značajno povezane s rakom, većina tagSNPs nalaze se u non-protein kodiranje regije (među-i introna regije) te identificira njihove funkcionalne i /ili uzročno-posljedične varijante ima važnu ograničenje tumačenje podataka GWAS usprkos dodjeljivanje pretpostavljenu funkciju u mnogim drugim GWAS tagSNPs je bila uspješna samo kada je u redu mapiranje oko poznatog područja rizika provedena je [39]. - [41]

u ovom istraživanju, odabrali smo potencijalnog funkcionalne tagSNP rs7560488 koji mogu predstavlja SNP-ova u DNMT3A1 pregled promotor s visokim spojnici neravnoteže, moguće je identificirati genetske varijacije bez genotipa svaki SNP u DNMT3A1 pregled promotorske regije i poboljšanje učinkovitosti organizacije. Ustanovljeno je da se subjekti koji nose tagSNP rs7560488 TT genotipa izložene znatno smanjiti rizik od raka želuca u usporedbi s osobama s TC ili CC genotipa, što znači da alela T je zaštitni učinak potencijalno izložena ovom tagSNP. Osim toga, testovi se izvode pružila dodatne dokaze kojima se dokazuje da je TC i CC genotipa povezana sa smanjenom razine ekspresije DNMT3A1 pregled mRNA u želučanom tkivu raka, rezultati sugeriraju da je DNMT3A1 pregled tagSNP rs7560488 T >C polimorfizam može regulirati izražavanje DNMT3A1 pregled i time doprinijeti GC osjetljivosti. Ovi podaci također pokazuju da DNMT3A1 može igrati ulogu u progresiji karcinoma želuca, ali ovaj nalaz treba biti potvrđena od strane većeg studija populacije. Prema našim saznanjima, ovo je prvo izvješće i pokazuje da je DNMT3A1 pregled transkripcija je pod izravnim utjecajem funkcionalnih tagSNP rs7560488 u DNMT3A1 pregled promotorska regija i tagSNP rs7560488T &C je povezan sa značajno porastao rizik od GC. Dalje, proveli smo EMSA eksperiment za analizu biološke posljedice tagSNP rs7560488 polimorfizam u BGC-823 stanicama. I T alel i C alel probe pokazao dva gel-shift lanca, ali Kompeticijski pokusi su pokazali afinitet vezanja na proteina jezgre uz alel sonde varijanti T je bila veća od one viđene s C alel sonde pandana. Tako je poboljšana DNA-protein sposobnost T alela vezivanja može biti odgovoran za povećanu DNMT3A1 pregled aktivnosti promotora koji smo promatrali u našim promotorske testovima. Super EMSA eksperiment koristi AP-1 antitijela nisu dobili pomak super-gel pokazala da faktori transkripcije AP-1 ne može uključiti u formiranju kompleksa transkripcijskih na rs7560488 stranice tagSNP. Još jedan roman rezultat proizlazi iz povezanosti dobi i rs7560488 T &C polimorfizma u stratificiranom analiza implicira da je manje od 60 godina bili su više osjetljivi na rak želuca s tagSNP rs7560488 T > C. Vrlo je vjerojatno da DNMT3A1 pregled utječe na transkripciju specifičnih gena posebno i promjene određenih gena povećavaju rizik od GC. Ti rezultati također pokazuju da je jači faktor rizika za GC je tagSNP rs7560488 T &C, osobito u mladoj dobi pregled

Sve u svemu, ova studija pruža prvi mehanicističko uvid u to kako to novim funkcionalnim tagSNP rs7560488 T >. C varijanti je statistički značajno povezana s rizikom od raka želuca u kineskoj populaciji. Otkrili smo da je V za promjenu C bitno promijenjeni transkripcijsku aktivnost DNMT3A1 pregled gena putem utjecanja vezanje nekih transkripcijskih čimbenika i tako mijenjati DNMT3A1 razina ekspresije, iako definitivno transkripcijskih faktora i dalje biti uspostavljena. Naši rezultati pružaju uvid da DNMT3A1 pregled promotor rs7560488 T >. C varijanta je obećavajući biomarker za procjenu populacije osjetljiv na GC i dati vrijedne informacije za daljnje istraživanje u želučanom patogenezi raka pregled

Izvori

zahvaljujemo profesoru Yaping Wang, dr Zhenming Cai, Lili CaO (Sveučilište Nanjing, Nanjing, Kina) i Zhenghao Zhang (Southeast University, Nanjing, Kina) za HRM genotipizacija. pregled

• PLoS ONE: Co-Dostava doksorubicin i SATB1 shRNA by Thermosensitive Magnetic kationski liposoma za rak želuca Therapy
• PLoS ONE: Kliničko i prognostički značaj HIF-1 a, PTEN, CD44v6 i survivina za rak želuca: Meta-Analysis