de -3A Résumé
ADN-méthyltransférase (DNMT) qui contient DNMT3A1 Citation:. Wu H, Zhang K, P Gong, Qiao F, Wang L, Cui H, et al. (2014) A Novel Functional TagSNP Rs7560488 dans le DNMT3A1 promoteur est associé à la susceptibilité au cancer gastrique par modulant Promoteur Activité. PLoS ONE 9 (3): e92911. doi: 10.1371 /journal.pone.0092911 Editeur: Xin-Yuan Guan, l'Université de Hong Kong, la Chine Reçu le 22 Décembre 2013; Accepté le 27 Février 2014; Publié le 25 Mars, 2014 Droit d'auteur: © 2014 Wu et al. Ceci est un article en accès libre distribué sous les termes de la licence Creative Commons Attribution, qui permet une utilisation sans restriction, la distribution et la reproduction sur tout support, à condition que l'auteur et la source originelle sont crédités Financement:. Ce travail a été soutenu par la national science Foundation naturel de Chine (Grant No. 81171915 et n ° 91229107) et la recherche scientifique et plan d'innovation pour les diplômés de la province du Jiangsu, en Chine (Grant No. CXZZ13_0082) College. Les bailleurs de fonds ont joué aucun rôle dans la conception de l'étude, la collecte et l'analyse des données, la décision de publier, ou de la préparation du manuscrit Intérêts concurrents:.. Les auteurs ont déclaré aucun conflit d'intérêts existent Introduction le cancer gastrique est l'une des tumeurs malignes les plus courantes en Chine, en particulier dans la province du Jiangsu avec un taux élevé d'incidence et de mortalité [1], [2]. Elle peut se propager à travers l'estomac et à d'autres organes, y compris l'œsophage, les poumons, les ganglions lymphatiques ou le foie. Par conséquent, le cancer gastrique est la deuxième cause de décès liés au cancer dans le monde [3]. Compte tenu de l'efficacité thérapeutique, la résection chirurgicale peut être un traitement curatif primaire stade plus précoce des patients du GC [4]. Malheureusement, la plupart des patients atteints d'un cancer de l'estomac sont détectés à un stade avancé, période pendant laquelle la tumeur est opérable plus. En outre, la rechute après la chirurgie est un autre événement terrible pour un taux de survie à 5 ans pauvres. Considérant les patients atteints de cancer gastrique avancé ou récurrent, il ne fait aucun doute que la découverte de biomarqueurs et de leur application accompagnés de diagnostic traditionnel pourrait être une indication précieuse et une aide étendue à formuler la stratégie de prévention et de traitement. Cependant, jusqu'à présent, peu de biomarqueurs mesurables pour prédire la récidive GC ont été identifiés. tumorigenèse est connu pour être un processus en plusieurs étapes, qui est le résultat non seulement des altérations génétiques mais aussi des changements épigénétiques [5]. Méthylation de l'ADN est une forme majeure de modification épigénétique et joue un rôle essentiel dans le développement, la différenciation, la stabilité génomique, X-inactivation et imprinting par règlement spécifique de l'expression des gènes. Le phénomène épigénétique le plus souvent étudié est la méthylation de l'ADN, un régulateur essentiel de la structure de la transcription et de la chromatine. motifs aberrants de méthylation d'ADN dans un fond génétiquement sensibles peuvent être associés à un risque accru d'une série de troubles de l'homme [6], [7], y compris GC [8]. Dnmt3a GWAS a donné de nombreux SNP associés à de nombreux cancers. Dans certains cas, des dizaines de SNP, appelés tagSNPs qui représentent les SNP dans une région du génome de déséquilibre élevée de liaison peuvent identifier les variations génétiques sans génotypage tous les SNP dans une région chromosomique, de sorte tagSNPs sont utiles dans des études d'association SNP du génome entier, tel que cancers de la prostate, du sein, de l'ovaire, colorectal et du cerveau [17] - [19]. Dans la présente étude, nous avons sélectionné un TagSNP rs7560488 de la base de données HapMap pour les sujets chinois pour évaluer les associations entre les variants génétiques dans DNMT3A1 de promoteur et le risque de cancer gastrique dans une population chinoise. Nous avons identifié un risque associé à rs7560488 T >. C polymorphisme dans le DNMT3A1 de promoteur, et la poursuite de notre travail a suggéré que cette variante pourrait modifier l'activité de promoteur et de détruire la capacité de liaison des facteurs de transcription Matériels et méthodes Sujets d'étude Un total de 405 patients avec histologiquement confirmé le cancer gastrique et 408 témoins sans cancer ont été recrutés dans cette étude cas-témoins, et les caractéristiques des cas et des témoins sont détaillés dans le tableau 1. les cas et les témoins ont été appariés selon l'âge, le sexe et ont été sélectionnés à partir du premier hôpital affilié de l'Université médicale de Nanjing. Tous les échantillons ont été obtenus avec le consentement écrit et analysé de manière anonyme. Cette étude a été réalisée avec l'approbation du comité d'éthique médicale de l'école médicale de l'Université du Sud-Est. L'hypothèse sous-jacente principale cette expérience était qu'il ya un ou de plusieurs SNP dans les régions du promoteur du DNMT3A1 de qui sont associées au risque de cancer gastrique. Selon le déséquilibre de liaison (LD) Structure à un locus particulier, tagSNPs peuvent être des substituts pour des milliers d'autres SNP. Nous postulons que ces tagSNPs sont également susceptibles de marquer des SNP identifiés jusqu'à présent dans le promoteur Extraction ADN et HRM génotypage pour étudier le promoteur de rs7560488 TagSNP de DNMT3A1, l'ADN génomique a été isolé à partir 1 ml de sang périphérique provenant de patients et d'individus sains et on a extrait des globules blancs au sein d'une semaine après le prélèvement de l'échantillon par la proteinase K digestion comme décrit précédemment [20]. rs7560488 TagSNP a été génotypés en utilisant le colorant dsDNA LC vert en combinaison avec haute résolution de fusion (HRM) analyse. Dans le détail, les amorces de PCR ont été conçues par le logiciel de conception d'amorce LightScanner (Idaho Technology) (d'amorce sens: 5'-AGGCAGACACAAATGCATAAAT-3 '; amorce inverse: 5'-GTCATAAGTACAACCACCACCG-3'), qui produit un seul fragment de 208 pb. 2, 1 ul de 10 x tampon Taq chaque réaction de PCR a d'abord été réalisée dans un volume réactionnel final de 10 ul, en utilisant 25 ng d'ADN génomique, 0,2 pmol de chaque amorce, 0,8 pi de 2,5 mM de dNTP, 1 pl mM MgCl 25 avec (NH4) 2SO 4, 0,4 U Taq DNA Polymerase (Fermentas), 1 pl 1X LC vert PLUS (Idaho Technology) et 0,4 ul de diméthylsulfoxyde (DMSO). Le mélange réactionnel a été mis à incuber à 95 ° C pendant 5 min et ensuite soumis à 40 cycles de 95 ° C pendant 30 s, 57 ° C pendant 30 secondes et 72 ° C pendant 30 secondes, suivi par 72 ° C pendant 7 min à l'aide un cycleur thermique PTC-200 (Bio-Rad). Les réactions de PCR ont été transférées dans des plaques à 96 puits (Bio-Rad) et analysé sur le scanner la lumière (Idaho Technology). les données de fluorescence ont été recueillies sur une plage de température de 70-97 ° C et l'analyse de courbe de fusion a été réalisée selon le logiciel du fabricant. HRM pourrait directement discriminer la hétérozygote (TC) et homozygote génotypes de TagSNP rs7560488 T >(CC ou TT); C par balayage à l'état fondu. Après avoir mélangé l'ADN homozygote avec une quantité égale de produits de PCR connus (par exemple, CC), il distingue en outre entre la CC et les génotypes TT. Pour une confirmation supplémentaire, 5% des échantillons de chaque groupe détecté par HRM ont été choisis au hasard et soumis à un séquençage d'ADN pour assurer la fiabilité et la reproductibilité. Pour construire le DNMT3A1 TagSNP rs7560488 plasmide rapporteur, nous avons amplifié le fragment de 948 pb 25.422.345 à 25.422.345 de région promotrice de DNMT3A1, qui contient du T et l'allèle C du SNP par PCR à partir d'ADN génomique. Les amorces utilisées pour les amplifications PCR étaient les suivantes: (avant: 5'-TACGCTAGCATACCAAGTCCCCATTCCCC-3 ', inverse: 5'-GTATAAGCTTTCGGCTTCTACACCCCTCAC-3'). Les produits de PCR ont été sous-clonés dans les sites de restriction Nhel et HindIII du vecteur pGL3-Basic (Promega, Madison, WI). Nous avons vérifié tous les clones recombinants par séquençage d'ADN. AGS du cancer gastrique humain et BGC-823 Les cellules de dosage à double rapporteur de luciférase (ATCC) ont été cultivées dans un milieu RPMI-1640 supplémenté avec 10 % de sérum bovin fœtal (FBS) et d'une solution de pénicilline /streptomycine à 1% (10 000 U /ml et 10 mg /mL, respectivement). AGS et BGC-823 cellules (1 x 10 5) ont été ensemencées dans des plaques de culture 24 puits. Après 24 heures de culture, AGS, BGC-823 cellules ont été transfectées par Lipofectamine 2000 (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) avec 0,8 mg de chaque vecteur construit, soit avec l'allèle T ou allèle C. En même temps, 10 ng plasmides pRL-TK (Promega) par puits a également été transfectées comme un contrôle interne pour corriger l'efficacité de transfection. Avant elle, les cellules ont été ensemencées sur des plaques à 24 puits pendant une nuit pour assurer 90% -95% de confluence au moment de la transfection. Vingt-quatre heures après la transfection, l'activité luciférase a été mesurée par le Dual-Luciferase Système Reporter Assay (Promega, Madison, WI, USA) et exprimé par le rapport de Firefly luciférase Renilla activités luciférase. Toutes les cellules ont été réalisées en triple exemplaire, avec les mêmes conditions. Trois expériences de transfection indépendantes ont été réalisées, et chaque essai luciférase a été réalisée en triple. Les oligos 5'-biotinylé 25 pb de longueur ont été obtenus à partir de Beijing Genomics Institute (BGI). séquences Oligo étaient rs7560488 [T] Forward: 5'-TAGTCAGACTCATAGAGACAGAAG-3 ', rs7560488 [T] Revers: 5'-CTTCTGTCTCTATGAGTCTGACTA-3'. rs7560488 [C] Forward: 5'-TAGTCAGACTCACAGAGACAGAAG-3 ', rs7560488 [C] inverse: 5'-CTTCTGTCTCTGTGAGTCTGACTA-3'. Pour le recuit, concentrées oligonucléotides complémentaires ont été mélangés à un rapport molaire 01:01 et incubées à 95 ° C pendant 5 min, puis progressivement réduit au cours des heures jusqu'à ce que les oligonucléotides ont atteint la température ambiante. oligos annelés ont été dilués à une concentration finale de 10 fmoles. protéines nucléaires ont été extraites de BGC-823 cellules en utilisant les NE-PERTM nucléaires et cytoplasmiques extraction Réactifs (Pierce, Rock-ford, IL, USA) selon les instructions du fabricant. Le kit LightShift chimioluminescente EMSA (Pierce /Thermo Fisher Scientific) a été utilisé conformément aux instructions du fabricant. En bref, les réactions de liaison ont été effectuées comme suit: les extraits nucléaires (8 pg de protéine) et 1 x tampon de liaison avec 2,5% de glycerol, 5 mM de MgCl2, 50 ng /poly ul (dl-dC), 0,05% de NP-40 et 60 fmoles de sondes rs7560488 C T /rs7560488 marqués à la biotine ont été mises en incubation sur de la glace pendant 30 minutes dans un volume de 20 ul. Pour les études de compétition, des extraits nucléaires ont été incubés avec l'oligonucléotide non marqué pendant 30 minutes avant l'addition de l'oligonucléotide marqué. Pour un supershift, AP-1 anticorps a été ajouté (BOSTER, Chine). Des complexes ont été séparés par électrophorèse sur native 6% PAGE dans un tampon TBE 0,5X à 110 V. Gels ont été transférés à des membranes Biodyne B prédécoupées modifiés nylon (pierce /Thermo Fisher Scientific) en utilisant une cellule de transfert semi-sec Trans-Blot SD ( Bio-Rad Laboratories). Les membranes ont été réticulés (UVC-508 Cross-de linker UV, Ultra LUM) et le signal a été détecté avec un système de détection chimioluminescent (Pierce /Thermo Fisher Scientific) selon les instructions du fabricant. pour détecter en outre la corrélation entre les niveaux d'ARNm et DNMT3A1 rs7560488 polymorphisme, les 44 tissus de cancer gastrique avec différents génotypes ont été soumis à une extraction de l'ARN total en utilisant le réactif Trizol ( Invitrogen, Inc.). Le niveau DNMT3A1 ARNm a été mesurée par PCR quantitative en temps réel après transcription inverse sur une 7900 machine de PCR en temps réel Prism (Applied Biosystems, Foster City, CA). β-actine a été utilisée en tant que contrôle interne quantitatif pour chaque échantillon. Les amorces utilisées pour l'amplification étaient DNMT3A1 F: 5'-GAACAGAAGGAGACCAACATCGAA-3 'et R: 5'-GCGCTTGCTGATGTAGTAGGG-3'; les amorces pour la β-actine F étaient: 5'-GACCTCTATGCCAACACAGT-3 'et R: 5'-AGTACTTGCGCTCAGGAGGA-3'. quantification relative de DNMT3A1 ARNm a été calculé en utilisant la méthode 2-ΔΔCT, et chaque essai a été effectuée en triple. Analyses statistiques Toutes les données ont été analysées avec SPSS version Caractéristiques des sujets d'étude Les distributions de fréquence des cas et des témoins sont présentés dans le tableau 1, il n'y avait pas de différence significative dans les distributions de fréquences entre les cas et les témoins (P = 0,243 pour l'âge et P = 0,355 pour le sexe). La moyenne des patients et des contrôles était de 59,8 ans (extrêmes 20~93 ans) et 60,6 ans (extrêmes 25~90 ans), respectivement. Aucune différence significative n'a été observée dans l'âge moyen et le sexe, ce qui suggère que l'appariement basé sur ces deux variables était adéquat. Parmi les SNPs candidats dans DNMT3A1 TagSNP rs7560488 Variant T >. C en DNMT3A1 promoteur augmente significativement le risque de Les distributions de génotypes de GC et la fréquence des allèles de rs7560488 sont présentés dans le tableau 2. les fréquences des génotypes dans les contrôles étaient en accord avec le modèle de Hardy-Weinberg (P = 0,274). Comme on le voit dans le tableau 2, les fréquences des génotypes de rs7560488 sont 68,9%, 27,4% et 3,7% pour le TT, TC et CC génotypes parmi les cas et de 79,9%, 18,4% et 1,7% chez les témoins, respectivement, la différence entre les cas et les témoins a été statistiquement significative (P < 0,05). En outre, la fréquence de l'allèle T était significativement plus faible chez les cas que chez les témoins (82,6% contre 89,2%, p = 0,000). En outre, la fréquence du génotype TC /CC combiné était plus élevée chez les cas que chez les témoins (31,1% contre 20,1%, p = 0,002). Lors de la prise génotype TT et allèle T comme référence, nous avons constaté que les génotypes variants (TC et CC) ont été associés à un risque accru de GC (OR = 1,653, IC à 95% = 1,194 à 2,287; P = 0,002). De même, nous avons également observé que les fréquences des allèles C était statistiquement significativement plus élevé que les témoins (OR = 1,744, IC à 95% = 1.310-2.321; P = 0,000). Pris ensemble, ces données suggèrent que les TC et CC génotypes ont été associés à la susceptibilité génétique à la GC; Dnmt3a Particuliers Moins. 60 ans étaient plus sensibles au cancer gastrique avec TagSNP rs7560488 Variant T > C L'âge et le sexe étaient des facteurs importants dans la carcinogenèse de la tumeur, y compris le cancer gastrique. Lorsque les analyses ont été stratifiées par l'âge et le sexe des patients, nous avons constaté que l'association significative a été observée, les individus porteurs de TC /CC génotypes ont été associés à la susceptibilité génétique à la fois GC chez le mâle et le groupe féminin. Par conséquent, rs7560488 allèle C était un facteur de risque augmenté de façon significative par rapport à l'allèle T (tableau 4). Une stratification supplémentaire a évalué l'association de rs7560488 T > C avec cancer de l'estomac dans les différents âges. TC /CC génotypes ont été associés à la susceptibilité génétique à la GC à la tranche d'âge ≤60 ans (OR = 1,794, IC à 95% = 1,118 à 2,877; P = 0,015) autre que plus de 60 ans, de même, nous avons également observé que le C les fréquences des allèles était statistiquement significativement plus élevé que les témoins (OR = 1,720, IC à 95% = 1.127-2.622; P = 0,011). Ces résultats suggèrent que les TC et CC génotypes ont été associés à la susceptibilité génétique à la GC, en particulier chez les individus pas plus de 60 ans (tableau 4) Le rs7560488 T >. C Variant Affecte DNMT3A1 transcriptionnelle Activité Pour évaluer l'effet biologique fonctionnelle du polymorphisme rs7560488 sur DNMT3A1 transcription, nous avons construit des vecteurs rapporteurs de luciférase (pGL3), enjambant le 4389823 à 4390770 base à partir de DNMT3A1 de promoteur, soit de type sauvage (allèle T) ou mutante de type (C allélique) et transfecté dans les BGC-823, les cellules AGS (figure 3A). Comme on le voit sur la Fig. 3B, nous avons constaté que l'activité de transcription de l'allèle T était plus élevé que l'allèle C avec un environ 2 fois au-dessus de deux lignées cellulaires, suggérant que rs7560488 T allèle a travaillé en tant que défenseur de cancer gastrique en augmentant la transcription de DNMT3A1 le rs7560488 T >. C Variant Atténue transcription Factor Affinity Compte tenu de rs7560488 TagSNP est situé dans le em> région promotrice Quarante-quatre tissus de cancer gastrique avec différents génotypes de rs7560488 de DNMT3A1 étaient disponibles dans notre étude. En raison de la basse fréquence du génotype CC, on a ajouté dans les échantillons avec le génotype CT pour l'analyse. Comme on le voit sur la Fig. 5, les niveaux d'ARNm DNMT3A1 d'expression était plus faible chez les personnes avec le génotype CT ou CC que dans ceux avec le génotype TT (P < 0,05) Discussion échelle du génome hypométhylation et promoteur hyperméthylation sont. caractéristiques d'une grande variété de cancers qui contribuent à la tumorigenèse et méthylation de l'ADN joue un rôle clé dans la régulation de l'expression génique et le maintien de la stabilité génomique [21], [22]. Méthylation de l'ADN est effectuée par méthyltransférases d'ADN (DNMTs) DNMT1 Le Dnmt3a Il a été rapporté que les variations génétiques dans le Dnmt3a Dans la présente étude, nous avons sélectionné un putatifs rs7560488 de TagSNP fonctionnel qui peut représenter SNPs du DNMT3A1 de promoteur avec déséquilibre élevé de liaison, il est possible d'identifier les variations génétiques sans génotypage chaque SNP dans région du promoteur Pris ensemble, cette étude fournit la première vision mécaniste de la façon dont ce roman rs7560488 de TagSNP fonctionnels T >. C variante est significativement associée à un risque de cancer gastrique dans une population chinoise. Nous avons trouvé que le T au changement C a modifié substantiellement l'activité transcriptionnelle de gène DNMT3A1 de via influencer la liaison de certains facteurs de transcription et donc de modifier le niveau d'expression de DNMT3A1, bien que des facteurs de transcription précis reste à établir. Nos résultats fournissent un aperçu que DNMT3A1 Remerciements Nous remercions le professeur Wang Yaping, le Dr Cai Zhenming, Lili Cao (Université de Nanjing, Nanjing, Chine) et Zhenghao Zhang (Université du Sud-Est, Nanjing, Chine) pour HRM génotypage.
et les isoformes DNMT3A2 de ont été proposées à jouer un rôle crucial dans la carcinogenèse et a montré une expression aberrante dans la plupart des cancers. preuves accumulées indiquent également que des polymorphismes de nucléotides simples (SNP) dans les gènes DNMT ont été associés à la susceptibilité à diverses tumeurs. Nous émettons l'hypothèse que les variants génétiques dans la région du promoteur de DNMT3A1 sont associés à un risque de cancer de l'estomac. Nous avons sélectionné les tagSNPs de la base de données HapMap pour les Chinois et génotypage dans une étude cas-témoins pour évaluer l'association avec le cancer gastrique (GC) dans une population chinoise. Nous avons déterminé que les rs7560488 de TagSNP fonctionnels T > C associé à un risque significativement accru de GC. In vitro
analyse fonctionnelle par dosage rapporteur de la luciférase et l'EMSA a indiqué que le rs7560488 TagSNP T > C modifier sensiblement l'activité transcriptionnelle de DNMT3A1
gène via influencer la liaison de certains facteurs de transcription, bien que la transcription définitive facteur reste à établir. Par rapport aux homozygotes TT, les sujets qui étaient hétérozygotes TC et CC homozygotes présentaient une expression réduite de DNMT3A1
. En outre, une analyse stratifiée a montré que les personnes qui hébergent TC ou CC génotypes âgés de moins de 60 ans étaient plus sensibles à la GC. Nos résultats suggèrent que les variations génétiques dans le promoteur DNMT3A1 de contribuer à la sensibilité à la GC et fournissent également un aperçu que rs7560488 TagSNP T > C peut être un biomarqueur prometteur pour prédire GC susceptibilité génétique et une information précieuse en GC pathogenèse
qui contient DNMT3A1
et DNMT3A2
sont deux de novo
ADN méthyltransférases joue un rôle crucial dans le développement embryonnaire et aberrante méthylation de l'ADN dans la cancérogenèse. Certains polymorphismes du Dnmt3a
gène peuvent réguler l'expression génique, influencer son activité enzymatique et peuvent contribuer à la susceptibilité au cancer. preuves accumulées en génétique moléculaire indiquent que SNP dans DNMT
gènes sont associés à la susceptibilité au cancer [9], [10]. Des progrès récents dans l'étude du génome association (GWAS) ont également été identifiés nouveaux SNPs de susceptibilité pour GC, qui est utile pour comprendre le mécanisme sous-jacent des variations génétiques dans le développement du GC [11] - [14]. Notre étude précédente a trouvé un SNP rs1550117 fonctionnels dans promoteur Dnmt3a de qui peut augmenter son activité transcriptionnelle et contribuer à la susceptibilité génétique au cancer gastrique dans une population chinoise [15], [16].
TagSNP de sélection et le TF Binding Site Prediction
DNMT3A1. Ainsi, nous avons sélectionné les SNP dans le région promotrice DNMT3A1
avec une fréquence de l'allèle mineur (MAF) de > 5% des deux bases de données HapMap et dbSNPs. Pour mettre en œuvre la sélection de TagSNP potentiellement fonctionnelle, nous utilisons les données de l'international HapMap et les TagSNP outils de sélection librement sur le Web pour sélectionner tagSNPs, et utiliser l'algorithme TF-recherche (http://mbs.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH .html) pour prédire le facteur de transcription rs7560488 (TF) du site de liaison.
Construction du plasmide rapporteur luciférase
Transfection transitoire et
mobilité électrophorétique Maj Assay (EMSA)
Détection de DNMT3A1 Transcriptions par RT-PCR quantitative (Q-PCR)
13.0 (SPSS Inc., Chicago, IL, USA). Les patients et les contrôles ont été comparés à l'aide de l'étudiant t
-test pour les variables continues et chi-carré (χ2) test pour les variables catégorielles. Fréquences alléliques et génotypiques entre sujets témoins et GC ont été obtenus en utilisant le test du chi-carré, et le test standard de qualité d'ajustement a été utilisé pour tester l'équilibre de Hardy-Weinberg. A P
valeur inférieure à 0,05 a été considérée comme statistiquement significative.
Résultats
Candidat TagSNP Sélection et génotypage
, nous nous sommes concentrés sur les tagSNPs dans le promoteur de DNMT3A1
et prédit leur fonction potentiel sur la liaison des facteurs de transcription, qui affectent l'expression qualitative et quantitative de la DNMT3A1
. Nous avons appliqué un algorithme de sélection de TagSNP basée LD-(r 2≥0.80, MAF≥5%), qui ont identifié deux tagSNPs représentant la variation génétique commune dans la population CHB, y compris le candidat tagSNPsrs7560488 et rs1550117 qui est un polymorphisme fonctionnel qui modifie la susceptibilité au cancer de l'estomac, nous a confirmé avant [15], [16]. TFSEARCH algorithme prédit que rs7560488 T crée un site de liaison pour l'AP-1 (figure 1). Les échantillons pour le génotypage par HRM et le séquençage par ABI 3730 séquenceur automatisé respectivement (figure 2)
1 rs7560488 T allèle peut être un allèle protecteur putatif. Il n'y avait pas de fréquences importantes différentes de rs7560488 en GC à la tranche d'âge > 60 ans par rapport à ≤60 ans (P = 0,756), et mâle et femelles (P = 0,459) (tableau 3)
Association entre DNMT3A1rs7560488 Polymorphisme et les niveaux d'expression de DNMT3A1
ARNm
, DNMT3B
et Dnmt3a
[23], [24]. Le de novo
méthyltransférases Dnmt3a
sont fortement exprimés au cours du développement embryonnaire précoce et régulée à la baisse dans les cellules somatiques les plus différenciées [25]. Le rôle de Dnmt3a
dans le cancer humain a été mis en évidence par les rapports de Dnmt3a
mutations dans environ 20% des patients atteints de leucémie myéloïde aiguë [26], [27]. La présence de ces mutations corrélées avec l'activité enzymatique réduite et des régions génomiques avec une diminution de la méthylation. Les mutations de Dnmt3a ont également été identifiés chez 8% des patients atteints du syndrome myélodysplasique [28]. Dnmt3a
joue également un rôle essentiel dans le silence épigénétique des cellules souches hématopoïétiques (HSC) des gènes de régulation et permettant la différenciation efficace [29].
locus génomique produit deux transcriptions donnant lieu à deux protéines, plus DNMT3A1
et la plus courte DNMT3A2
, qui diffèrent en ce qu'un amino 219-amino-acide (N) -terminale queue est présent seulement dans DNMT3A1
[30], [31]. Le domaine N-terminal de DNMT3A1
est appelé un domaine «réglementaire» parce qu'il ne possède pas d'activité ADN méthyltransférase enzymatique. Ce domaine ne partage pas d'homologie significative avec une autre protéine connue. DNMT3A1
est concentrée dans hétérochromatine, qui est considéré comme transcriptionnellement silencieux et fonctionne principalement comme une répression de la transcription [30]. Mais d'autres recherches ont montré que DNMT3A1
a été efficacement recruté à l'Oct3 /4 et activé vitronectine taire (VTN) promoteurs de gènes via son domaine unique de N-terminal [32].
gène contribuent à la carcinogenèse en particulier associé à GC [15], [33] - [36]. Puis, poursuite de l'exploration de la relation entre les SNP et la régulation de la traduction à ses gènes cibles est proposé. Mais, détermination de la fonction biologique pour chaque SNP, des expériences nécessite souvent chronophages biologie moléculaire. Ainsi, l'analyse des grands SNPs numériques liés à un locus particulier dans la pratique nécessite une évaluation systématique de la bioinformatique et la priorisation pour affiner l'ensemble des variantes de candidats fonctionnels probables. Parce que la plupart des SNP sont en LD, les études d'association à base haplotype sont considérés comme plus puissant que la seule analyse SNP pour identifier les variants génétiques causales sous-tendent l'étiologie des maladies complexes comme le cancer [37], en outre, l'utilisation de tagSNPs que la capture la majeure partie de la diversité des haplotypes dans les études d'association a été suggéré [38]. Bien que GWAS a donné de nombreux SNP ou tagSNPs significativement associés au cancer, la plupart des tagSNPs se trouvent dans les régions non codantes de protéines (intergénique et les régions d'introns), l'identification de leurs variantes fonctionnelles et /ou de cause à effet a une limitation importante de données GWAS interprétation malgré attribuer une fonctionnalité putative à beaucoup d'autres GWAS tagSNPs n'a réussi quand cartographie fine autour d'une région connue des risques a été réalisée [39] - [41].
DNMT3A1 et d'améliorer l'efficacité de l'association. Nous avons observé que les sujets porteurs TagSNP génotypes rs7560488 TT exposés réduit significativement le risque de cancer gastrique par rapport aux personnes avec TC ou génotype CC, indiquant que l'allèle T est un effet protecteur potentiellement exposé par ce TagSNP. De plus, les essais que nous avons effectués ont fourni des preuves en outre démontrer que le génotype de TC et CC associée à une diminution des niveaux de d'expression DNMT3A1
ARNm dans les tissus de cancer gastrique, les résultats suggèrent que la DNMT3A1
TagSNP rs7560488 T > C polymorphisme peut réguler l'expression de DNMT3A1
et contribuer ainsi à GC sensibilité. Ces données ont également indiqué que DNMT3A1 peut jouer un rôle dans la progression du cancer de l'estomac, mais ces résultats doivent être confirmés par une étude plus importante de la population. A notre connaissance, ce rapport est le premier et démontre que le DNMT3A1
transcription est directement influencée par rs7560488 de TagSNP fonctionnels de promoteur de région et le TagSNP rs7560488T >DNMT3A1; C a été associée à une augmentation significative risque de GC. Ensuite, nous avons effectué une expérience EMSA pour analyser les conséquences biologiques de TagSNP rs7560488 polymorphisme BGC-823 cellules. Tant l'allèle T et les sondes de l'allèle C a montré deux bandes de gel-quarts, mais des expériences de compétition ont montré l'affinité de liaison aux protéines nucléaires par la variante T de la sonde allèle était supérieure à celle observée avec l'homologue de la sonde allèle C. Donc, la capacité de liaison à l'ADN allèle T-protéine améliorée peut être responsable de l'activité du promoteur de l'augmentation DNMT3A1 que nous avons observé dans nos essais de promoteur. expérience Super-EMSA utilisé AP-1 anticorps pas eu un changement super-gel a indiqué que les facteurs de transcription AP-1 ne peut pas impliquer dans la formation de complexes de transcription sur le site de rs7560488 TagSNP. Un autre résultat roman vient de l'association entre l'âge et rs7560488 T > C polymorphisme dans une analyse stratifiée implique que moins de 60 ans étaient plus sensibles au cancer gastrique avec rs7560488 TagSNP T > C. Il est probable que DNMT3A1
affecte la transcription de gènes spécifiques en particulier et des changements dans certains gènes augmentent le risque de GC. Ces résultats montrent également que le facteur de risque plus forte pour GC est rs7560488 TagSNP T > C, en particulier dans le jeune âge
promoteur rs7560488 T >. C variation est un biomarqueur prometteur pour évaluer la population sensible à la GC et de fournir des informations précieuses vers la recherche future dans la pathogenèse du cancer gastrique
La recherche montre que les probiotiques peuvent aider à combattre l'anxiété et la dépression
Greffe fécale de certains donneurs mieux que d'autres
Les probiotiques peuvent offrir des avantages thérapeutiques pour les patients biopolaires
Que peuvent nous dire les excréments anciens sur l'évolution du microbiome intestinal humain ?
Comment les efforts de dépistage de masse ont aidé à identifier plus de cas de maladie cœliaque chez les enfants
Une étude révèle les effets antiviraux de la curcumine
Les bactéries dans le canal de naissance liées à un risque plus faible de cancer de l'ovaire
Une nouvelle étude montre que quelque chose daussi simple quun écouvillonnage cervical pourrait potentiellement aider des centaines de femmes qui présentent un risque extrêmement élevé de cancer de lo
Une nouvelle étude pourrait aider à prévenir les infections mortelles chez les bébés
Les nourrissons prématurés nés avant 28-30 semaines de vie sont à haut risque de nombreuses complications, parmi lesquelles les chances de mourir dune infection débutant dans lintestin sont très grand
Pourquoi devriez-vous inclure des sources naturelles de fibres dans votre alimentation
Lintérêt pour les régimes à faible teneur en glucides tels que le régime cétogène ou Atkins sest accru ces dernières années. Cependant, comme les mauvaises graisses et les bonnes graisses, les glucide