Stomach Health > gyomor egészség >  > Gastric Cancer > gyomorrák

PLoS One: A Novel funkcionális TagSNP Rs7560488 a DNMT3A1 Promoter társul fogékonyság gyomorrák által szabályozású promoter aktivitását

absztrakt katalógusa

DNS-metil (DNMT) -3A amely DNMT3A1 katalógusa és DNMT3A2 katalógusa izoformák utaltak arra, hogy döntő szerepet játszanak a carcinogenesisben és megmutatta namika a legtöbb rák. Halmozott bizonyítékok is jelezték, hogy egyetlen nukleotid polimorfizmusok (SNP) a DNMT géneket társított érzékenység különböző daganatok. Feltételeztük, hogy a genetikai variánsok DNMT3A1 katalógusa promoter régió társított gyomorrák kockázatát. Azért választottuk a tagSNPs a HapMap adatbázis a kínai és genotípus-egy eset-kontroll vizsgálatban, az egyesület a gyomorrák (GC) a kínai népesség. Kimutattuk, hogy az funkcionális tagSNP rs7560488 T > C esetén jelentősen megnövekedett kockázata GC. In vitro katalógusa funkcionális elemzés luciferáz riporter vizsgálat és az EMSA jelezte, hogy a tagSNP rs7560488 T > C változnak lényegesen transzkripciós aktivitása DNMT3A1 katalógusa gén befolyásolásán keresztül a kötelező néhány transzkripciós faktorok, bár határozott transzkripciós tényező még tisztázásra vár. Összehasonlítva TT homozigóta alanyok közül TC heterozigóta CC homozigóta mutatott csökkent expressziója DNMT3A1 katalógusa. Továbbá, rétegzett elemzés azt mutatta, hogy azok, akik hordozzák TC vagy CC genotípus kevesebb, mint 60 éves volt, sokkal érzékenyebbek a GC. Eredményeink arra utalnak, hogy a genetikai variációk a DNMT3A1 katalógusa promoter hozzájárulnak a hajlamot GC és betekintést enged, hogy tagSNP rs7560488 T > C lehet ígéretes biomarker előrejelzésére GC genetikai hajlam és értékes információkat GC patogenezisében.

bevezető hivatkozás: Wu H, Zhang K, Gong P, Qiao F, Wang L, Cui H, et al. (2014) A Novel funkcionális TagSNP Rs7560488 a DNMT3A1 Promoter társul fogékonyság gyomorrák által szabályozású promoter aktivitását. PLoS ONE 9 (3): e92911. doi: 10,1371 /journal.pone.0092911 katalógusa

Szerkesztő: Xin Yuan Guan, The University of Hong Kong, Kína katalógusa

Beérkezett: december 22, 2013; Elfogadva: február 27, 2014; Megjelent: 2014. március 25 katalógusa

Copyright: © 2014 Wu et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa

Forrás: Ez a munka támogatta a Nemzeti Természettudományi Alapítvány Kína (Grant No. 81171915 és 91229107 számú) és a tudományos kutatási és innovációs terv főiskolát végzettek Jiangsu tartomány, Kína (Grant No. CXZZ13_0082). A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető

a gyomorrák egyik leggyakoribb rosszindulatú daganatok Kínában, különösen a Jiangsu tartomány magas előfordulási és halálozási aránya [1], [2]. Meg lehet elterjedt az egész gyomor és más szervekben, beleértve a nyelőcső, a tüdő, a nyirokcsomók vagy a máj. Ezért a gyomorrák a második vezető oka a rák okozta halál a világon. [3] Figyelembe véve a terápiás hatékonyság, sebészi eltávolítás lehet primer gyógyító kezelés korábbi szakaszában GC betegeknél [4]. Sajnos, a legtöbb gyomorrákos betegek észlelése előrehaladott stádiumban, amely időszak alatt a daganat műthető többé. Továbbá, a visszaesés a műtét után egy újabb szörnyű esemény egy szegény 5 éves túlélési arány. Figyelembe véve a betegek előrehaladott vagy kiújuló gyomorrák, ez nem kétséges, hogy a felfedezés a biomarkerek és a kérelem a hagyományos diagnózist lehet értékes jelzés és egy nagy segítséget megfogalmazni a megelőzés és a kezelési stratégia. Eddig azonban, kevés mérhető biomarkerek előrejelzésére GC kiújulás azonosítottak.

tumorigenezis ismert, hogy egy többlépéses folyamat, amely annak az eredménye, nem csak a genetikai elváltozások, hanem epigenetikai változások [5]. DNS metiláció egyik fő formája epigenetikai módosítások és alapvető szerepet játszik a fejlődésben, a differenciálódás, genomiális stabilitás, az X-inaktivációt, és feliratozási specifikus génexpresszió szabályozásában. A leggyakrabban tanulmányozott epigenetikai jelenség DNS metiláció, alapvető szabályozó transzkripciós és a kromatin szerkezetét. Aberráns DNS metiláció minták egy genetikailag fogékony háttér összefüggésben állhat megnövekedett kockázatával egy sor humán rendellenességek [6], [7], beleértve a GC [8]. DNMT3A katalógusa, amely DNMT3A1 katalógusa és DNMT3A2 katalógusa két de novo katalógusa DNS metiltranszferázok döntő szerepet játszik az embrionális fejlődésben és az aberráns DNS metiláció kialakulásában. Néhány polimorfizmusok a DNMT3A
gén lehet szabályozzák a génexpressziót, befolyásolja annak enzimatikus aktivitását és hozzájárulhat a hajlam a rák. A felgyülemlett bizonyítékok molekuláris genetika azt jelzik, hogy az SNP DNMT katalógusa gének olyan hajlamot rák [9], [10]. Újabb előrehaladtával genomot egyesület vizsgálat (GWAS) is azonosítottak új érzékenység SNP GC, ami hasznos lehet megérteni a mögöttes mechanizmusának genetikai variációk a fejlesztés GC [11] - [14]. A korábbi tanulmány megállapította funkcionális SNP rs1550117 DNMT3A katalógusa promoter, amely növelheti a transzkripciós aktivitását, és hozzájárulnak a genetikai fogékonyság gyomorrák a kínai populációban [15], [16]. Katalógusa

GWAS hozott számos SNP kapcsolódó sok rák. Egyes esetekben több tucat SNP-k, az úgynevezett tagSNPs képviselő SNP egy régióban a genom nagy kapcsolódási egyensúlyban tudja azonosítani a genetikai variáció nélkül genotipizálása minden SNP egy kromoszomális régióban, így tagSNPs hasznosak teljes genom SNP asszociációs vizsgálatok, mint például a prosztata-, emlő-, petefészek-, vastagbélrák és az agy rákos [17] - [19]. A jelen tanulmányban kiválasztott tagSNP rs7560488 a HapMap adatbázist kínai betegek, hogy értékelje a szervezetek közötti genetikai variánsok DNMT3A1 katalógusa promoter és a gyomorrák kockázatát a kínai populációban. Mi azonosított kockázattal jár rs7560488 T > C polimorfizmus DNMT3A1 katalógusa promoter, és a további vizsgálatok azt mutatják, hogy ez a változat is megváltoztathatja a promoter aktivitását, és elpusztítja a kötési képessége transzkripciós faktorok. Katalógusa

anyagok és módszerek katalógusa

szakterületektől katalógusa

az összesen 405 beteg szövettanilag igazolt gyomorrák és 408 ráktól mentes ellenőrzéseket szedtük az eset-kontroll vizsgálat, és a jellemzői az esetek és kontrollok részletezi az 1. táblázatban esetek és kontrollok igazítottuk az életkor, a nem és választottak a First Affiliated Kórház Nanjing Orvosi Egyetem. Minden mintát kapott írásos engedélyt, és elemeztük anonim. Ez a tanulmány végezte jóváhagyásával az Orvosi Etikai Bizottságának Medical School of Southeast Egyetem. Katalógusa

TagSNP kiválasztása és a TF kötőhely Jóslás katalógusa

A fő hipotézis alapjául szolgáló kísérlet volt, hogy az egyik vagy több SNP a DNMT3A1 katalógusa promóterrégiókat társított kockázatát gyomorrák. Attól függően, hogy a kapcsolódási egyenlőtlenség (LD) szerkezet egy adott lókuszon, tagSNPs lehet pénzhelyettesítő sok ezer más SNP-k. Feltételezzük, hogy az ilyen tagSNPs is valószínű, hogy felcímkézniük eddig azonosított SNP a DNMT3A1 katalógusa promoter. Így kiválasztott SNP a DNMT3A1 katalógusa promoter régiót egy minor allél frekvenciáját (MAF) a > 5% mind a HapMap és dbSNPs adatbázisok. Végrehajtásához esetlegesen funkcionális tagSNP kiválasztás, akkor az adatokat a Nemzetközi HapMap és a szabadon webalapú tagSNP kiválasztási eszközök kiválasztásához tagSNPs, és használja a TF-kereső algoritmus (http://mbs.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH .html) megjósolni rs7560488 transzkripciós faktor (TF) kötőhely. katalógusa

DNS kivonása és HRM Genotyping katalógusa

a tanulmány a DNMT3A1 katalógusa promoter tagSNP rs7560488, genomi DNS-t izoláltunk 1 ml perifériás vért a betegek és az egészséges egyének és extraháltuk a fehérvérsejtekből követő egy héten belül a mintavétel a proteináz K emésztés a korábban leírt [20]. TagSNP rs7560488 volt genotipizálását a dsDNS festék LC zöld kombinációban High Resolution Melting (HRM) analízis. Részletesebben, a PCR-primereket terveztünk a LightScanner primer tervező szoftver (Idaho Technology) (forward primer: 5'-AGGCAGACACAAATGCATAAAT-3 '; reverz primer: 5'-GTCATAAGTACAACCACCACCG-3'), amely termék egyetlen 208 bp méretű fragmenst. Mindegyik PCR reakciót kezdetben végre végső reakció-térfogat 10 jil, használva 25 ng genomiális DNS-t, 0,2 pmol primert, 0,8 ul 2,5 mM dNTP-k, 1 pl 25 mM MgCI 2, 1

Other Languages