Háttér katalógusa
Metilated DNS folyadékokban lehet egy megfelelő biomarker a rákos betegek. XAF1 Módszerek katalógusa Valós idejű RT-PCR-t használja, hogy megtalálja XAF1 Eredmények katalógusa megerősítette gyakori XAF1 katalógusa leszabályozza az mRNS és fehérje szint GC szövetekben, mint a normális kontroll és PCHNTs. XAF1 katalógusa hipermetiláció bizonyították in 83,2% (168/202) a GC szövetek és 27,2% (55/202) a PCHNTs, ugyanakkor nem metiláció kimutatható volt a 88 normál kontroll. A metiláció szintje GC szövetekben jelentősen magasabb volt, mint amit a PCHNTs ( P < Következtetések katalógusa 1) diszfunkciója XAF1 Citation: Ling ZQ, Lv P , Lu XX, Yu JL, Han J, Ying LS, et al. (2013) Keringető Metilated XAF1 katalógusa DNS jelzi a rossz prognózis gyomorrák. PLoS ONE 8 (6): e67195. doi: 10,1371 /journal.pone.0067195 katalógusa Szerkesztő: DunFa Peng, Vanderbilt University Medical Center, Amerikai Egyesült Államok katalógusa Beérkezett: március 12, 2013; Elfogadva: 16. május 2013; Megjelent: június 27, 2013 katalógusa Copyright: © 2013 Ling et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa Forrás: A kutatás támogatott a támogatást a Tudományos és Technológiai General Project Zhejiang tartomány (nincs. 2009C33143), részben pedig a támogatás a gerincét Talent Zhejiang tartományi Orvosi és Egészségügyi Platform programok (sz. 2011RCA009). A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa Bevezető gyomorrák egyik leggyakoribb rák Kínában, a magas előfordulási és halálozási, körülbelül számviteli 10% -a az összes rosszindulatú daganatok [1]. A gyomor tumorogenezisben egy bonyolult, több lépésből álló folyamat, amely magában változtatások számos gén [2]. Kóros promoter metiláció egyik legfontosabb mechanizmusok elhallgattassa néhány tumor szuppresszor gének és a tumor kapcsolatos gének, és játszik igen fontos szerepet patogenezisében és progressziójában a humán rákok [3], [4] - [6], beleértve a gyomorrák [7] , [8]. Eközben egyre több adat erősen ajánlott, hogy a DNS metiláció lehet hasznos és hatékony biomarker a rák kockázata értékelés [5], [7], a korai diagnózis [7], előre betegek prognózisát [7], [8], és értékeli a érzékenység kemoterápiás szerek [9]. A nemrégiben készült tanulmány és más kutatások kimutatták, hogy a detektáló keringő metilezett DNS-t a vérben hatásos és gyakorlati megközelítés a rákos betegek [7], [10], [11]. X-kromoszómához kötött apoptózisgátló ( XIAP katalógusa) -asszociált faktor 1 ( XAF1 katalógusa) egy új negatív szabályozója XIAP katalógusa, amely megfordítja XIAP védelmi szerepe tumorsejtek [12] - [14]. A veszteség XAF1 Anyag és módszer katalógusa Etikai nyilatkozat katalógusa De-azonosított humán szöveti minták és szérumokat nyert Zhejiang tartomány humán szövetmintát Bank. Használata példányok jóváhagyta az Institutional Review Board a Zhejiang tartomány Cancer Kórház. Írásos beleegyezését adta minden egyes beteg követelményeinek megfelelően a mi intézményi tanács etikai. 88 nem rákos önkéntesek írásos beleegyezését adta. Része a minta volt a Zhejiang tartomány Népi Kórház és a First Népi Kórház Chunan megyében. Az Institutional Review Board on Medical Ethics Zhejiang tartomány Népi Kórház és a First Népi Kórház Chunan megye jóváhagyott módszer mintagyűjtés beleértve írásos beleegyezését adta az összes beteg, ill. Katalógusa szövetmintát katalógusa Páros tumor és para-rákos szövettani normál szövetekben (PCHNT) gyűjtöttünk a műtét idején a 202 primaer gyomor adenokarcinóma a Zhejiang tartomány Cancer Kórház, Zhejiang tartomány Népi Kórház és a First Népi Kórház Chunan megye 2008. januártól decemberig 2009. a PCHNT értékelték mikroszkóppal jelenlétében a normális sejtek és hiányában dysplasiás sejtek. Egyik esetben átesett orvosi kezelést a műtét előtt. A demográfiai, klinikai és hisztopatológiai paramétereit ezen esetek az 1. táblázatban látható A növekedési minta tumorsejtek szerint határoztuk meg Ming osztályozás [20]. Minden felvett betegek követték volna felfelé be, amíg az esedékesség napján. Antrális nyálkahártya biopsziás mintákat 88 nem rákos önkéntesek gasztroszkópia véletlenszerűen begyűjtött ellenőrzések ugyanabban az időszakban, köztük 54 férfi és 34 nő, átlag életkor 52,9 év. Ezek között az önkéntesek, 48 betegnél diagnosztizáltak krónikus nem sorvadásos gyomorhurut. Eközben párosított szérum mintákat vettünk műtét előtt vagy endoszkópia. Katalógusa Elemzés a Helicobacter pylori ( H. Pylori katalógusa) Fertőzés katalógusa A biopsziás mintákat minden beteg, aki endoszkópos vizsgálat . H katalógusa. pylori katalógusa állapot határoztuk gyors ureáz teszt és Giemsa festési eljárások [21], [22]. Úgy ítélték meg, mint a H katalógusa. pylori fertőzés katalógusa amikor mindkét teszt pozitív volt, és a mintákat egyetlen pozitív kizártuk a statisztikai elemzéshez. [22] katalógusa Valós idejű RT-PCR katalógusa Az mRNS expressziós a XAF1 katalógusa elemeztük real-time RT-PCR [23]. Összesen RNS-eket kivontuk a Trizol (Gibco). Összesen 3 ug teljes RNS-t vetettünk alá reverz transzkripció segítségével M-MLV reverz transzkriptáz (Promega). A glicerin-aldehid dehidrogenáz ( GAPDH katalógusa) választották a belső referencia. A szekvenciák XAF1 expresszióját XAF1 fehérje határoztuk immunhisztokémiai analízissel XAF1 monoklonális antitesttel (Santa Cruz Biotechnology ). Immunhisztokémiai festését XAF1 alkalmazásával végeztük reprezentatív paraffinba ágyazott mintákat a 202 GC betegeknél. Miután deparaffinization, antigén-visszanyerés 0,01 M citrát-puffer, és inaktiválása az endogén peroxidáz aktivitást 3% H 2 O 2 /metanol, inkubáltuk a lemezeket antitesttel számára XAF1 át 4 ° C-on egy éjszakán át, és immunhisztokémiai festéssel, alkalmaznak egy standard avidin-biotin-peroxidáz komplex technikával végeztük 3,3'-diaminobenzidin (DAB), mint a kromogén. A sejtmagokat hematoxilinnel ellenfestettük. Az immunhisztokémiai festést pontszám (ISS) határozza meg három független patológusok ötvözi festés gyakorisága és intenzitása az alábbiak szerint [24], [25]: nincs festés bírálják 0, 1~10% festett sejtek pontozni 1, 11~50% a 2., 51~80% mint a 3, és 81~100%, mint 4. a festődés intenzitása névleges skálán 0-3, 0, negatív; 1, gyenge; 2, mérsékelt; és a 3., erős. Ha van multifokális immunreakciót és jelentős különbségek vannak a festési intenzitás között gócok átlagos a legkevésbé intenzív és legintenzívebb festést rögzítésre. A nyers adatokat alakítjuk az ISS megszorozzuk a frekvencia pontszám, és a festés intenzitása pontszámot. Elméletileg az ISS is 0-tól 12. Az ISS a 9~12 tartották erős immunreakciót, 5~8 ítélték közepes, 1~4 tartották gyenge, és 0-t szerzett, mint negatív. Szakaszaiban, amelyekben az festés nem lehetett jól jellemezhető tekintettük kétértelmű. Párosított tumor és PCHNT példányai 20 esetben véletlenszerűen kiválasztott 202 gyomorrák betegek Western blot analízissel. Összes fehérje extraháljuk, majd mennyiségileg a Lowry módszerrel [26]. Western-blot-analízist végeztünk anti-XAF1 monoklonális antitestek (Santa Cruz, CA) szerint a korábbi jelentés [6]. β-tubulin-ben szolgált egy belső ellenőrzés. katalógusa DNS kivonása, Bisulfite módosítása és a valós idejű metiiációspecifikus-PCR (MSP) hotelben Serial 5 mm-es szakaszokban foglalt carcinoma és a nem daganatos szöveteket szerelt nem bevont üveg tárgylemezek és szárítjuk 37 ° C hőmérsékleten egy éjszakán át. Miután deparaffinization és a festést hematoxilin-eozin (H &E) gyűjtöttünk 5000 sejtmagok 5-10 soros szakaszok segítségével 27G tűt. Az összegyűjtött sejtmagok kezeltük 40 ml 200 mg /ml proteináz K-t (Sigma-Aldrich Co., St. Louis, MO), 42 ° C hőmérsékleten, 72 órán át. A paramágneses gyöngy technológia (AxyPrep Mag Blood gDNS kit, Axygen Scientific, Inc., Union City, CA) használtunk izolálására genomi DNS-t a friss vér szerinti Kit protokollt. A protokoll az alábbi lépés: lízis, kötés, mosás és eluálás. Szennyeződéseket eltávolítják során a kötési és mosási lépések. A minőségi DNS-t értékelte az A260 /280 arány NanoDrop ND-1000 spektrofotométerrel (NanoDrop Technologies, Inc., Wilmington, DE), a DNS integritás ellenőriztük denaturáló agaróz gél elektroforézissel. DNS-eket módosított nátrium-hidrogén felhasználásával EpiTect Bisulfite (Qiagen Inc.) következő manufaktúra utasításait. Módosított DNS-ek analizáltuk valós idejű MSP a ABI7500 PCR (ABI Co.) alkalmazásával a SYBR Premix Taq ExTaq reagenskészlet (Takara Co. Ltd). XAF1 Cell Culture and Drugs kezelés katalógusa Az emberi gyomor rákos sejtvonalak (AGS és KATO-III) tenyésztettünk RPMI 1640 tápközegben, kiegészítve 10% magzati borjúszérummal, 100 U /ml penicillinnel, és 100 U /mL sztreptomicint, 37 ° C-on és 5% CO 2, ill. Tenyésztett sejteket kezeltünk 5-aza-2'-dezoxicitidin (5-aza-CDR) (Sigma-Aldrich) végső koncentrációban 1,0 umol /l volt. Trichostatin A (TSA) (Sigma-Aldrich) végső koncentrációja 20 ng /ml-t adagoltuk következő 5-aza kezelésére vagy egyedül 24 órán át. A sejteket összegyűjtöttük és DNS, RNS és a fehérje tisztítását és az azt követő elemzések. Katalógusa Statisztikai elemzés katalógusa SPSS 17.0 statisztikai szoftver fogadták az adatok elemzése. Counting összehasonlítási csoportok között voltak kitéve a χ katalógusa 2 teszt és Fisher-féle egzakt tesztet. Túlélési analízis SZámítógépes révén a Kaplan-Meier módszerrel és jelentős szintű értékelték révén a log-rank teszt. Egy egyváltozós analízis a Cox-féle regressziós modellt alkalmaztunk, hogy meghatározzák az azonosított prognosztikai faktorok és többváltozós analízis a Cox-féle regressziós modellt alkalmaztunk, hogy vizsgálja együttes hatása. A statisztikai elemzések, p katalógusa értékek < 0,05 tekintettük statisztikailag szignifikáns. Katalógusa Eredmények katalógusa down-regulációja XAF1 katalógusa Elsődleges Gyomor- daganatok katalógusa Annak vizsgálatára, XAF1 katalógusa génexpressziós megvizsgáltuk mRNS expressziója XAF1 katalógusa 88 nem rákos önkéntesek, és 202 primer gyomorrák szövetek és a hozzájuk tartozó PCHNTs. Amint az 1A ábrán látható, a XAF1 Emellett XAF1 katalógusa kifejezés szignifikánsan alacsonyabb volt az előrehaladott tumoros (szakasz III /IV), mint a korai stádiumú daganatok (stage I /II) ( p < katalógusa 0,0001 ábra S1A), és szignifikánsan alacsonyabb volt a rosszul differenciált tumorok, mint a jól /közepesen differenciált tumorok ( p < katalógusa 0,0001 ábra S1B). katalógusa Annak ellenőrzésére XAF1 fehérje szintje a gyomorrák szövetekben végeztünk immunhisztokémiai vizsgálatok a 202 gyomorrák szövetek és a hozzájuk tartozó PCHNTs. Nukleáris XAF1 kifejezés volt következetesen jelen van a normális gyomor hámban, amelyek magas immunreaktív pontszámokat. A XAF1 fehérje expressziót detektáltunk magas szinten 97,5% (197/202) a PCHNTs (1b ábra). Azonban a magas expresszióját XAF1 fehérjét csak kimutatható 16,8% (34/202) a gyomorrák szövetek; többsége gyomorrák szövetek voltak jelen, vagy alacsony szintű XAF1 fehérje (1C). Az immunhisztokémiai eredmények -ról 1. táblázat Az immunhisztokémiai festést pontszám gyomorrákban szövetekben jelentősen alacsonyabb volt, hogy PCHNTs vagy a kontroll csoportban ( p < katalógusa 0,0001 1D ábra). A veszteség XAF1 fehérje szignifikánsan korrelált a H. pylori fertőzés katalógusa, a tumor mérete, szövettani differenciálás, nyirokér invázió, vénás invázió, invazív mélység, nyirokcsomó áttét, távoli áttétek és a klinikai stádium (1. táblázat) (összes p < katalógusa 0,05). katalógusa Az immunhisztokémiai eredményeit 20 gyomorrák szöveteket is megerősítette útján Western blot analízissel. A képviselő western blot eredmények két esetben került ábrán látható 1E. A relatív mennyisége XAF1 fehérje expresszió átszámítható a β-tubulin ugyanazon minták. Az átlagos XAF1 fehérje szintje 20 gyomorrák szövetekben jelentősen alacsonyabb volt, mint a PCHNTs ( p katalógusa < 0,05) (ábra 1F). Katalógusa Promoter hipermetilációja XAF1 katalógusa Elsődleges gyomor daganatok katalógusa Annak vizsgálatára, a molekuláris mechanizmusok XAF1 katalógusa csend gyomorrák, alkalmaztuk a valós idejű MSP technológia, hogy tanulmányozza a DNS metiláció állapotát XAF1 A megjegyzés , a metilezett állapotát XAF1 XAF1 katalógusa Promoter hipermetilációja társul transzkripciós némító gyomorrákban Cells katalógusa az összefüggéseket vizsgáljuk XAF1 katalógusa metiláció és XAF1 katalógusa kifejezés, összehasonlítottuk a XAF1 katalógusa metilációs szintje az XAF1 katalógusa mRNS szinten, mind fehérje szinten határozták meg sem immunhisztokémiai analízis (3A) vagy western blot (3B) a Spearman korrelációs elemzés. Amint az ábrán-3a, XAF1 fehérje expresszió (meghatározva immunhisztokémiai analízis) 202 GC szövetekben szorosan korrelált a XAF1 5-Aza-CdR Administration Visszaállítja a kifejezése XAF1 katalógusa Ahhoz, hogy tovább erősítse az epigenetikai szabályozása, XAF1 katalógusa kifejezés, AGS és KATO-III sejteket kezeltek 5-Aza-CdR és /vagy TSA. XAF1 azt észleltük nagy gyakorisággal XAF1 katalógusa metiláció elsődleges gyomorrák (83,2%), ami arra utal, hogy ez lehet egy jó biomarker ha XAF1 Továbbá, azt megerősítette a következetesség XAF1 katalógusa metiláció között tumorszövetmintákból megfelelő szérumot. 168 esetben azt mutatta, XAF1 katalógusa metiláció daganatos szövetek 141 jelenik meg XAF1 katalógusa metiláció a párosított szérum, amely egy konzisztenciája 83,9% között. És a 34 gyomorrákos betegek nélkül XAF1 katalógusa metiláció a gyomorrák szöveteket, nem metiláció találtak a szérum DNS (S2 kép). Katalógusa XAF1 katalógusa Metiláció mint biomarker Diagnosztikájának gyomorrák katalógusa Hogy értékelje az érték XAF1 katalógusa metiláció biomarkere diagnosztizálásában GC azt ábrázoltuk vevő működési karakterisztika (ROC) görbék és számított görbe alatti terület (AUC) értékeket a DNS metiláció adatokat egyaránt GC szövetek és szérumok. Mind a ROC analízise XAF1 katalógusa metiláció szövetek és szérumok szignifikáns diszkriminatív kapacitás (6. ábra); az AUC-érték a szövetek XAF1 katalógusa metilezés 0,849 (95% -os konfidencia intervallum, 0,806-0,892; p katalógusa < 0,0001), az AUC-érték a szérum AXF1 katalógusa metilációs volt 0,909 (95% -os konfidencia intervallum, 0,875-0,942; p katalógusa < 0,0001). katalógusa Ezen kívül, mint XAF1 katalógusa metilációs állapotát gyomorrák szövetek és a sera szignifikánsan korrelált a nyirokcsomó metasztázis, T-stádium, a klinikai stádium és más klinikopatológiai paraméterek (összes p < katalógusa 0,05, 2. táblázat). katalógusa XAF1 katalógusa Metiláció korrelál gyomorrák prognózisa betegek katalógusa a szignifikáns korrelációt a XAF1 katalógusa metiláció sok klinikopatológiai paraméterek (2. táblázat) azt javasolta, hogy lehet társítani a gyomorrák prognózisa betegek. Amíg az esedékesség napján a nyomon követés, 113 168 beteg XAF1 katalógusa hipermetiláció gyomorrákban szövetekben ment gyors progresszió vagy meghalt. A Medián betegségmentes túlélés (DFS) csak 23,4 hónap. Ezzel szemben a 34 beteg közül nélkül XAF1 katalógusa hipermetiláció saját gyomorrák szöveteket, csak 5 beteg romlik, és a Medián DFS volt 39,6 hónap. Kaplan-Meier analízis azt mutatta, hogy a betegek a XAF1 katalógusa hipermetiláció saját gyomorrák szövetekben mutatott nyilvánvaló rosszabb túlélés, mint anélkül, XAF1 katalógusa hipermetiláltsági ( p < katalógusa 0,0001) (ábra 7A). Hasonlóképpen, Kaplan-Meier analízis bizonyította, hogy pozitív betegek szérum XAF1 katalógusa metiláció szignifikánsan alacsonyabb volt, mint a DFS a betegek szérum nélküli XAF1 katalógusa metiláció ( p katalógusa < 0,0001 ) (7B), jelezve, hogy XAF1 katalógusa promoter metiláció szérum volt kedvezőtlen előrejelzője a gyomorrákos betegek. katalógusa Cox regressziós analízis kimutatta, hogy XAF1 katalógusa metiláció sera egy független tényező a betegek túlélése: betegek XAF1 katalógusa metiláció volt rosszabb prognózist jelent ( p < katalógusa 0,0001; hazárd, 5,710; 95% CI, 3.474~9.383). Ezen túlmenően, a TNM szakaszok és az életkor a diagnózis lehet tekinteni, mint a befolyásoló tényező a prognózis gyomorrák, csak akkor, ha a hatás XAF1 katalógusa metilációs kiesett. Sőt, keringő metilezendő XAF1 katalógusa vér volt nagyobb hatással a prognózist, mint a TNM szakaszában (táblázat S1). Katalógusa Felfutóél keringő XAF1 katalógusa Metiláció jósolja Tumor az ismétlődés és a rossz prognózis katalógusa Ezek a 202 beteg, akik értékelték a preoperatív keringő XAF1 katalógusa metiláció, 72 beteg részesült utánvizsgálatokra keringő XAF1 katalógusa metiláció 2~5 alkalommal időközönként 1~6 hónappal a műtét után. Közül 12 visszatérő beteg közül 10 betegnél megjelenik a negatív a pozitív átalakulás XAF1 katalógusa metilációs állapotát szérumok, a másik kettő pedig mindig pozitívak XAF1 katalógusa metiláció, ami arra utal, hogy az ellenőrzés a XAF1 katalógusa metiláció szérum lehet jó markere előrejelzésére daganat kiújulásának (3. táblázat). katalógusa Vita katalógusa XAF1 katalógusa ( XIAP katalógusa -asszociált faktor 1) egy új XIAP katalógusa kötő fehérje, amely zavarhatná a kombinálása XIAP katalógusa a kaszpáz, eltörli a védelem tumorsejtek és az eredményeket a daganatos sejtek apoptózis [12] - [ ,,,0],14]. Az anti-apoptosis funkciója XIAP a DNS-metilációs lehet használni, mint egy potenciális tumor biomarker különböző humán rákos megbetegedések [3] - [11], [23]. A jelenléte sejtmentes DNS keringő perifériás vérben leírták malignus folyamatok, és az aktív felszabadulását a tumor DNS-nek a forgalomba leírták [29] - [31]. Számos vizsgálatban kimutatták a tumor-specifikus változásokat a keringő DNS-t kinyerjük a plazma vagy szérum betegek különböző malignus megfelelő genetikai változások jelen lévő primer tumorok, a megállapítás, hogy megvan a potenciális molekuláris diagnózis és a prognózis [29] - [32]. A nukleinsav markerek leírt keringő DNS-ek közé tartoznak onkogén mutáció, mikroszatellit átalakítás, gén átrendeződéseket, és epigenetikai változások, mint például a kóros promoter hipermetiláció [7], [8], [30] - [34]. A fenti észrevételek alapján, különösen találtunk egy nagy gyakorisággal XAF1 katalógusa DNS metiláció gyomorrákban szövetekben (83,2%), úgy döntöttünk, hogy vizsgálja meg annak lehetőségét, hogy XAF1 katalógusa promoter metiláció a szérumban, mint egy biomarker a gyomor rákos betegeknél. Először igazoltuk, egy nagy összhang felderítésében XAF1 katalógusa metiláció között szérumokat és primer gyomorrák szövetekben. Továbbá elemeztük a lehetőségét, hogy a keringő metilezendő XAF1 katalógusa diagnosztikai markerként ROC analízis. Az AUC (görbe alatti terület) a 0.909 bizonyította magas diagnosztikus értéke kimutatására XAF1 katalógusa metiláció szérum mintákban. Ezért, adataink azt mutatják, hogy észlelése XAF1 Következtetések katalógusa diszfunkciója XAF1 katalógusa gyakori és szabályozzák a XAF1
kimutatták, hogy gyakran kell alulszabályozott humán gyomorrák (GC). Itt azt vizsgáltuk, hogy ha a XAF1 katalógusa metiláció GC lehet hasznos biomarker. Katalógusa
mRNS expresszió; immunhisztokémiai és Western blot vizsgálatára használt XAF1 fehérje expresszió GC szövetekben (n = 202) és a megfelelő para-rákos szövettani normál szövetekben (PCHNTs). Valós idejű metiláció specifikus PCR vizsgálatára alkalmaztuk XAF1 katalógusa promoter metiláció azonos panel GC szövetek, a PCHNTs és sera. Katalógusa
0,05). Hipermetiláció XAF1
szignifikánsan összefügg a down-regulációja XAF1 katalógusa GC szövetekben mRNS és fehérje szinten ( p katalógusa < 0,001 mindkét esetben). Sőt, találtunk nagy gyakorisággal XAF1 katalógusa metiláció (69,8%, 141 kivéve 202) szérumában DNS ugyanazon betegnél, míg a sera DNS 88 nem daganatos kontroll negatív volt XAF1
metiláció. A XAF1 katalógusa metiláció mind GC szövetek és a sera lehet jó biomarker diagnosztizálására GC (AUC = 0,85 szövetek és AUC = 0.91 szérumok), és szignifikánsan korrelált a rosszabb prognózist ( p
< 0,001). Ezen felül, miután a műtét negatív a pozitív átmenet XAF1 katalógusa metiláció sera erősen összefügg a tumor kiújulásának. Katalógusa
gyakori és szabályozzák a XAF1 katalógusa promoter hipermetilációt; 2) kimutatása keringő metilezendő XAF1 katalógusa DNS a szérum hasznos lehet a biomarker a diagnózisban, értékelésében páciens eredményét (prognózis és kiújulás) GC betegek. Katalógusa
kifejezés lehetővé teszi majd a tumorsejtek ellenállás apoptózis és elősegíti a tumorsejtek túlélését [14] - [17]. Diszfunkciója XAF1 katalógusa leírták számos humán rákos valószínűleg át promoter metiláció [15] - [19], ami arra utal, jelentősége a tumorok. Humán gyomorrák, XAF1 katalógusa leírták, hogy gyakran és jelentős mértékben lefelé szabályozni, és ez leszabályozza XAF1 katalógusa valószínűleg a DNS hipermetiláció specifikus CpG oldalak [15], [16 ], [18]. Azonban nem az áll rendelkezésre a XAF1 katalógusa metiláció a vér és a hordozó képességét, biomarker. A jelen tanulmányban azt vizsgáltuk, hogy XAF1 katalógusa promoter metiláció párosított szöveti és szérum minták egy nagy panel gyomorrákos betegeknél Kiértékelésüket keringetése metilezendő XAF1 katalógusa mint potenciális biomarker gyomorrák .
primerek a következők voltak: (F) 5'-TGGGTGTAGGATTCTCCAGG-3 ', (R) 5'GGTTTGCCCAAG GACTACAA-3'. GAPDH
primer szekvenciák a következők voltak: (F) 5'-CATGA GAAGTATGACAACAGCCT-3 ', (R) 5'-TAATTTTAGGTTAGAGGGTTATTGT- 3'. A 2 -ΔΔCt módszert kiszámításához használt relatív változások a génexpresszióban.
immunhisztokémiai festéssel
Western-blot analízis
metiláció és unmethylation specifikus primereket terveztünk a következő: XAF1 katalógusa (MF) 5'-TTTGTAAGAAACG AAATTTAATCGA-3 ', (MR) 5'CCTACCCTTAAAACCCACGAT-3'; XAF1 katalógusa (UF) 5'-TTTGTAAGAAATGAAATTTAATTGA-3 "(UR) 5'-CTCCTACCCTTAAAACC CACAAT-3 '[23]. Humán genomi DNS (NEB) kezelt SSSI metiltranszferáz in vitro alkalmaztunk pozitív kontrollként. A perifériás vér DNS-t egy egészséges alany alkalmaztunk negatív kontrollként. A százalékos denaturált DNS a mintákat szerint kiszámított referenciákat előző leírt [27], [28]. Denaturált DNS index pontozták százalékos aránya szerint a DNS metiláció; 0, < 20%; 1, 20% -40%; 2, 40% -60%; 3, 60% -80%; és a 4., > 80%. Az index pontszáma 0 minősül DNS unmethylation és a pontszámok 1-4 tekintették hipermetiláltnak között [7], [27]. A 20% -os küszöb levágta a DNS hipermetiláltsági alapult kontroll normál minta és a belső minőség-ellenőrzés során kapott valós idejű MSP elemzés. Katalógusa
expressziója szignifikánsan csökkent a gyomorrák minták összehasonlítottuk a normál kontrollok és PCHNTs ( P <
0,001). Azonban nem volt szignifikáns különbség a XAF1 katalógusa kifejezést PCHNTs, mint a nem-daganatos ellenőrzéseket. Katalógusa
promoter. A frekvencia XAF1 katalógusa hipermetiláció gyomorrákban szövetek megfelelő PCHNTs és nem rákos kontrollok 83,2% (168/202), 24,8% (50/202) és 5,7% (5/88) volt. Hipermetilációja gyakorisága XAF1
daganatok lényegesen magasabb, mint az PCHNTs és nem rákos kontroll (összes p katalógusa < 0,0001, 2. ábra). Katalógusa
szignifikánsan korrelált a néhány klinikopatológiai paraméterek gyomorrák, mint például a nyirokcsomó-metasztázis, a T-szakasz, H
. pylori fertőzés katalógusa, stb (mind p < katalógusa 0,05, 2. táblázat). Nincs szignifikáns korrelációt hipermetiláció XAF1 katalógusa és a nemek, életkor a diagnózis, a daganat helyén, illetve távoli áttét volt bizonyítható (összes p katalógusa > 0,05) (2. táblázat). Katalógusa
mRNS szintjén [lg (T /N)] (határozza meg RT-PCR) ( γ katalógusa = 0,841, p < katalógusa 0,0001). Ennél is fontosabb, XAF1 katalógusa metilációs szintje szignifikáns összefüggést mutatott a XAF1 katalógusa mRNS szint ( γ katalógusa = - 0,846, p < katalógusa 0,0001) és XAF1 fehérje szint ( γ katalógusa = -0,969, p < katalógusa 0,0001). Hasonló eredményeket kaptunk, amikor elemzésekor korreláció XAF1
promoter metiláció és a XAF1 fehérje expresszióját határoztuk meg Western-blot-analízis (3B ábra). Ezek az eredmények erősen vád, hogy a XAF1 katalógusa expresszióját szabályozza XAF1 katalógusa promoter metiláció. Katalógusa
mRNS expresszióját reaktivált mindkét gyomor rákos sejtvonalban, a kíséretében demetilezzük XAF1
promóter (lásd 4. ábra), jelezve, hogy XAF1
van transzkripcionálisan némítják ezekben a sejtekben DNS hipermetiláltsági. Érdekes, hogy a TSA kezelés önmagában hatásos volt helyreállítani XAF1 katalógusa kifejezést AGS és KATO-III jelentős változása nélkül az XAF1 katalógusa metilációs szintje, ami arra utal, hogy a hiszton módosítások is szabályozásában vesz részt: XAF1 katalógusa kifejezés. Azonban beadása TSA következő 5-Aza-CdR additív hatással volt helyreállításában génexpresszió egy további csökkenése metilációs szintje XAF1 katalógusa. Ezek az eredmények összhangban vannak a legutóbbi vizsgálatok azt sugallta, hogy a TSA lehet demetilezési hatás egy gén-specifikus módon [5]. A Western-blot analízis használatával AGS-sejtek, mint egy modell, megerősítette a up-regulációját XAF1 fehérjék követő 5-aza-CDR 5-aza-CDR /TSA kezelés (4. ábra).
Detection keringő XAF1 katalógusa metiláció katalógusa
metiláció lehet kimutatható a szérumban. Ezért megvizsgáltuk XAF1 katalógusa metiláció a párosított szérum származó DNS-eket a 202 GC betegeknél. XAF1
metiláció volt kimutatható 141 (69,8%) szérum DNS-ek a 202 gyomorrák beteg (5. ábra). Ezzel szemben, a XAF1 katalógusa metilációs nem volt kimutatható a szérumban származó DNS-eket a 88 nem rákos ellenőrzéseket. Katalógusa
határozza aránya expressziós szintje XIAP
ellen XAF1 katalógusa [15]. Csökkent expressziója vagy csendjében XAF1 katalógusa gyakori esemény a humán tumorokban [16] - [19]. A jelen tanulmányban először megerősítette, hogy XAF1 katalógusa génexpresszió szignifikánsan lefelé szabályozni mind mRNS szint és fehérje szinten egy nagy panel elsődleges gyomorrák szöveteket, és a down-regulációja XAF1
expresszió szignifikáns összefüggést mutatott a tumor szakaszában, az áttétek, és így tovább, hozó veszteség XAF1 katalógusa funkció a tumor progresszióját. Ez összhangban van más kutatási jelentések [17] - [19]. Hogy vizsgálja meg a molekuláris mechanizmusok felelősek a XAF1 katalógusa csend megvizsgáltuk XAF1 katalógusa promoter metiláció egy nagy panel gyomorrák szövetek ( n katalógusa = 202) és a normál kontrollok ( n katalógusa = 88) egy valós idejű MSP technológia. Azt észleltük, amely nagy gyakorisággal (83,2%) a DNS hipermetiláció XAF1 katalógusa gyomorrákban szövetekben. A DNS hipermetiláció XAF1 katalógusa jelentős összefügg a down-regulációja XAF1 katalógusa mind mRNS, mind fehérje szinten gyomorrákban szövetekben (3. ábra). Ezen felül, 5-aza-CdR kezelés szignifikánsan visszaállított XAF1
expresszió XAF1
elcsendesített gyomor rákos sejtvonalat (4. ábra). Ezek az adatok erősen arra utalnak, hogy a gyakori down-regulációja XAF1
gyomorrák-sejtek szabályozzák a promoter hipermetiláció. Érdekes, hogy a kezelés a gyomorrák sejtek TSA, a hiszton dezacetiláz inhibitor is helyreállt XAF1 katalógusa kifejezés, önmagában, vagy 5-Aza-CdR kezelés, jelezve, hogy a hiszton módosítás is részt vesz a XAF1
szabályozás.
metilezés keringő DNS lehetne használni, mint egy nem-invazív biomarker diagnosztizálásához gyomorrák. Ezen felül, az eredményeink is azt mutatták, hogy a pozitív XAF1 katalógusa metiláció szérum egy független prognosztikai faktor; előrejelzésére rossz prognózissal. Még érdekesebb, hogy átmenet a negatív pozitív keringő XAF1 katalógusa metilációs műtét után szignifikánsan összefüggött a daganat kiújulásának. Ezek az adatok azt jelzik, hogy észlelése XAF1
metilezés keringő szérum-DNS is lehet egy tumor biomarker előrejelzésére a gyomorrák betegek prognózisát és nyomon követésére a tumor kiújulásának a műtét után a kezelést. Mivel a szám a betegnél ez nyomon követése szérum vizsgálat kicsi volt, a további kutatások nagy mintanagyság betegek számra van szükség, hogy erősítse meg ezt az érdekes megállapítás, és optimalizálja a stratégia és protokoll erre a célra. Mindenesetre, összehasonlítva a hagyományos módon, például gasztroszkópia vizsgálatát gyomorrákos betegek, a leginkább figyelemre méltó jellemzője a keringő metilezendő XAF1 katalógusa felismerés hatékony, gyors, olcsó, nem invazív, nem semmisít környezetben, magas diagnosztikai alkalmazkodó sebesség, és így tovább, és így bizonyítani fontos alkalmazás kilátások a jövőben. katalógusa
promoter hipermetiláció gyomorrákban. Keringő metilezett XAF1
DNS-t összefügg a tumor terhet és malignus progresszió, amely lehet egy értékes biomarker diagnosztizálására gyomorrák, előre betegek prognózisát és monitoring tumor kiújulásának a műtét után a kezelést.
Támogató információ
ábra S1.
jpg. A XAF1 katalógusa génexpressziós szintje alacsonyabb volt az előrehaladott gyomorrák (Stage III /IV), mint a korai gyomorrák (Stage I /II). B, XAF1 katalógusa génexpressziós szintje alacsonyabb volt a rosszul differenciált gyomorrákban, mint a jól /közepesen (jól /Mod) differenciált gyomorrák, p < katalógusa 0.05.
Doi: 10,1371 /journal.pone.0067195.s001 katalógusa (TIF) hotelben ábra S2.
jpg. Korreláció elemzés XAF1 katalógusa hipermetiláltsági eredmények között GC szövetek és páros perifériás vérben (szérum). Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0067195.s002 katalógusa (TIF) hotelben táblázat S1.
xls. Többváltozós túlélési elemzése klinikopatológiai adatok a 202 gyomorrák esetben.
A kutatók in vitro azonosítanak egy SARS-CoV-2 elleni aktivitással rendelkező baktériumot:Dolosigranulum pigrum
Az ikrekkel végzett vizsgálat azt mutatja, hogy a COVID-19 tünetei genetikai jellegűek
Az egész test rezgése csökkenti a gyulladást,
Hogyan segítenek a gazdaszervezeti tényezők, például a tüdő mikrobiomája a SARS -CoV -2 fertőzésben?
A szivárgó bél és a mikrobiális dysbiosis hozzájárulhat a citokin viharhoz súlyosan beteg COVID-19 esetekben
A kávé elősegíti a bél egészséges mikrobáinak fejlődését és segíti a bélmozgást
A nőknél nagyobb valószínűséggel alakul ki hosszú COVID?
A kutatók különböző tünetcsoportokat találtak a 2019-es koronavírus-betegség (COVID-19) után, a nőknél gyakori fáradtsággal és magasabb IL-6 szinttel. Az általuk kezelt betegek mintegy 75% -a nő volt,
Egy nagy tanulmány szerint a SARS-CoV-2 vírusterhelés a gyermekeknél a legalacsonyabb
A holland kutatók elgondolkodtató új tanulmánya megerősíti azt a hipotézist, hogy súlyos akut légzőszervi szindróma esetén a koronavírus 2 (SARS-CoV-2) fertőzés, a magasabb életkor fokozott vírusterhe
A tüdő mikrobái segíthetnek a súlyos betegek kimenetelének előrejelzésében
Egy új tanulmány jelent meg a American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine azt mutatja, hogy a tüdőben élő szervezetek típusának és számának változásának módjának rögzítése tükrözheti