PLoS ONE: E-kadherina destabilizacije Računi za patogenost missense mutacija u nasljedni Difuzni rak želuca

Sažetak pregled

E-kadherina je kritična za održavanje arhitekture tkiva zbog svoje uloge u adhezije stanica-stanica. E-kadherina mutacije su genetski uzrok nasljednih difuznoga rak želuca (HDGC) i missense mutacija predstavlja klinički teret, zbog neizvjesnosti njihovog patogenog ulogu. In vitro i in vivo, većina mutacije dovode do gubitka-funkcije, iako je uzročnik nepoznat za većinu. Mi smo pretpostavili da je destabilizacija mogla objasniti patogenosti E-kadherina missens mutacija u HDGC i testirali našu hipotezu pomoću in silico i in vitro alata. FoldX algoritam se koristi za izračunavanje utjecaja svake mutacije u E-kadherina stabilnosti domaće države, a analiza je dopunjena s evolucijske očuvanosti, po prosijati. Zanimljivo, HDGC pacijenti nose zametne linije E-kadherina destabiliziraju mutanti predstaviti mlađoj dobi u vrijeme postavljanja dijagnoze ili smrti, što znači da je gubitak materinji državne stabilnosti E-kadherina račune za fenotipa bolesti. Da se razjasni biološku relevantnost E-kadherina destabilizacije u HDGC, istražili smo skupinu novo otkrivene HDGC-povezane mutacije (E185V, S232C i L583R), od kojih L583R se predviđa da će biti destabilizirajuće. Pokazali smo da je ta mutacija nije funkcionalna in vitro, pokazuje kraće vrijeme poluraspada, a ne zrele, zbog prerane proteasomalni ovisna degradacija, fenotipa izvrnute strane stabilizacije s umjetnom mutacijom L583I (strukturno tolerira). Prikazujemo E-kadherina strukturne modele prikladne za predviđanje utjecaja većine karcinoma povezanih s missense mutacija i pokazali smo da su E-kadherina destabilizacije dovodi do gubitka-of-funkcije in vitro i povećana patogenost in vivo. Pregled

Izvor: Simões-Correia J Figueiredo J, Lopes R, Stricher F, Oliveira C, Serrano L, et al. (2012) E-kadherina destabilizacije Računi za patogenost missense mutacija u nasljedni difuznoga rak želuca. PLoS ONE 7 (3): e33783. doi: 10,1371 /journal.pone.0033783 pregled

Urednik: Masaru Katoh, National Cancer Center, Japan pregled

Primljeno: 9. studenoga 2011; Prihvaćeno: 17 veljača 2012; Objavljeno: 21. ožujka 2012 pregled

Copyright: © 2012 Simões-Correia i sur. Ovo je otvorenog pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan

financiranja. Ovo djelo bio podržan od Fundação para Ciência e tecnologia, Portugal (PTDC /SAU-OBD /64319/2006, PTDC /SAU-OBD /104017/2008, SFRH /BPD /48765/2008), EMBO (kratkotrajno zajedništvo ASTF 60- 2009) i bespovratnih sredstava EU perspektiva (ZDRAVLJE-F4-2008-201648). U financijeri nisu imali ulogu u studiju dizajna, prikupljanja i analize podataka, Odluka o objavi, ili pripremu rukopisa pregled

U konkurenciji interese.. Autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled

Uvod pregled

E-kadherin međustanična adhezijska glikoprotein sastavljen od pet ekstracelularnog kadherina tipa ponavlja, jedan transmembransko područje i visoko očuvanih citoplazmatskog [1], [2]. E-kadherin se eksprimira u epitelnim stanicama i to je glavni sastojak Adherens čvorišta (aj). Ovi spojevi klaster preko homofilno interakcija preko ekstracelularnih domena molekula E-kadherina kalcij-ovisno o površini homotipičnu susjednih stanica. Pregled

Uloga E-kadherina u razvoju tumora je dobro opisana i njegova gubitak ekspresije je znak u karcinomima [3]. Eksperimentalni dokazi podupiru ulogu kompleks E-kadherina i u suzbijanju ili metastazirajući formiranje [4]. Gubitak ekspresije E-kadherina često je povezana s genetskim događaje kao što su mjesto cijepanja i krnjim mutacije izazvane insercije, delecije i besmislenih mutacija, osim missense mutacija [5]. U sporadičnim difuznom karcinoma želuca, promjene gena koji kodira E-kadherina (CDH1) nalaze se pretežno u eksona 7-9 [5], dok je u lobuliranim raka dojke su se širiti uz gena, bez preferencijalnog hotspot [6]. Misscnsc mutacije nalaze se u ove dvije vrste sporadičnog karcinoma, ali iu sinovijalne sarkoma [7]. Pregled

obiteljskoj sklonosti difuznoga rak želuca (DGC) predstavlja 10% slučajeva raka želuca (GC), a tek 1-3% su nasljedne [8]. Iz tih obiteljskih slučajeva, nasljedni Difuzni rak želuca (HDGC) definiran je stroge kriterije koje su definirane od strane Međunarodne rak želuca Povezanost Consortium (IGCLC) u 1999. godini: (1) Dva ili više dokumentiranih slučajeva difuznom karcinoma želuca u prvom /drugom stupnju rođaci, s najmanje jednim dijagnosticiran prije dobi od 50 godina; ili (2) tri ili više slučajeva dokumentiranih difuznom karcinoma želuca u prvog /drugog stupnja rodbine, neovisno o dobi. Rani početak Difuzni rak želuca (EODGC) smatra se kada izolirani pojedinac sa DGC dijagnosticiran s manje od 45 godina. Germinativne CDH1 mutacije se mogu naći u 30% slučajeva HDGC [9]. Udruga CDH1 mutacija i obiteljskom raka želuca je prvi put opisao Guilford i sur pregled 1998. godine [10] i od tada su mnoge studije izvijestili različite vrste CDH1 mutacija u HDGC [11], [12], [13 ]. Od svih prijavljenih CDH1 pregled rasplodnih stanica mutacija, 77,9% su gluposti, pletenica-stranice i mutacije pomaka okvira (predviđeni za proizvodnju preuranjeno ukidanje kodona) i 22,1% su misscnsc mutacije [9]. Mutacije koje generiraju PTC su obično štetna, pacijenti smatraju nosioci visokog rizika, te se preporuča da imaju profilaktičko ukupno gastrektomije [14]. Patogenosti missense mutacija nije jednoznačan, a ove promjene su obično naziva kao nerazvrstanih varijante sekvence (USVs), zbog nedostatka stroge kriterije za procjenu njihova utjecaja. Nekoliko parametri su uzeti u obzir za razvrstavanje E-kadherina USVs u HDGC: 1) ko-segregacija mutacije sa DGC (u rodovnicama); 2) Učestalost mutacija u zdravoj kontrolnoj populaciji; 3) ponavljanje mutacije (u nezavisnim obitelji). Segregacija analiza je često nemoguće, s malim brojem pogođenih slučajevima na raspolaganju za molekularnu dijagnostiku [15], a izostanak kliničkih informacija je ograničavajući korak zaključiti patogeni značaj ovih mutacija. Zaobići to ograničenje smo prethodno razvijen in vitro pregled funkcionalne analize za procjenu funkcionalnog utjecaja E-kadherina klica missense mutacija [16], [17]. Međutim, takve studije ukazuju laboratorijske određene eksperimentalne uvjete, a to su stanične biologije testove, i oni su vremena za korištenje u rutinu. kompjutora pregled, predviđanja su pouzdan i brz analiza koja se može koristiti za predviđanje utjecaja točkastih mutacija, posebno kada strukturne informacije dostupne su [18], [19]. Pregled

U ovom radu, smo istražili potencijal strukture temeljene na kompjutora pregled predviđanja za procjenu utjecaja E-kadherina missense mutacija, koje se nalaze u nasljednom i sporadičnog karcinoma. Naša analiza temelji se na izračunu promjene materinji državne stabilnosti izazvanih svaku varijantu (ΔΔG = ΔG _{WT-ΔG Mut), dobiveni protein dizajn FoldX algoritma [20], [21]. Zanimljivo je da je skupina pacijenata koji nose mutacije destabilizirajući (ΔΔG > 0,8 kcal /mol) karakterizira mlađoj dobi pri dijagnozi ili smrti od strane DGC, što ukazuje da je gubitak E-kadherina stabilnosti domaće države doprinosi fenotipa bolesti. Korištenje mobilne modela, analizirali smo fenotip E-kadherina destabilizacije, i otkrili da kada mutacija navede smanjio porijeklom država stabilnost, E-kadherina prerano je degradiran proteazomu, pokazuje kraći poluživot, što je rezultiralo gubitkom od ljepila funkcija. Sve u svemu, naši rezultati ukazuju na to da destabilizacija račune za patogenosti E-kadherina missense mutacija pronađena u HDGC. Pregled}

materijali i postupci

Zbirka slijeda E-kadherina varijante i PDBs pregled

varijante E-kadherina u vezi s HDGC ili EODGC su prikupljeni iz literature, a somatski varijante su prikupljeni iz kataloga somatske mutacije u Raku (svemirskom) baze podataka (http://www.sanger.ac.uk/genetics/CGP/~~HEAD=pobj kozmički /). Tri nova sekvencija E-kadherina varijante u kojima izvijestio našem laboratoriju za funkcionalnu analizu: E185V, S232C i L583R. Nedavno, L583R bio prijavljen, a povezana funkcionalna podataka [22]. Pregled

PDBs E-kadherina vezane su identificirani pomoću automatskog pretraživanja u švicarskom modelu repozitorija (http://swissmodel.expasy.org). Poravnanje sekvence ljudskog E-kadherina, a svaki od sljedova koji se koriste za različite modele izveden je s M-kave [23], [24] (http://tcoffee.crg.cat/apps/tcoffee/play?name=mcoffee ). Slike su pripremljene s Pymol. Nakon analize slijeda i strukturno podudara, tri PDBs izabrani su za korištenje kao modela. Xenopus C-kadherina ektodomene (PDB 1L3W), miš E-kadherina prodomene (PDB 1OP4) i miš β-katenina interakciji domenu (PDB 1I7X)

FoldX izračuni i prosijati analiza pregled

Korištenje FoldX (http://foldx.crg.es/) naredbu Buildmodel pregled izgradili smo tri različita modela (prodomene, izvanstanični i citoplazmatski); tri strukture su humanizirana supstitucijom svaku pojedinu aminokiselinu. Dobivena struktura je optimiziran pomoću naredbe RepairPDB pregled i energije, gdje se analiziraju s stabilnosti Netlogu ili AnalyseComplex pregled naredbi. Bolest povezane mutacije su sakupljene s Buildmodel pregled naredbe, svaku mutaciju ponavlja u pet staze. Energije su automatski izlaz u FoldX, a promjena rodom država stabilnost, ΔΔG, između WT i mutanta (ΔΔG = ΔG _{WT-ΔG Mut) također je generirana u zasebnu datoteku, s odgovarajućim standardom odstupanja, i svi energetski kazne vezane za svaku mutaciju. Samo mutacije s ΔΔG > 0,8 kcal /mol smatrani su štetni pregled}

Mi smo koristili prosijati (http://sift.jcvi.org/~~HEAD=dobj, sortiranje Netolerantna od tolerantnih) za procjenu očuvanje svakog aminokiselina zamjene, kao što je ranije. opisano u [25], pomoću treptaja značajka GI. smatrani su 31073. samo mutacije s rezultatom ispod 0,05 do netolerantni pregled

stup (http://www.cbs.dtu.dk/services /prop /) [26] je korišten za procjenu da mutacije mogu imati utjecaj na prodomenu cijepanja. pregled

kultura stanica i transfekcija pregled

E-kadherina WT cDNA je klonirana u pIRES2-EGFP vektora sukladno za proizvodnju upute (Clontech, Takara Bio) i mutacije E185V, S232C, L583R i L583I on-kadherina su izazvane pomoću na mjesto usmjerene mutageneze, kako je prethodno opisano [27]. Prazan vektor (Mock) je korišten kao kontrola
stanica

CHO (jajnika kineskog hrčka) (ATCC broj: CCL-61), su uzgajane u alfa-MEM mediju (Gibco, Invitrogen) nadopunjenom s 10% fetalnog goveđeg seruma (FBS; Gibco, Invitrogen) i 1% penicilin-streptomicin (Gibco, Invitrogen). Stanice su sporadično ispitana mikoplazme kontaminacije imunofluorescence sa DAPI. Stanice su transficirane s 1 ug svakog vektora koji kodiraju različite oblike E-kadherina (WT, E185V, S232C, L583R i L583I) pomoću Lipofectamine 2000 (Invitrogen), u skladu s postupkom proizvodnje. Stabilnih staničnih linija uspostavi, stanice su selektirane rezistencije do 5 ug /ml blasticidin (Gibco, Invitrogen). Sve stanične linije su održavane u vlažnom inkubatoru s 5% CO _{2 na 37 ° C pregled}

Funkcionalni testovi pregled

Prijelazno transficirane CHO (Chinese Hamster Ovary) stanice (ATCC broj:. CCL -61) su podvrgnuti protok protočne pomoću mjerenja fluorescencije GFP, za procjenu učinkovitosti transfekcije prije svakog eksperimenta. Za polagano agregacije testu jamice 96 i ploče su obložene s 50 ul otopine agara (100 mg Bacto-agara u 15 ml sterilne PBS). Stanice su uklonjene tripsinom i suspendirane u mediju za kulturu. Suspenzija 1 × 10 ^{5 stanica /ml te je se 2 × 10 4 stanice su posađene u svaku jamicu. Ploča se inkubira na 37 ° C u vlažnoj komori sa 5% CO _{2 48 h. Agregacija je procijenjena u obrnutom mikroskopu (4 × uvećanja) i fotografirali s digitalnom kamerom. Pregled}}

Western blot pregled

Stanični lizati su dobiveni s katenina puferu za lizu (1% Triton X-100, 1 % Nonidet P-40 u PBS-u), uz dodatak inhibitora proteaza koktela (Roche) i inhibitora fosfataze koktela (Sigma). Protein kvantifikacija vrši modificiranom Bradford analizom (Bio-Rad). Za svaki uzorak, 25 ug proteina se nanosi, odvojen je u 7,5% SDS-PAGE, te elektroblotiran na nitroceluloznu membranu (GE Healthcare Life Sciences). Membrane su blokirane s 5% bezmasnim sušenim mlijekom i 0,5% Tween-20 u PBS-u. Imunobloting je izvedena s antitijelima protiv E-kadherina (1:1000, BD Biosciences), aktina (1:1000, Santa Cruz Biotechnology), i α-tubulina (1:10000, Sigma). Ovce anti-miš (GE Healthcare Life Sciences) ili magareći anti-kozji (Santa Cruz Biotechnology) su korišteni kao sekundarna antitijela, zatim ECL detekcije (GE Healthcare Life Sciences). Imunoblot su prebrojane u količinama One softvera (Bio-Rad). Pregled

fluorescencijom aktiviranog staničnog sortiranja (FACS) pregled

Stanice su uzgajane na konfluentnom monosloju, samostojeća s Versene (Gibco, Invitrogen) i ponovno suspendirane u ledeno hladnom PBS s 0,05 mg /ml CaClz _{2. Suspenzija 5 × 10 ^{5 stanice se centrifugira 5 minuta pri 1500 rpm 4 ° C, i ispere u PBS s 0,05 mg /ml CaClz 2 3% BSA. Stanice su inkubirane tijekom 60 minuta s primarnim antitijelima na E-kadherina, HECD1 (Zymed Laboratories) pri 1:100 razrjeđivanja. Stanice su dvaput isprane i zatim inkubirane s anti-mišjim biotinilirane (Dako) na 1:100 razrjeđivanja. Stanice su dvaput isprane i zatim inkubirane sa streptavidin-PE CY5 (BD Pharmingen) na 1:40 razrjeđenje. Konačno, stanice se isperu, resuspendiraju u 500 ul PBS-a, i 50000 stanica su analizirani protočnom citometru (Coulter Epics XL-MCL). Podaci su analizirani uz WinMDI softverom. Pregled}}

imunofluoroscentih pregled

imunofluorescencije mikroskopom, stanice su zasijene na staklenu pokrovnicu i uzgaja do 80% -tne konfluencije, učvršćene u ledeno-hladnom metanolu tijekom 15 minuta, ispran 2 puta s PBS-om i inkubirane s primarnim protutijelom, koji je razrijeđen u PBS 5% BSA, 60 minuta na sobnoj temperaturi. Primarna antitijela koriste: mišje monoklonsko anti-E-kadherin (BD Biosciences); zečji anti-kalneksin (Stress). Sekundarna antitijela koriste: Alexa Fluor 488 anti-miš (1:500, Invitrogen); Alexa Fluor 594 anti-zečji (1:500, Invitrogen). Pokrovna stakalca su stavljeni na stakalca korištenjem Vectashield sa DAPI nuklearnog detekciju (Vector Laboratories). stjecanje Slika je izvedena na Carl Zeiss Apotome Axiovert 200 m fluorescentnim mikroskopom pomoću 40 × ciljeva. Slike su skupljene s Axiocam HRM kamerom i obrađuje softvera Axiovison verzija 4.8. Pregled

Cell tretmani

inhibicije sinteze proteina, stanice su tretirane s 25 uM cikloheksimida 8 h i 16 h, i a količina E-kadherina je analiziran WB kako je prethodno opisano. Za testu inhibicije proteasoma, stanice su nasađene u 6 jažica, stanice su uzgajane do oko 80% konfluentnosti, te inkubira 16 sati sa 10 uM MG132 (Calbiochem). Stanični lizati su analizirani WB na prethodno opisani način. Pregled

Rezultati

1. E-kadherina strukturni modeli pregled

Postoji nekoliko ljudski E-kadherina (on-CAD) strukture na raspolaganju, a oni pokrivaju samo male porcije proteina (Tablica S1). Korištenje automatsko pretraživanje švicarskom modelu repozitorija, otkrili smo da PDB 1L3W, označeni za pune dužine izvanstanične domene Xenopus EP-kadherina (EP-CAD), vrlo je homologna iste domene u ljudskom E-kadherina. Analizirali smo homolognost slijeda po usklađivanje koristeći M-kava, višestruko poravnavanje sekvenci koja kombinira izlaz nekoliko višestruka pakiranja poravnanje sekvencija (PCMA, POA, Mafft, mišića, T-kava, ClustalW, ProbCons, DialignTX) [23], [24 ]. Slika 1A prikazuje usporedbe dviju ekstracelularne domene sekvence. Crvene cigle regije predstavljaju savršen sporazum među metodama koje se koriste, što predstavlja vrlo slične sekvence. Za izgradnju strukture modela i uklonili područja bez sličnosti (Slika 1A, zvijezde), te ograničeni model regijama s pouzdanim usklađivanje (crna strelica, Slika 1A). Struktura Xenopus je humanizirati kao što je opisano u materijalima i metodama i Slika 1B prikazuje strukturnu usklađivanje on-CAD EC1 EC2-domena (iz PDB 2O72) i EC1 EC2-domene od Xenopus izvedene strukturni model. Dvije strukture gotovo superponiraju, što ukazuje da je sličnost između ekstracelularnih domena humanih E-kadherina i Xenopus EP-kadherina nije samo na razini sekvence, već i na strukturne razini. Model struktura ljudskog E-CAD pokazuje kompatibilne energije sa strukturom od Xenopus, uz blagi pad od slobodne energije (ΔG) dobivene za model (ΔG _{stvarnom = 559,99 kcal /mol i ΔG modelu = 531.77 kcal /mol), što ukazuje da humanizacija ne uvodi dodatni sukoba. Nedavno je struktura ekstracelularne domene miša pušten (PDB 3Q2V, tablica S1), a također se koristi ovu strukturu kao model, kao način za poboljšavanje rezultata dobivenih s oocitima model. Pregled}

Utvrdili smo druga dva modela, koji pokrivaju prodomenu (PDB 1OP4, od miša N-kadherina) i β-katenina citoplazmatske domene (PDB 1I7X, od miša E-kadherina), koristeći istu metodologiju. Sve u svemu, tri modela pokrivaju većinu strukture proteina (slika 1C): prodomenu modela pokriva pozicije 28-117, ekstracelularne modeli pozicije 155-697 i β-katenina citoplazmatske domene pokriva 782-838. Na razini juxtamembrane domene, jedan struktura je označen, naznačen time što sadrži interakciji između površine E-kadherina i P120 [28]. Ova struktura sadrži malu, 18 aminokiseline dugu peptida (koji pokriva pozicije 756-773 na on-CAD), s vrlo niskim strukturne sadržaja, faktori koji smanjuju pouzdanost energetskih izračuna, tako da smo odbacili tu strukturu iz analize. Pregled

2. kompjutora pregled predviđanja utjecaja povezane s rakom E-kadherina USVs

E-kadherina mutacije nisu samo genetski uzrok HDGC, ali su također često naći u različitim vrstama sporadično raka. Analizirali smo u silico
utjecaju svih karcinoma povezanih s E-kadherina missense mutacija koje se lokalizira u regijama obuhvaćenim strukturalnim modelima generirana: 22 rasplodnih stanica mutacija koje se nalaze u postavkama HDGC i EODGC i 57 nalaze u sporadičnih karcinoma. Zametne linije E-kadherina USVs su prikupljeni iz literature, a neki su osobne komunikacije našeg laboratorija. Neki HDGC /EODGC mutacije nisu moguće modelirati, zbog nedostatka strukturnih informacija (npr one lokalizirane u juxtamembrane domeni E-kadherina), a nisu bili uključeni u ovu analizu. Somatske mutacije su prikupljeni iz baze Cancer Genome Project, a sadrže mutacije pronađene kod želučanog i lobularni karcinom dojke (jedine dvije vrste raka povezane s HDGC), ali i druge vrste raka, kao što su sinovijalne sarkoma ili žučnih kanalića karcinoma (Tablica S2 ). pregled

Korištenje strukturnih modela prethodno opisane, koristili smo FoldX generirati svaki od raka povezan USVs i vrednovati njihov materinji državnu stabilnost, ΔG (poznatiji kao ukupne energije za jednostavnost) [20]. Energetska razlika između WT reference i odgovarajućeg mutanta (ΔΔG = ΔG _{WT-ΔG Mut) izračunat je za 22 HDGC /EODGC E-kadherina USVs lokaliziranih u regijama obuhvaćenim modela strukture, a Rezultati su prikazani u tablici 1. Kad ΔΔG je negativan, to odražava dobitak od materinji državne stabilnosti u mutiranog oblika; kada je pozitivan, to implicira da je mutant manje stabilne onda WT referenca. Prethodna istraživanja u drugim proteinima pokazuju da promjene stabilnosti obračunava s FoldX algoritma ispod 0,8 kcal /mol su unutar promjene pogreške softvera, pa se stoga smatra da nije bilo značajno [21]. Prema tome, možemo samo uzeti u obzir mutacije biti destabilizirajuće kad oni izazivaju promjene energije iznad 0,8 kcal /mol. Na slici 2A, mutacije iznad sheme su destabilizirajuće, dok su donji strukturno toleriraju. Jasno je da se destabiliziraju mutacije spead duž proteina, bez preferencijalnog domene zahvaćene. Pregled}

prodomenu od on-CAD se cijepa za vrijeme sazrijevanja, a ako se to ne postigne, E-kadherina ljepilo funkcija umanjena [ ,,,0],29], [30]. Za mutacije lokalizirane u ovoj oblasti, istražili smo utjecaj na ukupne energije sa FoldX, očuvanju s prosijati, a također vrednovati uplitanje prodomenu cijepanja sa stup (pojedinosti u Materijali i metode). Otkrili smo da su nasljedne (G62V i T118R) i sporadična (P30T, G62D, H92Y, H121R i H123Y) mutacije lokalizirani u E-kadherina prodomene strukturno toleriraju, kao što je predviđeno FoldX (Tablica S3). Kada analiziramo utjecaj na temelju očuvanja pomoću prosijati, također je utvrdio da niti jedan od mutacija se smatralo štetan, jer je njihov stupanj očuvanosti je niska (Tablica S3). Ovi rezultati pokazuju da je patogenost E-kadherina USVs lokaliziran u prodomenu je vjerojatno ne ovisi o destabilizacije. Također smo našli nikakav utjecaj na cijepanje propeptida, kao što je predviđeno stup (podaci nisu prikazani). Prema tome, mi vjerujemo da je patogenost E-kadherina mutacije u tom području može dovesti do smetnji s pristati proteina uključenih u obradu prodomenu, nemoguće predvidjeti u silico Netlogu. Pregled

Nasljedna E -cadherin USVs protežu po cijeloj dužini izvanstanične domene, dok su sporadični mutacije pretežno se nalaze u EC2-EC3, sukladno sa žarišnom točkom prethodno opisanim u egzona 7-9 [5]. Od ukupno 18 rasplodnih stanica HDGC /EODGC mutacija lokalizirane u ovoj oblasti, otkrili smo da 10 imaju značajan strukturni utjecaj na protein (Tablica 1). Približno polovica sporadični mutacija također destabilizira (Tablica S3), neovisno o domeni EC gdje su lokalizirani, što ukazuje da nativni stanja destabilizacija može biti povezana na veiki sporadičnih karcinoma uključuju gubitak E-kadherina pomoću točkaste mutacije.

samo tri mutacije su lokalizirani u regiji preslikati po uzoru na citoplazmatske β-katenina vezne domene (P799R, V832M, S838G): prve dvije identificirani u okruženju HDGC /EODGC a drugi sporadično, pronađeno u jajnicima karcinoma [31]. Za ove mutacije analizirana energije vezanja između E-kadherina i beta-katenina i otkrili da nijedan od njih bitno utječe na afinitet vezanja P-katenina, prema predviđanjima FoldX. To je u skladu s In vitro

• PLoS ONE: Integracija DNA kopiju Broj izmjena te transkripcijski Expression analize u ljudskoj želučani Cancer
• PLoS ONE: fermentacijom pomoću Propionibacterium freudenreichii inducira apoptozu od HGT-1 Ljudski rak želuca Cells