Sažetak pregled
Pozadina pregled
mikroRNA (miRNAs) široko su proučavali ne-kodiranje RNA koje moduliraju ekspresiju gena. MiRNAs su deregulirano u različitim tumorima uključujući rak želuca (GC) i ima potencijalne dijagnostičke i prognostičke implikacije. Cilj našeg istraživanja bio je utvrditi Mirna profil na GC tkiva, nakon čega slijedi ocjenjivanje dereguliranog miRNAs u plazmi GC pacijenata. Pomoću dostupnih baza podataka i bioinformatiku metode također za cilj procijeniti potencijalne ciljne gene potvrdio različito izražena Mirna i potvrditi ove rezultate u GC tkiva. Pregled
Metode pregled
U istraživanju je sudjelovalo 51 GC bolesnika i 51 kontrola. U početku, prikazan nam Mirna profil ekspresije u 13 uzoraka tkiva GC i 12 normalnih želučanog tkiva s TaqMan niske gustoće polja (TLDA). U drugoj fazi, diferencijalno izražene miRNAs su validirane u replikacija skupini pomoću QRT-PCR u uzorcima tkiva i plazme. Nakon toga, analizirali smo potencijalne ciljne gene dereguliranih miRNAs pomoću bioinformatičkih pristup, određuje njihov izraz u GC tkiva i nastupao korelacijska analiza s ciljanjem miRNAs. Pregled
Rezultati
profiliranje s TLDA otkrila 15 dereguliranih miRNAs u GC tkiva u odnosu na normalnu sluznicu želuca. Replikacija analiza potvrdila je da Mir-148a-3p, Mir-204-5p, Mir-223-3p i Mir-375 su dosljedno deregulirano u GC tkiva. Analiza uzoraka plazme GC pacijenata pokazala je značajnu-naniže Mir-148a-3P, Mir-375 i up-regulaciji Mir-223-3p u usporedbi sa zdravim ispitanicima. Nadalje, korištenjem bioinformatika alata možemo identificirati ciljeve replicirao miRNAs i izvodi analize gena za obogaćivanje bolesti povezane. Na kraju, istražili smo potencijalne ciljne gene BCL2 pregled i DNMT3B pregled ekspresijom QRT-PCR u GC tkiva, što u korelaciji s ciljanjem Mirna izraz. Pregled Zaključci pregled Naša studija otkrila je Mirna profil na GC tkiva i pokazala da je mir-148a-3p, mir-223-3p i mir-375 su deregulirano u uzorcima GC plazme, ali ovi koji cirkuliraju miRNAs pokazao relativno slab dijagnostičku učinkovitost kao jedini biomarkera. Analiza ciljnih gena pokazala je da BCL2 pregled i DNMT3B pregled izraz u GC tkiva povezana s njihovom ciljanja Mirna izražavanja pregled Izvor:. Juzėnas S, Saltenienė V, Kupcinskas J, povezati , Kiudelis G, Jonaitis L, et al. (2015) Analiza deregulirano mikroRNA i njihovih ciljnih gena u rak želuca. PLoS ONE 10 (7): e0132327. doi: 10,1371 /journal.pone.0132327 pregled Urednik: Lin Zhang, University of Pennsylvania School of Medicine, Sjedinjene Američke Države pregled Primljeno: 22. travnja 2015. godine; Prihvaćeno: 13. lipanj 2015; Objavljeno: 14. srpnja 2015 pregled Copyright: © 2015 Juzėnas et al. Ovo je otvoreno pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan pregled Podaci Dostupnost: sve relevantne podatke su u radu i njegove popratne podatke datoteka pregled Financiranje:. Ovo djelo JK, LJ, SiJu, LK, JS je podržan od strane Europskog socijalnog fonda br VP1-3.1-SMM-07-K-01 -156. Rad PM podržava njemačkog Saveznog ministarstva za obrazovanje i istraživanje u okviru ERA-Net PathoGenoMics. Grant Ne: BMBF-0315905D. U financijeri nisu imali ulogu u studiju dizajna, prikupljanja i analize podataka, Odluka o objavi, ili pripremu rukopisa pregled U konkurenciji interese.. Autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled Uvod pregled otkriće mikroRNA (MiRNAs) i uspostavu njihova uloga u molekularnoj putevi donio ogroman napredak u molekularnoj biologiji [1] [2]. Ove male sobe za kodiranje RNA se sastojale od ~ 22bp su uključeni u post-regulaciji transkripcije gena. MiRNAs karakterizira visoka stabilnost u biološkim uzorcima stvaranje te molekule poželjna meta u biomarker području istraživanja [3] [4]. Prikupljeni dokazi pokazuju da su miRNAs uključeni u većim karcinogeneze putova [5]. Prethodne studije su pokazale da deregulacija miRNAs javlja gotovo u svim većim vrsta raka [5] [6]. Nadalje, miRNAs se pokazalo da ima dijagnostičke ili prognostičke ulogu i čak na potencijalne kliničke posljedice za ciljane genske terapije u pacijenata s rakom [7] [8]. Pregled Incidencija rakom želuca (GC) u zapadnim zemljama ima pala tijekom posljednjih desetljeća; Međutim, ova vrsta raka i dalje čini gotovo milijun novih slučajeva bolesti u svijetu i nosi vrlo visoku stopu smrtnosti [9]. Najnovija istraživanja o GC otkrila je mnoge nove uvide u patogenezi ove maligne bolesti. Ipak, točan mehanizam maligne transformacije iz Helicobacter pylori pregled ( H pregled. pylori pregled) infekcija na kronični atrofični gastritis, crijevne metaplazije i GC je još uvijek slabo razumio [10 ]. Trenutno hipoteza razvoja GC uključuje kombinirani učinci bakterijske, domaćin i prehrambenih faktora; Međutim, do danas, ova teorija sugerira vrlo malo klinički zvučne translacijske implikacije [11]. Većina GC slučajeva dijagnoze u kasnim stadijima bolesti, koja je povezana s lošim rezultatima bolesnika. Stoga je jedan od glavnih žarišta u GC istraživanja je procjena potencijalnih molekularnih biomarkera koji bi se mogao koristiti za rano neinvazivne dijagnostike ove maligne bolesti. Pregled presudna uloga miRNAs u GC je prikazano u različitim studijama [12]. Volinia et al. dali je jedan od prvih Mirna ekspresije profila u GC tkiva pokazuju određenu deregulacije uzorak [13]. Daljnje studije su također izvijestili značajan deregulaciju miRNAs pripadaju Mir-17, Mir-21, Mir-223, Mir-135 i mnoge druge obitelji. Među prijavljenim studija u GC tkiva, Mir-21, Mir-25, Mir-92, Mir-223 bile najdosljednije regulira prema gore miRNAs, dok je Mir-375 i Mir-148 bile najdosljednije dolje regulira [14] [ ,,,0],15] [16]. Većina tih studija pogledao Mirna profil u bolesnika s GC i upareni susjedne normalne sluznice želuca [14]. Važne studije su pokazale da miRNAs već deregulirano u ranim fazama želučane karcinogeneze, uključujući H Netlogu. pylori pregled gastritisa i premalignih faze želuca atrofije i intestinalne metaplazije [17] [18]. Zanimljivo je da su neki od miRNAs imaju suprotne smjerove deregulacije u prisutnosti GC, kao zasebne profiliranje studije pokazuju značajnu nekonzistentnost među neregulirana miRNAs [14]. Mir-9 je utvrđeno da se regulira prema gore u dvije studije [15] [19], dok su druge dvije radovi su pokazali značajnu-naniže ove Mirne na GC tkiva [13] [20]. Te razlike se odnose na suprotne rezultate deregulacije za Mir-9 i mnogim drugim miRNAs su najvjerojatnije povezani s razlikama u anatomskoj lokaciji GC, histološki podtip, stadiju bolesti, profiliranje platformi, statističke analize i mnoge druge potencijalne čimbenike. Osim toga, većina trenutno objavljenih studija o Mirni profila u GC tkiva pokrivaju teme iz azijskih zemalja; U međuvremenu, podatke o europskim GC pacijenata još uvijek rijetki [21]. pregled Cilj našeg istraživanja bio je utvrditi Mirna profil na GC tkiva te ga usporediti s normalnom zdravom želučane sluznice koristeći široku pokrivenost Mirna TaqMan niske gustoće polja. U daljnjoj analizi, željeli smo provjeriti naše profiliranje rezultate u tkivu i plazmi veće skupine GC bolesnika i zdravih kontrola europskog podrijetla. Na kraju, istražili smo potencijalne ciljne gene potvrdio različito izražena Mirna i izvodi analize gena za obogaćivanje bolesti Udruge svojih ciljnih gena. Pregled materijali i postupci Izjava Etika pregled istraživanje je odobreno od strane regionalnog Biomedical Research etičkog povjerenstva Kaunas (Protokol br BE-2-10). Svi su bolesnici potpisali obrazac informiranog pristanka za sudjelovanje u istraživanju. Pregled stanovništvo Studija pregled tkiva primjerci su prospektivno prikupljeni između 2011. i 2014. godine u odjel za gastroenterologiju i kirurgiju bolnice Litvanski Sveučilišta Health Sciences (Kaunas, Litva). U istraživanju je sudjelovalo ukupno 51 kontrolnih ispitanika i 51 GC pacijenata, koji su bili podijeljeni u profiliranje (GC, n = 13; kontrole, n = 12) i validacije kohorte (GC, n = 38; kontrole, n = 39). Svi ispitanici bili su europskog podrijetla. Želučani uzorci biopsije dobivene su iz antralnog dijelu trbuha od kontrolnih ispitanika koji su bili upućeni na gornji GI endoskopiju zbog dispeptičkih simptoma i nisu imali povijest malignih oboljenja. GC Uzorci tkiva dobiveni su iz kirurških uzoraka neposredno nakon resekcije od bolesnika podvrgnutih osnovnu operaciju za GC bez preoperativne zračenjem i kemoterapijom. Želučani adenokarcinom u GC pacijenata je potvrđena histologiju i klasificiraju se prema Lauren u difuznu i crijevnih vrste [22]. H pregled. pylori pregled statusa procijenjena je u GC i kontrolnih ispitanika koristeći indirektno ELISA za otkrivanje serumu specifičnih IgG antigen (virusne /Serion GmbH, Wünrzburg, Njemačka). Kliničke i patološke karakteristike skupina pacijenata, uključujući dob, spol i stadiju bolesti prikazani su u tablici 1. pregled Priprema tkiva uzorka i RNA ekstrakciju pregled uzorci želučane tkiva su pohranjeni u RNAlater (Ambion, Austin , TX, USA) na + 4 ° C, a 24 sata kasnije, pohranjen pri -80 ° C. 30 mg tkiva je homogenizirana u sterilnim uvjetima prije izdvajanja ukupne RNA s mirVana Mirna izolacijski kit (Ambion, Austin, TX, USA) za profiliranje studija i miRNeasy Mini Kit (Qiagen, Valencia, CA, USA) za ocjenu valjanosti, u skladu s instrukcije proizvođača. Kvaliteta RNA je procijenjena korištenjem Nanodrop 2000 spektrofotometar (Thermo Scientific, USA). Kvalitativna provjera integriteta RNA provedena je pomoću elektroforeze na agaroznom gelu (5%). Priprema pregled uzorka plazme i RNA ekstrakciju pregled Uzorci plazme su prikupljeni iz zdravstvenih pacijenata i pacijenata s GC. Mirne izraz u plazmi skupine koja se sastoji od uzoraka plazme od 38 pacijenata oboljelih od raka želuca i 39 zdravih dobrovoljaca. Venska krv je sakupljena u EDTA antikoagulacijskim vakuum cijevi i centrifugira na 3500 okretaja u minuti tijekom 15 minuta na sobnoj temperaturi; odvojena plazma je prebačena u 1,5 ml epruvete i stavljen u -80 ° C ledenicu na kratkoročno skladištenje. Mali RNA su iz 200 ul plazme pomoću miRNeasy serum /plazma Kit (Qiagen, Valencia, CA, USA) prema uputama proizvođača. Pregled Mirna profiliranje pomoću TaqMan niske gustoće Array pregled Mirna profiliranje provedena je s TaqMan Array Ljudski Mirna Card v2.1 koja je omogućila da se kvantificirati 377 ljudskih miRNAs katalogizirane u miRBase V20 [23]. Ukratko, 350 ng ukupne RNA je u početku reverzno transkribira pomoću megapleks RT postavljen bazen verziju 2.1 (Applied Biosystems, Carlsbad, California, USA) i 800 jal cDNA produkta se zatim stavi na TaqMan Array Ljudski Mirna Card i izvoditi na VIIA 7 PCR sustav u stvarnom vremenu (Applied Biosystems). Primarna analiza je učinjeno pomoću VIIa 7 programa (Applied Biosystems) da se izraz u smislu st. Analiza podataka izvedena je pomoću Bioconductor HTqPCR paketa [24]. MiRNAs sa CT vrijednosti > 37 smatrani su unamplified. Razmatrane su MiRNAs koji nisu bili amplificirani u više od 25% uzoraka koji se skromno ekspresijom i stoga isključeni iz daljnje analize. Mirna izraz Podaci su normalizirani pomoću rang nepromijenjen normalizaciju. NormFinder i geNorm algoritmi su korišteni za identifikaciju referentnu gen od TLDA podataka za ocjenu valjanosti [25]. Prema algoritmima Mir-127-3p pokazali najnižu Ct varijance te je izabrana kao referentna gena za ocjenu valjanosti. Nedavne studije pokazuju da je razina ekspresije RNU6A i nekih drugih malih nuklearnih RNA može biti nestabilan u određenim tkivima i uvjetima i ne može poslužiti kao najbolja referenca gene [26] [27] [28] [29]. Jedna nedavna publikacija također je identificiran Mir-127-3p kao dobar kandidat za izbor referentnog gena [30]. Pregled Kvantitativna reverzna transkripcija polimeraza lančane reakcije (QRT-PCR) pregled Reverse transkripcije (RT ) reakcije su izvedene korištenjem TaqMan Mirna reverzne transkripcije Kit (Applied Biosystems, Carlsbad, Kalifornija, SAD) i Mirna-specifična RT matičnih petlje primera (Applied Biosystems, Carlsbad, Kalifornija, SAD). Singleplex reakcije su provedene u volumenu od 7,5 uL. Svaka reakcija koja se sastoji 2,08 jal nukleazi slobodne vode, 0,74 lL 10 × RT pufera, 0,08 ul dNTP (100 mM), 1,5 ul 5 × Mirna specifične RT početnice, 0,1 jal 'RNA-inhibitor, 0.5 ul Multiscribe reverzne transkriptaze i fiksni volumen Mirna predložak (2,5 mL). RT je provedena u termocikler pod slijedećim uvjetima: 16 ° C kroz 30 min, 42 ° C tijekom 45 min i na 85 ° C tijekom 5 minuta, nakon čega slijedi čekanje na 4 ° C pregled TaqMan pravi. Vremenski PCR reakcije su provedene u duplikatu reakcijama koje obuhvaćaju 6,25 ul TaqMan 2 × Universal PCR Master mix sa No AmpErase Ung (Applied Biosystems, Carlsbad, Kalifornija, SAD) 0.625 ul 20 × Mirna-specifični primer i probe mješavina testu TaqMan Mirna Kit (Applied Biosystems, Carlsbad, California, SAD), 3 jal od reverzne transkripcije proizvoda i 2.625 ul nukleazna slobodne vode. RT-PCR je provedena korištenjem 7500 Brzo Real-time PCR System (Applied Biosystems, Carlsbad, Kalifornija, SAD) pod sljedećim uvjetima: 95 ° C tijekom 10 minuta, a zatim 40 ciklusa od 95 ° C za 15 s, 60 ° C 60 sekundi, a zatim je zadržano na 4 ° C. Svaki uzorak je obrađen u duplikatu. Podaci su analizirani s automatskim postavkama za dodjeljivanje polazne osnove, i prosječne CT i SD vrijednosti su izračunate. Razina ekspresije Mirni u tkivu je bila normalizirana na miR-127-3p i razina ekspresije u plazmi bila normalizirana na HSA-Mir-16-5p. Rezultati su izračunati koristeći metodu ΔΔCT [31]. Podaci su analizirani s automatskim postavkama za dodjeljivanje polazne osnove, a prosječne vrijednosti Ct i SD su izračunati. Pregled cDNA za BCL2 pregled i Analiza DNMT3B pregled ekspresije gena je sintetiziran iz 500 ng RNA pomoću velikog kapaciteta cDNA reverznom transkripcijom Kit (Applied Biosystems, Carlsbad, California, USA). Singleplex reakcije su provedene u volumenu od 7,5 uL. Svaka reakcija koja se sastoji 2,1 jal nukleazi slobodne vode, 1 jal 10 × RT pufer, 0,4 jal dNTP (100 mM), 1 ul 10 × RT Random početnice, 0,5 jal Multiscribe reverzne transkriptaze i fiksni volumen Mirna predloška (2,5 uL). RT-PCR je provedena u termocikleru pod slijedećim uvjetima: 25 ° C tijekom 10 minuta, na 37 ° C tijekom 120 minuta i na 85 ° C tijekom 5 minuta, a zatim je zadržano na 4 ° C. Prije uzorci qPCR cDNA su razrijeđen 1: 1 s nukleaznog slobodne vode i 2 ul koristi se u 10,5 ul RT-qPCR reakcije zajedno sa 6,25 ul 2x TaqMan Fast Universal Master mix (Life Technologies, Carlsbad, California, SAD), 0.625 ul 20x TaqMan Gene Expression Assay (Life Technologies, Carlsbad, California, USA) i 3.625 ul sterilnom vodom. RT-qPCR testovi su provedeni u tri primjerka na 7900HT Brzo Real-Time PCR System (Applied Biosystems, Carlsbad, California, SAD) pod sljedećim uvjetima: 95 ° C 10 minuta, a zatim 40 ciklusa od 95 ° C za 15 s, 60 ° C za 60 s, a zatim je zadržano na 4 ° C. Razina ekspresije BCL2 Netlogu i DNMT3B pregled u tkivu je normaliziran na ACTB pregled. Pregled ciljni gen analiza mreže pregled popisi važećih ciljnih gena u miRNAs kandidata su dobiveni od miRTarbase v4.5 (mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw) i miRecords v4.0 (mirecords.biolead.org) baze podataka. Podaci udruge Gene-bolesti dobivene su iz baze podataka DisGeNET (http://www.disgenet.org/~~HEAD=pobj). Kako bi se identificirali GC-vezane gene, pojam "želučana adenokarcinom" (umls: C0278701) korištena kao upit za bazu podataka. Biološki mreže su stvorene pomoću Cytoscape V3.2 open-source softvera s CyTargetLinker prijave [32]. Pregled Statistička analiza pregled Klinička obilježja među skupinama uspoređeni su pomoću χ pregled 2 test i Fisherov egzaktni test za kvalitativnih podataka, i t-test za kvantitativne podatke. Podaci TLDA je analiziran pomoću t-testa i Benjamini Hochberg korekcija za stopu lažnih otkriće, tako da diferencijal ekspresija smatra značajnom sa p < 0.01. Podaci su normalizirani koristeći rank invarijantnog normalizaciju [33] i analizirane pomoću HTqPCR paket. qPCR izraz podaci o valjanosti i plazma je analiziran pomoću neparametarskog Mann-Whitney U-testa. Benjamini Hochberg prilagođena p < 0,05 smatra se statistički značajnom. Za QRT-PCR podacima, relativne razine ekspresije svakog cilja Mirna (log2 relativna razina) izračunati su prema razlici u CT vrijednosti između ciljnih miRNAs i Mir-127-3p u uzorcima tkiva i Mir-16-5p u uzorcima plazme (ΔCT) [34]. Hipergeometrijska test je korišten za analizu ciljne obogaćivanje GC-povezane. Prijemnik operativni karakteristične (ROC) krivulja je generirana za svaku Mirna koristeći ΔCT podatke. Površina ispod krivulje (AUC) vrijednosti i 95% intervala pouzdanosti (CI) izračunate su za određivanje specifičnosti i osjetljivosti. Za analizu dijagnostičku vrijednost u kombinaciji promjena u plazmi razine Mirna, univarijantna ekspresije gena Prosječna algoritam korišten je [35]. ROC krivulje su koristeći ROCR paket [36]. Sve analize podataka izvedena je uporabom R verzija 3.1.1 softver. Pregled Rezultati Mirna izraz profiliranje GC i zdravog želučane sluznice tkiva TLDA pregled TaqMan Ljudski Mirna niske gustoće polje analiza se provede radi identifikacije miRNAs kandidata koji pokazuju promijenjena ekspresija u želučanom tkivu raka. Tkiva Mirna profili GC pacijenata su uspoređeni s profilima želučane sluznice od zdravih pojedinaca. Nakon filtriranja za niske obilnom miRNAs (CT vrijednosti > 37 i ne može detektirati u više od 25% uzoraka), set 193 miRNAs (od ukupnog 377) ostao je za daljnju analizu. Usporedba kancerogeni u odnosu na normalno tkivo identificirana 15 različito izraženi miRNAs, od kojih je 7 regulira prema gore i 8 su dolje regulirana FDR prilagođen p-vrijednost 0,01 i preklopite promjenu > 2 (Tablica 2). Rezultati su prikazani na vulkan parceli (slika 1). Među njima, 6 miRNAs (Mir-135A-5p, Mir-148a-3p, Mir-204-5p, Mir-375, Mir-223-3p i Mir-155-5p), na kojoj je najveći značaj i preklopite vrijednosti promjena, odabrani su za ocjenu valjanosti. Hijerarhijski grupiranje pod euklidske udaljenosti od odabranih Mirna normaliziran ekspresije podataka pokazala dvije skupine: jednu koja odgovara kontrolnoj skupini, a drugi odgovaraju prvenstveno skupini bolesnika. (Slika 2). Pregled Mirna valjanosti u GC i zdrava želučanoj sluznici tkiva s QRT-PCR Netlogu šest miRNAs kandidata izabranih za provjeru su utvrđene pomoću QRT-PCR. Za odabir referentnog gena podaci TLDA su analizirani pomoću dvije različite algoritme (NormFinder i geNorm) identificirati referentne gene. Mir-127-3p pokazao najveću stabilnost izraz preko svih uzoraka u TLDA podataka i zbog toga imaju: Mir-127-3p je izabrana kao referentna gena za normalizaciju qPCR podataka. Razina ekspresije Mir-148a-3P, Mir-204-5p, Mir-223-3p i Mir-375 pokazala je značajno različito izražavanje u istom smjeru kao u studiji otkriće (FDR prilagođen p < 0,05), dok je značajna razlike su otkrivene u razinama ekspresije Mir-135A-5p i Mir-155-5p (FDR prilagoditi p > 0,05; Slika 3) pregled Plazma miRNAs kao potencijalni biomarkeri za rak želuca pregled Ciljana predviđanje gen pregled Kako bi se dodatno istražiti moguće mete Mir-148a-3P, Mir-204-5p, Mir-223- 3p i mir-375, sve svoje eksperimentalno provjerenih Mirna ciljanoj interakcije su dobiveni iz dvije različite baze podataka (miRTarbase i miRecords). Podaci su vidljivo u Cytoscape kao biološki mreža koja sadrži sve navedene miRNAs i njihovih ciljnih interakcija (slika 5). Svaka interakcija u mreži koja se sastoji od dva čvora, regulatorno Mirna čvor (crveno) i ciljne mRNA čvor (ružičasta) spojen preko jednog usmjerenog ruba. Sve u svemu, mreža uključena 593 potvrđene mete, 419 ih je dodijeljen Mir-375, 88 dodijeljen Mir-204-5p, 83 dodijeljen Mir-148a-3p i 21 dodijeljeni Mir-223-3p. Analiza mreža otkrila je da Mir-148a-3p i Mir-375 je šest zajedničke ciljeve (MPP5, DNMT3B, PAPD4, RASSF8, PBXIP1 i RAB10), Mir-204-5p i Mir-375 je imao šest zajedničke ciljeve (SERP1, CTSC , EFNB2, HSP90AA1, TCF12 i IL1RAP), mir-148a-3p i mir-204-5p imao dvije zajedničke ciljeve (AURKB i CDC25B), mir-223-3p i mir-148a-3p također imao dvije zajedničke ciljeve (HSP90B1 i IRS1), Mir-223-3p i Mir-375 je imao jednu zajedničku cilj (PARP1) i Mir-148a-3P, Mir-204-5p i Mir-375 je imao zajedničkoj cilj (BCL2). Ciljne geni koji su regulirani istovremeno dva ili tri miRNAs zastupljeni u narančastim i zelenim bojama, odnosno (Slika 5). Pregled Bolesti povezane s gen obogaćivanje analiza pregled Kako bi se utvrditi da li je bolest -associated geni su značajno obogatili u našem skupu Mirna ciljeve, obogaćivanje analiza je provedena. Prvo, popis gen je izvučen iz DisGeNet baze podataka. Kao Upit baze podataka koristili smo izraz "želuca adenokarcinom" (umls: C0149826). Nakon filtriranja iz Mirne, lncRNA i geni koji nisu bili u miRTarbase i miRecords, 115 geni su identificirani da je povezan s GC. U analizi mrežnog 20 gena GC-povezane su u preklapanju, 4 (BCL10, YAP1, IGFBP3 i JAG1) od njih dodijeljen Mir-375, 6 (IL8, MMP9, IL1B, CdX2, SERPINE1 i SPARC) dodijeljena Mir-204 -5p, 4 (CDKN1B, APC, NR1I2 i CCKBR) dodijeljena Mir-148a-3p i 2 (STMN1 i IGF1R) dodjeljuje Mir-223-3p. Ciljne geni koji su povezani s GC zastupljeni u plavom (Slika 5). Konačno, analiza gena obogaćivanje povezan s bolesti provedena je pomoću hipergeometrijska testa distribucije temeljene što je dovelo da ocijeni da li je broj gena GC-povezana je veći nego što se očekivalo u skupu ciljnih gena odabranih miRNAs. Obogaćivanje analiza pokazala je da geni GC-povezane su znatno više zastupljeni (p < 0,05) Mir-148a-3P, Mir-204-5p i Mir-223-3p, a nema značajne obogaćivanje zabilježena je u Mir-375 ciljnih gena (p > 0,05) (Tablica 3) pregled BCL2 pregled i DNMT3B pregled prekomjerna ekspresija i inverzne korelacije s ciljanjem miRNAs u želučanim tkiva raka pregled Rasprava izmijenjeni Mirna izraz profili imaju. prijavljeni su u tkiva i krvnih uzoraka GC [13] [20] [14] [38]. Neke od tih neregulirana miRNAs su povezani s preživljavanjem, metastatskim ponašanja tumora i drugih kliničkopatološkim značajke GC [39] [40]. Nadalje, miRNAs se pokazalo da regulira rast tumora koji utječu na proliferaciju, adheziju, invaziju i migraciju u GC stanicama [41]. Što je još važnije, ciljne gene dereguliranih miRNAs u GC su uključeni u apoptoze, staničnog ciklusa i drugih ključnih karcinogeneze putova [12]. Dakle, istraživanje miRNAs i njihovih potencijalnih ciljnih gena u GC može poslužiti za daljnji razvoj važnih dijagnostičkih i terapijskih mogućnosti. Očito je da miRNAs su glavni igrači u želučanom karcinogeneze, ali još uvijek nemamo precizne podatke o mehanizmima i potencijalne kliničke primjene ovih molekula u GC. Pregled Ova studija bio je utvrditi profil dereguliranih miRNAs u GC tkiva, procijeniti ih u uzorcima plazme i procijeniti potencijalne ciljne gene neregulirana miRNAs. Korištenje TaqMan Mirna TLDA kartice, koja obuhvaća 377 miRNAs primera, pronašli smo 15 različito izražene miRNAs između zloćudni GC i zdravih želučanih tkiva. Osam miRNAs podregulirani (neka-7a-5p, neka-7G-5P, Mir-26b-5P, Mir-30b-5P, Mir-135A-5p, Mir-148a-3p, Mir-204-5p, miR -375), dok je sedam miRNAs bili regulira prema gore (mir-146b-5p, mir-155-5p, mir-214-3p, mir-223-3p, mir-224-5p, mir-331-3p i miR- 484). Naši profiliranje rezultati ne otkrivaju neke od najčešće neregulirana miRNAs, koje su ranije objavljeno da će deregulacija u drugim studijama, uključujući i Mir-21-5p, Mir-25-3p, Mir-92A-3P, Mir-29C-3P, i neki drugi [15] [19] [14]. Jedno od mogućih objašnjenja za ove nestale miRNAs može biti povezan s vrlo strogim statističkim kriterijima koji su se prijavili za TLDA analize naših podataka (FDR prilagođen p-vrijednost < 0,01 i preklopite promjenu > 2). Osim toga, neke razine diskrepancije u Mirni profiliranju rezultatima između pojedinih studija mogu rezultirati iz razlika u anatomskom položaju želuca, histološki podtip, statističke analize i posebno profiliranje metode [18]. Studija Mestdagh et al. pokazuje da različite platforme Mirne profiliranje imaju različite stope detekcije, specifičnost i reproducibilnost, te da je najprikladniji platforma treba biti izabrani na temelju eksperimentalne postavke i specifičnih istraživačkih pitanja (Mestdagh i sur., 2014). pregled u drugoj fazi našeg istraživanja koristili smo QRT-PCR u replikaciju skupini uključujući šest većina dereguliranog miRNAs iz profiliranje faze (mir-135A-5p, mir-148a-3p, mir-155-5p, mir-204-5p , mir-223-3p i mir-375). Pokazali smo da je Mir-148a-3p, Mir-204-5p, Mir-223-3p i Mir-375 su dosljedno deregulirano između normalnih i malignih GC tkiva. Rezultati našeg replikacije skupini podržava prethodnim izvješćima. Nekoliko je studija pokazalo da miR-148a-3p značajno podregulirani u staničnim linijama GC i uzorke tkiva u odnosu na susjedne normalnog tkiva [42] [43]. Niska razina ekspresije Mir-375 su iskazali i studija, hypothesizing da Mir-375 bio je povezan s želučanim karcinogeneze [44] [16]. Identificirali smo da je Mir-223-3p bila je značajno viša u GC tkiva u usporedbi s normalnim tkivom, kako je predložio nekoliko prethodnih izvješća [15] [19]. Mir-204-5p je rjeđe prijavljen u GC Mirna profiliranje studija; Ipak, naši rezultati su u skladu s prethodnom istraživanju koje je pokazalo značajnu-naniže ove Mirne na GC tkiva i GC stanične linije [45]. Mir-135A-5p izraz bio manji u GC tkivima nego u kontrolnoj skupini; Međutim, primijetio trend down-regulacije bila je slična prethodnim izvješćima [15], a možda su postigli potreban značaj s većim brojem pojedinaca unutar skupine. Valja istaknuti da nismo našli razlike za Mir-155-5p u našoj replikacije skupine uspoređuju kontrolnih subjekata i GC pacijenata. Najvjerojatnije ovaj nalaz je povezan s činjenicom da, u početnom profiliranje skupine, kontrolnu skupinu su H pregled. pylori pregled besplatan, dok je u replikacije set, neki od kontrolnih ispitanika imalo pozitivno serologiju za ove bakterije. Poznato je da je Mir-155-5p je uključen u putovima, uključujući H Netlogu. pylori pregled gastritis [46]; dakle, to može dati određenu pristranost prema našim rezultatima. Naši rezultati su u skladu s prethodnim studiji Link et al. (2015), gdje je razlika u ekspresiji Mir-155 u biopsijama iz GC u usporedbi s kontrolama nije dosegla statističku značajnost [18]. U replikacije fazi našeg Mirna profiliranje studiji smo odabrali samo šest miRNAs, koji je pokazao najveću biološku relevantnost i statističku značajnost. Slažemo se da bi bilo vrijedno da pogledate sve bitno dereguliranih miRNAs i da bi mogao biti potencijalni zadatak u daljnjim istraživanjima. pregled Kako istražiti potencijalnu ulogu različito izraženi miRNAs kao biomarkera u GC, analizirali smo deregulirano miRNAs u uzorci plazme. Kruži miRNAs, posebno je kombinacija više miRNAs, mogu se očitovati kao obećavajuće biomarkera za dijagnozu gastrointestinalnih karcinoma [21]. Studija Zhu et al. pokazala je da je panel od pet miRNAs može poslužiti kao potencijalni biomarkera u otkrivanju ranog stadija GC [47]. Do danas, izvijestio Mirna profili u GC serumu ili plazmi znatno razlikuju među odvojene studije [21].
i DNMT3B pregled geni u želučanom tkivu karcinoma. BCL2 pregled pokazao je 2,7-struko povećanje, dok je DNMT3B pregled imala 16,7-struko povećanje razine mRNA (Slika 6). Pearsonov korelacijska analiza provedena je kako bi se predstaviti odnos među BCL2 Netlogu i DNMT3B
mRNA i njihove ciljanje razina Mirne u normalnim i kancerogenih želučanog tkiva (Slika 6). Inverzna korelacija zabilježena je za oba predviđeno DNMT3B pregled -targeting miRNAs: Mir-375 (r = -0,49; p = 0,00001) i jezero Mir-148a-3p (r = -0,26; p = 0,0328) , Negativna korelacija između BCL2
i Mir-375 (r = -0.32, p = 0,0116), dok ne postoji veza postoji između BCL2 pregled i Mir-148a-3p (r = -0,06; p = 0,6631) ili BCL2 pregled i mir-204-5p (r = -0,02; p = 0,8546) pregled
COVID-19:Kako bolest izgleda
Istraživanja pokazuju kako crijevni mikrobi utječu na želučanu gripu
Infekcija SARS-CoV-2 produljuje širenje virusa i gubitak limfocita u pacijenata s rakom
Kriptosporidioza se pogoršava uobičajenim probioticima
Rotavirus igra važnu ulogu u razvoju dijabetesa tipa 1
Mikrobi bi mogli predvidjeti fatalne ishode u ventiliranih pacijenata s COVID-19
Prvi nalazi projekta Human Microbiome Project potaknuli su 'stotine naknadnih studija'
Projekt ljudskog mikrobioma (HMP) inicijativa je koju su razvili Nacionalni instituti za zdravlje radi karakteriziranja ljudskog mikrobioma i kod zdravih odraslih osoba i kod onih sa specifičnim stanj
Biljna hrana može prenijeti na ljude superbakterije otporne na antibiotike
Istraživači sa Sveučilišta Južne Kalifornije (USC) na godišnjem sastanku Američkog društva za mikrobiologiju otkrili su da biljna hrana možda prenosi otpornost na antibiotike na crijevni mikrobiom.
Znanstveni simpozij u LABVOLUTION -u fokusira se na ključna pitanja znanosti o životu
Znanstveni simpozij u LABVOLUTION -u bit će usredotočen na ključna pitanja znanosti o životu. Prema tome, predviđa se visoka razina potražnje posjetitelja. Znanstveni simpozij će imati sv