Stomach Health > želudac Zdravlje >  > Gastric Cancer > Rak želuca

PLoS ONE: Klinički značaj MLH1 metilacije i CpG Island Methylator fenotip prognostički biljezi u bolesnika s rakom želuca

Sažetak pregled

Pozadina pregled

Kako poboljšati ishod pacijenata koji boluju od raka želuca, potrebno je bolje razumijevanje osnovnih genetskih i epigenetičkim događaja u ovom malignosti. Iako CpG otok methylator fenotip (CIMP) i mikrosatelitne nestabilnosti (MSI) su pokazali da imaju ključne uloge u želučanom patogenezi karcinoma, klinički značaj tih događaja na ishodima preživljavanja u bolesnika s karcinomom želuca ostaje nepoznat. Pregled

Metode pregled

Ovo istraživanje je uključeno kohortu bolesnika s patološki potvrđenom rakom želuca koji je imao kirurških resekcija. analizirana je skupina od 68 želučanog karcinoma. CIMP i MSI statusi određuje se analizom promoter CpG otok metilacija status 28 gena /lokusa i genomske nestabilnosti na 10 mikrosatelitni markera, respektivno. COX je proporcionalna opasnosti modela provedena je za multivarijatne analize, uključujući dob, faze, diferencijacije tumora, Kraš pregled mutacija status, te u kombinaciji CIMP / MLH1 pregled metilacije status u odnosu na ukupno preživljenje (OS). pregled

Rezultati

multivarijatne analize, više OS značajno je povezana s nižim patološkog fazi ( p pregled = 0,0088), bolje diferencijacije tumora ( p pregled = 0,0267) i CIMP visoke i metiliran status MLH1 3 'pregled ( P pregled = 0.0312). Stratifikacija CIMP statusa s obzirom na MLH1 pregled metilacije status daljnjeg je omogućeno predviđanje želučane prognozu raka. Pregled

Zaključci

CIMP i /ili MLH1 pregled statusa metilacije može imati potencijal da bude prognostički biomarkeri za pacijente s rakom želuca pregled

Izvor:. Shigeyasu K, Nagasaka T, Mori Y, Yokomichi N, Kawai T, Fuji T, i sur. (2015) Klinički značaj MLH1 metilacije i CpG Island Methylator fenotip prognostički biljezi kod bolesnika s rakom želuca. PLoS ONE 10 (6): e0130409. doi: 10,1371 /journal.pone.0130409 pregled

Urednik: Hasan Ashktorab, Howard University, SAD pregled

Primljeno: 18. veljače 2015. godine; Prihvaćeno: 20. svibnja 2015; Objavljeno: 29. lipanj 2015 pregled

Copyright: © 2015 Shigeyasu et al. Ovo je otvoreno pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan pregled

Podaci Dostupnost: sve relevantne podatke su u radu i njegove popratne podatke datoteka pregled

Financiranje:. Ovaj rad je podržan od strane KAKENHI subvencija 19390351 i 20590572 za TN i potporama R01 CA72851 i 181572 iz National Cancer Institute, National Institutes of Health, i sredstva iz Baylor Research Institute u AG pregled

suprotstavljenih interesa. autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled

Uvod pregled

rak želuca je drugi vodeći uzrok raka. smrti koje su povezane sa oko 700.000 potvrđenih umrlih godišnje širom svijeta, iako je incidencija postupno smanjio [1-3]. Rak želuca obično se dijagnosticira u poodmakloj fazi, što je glavni uzrok njegove lošom prognozom [4]. Kako biste poboljšali rezultate od raka želuca, identifikaciju genetske ili epigenetičkim događaja u progresiji karcinoma želuca je potrebno. Najvažniji epigenetičko događaj u progresiji raka metiliranje promotorskim regijama CpG ključnih gena za suzbijanje tumora. CpG otoci su gotovo 1 kb duge sekvence DNA s visokim guanin-citozin sadržaja u promotorske regije [5] gena. Za razliku od normalnih stanica, CpG otoci unutar gena za suzbijanje tumora u stanicama raka često hypermethylated, što dovodi do CpG otok methylator fenotipa (CIMP) [6,7]. Epigenetičko utišavanje gena vezana za tumor uslijed CpG otok metilacije je nedavno objavljeno u raka želuca. Netipična CpG otok metiliranje > 100 regulacije rasta gena u raka želuca je do sada prijavljen [8-24] Međutim, klinički značaj CIMP kod raka želuca ostaje neistraženo i slabo razumio pregled

Za razliku. , mismatch popravak (MMR) nedostatak kod raka želuca je također važan genetski događaj. Genomska nestabilnost u broju mikrosatelitni ponavljanja (ili microsatellites) je nazvao mikrosatelitne nestabilnosti (MSI). MSI je značajka uzrokovana defektnim DNA MMR sustav. Funkcionalna inaktivacija MMR gena, kao što su MLH1 Netlogu ili MSH2 pregled po promotor metilacije je odgovoran za MSI-high (MSI-H) fenotipa u rak želuca. U prethodnom istraživanju, rak želuca s MSI-H pokazuje veću učestalost antralnog položaja, intestinalne podtipa, nižeg incidenciji metastaza limfnih čvorova i poboljšanu preživljavanje u usporedbi s mikrosatelitskih štalu (MS-a) ili MSI-L želučani rak [17,25 -30]. Međutim, klinički značaj nedostatka MMR kod raka želuca ostaje nepoznat. Pregled

S obzirom na ovu prazninu u znanju, u ovoj studiji, istraživali smo značaj CIMP i MMR nedostatak u rak želuca i određuje njihov doprinos kao prognostički biljezi u bolesnika s karcinomom želuca. pregled

materijali i metode

tkiva primjerci pregled

Ovo istraživanje uključeni skupina od bolesnika s patološki potvrđenom raka želuca, koji su prošli kroz kirurške resekcije na Sveučilištu u Okayama bolnica (Okayama, Japan) od 1998-2004. Analizirano je ukupno 68 želučanog tkiva raka i njihovih podudarnih normalnih želučane sluznice. Svi normalni želučane sluznice tkiva dobiveni su iz mjesta u blizini, a najmanje 5 cm udaljen od, izvornog tumora. Svi pacijenti pod uvjetom pismeni informirani pristanak, a ispitivanje je odobren od strane etičkog povjerenstva Klinici Okayama. Svi pacijenti pod uvjetom pismeni informirani pristanak za korištenje njihovih podataka za analizu budućnosti. Svi želučani karcinom i normalno želučane sluznice primjerci svježe smrznutog tkiva, od kojih DNA je izvađen pomoću QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen). Pregled

MSI analiza pregled

MSI Analiza je provedena ispitivanjem 2 mononukleotid ponavljanjem (BAT25 i BAT26), 12 dinukleotid ponavljanjem (D17S250, D18S35, D18S58, D18S69, D2S123, D4S1559, D4S2381, D4S470, D5S107, D5S346, a D8S87, TP53) i jedan tetranukleotidno ponavljanja, MYCL, kao što je prethodno opisano [ ,,,0],31]. Tumori koji pokazuju alelne pomake u ≥5 od 15 markera su bili klasificirani kao MSI-H (U daljnjem tekstu naveden kao "MSI"), a ostalo su bili klasificirani kao mikrosatelitne stabilna (MSS). Pregled

natrijev bisulfit izmjena i CIMP analize pregled

Zbog čestih Hipermetilacija nekoliko gena je jedna od karakterističnih obilježja tumora CIMP, istražili smo status metilacije 28 promotora CpG otoku vezane lokusa ( APC pregled, , CHFR pregled, CoX2 pregled, DAPK pregled, DCC pregled, HPP1 pregled, MGMT-Mp regija pregled, MGMT-Eh regija pregled, MINT1 pregled, MINT2 pregled, MINT31 pregled, MLH1 5 'pregled, MLH1 3 'pregled, P14 pregled, p16 pregled, RASSF1A pregled, RASSF2A-REGION1 pregled, RASSF2A-REGION2
, RASSF3 pregled, RASSF5 pregled, RASSF6 pregled, RUNX3 pregled, SFRP2-REGION1 pregled, SFRP2- REGION2 pregled, UNC5C pregled, 3OST2 pregled, FOXL2 pregled), te su odgovarajući nizovi primera su navedeni u S1 tablici. Genomska DNA bisulfit modificirani pretvoriti sve nemetilirane citozin ostataka da uracile. Ukratko, 0,5-2,0 ug DNA su denaturirane u NaOH, pomiješa s natrijevim bisulfitom i pročišćen pomoću čišćenje sustava Wizard DNA (Promega). Metilacija status svake CIMP vezane lokusa je procijenjena u kombinaciji bisulfita restrikcijske analize (COBRA). Lančana reakcija polimeraze (PCR) za Cobra je izvedena na bisulfita modificirani templatne DNA u 25 ul PCR smjese koja sadrži 12,5 ul HotStarTaq Master Mix kit (Qiagen), 0,5 umol /L svake PCR primera i približno 25 ng bisulfit modificirani DNK. PCR proizvodi su probavljeni dodatkom restrikcijskim enzimom na 37 ° C tijekom 12 h. Digestiranom DNA izdvoji se na 3% agaroznom gelu u 1 × Tris-acetat-EDTA puferu te obojeni etidij-bromidom. Humanom normalnoj kolona DNA pomiješa s SssI metilazom (New England Biolabs), korišten je kao pozitivna kontrola za metilirani alela, i DNA od normalnih limfocita je korišten kao kontrola za nemetiliranih alela. Voda se koristi kao negativna kontrola PCR za praćenje PCR onečišćenje. CIMP visok je definirano kao ne manje od 10 od metilacije tih lokusa. Pregled

Kraš pregled mutacija analizira

Direktan sekvenciranja su provedena identificirati KRAS
eksona 2 (kodon 12/13) mutacije. PCR Kraš pregled gen je provedena u 25 ul PCR smjese koja sadrži 12,5 ul HotStarTaq Master Mix kit s klicama. Qiaquick PCR Pročišćavanje kit se koristi za pročišćavanje PCR proizvoda, a oni su direktno sekvencirani na ABI 310 DNA sekvencer [32]. Pregled

Statistički analizira

JMP softver (ver 10.0, SAS Institute Inc. .) se koristi za obavljanje statističkih analiza. Studentov t-test je korišten za usporedbu kontinuirane varijable i Fisher-ov egzaktni test korišten je za analizu kategoričkih varijabli. Ukupno preživljenje (OS) je mjerena od datuma operacije do datuma smrti. Kaplan-Meier metoda i log-rank statistika za razlike između različitih prognostičkih čimbenika su korišteni za procjenu OS distribucija. Cox proporcionalni modeli rizika korišteni su za izračun omjer rizika (HR) sa odgovarajućim 95% interval pouzdanosti (CI). Jednosmjerna ili multivarijatna logistička regresijska analiza kako bi se utvrdili razlike u HR između svake grupe. Sve prijavljene P
vrijednosti su dvostrano, i P izvoznici < 0,05 smatra da ukazuju na statističku značajnost. Pregled

Rezultati pregled

stanovništvo Studija pregled

U ovoj studiji ispitivali smo 68 bolesnika s rakom želuca. U promotor CpGs od MLH1 pregled gena, širenje CpG metilacije u njegovoj 3 'kraja određena je da bude kritična za MLH1 izrazu [33]. Opis ovoj skupini pacijenata i razne kliničkopatološkim značajki prema spolu, dobi, stupnju, diferencijacije tumora, MSI status, Kraš pregled, mutacija, i MLH1 3 'pregled metilacije prikazana je u tablici 1. Ti statusi su uspoređene između CIMP-visokim i CIMP niskim skupina. Od tih parametara stanja MSI i MLH1 3 'pregled statusa metilacije pokazali značajne razlike između 2 skupine (Tablica 1). Pregled

Status Metilacija pregled

28 CpG loci uključujući APC pregled, CACNA1G pregled, CHFR pregled, CoX2 pregled, DAPK pregled, DCC pregled, HPP1 pregled, MGMT-Mp regija pregled, MGMT-Eh regija pregled, MINT1 pregled, MINT2 pregled, MINT31 pregled, MLH1 5 'pregled, MLH1 3' pregled, P14 pregled, p16 pregled, RASSF1A pregled, RASSF2A-REGION1 pregled, RASSF2A-REGION2 pregled, RASSF3 pregled, RASSF5 pregled, RASSF6 pregled, RUNX3 pregled, SFRP2 -region1 pregled, SFRP2-REGION2 pregled, UNC5C pregled, 3OST2 pregled i FOXL2 pregled analizirani su za određivanje CIMP status svakog raka želuca , Metilacija spektar tih lokusa je prikazan na crijep karti (Slika 1a). U tim lokusa, CACNA1G pregled, CHFR pregled, DCC pregled, HPP1 pregled, MINT1 pregled, MINT2
, MINT31 pregled, MLH1 5 'pregled, MLH1 3' pregled, p16 pregled, RASSF2A-REGION1 pregled, RASSF2A-REGION2 pregled, RUNX3 pregled, SFRP2-REGION2 pregled, UNC5C pregled, 3OST2 pregled i FOXL2 pregled značajno su metiliran na CIMP visokom skupine (Tablica 2). pregled

Survival ishoda u bolesnika na temelju MLH1 3 'pregled metilacije i statusa CIMP u želučanim raka

preklapanja odnos između CIMP i analiziran metilacije status MLH1 3 'pregled. 10 pacijenata bili su u CIMP-high / MLH1 3 'pregled metiliran, jedan bolesnik je bio u CIMP-low / MLH1 3' pregled metiliran, 20 pacijenata su u velikom CIMP / MLH1 3 'pregled, non-metiliranog i 37 bolesnika bilo je u CIMP-low / MLH1 3' pregled, non-metilnim skupinama (slika 1b). Kaplan-Meier krivulje preživljavanja su generirati prema MLH1 3 '
metilacije status. OS stope 5 godina utvrđeni su za MLH1 3 'pregled metilnim i ne-metilnim skupinama. OS stope 5 godina bila je značajno veća u MLH1 3 '
meliliranom skupine u odnosu na ne-metilirani grupe. (Log-rank P pregled = 0,0257; Slika 1c) pregled

Isto tako, 5-godišnje OS stope su analizirane za CIMP-visokim i CIMP niskim skupinama, a stopa bila je nešto viša u CIMP visokom skupini nego u CIMP-niske skupini, ali razlika nije bila značajna ( log-rank p pregled = 0,0688; Sl. 1d) pregled

Doprinos neusklađenosti nedostatak popravak i status CIMP na stopu preživljavanja Netlogu

stope preživljavanja 5-godišnje su analizirani i uspoređeni među tim skupinama; CIMP-high / MLH1 3 'pregled metiliran, CIMP-low / MLH1 3' pregled metiliran, CIMP visoka / MLH1 3 'pregled, non-metiliranog i CIMP-low / MLH1 3 'pregled, non-metilni skupine. Primijetili smo da je ukupna stopa preživljavanja bila je viša u kombinaciji CIMP-high / MLH1 3 'pregled metiliran skupina, u usporedbi s drugim skupinama u kojima su razlike nisu bile statistički značajne (log-rank P
= 0,0706; Sl. 1e) pregled

odnos MLH1 pregled metilacije i MSI pregled

odnos preklapanja između MLH1 5 'pregled metilacije i analizirana 3 'pregled metilacije status. 10 pacijenata su klasificirani kao MLH1 5 '
metilira / 3' pregled metiliran, 8 bolesnika kao MLH1 5 '
metilira / 3' pregled, ne- metiliran, jedan pacijent kao MLH1 5 'pregled, non-metilirani / 3' pregled metilni, a 49 pacijenata kao 5 'pregled, non-metilirani / 3'
non-metilirani (Slika 2a). U MLH1 3 'pregled meliliranom grupe, više od 80% pacijenata pokazalo je MSI. Nasuprot tome, u MLH1 3 'pregled, ne-metiliran skupine, gotovo svi slučajevi su pokazali MSS (slika 2b). Kaplan-Meier krivulje preživljavanja ostvareni su u skladu s MLH1 5 '
metilacije status. stope preživljavanja 5-godišnje analizirani su za MLH1 5 '
metilnim i ne-metilnim skupinama, a stopa bila je nešto viša u MLH1 5'
meliliranom skupini nego u ne- metiliran grupa no te razlike nisu bile statistički značajne (log-rank P pregled = 0,1009; Slika 2c). Kaplan-Meier krivulje preživljavanja ostvareni su u skladu s MSI status. stope preživljavanja 5-godišnje analizirani su za MSI i rukopisnim skupinama, a stopa bila je nešto viša u MSI skupini nego u MSS skupini, ali te razlike nisu značajne (log-rank P pregled = 0,1316; Slika 2d). pregled

Multivarijatna analiza za opstanak ishod prediktori

Cox modelu proporcionalnih rizika, uključujući dob, faze, diferencijacijom, Kraš pregled statusa mutacija, a CIMP / MLH1 3 'pregled metilacije status u odnosu na OS se koristi za obavljanje multivarijatne analize (tablica 3). Samo faza ( P pregled = 0,0088), diferencijacija ( P pregled = 0,0267), a CIMP / MLH1 pregled metilacije status ( P pregled = 0,0312) su statistički značajni prediktori OS. omjer rizika bila je značajno niža u CIMP-high / MLH1 3 'pregled metilirani skupina. pregled

Rasprava pregled

metilacije DNA u stanicama raka je postala tema intenzivne istrage. Inaktivacija tumor supresor gena CpG metilacije regije promotora ubrzava karcinogeneze zbog regulacije abcrantnog staničnog ciklusa i proliferacije [15]. Neki kandidat nenormalno metilni gena u raka želuca su izvijestili. RASSF1A pregled, p14ARF pregled i MGMT pregled [34-38]; CHRNA3 pregled, DOK1 pregled i GNMT pregled [39]; p16 pregled, hMLH1 pregled, MINT1 pregled, MINT2 pregled, MINT12 pregled, MINT25 pregled, i MINT31 pregled [40]; APC pregled, CDH1 pregled, MHL1 pregled, lokusu CDKN2A pregled, CDKN2B pregled i RUNX3 pregled [17 ]; CDH1 pregled [41]; DKK3 pregled [42]; PTEN pregled [43]; MGMT pregled [44]; TFPI2 pregled [22]; CACNA2D3 pregled [45]; PCDH10 pregled [46]; SOX2 pregled [47]; MAL pregled [48]; i CoX2 pregled [49] su ranije izvijestili da se hypermethylated kod raka želuca. Metilacija P16 pregled promotora CpG otocima je marker za malignog potencijala displazije u želucu [50]. Metilacija Upravljanje telef Netlogu se povezuje s uznapredovalom stadiju i lošom prognozom [44]. Netipična DNA metilacije u tim genima mogu promicati razvoj karcinoma želuca. Međutim, precizna genske mete Hipermetilacija za karcinogeneze ostaju nepoznati [51,52]. Pregled

Simultano CpG metilacije u više gena koja se definira kao CIMP u kolorektalni karcinom (CRC) i rak želuca [15,40,53- 57], te je pokazano da korelira s Hipermetilacija tumorskih supresorskih gena. Međutim, dokazi za CIMP kod raka želuca nije tako uvjerljiva kao što je slučaj za CRC [58,59]. U karcinomu želuca, CIMP visoke opisan je u 41% [40] i 31% [54] tumora. Pacijenti s CIMP visokom raka želuca imaju znatno kraće preživljenje od onih s CIMP-low raka želuca [54,60]. Drugi izvještaj je pokazao da CIMP bio povezan s boljim opstanak u rakom želuca [54]. Nedavna meta-analiza je usmjerena na snažnu odnosu CIMP s H. pylori, EBV i MSI, ali CIMP nije mogao pokazati prognostički potencijal za rakom želuca [61]. Pregled

S druge strane, nestabilnost Na microsatellites ponavlja unutar različitih regulacije rasta gena se definira kao MSI. Standardna ploča, kao što NCI ploče, preporuča, uključujući Mononukleotid (BAT26 i BAT25) i dinukleotid (D2S123, D5S346 i D17S250) ponavlja [62]. mogu se identificirati tri razine MSI: na visokoj razini MSI (MSI-H), niske razine MSI (MSI-L), i MSS. MSI-H fenotip kod raka želuca je izvijestio da račun za 5% -50% MSI pozitivnih novotvorina [17]. MSI je značajka uzrokovana defektnim DNA MMR sustav. Funkcionalna inaktivacija MMR gena, kao što su MLH1 Netlogu ili MSH2 Netlogu, do mutacije inaktivacije i promotora metilacije je odgovoran za MSI-H fenotipa u rak želuca. Konkretno, slično CRC, metiliranjem MLH1 pregled je povezana s MSI-H fenotip [15,40,63,64] jer MLH1 pregled metilacija prethodi gubitak proteina. Leite M et al. izvijestio da je MLH1 pregled promotor Hipermetilacija zabilježena je u 78,7% (70/89) analiziranih MSI slučajeva [65]. Metilacija od 3 'regije MLH1 pregled, promotor, koji je u neposrednoj blizini svog početnog mjesta za transkripciju (TSS), potreban je za utišavanja gena. 5 'kraj promotora također je sklona metilacije, ali to nije funkcionalno važan ako se metiliranje proteže kritične regije 3' [66,67]. MSI status je odgovoran za mutacije gena koji reguliraju stanični ciklus i apoptotski signalizaciju, uključujući i TGFβRII
, IGFIIR
, TCF4
, RIZ Netlogu, BAX pregled, CASPASE5 pregled, FAS pregled, BCL10 pregled i APAF1 pregled [17,25] i geni održavanju genomske integriteta uključujući MSH6 pregled, MSH3 pregled, MED1 pregled, RAD50 pregled, BLM pregled, ATR pregled, i MRE11 pregled [17,68]. Karcinome želuca s MSI-H pokazuju veću učestalost antralnog položaja, crijevnih podtipa, manju pojavu metastaza limfnih čvorova, te poboljšana preživljavanje u odnosu na one od karcinoma želuca s MSS ili MSI-L [17,25-30]. Pregled

Kao što je gore opisano, CIMP i status MMR-deficiency ključne su karakteristike karcinoma želuca i može odražavati razlike preživljavanje u bolesnika koji boluju od ove maligne bolesti. Značajna korelacija između CIMP i MSI je prijavljen u GC [61]. Međutim, podaci koji se odnose na sinergijske učinke tih parametara su rijetki, a potreban je multivarijatna analiza tih genetskih i epigenetičkim parametrima. U našoj studiji, CACNA1G pregled, CHFR pregled, DCC pregled, HPP1 pregled, MINT1 pregled, MINT2
, MINT31 pregled, MLH1 5 'pregled, MLH1 3' pregled, p16 pregled, RASSF2A-REGION1 pregled, RASSF2A-REGION2 pregled, RUNX3 pregled, SFRP2-REGION2 pregled, UNC5C pregled, 3OST2 pregled i FOXL2 pregled značajno metiliran na CIMP visokom grupe. Konkretno, izvijestili smo promoter metilacije FOXL2 Netlogu u raka želuca. FOXL2 pregled je gen koji kodira transkripcijski faktor forkhead, te je neophodna za funkcije jajnika [69]. FOXL2 pregled regulira stanični ciklus zbog izazivanja G1 uhićenje i štiti stanice od oksidativnog oštećenja promicanjem oksidira popravka DNA i povećanjem količine antioksidansa, sredstva glutation [69]. FOXL2 pregled potiskuje proliferaciju, invaziju i potiče apoptozu stanica raka vrata maternice [70]. Promotor metilacije FOXL2 pregled može imati značajnu ulogu u nastanku tumora kod raka želuca. Za razliku od toga, MLH1 3 'pregled metilacije je potrebno za nedostatak MMR i pokazao MSI. MLH1 3 'pregled metilacije grupa imala tendenciju dobru prognozu u procjeni opstanak Kaplan-Meier. Pregled

Međutim, CIMP i nedostatak MMR ovise jedni o drugima. MSI-povezana sporadični CRC nastati kroz proces koji uključuje CIMP [66,71]; Stoga, integrirani statistička analiza CIMP i MMR nedostatkom treba obaviti. Na primjer, u dvanaesnika adenokarcinoma, CIMP / MLH1 pregled metilacije status pokazala značajnu prognostičku vrijednost u oba OS-a i vrijeme do recidiva (TTR) u multivarijatne analize [72]. Pacijenti s CIMP-high / MLH1 pregled -unmethylated tumori imali najgori OS i TTR [72]. U našoj multivarijatne analize bolesnika s rakom želuca, samo CIMP-high / MLH1 3 'pregled metiliran grupa imala dobru prognozu. Razlog za dobru prognozu u CIMP-high / MLH1 3 'pregled metiliran skupina ostaje nepoznat. Ta se pojava može biti zbog sinergističkog inaktivacije vitalnih gena zbog mutacije i promotora metilacije. Kako bi se dodatno potvrđuju naše rezultate, proveli smo neovisnu provjeru valjanosti naših rezultata iz in podataka o pacijentima dostavljaju se rak Genome Atlas bazu podataka (TCGA). [73-75] CIMP-high / MLH1 pregled, hiper-metilira skupina pokazala češće limfnog čvora metastaza (p = 0,0009), uznapredovale bolesti fazu (p = 0,0078; S1 File), a nešto bolji bez bolesti opstanak (S2 File). S druge strane, CIMP /MSI status ne može pokazati značajnu vrijednost kao prognostički marker (S2 tablici). Taj rezultat pokazuje da MLH1 pregled ima najvažniju ulogu među MMR gena u procesu karcinogeneze GC. Daljnje istraživanje je potrebno da se razjasni odnos između CIMP status i nedostatak MMR. Ovaj pristup će dovesti do nove strategije za liječenje karcinoma želuca. Pregled

U zaključku, naši podaci pokazuju da je raslojavanje bolesnika s CIMP temelji na MLH1 pregled metilacije status može omogućiti predviđanje raka želuca prognoza. CIMP-high / MLH1 3 'pregled metiliran grupa je imala dobru prognozu, ali i druge grupe mogu zahtijevati intenzivno liječenje za poboljšanje preživljavanja, koja mora biti ovjeren u budućim istraživanjima. Pregled

prateće informacije
S1 datoteke. Odnos između CIMP i MLH1 pregled metilacije u bolesnika s rakom želuca u TCGA bazi podataka. Pregled Istražili smo stanje metilacije 17 promotora CpG otoku vezane lokusa ( APC pregled, , CHFR pregled, DAPK pregled, DCC pregled, MGMT pregled, MINT pregled, MLH1 pregled p16 pregled, RASSF1 pregled, RASSF2 pregled, RASSF3 pregled, RASSF5 pregled, RASSF6 pregled, RUNX3 pregled, SFRP2 pregled, i UNC5C pregled) u TCGA baze podataka (TCGA privremeno). Gornja 25% svakog lokusa je određen kao hiper-metiliranog. CIMP visok je definirano kao ne manje od 5 hiper-metiliranjem ovih lokusa (Slika A). Odnos preklapanja između CIMP i analiziran MLH1 pregled metilacije status. 55 pacijenata bili su u CIMP-high / MLH1 pregled metilni, 29 pacijenata su bili u CIMP-low / MLH1 pregled metilni, 77 pacijenata su u velikom CIMP / MLH1
ne-metiliranog i 177 pacijenata su bili u CIMP-low / MLH1 pregled, non-metilni grupe (slika B). Korelacija između dubine tumora, limfnih čvorova metastaza, udaljenim metastazama, Stage i CIMP / MLH1 pregled metilacije status analizirani su pomoću Fisherov egzaktni test. Pozitivna limfnih čvorova metastaze (p = 0,0009) i veći stupanj (p = 0,0078) pozitivno su korelirani s CIMP-high / MLH1 pregled metiliran grupa (slika C) pregled, doi:. 10,1371 /journal.pone. 0130409.s001 pregled (docx) pregled S2 datoteke. Bez znakova bolesti opstanak u bolesnika s karcinomom želuca u TCGA bazi podataka.
Kaplan-Meier krivulje preživljavanja su generirati prema MLH1 pregled metilacije status. Slobodni stope preživljenja bez znakova bolesti su određene za MLH1 pregled metilnim i ne-metilnim skupinama. Bez znakova bolesti preživljavanje bile su neznatno više u MLH1 pregled metiliran skupina u odnosu na ne-metiliranog skupine, ali razlika nije bila značajna (log-rank P pregled = 0.1173) (slika A). Bez znakova bolesti opstanak stope su analizirane za CIMP-visokim i CIMP niskim skupinama, a stopa bila je nešto viša u CIMP visokom skupini nego u CIMP-niske skupini, ali razlika nije bila značajna (log-rank P pregled = 0,1847) (Slika B). Bez znakova bolesti opstanak stope su analizirane i uspoređene između CIMP-high / MLH1 pregled metilnim i drugim skupinama. Primijetili smo da je bolest slobodnog stope preživljavanja su bili nešto veći u kombinaciji CIMP-high / MLH1 pregled metiliran skupina, u usporedbi s drugim skupinama u kojima su razlike nisu bile statistički značajne (log-rank p = 0,1073) (Slika c.) pregled, doi: 10,1371 /journal.pone.0130409.s002 pregled (docx) pregled S1 stol. Sekvencijama pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0130409.s003 pregled (docx) pregled S2 stol. Multivarijatna analiza ishoda prediktora na temelju CIMP /MSI status pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0130409.s004 pregled (docx) pregled

Izvori pregled

Autori bih hvala Mr. Toru Nakai, gospođo Tae Yamanishi, a gospodin Akihiro Nyuya za tehničku pomoć. pregled

Other Languages