Stomach Health > Maag Gezondheid >  > Gastric Cancer > Maagkanker

PLoS ONE: Klinische betekenis van MLH1 methylatie en CpG Island methylator fenotype als prognostische merkers bij patiënten met Gastric Cancer

De abstracte

Achtergrond

Om de uitkomst van patiënten met maagkanker te verbeteren, een beter inzicht in de onderliggende genetische en epigenetische gebeurtenissen in deze maligniteit vereist. Hoewel CpG eiland methylator fenotype (CIMP) en microsatelliet instabiliteit (MSI) is aangetoond dat ze een centrale rol bij maagkanker pathogenese spelen, de klinische betekenis van deze gebeurtenissen op de overleving uitkomsten bij patiënten met maagkanker blijft onbekend.

Methods

Deze studie omvatte een patiënt cohort met pathologisch bevestigde maagkanker die chirurgische resectie hadden. Een cohort van 68 maagkanker geanalyseerd. CIMP en MSI statussen werden bepaald door het analyseren van promotor CpG eiland methylatie status van 28 genen /loci en genomische instabiliteit bij 10 microsatelliet markers, respectievelijk. Een Cox proportional hazards model werd uitgevoerd voor multivariate analyse met inbegrip van leeftijd, stadium, tumor differentiatie, KRAS
mutatie status en gecombineerd CIMP / MLH1
methylatie status van relatie tot de totale overleving (OS).

Resultaten

Door multivariate analyse werd langer OS significant gecorreleerd met een lagere pathologisch stadium ( P
= 0,0088), beter tumor differentiatie ( P
= 0,0267) en CIMP-hoog en MLH1 3 '
gemethyleerde status van ( P
= 0,0312). Gelaagdheid van CIMP de status met betrekking tot de MLH1
methylatiestatus verdere ingeschakeld voorspelling van maagkanker de prognose.

Conclusies

CIMP en /of MLH1
methylatiestatus kan een potentiële prognostische biomarkers voor patiënten met maagkanker te hebben

Citation:. Shigeyasu K, Nagasaka T, Mori Y, Yokomichi N, Kawai T, Fuji T, et al. (2015) klinische betekenis van MLH1 methylatie en CpG Island methylator fenotype als prognostische merkers bij patiënten met maagkanker. PLoS ONE 10 (6): e0130409. doi: 10.1371 /journal.pone.0130409

Editor: Hassan Ashktorab, Howard University, VERENIGDE STATEN

Ontvangen: 18 februari 2015; Geaccepteerd: 20 mei 2015; Gepubliceerd: 29 juni 2015

Copyright: © 2015 Shigeyasu et al. Dit is een open toegang Artikel gedistribueerd onder de voorwaarden van de Creative Commons Attribution License, die onbeperkt gebruik, distributie en reproductie maakt in elk medium, op voorwaarde dat de oorspronkelijke auteur en de bron worden gecrediteerd

Data Beschikbaarheid: Alle relevante gegevens zijn binnen het papier en de Ondersteunende informatie bestanden

Financiering:. Dit werk werd ondersteund door subsidies KAKENHI 19390351 en 20590572 naar TN, en door subsidies R01 CA72851 en 181.572 van het National Cancer Institute, National Institutes of Health, en middelen uit het Baylor Research Institute AG

Competing belangen. de auteurs hebben verklaard dat er geen tegenstrijdige belangen bestaan ​​

Introductie

Maagkanker is de tweede belangrijke oorzaak van kanker. gerelateerde sterfgevallen, met ongeveer 700.000 bevestigde sterfgevallen per jaar wereldwijd, hoewel de incidentie geleidelijk is afgenomen [1-3]. Maagkanker wordt gewoonlijk gediagnosticeerd in een vergevorderd stadium, wat de primaire oorzaak van de slechte prognose [4]. De resultaten van maagkanker te verbeteren, is de identificatie van genetische of epigenetische gebeurtenissen in de progressie van maagkanker vereist. De belangrijkste epigenetische gebeurtenis in de progressie van kanker methylering van CpG promotor regio belangrijke tumorsuppressorgenen. CpG eilanden zijn bijna 1-kb lange sequenties van DNA met een hoge guanine-cytosine content promotor regio's van de [5] genen. In tegenstelling tot normale cellen, worden CpG eilanden in tumorsuppressorgenen in kankercellen vaak gehypermethyleerd, waardoor een CpG eiland methylator fenotype (CIMP) [6,7]. Epigenetische inactivatie van tumor-gerelateerde genen door CpG eiland methylering Nieuwe publicaties bij maagkanker. Afwijkende CpG eiland methylatie van > 100 groei-regulerende genen bij maagkanker is tot nu toe gemeld [8-24], maar de klinische betekenis van CIMP bij maagkanker blijft onontgonnen en slecht begrepen

In contrast. , mismatch reparatie (MMR) deficiëntie bij maagkanker is ook een belangrijke genetische gebeurtenis. Genomische instabiliteit binnen het aantal microsatelliet herhalingen (of microsatellieten) wordt genoemd microsatelliet instabiliteit (MSI). MSI is een functie die wordt veroorzaakt door een defecte DNA-MMR-systeem. Functionele inactivatie van MMR genen, zoals MLH1 golfreizen of MSH2
, door promoter methylering is verantwoordelijk voor de MSI-high (MSI-H) fenotype bij maagkanker. In een eerdere studie, maagkanker MSI-H toonde een hogere frequentie van antrale locatie, intestinale subtype, lagere incidentie van lymfeknoop metastase en verbeterde overleving, vergeleken met microsatelliet stabiel (MSS) of MSI-L maagkanker [17,25 -30]. Echter, de klinische betekenis van MMR-deficiëntie bij maagkanker blijft onbekend.

In het licht van deze leemte in de kennis, in deze studie, verkenden we de betekenis van CIMP en MMR-deficiëntie bij maagkanker en vastberaden hun bijdrage als prognostische markers bij patiënten met maagkanker.

Materialen en methoden

weefselmonsters

Deze studie omvatte een cohort van patiënten met pathologisch bevestigde maagkanker die chirurgische resectie van Okayama University had ondergaan Hospital (Okayama, Japan) 1998-2004. Een totaal van 68 maagkanker weefsels en bij elkaar passende normale maagslijmvlies werden geanalyseerd. Alle normale maagslijmvlies weefsels werden verkregen van sites naast, maar ten minste 5 cm van de originele tumor. Alle patiënten gaven schriftelijk toestemming en de studie werd goedgekeurd door de ethische commissie van het Okayama University Hospital. Alle patiënten gaven schriftelijk toestemming voor het gebruik van hun gegevens voor toekomstige analyses. Alle maag kankers en normale maagslijmvlies waren vers ingevroren weefselmonsters, waaruit DNA werd geëxtraheerd met behulp van een QIAamp DNA Mini Kit (QIAGEN).

MSI analyse

MSI analyse werd uitgevoerd door onderzoek van 2 mononucleotide herhalingen (BAT25 en BAT26), 12 dinucleotide herhalingen (D17S250, D18S35, D18S58, D18S69, D2S123, D4S1559, D4S2381, D4S470, D5S107, D5S346 en D8S87, TP53) en een tetranucleotide repeats, MYCL, zoals eerder beschreven [ ,,,0],31]. Tumoren tonen allelische verschuivingen ≥5 van 15 merkers werden geclassificeerd als MSI-H (hierop hierna "MSI"), en de rest werd geclassificeerd als microsatelliet stabiel (MSS).

Natrium bisulfiet modificatie en CIMP analyses

door frequente hypermethylering van verschillende genen is een van de karakteristieke kenmerken van tumoren met CIMP, onderzochten we de methylatie status van 28 promotor CpG-eiland-gerelateerde loci ( APC
, CACNA1G
, CHFR
, Cox2
, DAPK
, DCC
, HPP1
, MGMT-Mp regio
, MGMT-Eh omgeving
, MINT1
, MINT2
, MINT31
, MLH1 5 '
, MLH1 3 '
, p14
, p16
, RASSF1A
, RASSF2A-regio1
, RASSF2A-regio2
, RASSF3
, RASSF5
, RASSF6
, RUNX3
, sFRP2-regio1
, SFRP2- regio2
, UNC5C
, 3OST2
, FOXL2
), en de overeenkomstige primer sequenties zijn opgenomen in Tabel S1. Genomisch DNA werd bisulfiet-gemodificeerd om alle niet-gemethyleerde cytosine residuen omgezet tot uracilen. In het kort, 0,5-2,0 ug DNA werden gedenatureerd in NaOH, behandeld met natriumbisulfiet, en gezuiverd met behulp van de Wizard DNA Clean-up System (Promega). De methylatie status van elk CIMP gerelateerde locus werd geëvalueerd door gecombineerde bisulfiet restrictieanalyse (COBRA). Polymerase kettingreactie (PCR) voor COBRA werd uitgevoerd op een bisulfiet gemodificeerd matrijs-DNA in 25 ui PCR mengsel dat 12,5 pl HotStarTaq Master Mix (Qiagen), 0,5 umol /L van elk PCR-primer, en ongeveer 25 ng bisulfiet-gemodificeerd DNA. PCR producten werden geknipt door toevoeging van restrictie-enzym bij 37 ° C gedurende 12 uur. Het gedigereerde DNA werd gescheiden op 3% agarose gels in 1 x Tris-acetaat-EDTA-buffer en gekleurd met ethidiumbromide. Humane normale colon DNA behandeld met SSSI methylase (New England Biolabs) werd gebruikt als een positieve controle voor gemethyleerde allelen en DNA van normale lymfocyten werd gebruikt als controle voor niet-gemethyleerde allelen. Water werd gebruikt als een negatieve controle PCR PCR besmettingsmonitor. CIMP-high werd gedefinieerd als niet minder dan 10 van de methylering van deze loci.

KRAS
mutatie-analyses

Direct sequencing werd uitgevoerd om identificeren KRAS
exon 2 (codon 12/13) mutaties. PCR voor KRAS
gen werd uitgevoerd in een 25 pl PCR-mengsel dat 12,5 pl HotStarTaq Master Mix kit met primers. De QIAquick PCR Purification kit werd gebruikt om PCR-producten te zuiveren, en ze werden direct gesequenced op een ABI 310 DNA-sequencer [32].

Statistische analyses

JMP software (versie 10,0, SAS Institute Inc. .) werd gebruikt voor statistische analyse. t-test van Student werd gebruikt om continue variabelen te vergelijken, en Fisher's exact test werd gebruikt voor categorische variabelen geanalyseerd. Overall survival (OS) werd gemeten vanaf de operatie tot de datum van overlijden. De Kaplan-Meier-methode en log-rank statistieken voor de verschillen tussen de verschillende prognostische factoren werden gebruikt voor het OS distributies te schatten. Cox-modellen werden gebruikt om de hazard ratio (HR) met bijbehorende 95% betrouwbaarheidsinterval (BI) te berekenen. Univariate of multivariate logistische regressieanalyse werd uitgevoerd om de verschillen in HR tussen elke groep te bepalen. Alle gemelde P
waarden zijn tweezijdig en P
< 0,05 werd beschouwd als statistisch significant te geven.

Resultaten

Studiepopulatie

In deze studie hebben we onderzocht 68 patiënten met maagkanker. In de promotor CpGs van de MLH1
gen, verspreiding van CpG methylering binnen zijn 3'-gebied was vastbesloten om een ​​van cruciaal belang voor MLH1 expressie [33] zijn. Een beschrijving van de patiënt cohort en diverse clinicopathologische functies op basis van geslacht, leeftijd, stadium, tumor differentiatie, MSI status KRAS
mutatie, en MLH1 3 '
methylatie is weergegeven in tabel 1. deze statussen werden vergeleken tussen de CIMP-hoog en CIMP-low groepen. Van deze parameters, MSI status en MLH1 3 '
methylatiestatus toonde opmerkelijke verschillen tussen de 2 groepen (tabel 1).

methylatie status van

28 CpG loci inclusief APC
, CACNA1G
, CHFR
, Cox2
, DAPK
, DCC
, HPP1
, regio MGMT-Mp
, regio MGMT-Eh
, MINT1
, MINT2
, MINT31
, MLH1 5 '
, MLH1 3'
, p14
, p16
, RASSF1A
, RASSF2A-regio1
, RASSF2A-regio2
, RASSF3
, RASSF5
, RASSF6
, RUNX3
, sFRP2 -region1
, sFRP2-regio2
, UNC5C
, 3OST2 Kopen en FOXL2
werden geanalyseerd voor het bepalen van de CIMP status van elke maagkanker . Methylering arsenaal van loci getoond in tegel kaart (figuur 1a). In deze loci, CACNA1G
, CHFR
, DCC
, HPP1
, MINT1
, MINT2
, MINT31
, MLH1 5 '
, MLH1 3'
, p16
, RASSF2A-regio1
, RASSF2A-regio2
, RUNX3
, sFRP2-regio2
, UNC5C
, 3OST2
en FOXL2
waren significant gemethyleerd in de CIMP-hoge groep (tabel 2).

Survival uitkomsten bij patiënten op basis van MLH1 3 '
methylatie en CIMP status maagkanker

de overlappende relatie tussen CIMP en methylatiestatus MLH1 3 '
werd geanalyseerd. 10 patiënten waren in het CIMP-high / MLH1 3 '
gemethyleerde, 1 patiënt was in de CIMP-low / MLH1 3'
gemethyleerde, 20 patiënten waren in het CIMP hoog / MLH1 3 '
niet-gemethyleerd en 37 patiënten waren in het CIMP-low / MLH1 3'
niet-gemethyleerde groepen (figuur 1b). Kaplan-Meier curves werden gegenereerd volgens de MLH1 3 '
methylatiestatus. De 5-jaars OS tarieven werden bepaald voor de MLH1 3 '
gemethyleerde en niet-gemethyleerde groepen. De 5-jaars OS tarieven waren significant hoger in de MLH1 3 '
gemethyleerde groep in vergelijking met de niet-gemethyleerd groep. (Log-rank P
= 0,0257; Fig 1c)

Ook de 5-jaars OS tarieven werden geanalyseerd op de CIMP-hoog en CIMP-low groepen, en de prijs was in de CIMP-high groep iets hoger dan in de CIMP-low groep, maar het verschil was niet significant ( log-rank P
= 0,0688; fig. 1d)

Bijdrage van mismatch repair deficiëntie en CIMP status overlevingskans

De 5-jaarsoverleving werden geanalyseerd en vergeleken onder deze groepen; CIMP-high / MLH1 3 '
gemethyleerde, CIMP-low / MLH1 3'
gemethyleerde, CIMP high / MLH1 3 '
niet-gemethyleerd en CIMP-low / MLH1 3 '
niet-gemethyleerde groepen. We merkten dat de totale overleving hoger in de gecombineerde CIMP-hoog waren / MLH1 3 '
gemethyleerde groep, in vergelijking met de andere groepen waar de verschillen waren niet statistisch significant (log-rank P
= 0,0706; fig. 1e)

relatie tussen MLH1
methylatie en MSI

De overlappende relatie tussen MLH1 5 '
methylatie en 3 '
methylatie status werd geanalyseerd. 10 patiënten werden geclassificeerd als MLH1 5 '
gemethyleerd / 3'
gemethyleerde, 8 patiënten als MLH1 5 '
gemethyleerd / 3'
niet- gemethyleerde, 1 patiënt als MLH1 5 '
niet-gemethyleerd / 3'
gemethyleerd, en 49 patiënten als 5 '
niet-gemethyleerd / 3'
-niet-gemethyleerd (Fig 2a). In de MLH1 3 '
gemethyleerde groep, meer dan 80% van de patiënten toonde MSI. In tegenstelling, in de MLH1 3 '
niet-gemethyleerd groep, bijna alle gevallen bleek MSS (figuur 2b). Kaplan-Meier survival curves werden gegenereerd volgens MLH1 5 '
methylatiestatus. De 5-jaars overleving werden geanalyseerd op de MLH1 5 '
gemethyleerde en niet-gemethyleerde groepen, en de prijs was in de MLH1 5 iets hogere'
gemethyleerde groep dan in de niet- gemethyleerde groep, maar de verschillen waren niet significant (log-rank P
= 0,1009; figuur 2c). Kaplan-Meier curves werden gegenereerd volgens MSI toestand. De 5-jaars overleving werden geanalyseerd op de MSI en MSS groepen, en de prijs was in het MSI-groep iets hoger dan in de MSS groep, maar de verschillen waren niet significant (log-rank P
= 0,1316; figuur 2d).

Multivariate analyse om te overleven uitkomst voorspellers

Een Cox proportional hazards model, met inbegrip van leeftijd, stadium, differentiatie, KRAS
mutatie status en CIMP / MLH1 3 '
methylatiestatus betrekking tot OS werd gebruikt voor multivariate analyse (Tabel 3) voeren. Alleen fase ( P
= 0,0088), differentiatie ( P
= 0,0267) en CIMP / MLH1
methylatiestatus ( P
= 0,0312) waren statistisch significante voorspellers van OS. Hazard ratio was significant lager in de CIMP-high / MLH1 3 '
gemethyleerde groep.

Discussie

DNA-methylatie in kankercellen is uitgegroeid tot een onderwerp van intensief onderzoek. Inactivatie van tumor suppressor genen door CpG methylering van promotergebieden versnelt carcinogenese door afwijkende celcyclus en proliferatie [15]. Sommige kandidaat afwijkend gemethyleerde genen bij maagkanker gerapporteerd. RASSF1A
, p14ARF
en MGMT
[34-38]; CHRNA3
, DOK1
en GNMT
[39]; p16
, hMLH1
, MINT1
, MINT2
, MINT12
, MINT25
, en MINT31
[40]; APC
, CDH1
, MHL1
, CDKN2A
, CDKN2B
en RUNX3
[17 ]; CDH1
[41]; DKK3
[42]; PTEN
[43]; MGMT
[44]; TFPI2
[22]; CACNA2D3
[45]; PCDH10
[46]; SOX2
[47]; MAL
[48]; en Cox2
[49] werden eerder gemeld te worden gehypermethyleerd bij maagkanker. Methylering van p16
promotor CpG eilanden is een marker voor maligne potentie van dysplasie in de maag [50]. Methylering van MGMT
wordt in verband gebracht met een vergevorderd stadium en een slechte prognose [44]. Afwijkende DNA methylatie in deze genen kunnen ontstaan ​​van maagkanker bevorderen. Echter, precieze gen doelwit van hypermethylering van carcinogenese onopgehelderd [51,52].

Gelijktijdige CpG methylering in meerdere genen is gedefinieerd als CIMP bij colorectale kanker (CRC) en maagkanker [15,40,53- 57], en is de correlatie met hypermethylering van tumorsuppressorgenen. Echter, het bewijs voor CIMP bij maagkanker is niet zo overtuigend als het geval is voor CRC [58,59]. Bij maagkanker is CIMP hoog beschreven in 41% [40] en 31% [54] tumoren. Patiënten met CIMP hoge maagkanker hebben significant kortere overleving dan die met CIMP-low maagkanker [54,60]. Een ander rapport toonde aan dat CIMP werd geassocieerd met betere overleving bij maagkanker [54]. De recente meta-analyse is gericht op de sterke relatie tussen CIMP met H. pylori, EBV en MSI, maar CIMP kan een prognostisch potentieel voor maagkanker [61] niet weergegeven.

In tegenstelling instabiliteit in de microsatellieten herhalingen binnen de verschillende groei-regulerende genen wordt gedefinieerd als MSI. Een standaard paneel, zoals het paneel NCI, wordt aanbevolen, ook mononucleotide (BAT26 en BAT25) en dinucleotide (D2S123, D5S346 en D17S250) herhaalt [62]. Drie niveaus van MSI kan worden geïdentificeerd: op hoog niveau MSI (MSI-H), low-level MSI (MSI-L) en MSS. De MSI-H fenotype bij maagkanker naar verluidt goed voor 5% -50% MSI positieve tumoren [17]. MSI is een functie die wordt veroorzaakt door een defecte DNA-MMR-systeem. Functionele inactivatie van MMR genen, zoals MLH1 golfreizen of MSH2
, door mutatie inactivatie en promotor methylatie is verantwoordelijk voor de MSI-H fenotype bij maagkanker. Met name, vergelijkbaar met CRC, methylering van MLH1
wordt geassocieerd met de MSI-H fenotype [15,40,63,64] omdat MLH1 methylatie
voorafgaat aan het verlies van eiwitexpressie. M Leite et al. gemeld dat MLH1
promoter hypermethylering werd bij 78,7% (70/89) van de geanalyseerde MSI gevallen [65]. Methylatie van de 3 'regio van het
MLH1 promotor, dat dicht bij de transcriptie startplaats (TSS), vereist voor gen-silencing. Het 5 'uiteinde van de promoter is ook gevoelig voor methylering, maar dit is niet functioneel belangrijke tenzij de methylering uitstrekt tot de kritische 3'-gebied [66,67]. MSI-status is verantwoordelijk voor de mutatie van de genen die de celcyclus en apoptotische signalering, met inbegrip van TGFβRII
, IGFIIR
, TCF4
, RIZ
, BAX
, CASPASE5
, FAS
, BCL10
en APAF1
[17,25] en genen behoud van genomische integriteit , met inbegrip van MSH6
, MSH3
, MED1
, RAD50
, BLM
, ATR
, en MRE11
[17,68]. Maagkankers MSI-H tonen een hogere frequentie van antrale locatie, intestinale subtype, lagere incidentie van lymfeknoop metastasen en verbeterde overleving ten opzichte van die van maagkanker met MSS of MSI-L [17,25-30].

Zoals hierboven beschreven, CIMP en MMR-deficiëntie staat zijn belangrijke kenmerken van maagkanker en kunnen verschillen overleving bij patiënten kwaadaardigheid reflecteren. Significante correlatie tussen MSI en CIMP gerapporteerd in GC [61]. Echter, gegevens over de synergetische effecten van deze parameters zijn schaars en multivariate analyse van deze genetische en epigenetische parameters vereist. In onze studie, CACNA1G
, CHFR
, DCC
, HPP1
, MINT1
, MINT2
, MINT31
, MLH1 5 '
, MLH1 3'
, p16
, RASSF2A-regio1
, RASSF2A-regio2
, RUNX3
, sFRP2-regio2
, UNC5C
, 3OST2
en FOXL2
waren significant gemethyleerd in de CIMP-high-groep. In het bijzonder, hebben we gemeld promoter methylering van FOXL2
bij maagkanker. FOXL2
is een gen coderend voor een transcriptiefactor forkhead en is essentieel voor ovariële functie [69]. FOXL2
regelt de celcyclus door het induceren G1 arrest en beschermt de cellen tegen oxidatieve schade door bevordering geoxideerde DNA herstel en door de hoeveelheid van het anti-oxidatiemiddel glutathion [69]. FOXL2
onderdrukt proliferatie, invasie en bevordert apoptose van baarmoederhalskanker cellen [70]. De promotor methylering van FOXL2
kan een belangrijke rol spelen bij het ontstaan ​​van tumoren bij maagkanker te hebben. In tegenstelling, MLH1 3 '
methylatie nodig was voor MMR-deficiëntie en toonde MSI. De MLH1 3 '
methylering groep had een neiging tot een goede prognose van de Kaplan-Meier schatting.

Maar CIMP en MMR-deficiëntie zijn afhankelijk van elkaar. MSI-geassocieerde sporadische CRC's ontstaan ​​door een proces dat CIMP impliceert [66,71]; daarom moet geïntegreerde statistische analyse van CIMP en MMR-deficiëntie worden uitgevoerd. Bijvoorbeeld, in duodenale adenocarcinomen, CIMP / MLH1
methyleringsstatus een significante prognostische waarde zowel OS en tijd tot recidief (TTR) in multivariate analyse [72]. Patiënten met CIMP-hoog / MLH1
-unmethylated tumoren had de slechtste OS en TTR [72]. In onze multivariate analyse van patiënten met maagkanker, alleen de CIMP-high / MLH1 3 '
gemethyleerde groep had een goede prognose. De reden voor goede prognose in de CIMP-high / MLH1 3 '
gemethyleerde groep blijft onbekend. Dit verschijnsel kan zijn vanwege synergistische inactivatie van vitaal genen door mutatie en promoter methylatie. Om onze bevindingen verder te bevestigen, voerden we een onafhankelijke validatie van onze resultaten uit in data patiënt tot The Cancer Genome Atlas database (TCGA) ingediend. [73-75] CIMP-high / MLH1
hyper-gemethyleerd groep toonde vaker lymfeklier metastase (p = 0,0009), gevorderde ziekte stadium (p = 0,0078; S1 File), en iets betere ziektevrije overleving (S2 File). Anderzijds kan CIMP /MSI status van de aanzienlijke waarde als prognostische marker (Tabel S2) vertonen. Dit resultaat laat zien dat MLH1
heeft de belangrijkste rol bij MMR genen in de carcinogenese van GC. Verder onderzoek is nodig om de relatie tussen CIMP status en MMR deficiëntie helderen. Deze aanpak leidt tot een nieuwe strategie voor de behandeling van maagkanker.

Samenvattend zijn onze gegevens suggereren dat stratificatie van patiënten met CIMP gebaseerd op MLH1
methylatiestatus kunnen voorspellen maagkanker inschakelen prognose. De CIMP-high / MLH1 3 '
gemethyleerde groep had goede prognose, maar ook andere groepen kunnen intensieve behandeling voor de verbetering van de overleving, die moet worden bevestigd in toekomstig onderzoek nodig.

Ondersteunende informatie
S1 Bestand. Relatie tussen CIMP en MLH1
methylatie bij maagkanker patiënten in TCGA database.
Wij onderzochten de methylatie status van 17 promotor CpG-eiland-gerelateerde loci ( APC
, CACNA1G
, CHFR
, DAPK
, DCC
, MGMT
, MINT
, MLH1
p16
, RASSF1
, RASSF2
, RASSF3
, RASSF5
, RASSF6
, RUNX3
, sFRP2
, en UNC5C
) in TCGA database (TCGA voorlopige). Bovenste 25% van elke locus bepaald als hyper-gemethyleerd. CIMP hoog werd gedefinieerd als ten minste 5 van de hyper-methylatie van deze loci (figuur A). De overlappende relatie tussen CIMP en MLH1
methylatie status werd geanalyseerd. 55 patiënten waren in het CIMP-high / MLH1
gemethyleerde, 29 patiënten waren in de CIMP-low / MLH1
gemethyleerde, 77 patiënten waren in het CIMP hoog / MLH1
niet-gemethyleerd en 177 patiënten waren in het CIMP-low / MLH1
niet-gemethyleerde groepen (figuur B). Correlatie tussen tumor diepte, lymfeklieren metastase, metastasen op afstand, Stage en CIMP / MLH1
methylatiestatus werden geanalyseerd met behulp van Fisher's exact test. Positieve lymfeklier metastase (p = 0,0009) en hogere Stage (p = 0,0078) werden positief gecorreleerd met CIMP-hoog / MLH1
gemethyleerde groep (figuur C)
doi:. 10.1371 /journal.pone. 0130409.s001
(docx)
S2 File. Ziektevrije overleving bij maagkanker patiënten TCGA database.
Kaplan-Meier curves werden gegenereerd volgens de MLH1
methylatiestatus. De ziektevrije overleving werden bepaald voor de MLH1
gemethyleerde en niet-gemethyleerde groepen. Ziektevrije overleving prijzen waren iets hoger in de MLH1
gemethyleerde groep in vergelijking met de niet-gemethyleerde groep, maar het verschil was niet significant (log-rank P
= 0,1173) (Figuur A). Ziektevrije overleving werden geanalyseerd op de CIMP-hoog en CIMP-low groepen, en de prijs was in de CIMP-high groep iets hoger dan in de CIMP-low groep, maar het verschil was niet significant (log-rank P
= 0,1847) (Afbeelding B). Ziektevrije overleving werden geanalyseerd en vergeleken tussen CIMP-high / MLH1
gemethyleerde en andere groepen. We merkten dat de ziektevrije overleving prijzen waren iets hoger in de gecombineerde CIMP-high / MLH1
gemethyleerde groep, in vergelijking met de andere groepen waar de verschillen waren niet statistisch significant (log-rank p = 0,1073) (Figuur . C)
doi: 10.1371 /journal.pone.0130409.s002
(docx)
S1 Table. Primersequenties
doi:. 10.1371 /journal.pone.0130409.s003
(docx)
S2 Table. Multivariate analyse van de uitkomst voorspellers gebaseerd op CIMP /MSI-status
doi:. 10.1371 /journal.pone.0130409.s004
(docx)

Dankwoord

De auteurs willen graag danken de heer Toru Nakai, mevrouw Tae Yamanishi, en de heer Akihiro Njoeja voor technische ondersteuning.

Other Languages