Stomach Health > elodec Zdravje >  > Gastric Cancer > želodčni rak

Plos ONE: Klinični Pomen MLH1 metilacije in CpG Island Methylator Fenotip kot prognostičnih označevalcev pri bolnikih z želodčnim Cancer

Povzetek

Ozadje

Da bi izboljšali izid bolnikov z rakom želodca, A je potrebno boljše razumevanje osnovnih genetskih in epigenetskih dogodke v tem malignosti. Čeprav so bili CpG otok methylator fenotip (CIMP) in mikrosatelitno nestabilnost (MSI) je prikazano, da igra osrednje vloge v želodcu patogenezi raka, klinični pomen teh dogodkov na rezultate preživetja pri bolnikih z rakom želodca, še ni znan.

Metode

To študijo je bilo vključenih kohorte bolnikov s patološko potrjenega raka želodca, ki so imeli kirurški resekciji. Analizirali smo kohorti 68 želodca raka. CIMP in MSI statusi so bile določene na podlagi analize promotor CpG statusa otok metilacijski 28 genov /loci in genomske nestabilnosti na 10 mikrosatelitskih označevalcev, oz. A Cox je sorazmerna nevarnosti modela je bila izvedena za multivariatne analize, vključno s starostjo, stopnjo, diferenciacije tumorja, Kras
stanje mutacija, in v kombinaciji CIMP / MLH1
stanje metilacije v razmerju do skupnega preživetja (OS).

Rezultati

z multivariatne analize, je več OS značilno povezana z nižjo patološko fazi ( P
= 0,0088), boljšo diferenciacijo tumorja ( P
= 0,0267) in CIMP visoke in methylated stanje MLH1 3 '
( P
= 0,0312). Stratifikacija statusa CIMP v zvezi z MLH1
stanja metilacija nadaljnje omogočila napovedovanje želodca prognozo raka.

Sklepi

CIMP in /ali MLH1
stanje metilacija imajo lahko možnost, da se napovedni biomarkerjev pri bolnikih z rakom želodca

Navedba. Shigeyasu k, Nagasaka T, Mori Y, Yokomichi N, Kawai T, Fuji T, et al. (2015) Klinični Pomen MLH1 metilacije in CpG Island Methylator Fenotip kot prognostičnih označevalcev pri bolnikih z želodčnim rakom. PLoS ONE 10 (6): e0130409. doi: 10,1371 /journal.pone.0130409

Urednik: Hassan Ashktorab, Howard University, UNITED STATES

Prejeto: 18. februar 2015; Sprejeto: 20. maj 2015; Objavljeno: 29. junij 2015

Copyright: © 2015 Shigeyasu et al. To je prost dostop članek razširja pod pogoji Creative Commons Attribution License, ki omogoča neomejeno uporabo, distribucijo in razmnoževanje v katerem koli mediju, pod pogojem, da prvotni avtor in vir knjižijo

Razpoložljivost podatkov: Vsi pomembni podatki so v papir in njene dodatne informacije datotek

Financiranje:. To delo je podprl KAKENHI donacij 19390351 in 20590572, da TN, in z dotacijami R01 CA72851 in 181572 iz National Cancer Institute, National Institutes of Health, in sredstva iz Baylor raziskovalnega inštituta za AG

konkurenčni interesi:. avtorji so izjavili, da ne obstajajo konkurenčni interesi

Uvod

rak želodca je drugi najpogostejši vzrok za nastanek raka. -povezana smrti, s približno 700.000 potrjenih smrtnih primerov letno po vsem svetu, čeprav se je pojavnost postopoma zmanjšal [1-3]. Rak želodca je običajno diagnosticirana v poznejši fazi, kar je glavni vzrok za njeno slabo prognozo [4]. Za izboljšanje rezultatov raka želodca, je potrebna identifikacija genetskih in epigenetskih dogodkih v napredovanje raka želodca. Najpomembnejši epigenetsko dogodek na napredovanje raka metilacija promotor CpG regij ključnih zaviralnih genov. CpG otoki so skoraj 1-kb dolge sekvence DNA z visoko gvanin, citozin vsebin v promoter regijah genov [5]. Za razliko od normalnih celic, so CpG otokov v tumorskih zaviralnih genov v rakastih celicah pogosto hypermethylated, kar je privedlo do CpG otok methylator fenotipa (CIMP) [6,7]. Epigenetsko utišanje, povezanih z tumorskih genov zaradi CpG otoku metilacije je bil pred kratkim poročali pri raku želodca. Aberrant CpG otok metilacija > 100 rast regulativnih genov pri raku želodca je doslej poročali [24/08], vendar klinični pomen CIMP na raka želodca ostaja neraziskana in slabo razumljen

V nasprotju. , neusklajenost popravila (MMR) pomanjkljivost v raka želodca, je tudi pomemben genetski dogodek. Genomsko nestabilnost v številu mikrosatelitskih ponovitev (ali mikrosateliti) se imenuje mikrosatelitnega nestabilnost (MSI). MSI je funkcija, ki jo okvarjenim sistemom DNA MMR povzročil. Funkcionalna inaktivacijo genov MMR, kot so MLH1
ali MSH2
, ki jo je promotor metilacija odgovoren za MSI-high (MSI-H) fenotip raka želodca. V prejšnji raziskavi, rak želodca z MSI-H je pokazala višjo frekvenco antralnih lokacijo, črevesne podvrste, manjšo incidenco bezgavkah metastaze in izboljšano preživetje, v primerjavi z mikrosatelitnih hlev (MSS) ali MSI-L želodca raka [17,25 -30]. Vendar pa je klinični pomen pomanjkanja MMR raka želodca ostaja neznan.

Glede na to vrzel v znanju, v tej študiji smo raziskali pomen pomanjkanja CIMP in MMR pri raku želodca in določi njihov prispevek kot prognostični markerji pri bolnikih z rakom želodca.

materiali in metode

tkiv osebki

To študijo je bilo vključenih kohorte bolnikov s patološko potrjenim rakom želodca, ki so prestali kirurško resekcijo na Okayama univerzi Hospital (Okayama, Japonska), od 1998-2004. Skupaj je bilo analiziranih 68 želodca tkiv z rakom in njihovih izravnanih normalnih želodčne sluznice. Vse normalno želodčne sluznice tkiva so bili pridobljeni iz mesta v bližini, vendar stran iz prvotnega tumorja vsaj 5 cm. Vsi bolniki zagotoviti pisna soglasja, in študija je bila odobrena s etični odbor University Hospital Okayama. Vsi bolniki so predvidene premije obveščeni soglasje za uporabo svojih podatkov za analizo prihodnosti. Vse želodca raka in normalno želodčne sluznice so sveže zmrznjene vzorci tkiva, iz katerega je bila DNA, pridobljeni z uporabo QIAamp DNA Mini Kit (QIAGEN).

MSI analiza

MSI Analiza je bila opravljena s pregledom 2 mononukleotida ponovi (BAT25 in BAT26), 12 dinukleotidom ponavlja (D17S250, D18S35, D18S58, D18S69, D2S123, D4S1559, D4S2381, D4S470, D5S107, D5S346 in D8S87, TP53), in eno tetranukleotida ponavlja, MYCL, kot je opisano zgoraj [ ,,,0],31]. Tumorji, ki prikazujejo alelov premike v ≥5 od 15 označevalcev so razvrščene kot MSI-H (se o tem besedilu: "MSI"), ostalo pa so bile razvrščene kot mikrosatelitskih stabilno (MSS).

Natrijev bisulfit sprememba in CIMP analize

Ker je pogost hypermethylation več genov ena od značilnosti tumorjev z CIMP, smo raziskovali metilacijskega statusa 28 promotorja CpG povezanih z otoka lokusov ( APC
, CACNA1G
, CHFR
, COX2
, DAPK
, DCC
, HPP1
, MGMT-Mp regija
, MGMT-Eh okolica
, MINT1
, MINT2
, MINT31
, MLH1 5 '
, MLH1 3 '
, P14
, p16
, RASSF1A
, RASSF2A-REGION1
, RASSF2A-REGION2
, RASSF3
, RASSF5
, RASSF6
, RUNX3
, SFRP2-REGION1
, SFRP2- REGION2
, UNC5C
, 3OST2
, FOXL2
), in ustrezna zaporedja začetnih oligonukleotidov so navedene v S1 tabeli. Genomsko DNA je bisulfit modificiran pretvoriti vse nemetilirane ostanke citozina za uracili. Na kratko, 0,5-2,0 ig DNK so denaturirana NaOH, obdelan z natrijevim bisulfitom in očistimo s pomočjo Clean-up sistem Wizard DNA (Promega). Status metilacija vsakega povezanega s CIMP locus je ocenil kombinirani analizi bisulfita omejitev (COBRA). Verižne reakcije s polimerazo (PCR) za COBRA je bila izvedena na-bisulfita modificiran šablonske DNA v 25-! Li PCR zmesi, ki vsebuje 12,5 tjj- HotStarTaq Master Mix kit (Qiagen), 0,5 mol /L vsakega PCR oligonukleotidnega začetnika, približno 25 ng -bisulfit spremenjene DNA. PCR produkt smo digerirali z dodatkom restrikcijskim encimom pri 37 ° C 12 ur. Prebavljena DNA smo ločili na 3% agaroznem gelu v 1 × Tris-acetat-EDTA in obarvajo z etidijevim bromidom. Humani normalni debelega DNA obdelali z SssI methylase (New England Biolabs) je bila uporabljena kot pozitivna kontrola za metilni alelov in DNK iz normalnih limfocitov smo uporabili kot kontrolo za nemetiliran alelov. Voda je bila uporabljena kot negativna kontrola PCR spremljanje kontaminacije PCR. CIMP-high je bila opredeljena kot ne manj kot 10 metilacije teh lokusov.

Kras
mutacija analize

Direct zaporedja je bila izvedena za ugotavljanje KRAS
ekson 2 (kodon 12/13) mutacij. PCR za Kras
gen je bila izvedena v 25-! Li PCR zmesi, ki vsebuje 12,5 xl od HotStarTaq Master Mix komplet s primerji. Čiščenje komplet QIAquick PCR smo uporabili za čiščenje PCR izdelkov, zato so neposredno zaporedje na ABI 310 sekvencer z DNA [32].

Statistične analize

JMP programsko opremo (ver 10,0, SAS Institute Inc .) je bila uporabljena za izvedbo statistične analize. T-test smo uporabili za primerjavo zvezne spremenljivke, in Fisherjev natančni test ni bil uporabljen za analizo kategorični spremenljivk. Celokupno preživetje (OS) je bila izmerjena od datuma operacije do dneva smrti. statistični metodi Kaplan-Meier in log-rang za razlike med različnimi prognostičnih dejavnikov, so bile uporabljene za oceno porazdelitve OS. Cox modeli sorazmerna nevarnosti so bili uporabljeni za izračun razmerja ogroženosti (HR) z ustreznimi 95% interval zaupanja (CI). Univariatne in multivariatne logistične regresijska analiza je bila izvedena za določitev razlike v VP med vsako skupino. Vsi so poročali P
vrednosti so dvostranski in P
< 0.05 se je štelo, da kažejo statistično značilnost.

Rezultati

Študija prebivalstva

V tej študiji smo raziskali 68 bolnikov z rakom želodca. V promotorja CpGs v MLH1
gen, širjenje CpG metilacije v svojem 3 'regiji je bila odločena, da je ključnega pomena za MLH1 izražanja [33]. Opis kohorti bolnikov in različnih clinicopathological funkcije, ki temelji na spolu, starosti, stopnji, diferenciacije tumorja, status MSI, Kras
mutacija, in metilacija MLH1 3 '
je prikazana v tabeli 1. Ti statusi smo primerjali med CIMP-visokih in CIMP nizkimi skupin. Od teh parametrov, statusa MSI in MLH1 3 '
metilacijskega statusa pokazala izjemne razlike med 2 skupini (tabela 1).

Stanje metilacije

28 CpG loci tudi APC
, CACNA1G
, CHFR
, COX2
, DAPK
, DCC
, HPP1
, MGMT-Mp okolica
, MGMT-Eh okolica
, MINT1
, MINT2
, MINT31
, MLH1 5 '
, MLH1 3'
, P14
, p16
, RASSF1A
, RASSF2A-REGION1
, RASSF2A-REGION2
, RASSF3
, RASSF5
, RASSF6
, RUNX3
, SFRP2 -region1
, SFRP2-REGION2
, UNC5C
, 3OST2
in FOXL2
so bili analizirani za določanje statusa CIMP vsakega raka želodca . Metilacija spekter teh lokusov so prikazani v ploščica karti (slika 1a). V teh loci, CACNA1G
, CHFR
, DCC
, HPP1
, MINT1
, MINT2
, MINT31
, MLH1 5 '
, MLH1 3'
, p16
, RASSF2A-REGION1
, RASSF2A-REGION2
, RUNX3
, SFRP2-REGION2
, UNC5C
, 3OST2
in FOXL2
so znatno metilira, v CIMP visokih skupini (tabela 2).

Preživetje rezultati pri bolnikih, ki temeljijo na MLH1 3 '
metilacije in stanja CIMP v želodcu raka

prekrivanja razmerje med CIMP in stanje metilacija MLH1 3 '
smo analizirali. 10 bolnikov je bilo v CIMP visoke / MLH1 3 '
metilalkohol, 1 bolnik je bil v CIMP nizko / MLH1 3'
metilalkohol, 20 bolnikov je bilo v CIMP visoka / MLH1 3 '
non-methylated in 37 bolnikov je bilo v CIMP nizko / MLH1 3'
non-metilni skupini (slika 1b). Kaplan-Meier krivulji preživetja so bili ustvarjeni po
metilacijskega statusa MLH1 3 '. OS Stopnje 5-letno so bili določeni za metilni in non-metilni skupini MLH1 3 "
. OS Stopnje 5-letno bili občutno višji v
metiliranega skupine MLH1 3 "v primerjavi z ne-metilirani skupine. (Log-rang P
= 0,0257, slika 1c)

Prav tako so bili analizirani 5-letno OS tečaji za CIMP-visokih in CIMP nizkimi skupin, in je bila stopnja v CIMP visokih skupini nekoliko višja kot v CIMP nizko skupino, vendar razlika ni bila značilna ( log-rang P
= 0,0688;. slika 1d)

Prispevek neusklajeno pomanjkanja popravila in status CIMP do tečaja preživetja

Deleža preživetja 5-letno smo analizirali in primerjali med temi skupinami; CIMP visoko / MLH1 3 '
metilalkohol, CIMP nizko / MLH1 3'
metilalkohol, CIMP visoka / MLH1 3 '
non-methylated in CIMP nizko / non-metilni skupini MLH1 3 "
. Ugotovili smo, da je bil celotni stopnje preživetja višje v kombinaciji CIMP visoko / MLH1 3 '
metilnega skupina, v primerjavi z drugimi skupinami, kjer razlike niso bile statistično značilne (log-rang P
= 0,0706;. Slika 1e)

razmerje med MLH1
metilacija in MSI

prekrivanje razmerje med MLH1 5 '
metilacija in 3 '
stanje metilacija smo analizirali. 10 bolnikov je bilo razvrstiti kot MLH1 5 'PODJETJA
metilira / 3'
metilalkohol, 8 bolnikov kot MLH1 5 'PODJETJA
metilira / 3'
ne- methylated, 1 bolnik kot MLH1 5 '
non-metilirani / 3'
metilni, in 49 bolnikov, kot so 5 '
non-metilirani / 3'
non-metilirani (slika 2a). V metiliranega skupine MLH1 3 "
, več kot 80% bolnikov je pokazala MSI. Nasprotno, v non-metilirani skupine MLH1 3 "
, skoraj vsi primeri so pokazali MSS (slika 2b). Kaplan-Meier krivulje preživetja so nastale v skladu s MLH1 5 '
metilacijskega statusa. Deleža preživetja 5-letno so bili analizirani za MLH1 5 '
metilni in non-metilnih skupin, in je bila stopnja v MLH1 5 nekoliko višja "
metiliranega skupini, razen v ne- methylated skupina, vendar razlike niso bile pomembne (log-rank P
= 0,1009, slika 2c). Kaplan-Meier krivulji preživetja so bili pridobljeni v skladu s statusom MSI. Deleža preživetja 5-letno smo analizirali skupine MSI in MSS, stopnja je bila v skupini MSI nekoliko višja kot v skupini MSS, vendar razlike niso bile statistično značilne (log-rank P
= 0,1316; slika 2d).

Multivariatna analiza za preživetje izida napovedujejo

A Cox sorazmernih tveganj modela, vključno s starostjo, stopnjo, diferenciacija, Kras
stanje mutacija, in CIMP / MLH1 3 '
stanje metilacije v zvezi z OS bila uporabljena za izvedbo multivariatne analize (tabela 3). Samo oder ( P
= 0,0088), diferenciacija ( P
= 0,0267) in CIMP / MLH1
stanje metilacija ( P
= 0,0312) so bile statistično pomembne napovedujejo OS. Razmerje tveganj je bila bistveno nižja v CIMP visoke / methylated skupina MLH1 3 '
.

je razprava

DNA metilacija v rakavih celicah postati tema intenzivne preiskave. Inaktivacija zaviralnih genov, ki jih CpG metilacije promotorja regij, pospešuje rakotvornost zaradi ureditve odklonskega celičnega cikla in orožja [15]. Nekateri kandidat odklonsko so poročali metilni genov pri raku želodca. RASSF1A
, p14ARF
in MGMT
[34-38]; CHRNA3
, DOK1
in GNMT
[39]; p16
, hMLH1
, MINT1
, MINT2
, MINT12
, MINT25
in MINT31
[40]; APC
, CDH1
, MHL1
, CDKN2A
, CDKN2B
in RUNX3
[17 ]; CDH1
[41]; DKK3
[42]; PTEN
[43]; MGMT
[44]; TFPI2
[22]; CACNA2D3
[45]; PCDH10
[46]; SOX2
[47]; MAL
[48]; in COX2
[49] so že poročali, da se hypermethylated raka želodca. Metiliranjem p16
promotorja CpG otokov je označevalec malignega potenciala displazije v želodcu [50]. Metilacija MGMT
je povezana s fazi in slabo prognozo [44]. Aberrant DNA metilacija v teh genov lahko spodbuja razvoj raka želodca. Vendar natančne genov cilji hypermethylation za rakotvornost ostajajo neznani [51,52].

Sočasno CpG metilacije v več genov je bila opredeljena kot CIMP v kolorektalnega raka (CRC) in rakom želodca [15,40,53- 57], in pokazalo se je, da v korelaciji z hypermethylation od zaviralnih genov. Vendar pa dokazi za CIMP pri raku želodca ni tako prepričljiva, kot to velja za CRC [58,59]. Pri raku želodca, CIMP-high je bil opisan v 41% [40] in 31% [54] tumorjem. Bolniki z CIMP-visoko raka želodca imajo bistveno krajši preživetje kot tisti z CIMP nizko rakom želodca [54,60]. Drugo poročilo je pokazalo, da je bilo CIMP povezana z boljšim preživetjem v rakom želodca [54]. Nedavna meta-analiza se je osredotočila na močnem odnosu CIMP s H. pylori, EBV in MSI, vendar CIMP ni mogel pokazati napovedno potencial za rakom želodca [61].

V nasprotju s tem, nestabilnost Na mikrosateliti ponavlja v različnih rastnih-regulativni genov je definirana kot MSI. Standardno Plošča, kot je NCI plošči, je priporočljivo, vključno mononukleotida (BAT26 in BAT25) in dinukleotida (D2S123, D5S346 in D17S250) ponavlja [62]. je mogoče določiti tri ravni MSI: visoki ravni MSI (MSI-H), z nizko stopnjo MSI (MSI-L), in MSS. MSI-H fenotip pri raku želodca so poročali, da se upošteva 5% -50% MSI pozitivnih novotvorbe [17]. MSI je funkcija, ki jo okvarjenim sistemom DNA MMR povzročil. Funkcionalna inaktivacijo genov MMR, kot so MLH1
ali MSH2
, ki ga mutacijsko inaktivacije in promotorja metilacije je odgovoren za fenotip MSI-H raka želodca. Zlasti podobno KOP, metiliranjem MLH1
je povezan s fenotipom MSI-H [15,40,63,64] ker MLH1
metilacija predhoden izgubo izražanja proteina. Leite M et al. poročali, da je MLH1
promotor hypermethylation so opazili pri 78,7% (70/89) analiziranih MSI primerih [65]. Metilacija regije 3 ' je potrebna MLH1
promotor, ki je blizu njegovega transkripcijski začetni mestu (TSS) genske utišanjem. 5 'konec promotorja je tudi nagnjena k metilacije, vendar to ni funkcionalno pomemben, razen če metiliranje razteza kritičnem 3' regiji [66,67]. MSI status je odgovoren za mutacije genov, ki urejajo celičnega cikla in apoptotske signalizacijo, vključno s TGFβRII
, IGFIIR
, TCF4
, riz
, BAX
, CASPASE5
, FAS
, BCL10
in APAF1
[17,25] in geni ohranjanju genomske celovitosti , vključno s MSH6
, MSH3
, MED1
, RAD50
, BLM
, ATR
, in MRE11
[17,68]. Želodčni rak z MSI-H kažejo večjo pogostost antralnih lokacijo, črevesne podtipa, manjšo incidenco bezgavk metastaz in boljše preživetje relativno tistim raka želodca z MSS ali MSI-L [17,25-30].

Kot je opisano zgoraj, CIMP in status MMR-pomanjkljivost so glavne značilnosti raka želodca in lahko odraža razlike preživetja pri bolnikih, ki trpijo zaradi te malignosti. Pomembna povezava med CIMP in MSI so poročali pri GC [61]. Vendar pa podatki o sinergijske učinke teh parametrov so redki, je potrebna analiza multivariatna teh genetskih in epigenetskih parametrov. V naši raziskavi, CACNA1G
, CHFR
, DCC
, HPP1
, MINT1
, MINT2
, MINT31
, MLH1 5 '
, MLH1 3'
, p16
, RASSF2A-REGION1
, RASSF2A-REGION2
, RUNX3
, SFRP2-REGION2
, UNC5C
, 3OST2
in FOXL2
so znatno metilira, v CIMP visokih skupino. Še posebej, smo poročali promotor metiliranje FOXL2
raka želodca. FOXL2
je gen, ki kodira transkripcijski faktor forkhead in je bistven za funkcijo jajčnikov [69]. FOXL2
regulira celični ciklus s prepričevanjem G1 aretacijo in ščiti celice pred oksidativnimi poškodbami s spodbujanjem oksidirano popravljanje DNA in s povečanjem količine sredstva glutationa antioksidant [69]. FOXL2
zavira proliferacije, invazijo in spodbuja apoptozo celic raka materničnega vratu [70]. Promotor metilacija FOXL2
imajo lahko pomembno vlogo pri tumorigeneze pri raku želodca. V nasprotju s tem,
metilacija MLH1 3 'je potrebna za pomanjkanje MMR in pokazala MSI. MLH1 3 '
metilacija skupina je imela težnjo po dobro prognozo ocene, reševalnih Kaplan-Meier.

Vendar CIMP in pomanjkanje MMR so odvisni drug od drugega. MSI povezano občasnih CRC pride skozi proces, ki vključuje CIMP [66,71]; Zato bi bilo treba opraviti integrirano statistična analiza pomanjkljivosti CIMP in MMR. Na primer, v dvanajstniku adenokarcinomov, CIMP / MLH1
stanje metilacija pokazala pomembno napovedno vrednost v obeh OS in čas do ponovitve (TTR) v multivariatne analize [72]. Bolniki z CIMP visoko / MLH1
-unmethylated tumorji imel najslabšo OS in TTR [72]. V našem multivariatne analize bolnikov z rakom želodca, le CIMP visoko / methylated skupina MLH1 3 '
imeli dobro prognozo. Razlog za dobro prognozo v CIMP visoko / methylated skupina MLH1 3 '
ostaja neznan. Ta pojav lahko zaradi sinergističnega inaktivacije vitalnih genov zaradi mutacije in promotorja metilacije. Da bi še dodatno potrjujejo naše ugotovitve, smo izvedli neodvisno potrditev naših rezultatov iz leta pacientovih podatkov, predloženih v podatkovno bazo Cancer Genome Atlas (TCGA). [73-75] CIMP visoko / MLH1
-hiper metilirani skupina pokazala pogostejšo bezgavko metastaze (p = 0.0009), fazo napredno bolezni (p = 0,0078; S1 File) in nekoliko boljše brez bolezni (S2 datotek). Po drugi strani, CIMP /MSI statusa ni mogoče prikazati bistveno vrednost kot napovedni marker (S2 tabeli). Ta rezultat kaže, da je MLH1
ima najpomembnejšo vlogo med genov MMR v karcinogenosti GC. Nadaljnja preiskava je potrebna za pojasnitev odnosa med statusom CIMP in pomanjkanja MMR. Ta pristop bo pripeljalo do nove strategije za zdravljenje raka želodca.

Skratka, naši podatki kažejo, da stratifikacija bolnikov z CIMP temeljijo na MLH1
stanje metilacija lahko omogočila napovedovanje raka želodca prognoza. CIMP visoko / methylated skupina MLH1 3 '
imeli dobro prognozo, ampak druge skupine lahko zahtevajo intenzivno zdravljenje za izboljšanje preživetja, ki mora biti potrjena v prihodnjih študijah.

Podpora Informacije
S1 datoteke. Razmerje med CIMP in MLH1
metilacije pri bolnikih z želodčnim rakom v datoteki TCGA.
Smo raziskovali metilacijskega statusa 17 promotorja CpG povezanih z otoka lokusov ( APC
, CACNA1G
, CHFR
, DAPK
, DCC
, MGMT
, MINT
, MLH1
p16
, RASSF1
, RASSF2
, RASSF3
, RASSF5
, RASSF6
, RUNX3
, SFRP2
, in UNC5C
) v podatkovni bazi TCGA (TCGA začasno). Zgornji 25% vsakega locus smo določili kot hiper-metiliranega. CIMP visoko bil definiran kot ne manj kot 5 hiper-metiliranjem teh lokusov (slika A). Prekrivanje razmerje med CIMP in MLH1
stanje metilacija smo analizirali. 55 bolnikov je bilo v CIMP visoke / MLH1
metilni, 29 bolnikov je bilo v CIMP nizko / MLH1
metilni, 77 bolnikov je bilo v CIMP visoka / MLH1
non-methylated in 177 bolniki so bili v CIMP nizko / MLH1
non-metilni skupini (slika B). Korelacija med globino tumorja, bezgavk metastaze, oddaljenih metastaz, Stage in CIMP / MLH1
stanje metilacija smo analizirali s Fisherjev test. Pozitivna bezgavka metastaze (p = 0,0009) in višja stopnja (p = 0,0078) je v pozitivni korelaciji s CIMP-high / MLH1
methylated skupina (slika C)
doi:. 10,1371 /journal.pone. 0130409.s001
(DOCX)
S2 datoteke. Brez bolezni pri bolnikih z želodčnim rakom v datoteki TCGA.
Kaplan-Meier krivulji preživetja so bili ustvarjeni po MLH1
metilacijskega statusa. proste Stopnje preživetja bolezni so se za MLH1
metilni in non-metilni skupini. Bolezni proste stopnje preživetja je bilo v MLH1
methylated skupina v primerjavi z ne-metiliranega skupini, vendar razlike ni bilo veliko (log-rang P
= 0.1173) (slika A) nekoliko višja. Bolezni proste Stopnje preživetja so bili analizirani za CIMP-visokih in CIMP nizkimi skupin, in je bila stopnja v CIMP visokih skupini nekoliko višja kot v CIMP nizko skupino, vendar razlika ni bila značilna (log-rank P
= 0,1847) (slika B). Bolezni proste Stopnje preživetja smo analizirali in primerjali med CIMP visoko / MLH1
metilni in drugih skupin. Ugotovili smo, da ni bilo bolezni stopnje preživetja v nekoliko višje kombinirano CIMP visoko / MLH1
metilnega skupina, v primerjavi z drugimi skupinami, kjer razlike niso bile statistično značilne (log-rang P = 0,1073) (Slika . C)
doi: 10,1371 /journal.pone.0130409.s002
(DOCX)
S1 tabeli. Primer zaporedja
doi:. 10,1371 /journal.pone.0130409.s003
(DOCX)
S2 tabeli. Multivariatna analiza izida kazalcev, ki temeljijo na statusu CIMP /MSI
doi:. 10,1371 /journal.pone.0130409.s004
(DOCX)

Priznanja

Avtorji bi radi hvala gospod Toru Nakai, gospa Tae Yamanishi, in g Akihiro Nyuya za tehnično pomoč.

Other Languages