opgeworf HER2 VerfÜgung Gentherapie amplification ass e wesentleche Bestanddeel vun therapeutesch Decisioun-komplett fir avancéiert oder metastatic gastric Kriibs. Eng einfach Method, déi un kleng, formalin-fix, paraffin-Ënnerbewosstsinn Fro uplanzen applikabel ass wënschenswäert wéi en Zousaz oder als Ersatz fir de Moment benotzt HER2 immunohistochemistry an situ hybridization Ëmwelt-. An dëser Etude, entwéckelt mir eng microfluidics-baséiert digital Hinnen alleguer Method fir Bestëmmung HER2 VerfÜgung an chromosome 17 centromere (CEP17) Kopie Zuelen an estimating entholl Inhalt Verhältnis (kennen). D' HER2 VerfÜgung /CEP17 Verhältnis ass vun dräi Verännerlechen-E misst an absolute Kopie Zuelen vun HER2 VerfÜgung an CEP17-duerch waat entholl Zellen alles; nëmmen d'Verhältnis vun den zwee leschtgenannte kann ouni purifying entholl Zellen vun digitale Hinnen alleguer mat der ganzer specimen kritt ginn. E misst war vun semi-automatesche Bild Analyse alles. Mir entwéckelt entholl zefridde Beräich, deen e Fliger vun véiereckege Koordinaten ass aus HER2 VerfÜgung /CEP17 digital Hinnen alleguer Daten a kennen dat, Net-Kick delineates Implikatioune verstärkt, an equivocal Beräicher. Andeems Dir Iech dës Method, 44 Medeziner Echantillon gastric Kriibs Fro sech den Kick kléngen (n = 13), Net-Kick (n = 25), oder equivocal (n = 6). Vergläich, 11 Echantillon waren positiv, 11 goufen negativ, an 22 ware equivocally immunohistochemistry. Sou, reduzéiert eisem Roman Method d'Zuel vun equivocal Echantillon vun 22 bis 6, doduerch obviating de Besoin fir Confirmatioun vun fluorescence oder duebel-Studiebäihëllefe zu situ hybridization Si besteet bis &; 30% vun de Fäll. Entholl Inhalt Charts-assisteiert digital Hinnen alleguer Analyse ass och eventuell op verschidde Siten zu surgically resected Stoffer. Dës Resultater weisen, datt dëst Analyse ass eng sënnvoll Alternativ zu HER2 immunohistochemistry zu gastric Cancers dat als Basis fir den automatiséierte Evaluatioun vun HER2 VerfÜgung Status déngen kann VerfÜgung Fro:. Matsusaka K, Ishikawa S, Nakayama A, Ushiku T, Nishimoto A, Urabe M, et al. (2016) entholl zefridde Charts-assisteiert HER2 /VerfÜgung CEP17 Digital Hinnen alleguer Analys vun Gastric Cancer Fro uplanzen. PLoS NËMMEN 11 (4): e0154430. Doi: 10.1371 /journal.pone.0154430 VerfÜgung Redakter: Yves St-Pierre, INRS, Kanada VerfÜgung Arnaque: 7. November, 2015; Akzeptéiert: 13. Abrëll 2016; Publizéiert: 27. Abrëll 2016 zu Copyright: © 2016 Matsusaka et al. Dëst ass eng oppen Zougang Artikel ënnert de Bedingunge vun der Lizenz BY Creative Commons verdeelt, déi bereet benotzen Genehmegungen, Distributioun, an Reproduktioun vun all mëttelgrouss, gëtt d'Original Auteur an d'Quell Kaiser sinn VerfÜgung Data Disponibilitéit:. All relevant Date sinn bannent de Pabeier a seng Ennerstëtzung Informatiounen Fichieren VerfÜgung Funding:. Dës Aarbecht als Deel vun der Biobank Japan Project gehaal huet (http://www.src.riken.jp/english/project/person/) déi vun Edukatiounsministère, Kultur, Sport, Science and Technology (http://www.mext.go.jp/english/), Japan Agence fir medezinesch Fuerschung an Entwécklung (http ënnerstëtzt gouf: //www.amed.go .jp /en /), an Stipendie-zu-Hëllef fir wëssenschaftlech Fuerschung (KAKENHI) aus der Japan Society fir d'Promotioun vun Science (https://www.jsps.go.jp/english/e-grants/). D'funders hu keng Roll am Etude Design, Daten Kollektioun an Analyse, Décisioun, oder Virbereedung vun der mëttelalterlech Handschrëft ze publizéieren VerfÜgung Wettsträit Interessen:.. D'Auteuren hunn deklaréiert, datt keng Competitioun Interessen existéieren VerfÜgung Gastric Kriibs ass eent vun de meescht genannten malignant erhéijen an déi drëtt-Spëtzekandidat Ursaach vum Kriibs-Zesummenhang Doud uechter d'Welt [1]. Détailléiert Fäll ouni grënnen Interventioun hunn aarmséileg hätt an néideg multidisziplinärem Behandlung Approche. HER2 ass eng 185-kDa transmembrane glycoprotein datt e Member vun der epidermal Wuesstem Faktor receptor Famill a Funktiounen als tyrosine kinase receptor ass [2, 3]. Am normalen Zellen, HER2 FAQ Akten als Signal Better gëtt reduzéiert während Zell Prolifératioun oder dat [4]; awer, huet et oncogenic Eegeschafte wann overexpressed. Dat ass normalerweis ëmmer vun HER2 VerfÜgung Gentherapie amplification, déi vun e puer Zorte vun malignant entholl gemellt gouf [5] dorënner Broscht Kriibs [6, 7], bloc adenocarcinoma [8], Duerchfall Infektioun BBC Kriibs [9] , an gastric Kriibs [10]. HER2-overexpressing Kont gastric Cancers fir 8% -31% vun alle Fäll [11-15]. An der Stad fir Gastric Cancer Prozess, Stad (Roche kinnt, Basel, Schwäiz): lount Iech humanized anti-HER2 monoclonal d'Iwwerliewe Taux vu Patienten mat HER2-positiv gastric Cancers antibody-fräi wann a Kombinatioun mat Chimiotherapie [16], verwalt a war och fir d'Behandlung vun Broschtkriibs Cancers guttgeheescht [17, 18]. HER2 Status Evaluéieren ass also eng wesentlech Aspekter vun gastric Kriibs Therapie. VerfÜgung Fir Patienten mat unresectable gastric Cancers, soll HER2 Status eng kleng Fro specimen iwwerpréift ginn benotzen. Wéi an der läscht Recommandatiounen fir HER2 Testen an Broscht Kriibs vum American Society vun Séminairen Zukunft (ASCO) /College vun American Pathologists vertrueden (GAP), immunohistochemistry (IHC) an /oder zu situ hybridization (nemen) sinn d'Standard Methode fir Evaluéieren HER2 Status [19], mee all huet seng Limiten. Zum Beispill, ass d'Effikacitéit vun HER2-IHC vun e puer Faktore wéi d'formalin zéien Prozess betraff, an d'Fäegkeet System ass net ëmmer reproducible besonnesch an equivocal Fäll, fir déi nemen recommandéieren ass [19-25]. Am helle Beräich HER2 VerfÜgung duebel-Studiebäihëllefe nemen ( HER2 VerfÜgung -DISH), HER2 VerfÜgung an chromosome 17 centromere (CEP17) Kopie Zuelen als Signaler ënnert engem Liicht nogewise ginn microscope iwwer der ganzer Regioun vun der specimen. Mä, obschons dës Method ausféieren Sensibilitéit huet, et deier ass a relativ Zäit-opwänneg VerfÜgung An dëser Etude, mir microfluidics-baséiert digital Hinnen alleguer Technologie applizéiert. (BioMark; Fluidigm, Cambridge, UK) [26] ze bestëmmen HER2 VerfÜgung /CEP17 Kopie Zuel Verhältnis. An digital Hinnen alleguer, ass Skelett DNA agedeelt 770 Stécker vun nanoliter Reaktioun CHAMBERS, mat enger erwaart Konzentratioun vun 0-1 Protein pro Zëmmer. Dual-faarweg Zilscheif an Referenzmaterial Genen sinn gläichzäiteg Hinnen alleguer-Kick an hir Kopie Zuelen sinn berechent vun der CHAMBERS mat positive Signaler Zielen. Dës héich sécherlech Method aktivéiert de Verglach vun HER2 VerfÜgung an CEP17 Kopie Zuelen verschiddene primer baut mat. D'Zil vun dëser Etude war d'Machbarkeet vun digitale Hinnen alleguer Technologie fir Analyse vun gastric Kriibs Fro uplanzen ze confirméieren. Allerdéngs ass ee Problem mat dëser Approche, déi d'Otemschwieregkeeten normalerweis enthält Net-kriibserreegend stromal Zellen déi mat molekulare Analysë Amëschung. Zu dësem Thema iwwerwannen, entwéckelt mir zwee-Dimensiounen luucht Komplott bezeechent wéi déi entholl zefridde (TC) Charts dass Donnéeën an Implikatioune verstärkt, Net-Kick, an equivocal Kategorien allocates. D'Zil war en automatiséierte Mëttelen bewäert HER2 VerfÜgung Status, mat TC Charts-assisteiert HER2 VerfÜgung /CEP17 digital Hinnen alleguer Analyse Déngscht als éischte Schrëtt ze entwéckelen. VerfÜgung IFLA- breakpoint VerfÜgung Dës Etude vun der Uni Tokyo Finanzpolitiker ethneschen Comité ofgeseent gouf. Séminairen Echantillon mat schrëftlech informéiert Zoustëmmung sech fir d'Etude vun de Mënscherechter Stoffer ënnert der Universitéit vun Tokyo Finanzpolitiker Richtlinnen gesammelt. VerfÜgung Séminairen gastric Kriibs Fro Echantillonen an chirurgesch uplanzen VerfÜgung Am Ganzen, 44 gastric Kriibs Fro uplanzen vun 32 Patiente vun Iddi formalin-fix paraffin-Ënnerbewosstsinn (FFPE) verschafft goufen fir Analyse sinn. All Fro uplanzen sech endoscopically am Departement vun Endoscopy an Bild befënnt kritt. Véier chirurgesch uplanzen, déi surgically resected waren am Departement vun Gastrointestinal befënnt, goufen donieft. Dës uplanzen sech zu 10% neutral gefiermt formalin fest. All Fäll goufen am Departement vun wirklech vun der University of Tokyo Hospital diagnostizéiert. Sektiounen sech op eng deck 4 μm Géigewier duerch konventionell histological Techniken benotzt; dës sech op Glas drënner gesammelt a fir hematoxylin-eosin (HIEN) staining, HER2-IHC benotzt, an HER2 VerfÜgung -DISH. VerfÜgung Immunohistochemistry VerfÜgung Immunohistochemical staining war duerchgefouert op FFPE Otemschwieregkeeten mat der 4D5 antibody anti-HER2 benotzt Ventana Ulass XT (Roche kinnt). Staining Intensitéit an Membran immunoreactivity Musteren sech mat der Dako ukomm System bewäert no ASCO /CAP Richtlinnen [19]. Nee Membran staining war den 0 stoung; liichtschwaache oder knapps uerg /onkomplett Membran staining war den 1+ Faarwen; onkomplett an /oder schwaach /moderéiert staining circumferential Membran stoung den 2+ war; a komplett a schwéier circumferential Membran staining war wéi Iwwer 3 geschoss. VerfÜgung HER2- VerfÜgung Plat staining an Evaluatioun VerfÜgung HER2 VerfÜgung -DISH war op FFPE gesuergt Otemschwieregkeeten vun der HER2 DNA Plat Kit benotzt (Roche kinnt) no der Taktik vum Fabrikant, an uplanzen sech duerch Liicht microscopy bewäert. HER2 VerfÜgung Signaler wossten als schwaarz dots oder Stärekéip, an CEP17 Signaler wossten wéi rout dots. Zwanzeg Net-phpNuke Kriibs Käre sech Faarwen HER2 VerfÜgung an CEP17 Signaler a HER2 VerfÜgung Gentherapie amplification séiert war wéi déi vun der ASCO /CAP Richtlinnen recommandéiert [19]; positiv, [ KLENGE VerfÜgung 2 /CEP17 Verhältnis ≥ 2.0] an /oder [Duerchschnëtt KLENGE VerfÜgung 2 Kopie Zuel ≥ 6.0 Signaler /Zell]; equivocal, [ KLENGE VerfÜgung 2 /CEP17 Verhältnis &Si besteet; 2.0] a [Duerchschnëtt KLENGE VerfÜgung 2 Kopie Zuel ≥ 4,0 an &Si besteet; 6.0 Signaler /Zell]; negativ, [ KLENGE VerfÜgung 2 /CEP17 Verhältnis &Si besteet; 2.0] a [Duerchschnëtt KLENGE VerfÜgung 2 Kopie Zuel &Si besteet; 4.0 Signaler /Zell]. VerfÜgung Virbereedunge DNA aus FFPE Medeziner Material VerfÜgung Fir DNA aus Fro Echantillonen, 10 Serien Rubriken Géigewier op engem enke Bou vun 10 μm waren op engem Glas Uewerfläch gesat fir HER2 Extrait -IHC a HER2 VerfÜgung -DISH. Entholl Inhalt huet confirméiert, ier an der sectioning duerch d'bascht drënner mat HIEN staining. Zënter enger eenzeger normalerweis paraffin Spär puer Stécker vun Fro Prouf, eenzel uplanzen sech mat engem Glas geschnidden isoléiert. Fir DNA aus chirurgesch resected uplanzen, 5 Serien Sektiounen aus all Vertrieder Otemschwieregkeeten-Spär Extrait sech op engem enke Bou vun 10 μm Zentral, déi op enger Plack plazéiert goufen aus polytetrafluoroethylene gemaach (Flucht, Sanplatec, Rekorder, Japan). D'Membran ass chemesche Resistenz fir xylene-baséiert deparaffinization, an ass séier an Stécker geschnidde ginn. An der Etude, sech verschidden Deeler vun de Blieder no HER2 Profil Clip eraus. Glas oder Flucht Stécker goufen zu engem 2.0-ml Rouer zesummekomm, an DNA huet mat der QIAamp DNA FFPE Ray Kit Quecksëlwer (QIAGEN, Valencia, CA, USA). VerfÜgung HER2 VerfÜgung Kopie Zuel Foussgänger déi digital Hinnen alleguer VerfÜgung primer capabel fir hire HER2 VerfÜgung an CEP17 sinn an Table 1. All primer gewise gouf esou konzipéiert, dass d'Hinnen alleguer Produiten kritt genuch kuerz waren (59. a 65. BP) eliminéiert der Afloss vun DNA véiermol am FFPE Prozess. Digital Hinnen alleguer war mat engem 48,770 digital vill integréiert fluidic Circuit (Fluidigm) mat enger EP1 System duerchgefouert. All Chip enthale 48 Brieder déi weider Eruewerungspolitik waren an 770 Reaktioun CHAMBERS. D'Zuel vun positive unisse Signaler vun all Rot benotzt gouf verschiddene DNA Message un ofgedonkelt. De Protokoll ass soss [26] beschriwwen. Kuerz, ware 4-μl Reaktioun Dampgemësch fir all assay virbereet, datt 1 × TaqMan Gentherapie Ausdrock Meeschtesch Mëschung aus, 1 × HER2-FAM an chr17cent-VIC TaqMan Ämter, an 1 × Prouf Luede reagent (Fluidigm). D'Reaktioun Mëschung war opgedeelt an d'Reaktioun 770 CHAMBERS verdeelt an der digitaler Partie war op en EP1 System FC1 LS Thermo-gefuer sinn. Déi zwou Zil- Regiounen sech onofhängeg Kick an 6-carboxyfluorescein an VIC Hoerfaarw Signaler am CHAMBERS sech um Enn vun all Hinnen alleguer Zyklus opgeholl. D'Zuel vun de 6-carboxyfluorescein-positiv (HER2) an VIC-positiv (CEP17) CHAMBERS zu all octroyéiert gouf gezielt a HER2 VerfÜgung /CEP17 Kopie Zuel Verhältnis berechent war [27]. VerfÜgung Evaluatioun vun entholl Inhalt Verhältnis (kennen) VerfÜgung Lait Rutsch Bild vun hIEN Rubriken, déi déi just virun de Serien Rubriken fir DNA erauszéien, huet sech mat NanoZoomer (Hamamatsu Photonics, Hamamatsu, Japan) gescannt. Date goufen importéiert Definiens Ray Studio 2.0 (http://www.tissuestudio.com) fir Determinatioun vun misst. Déi gewielte Regioun vun chirurgesch uplanzen war mat engem BZ-710 microscope (Keyence, Rekorder, Japan) gescannt. Date goufen importéiert Hybrid Zell Grof Software (BZ-H3C, Keyence). Donnéeën dass d'Zuel vun Zellen zu importéiert Biller an ënnerscheeden kriibserreegend aus Net-kriibserreegend Zellen baséiert op Keimzell Gréisst detailléierte sech automatesch generéiert VerfÜgung Experimenter fir Entwécklungslänner den TC Tabelle VerfÜgung Fir Kontroll Experimenter, H522 haett Kriibs an SK-BR-3 Broscht Kriibs Zell Strecken aus der American Type Kultur Collection (Manassas, VA, USA) kritt. GM18997 Epstein-Barr Virus-transforméiert lymphoblastoid Zell Linn (LCL) war vun Coriell Biorepository kritt (https://catalog.coriell.org/). H522 Zellen an der LCL sech cultured zu Roswell Park Memorial Institut-1640 mëttelfristeg (Nacalai Tesque, Kyoto, Japan) mat 10% An et Bovine serum (Fläch-Aldrich, St. Louis, MO, USA) an 1% penicillin-streptomycin Léisung ( Nacalai Tesque). SK-BR-3 Zellen sech cultured zu Dulbecco d'geännert Eagle d'mëttel- /Hamen F12 (Nacalai Tesque, Japan) mat 10% An et Bovine serum an 1% penicillin /streptomycin. Zellen sech op 37 ° C an eng Atmosphär cultured mat 5% CO 2. DNA huet mat enger QIAquick DNA Mini Kit (QIAGEN) ofgebaut. FFPE H522, SK-BR-3, an LCL Zell Bleck sech bereet fir HER2 VerfÜgung -DISH Evaluatioun. VerfÜgung Frankräich DNA aus H522 an SK -BR-3 Zellen an der LCL war zu enger Konzentratioun vun 50 Dummeldéng /μl ugepasst. H522 an LCL Frankräich DNA war an aacht Schrëtt bei der folgender Volumen nennen gemëscht: 8: 2, 7: 3, 6: 4, 5: 5, 4: 6, 3: 7, 2: 8, an 1: 9 (H522 : LCL). SK-BR-3 an LCL Frankräich DNA war zu véier Schrëtt bei der folgender Volumen nennen gemëscht: 8: 2, 6: 4, 4: 6 an 2: 8 (SK-BR-3: LCL). VerfÜgung statistique Analysë VerfÜgung Chi-wäissfeldreg Tester applizéiert sech ze vergläichen zielt tëschent HER2 VerfÜgung -DISH an digital Hinnen alleguer zu H522 an SK-BR-3 Zellen an LCL. Differenzen sech als groussen gin wann p VerfÜgung &Si besteet; 0,05 VerfÜgung Entwécklung vun der TC Beräich fir digital Hinnen alleguer Donnéeën VerfÜgung Den HER2 VerfÜgung /CEP17 Verhältnis sech baséiert op dräi Verännerlechen:. E misst an absolute Kopie Zuelen vun HER2 VerfÜgung an CEP17. Nëmmen d'famill ze nennen vum Streeliicht kann duerch digital Hinnen alleguer mat der entholl specimen kritt gin ouni eenzel Zellen Isolatioune. D' HER2 VerfÜgung /CEP17 Verhältnis vun digitale kritt Hinnen alleguer [ r VerfÜgung] ausgedréckt huet als Konsequenz, baséiert op der Hoffnung datt Gentherapie Kopie Zuelen vun Kriibs Zelle Goss an déi Net-kriibserreegend Zelle genetesch stabil mat behënnerte chromosomes (Lalumi 1A an 1B) :( 1) wou [ r VerfÜgung] ass d'Verhältnis vun HER2 VerfÜgung vun digitale Hinnen alleguer (0 &dra kritt ze CEP17; r Am Moment studéieren, [ x VerfÜgung] war vun HIEN-Kierchefënster uplanzen alles Bild mat Analyse Software, wéi Ray Studio Bild Analyse Software fir d'Fro uplanzen an Hybrid Zell Grof Software fir d'chirurgesch uplanzen, bzw.; an [ r VerfÜgung] a [ x VerfÜgung] goufen aus Miessunge bestëmmt. VerfÜgung verstoen (1) war graphically wéi den TC Beräich vertrueden, mat [ r Mir definéiert HER2 VerfÜgung amplification-negativ als [ B VerfÜgung / A VerfÜgung &Si besteet; 2] oder [ B VerfÜgung &Si besteet; 2 A VerfÜgung]. [ Bx VerfÜgung + 2 (1 - x VerfÜgung)] ausgedréckt war dann wéi follegt: (2) VerfÜgung sech duerch [ Ax VerfÜgung + 2 (1 - x VerfÜgung)] :( 3) VerfÜgung mat nämlech (1) an (3) Kriseperiod de folgenden kombinéiert: (4) (5) verstoen (5) war eng Konditioun entsprécht [ B VerfÜgung / a VerfÜgung &si besteet; 2]. Déi riets Säit Member vun verstoen (5) uginn engem monotonic Erhéijung no verännerleche [ A VerfÜgung] (2 ≤ A VerfÜgung ≤ 8); Aktivitéiten vun [ A VerfÜgung = 2], déi de Mindestloun Wäert vun [ A VerfÜgung] war, an verstoen (5) huet de folgenden: (6) VerfÜgung Dofir, kommen verstoen (6) war zefridden, der HER2 VerfÜgung amplification-negativ Conditioun [ B VerfÜgung / A VerfÜgung &Si besteet; 2] war richteg fir all Wäert vun [ A VerfÜgung] (2 ≤ A VerfÜgung ≤ 8). VerfÜgung Wéinst dem, der Definitioun vun HER2 verstoen (7) gouf am selwechte Wee Filteren well nämlech (2) - (5) an ausgedréckt huet wéi follegt: (8) VerfÜgung verstoen (8) war eng Konditioun entsprécht [ B VerfÜgung / a VerfÜgung ≥ 2]; der rietser Säit Member vun der Equatioun uginn engem monotonic Erhéijung. Aktivitéiten vun [ A VerfÜgung = 8], déi de Maximum Wäert vun war [ A VerfÜgung], an verstoen (8) Kriseperiod folgend: (9) VerfÜgung Sou, kommen verstoen (9) war zefridden, der HER2 VerfÜgung amplification-positiv Conditioun [ B VerfÜgung / A VerfÜgung ≥ 2] war fir all Wäert vun [ eng richteg VerfÜgung] (2 ≤ a VerfÜgung ≤ 8). VerfÜgung Wann nämlech (6) an (9) huet op der TC Charts opgezeechent hat, curving der Géigend virun der Linn Spronk [ r VerfÜgung = (7 x VerfÜgung + 1) /(3 x VerfÜgung + 1)] ( A VerfÜgung = 8) war als positive Beräich designéierte, an der Géigend, ënnert der riichter Linn [ r VerfÜgung = x VerfÜgung + 1] ( a VerfÜgung = 2) war den negative Beräich. Der Géigend zouenen vun de Linnen [ r VerfÜgung = x VerfÜgung + 1] a [ r VerfÜgung = (7 x VerfÜgung + 1) /(3 x VerfÜgung + 1)] war eng onbestëmmten Zone op de Wäert vun jee [ a VerfÜgung], déi als equivocal Géigend an definéiert als Konsequenz (Lalumi 1B) designéierte war :( 10) Wann [ x VerfÜgung] 0 war (kee Kriibs Zellen wouvun), all Linnen op Koordinate converged (0,1) baséiert op der Virgab, dass net-kriibserreegend Zellen genomically stabil sinn. Wann [ x VerfÜgung] war 1.0 (aus nëmmen Kriibs Zellen), Linnen duerch d'Koordinaten batter (1,2) onofhängeg vu Wäerter fir [ A VerfÜgung] a [ B Se digital Hinnen alleguer an HER2 VerfÜgung -DISH zu cultured Zellen VerfÜgung Mir validéiert d'theoretesch verstoen (1) an den TC Beräich vun engem stepwise Mëschung System vun Zell Linnen. D'verstoen (1) war mat aktuellen gemooss Wäerter vun [ A VerfÜgung] kritt an [ B VerfÜgung] kritt vun HER2 VerfÜgung -DISH zu Zell Linnen, oder mat der berechent [ B "VerfÜgung] aus [ a VerfÜgung] an gemooss [ r VerfÜgung]. VerfÜgung rel Kopie Zuelen vun HER2 VerfÜgung an CEP17 ( HER2 VerfÜgung /CEP17) zu LCL an H522 an SK-BR-3cells sech duerch HER2 VerfÜgung -DISH benotzt FFPE Bleck Zell évaluéiert an déi digital Hinnen alleguer (Table 2). HER2 VerfÜgung Signaler wossten wéi diskret dots zu Kären duerch HER2 VerfÜgung -DISH (Lalumi 2A an 2B); HER2 VerfÜgung Kopie Zuel an eenzel Zellen war bal zwee an LCL a véier an H522 Zellen. Am Géigesaz, SK-BR-3 Zellen Strooss zougedréckt HER2 VerfÜgung Signaler, déi schwéier sech ze z'ënnerscheeden individuell (Lalumi 2C); hir Zuel sech un d'maximal Wäerter vun 7, 14, an 21 laut Stärekoup Gréisste mutwëlleg virbereet. engem nidderegen HER2 VerfÜgung /CEP17 Verhältnis vun kritt huet HER2 VerfÜgung -DISH wéi déi digital Hinnen alleguer Soumat. VerfÜgung H522 an SK-BR-3 Zell Frankräich DNA war gemëscht mat déi vun der LCL zu engem stepwise Manéier an d'Dampgemësch sech duerch digital Hinnen alleguer analyséiert. An H522 Zellen, HER2 VerfÜgung [ B VerfÜgung] an CEP17 [ A VerfÜgung] Kopie Zuelen goufen berechent vun HER2 VerfÜgung -DISH wéi follegt zesummen: [ a VerfÜgung = 41/20 = 2.05] a [ B VerfÜgung = 85/20 = 4.25]. Wann d'Wäerter vun [ A VerfÜgung] a [ B VerfÜgung] ze verstoen applizéiert sech (1), konnt d'Donnéeë vun der Referenz Linn beschriwwe ginn [ r VerfÜgung = ( 4,25 x VerfÜgung + 2 (1 - x VerfÜgung)) /(2.05 x VerfÜgung + 2 (1 - x VerfÜgung))] (Lalumi 2D ). Am Fall vun SK-BR-3 Zellen, CEP17 Kopie Zuel [ A VerfÜgung] war [ A VerfÜgung = 83/20 = 4.15]; awer, wéi uewe beschriwwen, HER2 VerfÜgung Signaler waren op der Strooss, déi de geschate Kopie Zuel erofgaangen. Dofir, Kandidatur [ A VerfÜgung = 4,15], [ r VerfÜgung = 5,69] a [ x VerfÜgung = 1.0] ze verstoen (1), déi geschate HER2 VerfÜgung Kopie Zuel [ B "VerfÜgung] war ugin gin [ B" VerfÜgung = 5,69 × 4.15 = 23.61]. Dofir, [ A VerfÜgung = 4,15] a [ B "VerfÜgung = 23,61] whilethe Referenzmaterial Linn war [ r VerfÜgung = (23,61 x VerfÜgung + 2 (1 - x VerfÜgung)) /(4.15 x VerfÜgung + 2 (1 - x VerfÜgung))] (Lalumi 2E). Opgezeechent digital Hinnen alleguer Daten aus SK-BR-3 Zellen mat der LCL gemëscht conformed éischter un dëser Linn wéi [ r VerfÜgung = (19.50 x VerfÜgung + 2 (1 - x Concordance tëschent TC Beräich fir digital Hinnen alleguer an HER2-IHC /. - Plat am Medeziner Fro Echantillon VerfÜgung Gastric Kriibs Fro uplanzen (n = 44) aus 32 Patienten goufen déi digital Hinnen alleguer analyséiert. D' HER2 VerfÜgung Status vun all specimen war vun HER2-IHC an -DISH (Lalumi 3A-3C) alles. Déi geschate Wäerter sech konsequent mat manuell zielt vun engem pathologist (KM). TC Taux vu Biller vun Käre vun kriibserreegend Ënnerscheedung vun deene vun Net-kriibserreegend Zellen (Lalumi 3D) sech war. VerfÜgung Digital Hinnen alleguer Donnéeën an kennen vun all Fall waren op der TC Charts opgezeechent (Lalumi 4), dorënner Donnéeën fir HER2 VerfÜgung -DISH-positiv (rout), -equivocal (mauve) an -negative (blo), souwéi HER2-IHC-positiv (rhombi), -equivocal (triangles), an -negative ( Kräiz-Spuren) Echantillon. Clinicopathological Informatiounen iwwert Vertrieder an total Fäll ass respektiv an Table 3 an S1 Table gewisen. Et huet keen HER2 VerfÜgung -DISH-positiv Fäll ënnert der Linn [ r VerfÜgung = x VerfÜgung + 1]; Ee, ee HER2 VerfÜgung -DISH-negativ ( ), zwee equivocal (an), an dräi positiv (,), an,) Fäll goufen an der equivocal Beräich observéiert . Ausserdeem gouf et eng HER2 VerfÜgung -DISH-negativ Fall am positive Beräich (!). Dräi Fäll (,, an*) zougedréckt Ofstand héich digital Hinnen alleguer Wäerter (28.25, 19.99, an 24,00, respektiv). An HER2 VerfÜgung -DISH, huet dëse Fäll Strooss HER2 VerfÜgung Signaler (Lalumi 3C) datt schwéier sech ze wäit ofgedonkelt, wéi an SK-BR-3 Zellen. Verstoen (1) war och wéi follegt ausgedréckt: (11) VerfÜgung Also geschat [ B VerfÜgung / A VerfÜgung] zur Applikatioun vun gemooss [ berechent war r Abberzuel Fäll fir aacht Patienten (Lalumi 4 an S1 Table) bewäert huet. All Fäll vun all Patient huet d'selwecht Resultater fir Plat an digital Hinnen alleguer ausser Patienten--24 (PT-24); eent vu fënnef Fäll (29 #) war positiv an zwou ( an ) huet fir béid Miessunge negativ. Zwee Fäll negativ fir Plat sech ze positive entgéintgeholl (!) an equivocal ( ) Beräicher vun der TC Charts (Table 3 an S1 Table). VerfÜgung Am Ganzen, 22 HER2-IHC Fäll no engem Ball vum 2+ (Table 4), mat dräi positiv, 15 negativ, a véier equivocal Fäll baséiert op den TC Beräich vun digitale Hinnen alleguer. Positiv an negativ Resultater sech mat deene vun HER2 VerfÜgung -DISH komplett concordant. Vun de véier equivocal Fäll mat IHC stoung 2+, een () war positiv an der anerer (, , an)) waren negativ, wéi sech vun HER2 VerfÜgung -DISH. D'geschat [ B VerfÜgung / A VerfÜgung] Wäert war iwwergaangen ≥ 2.0 am Fallan &Si besteet; 2.0 vun der Pai dräi, ausser Fall), déi geschat [ B VerfÜgung / A VerfÜgung] vun deem war 2,12. VerfÜgung Evaluatioun vun intratumoral HER2 heterogeneity an chirurgesch uplanzen VerfÜgung Intratumoral HER2 heterogeneity war vun enger Kombinatioun vun HER2-IHC /-DISH an digital Hinnen alleguer (Lalumi 5, S1 Lalumi a S2 Table) bewäert. Case_1, 2, a 4 zougedréckt z'ënnerscheedde intratumoral heterogeneity aus HER2-IHC-positiven an -negative lesions vun engem Stärekoup, iwwerdeems Case_3 allgemeng eng equivocal HER2-IHC Ausdrock Muster gewisen. Wichteg, sech HER2-positiv lesions zougänglech aus der lumen vun de Mo. zu Case_1 (-2,-3), Case_2 (-1,-2), an Case_4 (-4). VerfÜgung All HER2-IHC /-DISH-positiv Fäll goufen an de positive Beräich opgezeechent. Dräi Echantillon vun Case_3 (-1, -2, an -3) weist HER2-IHC (equivocal) an HER2 VerfÜgung -DISH (positiv) waren an der equivocal Géigend opgezeechent. Sample-2 war an der equivocal Géigend opgezeechent well Regioun-2 engem relativ grousse Beräich souwuel HER2-positiven an -negative Komponente mat ofgedeckt. Sample-2 zougedréckt Vigel tëscht HER2-IHC (positiv) an HER2 VerfÜgung -DISH (negativ) (S2 Table), mat der digitaler Hinnen alleguer entspriechende Resultater zu HER2 VerfÜgung -DISH. d'Etude ass d'éischt e categorization vun gastric Cancers an ze probéieren HER2 VerfÜgung amplification-negativ, -equivocal, an -positive Fäll mat enger zwee-Dimensiounen luucht Komplott oder TC Beräich, baséierend op gemooss Wäerter vun HER2 VerfÜgung /CEP17 Verhältnis vun digitale Hinnen alleguer kritt [ r VerfÜgung] a misst [ x VerfÜgung] ouni konventionell HER2 VerfÜgung -DISH oder HER2-IHC Informatiounen. Sou, ass eng Analyse vum TC Charts onofhängeg vun CEP17 a HER2 VerfÜgung Kopie Zuelen ([ A VerfÜgung] a [ B VerfÜgung]) zu enger eenzeger Zell Kriibs, deen kann normalerweis vun HER2 VerfÜgung -DISH kritt ginn. VerfÜgung d'digital Hinnen alleguer Method fir d'Evaluatioun vun Kopie Zuel vun Virus applizéiert gouf [28], an et chromosomal aneuploidy [29], an oncogenes zu verschiddenen Kriibs Stoffer [30, 31]. E grousse Problem, datt mussen iwwerwonne ginn ass Verbesserung vun raw Daten zu der entholl Inhalt vun uplanzen no; gastric Kriibs Stoffer enthalen allgemeng méi grouss Quantitéiten vun Net-kriibserreegend Zell einfach, e.g. interstitial oder demagogesch Zellen. Am Moment studéieren, déi mir Bild Analyse enger semi-automatiséiert Estimatioun vun entholl Zell Inhalt ze kréien an entwéckelt den Charts TC Donnéeën an dräi Kategorien-i.e ze klassifizéieren., Implikatioune verstärkt, Net-Kick, an equivocal. Et kéint méiglech Kriibs Zellen aus FFPE Otemschwieregkeeten Rubriken vun microdissection, mee dat ass ze Aarbechten iwwer fir Iddi Medeziner Praxis wesssen, och wann et méi genee zu Theorie ass. Mat Hëllef vun dëser Approche fir Fro uplanzen, d'Zuel vun HER2-IHC-equivocal Fäll (2+) vun 22 bis sechs reduzéiert huet, an doduerch de Besoin fir Confirmatioun vun HER2 VerfÜgung -DISH bis manner ewéi 30% obviated kéint vun de Fäll. D'Frequenz vun HER2 VerfÜgung amplification schwankt ganze gastric Kriibs histological Zorte, vun 20% -30% am intestinal Si besteet bis &; 10% vun den diffusen Zort [32]. Dofir, eng effikass Kontroll Method an Iddi Medeziner Praxis néideg, besonnesch a Länner mat enger héijer prevalence vun gastric Kriibs. TC Charts kann och mat anere Hinnen alleguer-baséiert Method, wéi grouss ass Hinnen alleguer fir HER2 VerfÜgung amplification [33]. VerfÜgung Et ginn zousätzlech Virdeeler fir déi digital Hinnen alleguer Protokoll ginn. Eischtens, ass et einfach relativ zu nemen, deen Niveau verlaangt an ass Aarbechtsmaart-intensiv, verschidde Schrëtt mat. Zweetens, sinn manner Fäll fir Confirmatioun néideg wéi si waren fir HER2 VerfÜgung -DISH, zécken-effektiv kascht. Endlech ass et nëmmen noutwendeg spezifesch primers zu Design, datt zu Genen aner wéi Aféierung VerfÜgung
spontan a Methode VerfÜgung
Zell Linnen. VerfÜgung
Stepwise Vermëschung mat LCL. VerfÜgung
Resultater VerfÜgung
); [ x VerfÜgung] ass kennen (0 ≤ x VerfÜgung ≤ 1); [ A VerfÜgung] ass CEP17 Kopie Zuel vun enger eenzeger Kriibs Zell (0 ≤ A VerfÜgung); an [ B VerfÜgung] ass HER2 VerfÜgung Kopie Zuel vun enger eenzeger Kriibs Zell (0 ≤ B VerfÜgung). Verdéngt, déi zwee-Dimensiounen scatterplot vun verstoen vertrueden (1) ass den TC Charts bezeechent. VerfÜgung
] a [ x VerfÜgung] als 'vertikal an horizontal Axen, bzw. (Lalumi 1B). D'Verhältnis vu [ B VerfÜgung / A VerfÜgung] war d'Referenz Wäert fir Bestëmmung HER2 VerfÜgung Gentherapie amplification. Tatsächlech der eigentlecher Kopie Zuel vun CEP17 [ A VerfÜgung] an HER2 VerfÜgung [ B VerfÜgung] net ouni leeschtungsfäeg HER2 VerfÜgung -DISH sech ginn hätt. Mä, eng praktesch Evaluatioun vun HER2 VerfÜgung an CEP17 Kopie Zuelen vum Plat fonnt dass [ A VerfÜgung] vun 2.0 bis 6.0 gounge (tëschent 40 an 117 CEP17 Signaler ënner 20 Kriibs Zellen am S1 an S2 Dëscher) a ni iwwerschratt 8.0 zu Medeziner gastric Kriibs Echantillon. Laut eiser Erfahrung vun 164 Nuechten Fäll vun gastric Kriibs (Ushiku T et al VerfÜgung. Engels Daten), ass CEP17 Kopie Zuel 1.0-5.7, Steiren 2,5, an monosomy, definéiert als [ A
&Si besteet; 1.5], ass zimlech rare an nëmmen zwee Fäll (1,2%). Sou, d'Gamme vun [ A VerfÜgung] ageriicht als [2 ≤ A VerfÜgung ≤ 8] mat engem Sécherheet Spillraum. VerfÜgung
amplification-positiv war [ B VerfÜgung / a VerfÜgung ≥ 2] oder [ B VerfÜgung ≥2 a VerfÜgung]. An dësem Fall, [ Bx VerfÜgung + 2 (1 - x VerfÜgung)] ausgedréckt huet wéi follegt: (7) VerfÜgung
]. VerfÜgung
)) /(4.15 x VerfÜgung + 2 (1 - x VerfÜgung))], déi op HER2 VerfÜgung -DISH Daten fir déi [ B baséiert war VerfÜgung = 19,50]. Dës Resultater beweisen d'Validitéit vun der TC Charts-dat heescht, dass et genuch quantitativity vun digitale Hinnen alleguer huet HER2-Kick vum Nët-Kick Zellen ze z'ënnerscheeden VerfÜgung
] a [ x VerfÜgung] an gemooss [ a VerfÜgung], déi aus zielt vun CEP17 Signaler kritt, déi vun HER2 VerfÜgung -DISH zu 20 Kriibs Zellen (Table alles war 3 an S1 Table). [ B "VerfÜgung] war och duerch Miessunge [ r VerfÜgung] kritt an [ A VerfÜgung] a [ x VerfÜgung = 1], wéi fir beschriwwen SK-BR-3 Zellen. VerfÜgung
Diskussioun VerfÜgung