PLOS ONE: Tumör Content An-Assisted HER2 /CEP17 Digital PCR-analys för magcancer biopsi

Abstrakt

Utvärdera HER2
genförstärkning är en viktig del av terapeutisk beslutsfattandet för avancerad eller metastaserad ventrikelcancer. En enkel metod som kan tillämpas på små, formalinfixerade, paraffininbäddade biopsi är önskvärt som ett komplement till eller som ersättning för närvarande används HER2 immunohistokemi och in situ hybridisering protokoll. I denna studie har vi utvecklat en mikrofluidik-baserade digitala PCR-metod för bestämning av HER2 Mössor och kromosom 17 centromer (CEP17) kopiera nummer och uppskatta tumörinnehåll förhållande (TCR). HER2
/CEP17 Faktorn bestäms av tre variabler-TCR och absoluta kopietal av HER2 Mössor och CEP17-genom att undersöka tumörceller; endast förhållandet av de två sistnämnda kan erhållas genom digital PCR med användning av hela provet utan rening tumörceller. TCR bestämdes genom halv-automatisk bildanalys. Vi utvecklade en tumör Content diagram, som är en plan rektangulära koordinater bestående av HER2
/CEP17 digital PCR data och TCR som avgränsar förstärkta, icke-förstärkta och tvetydiga områden. Genom att tillämpa denna metod var 44 kliniska magcancer biopsiprover klassificeras som förstärkt (n = 13), icke-förstärkt (n = 25) eller osäkra (n = 6). Som jämförelse, 11 prover var positiva, 11 var negativa, och 22 var tvetydigt immunohistokemi. Således, minskat vår nya metod antalet tvetydiga prover 22-6, varigenom man undviker behovet av bekräftelse genom fluorescens eller dubbla sond in situ hybridisering till < 30% av fallen. Tumör innehåll diagram stödd digital PCR-analys kan också tillämpas på flera platser i kirurgiskt resekterade vävnader. Dessa resultat tyder på att denna analys är ett användbart alternativ till HER2 immunohistokemi i gastric cancer som kan ligga till grund för automatisk utvärdering av HER2
status

Citation. Matsusaka K, Ishikawa S, Nakayama A, Ushiku T, Nishimoto A, Urabe M, et al. (2016) Tumör Content An-Assisted HER2 /News CEP17 Digital PCR-analys för magcancer biopsiprover. PLoS ONE 11 (4): e0154430. doi: 10.1371 /journal.pone.0154430

Redaktör: Yves St-Pierre, INRS, KANADA

Mottagna: 7 november 2015, Accepteras: 13 april 2016. Publicerad: 27 april 2016

Copyright: © 2016 Matsusaka et al. Detta är en öppen tillgång artikel distribueras enligt villkoren i Creative Commons Attribution License, som tillåter obegränsad användning, distribution och reproduktion i alla medier, förutsatt den ursprungliga författaren och källan kredit

datatillgänglighet. Alla relevanta data inom pappers- och dess stödjande information filer

Finansiering:. Detta arbete genomfördes som en del av biobanks~~POS=TRUNC Japan Project (http://www.src.riken.jp/english/project/person/) som stöddes av ministeriet för utbildning, kultur, sport, vetenskap och teknik (http://www.mext.go.jp/english/), Japan byrån för medicinsk forskning och utveckling (http: //www.amed.go .jp /sv /), och Grants-i-Stöd för vetenskaplig forskning (KAKENHI) från Japan Society för främjande av vetenskap (https://www.jsps.go.jp/english/e-grants/). Finansiärerna hade ingen roll i studiedesign, datainsamling och analys, beslut att publicera, eller beredning av manuskriptet

Konkurrerande intressen:.. Författarna har förklarat att inga konkurrerande intressen finns

Introduktion

Gastric cancer är en av de vanligaste maligna tumörer och den tredje ledande orsaken till cancerrelaterad död i hela världen [1]. Avancerade fall utan operativt ingrepp har dålig prognos och kräver tvärvetenskapliga behandlingsmetoder. HER2 är ett 185-kDa transmembran glykoprotein som är en medlem av den epidermala tillväxtfaktorreceptorfamiljen och fungerar som en tyrosinkinasreceptor [2, 3]. I normala celler, HER2 protein fungerar som en signalomvandlare under cellproliferation eller differentiering [4]; dock har det onkogena egenskaper när överuttryckt. Detta orsakas oftast av HER2
genförstärkning, som har rapporterats i flera typer av elakartad tumör [5] inklusive bröstcancer [6, 7], spottkörtel adenokarcinom [8], urinblåsecancer [9] och magcancer [10]. HER2-överuttryck gastric cancer står för 8% -31% av alla fall [11-15]. I Trastuzumab för Gastric Cancer rättegång, trastuzumab (Roche Diagnostics, Basel, Schweiz) -a humaniserad anti-HER2 monoklonal antikropp ökade överlevnaden hos patienter med HER2-positiv magcancer när de administreras i kombination med kemoterapi [16], och var även godkänt för behandling av bröstcancer [17, 18]. Utvärdera HER2-status är därför en viktig aspekt av magcancer terapi.

För patienter med icke resektabel gastric cancer, bör HER2-status undersökas med hjälp av en liten biopsiprov. Såsom visas i de senaste rekommendationerna för HER2-testning i bröstcancer med American Society of Clinical Oncology (ASCO) /College of American patologer (CAP), immunohistokemi (IHC) och /eller in situ hybridisering (ISH) är standardmetoder för att utvärdera HER2 status [19], men alla har sina begränsningar. Till exempel, är effektiviteten av HER2-IHC påverkas av flera faktorer, såsom den formalinfixeringsprocessen, och poängsystem är inte alltid reproducerbar speciellt i tvetydiga fall, för vilka ISH rekommenderas [19-25]. I ljusa fält HER2
dubbla sond ISH ( HER2
-DISH), HER2 Mössor och kromosom 17 centromer (CEP17) kopiera nummer kan detekteras som signaler enligt ett ljus mikroskop över hela regionen av provet. Emellertid, även om denna metod har överlägsen känslighet är det kostsamt och relativt tidskrävande

I denna studie, tillämpade vi mikrofluidik baserad digital PCR-teknik. (BioMark; Fluidigm, Cambridge, Storbritannien) [26] för att bestämma HER2
/CEP17 kopietal förhållande. I digital PCR, är mall-DNA uppdelat i 770 stycken i nanoliterreaktionskammare, med en förväntad koncentration av 0-1 molekyl per kammare. Tvåfärgad mål- och referens gener samtidigt PCR-förstärktes och deras kopietal beräknas genom att räkna kamrarna med positiva signaler. Denna mycket robust metod möjliggjorde jämförelse av HER2 Mössor och CEP17 kopietal med olika primeruppsättningar. Syftet med denna studie var att bekräfta genomförbarheten av digitala PCR-teknologi för analys av gastriska cancerbiopsiprover. Emellertid är ett problem med detta tillvägagångssätt att vävnaden innehåller vanligen icke-cancerösa stromaceller som stör molekylära analyser. För att övervinna detta problem har vi utvecklat två-dimensionell punktdiagram kallad Tumör Innehåll (TC) diagram som allokerar data i förstärkt, icke-förstärkt, och tvetydiga kategorier. Målet var att ta fram ett automatiserat sätt att utvärdera HER2
status, med TC diagram assisterad HER2
/CEP17 digital PCR-analys som tjänstgör som ett första steg.

Material och metoder

Etik Statement

Denna studie godkändes av University of Tokyo institutionella etiska kommittén. Kliniska prover med skriftligt informerat samtycke samlades under University of Tokyo institutionella riktlinjer för studiet av mänskliga vävnader.

Kliniska magcancer biopsiprover och kirurgiska prover

Totalt, 44 magcancer biopsiprover från 32 patienter som behandlas genom rutinformalinfixerade paraffininbäddade (FFPE) fanns tillgängliga för analys. Alla biopsiprover erhölls endoskopiskt vid institutionen för Endoskopi och endoskopisk kirurgi. Fyra kirurgiska prover, som resekterade kirurgiskt vid institutionen för Gastrointestinal kirurgi, analyserades också. Dessa prov fixerades i 10% neutral buffrad formalin. Samtliga fall diagnostiserades vid Institutionen för patologi vid universitetet i Tokyo Hospital. Sektioner skars vid en tjocklek av 4

• PLOS ONE: onormalt uttryck av Cx43 förknippas med peritonealdialys metastasering av Gastric Cancer och Cx43-medierad Gap Junction Förbättrar Gastric Cancer Cell diapedes från Peritoneal Mesotheliu…
• PLOS ONE: Prognostic Betydelsen av Tag SNP rs1045411 i HMGB1 av Aggressive Gastric Cancer i en kinesisk Population